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Environmental Microbiology

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Quantifizierung der ökologischen Mikroorganismen und Viren mit qPCR

Überblick

Quelle: Labors von Dr. Ian Pfeffer und Dr. Charles Gerba - Arizona University
Demonstrierende Autor: Bradley Schmitz

Quantitative Polymerase-Kettenreaktion (qPCR), auch bekannt als Real-Time PCR ist eine weit verbreitete molekulare Technik zum Auflisten von Mikroorganismen in der Umwelt. Vor dieser Ansatz war die Quantifizierung von Mikroorganismen beschränkt sich weitgehend auf klassische Kultur-basierte Techniken. Jedoch die Kultivierung von Mikroorganismen aus Umweltproben besonders schwierig sein kann, und es wird in der Regel gehalten, die so wenig wie 1 bis 10 % der Mikroorganismen in Umweltproben nachweisbar mit diesen Techniken sind. Das Aufkommen der qPCR Umweltmikrobiologie Forschung hat daher erweiterte Bereich stark dadurch, dass für die genauere Bestimmung der Konzentration von Mikroorganismen wie z. B. die krankheitsverursachenden Erregern in Umweltproben. Eine wichtige Einschränkung der qPCR als angewandte mikrobiologische Technik ist jedoch, dass lebende, lebensfähige Populationen aus inaktiv oder nicht-lebenden Populationen unterscheiden lassen.

Dieses Video veranschaulicht die Verwendung der qPCR, Paprika mild Mottle Virus aus einer ökologischen Wasserprobe zu erkennen.

Verfahren

1. die Probenahme

  1. Boden mit einer Schnecke zu sammeln oder zu einer bestimmten Tiefe Schaufel. Wenn Boden von der Rhizosphäre sammeln, sammeln Sie nur Boden innerhalb von 7 mm rund um Pflanzenwurzel, durch überschüssige Erde von der Wurzel schlagen und kratzen gewünschte Boden in ein Fass Sammlung.
  2. Legen Sie eine sterile Nalgene Flasche in DIP Stick. Halten Sie das Ende des Stockes und sammeln Sie Wasser durch Eintauchen der Flasche zu. Stellen Sie die Flasche in eine Kühlbox mit Eis.
  3. Über

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Anwendung und Zusammenfassung

Die Fähigkeit zu quantifizieren gezielter genomische Segment, die Kopien mit der qPCR-Technik in einer Reihe von wissenschaftlichen Bereichen von Bedeutung ist. Anwendungsbeispiele sind:

(1) Krankheitserreger im Wasser, Boden, Nahrung, Oberflächen, etc.auflisten.

Real-Time PCR wird genutzt, um Krankheitserreger in verschiedenen Umgebungen aufgelistet werden. Während der Ausbrüche können die Erreger von Interesse, die Quelle verursacht Verbreitung finde...

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Referenzen

  1. Zhang, T., Breitbart, M., et al. RNA Viral Community in Human Feces: Prevalence of Plant Pathogenic Viruses. PLoS Biology. 4, e3 (2005).
  2. Haramoto, E., et al. Occurrence of Pepper Mild Mottle in Drinking Water Sources in Japan. Applied Environmental Microbiology. 79, 7413-7418 (2013).

pringen zu...

0:00

Overview

1:20

Principles of qPCR

3:51

Sample Collection and qRT-PCR Setup

7:54

Applications

9:29

Summary

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