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Method Article
在这里,我们提出了一种分离和鉴定宿主内微生物的实用方法。通过这种方式,清楚地描述了微生物的物理化学性质和在宿主中可能的生活方式。
由于在宿主体内茁壮成长的微生物主要具有促进其生存的适应能力,因此分类和鉴定其性质的方法将有助于促进其表征。目前,大多数研究只关注一种特定的表征方法;然而,从宿主中分离和鉴定微生物是一个连续的过程,通常需要几种组合表征方法。在本文中,我们描述了鉴定微生物生物膜形成能力、微生物呼吸状态及其趋化行为的方法。这些方法用于鉴定五种微生物,其中三种是从 Sprague-Dawley (SD) 大鼠(Stationis棒状杆菌、 科氏葡萄球菌溶脲亚种和 粪肠球 菌)的骨组织中分离出来的,另外两种来自美国典型培养物保藏中心 (ATCC)-金黄色葡萄球菌 ATCC 25923 和 粪肠球 菌V583.从 SD 大鼠骨组织中分离的微生物包括革兰氏阳性微生物。这些微生物已经适应了在骨基质内的压力和营养限制环境中茁壮成长。本文旨在为读者提供在实验室环境中确定分离微生物的性质和行为的具体知识。
以人体为代表的哺乳动物宿主含有大量的微生物。这些微生物广泛分布在宿主的口腔、消化道、肠道和血液中,对宿主的健康有不同的影响。口腔是大量微生物的宿主,这些微生物可以调节宿主对感染的易感性。 链球菌 (例如,螨状链球菌 /口腔链球菌、 假肺炎链球菌和 婴儿链球菌)和 普雷沃菌 属等微生物在口腔中定植,在舌头表面形成多物种生物膜,导致口臭,并充当微生物感染的微生物储存库。这些病原体可以通过浸润将牙根固定在颌骨中的牙周韧带来感染颚骨1。从宿主体内分离的这些微生物的表征通常是一个乏味的过程,特别是当微生物表现出需要特定治疗和生长条件的个体特征时。致病性幽 门螺杆菌、艰难梭 菌和 核梭杆菌等微生物在肠道的恶劣环境中茁壮成长,具有特定的氧气、营养和生长要求,对表征过程提出了挑战,尤其是在研究这些微生物的致病性方面。因此,科学家和医生需要一种标准化的方法来分离和研究这些微生物,以开发新的医学治疗方法。
该协议使用在大鼠骨基质中茁壮成长的微生物。传统上,除了以颌骨为代表的骨系统外,牙齿的存在使骨基质比其他骨骼更容易受到感染1,通常认为宿主的健康骨骼是一个无菌环境。然而,研究发现,微生物通过肠壁进入体循环,最终影响骨矿化2。作为概念验证,我们使用所描述的方案来表征来自健康 SD 大鼠(Stationicyukium stationis、 Staphylococcus cohnii subsp. 和 Enterococcus faecalis)股骨和胫骨微生物分离物的生化特性。之所以选择这些微生物分离物,是因为骨骼是一个封闭和缺氧的环境,从骨骼中表征这些微生物可能是一项具有挑战性的任务。各种文章详细介绍了研究这些微生物的过程;然而,很少有研究提供完整的方案来识别宿主分离的微生物。
在建立适当的培养条件时,需要通过使用液态巯基乙酸盐培养基 (FTM) 来了解微生物的氧气需求。具有不同氧气需求的微生物在透明的 FTM 液体中形成分层层3.根据分层曲线,然后使用微生物的需氧量来研究细胞的生长。在 FTM 液体表面茁壮成长的微生物是专性需氧菌,而生长在底部的微生物是专性厌氧菌。在 FTM 液体中以悬浮液形式生长的微生物是兼性厌氧菌或耐气厌氧菌。微生物生长速率是通过观察微生物细胞的指数生长期来确定的。然后将生长曲线与微生物的生物膜形成进行比较。生物膜主要由多个物种组成,它们直接或间接地影响彼此的健康。在此过程中,微生物群落之间的有益相互作用选择附着,提供有利于主动互惠相互作用进化的空间结构。例如,解淀粉芽孢杆菌和反枝黄单胞菌的共培养在静态环境中表现出兼性共生相互作用,促进生物膜的快速生长13。微生物通过生物膜的形成适应宿主组织以进行持续定位,保护自己免受恶劣环境的影响并逃避宿主的免疫系统 4,5,6,7。生物膜通常是致密的多层结构,可帮助微生物抵抗外部亚临界刺激;例如,牙髓中的粪肠球菌在面对亚浓度的四环素和万古霉素时,通过增加生物膜的形成来增强其对抗生素的耐药性8。
趋化性使微生物能够根据化学梯度移动,信号通路广泛分布在多种病原菌中。一些病原微生物在化学信号的引导下迁移到特定部位,引起传染病14。例如, 黄单胞菌属 在宿主中表达 19 个化学感受器和 11 个鞭毛蛋白,触发细菌结合,最终导致溃疡15。细菌中还有特异性蛋白质(果胶结合蛋白),它们指导细菌向营养物质的特异性迁移,这可以导致更好的生长16。这对于可能存在于营养贫乏环境中的细菌也至关重要。微生物细胞通常依靠趋化运动将自己吸引到有利的生长环境中,同时逃避其他损害细胞活力的捕食性细胞和毒素。在先前建立的确定趋化性的软琼脂方法的基础上,我们开发了一种可扩散方法来产生用于测试微生物趋化性的趋化因子梯度。
本文以 Corynebacterium stationis、Staphylacoccus cohnii、Enterococcus faecalis、Staphylacoccus aureus ATCC 25923 和 Enterococcus faecalis V583 为例,描述了确定细菌生长条件、生物膜形成和化学嗜性的方法(见 图 1)。微生物生长条件的优化使用 FTM 来确定微生物的氧气需求,而生物膜的形成使用玻璃表面作为固体背衬,生物膜块用结晶紫复染。微生物的化学趋向性取决于其趋化行为,其中通过 3D 打印(补充图 S1),使用标准化方法在软琼脂基质中生成化学引诱剂的化学储存库(补充图 S2)。
注意:有关本协议中使用的所有材料和设备的详细信息,请参阅 材料表 。使用无菌技术以避免污染。
1. 细菌回收以获得单个菌落
2. 细菌液体培养至对数生长期
3. FTM 实验和生长曲线测定
4. 生物膜形成能力测试
5. 细菌趋化性试验
这项工作描述了从宿主微生物组中表征分离微生物的方法(图 1)。作为概念验证,从 SD 大鼠宿主中分离出三种微生物(C. stationis、S. cohnii 和 E. faecalis),并使用该方案测试了两种商业获得的微生物(金黄色 葡萄球菌 ATCC 25923 和 粪肠球 菌 V583)。 为了使用 FTM 确定单个微生物的氧需求,我们添加了两种对照生物,...
我们通过顺序方法分离和鉴定了 5 种细菌。细菌的生长对营养的需求最小:最低培养基 - 仅包含无机盐、碳源和水的培养基。虽然实验组的细菌是在 MH 固体平板上发现的,但我们使用半剂量 MH 培养基验证细菌的趋化性,取得了良好的效果。然而,我们也使用最少的培养基进行了对照实验。实验中使用 M9 碱性培养基(其组成和含量见 表 1 ),营养琼脂块仍使...
作者没有需要披露的利益冲突。
该技术的开发得到了国家自然科学基金国际青年科学研究基金 (22050410270)、深圳市海外高层次人才创新创业专项资金 (KQTD20170810111314625) 和广东省创新创业研究团队计划 (2019ZT08Y191) 的资助。我们衷心感谢陈欣怡小姐在校对文件和实验室管理方面的帮助。
Name | Company | Catalog Number | Comments |
Chemical/Solution | |||
1% crystal violet dye solution | Solarbio | G1062 | 100 mL |
Agar | Sigma-Aldrich | V900500 | Used to obtain semi-solid plates, 20 g |
Centrifuge tube | Corning | 430790 | 15 mL |
Fluid thioglycollate medium | Kinghunt | K0001 | 29.3 g |
Mueller Hinton II Broth medium | Solarbio | NO.11865 | 100 g |
Petri dishes | Bkman | B-SLPYM90-15 | Plastic Petri dishes, circular, 90 mm x 15 mm |
Potassium Chloride | VETEC | WXBC4493V | 0.2 g |
Potassium Dihydrogen Phosphate | aladdin | 04-11-7758 | 0.24 g |
Sodium chloride | Macklin | S805275 | 8.0 g |
Sodium phosphate dibasic | aladdin | 7558-79-4 | 1.44 g |
Terrific Broth medium | Solarbio | LA2520 | 200 g |
Kits/ Equipment | |||
Anaerobic incubator | Longyue | ||
Biochemical incubator | Blue pard | LRH-70 | |
Microplate reader | Spark | ||
Tanon 5200multi imaging system | Tanon | 5200CE | |
Thermostatic water bath | Jinghong | DK-S28 |
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