Выравнивание синхронизированных данных временных рядов с использованием характеризирующей модели синхронизации клеточного цикла для перекрестных сравнений

Основная проблема анализа экспериментов с временными рядами заключается в том, что они часто различаются по продолжительности восстановления после синхронности и периоду клеточного цикла. Таким образом, измерения из разных экспериментов не могут быть легко сравнены или проанализированы в совокупности без выравнивания. Выравнивание линии жизни часов - это метод для фазовых и биологически значимых сравнений между экспериментами и для агрегирования нескольких повторных экспериментов, оба из которых ранее были трудными или невозможными.

Ранее фазовые и биологически значимые сравнения проводились путем отслеживания знаковых событий. Однако при использовании этих специальных методов тонкие, но важные различия остаются незамеченными. Сравнение экспериментов с временными рядами особенно затруднено между экспериментами со значительными различиями во времени, такими как мутантные популяции или условия роста, которые влияют на время восстановления синхронности или период клеточного цикла.

Выравнивание линии жизни часов позволяет проводить сравнение по фазам в этих случаях. Мы использовали часы для выравнивания транскриптомных и протеомных данных временных рядов, что позволило провести прямое сравнение динамики мРНК и соответствующего белка. Кроме того, мы согласовываем эксперименты временных рядов для разных видов, предоставляя критическое представление об эволюционных изменениях клеточного цикла.