首先，通过在终端中输入命令来下载 CLOCCS 对齐存储库。使用 conda.rec 创建一个 conda 环境。yml 文件，方法是将命令输入到克隆 CLOCCS 对齐存储库的文件夹中的终端中。
双击cloccs_v2023。jar 文件位于 CLOCCS 对齐存储库中的 CLOCCS 文件夹中，并等待图形用户界面打开。该屏幕允许 CLOCCS 运行的输入选项，并在运行后显示结果。
通过使用标记为“温度”的文本框指定以摄氏度为单位的温度来输入实验条件，并使用下拉菜单 Synchro.method 指定同步方法。要输入出芽数据的设置，请从模型类型下拉菜单中选择出芽酵母选项。通过使用“选择文件”按钮上传文件或在“数据导入”面板的文本输入框中键入文件来导入数据。
第一列指定时间点，另外两列指定萌芽数据。要输入流式细胞术数据的设置，请从模型类型下拉菜单中选择流量部分。使用“数据导入”面板导入数据，然后单击“选择文件”。
然后在拟合时间框中选择应绘制流式细胞仪 CLOCCS 拟合的时间点。为出芽或流式细胞术选择所有输入后，单击“应用”按钮，然后单击屏幕顶部的“样品”按钮。在预测拟合选项卡中查看出芽曲线或流式细胞术图。
通过选择后验参数选项卡从拟合中获取 CLOCCS 参数。生成的表的每一行都由参数组成，最后一行是后排。这些列由平均值的预测参数、2.5% 的置信区间下限、97.5% 置信区间上限和接受率组成。
CLOCCS萌芽曲线拟合正确，数据点将相应的拟合曲线与95%置信带重叠。利用流式细胞术细胞周期阶段数据，CLOCCS可针对每个选定的时间点生成适合的CLOCCS。
