実験間比較のための細胞周期同期喪失モデルを用いた同期時系列データのアライメント

時系列実験を解析する際の大きな課題は、同期からの回復の長さと細胞周期期間が異なることが多いことです。したがって、異なる実験からの測定値は、アライメントなしでは簡単に比較または分析できません。時計のライフラインアライメントは、実験間のフェーズ特異的で生物学的に関連する比較、および以前は困難または不可能であった複数の複製実験を集約するための方法です。

以前は、画期的なイベントを追跡することによって、フェーズ特異的で生物学的に関連する比較が行われていました。ただし、これらのアドホックな方法を使用すると、微妙ではあるが重要な違いは検出されません。時系列実験間の比較は、同期回復時間や細胞周期期間に影響を与える変異集団や増殖条件など、タイミングに大きな違いがある実験間で特に困難です。

クロックのライフラインアライメントにより、これらの場合に位相固有の比較が可能になります。時計を使用して時系列のトランスクリプトームデータとプロテオミクスデータを整列させ、mRNAと対応するタンパク質のダイナミクスを直接比較できるようにしました。さらに、異なる種間で時系列実験を調整し、細胞周期の進化的変化に関する重要な洞察を提供します。