单分子方法已被用于研究端粒蛋白-DNA 相互作用。然而，制备具有端粒重复基序的单分子构建体仍然是一项具有挑战性的任务。在该协议中，我们概述了表达和纯化 TRF2 蛋白、制备端粒 DNA、设置单分子机械测定和分析所得数据的步骤。

单分子工具是探索端粒蛋白质-DNA 相互作用的强大技术。单分子力学方法，如磁镊、光镊和 AFM，已被用于研究 TRF2 依赖性 DNA 畸变，揭示 TRF2 介导的人端粒染色质柱状堆积，并观察端粒酶催化的存在以及其他应用。我们使用单分子磁镊研究了端粒 DNA-蛋白质相互作用，从而能够精确测量在施加力下延伸变化和蛋白质-DNA 相互作用的持续时间。

从这些测量中，我们得出了端粒 DNA-蛋白质复合物的解离动力学。此外，揭示了这些复合物内环的形成。使用冷冻电镜、X 射线晶体学和 NMR 解析了与 DNA 复合体的端粒结合蛋白的许多结构。

这些结构见解促进了我们对端粒蛋白质-DNA 相互作用的理解。为了进一步研究这些相互作用的动力学，我们开发了一种专门用于研究端粒蛋白质-DNA 相互作用的单分子力学方法。单分子工具是研究端粒处蛋白质-DNA 相互作用的强大技术。

这些方法对于拓扑构象和分析蛋白质-DNA 结合和解离的动力学特别有价值。