Sonication of Formaldehyde-Crosslinked Caenorhabditis elegans and Chromatin Immunoprecipitation

首先将 90 至 120 微升甲醛交联的 C.Elegans 样品混合并分装到聚苯乙烯超声处理管中。加入等体积的含有 2X 去污剂的重悬缓冲液。在水浴超声仪中超声处理 7 分钟。

通过移液轻轻混合样品，并重复超声处理七分钟。完成后，将超声裂解物转移到 1.5 毫升管中。加入半体积的重悬缓冲液，不含去污剂。

在4摄氏度下以13,000G离心15分钟后，将裂解物上清液分成四部分。将输入裂解物部分储存在零下 20 摄氏度的 1.5 毫升管中。将 0.5 μg 抗 H3K9 三甲基化、抗组蛋白 H3 或 IgG 添加到适当的免疫沉淀或 IP 样品中。

将反应在4°C下旋转孵育过夜。第二天，在 1.5 毫升试管中将每个 IP 样品的 9 微升蛋白 G 包被磁珠等分。用一毫升FA-150洗涤两次后，将磁珠重悬于FA-150缓冲液中。

完成后，向每种 IP 抗体混合物中加入 7.5 微升磁珠悬浮液，然后在 4 摄氏度下旋转孵育试管 2 小时。接下来，使用至少 200 微升的每种缓冲溶液洗涤磁珠 7 次。在4摄氏度下旋转孵育每次洗涤液5分钟，然后将珠子收集在磁性支架上以吸出洗涤液。

吸出缓冲液的最后一次洗涤后，将磁珠重悬于50μL染色质IP洗脱缓冲液中，并将其转移到1.5ml试管中。在热混合器中洗脱样品后，将微珠收集在磁性支架上，并将上清液转移到新管中。用另外 50 μL 染色质免疫沉淀洗脱缓冲液重复洗脱。

完成后，在进行反向交联和 DNA 洗脱之前，总共抽出 100 微升上清液。