環境微生物やウイルスを使用しての qPCR の定量化

概要

ソース: ドクターペッパー イアン博士チャールズ Gerba - アリゾナ大学所
示す著者: ブラッドリー ・ シュミッツ

量的なポリメラーゼの連鎖反応 (qPCR)、リアルタイム PCR とも呼ばれますは、環境中の微生物を列挙するため広く使われている分子手法です。このアプローチの前に、微生物の定量化は、古典文化ベースの技術の主に限られていた。環境試料からの微生物の培養は、特に困難になることができ、それは一般的に微生物の環境試料中に存在の 1 ~ 10% がこれらの技術を使用して検出数が開催されます。環境微生物学研究の qPCR の出現が病気の原因となるなどの微生物の濃度より正確な測定を可能にする大きくしてフィールドを進んでいるしたがって環境試料中の病原体。しかし、応用微生物学的手法として qPCR の重要な制限事項は、非アクティブまたは非生物の集団生活、実行可能な人口を区別できないが、です。

このビデオでは、環境水サンプルからトウガラシマイルドモットル ウイルスを検出する qPCR の使用を示します。

手順

1. サンプル コレクション

  1. オーガーを使用して土壌を収集または決められた深さをシャベルで掘る。根から土を集めて、ルートから余分な土壌を押すとコレクション バレルに希望の土壌を削りによって植物根周り 7 mm 以内の土壌を収集のみ。
  2. 棒を浸漬に滅菌 Nalgene 瓶を配置します。棒の端を保持し、ボトルを水没によって水を収集します。氷をクーラーにボトルを置きます。
  3. 研究室にサンプルを転送します。

2. 核酸抽出

  1. 収集した試料から微生物を分離してそれらから DNA や RNA を抽出するには、コミュニティによる核酸抽出にゼウス科学教育ビデオを参照してください。

3. 逆のトランスクリプション

  1. 試金される遺伝物質が RNA の場合逆転写 PCR に進む前にを介して相補的 DNA (cDNA) を生成する使用する必要があります。詳細については、ゼウス科学教育 RT-PCR のビデオを参照してくだ

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申請書と概要

定量化する能力は、qPCR 法によるコピー、科学分野の数に重要なゲノム セグメントを対象と。次の使用例アプリケーション

(1) 水、土壌、食品、表面、の病原体を列挙します。

リアルタイム PCR を利用して、さまざまな環境における病原体を列挙します。流行中に広がりの原因の源を見つけるに関心の病原体の水と土のサンプルを分析できま...

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参考文献
  1. Zhang, T., Breitbart, M., et al. RNA Viral Community in Human Feces: Prevalence of Plant Pathogenic Viruses. PLoS Biology. 4, e3 (2005).
  2. Haramoto, E., et al. Occurrence of Pepper Mild Mottle in Drinking Water Sources in Japan. Applied Environmental Microbiology. 79, 7413-7418 (2013).
タグ
Quantitative Polymerase Chain ReactionQPCRMicroorganismsVirusesEnvironmental SampleDNA SequencesMicrobial DetectionPCR MethodologiesActively Growing MicrobesChemical InnovationsRNA VirusSoil SamplesEnvironmental Microbiology

スキップ先...

0:00

Overview

1:20

Principles of qPCR

3:51

Sample Collection and qRT-PCR Setup

7:54

Applications

9:29

Summary

このコレクションのビデオ:

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