Die Habitattrennung beschreibt die Aufteilung eines weiten, kontinuierlichen Lebensraums in kleinere, getrennte Gebiete. Menschliche Aktivitäten wie Veränderungen der Landflächen sowie langsamere geologische Prozesse, die zu Veränderungen in der physischen Umgebung führen, sind die beiden Hauptursachen für die Trennung von Lebensräumen. Der Trennungsprozess folgt in der Regel den gleichen Schritten: Perforation, Sezierung, Fragmentierung, Verkleinerung und Verschleiß.

Perforation und Sezieren treten oft in den Anfangsstadien der Landentwicklung auf. Beispielsweise stört die Rodung unbebauter Flächen für den Hausbau (d. h. Perforation) oder Straßenbau (d. h. Sezieren) den ansonsten kontinuierlichen Lebensraum. Wiederholte Perforation oder Sezierung des Habitats oder eine Kombination von beidem schafft einen zunehmend getrennten Lebensraum – (d. h. Fragmentierung).

Verkleinerung und Verschleiß folgen häufig nach der Trennung. Die Landbebauung breitet sich aus, bis die verbleibenden unbebauten Flächen kleiner werden (d. h. Verkleinerung) oder vollständig verschwinden (d. h. Verschleiß). Die anhaltende Zerstörung und Fragmentierung von Lebensräumen verringert die Verfügbarkeit von Lebensräumen, was sich auf die biologische Vielfalt auswirkt.

Fragmentiertes Land besteht aus Rand- und Innenräumen. Die Ränder fragmentierter Lebensräume sind besonders anfällig für Umweltstörungen wie Unwetter. Größere Habitatfragmente halten Grenzeffekten besser stand als kleinere Fragmente. Grenzeffekte breiten sich weiter aus und bedrohen den inneren Lebensraum, wenn das Verhältnis zwischen Rand-zum-Inneren-Lebensraum hoch ist.

Kleine Fragmente unterstützen weniger Artenvielfalt, da: 1) Grenzeffekte eine Instabilität des Lebensraums schaffen, 2) einige Arten einen großen Lebensraum benötigen und 3) kleine, isolierte Populationen langfristig nicht nachhaltig sind. Wenn ein Lebensraum stark fragmentiert ist, steigt das Risiko des Artensterbens, da die einheimischen Arten den Zugang zu einem geeigneten Lebensraum verlieren. Dieses Risiko wird weiter verstärkt, wenn eine Art nicht in der Lage ist, zwischen den Landteilen zu reisen, und der Genfluss eingeschränkt wird.

Die Wiederanbindung fragmentierter Lebensräume trägt dazu bei, die Auswirkungen der Fragmentierung von Lebensräumen zu mildern. Abgesehen von Wildtierübergängen verbinden Trittsteine Lebensräume, indem sie kleine Flecken mit geeignetem Lebensraum zwischen größeren Lebensraumgebieten bieten. Bedeutende, geschützte Lebensräume wie Naturschutzgebiete und Nationalparks bieten sichere Umgebungen für Arten, die ohne weitere menschliche Aktivitäten gedeihen können. Studien der Habitatfragmentierung versuchen ihre Auswirkungen auf die biologische Vielfalt zu verstehen und geeignete Reaktionen zu bestimmen, um ihre nachteiligen Auswirkungen zu verringern.