A fragmentação do habitat descreve a divisão de um habitat mais extenso e contínuo em áreas menores e descontínuas. Atividades humanas, como a conversão de terras, bem como processos geológicos mais lentos que levam a mudanças no ambiente físico, são as duas principais causas de fragmentação do habitat. O processo de fragmentação normalmente segue os mesmos passos: perfuração, dissecção, fragmentação, encolhimento, e desgaste.

Perfuração e dissecação ocorrem frequentemente durante os estágios iniciais do desenvolvimento da terra. Por exemplo, a limpeza de terras não desenvolvidas para construir uma casa (ou seja, perfuração) ou estrada (ou seja, dissecção) interrompe o habitat contínuo. A perfuração ou dissecção repetida do habitat, ou uma combinação de ambos, cria um habitat cada vez mais desconectado - (ou seja, fragmentação).

Encolhimento e desgaste seguem-se geralmente após a fragmentação. O desenvolvimento da terra espalha-se até que as demais áreas não desenvolvidas se tornam menores (ou seja, encolhimento) ou desaparecem completamente (ou seja, desgaste). A contínua destruição e fragmentação do habitat reduzem a disponibilidade de habitat, o que impacta a biodiversidade.

A terra fragmentada consiste em habitats de bordas e interiores. As bordas dos habitats fragmentados são particularmente vulneráveis a distúrbios ambientais, como o clima severo. Fragmentos de habitat maiores suportam efeitos de borda melhor do que fragmentos menores. Os efeitos da borda espalham-se mais para dentro e ameaçam o habitat interior quando a relação borda-interior do habitat é alta.

Pequenos fragmentos suportam menos biodiversidade porque: 1) efeitos de borda criam instabilidade de habitat, 2) algumas espécies requerem um grande habitat, e 3) pequenas populações isoladas são insustentáveis a longo prazo. Se um habitat é fortemente fragmentado, o risco de extinção de espécies aumenta à medida que as espécies nativas perdem o acesso a um habitat adequado. Esse risco é agravado se uma espécie não puder viajar entre os fragmentos, e o fluxo genético é restrito.

A reconexão de habitats fragmentados ajuda a mitigar os efeitos da fragmentação do habitat. Além dos corredores para vida selvagem, os trampolins reconectam os habitats oferecendo pequenas porções de habitat adequado entre áreas de habitat maiores. Habitats significativos e protegidos, como reservas naturais e parques nacionais, apresentam ambientes seguros para as espécies prosperarem sem atividade humana adicional. Estudos de fragmentação de habitat visam entender os seus efeitos sobre a biodiversidade e determinar respostas adequadas para reduzir os seus efeitos prejudiciais.