使用表征细胞周期同步损失模型进行跨实验比较的同步时间序列数据比对

分析时间序列实验的一个主要挑战是，它们在同步恢复时间和细胞周期周期上通常不同。因此，如果没有对齐，就无法轻易地比较或分析来自不同实验的测量结果。时钟生命线对齐是一种用于实验之间特定阶段和生物学相关比较的方法，以及用于聚合多个重复实验的方法，这两种实验以前都很难或不可能。

以前，通过跟踪里程碑事件进行阶段特异性和生物学相关的比较。但是，使用这些临时方法，细微但重要的差异仍未被发现。时间序列实验之间的比较在时间上存在显着差异的实验之间尤其困难，例如在影响同步恢复时间或细胞周期的突变群体或生长条件下。

在这些情况下，时钟生命线对齐允许进行特定于相位的比较。我们使用时钟来对齐时间序列转录组学和蛋白质组学数据，从而可以直接比较mRNA和相应蛋白质的动力学。此外，我们调整了不同物种的时间序列实验，为细胞周期进化变化提供了重要的见解。