Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA

Whole transcriptome sequencing by mRNA-Seq is now used extensively to perform global gene expression, mutation, allele-specific expression and other ...

Morgridge Institute for Research

Wir &uuml;berpr&uuml;fen die Einzelkomponenten zu menschlichen embryonalen Stammzellen (ESC) und induzierte pluripotente Stammzellen (iPSC) Kultur und formulieren ein Zellkultursystem, in welche alle Protein Reagenzien f&uuml;r fl&uuml;ssige Medien, Anlage Oberfl&auml;chen und Aufteilung chemisch definiert sind. Eine wesentliche Verbesserung ist das Fehlen einer Serum-Albumin-Komponente, wie Variationen entweder Tier oder Mensch-Quellen Albumin stapelweise zuvor menschlichen ESC und iPSC-Kultur mit Inkonsistenzen geplagt haben. Mit diesem neuen Medium (E8) und spezifischer-beschichteten Oberfl&auml;chen, demonstrieren wir verbesserte Ableitung Wirkungsgrade von Vektor-freien menschlichen iPSCs mit einem episomale Ansatz. Dieses vereinfachte E8-Medium sollte Forschung Verwendung sowohl die klinischen Anwendungen der menschlichen WSR und iPSCs und ihre Derivate erleichtern und auf andere Neuprogrammierung Methoden anwendbar sein sollte.

Chemisch definierte Bedingungen f&uuml;r menschliche iPSC Ableitung und Kultur.

Abbiamo riesaminare i singoli componenti per cellule staminali embrionali (ESC) e induced pluripotent stem cell (iPSC) cultura e formulare un sistema di coltura cellulare in cui tutte le proteine reagenti per media liquidi, superfici e spaccare chimicamente definiti. Un importante miglioramento &egrave; la mancanza di un componente del siero albumina, come variazioni in entrambi lotti di albumina animale o umana-provenienza precedentemente hanno afflitto la cultura umana ESC e iPSC con incoerenze. Utilizzando questo nuovo medium (E8) e superfici verniciate vitronectina, dimostrare la derivazione migliorata efficienza delle iPSCs free vector umano con un approccio episomal. Questo mezzo E8 semplificato dovrebbe facilitare sia l&#39;uso di ricerca e applicazioni cliniche della CES umane e iPSCs e loro derivati e dovrebbe essere applicabile ad altri metodi di riprogrammazione.

Chimicamente definite condizioni di derivazione umana iPSC e cultura.

&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x30D2;&#x30C8;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE; &#xFF08;ESC&#xFF09; &#x306E;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x518D;&#x691C;&#x8A0E;&#x3057;&#x8A98;&#x5C0E;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE; (iPSC) &#x6587;&#x5316;&#x3068;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x6DB2;&#x4F53;&#x30E1;&#x30C7;&#x30A3;&#x30A2;&#x3001;&#x6DFB;&#x4ED8;&#x306E;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D5;&#x30A7;&#x30B9;&#x3001;&#x5206;&#x5272;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A66;&#x85AC;&#x306F;&#x3001;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x57F9;&#x990A;&#x7CFB;&#x3092;&#x7B56;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3069;&#x3061;&#x3089;&#x304B;&#x52D5;&#x7269;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x4EBA;&#x9593;&#x4F9B;&#x7D66;&#x30A2;&#x30EB;&#x30D6;&#x30DF;&#x30F3; &#x30D0;&#x30C3;&#x30C1;&#x306E;&#x30D0;&#x30EA;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306F;&#x4EE5;&#x524D;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; esc &#x30AD;&#x30FC;&#x3068; iPSC &#x6587;&#x5316;&#x77DB;&#x76FE;&#x3092;&#x60A9;&#x307E;&#x305B;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3001;&#x4E3B;&#x8981;&#x306A;&#x6539;&#x5584;&#x3001;&#x8840;&#x6E05;&#x30A2;&#x30EB;&#x30D6;&#x30DF;&#x30F3; &#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x6B20;&#x5982;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x65B0;&#x3057;&#x3044;&#x5A92;&#x4F53; (E8) &#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30D3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30CD;&#x30AF;&#x30C1;&#x30F3;&#x5857;&#x88C5;&#x9762;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;episomal &#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3068;&#x7121;&#x6599;&#x30D9;&#x30AF;&#x30C8;&#x30EB; &#x30D2;&#x30C8; ips &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6539;&#x826F;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6D3E;&#x751F;&#x52B9;&#x7387;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x7C21;&#x7565;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F; E8 &#x5A92;&#x4F53;&#x5229;&#x7528;&#x7814;&#x7A76;&#x3068;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E; Esc &#x3068; ips &#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x8A98;&#x5C0E;&#x4F53;&#x306E;&#x81E8;&#x5E8A;&#x5FDC;&#x7528;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x4ED6;&#x30EA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30DF;&#x30F3;&#x30B0;&#x624B;&#x6CD5;&#x306B;&#x9069;&#x7528;&#x3059;&#x308B;&#x5FC5;&#x8981;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x4EBA;&#x9593; iPSC &#x5C0E;&#x51FA;&#x3068;&#x6587;&#x5316;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5316;&#x5B66;&#x7684;&#x306B;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC778;&#xAC04; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC; (ESC)&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xB2E4;&#xC2DC; &#xC720;&#xB3C4; &#xB9CC;&#xB2A5; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC; (iPSC) &#xBB38;&#xD654; &#xBC0F; &#xACF5;&#xC2DD;&#xD654;&#xB294; &#xBAA8;&#xB4E0; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xC561;&#xCCB4; &#xBBF8;&#xB514;&#xC5B4;, &#xCCA8;&#xBD80; &#xC11C;&#xD53C;&#xC2A4; &#xBC0F; &#xBD84;&#xD560;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2DC; &#xC57D;&#xC740; &#xD654;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC815;&#xC758; &#xB41C; &#xC140; &#xBB38;&#xD654; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;. &#xC8FC;&#xC694; &#xAC1C;&#xC120;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5B4;&#xB290; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xB610;&#xB294; &#xC778;&#xAC04; &#xC6D0;&#xCC9C; &#xC54C; &#xBD80; &#xBBFC; &#xC77C;&#xAD04;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xC0AC; &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; &#xC2DC;&#xB2EC;&#xB824; &#xBD88;&#xC77C;&#xCE58;&#xC640; ESC &#xBC0F; iPSC &#xBB38;&#xD654; &#xD608; &#xCCAD; &#xC54C; &#xBD80; &#xBBFC; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C; &#xBD80;&#xC871; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xB9E4;&#xCCB4; (E8)&#xC640; vitronectin &#xCF54;&#xD305; &#xD45C;&#xBA74;&#xC5D0; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;, episomal &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xBCA1;&#xD130; &#xBB34;&#xB8CC; Ipscs&#xC758; &#xD5A5;&#xC0C1; &#xB41C; &#xD30C;&#xC0DD; &#xD6A8;&#xC728;&#xC131; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xB2E8;&#xC21C;&#xD654; &#xB41C; E8 &#xB9E4;&#xCCB4; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xACFC; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; Escs&#xC640; iPSCs &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC720;&#xB3C4;&#xCCB4;&#xC758; &#xC784;&#xC0C1; &#xC751;&#xC6A9;&#xC744; &#xC6A9;&#xC774; &#xD558; &#xAC8C; &#xD55C;&#xB2E4; &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB2E4;&#xB978; &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;&#xC744; &#xB2E4;&#xC2DC; &#xB9CC;&#xB4E4; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xC801;&#xC6A9; &#xB418;&#xC5B4;&#xC57C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC778;&#xAC04;&#xC758; iPSC &#xD30C;&#xC0DD; &#xBC0F; &#xBB38;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD654;&#xD559;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC815;&#xC758; &#xB41C; &#xC870;&#xAC74;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Nosotros examinar los componentes individuales de c&eacute;lulas madre embrionarias humanas (ESC) induced pluripotent stem cell (iPSC) cultura y formular un sistema de cultivo celular en que prote&iacute;na todos reactivos para medios l&iacute;quidos, superficies de apego y separaci&oacute;n se definen qu&iacute;micamente. Una mejora importante es la falta de un componente de la alb&uacute;mina s&eacute;rica, como variaciones en cualquiera de los dos lotes de alb&uacute;mina animal o humano-origen previamente han plagado a la cultura humana de la ESC y iPSC con inconsistencias. Con este nuevo medio (E8) y superficies recubiertas de vitronectina, demostramos derivaci&oacute;n mejorar eficiencias de iPSCs humana libre de vectores con un enfoque episomal. Este medio E8 simplificado debe facilitar tanto el uso de la investigaci&oacute;n y aplicaciones cl&iacute;nicas de la humanos CES y iPSCs y sus derivados y debe ser aplicable a otros m&eacute;todos de reprogramaci&oacute;n.

Condiciones definidas qu&iacute;micamente para derivaci&oacute;n de iPSC humano y la cultura.

&#x6211;&#x4EEC;&#x91CD;&#x65B0;&#x5BA1;&#x89C6;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE; (ESC) &#x7684;&#x4E2A;&#x522B;&#x7EC4;&#x4EF6;&#x548C;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE; &#xFF08;&#x5BA1;&#x9605;&#xFF09; &#x6587;&#x5316;&#xFF0C;&#x5E76;&#x5236;&#x8BA2;&#x6DB2;&#x4F53;&#x4ECB;&#x8D28;&#x3001; &#x9644;&#x4EF6;&#x66F2;&#x9762;&#x548C;&#x62C6;&#x5206;&#x8BD5;&#x5242;&#x5316;&#x5B66;&#x5B9A;&#x4E49;&#x4E2D;&#x7684;&#x6240;&#x6709;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x57F9;&#x517B;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x3002;&#x4E3B;&#x8981;&#x7684;&#x6539;&#x8FDB;&#x662F;&#x8840;&#x6E05;&#x767D;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x7EC4;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x7F3A;&#x5C11;&#x5206;&#x6279;&#x8981;&#x4E48;&#x6765;&#x6E90;&#x4E8E;&#x52A8;&#x7269;&#x6216;&#x4EBA;&#x4F53;&#x767D;&#x86CB;&#x767D;&#x53D8;&#x5F02;&#x4EE5;&#x524D;&#x4E00;&#x76F4;&#x56F0;&#x6270;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x7684; ESC &#x548C;&#x673A;&#x4F53;&#x529F;&#x80FD;&#x6587;&#x5316;&#x4E0E;&#x4E0D;&#x4E00;&#x81F4;&#x4E4B;&#x5904;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x8FD9;&#x79CD;&#x65B0;&#x5A92;&#x4F53; (E8) &#x548C;&#x4E0E;&#x53D7;&#x7CBE;&#x5173;&#x7CFB;&#x6D82;&#x5C42;&#x8868;&#x9762;&#xFF0C;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x65E0;&#x5411;&#x91CF;&#x7684;&#x9B54;&#x9B3C;&#x4E0E; episomal &#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6539;&#x8FDB;&#x7684;&#x63A8;&#x5BFC;&#x6548;&#x7387;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E2A;&#x7B80;&#x5316;&#x7684; E8 &#x5A92;&#x4F53;&#x5E94;&#x4FBF;&#x5229;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x4F7F;&#x7528;&#x548C;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x9B54;&#x9B3C;&#x548C;&#x5176;&#x884D;&#x751F;&#x7269;&#x7684;&#x4E34;&#x5E8A;&#x5E94;&#x7528;&#x548C;&#x5E94;&#x9002;&#x7528;&#x4E8E;&#x5176;&#x4ED6;&#x7684;&#x7F16;&#x7A0B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;

&#x5316;&#x5B66;&#x6210;&#x5206;&#x786E;&#x5B9A;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x673A;&#x4F53;&#x529F;&#x80FD;&#x63A8;&#x5BFC;&#x548C;&#x6587;&#x5316;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;

We re-examine the individual components for human embryonic stem cell (ESC) and induced pluripotent stem cell (iPSC) culture and formulate a cell culture system in which all protein reagents for liquid media, attachment surfaces and splitting are chemically defined. A major improvement is the lack of a serum albumin component, as variations in either animal- or human-sourced albumin batches have previously plagued human ESC and iPSC culture with inconsistencies. Using this new medium (E8) and vitronectin-coated surfaces, we demonstrate improved derivation efficiencies of vector-free human iPSCs with an episomal approach. This simplified E8 medium should facilitate both the research use and clinical applications of human ESCs and iPSCs and their derivatives, and should be applicable to other reprogramming methods.

Chemically defined conditions for human iPSC derivation and culture.

Nous r&eacute;examiner les composants individuels pour les cellules souches embryonnaires humaines (ESC) et induced pluripotent stem cell (iPSC) culture et &eacute;laborer un syst&egrave;me de culture cellulaire dans lequel toutes les prot&eacute;ines r&eacute;actifs pour milieux liquides, les surfaces de fixation et fractionnement sont chimiquement d&eacute;finis. Une am&eacute;lioration majeure est l&#39;absence d&#39;un composant de l&#39;albumine s&eacute;rique, comme les variations des deux lots d&#39;albumine ou homme-origine animale ont frapp&eacute; auparavant la culture humaine ESC et iPSC d&#39;incoh&eacute;rences. Utilisant ce nouveau m&eacute;dia (E8) et les surfaces enduit la vitronectine, nous d&eacute;montrons l&#39;efficacit&eacute; am&eacute;lior&eacute;e de d&eacute;rivation du CISP exempt de vecteur humain avec une approche &eacute;pisomiques. Ce milieu E8 simplifi&eacute; devrait faciliter l&#39;utilisation de la recherche tant des applications cliniques de ces humains et CISP et leurs d&eacute;riv&eacute;s et devrait s&#39;appliquer &agrave; d&#39;autres m&eacute;thodes de reprogrammation.

Conditions chimiquement d&eacute;finies pour la d&eacute;rivation de l&#39;iPSC humaine et de la culture.

&#x6211;&#x4EEC;&#x9AD8;&#x8D28;&#x91CF;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x8D28;&#x8C31;&#x3001; &#x7B49;&#x538B;&#x6807;&#x8BB0;&#x4E0E;&#x8F6F;&#x4EF6;&#x76F8;&#x7ED3;&#x5408;&#xFF0C;&#x4E3A;&#x591A;&#x8DEF;&#x590D;&#x7528;&#xFF0C;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x86CB;&#x767D;&#x5B9A;&#x91CF;&#x62A5;&#x544A;&#x6DF1;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x62A5;&#x9053;&#x56DB;&#x4EBA;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x4E00;&#x5F0F;&#x4E09;&#x4EFD;&#x56DB;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x7684;&#x591A;&#x529F;&#x80FD;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7CFB;&#x3002;&#x8FD9; 24 &#x6837;&#x672C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x4E86;&#x88AB;&#x53D1;&#x73B0;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x7F51;&#x7AD9;&#x7684;&#x591A;&#x80FD;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x975E;&#x5E38;&#x5927;&#x5957;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6240;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7684;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x5206;&#x6790;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x5FAE;&#x5999;&#x4F46;&#x53EF;&#x91CD;&#x73B0;&#x5DEE;&#x5F02;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x548C;&#x86CB;&#x767D;&#x78F7;&#x9178;&#x5316;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x591A;&#x80FD;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5408;&#x5E76;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x7ED3;&#x679C;&#x4E0E; RNA seq &#x5206;&#x6790;&#x6570;&#x636E;&#xFF0C;&#x53D1;&#x73B0;&#x8DE8;&#x6BCF;&#x4E00;&#x5C42;&#x7684;&#x8C03;&#x63A7;&#x529F;&#x80FD;&#x76F8;&#x5173;&#x7684;&#x5DEE;&#x5F02;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x5F15;&#x5165;&#x4E86;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7EC4;&#x5B66;&#x8D44;&#x6599;&#x5E93; (SCOR)&#xFF0C;&#x8981;&#x6574;&#x7406;&#x548C;&#x8DE8;&#x591A;&#x4E2A;&#x5E73;&#x9762;&#x7684;&#x6D4B;&#x91CF;&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC;&#x57FA;&#x56E0;&#x3001; &#x86CB;&#x767D;&#x548C;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x540E;&#x7684;&#x4FEE;&#x6539;&#x663E;&#x793A;&#x5B9A;&#x91CF;&#x4FE1;&#x606F;&#x7684;&#x8D44;&#x6E90;&#x3002;

&#x4EBA;&#x7C7B; ES &#x4E0E; iPS &#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7EC4;&#x5B66;&#x548C; phosphoproteomic &#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x3002;

Combining high-mass-accuracy mass spectrometry, isobaric tagging and software for multiplexed, large-scale protein quantification, we report deep proteomic coverage of four human embryonic stem cell and four induced pluripotent stem cell lines in biological triplicate. This 24-sample comparison resulted in a very large set of identified proteins and phosphorylation sites in pluripotent cells. The statistical analysis afforded by our approach revealed subtle but reproducible differences in protein expression and protein phosphorylation between embryonic stem cells and induced pluripotent cells. Merging these results with RNA-seq analysis data, we found functionally related differences across each tier of regulation. We also introduce the Stem Cell-Omics Repository (SCOR), a resource to collate and display quantitative information across multiple planes of measurement, including mRNA, protein and post-translational modifications.

Proteomic and phosphoproteomic comparison of human ES and iPS cells.

La combinaison de la spectrom&#xE9;trie de masse &#xE0; haute masse exactitude, marquage isobarique et de logiciels pour multiplex&#xE9;e, la quantification des prot&#xE9;ines &#xE0; grande &#xE9;chelle, nous pr&#xE9;sentons la couverture profonde prot&#xE9;omique de quatre cellules souches embryonnaires humaines et de quatre lignes induits de cellules souches pluripotentes, en trois exemplaires biologique. Cette comparaison de 24 &#xE9;chantillons abouti &#xE0; un ensemble tr&#xE8;s grand nombre de prot&#xE9;ines identifi&#xE9;es et des sites de phosphorylation dans les cellules pluripotentes. L&#x26;#39;analyse statistique offerte par notre approche a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; des diff&#xE9;rences subtiles mais reproductible &#xE0; l&#x26;#39;expression des prot&#xE9;ines et la phosphorylation des prot&#xE9;ines entre les cellules souches embryonnaires et les cellules pluripotentes induites. La fusion de ces r&#xE9;sultats avec les donn&#xE9;es d&#x26;#39;analyse d&#x26;#39;ARN-suivants, nous avons trouv&#xE9; des diff&#xE9;rences fonctionnellement li&#xE9;s &#xE0; travers chaque niveau de la r&#xE9;glementation. Nous introduisons &#xE9;galement des cellules souches-omiques Repository (SCOR), une ressource de rassembler et d&#x26;#39;afficher des informations quantitatives &#xE0; travers des plans multiples de mesure, y compris l&#x26;#39;ARNm, de prot&#xE9;ines et modifications post-traductionnelles.

Comparaison prot&#xE9;omique et Phosphoproteomic des ES humaines et de cellules IPS

Kombination von Masse-hochpr&auml;zise Massenspektrometrie, Isobare Etikettieren und Software f&uuml;r Multiplex, gro&szlig; angelegte Protein Quantifizierung, berichten wir Tiefe Proteomic Abdeckung der vier menschlichen embryonalen Stammzellen und vier induzierten pluripotenten Stammzelllinien in biologischen dreifacher. Dieser 24-Stichproben-Vergleich ergab eine sehr gro&szlig;e Gruppe von identifizierten Proteine und Phosphorylierung Standorte in pluripotente Zellen. Die statistische Analyse von unserem Ansatz geboten offenbart subtil, aber reproduzierbare Unterschiede Proteinexpression und Proteinphosphorylierung zwischen embryonalen Stammzellen und induzierte pluripotente Zellen. Diese Ergebnisse mit RNA-Seq-Analyse-Daten zusammenf&uuml;hren, fanden wir verwandeten Unterschiede auf jeder Ebene der Verordnung. Wir f&uuml;hren auch die Stammzelle-Omics Repository (SCOR), eine Ressource von collate und quantitative Informationen &uuml;ber mehrere Ebenen der Messung, einschlie&szlig;lich mRNA, Protein und &Uuml;bersetzungs&auml;nderungen angezeigt.

Proteomic und Phosphoproteomic Vergleich der menschlichen es- und iPS-Zellen.

Combinando la spettrometria di massa ad alta precisione-massa, tagging isobarico e il software per multiplex, quantificazione di proteine su larga scala, riportiamo proteomic profonda copertura delle quattro cellule staminali embrionali e quattro linee di cellule staminali pluripotenti indotte in triplice copia biologica. Questo confronto 24-campione ha provocato un insieme molto ampio di proteine identificate e siti di fosforilazione nelle cellule pluripotenti. L&#39;analisi statistica fornita dal nostro approccio ha rivelato differenze sottili ma riproducibile nell&#39;espressione della proteina e fosforilazione della proteina tra le cellule staminali embrionali e cellule pluripotenti indotte. Unendo questi risultati con i dati dell&#39;analisi RNA-seq, abbiamo trovato differenze funzionalmente correlate attraverso ogni livello del regolamento. Presentiamo inoltre le cellule staminali-Omics Repository (SCOR), una risorsa per fascicolare e visualizzare informazioni quantitative attraverso molteplici piani di misurazione, tra cui mRNA, proteine e traslazionali.

Confronto proteomico e phosphoproteomic di ES umane e cellule iPS.

&#x591A;&#x91CD;&#x5316;&#x3001;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7528;&#x306E;&#x9AD8;&#x8CEA;&#x91CF;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3001;&#x8CEA;&#x91CF;&#x5206;&#x6790;&#x3001;&#x91CD;&#x4F53;&#x30BF;&#x30AE;&#x30F3;&#x30B0;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30BD;&#x30D5;&#x30C8;&#x30A6;&#x30A7;&#x30A2;&#x3092;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;4&#x3064;&#x306E;&#x30D2;&#x30C8;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x306A;&#x4E09;&#x91CD;&#x306E;4&#x3064;&#x306E;&#x4EBA;&#x5DE5;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x306E;&#x6DF1;&#x3044;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x30AB;&#x30D0;&#x30EC;&#x30C3;&#x30B8;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3059;&#x308B;&#x3002;&#x3053;&#x306E;24&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x306F;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x7D71;&#x8A08;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x4EBA;&#x5DE5;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x7D30;&#x80DE;&#x9593;&#x306E;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3068;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x5316;&#x306E;&#x5FAE;&#x5999;&#x306A;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x518D;&#x73FE;&#x6027;&#x306E;&#x9055;&#x3044;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002; RNA-seq&#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3068;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x30DE;&#x30FC;&#x30B8;&#x3057;&#x3001;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5404;&#x968E;&#x5C64;&#x9593;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x7684;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x306E;&#x76F8;&#x9055;&#x70B9;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x30AA;&#x30DF;&#x30C3;&#x30AF;&#x30B9;&#x30EA;&#x30DD;&#x30B8;&#x30C8;&#x30EA;&#xFF08;SCOR&#xFF09;&#x306F;&#x3001;mRNA&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3001;&#x7FFB;&#x8A33;&#x5F8C;&#x4FEE;&#x98FE;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x6E2C;&#x5B9A;&#x306E;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x9762;&#x306B;&#x308F;&#x305F;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x5B9A;&#x91CF;&#x7684;&#x306A;&#x60C5;&#x5831;&#x3092;&#x7167;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x8868;&#x793A;&#x3059;&#x308B;&#x30EA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3092;&#x3054;&#x7D39;&#x4ECB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30D2;&#x30C8;ES&#x3084;iPS&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30D7;&#x30ED;&#x30C6;&#x30AA;&#x30FC;&#x30E0;&#x3068;Phosphoproteomic&#x6BD4;&#x8F03;

&#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xC778;&#xAC04; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xD559;&#xC801; 3 &#xC911;&#xC5D0; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xC720;&#xB3C4; &#xB9CC;&#xB2A5; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC; &#xB77C;&#xC778;&#xC758; &#xAE4A;&#xC740; proteomic &#xBC94;&#xC704; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xC911;&#xD654;, &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC815;&#xB7C9;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB192;&#xC740; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D;, &#xB4F1; &#xD0DC;&#xADF8;&#xC640; &#xC18C;&#xD504;&#xD2B8;&#xC6E8;&#xC5B4;&#xB97C; &#xACB0;&#xD569;. &#xC774; 24-&#xC0D8;&#xD50C; &#xBE44;&#xAD50; &#xD655;&#xC778; &#xB41C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC0F; &#xC778; &#xC0B0;&#xD654; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; pluripotent &#xC140;&#xC5D0; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xD070; &#xC9D1;&#xD569; &#xADC0;&#xCC29;&#xB418; &#xC5C8; &#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xD1B5;&#xACC4; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;&#xC640; &#xC720;&#xB3C4; &#xB9CC;&#xB2A5; &#xC138;&#xD3EC; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC1C;&#xD604; &#xBC0F; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC778; &#xC0B0;&#xD654;&#xC5D0; &#xBBF8;&#xBB18; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC7AC;&#xD604;&#xD560; &#xC218; &#xCC28;&#xC774; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xADDC;&#xC81C;&#xC758; &#xAC01; &#xACC4;&#xCE35;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xCC28;&#xC774; &#xBC1C;&#xACAC; RNA seq &#xBD84;&#xC11D; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBCD1;&#xD569;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C;&#xB97C; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;-Omics &#xC800;&#xC7A5;&#xC18C; (SCOR), &#xB300;&#xC870; &#xBC0F; &#xCE21;&#xC815;, mRNA, &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC0F; &#xD3EC;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xBC88;&#xC5ED; &#xC0C1; &#xC218;&#xC815;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xD3C9;&#xBA74;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC815;&#xB7C9;&#xC801; &#xC778; &#xC815;&#xBCF4;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xB9AC;&#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C; &#xC18C;&#xAC1C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC778;&#xAC04;&#xC758; ES&#xC640; iPS &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; phosphoproteomic &#xBC0F; Proteomic &#xBE44;&#xAD50;.

La combinaci&#xF3;n de alta precisi&#xF3;n la masa de espectrometr&#xED;a de masas, el etiquetado isob&#xE1;rica y software para la multiplexaci&#xF3;n, la cuantificaci&#xF3;n de prote&#xED;nas a gran escala, se presenta una cobertura profunda prote&#xF3;mico de cuatro c&#xE9;lulas madre embrionarias humanas pluripotentes inducidas y cuatro l&#xED;neas de c&#xE9;lulas madre biol&#xF3;gica, por triplicado. Esta comparaci&#xF3;n de 24 muestras dio como resultado un conjunto muy grande de las prote&#xED;nas identificadas y los sitios de fosforilaci&#xF3;n en las c&#xE9;lulas pluripotentes. El an&#xE1;lisis estad&#xED;stico que ofrece nuestro enfoque revela diferencias sutiles, pero reproducibles en la expresi&#xF3;n de las prote&#xED;nas y la fosforilaci&#xF3;n de prote&#xED;nas entre las c&#xE9;lulas madre embrionarias y las c&#xE9;lulas pluripotentes inducidas. La fusi&#xF3;n de estos resultados con los datos del an&#xE1;lisis de ARN y siguientes, encontramos diferencias funcionalmente relacionados a trav&#xE9;s de cada nivel de la regulaci&#xF3;n. Se introduce tambi&#xE9;n el de c&#xE9;lulas madre-&#xF3;micas repositorio (SCOR), un recurso para recopilar y mostrar informaci&#xF3;n cuantitativa a trav&#xE9;s de planos m&#xFA;ltiples de medici&#xF3;n, incluyendo el ARNm, prote&#xED;nas y modificaciones post-traduccionales.

Jennifer M. Bolin

Regenerative Biology

Morgridge Institute for Research

Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA

Jennifer M. Bolin

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Morgridge Institute for Research

Single Read and Paired End mRNA-Seq Illumina Libraries from 10 Nanograms Total RNA

Regenerative Biology