该协议允许我们使用减少的蜱虫数量,从而降低菌落维护的成本并减少蜱虫喂养所需的椎骨动物数量。该协议大约需要 20 个即时报价。然而,除了使用小样本量之外,主要优点是该协议可以应用于多种蜱虫物种和不同的生命阶段。
除了蜱解剖或应用于宿主 - 寄生虫相互作用外,病原体感染对microRNA分泌的影响以及生理变化对蜱虫分泌的microRNA的影响。首先,通过将胎牛血清、磷酸色糖肉汤、10% 脂蛋白胆固醇浓缩物、5% 碳酸氢钠、HEPES 和 L15C300 培养基加入 26.3 毫升聚碳酸酯离心瓶中来制备无囊泡培养基,并根据需要调整体积。现在将培养基在4摄氏度下以100, 000倍G超速离心18小时。
小心地除去上清液而不干扰沉淀,并将上清液转移到新鲜的离心管中。再次超速离心管。取上清液并通过0.22微米过滤器以去除污染物。
将上清液移液到50毫升离心管中,并将其储存在零下20摄氏度直至需要或长达三年。在24孔培养板的每个孔中向500微升无囊泡培养基中加入适量的抗生素。现在,将PBS与利福平添加到不含无囊泡培养基的孔中,以防止细菌生长。
在解剖显微镜下将蜱虫放在带有双面地毯胶带的载玻片上。在解剖之前,将含有利福平的PBS加入蜱虫中,并使用四毫米的Vannas剪刀,在每个雌性的侧面做一个约一毫米的切口。现在,去除蜱的背侧和唾液腺,然后将20至40个蜱唾液腺放入500微升无囊泡培养基中,添加到24孔组织培养处理板中的单个孔中。
将唾液腺样品在32摄氏度下孵育24小时,以允许细胞外囊泡的分泌。在孵育结束时,将所有含有唾液腺的培养基移液到1.5毫升微量离心管中,并在4摄氏度下以300倍G离心10分钟。将上清液转移到新的1.5毫升微量离心管中。
稍后将含有唾液腺的沉淀重悬于RNA中,并在零下80摄氏度下储存,直到使用或无限期使用。现在,通过将上清液在4摄氏度下以2, 000倍G离心10分钟来除去细胞碎片,并将上清液移液到新的1.5毫升微量离心管中。接下来,在4摄氏度下以10, 000倍G离心30分钟以除去凋亡小体和较大的细胞外囊泡,并将上清液转移到新鲜的1.5毫升微量离心管中。
然后将一微米尼龙注射器过滤器组装在10毫升注射器上,并将其保持在超速离心管上。然后加入样品并用10毫升PBS填充注射器。将上清液通过过滤器进入管中。
过滤和平衡试管后,将它们放入 70 Ti 转子中,并在 100, 000 倍 G 下在 4 摄氏度下超速离心管 18 小时。浓缩的细胞外囊泡在超速离心后形成沉淀。在不干扰沉淀的情况下除去上清液,并将沉淀重悬于PBS中。
将500微升细胞外囊泡移液到300K离心过滤器中,并在环境温度下以8, 000倍G离心10分钟,并重复此过程,直到过滤所有细胞外囊泡。最后,向色谱柱中加入400微升灭菌的PBS并充分混合以去除附着在膜上的细胞外囊泡。然后将样品放入1.5毫升DNAase Free RNAse管中。
细胞外囊泡的浓度和大小根据雌性、雄性和若虫的生物学重复之间的蜱的性别和生命阶段而变化。对于所有合并的生物学重复,观察到相似的结果。对从唾液腺分离的小RNA的分析显示出与核糖体RNA和microRNA对应的条带。
然而,从唾液腺分离的囊泡中不存在核糖体RNA,从细胞外囊泡纯化的microRNA样品显示出更多的降解。富集后,从EV纯化的microRNA样品显示出最小的降解和足够的microRNA浓度用于cDNA文库合成。获得cDNA文库制备后,预期的条带大小约为150个碱基对,这意味着RNA cDNA文库很小。
在无囊泡制备过程中,请确保遵循防止外部囊泡污染的步骤。在孔板制备过程中,确保添加抗生素以防止蜱虫微生物组的细菌污染。使用该协议提取的microRNA可用于分析和功能实验,以验证microRNA的作用,例如预测microRNA途径靶标,抑制和模拟实验。