用于低肿瘤含量组织中肿瘤富集的自动解剖方案

与传统方法相比，通过自动解剖可以更快、更有效地从FFPE或新鲜冷冻材料中分离或富集感兴趣的小分散区域。从FFPE或新鲜冷冻组织中提取基因组材料是许多临床和转化研究实验室的要求。自动解剖填补了宏观解剖和激光捕获显微解剖之间的重大空白。

首先，使用供应商提供的查看平台或开源查看器，为感兴趣的肿瘤区域的扫描载玻片图像添加注释。使用数字载玻片参考时，将未染色的样品组织载玻片放在载玻片的第一至第四张载玻片位置的载物台上。使用自动组织解剖软件创建铣削作业，方法是打开"作业列表"，然后选择"创建新作业"，然后输入案例 ID 和名称以输入作业名称。

转至厚度，然后使用向上或向下箭头选项卡选择截面厚度。然后，转到"组织制备"，并选择"石蜡化"或"脱蜡"。选择"引用图像"从文件"，然后选择"导入图像"。

然后，从下拉列表中选择要作为数字参考导入的文件。通过选择右下角的"扫描载物台"按钮扫描载物台，以捕获第一至第四位置的每个样品组织载玻片。对于舞台参考，拖动框以在组织上创建矩形区域，然后选择矩形区域下的圆形气泡以捕获舞台参考图像。

通过选择参考图像右上角的复制选项，将此矩形字段复制到第二至第四张载玻片位置的剩余样品组织载玻片上。然后，根据需要对齐并调整大小。对于数字参考图像，将图像叠加在所选的矩形区域上。

然后，在缩放过程中，大幅调整数字参考的大小并对齐，以最好地匹配样品组织上的大小和位置。通过选择参考图像右上角的复制选项，将此矩形字段复制到第二至第四张载玻片位置的剩余样品组织载玻片上。然后，根据需要对齐并调整大小。

选择右下角的"扫描阶段"按钮进入微调步骤。选择第一个载物台位置和右侧工具栏中的"变换"工具图标，以对参照进行精细对齐和缩放调整，以最好地匹配示例幻灯片叠加。使用屏幕底部的参考示例滑动条，在参考图像和示例图像之间切换。

并且放大和缩小功能来调整和实现每个幻灯片位置的对齐。实现最佳样品叠加后，通过选择右侧工具栏中的颜色选取器工具图标，在蒙版参考图像的彩色部分绘制铣削路径名称。通过选择屏幕右下角的"获取批注"按钮，将铣削路径绘制到样品载玻片上。

计算铣削路径时，使用四个或更少的铣削尖端捕获并收集带注释的感兴趣区域。左上角的铣削刀尖使用情况是根据覆盖的面积和所选的刀尖尺寸计算的。可以在铣削尖端箭头下更改尖端尺寸，并将重新计算尖端使用情况。

在第一个滑块位置选择铣削路径时，该路径将被复制到剩余的滑块位置上。选择屏幕右下角的"设置阶段"按钮，以便从收集管中以正确的名称在载物台上快速加载铣削尖端。用三毫升适合组织类型和下游核酸提取的适当解剖缓冲液填充储液罐。

然后，选择屏幕右下角的"剖析"按钮。自动解剖后，从载物台上取下收集管和解剖样品载玻片。将收集管放在管架中，将载玻片放在载玻片架中。

将异种移植物中含有转移性结直肠癌的H&E染色福尔马林，固定石蜡包埋和新鲜冷冻小鼠肝脏切片在20倍放大倍率下在整个载玻片成像仪上扫描，并用作参考载玻片。H&E染色的参考载玻片被注释并数字掩盖肿瘤区域以进行解剖和核酸提取。解剖后的样品载玻片被H&E染色，以确认10微米和20微米载玻片中的解剖区域。

捕获的指标证明了自动解剖和核酸提取的成功。尝试此协议时，请记住，在未染色的幻灯片上实现相对准确的注释叠加对于隔离感兴趣区域非常重要。