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摘要

在此, 我们提出了一个实验方法来检验多拷贝产质粒在抗生素耐药性进化中的作用。

摘要

多拷贝产质粒在原核生物中非常丰富, 但它们在细菌进化中的作用仍不甚了解。我们最近发现, 多拷贝产质粒提供的每个细胞基因拷贝数的增加, 都可以加速粒编码基因的进化。在这项工作中, 我们提出了一个实验系统, 以测试多拷贝产质粒的能力, 促进基因进化。使用简单的分子生物学方法, 我们构建了一个模型系统, 在这种模式下, 抗生素耐药性基因可以插入到大肠杆菌 MG1655, 无论是在染色体或多拷贝产质粒. 我们使用一种实验进化方法在越来越多的抗生素浓度下传播不同的菌株, 我们测量细菌种群的存活时间。抗生素分子和抗性基因的选择是为了使基因只能通过获取突变来获得抵抗。这种 "进化拯救" 方法提供了一种简单的方法来检测多拷贝产质粒的潜能, 以促进抗生素耐药性的获取。在实验系统的下一步, 对抗生素耐药性的分子基础进行了表征。为了找出负责获取抗生素耐药性的突变, 我们使用从整个种群和克隆获得的样本的深 DNA 测序。最后, 为了确认基因突变在研究中的作用, 我们在父母的背景下重建它们, 并测试结果菌株的抗性表型。

引言

细菌耐药性是一个主要的健康问题1。在基本水平上, 抗生素耐药性在致病细菌中的传播是自然选择的一个简单的例子, 这是自然选择2,3。简而言之, 抗生素的使用会产生抗性菌株的选择。因此, 进化生物学的一个关键问题是了解影响细菌种群对抗生素的抗药性的能力的因素。选择实验已经成为一个非常强大的工具来调查细菌的进化生物学, 这个领域已经产生了令人难以置信的洞察到广泛的进化问题4,5,6。在实验性进化过程中, 由单亲菌株引发的细菌种群在定义和严格控制的条件下依次传代。在这些文化的生长过程中发生的一些突变增加了细菌的适应性, 这些变化通过自然选择的文化传播。在试验过程中, 种群的样本定期低温保存, 以创建一个非进化的冰冻化石记录。大量的方法可以用来表征不断变化的细菌种群, 但最常见的两种方法是体能测定, 即测量进化细菌与远方祖先竞争的能力, 以及整个基因组测序, 即用于识别驱动适应的遗传变化。经过理查德 Lenski 和同事的开创性工作7,8, 实验进化的标准方法是挑战相对较少数量的复制人口 (通常 < 10), 适应新的环境挑战, 如新的碳源, 温度, 或捕食性的噬菌体。

抗生素耐药性细菌引起的感染成为一个很大的问题, 当抗药性足够高, 不能增加抗生素浓度, 以致命的水平在病人组织。因此, 临床医生对允许细菌进化为高剂量抗生素的耐药性有兴趣, 这是高于此阈值的抗生素浓度, 临床断点。如何进行实验研究？如果少量的细菌种群受到高剂量抗生素的挑战, 就像在 Lenski 的实验中那样, 最可能的结果是抗生素会驱使所有的人群灭绝。同时, 如果使用的抗生素剂量低, 低于最低限度的抑制浓度 (MIC) 的父母菌株, 那么它是不可能的细菌群体将发展临床相关水平的抗药性, 特别是如果阻力承载着很大的成本。这两种情况的一个折中方案是使用 "进化营救" 实验9,10,11。在这种方法中, 大量的文化 (通常 > 40) 受到挑战, 随着时间的推移, 抗生素的剂量增加, 通常是通过加倍抗生素浓度每天12。这个实验的特点是, 任何没有进化出抗药性的种群都将被迫灭绝。以这种方式受到挑战的大多数人口将被驱赶绝种, 但少数族裔将坚持不断发展的高水平的抵抗。本文介绍了该实验设计如何能够用于研究多拷贝产质粒对抗性进化的贡献。

细菌通过两条主要途径、染色体突变和获取移动遗传元素, 主要是质粒13获得对抗生素的抗药性。质粒在抗生素耐药性的演变过程中起着关键作用, 因为它们能够通过共轭14,15在细菌间转移抗性基因。质粒可根据其大小和生物学分为两组: "小", 每个细菌细胞的拷贝数和 "大", 低拷贝数16,17。大型质粒在抗生素耐药性演变中的作用已被广泛记录在案, 因为它们包括共轭质粒, 这是细菌传播抗药性和多种抗药性的关键驱动因素15。在细菌17、18中, 小多拷贝产质粒也非常常见, 它们经常编码抗生素耐药性基因19。然而, 小多拷贝产质粒在抗生素耐药性演变中的作用在较小程度上被研究。

在最近的一项工作中, 我们建议多拷贝产质粒可以通过增加基因突变率来加速它们携带的基因的进化, 因为每个细胞的基因复制数都是12。使用具有大肠杆菌菌株 MG1655 和β-酶基因血乳酸TEM-1的实验模型, 表明多拷贝产质粒加速了 TEM-1 突变的出现率, 赋予了第三代抗性头孢他啶。结果表明, 多拷贝产质粒在抗生素耐药性的演变过程中可能起着重要的作用。

在这里, 我们提供了一个详细的描述, 我们已经开发的方法来研究多拷贝产质粒介导的抗生素耐药性的演变。该方法有三种不同的步骤: 一是在多拷贝产质粒或宿主细菌的染色体中插入研究中的基因。第二, 利用实验进化 (进化拯救) 来评估不同菌株的潜能, 以适应选择性压力。第三, 用 DNA 测序法确定质粒介导的进化的分子基础, 并在父母基因型中单独重建疑似突变。

最后, 虽然这里描述的协议是为了调查抗生素耐药性的演变而设计的, 但人们可以争辩说, 这种方法对于分析任何多拷贝产突变所获得的创新的进化是很有用的。质粒编码基因。

研究方案

1. 抗生素耐药性基因实验系统的构建

注: 以大肠杆菌MG1655 作为质粒或染色体编码抗生素耐药性基因的受体菌株。抗生素耐药性基因编码在染色体或多拷贝产质粒中, 否则等基因系应变(图 1)。

  1. 在λ噬菌体集成站点 (attB)20的 MG1655 染色体中插入耐药性基因。
    1. 通过 PCR 方法放大染色体attB站点两侧的500个 bp 长区域。使用寡核苷酸 YbhC (5 '-CCTGTACCGTACAGAGTAAT-3 ') 和 attB (5 '-GCCCGCCACCCTCCGGGCCGGTATAAAAAAGCAGGCTTCA-3 ') 为左同源区和 attB F (5 '-AGCGCCCTAGCGCCCGCTCCTTATACTAACTTGAGCGAAA-3 ') 和 YbhB/R (5 '-TGGCGATAATATTTCACCGC-3 ') 为正确的一个。使用引物 Tem1-pBAD-F (5 '-TGAAGCCTGCTTTTTTATACCGGCCCGGAGGGTGGCGGGC-3 ') 和 Tem1-pBAD-R (5 '-TTTCGCTCAAGTTAGTATAAGGAGCGGGCGCTAGGGCGCT-3 ') 放大血乳酸TEM-1抗性基因。设计底漆与大约 20 bp (在 5 ' 末端) 序列显示互补到将被熔化的片断。
    2. 将同源区与抗生素耐药性基因 PCR 产品 (包括其启动子区域) 结合使用等温组件21, 在50摄氏度为30分钟。
    3. Electroporate MG1655 细胞含有质粒 pKOBEG。
      注: pKOBEG 是一种热敏载体, 含有λ红色机械, 促进染色体和 PCR 产品之间的同源性等位基因交换22。
      1. 使用1µL 的产品从步骤 1.1.223到40µL electrocompetent 细胞在2毫米小试管在4°c 和2.5 伏。并用重悬细胞在1毫升 LB 汤 + 0.2% 阿拉伯糖, 以保持λ红色机械的表达。
      2. 将总容积转移到离心管, 在30摄氏度 (允许温度为 pKOBEG) 上孵化2小时, 并进行剧烈晃动 (在一个轨道振动筛中 200 rpm), 以便在染色体中插入电阻标记的表型表达式。
      3. 在 LB 琼脂上板上含有适当抗生素的细胞, 用于选择抗生素耐药性基因 (氨苄西林或羧苄青霉素100毫克/升用于血乳酸 TEM-1).
    4. 板100µL 在一个培养皿, 并旋转下来的其余的体积, 并用重悬它在100µL 新鲜的 LB 汤, 并在另一培养皿盘子。孵化过夜在42摄氏度。
      注: 此温度不允许复制 pKOBEG。能够在这些条件下生长的菌落将失去 pKOBEG, 并将抵抗基因集成到attB站点中 (为了简单起见, 这一菌株将被称为MG1655:瑞莎从此处起)。
    5. 通过用氯霉素 (pKOBEG 含有抗性标记的抗生素) 复制板上的兴趣菌落来测试 pKOBEG 的损失。
      注: 在30ºC 的许可温度下, 氯霉素板缺乏生长, 表明质粒缺乏。
    6. 为了验证克隆, PCR 放大结构使用外部引物 YbhC (5 '-TTTGTGACCAGAAGACCGCA-3 ') 和 YbhB-外部 (5 '-CTCATCAGTAACGATCTGCG-3 '), 通过凝胶电泳验证扩增子的正确大小和序列的纯化的产品, 以确保插入基因的顺序是正确的。
  2. 在多拷贝产质粒中插入耐药性基因。
    注: 由于具有极高拷贝数的质粒倾向于大量减少细菌宿主的适用性, 我们建议使用具有自然复制起源的多拷贝产质粒, 如 p3655 (pSU18T-pBAD gfp2, ColE1-type 起源于复制24)。这些质粒通常为每个细胞提供大约15-20 个拷贝的适度拷贝数。
    1. pcr 放大选择的抗生素耐药性基因 (包括启动子区), phosphorylate pcr 产物, 并将其结扎到 pcr 扩增的质粒:
      1. PCR 放大抗生素耐药性基因;对于乳酸TEM-1使用底漆 Tem1-pBAD-F (5 '-TGAAGCCTGCTTTTTTATACCGGCCCGGAGGGTGGCGGGC-3 ') 和 Tem1-pBAD-R (5 '-TTTCGCTCAAGTTAGTATAAGGAGCGGGCGCTAGGGCGCT-3 ')。
      2. Phosphorylate 的纯化产品使用 T4 核苷酸激酶, 按照制造商的指示。
      3. 应用高保真聚合酶和寡核苷酸 pBAD (5 '-CGTTGATCGGCACGTAAGAG-3 ') 和 pBAD R (5 '-AAACGACGGCCAGTGCCAAG-3 '), PCR 扩增质粒骨干。
      4. 结扎两个 PCR 片段使用 T4-ligase 以下制造商的指导方针。
    2. Electroporate, 如前所述, 40 µL 的 electrocompetent大肠杆菌DH5-α细胞最多1µL 结扎产品, 并选择适当的抗生素耐药性基因 (氨苄西林或羧苄青霉素在100毫克/升用于血乳酸TEM-1) 和质粒主干。
      注: 补充磅与阿拉伯糖这里是不必要的。
    3. 使用读者选择的商业迷你准备套件提取质粒:
      1. 在室温下, 通过离心在 1.2万 x g 上收获5毫升的隔夜文化。并用重悬250µL 泥沙溶液中的细胞, 混合均匀。加入250µL 的溶解液, 混合均匀。添加350µL 中和, 混合良好。
      2. 将上清液转移到所提供的 DNA 结合柱, 离心机1分钟, 并丢弃流经。洗两次柱与500µL 的洗涤液, 离心一分钟, 并丢弃 flowthrough 在每次洗涤。离心空列1余分钟, 以除去残留洗涤缓冲器。
      3. 把柱子放在干净的管子里, 将50µL 的超纯净水添加到膜中, 洗脱纯化的 DNA。离心机为1-2 分钟, 收集含有纯化质粒的流动。利用插入序列外的引物对质粒中感兴趣的基因进行序列化, 以确认序列是正确的, 在进化实验之前, 抗性基因中没有突变存在。
    4. 一旦序列被证实, electroporate 的质粒在大肠杆菌MG1655 菌株, 如上文所述。
      注意: 这会产生应变MG1655/pRESA.

2. 进化拯救方法以实验方式发展抗生素耐药性 (图 1)

  1. 对 LB 板研究中的菌株进行条纹: MG1655::瑞莎和 MG1655/pRESA 加上敏感的父母应变, MG1655。
    注: 质粒 pRESA 应稳定在 MG1655, 所以没有必要添加抗生素的 LB 板。在大肠杆菌中的突变率足够低, 因此一旦验证了构造, 就不必在每一步验证质粒序列。
  2. 在每个井中准备96井板和200µL 磅, 并接种独立井每株48个独立的菌落 (每株一张)。在37摄氏度和200转每晚孵化板块。对这些创始人种群保持冻结的库存。
    注: 为防止和控制96井板中的文化交叉污染, 在整个96井板上使用无菌培养基的锂接种井进行棋盘板设计。在整个实验过程中使用这个板块设计。
  3. 启动进化救援实验, 接种2µL 从板块的每个井与创建者人口在新的96井板材与198µL 磅在每个井与抗生素的亚抑制浓度在研究中。为进化抢救方法开始与¼或1/8 最小的抑制浓度 (麦克风, 确定以前的25) 的抗生素在 LB 为每三株和双倍的浓度的抗生素每日。使用此方法可以最大限度地提高种群获取电阻突变的几率26。孵化的板块在37摄氏度和 200 rpm 20 小时。
    注: 测量创始人群体的隔夜 OD。如果菌株之间的 OD 有显著的差异, 正确的初始接种, 以相同数量的细胞每井开始实验。
  4. 每天, 衡量每一个人口的 OD, 在隔夜文化和执行转移的文化, 如2.3 所述, 到新的96井板与双倍的抗生素浓度比前一天。在37摄氏度和200转每分钟孵化20小时的板材。
    注: 1:100 稀释因子每天产生大约6-7 代。
  5. 同时, 在2.3 和2.4 所述的相同条件下, 传播每个菌株的控制种群, 但缺乏抗生素。
    注意: 控制人群将有助于区分由于抗生素的存在和一般突变帮助细菌适应实验条件而产生的突变。在缺乏抗生素的情况下发生的平行突变可能有助于细菌适应实验条件, 而与抗生素耐药性无关。
  6. 通过用平板阅读器测量600毫微米 (OD) 的吸收量, 每天跟踪幸存人口的数量。
    注: 光密度值低于0.1 表示种群的灭绝。有关生存曲线的示例, 请参见图 2 。
  7. 定期 (每3-5 天) 保存所有人口的冰冻库存。
  8. 使用日志秩测试 [RStudio (版本 0.99.486) 中的 "包" 生存期], 以确定在抗生素浓度不断增加的情况下, 不同菌株的种群存活率的统计差异12。
    注: 本实验将确定多拷贝产质粒是否事实对特定抗生素和基因研究的抗生素耐药性的演变。

3. 抗生素耐药性演变的分子基础 (图 1)

  1. 执行总 DNA 提取从代表性数量的人口和克隆跨菌株和治疗。包括父母菌株 (MG1655、MG1655:瑞莎和 MG1655/pRESA), 以便能够检测在实验过程中积累的突变。
    注: 有关 DNA 提取套件的示例, 请参阅材料表。每个套件都有不同的协议;遵循制造商的指示。
  2. 量化 DNA 质量和浓度。有不同的方法来确定 DNA 的质量和浓度。测定吸收率 260 nm/280 nm 和 260 nm/230 nm 的质量。使用荧光, DNA 结合染料测量 dna 浓度后, 制造商的指示, 和琼脂糖凝胶电泳, 以确认没有 DNA 降解或 RNA 污染。
  3. 利用来自全种群和个体克隆样本的深 DNA 测序, 研究抗生素耐药性的遗传基础。
    注: 我们在英国牛津大学人类遗传学信托中心进行了所有的测序。有关详细信息, 请参阅 San 文澜et 。201612。
  4. 使用 breseq 0.26.1 管线27、28检测突变, 使用多态性模式估计种群中突变的频率。将不同的进化基因组与父母基因组进行比较, 以检测在实验中积累的突变。
  5. 比较在对照人群中积累的突变与在抗生素浓度不断增加的人群中的变化, 以区分帮助细菌适应一般实验条件的突变 (在控制人群中发现的那些) 和那些涉及抗生素耐药性的人 (那些仅在受到抗生素压力的人群中发现)。
    注意: 平行突变的数量通常是低的, 所以治疗之间的不同的平行突变可以很容易地评估。除了研究中的抗生素耐药性基因突变外, 它很可能在染色体中发现与抗生素耐药性相关的其他突变, 例如孔蛋白或排便系统中的这种突变 12.
  6. 采用与本议定书1节相同的方法, 重建父母菌株中抗生素耐药性基因的突变。按照《议定书》1.1 和1.2 的规定, 在父母背景中引入新的变异 (使用进化后的基因作为 PCR 模板)。分析这些新结构的耐药性表型, 以确定突变的作用。

结果

在我们以前的研究中, 研究了β-酶基因乳酸TEM-1对第三代头孢霉素12抗性的进化。这个基因之所以被选择是因为, 虽然 TEM-1 并没有对头孢他啶的抗性, 但在血乳酸TEM-1中的突变可以扩大 TEM-1 的活性范围, 以水解以甲霉素29为孢菌素抗生素耐药性酶的突变, 如β-lactamases 或氨基糖苷类改变酶导致其活动范围的变化?...

讨论

我们提出了一个新的协议, 结合分子生物学, 实验进化和深 DNA 测序, 旨在研究多拷贝产质粒在细菌耐药性进化中的作用。虽然该协议结合了不同领域的技术, 但开发它所需的所有方法都很简单, 可以在常规微生物学实验室中进行。该协议中最关键的步骤可能是建立模型系统菌株和重建实验后观察到的突变 (使用完全相同的方法进行)。然而, 等温装配系统21, 大大简化了此协议, 因此?...

披露声明

作者没有什么可透露的。

致谢

这项工作得到了干杯研究所的支持 (计划 Estatal de i + 2013-2016): 赠款 CP15-00012、PI16-00860 和 CIBER (CB06/02/0053), 由欧洲发展区域基金共同出资 "实现欧洲的一种方式" (ERDF)。talento (2016-T1/生物-1105) 和西班牙 Ministerio Economía、工业 y Competitividad (BIO2017-85056-P) 的 Excelencia, 得到了马德里地区政府的 Atracción de ( ) 计划的支持。ASM 是由由欧洲社会基金 "投资于你的未来" (Servet) 和 ERDF 共同出资的干杯 (MS15/00012) 的一支米格尔的奖学金。

材料

NameCompanyCatalog NumberComments
ThermocyclerBioRadC1000
ElectroporatorBiorRad1652660
Electroporation cuvettesSigma-AldrichZ706078
NanoDrop 2000/2000cThermo Fisher ScientificND-2000Determine DNA quality measuring the ratios of absorbance 260nm/280nm and 260nm/230nm
IncubatorMemmertUF1060
Incubator (shaker)Cole-Parmer LtdSI500
Electrophoresis power supplyBioRad1645070Agarose gel electrophoresis
Electrophoresis chamberBioRad1704405Agarose gel electrophoresis
PippettesBiohit725020, 725050, 725060, 725070
Multi-channel pippetesBiohit728220, 728230,
728240
Plate reader Synergy HTXBioTekBTS1LF
Inoculating loopsSigma-AldrichI8388
96-well platesFalcon351172
LBBD DifcoDF0446-17-3
LB agarFisher scientificBP1425-500
Phusion PolymeraseThermo Fisher ScientificF533S
Gibson AssemblyNew England BiolabsE2611S
Resctriction enzymesFermentas FastDigest
AntibioticsSigma-Aldrich
QIAprep Spin Miniprep KitQiagen27104Plasmid extraction kit
Wizard Genomic DNA Purification KitPromegaA1120gDNA extraction kit
DNeasy Blood & Tissue KitsQiagen69506gDNA extraction kit
Electroporation cuvettesSigma-AldrichZ706078
Petri dishesSigma-AldrichD9054
CryotubesClearLine390701
96-well plates (-80ºC storage)Thermo Fisher Scientific249945
QuantiFluor dsDNA SystemPromegaE2670Quantification of DNA concentartion
AgaroseBioRad1613100Agarose gel electrophoresis
50x TAE bufferBioRad1610743Agarose gel electrophoresis
T4 Polynucleotide KinaseThermo Fisher ScientificEK0031
T4 DNA LigaseThermo Fisher ScientificEL0014

参考文献

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