Diese Forschung wurde zum Teil durch das Intramurale Forschungsprogramm der NIH, NIDCD to M.H. (DC000088) unterstützt.

Alle Tierversuche und -verfahren wurden nach Protokollen durchgeführt, die vom Animal Care and Use Committee des National Institute of Neurological Diseases and Stroke und dem National Institute on Deafness and Other Communication Disorders der National Institutes of Health genehmigt wurden. Alle Versuchsprotokolle wurden vom Animal Care and Use Committee des National Institute of Neurological Diseases and Stroke und des National Institute on Deafness and Other Communication Disorders der National Institutes of Health genehmigt. Alle Methoden wurden in Übereinstimmung mit den einschlägigen Richtlinien und Vorschriften des Komitees für Tierpflege und -verwendung des National Institute of Neurological Diseases and Stroke und des National Institute on Deafness and Other Communication Disorders der National Institutes of Health durchgeführt.
1. Euthanasie von Tieren
<ol><li>Verwenden Sie transgene Mäuse C57BL/6J oder Kcnj10-ZsGreen, postnatal day 30+ (P30+), die zwischen 15-20 g wiegen.</li>
	<li>Euthanasieren Sie eine erwachsene Maus (Alter P30 oder älter) mit einem zugelassenen Protokoll (hier CO2 - Erstickung). Führen Sie die Enthauptung als zweiten Schritt durch. HINWEIS: Bei der Immunfärbung können einige Antikörper aufgrund einer unspezifischen Bindung an Blut in den Kapillaren des SV ein Hintergrundsignal aufweisen. Die Herzperfusion mit Fixiermittel kann dieses Problem beheben, indem Blut aus den Kapillaren des SV entfernt wird. Die meisten Antikörper können jedoch ohne diese Methode gute Ergebnisse erzielen, und sie wird in diesem Protokoll nicht behandelt.</li>
</ol>2. Freilegung des knöchernen Labyrinths
<ol><li>Reinigen Sie die Maus, indem Sie sie mit 70% Ethanol besprühen und mit einem Papiertuch abwischen. Achten Sie besonders auf den Kopfbereich, um das Risiko einer Kontamination zu verringern. Entferne die Haut vom Schädel, indem du die Haut in Richtung Nase ziehst.</li>
	<li>Spalten Sie den Schädel mit einer scharfen Schere entlang der mittleren Sagittalebene, um den linken und rechten Teil zu trennen.</li>
	<li>Entfernen Sie das Gehirn aus dem Schädel, um das knöcherne Labyrinth freizulegen.</li>
</ol>3. Innenohr-Extraktion
<ol><li>Identifizieren Sie das Innenohr innerhalb des Schläfenbeins (Abbildung 2A) und kratzen Sie die Hirnnerven mit einer Pinzette #55 ab. HINWEIS: Der Benutzer sollte die Probe mit seiner nicht dominanten Hand mit einem zweiten Satz #55-Pinzetten stabilisieren. Verschiedene Bereiche der Probe können während der gesamten Dissektion mit der stabilisierenden Pinzette gegriffen werden, wenn kritische Bereiche der Probe vermieden werden (z. B. die Cochlea nicht zerquetschen).</li>
	<li>Präparieren Sie mit einer Pinzette #55 die Bulla und die Kapsel und lösen Sie sie vom umgebenden Knochen. Entfernen Sie verbleibendes Weichgewebe von der Innenohroberfläche.</li>
	<li>Übertragen Sie die Probe in eine durchsichtige Gewebekulturschale mit 1x kalter PBS (phosphatgepufferte Kochsalzlösung), pH 7,4, und legen Sie sie unter ein Präparierfernrohr (Abbildung 2B).</li>
</ol>4. SV-Präparation
HINWEIS: Mit etwas Übung ist es möglich, den SV als ein langes Stück zu zerlegen, das einem Band ähnelt. Der SV ist zerbrechlich, wenn er also in Stücke zerbricht, können diese zusammen gelagert werden. Alternativ können diese entsprechend ihrer Wendung (z.B. basal, mittel, apikal) in separat gekennzeichneten Vertiefungen gelagert werden.
<ol><li>Wenn die Lichtquellen des Sezierfernrohrs bewegt werden können, platzieren Sie eine Leuchte über der Schüssel und die zweite Lichtquelle von der Seite, parallel zur Präparierfläche. Dies ermöglicht einen besseren Kontrast des Gewebes unter dem Cochlea-Knochen.</li>
	<li>Halten Sie die Probe mit einer Pinzette #55 mit der Cochlea nach oben am vestibulären Anteil.</li>
	<li>Mit einer Pinzette #55 den Cochlea-Knochen an der Spitze durchstechen. Anmerkungen: Die Pinzette #5 ist dicker als #55 und kann zum Brechen von Knochen verwendet werden, aber die Zunahme der Größe/Stärke beeinträchtigt die Feinheit der Pinzette und die Fähigkeit, kleines Gewebe zu manipulieren. Erwägen Sie die Verwendung einer Pinzette, die aus einem Material wie Inox oder Dumostar hergestellt wurde, um Schäden zu vermeiden, die an empfindlicheren Pinzetten auftreten können. Vermeiden Sie es, die Pinzette zu tief unter den Knochen zu schieben, um eine Beschädigung des SV zu vermeiden.</li>
	<li>Kratzen Sie mit einer Pinzette #55 entlang der apikalen Drehung (Abbildung 2C) und wenden Sie dabei sanfte Kraft an, um kleine Stücke der äußeren Knochenschicht abzubrechen. Heben Sie den Knochen vorsichtig an und lösen Sie ihn von der Seitenwand. HINWEIS: Es kann hilfreich sein, sich diese Sektion so vorzustellen, dass "alles von der SV entfernt wird", anstatt "die SV aus der Cochlea zu präparieren".</li>
	<li>Fahren Sie mit der Pinzette #55 fort, um Cochlea-Knochenstücke aus der apikalen und mittleren Windung zu entfernen (Abbildung 2D,E). Drücken Sie die Seitenwand vorsichtig nach unten, hebeln und entfernen Sie Knochenwandstücke in Richtung der mittleren Windung, um die Seitenwand der apikalen und mittleren Windung freizulegen.</li>
	<li>Fahren Sie mit der Pinzette #55 fort und schieben Sie die apikale seitliche Wand vorsichtig zur Seite, um das Spiralganglion freizulegen. Lösen Sie die laterale Wand der apikalen und mittleren Windungen vom Spiralganglion entlang der äußeren Haarzellschicht. Entfernen Sie Stücke des Spiralganglions aus dem Inneren der Cochlea. HINWEIS: Die Pinzette #55 ist kleiner und bietet einen Vorteil bei der Handhabung von kleinen und empfindlichen Geweben. Es sollte besonders darauf geachtet werden, dass sie nicht verbogen oder beschädigt werden.</li>
	<li>Um einen besseren Zugang zur lateralen Wand der Basaldrehung zu haben, lösen Sie die Cochlea mit einer Pinzette #55 vom vestibulären Teil des Schläfenbeins. Stecken Sie die Pinzette #55 in das runde und ovale Fenster und drücken Sie sie nach unten in Richtung Vorraum. Die Cochlea löst sich ab. Entfernen Sie den vestibulären Teil des Innenohrs.</li>
	<li>Fahren Sie mit der Pinzette #55 fort und entfernen Sie nun Stücke des basalen Cochlea-Knochens, beginnend im mittleren Drehbereich. Schieben Sie die seitliche Wandschicht vorsichtig unter den Knochen, um ihn zu lösen.</li>
	<li>Entfernen Sie den am weitesten entfernten basalen Teil der Seitenwand, indem Sie das Gewebe aufhebeln und vorsichtig ziehen. Der Knochen in diesem Bereich kann zu dick sein, um entfernt zu werden, ohne das darunter liegende Weichgewebe zu beschädigen.</li>
	<li>Trennen Sie nun, nachdem sich der basale Teil der Seitenwand gelöst hat, so viel wie möglich von der Seitenwand von der Cochlea. Dies kann durch Nachzeichnen der Pinzette #55 entlang der Seitenwand erfolgen. Bürsten Sie die Pinzette vorsichtig zwischen dem Knochen und der verbleibenden Seitenwand. Dies kann in einem Stück bis zum Scheitelpunkt erfolgen, wenn der Benutzer erfahren ist. Verschieben Sie die Seitenwand in frisches PBS. HINWEIS: Obwohl größere SV-Stücke aufgrund der empfindlichen Beschaffenheit des Gewebes möglicherweise einfacher abzubilden sind, können kleinere Stücke entnommen werden (Abbildung 2F, G) und je nach Größe auch für die Bildgebung geeignet sein.</li>
	<li>Verwenden Sie eine Pinzette #55, um die Seitenwand flach zu legen. Die SV sollte als dunklere Gewebeschicht auf der Innenseite der Seitenwand sichtbar sein. HINWEIS: Insbesondere in der Nähe des apikalen Endes kann sich ein Teil des SV-Gewebes während der gesamten Dissektion zufällig von der Seitenwand lösen.</li>
	<li>Hebeln Sie die SV-Schicht vorsichtig auf, um sie an ihrem basalen Ende von der Seitenwand zu lösen (Abbildung 2H). Schieben Sie die abgelöste SV vorsichtig beiseite und bewegen Sie die Pinzette weiter in Richtung des apikalen Endes der lateralen Wand, wobei Sie die SV nach Möglichkeit als ein langes Band ablösen (Abbildung 2I). Drücken Sie den SV nicht mit einer Pinzette, um ihn zu ziehen. Wenn das Gewebe zu zerbrechlich ist, um gegriffen zu werden, kann es alternativ mit einer Taschentuchschaufel, wie z. B. einer Chalazion-Kürette, entnommen werden. Anmerkungen: Das Bewegen des SV sollte immer unter dem Lichtmikroskop erfolgen, um sicherzustellen, dass es nicht verloren geht. Seien Sie immer vorsichtig, wenn Sie mit einer Pinzette greifen, da die Gefahr einer Beschädigung besteht. Benutzer können feststellen, dass die Verwendung von Chalazion-Kürette das Risiko einer Schädigung des SV-Gewebes verringert. Für die Einzelkernsequenzierung fahren Sie mit Abschnitt 5 fort. Für die SV-Immunfärbung fahren Sie mit Abschnitt 7 fort.</li>
</ol>5. SV-Einzelkern-Suspension
HINWEIS: Dieses Protokoll wurde speziell für SV-Gewebe aus dem Einzelkernsuspensionsprotokoll eines veröffentlichten Herstellers angepasst. Es können Plattformen verschiedener Hersteller verwendet werden31. Angesichts plattformspezifischer Variationen wird empfohlen, das mit dem Gerät gelieferte herstellerspezifische Protokoll zu überprüfen. Um optimale Ergebnisse für sNuc-Seq zu erzielen und den RNA-Abbau zu minimieren, gilt: Je schneller die Gewebedissektion, desto besser (empfohlen innerhalb von 15-20 Minuten nach der Euthanasie). Es kann hilfreich sein, jeweils ein Tier einzuschläfern und nur, wenn es zum Sezieren bereit ist. Wenn mehrere Personen gleichzeitig an den Dissektionen arbeiten, kann auch die Abbauzeit entfallen (z. B. ein Laborpersonal, das am linken Ohr arbeitet, während ein anderes am rechten Ohr arbeitet).
<ol><li>Wenn das SV-Gewebe für sNuc-Seq verwendet wird, legen Sie das Gewebe in gekühlten Lysepuffer (10 mM Tris-HCl, 10 mM NaCl, 3 mM MgCl2, 0,005% Nonidet P40 in nukleasefreiem Wasser). HINWEIS: Wenn die Sequenzierung unmittelbar nach der Präparation durchgeführt werden soll, fahren Sie mit dem Protokoll fort. Wenn das Protokoll pausiert werden soll, ist die SV-Konservierung möglich, indem die SV in RNAlater platziert wird. Über Nacht bei 4 °C lagern, dann in flüssigem Stickstoff einfrieren und bis zur Verwendung bei -80 °C lagern. Wenn Sie gebrauchsfertig sind, tauen Sie es auf und waschen Sie es zweimal in PBS für jeweils 5 Minuten, dann fahren Sie mit dem Homogenisieren fort (Schritt 5.2).</li>
	<li>Homogenisieren Sie das Gewebe in einem 2-ml-Homogenisator mit 10-20 Hüben auf Eis. Anmerkungen: Der Glaszylinder berührt manuell den Boden des Glasrohrs und fragmentiert den SV. Der SV ist empfindlich, so dass 20 Hübe in der Regel eine erfolgreiche Homogenisierung erreichen.</li>
	<li>Das Gewebe 25 Minuten auf Eis lysieren. HINWEIS: Die Lysezeit variiert je nach Gewebetyp. Eine 25-minütige Lyse in SV-Gewebe kann eine geringe Zellviabilität (weniger als 4%) erreichen, aber die Zeit kann angepasst werden, wenn die Zellviabilität zu hoch ist (Schritt 5.8).</li>
	<li>Durch einen 30 μm Filter filtrieren und das Filtrat bei 500 x g für 5 min bei 4 °C schleudern.</li>
	<li>Entfernen Sie den Überstand und resuspendieren Sie das Zellpellet in 1 ml Kernwasch- und Resuspensionspuffer (1x PBS, 1% Rinderserumalbumin [BSA], 0,2U/μL RNase-Inhibitor).</li>
	<li>Filtrieren Sie die Zellen durch einen 10-μm-Filter und zentrifugieren Sie sie bei 500 x g für 5 min bei 4 °C.</li>
	<li>Entfernen Sie den Überstand und resuspendieren Sie ihn in 50 μl Kernwasch- und Resuspensionspuffer.</li>
	<li>Zählen Sie die Zellkerne mit einem Zellzähler und einer Trypanblau-Färbung. Verdünnen Sie 5 μl der Zellsuspension zu 50 μl 1x PBS für die Zellzählung; Die Rentabilität sollte zu diesem Zeitpunkt minimal sein (3%-4%). Wenn sich herausstellt, dass die Viabilität höher ist, wird das Protokoll für Schritt 5.3 (Lyse) angepasst und die Lysezeit standardisiert, um eine ausreichende Lyse der Zellen zu gewährleisten. HINWEIS: Eine hohe Zellviabilität in einem einzigen Zellkernpräparat bedeutet, dass mehr intakte Zellen als gewünscht vorhanden sind und dass möglicherweise eine zusätzliche Verdauung erforderlich ist.</li>
	<li>Laden Sie die Probe mit der gewünschten Kerndichte auf die Apparatur/den Chip des Herstellers (siehe Herstellerhandbuch). Einzelkern-Einfänge sind jetzt fertig. HINWEIS: Aus einer erwachsenen Maus SV werden in der Regel 50 μl der Suspension bei einer Konzentration von 150.000 Zellkernen/ml erreicht.</li>
</ol>6. SV-Einzelkern-Sequenzierung
<ol><li>Senden Sie die Proben zur Sequenzierung an die Core Facility. HINWEIS: Dieser Teil des Protokolls folgt den allgemeinen Schritten (1) der Erzeugung und des Barcodes von Gel-Beads-in-Emulsionen (GEM), (2) der Aufreinigung und cDNA-Amplifikation nach GEM-RT und (3) der Erstellung einer 3'-Genexpressionsbibliothek. Der Rest des sNuc-Seq-Protokolls ist relativ langwierig, und es wird empfohlen, dass die Leser ihr herstellerspezifisches Protokoll verwenden. In der Herstelleranleitung werden die Schritte wahrscheinlich mit spezifischen Details und begleitenden Bildern beschrieben. Möglicherweise gibt es auch Anleitungsvideos auf der Website des Herstellers. Die erzeugten Datensätze können in einer dimensional reduzierten Weise dargestellt werden, z. B. in einer gleichmäßigen mannigfaltigen Approximation und Projektion (UMAP; Abbildung 3). Viele Labore verwenden einen Sequenzierungskern, der dieses Protokoll für Benutzer ausführen kann.</li>
</ol>7. SV-Immunfärbung und Gewebemontage
<ol><li>Wenn das Gewebe für die Immunfärbung verwendet werden soll, übertragen Sie es auf eine 24-Well-Platte, tauchen Sie es in 200 μl 4%iges Paraformaldehyd (PFA) in 1x PBS und inkubieren Sie es 20 Minuten lang bei Raumtemperatur. HINWEIS: Es ist hilfreich, alle Flüssigkeitsentfernungen, Waschungen und Immunfärbungen unter einem Mikroskop durchzuführen. Die Visualisierung während des Pipettierens des Gewebes stellt sicher, dass es bei der Flüssigkeitsentfernung nicht versehentlich verloren geht. Das Volumen der Antikörper und Waschungen kann eingestellt werden, solange das Volumen groß genug ist, um das SV-Gewebe in die Lösung einzutauchen.</li>
	<li>Entfernen Sie nach dem Fixierungsschritt die PFA, indem Sie zwei kurze Waschgänge in 1x PBS (ca. 500 μL) bei 4 °C für jeweils 5 Minuten auf einem Orbitalschüttler bei niedriger (30-50) Drehzahl durchführen. Bei der Einlagerung kann das Gewebe in 1x PBS bei 4 °C gelagert werden.</li>
	<li>Entfernen Sie das PBS und permeabilisieren und blockieren Sie es für mindestens 1 h bei Raumtemperatur in ca. 300 μl PBS-T-Lösung (0,05 Tween20 in 1x PBS mit 10 % fötalem Kälberserum). Anmerkungen: Primäre und sekundäre Antikörper sollten in dieser Blockierungslösung verdünnt werden.</li>
	<li>Färben Sie das Gewebe mit Primärantikörpern gemäß den Spezifikationen des jeweils verwendeten Antikörpers, in der Regel über Nacht bei 4 °C. Entfernen Sie das restliche PBS und fügen Sie den verdünnten Primärantikörper hinzu. HINWEIS: Die Verdünnung sollte auf der Grundlage der Herstellervorschläge, der veröffentlichten Daten, der bisherigen Erfahrungen usw. gewählt werden. In der Regel ist die erste zu testende Konzentration eine Verdünnung von 1:100-200. Für das in dieser Arbeit vorgestellte Beispiel wurden die GS-IB4- und DAPI-Antikörper jeweils im Verhältnis 1:200 verdünnt. Bei der Färbung für mehr als ein Protein können mehrere Primärantikörper in derselben Lösung kombiniert werden, solange jeder Primärantikörper einen anderen Wirt hat, um eine Kreuzreaktivität von Sekundärantikörpern zu vermeiden.</li>
	<li>Waschen Sie den primären Antikörper mit ca. 500 μl 1x PBS zweimal für jeweils 10 Minuten auf einem Orbitalschüttler bei niedriger Drehzahl vom Gewebe. Anmerkungen: Stellen Sie weiterhin sicher, dass das SV-Gewebe in die Lösung getaucht ist und nicht an der Seite der Vertiefung klebt.</li>
	<li>Färbung mit einem sekundären Antikörper gemäß den Spezifikationen des jeweils verwendeten Antikörpers, in der Regel für 2 h bei Raumtemperatur auf einem Orbitalschüttler bei niedriger Drehzahl. Decken Sie die 24-Well-Platte ab, damit der fluoreszenzmarkierte Sekundärantikörper vor Licht geschützt ist. HINWEIS: Wenn mehr als ein Sekundärantikörper benötigt wird, kombinieren Sie die Sekundärantikörper in derselben Lösung. Achten Sie darauf, Kreuzetiketten zu vermeiden.</li>
	<li>Waschen Sie den Sekundärantikörper viermal für jeweils 5 Minuten auf einem Orbitalschüttler bei niedriger Drehzahl mit ca. 500 μl 1x PBS aus dem Gewebe. Halten Sie die 24-Well-Platte abgedeckt, um sie vor Licht zu schützen.</li>
	<li>Bereiten Sie den größeren Objektträger (75 mm x 25 mm) vor, indem Sie zwei kleine Klebestreifen entlang der 25-mm-Achse platzieren, die etwas kleiner sind als das 18 mm x 18 mm kleinere Glasdeckglas. Geben Sie einen Tropfen Eindeckreagenz (ca. 50 μl) zwischen die Klebestreifen. Anmerkungen: Der Kleber schafft einen kleinen vertikalen Raum, so dass die SV-Gewebeprobe sicher vorhanden sein kann, aber weiterhin an Ort und Stelle bleibt, wenn das zweite Deckglas darauf gelegt wird. Während die Streifendicke 30-40 Mikrometer beträgt, sollte das Zusammendrücken des Gewebes zwischen den Glasoberflächen vermieden werden, um die Morphologie zu erhalten. Alternativ kann auch durchsichtiges Klebeband verwendet werden.</li>
	<li>Fassen Sie mit einer Pinzette #55 so wenig Gewebe wie möglich an einem Ende des SV und übertragen Sie es vom PBS auf den Tropfen des Eindeckreagenzes auf dem größeren Mikroobjektträger (75 mm x 25 mm). Legen Sie ein Ende eines kleineren Glasdeckglases (18 mm x 18 mm) auf den Objektträger, auf dem ein Streifen Kleber platziert wurde, und lösen Sie es vorsichtig, um Luftblasen zu vermeiden. Das Deckglas fällt auf den anderen Klebestreifen und bedeckt das SV-Gewebe.</li>
	<li>Versiegeln Sie die Halterung, indem Sie einen Tropfen transparenten Nagellack auf jede Ecke der Halterung tupfen. Beschriften Sie die Probe entsprechend auf dem Glasdeckglas weg vom Visualisierungsfeld. Es ist nun bereit für die konfokale Mikroskopie (Abbildung 4).</li>
	<li>Visualisieren Sie das SV-Gewebe mit einem Präpariermikroskop, um sicherzustellen, dass es flach und nicht in der Nähe von Luftblasen liegt. Wenn das SV-Gewebe nicht richtig ausgerichtet ist, kann der Benutzer versuchen, Luftblasen herauszudrücken oder das kleinere Glasdeckglas vorsichtig zu entfernen und das SV neu zu positionieren. Dies muss vorsichtig erfolgen, um ein Brechen der Glasdeckgläser zu vermeiden.</li>
</ol>

Stria Vascularis Mikrodissektion für die Einzelkern-Sequenzierung oder Immunfärbung

<ol>
	<li>Bosher, S. K., Warren, R. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Observations+on+the+electrochemistry+of+the+cochlear+endolymph+of+the+rat:+a+quantitative+study+of+its+electrical+potential+and+ionic+composition+as+determined+by+means+of+flame+spectrophotometry.">Observations on the electrochemistry of the cochlear endolymph of the rat: a quantitative study of its electrical potential and ionic composition as determined by means of flame spectrophotometry.</a> Proceedings of the Royal Society of London. Series B. 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P., Barkway, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Another+role+for+melanocytes:+their+importance+for+normal+stria+vascularis+development+in+the+mammalian+inner+ear.">Another role for melanocytes: their importance for normal stria vascularis development in the mammalian inner ear.</a> Development. 107 (3), 453-463 (1989).</li><li>Ito, T., Nishio, A., Wangemann, P., Griffith, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Progressive+irreversible+hearing+loss+is+caused+by+stria+vascularis+degeneration+in+an+Slc26a4-insufficient+mouse+model+of+large+vestibular+aqueduct+syndrome.">Progressive irreversible hearing loss is caused by stria vascularis degeneration in an Slc26a4-insufficient mouse model of large vestibular aqueduct syndrome.</a> Neuroscience. 310, 188-197 (2015).</li><li>Gu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+rare+spindle+and+root+cell+transcriptional+profiles+in+the+stria+vascularis+of+the+adult+mouse+cochlea.">Characterization of rare spindle and root cell transcriptional profiles in the stria vascularis of the adult mouse cochlea.</a> Scientific Reports. 10 (1), 18100 (2020).</li><li>Gow, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deafness+in+claudin+11-null+mice+reveals+the+critical+contribution+of+basal+cell+tight+junctions+to+stria+vascularis+function.">Deafness in claudin 11-null mice reveals the critical contribution of basal cell tight junctions to stria vascularis function.</a> The Journal of Neuroscience. 24 (32), 7051-7062 (2004).</li><li>Chang, Q., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virally+mediated+Kcnq1+gene+replacement+therapy+in+the+immature+scala+media+restores+hearing+in+a+mouse+model+of+human+Jervell+and+Lange-Nielsen+deafness+syndrome.">Virally mediated Kcnq1 gene replacement therapy in the immature scala media restores hearing in a mouse model of human Jervell and Lange-Nielsen deafness syndrome.</a> EMBO Molecular Medicine. 7 (8), 1077-1086 (2015).</li><li>Faridi, R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mutational+and+phenotypic+spectra+of+KCNE1+deficiency+in+Jervell+and+Lange-Nielsen+Syndrome+and+Romano-Ward+Syndrome.">Mutational and phenotypic spectra of KCNE1 deficiency in Jervell and Lange-Nielsen Syndrome and Romano-Ward Syndrome.</a> Human Mutation. 40 (2), 162-176 (2019).</li><li>Wangemann, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Loss+of+KCNJ10+protein+expression+abolishes+endocochlear+potential+and+causes+deafness+in+Pendred+syndrome+mouse+model.">Loss of KCNJ10 protein expression abolishes endocochlear potential and causes deafness in Pendred syndrome mouse model.</a> BMC Medicine. 2, 30 (2004).</li><li>Kitajiri, S. -. I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Expression+patterns+of+claudins,+tight+junction+adhesion+molecules,+in+the+inner+ear.">Expression patterns of claudins, tight junction adhesion molecules, in the inner ear.</a> Hearing Research. 187 (1-2), 25-34 (2004).</li><li>Jagger, D. J., Nevill, G., Forge, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+membrane+properties+of+cochlear+root+cells+are+consistent+with+roles+in+potassium+recirculation+and+spatial+buffering.">The membrane properties of cochlear root cells are consistent with roles in potassium recirculation and spatial buffering.</a> Journal of the Association for Research in Otolaryngology. 11 (3), 435-448 (2010).</li><li>Ito, T., Kurata, N., Fukunaga, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tissue-resident+macrophages+in+the+stria+vascularis.">Tissue-resident macrophages in the stria vascularis.</a> Frontiers in Neurology. 13, 818395 (2022).</li><li>Zhang, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=VEGFA165+gene+therapy+ameliorates+blood-labyrinth+barrier+breakdown+and+hearing+loss.">VEGFA165 gene therapy ameliorates blood-labyrinth barrier breakdown and hearing loss.</a> JCI Insight. 6 (8), e143285 (2021).</li><li>Shi, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pathophysiology+of+the+cochlear+intrastrial+fluid-blood+barrier+(review).">Pathophysiology of the cochlear intrastrial fluid-blood barrier (review).</a> Hearing Research. 338, 52-63 (2016).</li><li>Gu, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+potential+Meniere's+disease+targets+in+the+adult+stria+vascularis.">Identification of potential Meniere's disease targets in the adult stria vascularis.</a> Frontiers in Neurology. 12, 630561 (2021).</li><li>Fischer, J., Ayers, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+nucleus+RNA-sequencing:+how+it's+done,+applications+and+limitations.">Single nucleus RNA-sequencing: how it's done, applications and limitations.</a> Emerging Topics in Life Sciences. 5 (5), 687-690 (2021).</li><li>Korrapati, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single+cell+and+single+nucleus+RNA-Seq+reveal+cellular+heterogeneity+and+homeostatic+regulatory+networks+in+adult+mouse+stria+vascularis.">Single cell and single nucleus RNA-Seq reveal cellular heterogeneity and homeostatic regulatory networks in adult mouse stria vascularis.</a> Frontiers in Molecular Neuroscience. 12, 316 (2019).</li><li>Pyle, M. P., Hoa, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Applications+of+single-cell+sequencing+for+the+field+of+otolaryngology:+A+contemporary+review.">Applications of single-cell sequencing for the field of otolaryngology: A contemporary review.</a> Laryngoscope Investigative Otolaryngology. 5 (3), 404-431 (2020).</li><li>Hwang, B., Lee, J. H., Bang, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+RNA+sequencing+technologies+and+bioinformatics+pipelines.">Single-cell RNA sequencing technologies and bioinformatics pipelines.</a> Experimental &amp; Molecular Medicine. 50 (8), 1-14 (2018).</li><li>Shafer, M. E. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cross-species+analysis+of+single-cell+transcriptomic+data.">Cross-species analysis of single-cell transcriptomic data.</a> Frontiers in Cell and Developmental Biology. 7, 175 (2019).</li><li>Chen, G., Ning, B., Shi, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Single-cell+RNA-Seq+technologies+and+related+computational+data+analysis.">Single-cell RNA-Seq technologies and related computational data analysis.</a> Frontiers in Genetics. 10, 317 (2019).</li><li>Longo, S. K., Guo, M. G., Ji, A. L., Khavari, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Integrating+single-cell+and+spatial+transcriptomics+to+elucidate+intercellular+tissue+dynamics.">Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics.</a> Nature Reviews Genetics. 22 (10), 627-644 (2021).</li><li>Kim, N., Kang, H., Jo, A., Yoo, S. A., Lee, H. O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Perspectives+on+single-nucleus+RNA+sequencing+in+different+cell+types+and+tissues.">Perspectives on single-nucleus RNA sequencing in different cell types and tissues.</a> Journal of Pathology and Translational Medicine. 57 (1), 52-59 (2023).</li><li>Grindberg, R. V., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA-sequencing+from+single+nuclei.">RNA-sequencing from single nuclei.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences. 110 (49), 19802-19807 (2013).</li><li>Montgomery, S. C., Cox, B. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Whole+mount+dissection+and+immunofluorescence+of+the+adult+mouse+cochlea.">Whole mount dissection and immunofluorescence of the adult mouse cochlea.</a> Journal of Visuazlied Experiments. (107), e53561 (2016).</li></ol>

Die Autoren haben nichts zu verraten.

Vor dem Aufkommen der Einzelzellsequenzierung verwendeten viele Forscher die Bulk-Gewebeanalyse, die es nur ermöglichte, Transkriptome zu analysieren, die über Zellen gemittelt waren. Insbesondere Einzelzell- und sNuc-Seq ermöglichten es, das Transkriptom einer einzelnen Zelle bzw. eines einzelnen Zellkerns zu isolieren32. In diesem Fall können Einzelkern-Transkriptome für marginale, intermediäre und basale Zellen sowie für Spindelzellen identifiziertwerden 30. Dies ...

Die Cochlea besteht aus drei flüssigkeitsgefüllten Kammern, der Scala vestibuli, der Scala media und der Scala tympani. Die Scala vestibuli und die Scala tympani enthalten jeweils Perilymphe, die eine hohe Konzentration an Natrium (138 mM) und eine niedrige Konzentration an Kalium (6,8 mM) aufweist1. Die Scala media enthält Endolymphe mit einer hohen Kaliumkonzentration (154 mM) und einer niedrigen Natriumkonzentration (0,91 mM)1,2,3. Dieser Unterschied in der Ionenkonzentration kann als endocochleäres Potential (EP) bezeichnet werden und wird hauptsächlich durch die Bewegung von Kaliumionen durch verschiedene Ionenkanäle und Gap Junctions in der Stria vascularis (SV) entlang der Seitenwand der Cochlea erzeugt 4,5,6,7,8,9,10,11 . Die SV ist ein heterogenes, stark vaskularisiertes Gewebe, das den medialen Aspekt der lateralen Wand der Cochlea auskleidet und drei Hauptzelltypen enthält: marginale, intermediäre und basale Zellen12 (Abbildung 1).
Die Randzellen sind durch Tight Junctions miteinander verbunden, um die medialste Oberfläche des SV zu bilden. Die apikale Membran ist der Endolymphe der Scala media zugewandt und trägt über verschiedene Kanäle zum Kaliumionentransport in die Endolymphe bei, darunter KCNE1/KCNQ1, SLC12A2 und Na+-K+-ATPase (NKA)5,10,13,14. Intermediäre Zellen sind pigmentierte Zellen, die sich zwischen Rand- und Basalzellen befinden und den Kaliumtransport durch die SV mit Hilfe von KCNJ10 (Kir 4.1)15,16 erleichtern. Basalzellen liegen in unmittelbarer Nähe der Seitenwand der Cochlea und sind eng mit den Fibrozyten des Spiralbandes verbunden, um das Kaliumrecycling aus der Perilymphe zu fördern12. Die Pathologie der SV wurde mit zahlreichen otologischen Erkrankungen in Verbindung gebracht17,18. Mutationen in Genen, die in den wichtigsten SV-Zelltypen wie Kcnq1, Kcne1, Kcnj10 und Cldn11 exprimiert werden, können Taubheit und SV-Dysfunktion verursachen, einschließlich des Verlusts von EP 19,20,21,22,23. Zusätzlich zu den drei Hauptzelltypen gibt es andere, weniger untersuchte Zelltypen in der SV, wie z. B. Spindelzellen 22, Wurzelzellen12,24, Makrophagen 25, Perizyten 26 und Endothelzellen 27, die eine unvollständig definierte Rolle bei der ionischen Homöostase und der Erzeugung von EP 28 spielen.
Im Vergleich zur Bulk-RNA-Sequenzierung liefert die Einzelkern-RNA-Sequenzierung (sNuc-Seq) Informationen über die Zellheterogenität und nicht über einen Durchschnitt der mRNA in einer Gruppe von Zellen29 und kann besonders nützlich sein, wenn die heterogene SV30 untersucht wird. Zum Beispiel hat sNuc-Seq eine Transkriptionsanalyse erstellt, die darauf hindeutet, dass Spindel- und Wurzelzellen eine Rolle bei der EP-Bildung, Hörverlust und Morbus Menière spielenkönnten 18. Die weitere transkriptionelle Charakterisierung der verschiedenen SV-Zelltypen kann uns unschätzbare Informationen über die Pathophysiologie liefern, die den verschiedenen Mechanismen und Subtypen der SV-bedingten Hörfluktuation und des Hörverlusts zugrunde liegt. Die Entnahme dieser empfindlichen Innenohrstrukturen ist für eine optimale Gewebeanalyse von größter Bedeutung.
In dieser Arbeit wird der Mikrodissektionsansatz beschrieben, um die Stria vascularis aus der Cochlea der adulten Maus für sNuc-Seq oder Immunfärbung zu erreichen und zu isolieren. Die Präparation der erwachsenen Maus ist erforderlich, um verschiedene SV-Zelltypen zu verstehen und ihre Rolle beim Hören weiter zu charakterisieren.

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr >
			<td >10-&#181;m filter (Polyethylenterephthalat)</td>
			<td >PluriSelect</td>
			<td >#43-50010-01</td>
			<td >Filter tissue during sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >18 x 18 mm cover glass</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >12-541A</td>
			<td >Cover slip to mount SV</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >30-&#181;m filter (Polyethylenterephthalat)</td>
			<td >PluriSelect</td>
			<td >#43-50030-03</td>
			<td >Filter tissue during sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >75 x 25 mm Superfrost Plus/Colorforst Plus Microslide</td>
			<td >Daigger</td>
			<td >EF15978Z</td>
			<td >Microslide to mount SV on</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >C57BL/6J Mice</td>
			<td >The Jackson Laboratory</td>
			<td >RRID: IMSR_JAX:000664</td>
			<td >General purpose mouse strain that has pigment more easily seen in the intermediate cells of the SV.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Cell Counter</td>
			<td >Logos Biosystems</td>
			<td >L20001</td>
			<td >Used for cell counting</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Chalizon curette 5&#39;&#39;, size 3 2.5 mm</td>
			<td >Biomedical Research Instruments</td>
			<td >15-1020</td>
			<td >Used to transfer SV</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Chromium Next GEM single Cell 3&#39; GEM Kit v3.1</td>
			<td >Chromium</td>
			<td >PN-1000141</td>
			<td >Generates single cell 3&#39; gene expression libraries</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Clear nail polish</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >NC1849418</td>
			<td >Used for sealing SV mount</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Corning Falcon Standard Tissue Culture Dishes, 24 well</td>
			<td >Corning</td>
			<td >08-772B</td>
			<td >Culture dish used to hold specimen during dissection</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >DAPI</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >D1306, RRID: AB_2629482</td>
			<td >Stain used for nucleus labeling</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Dounce homogenizer</td>
			<td >Sigma-Aldrich</td>
			<td >D8938</td>
			<td >Used to homogenize tissue for sNuc-seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Dumont #5 Forceps</td>
			<td >Fine Science Tools</td>
			<td >11252-30</td>
			<td >General forceps for dissection</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Dumont #55 Forceps</td>
			<td >Fine Science Tools</td>
			<td >11255-20</td>
			<td >Forceps with fine tip that makes SV manipulation easier</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Fetal Bovine Serum</td>
			<td >ThermoFisher</td>
			<td >16000044</td>
			<td >Used for steps of sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Glue stick</td>
			<td >Fisher Scientific</td>
			<td >NC0691392</td>
			<td >Used for mounting SV</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >GS-IB4 Antibody</td>
			<td >Molecular Probes</td>
			<td >I21411, RRID: AB-2314662</td>
			<td >Antibody used for capillary labeling</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >KCNJ10-ZsGreen Mice</td>
			<td >n/a</td>
			<td >n/a</td>
			<td >Transgenic mouse that expresses KCNJ10-ZsGreen, partiularly in the intermediate cells of the SV.</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >MgCl2</td>
			<td >ThermoFisher</td>
			<td >AM9530G</td>
			<td >Used for steps of sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Mounting reagent</td>
			<td >ThermoFisher</td>
			<td >#S36940</td>
			<td >Mounting reagent for SV</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Multiwell 24 well plate</td>
			<td >Corning</td>
			<td >#353047</td>
			<td >Plate used for immunostaining</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >NaCl</td>
			<td >ThermoFisher</td>
			<td >AAJ216183</td>
			<td >Used for steps of sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Nonidet P40</td>
			<td >Sigma-Aldrich</td>
			<td >9-16-45-9</td>
			<td >Used for steps of sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Nuclease free water</td>
			<td >ThermoFisher</td>
			<td >4387936</td>
			<td >Used for steps of sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Orbital shaker</td>
			<td >Silent Shake</td>
			<td >SYC-2102A</td>
			<td >Used for steps of immunostaining</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >PBS</td>
			<td >ThermoFisher</td>
			<td >J61196.AP</td>
			<td >Used for steps of immunostaining and dissection</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >RNA Later</td>
			<td >Invitrogen</td>
			<td >AM7021</td>
			<td >Used for preservation of SV for sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Scizzors</td>
			<td >Fine Science Tools</td>
			<td >14058-09</td>
			<td >Used for splitting mouse skull</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Tris-HCl</td>
			<td >Sigma-Aldrich</td>
			<td >15506017</td>
			<td >Used for steps of sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Trypan blue stain</td>
			<td >Gibco</td>
			<td >15250061</td>
			<td >Used for cell counting</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Tween20</td>
			<td >ThermoFisher</td>
			<td >AAJ20605AP&#160;</td>
			<td >Used for steps of sNuc-Seq</td>
		</tr>
		<tr >
			<td >Zeiss STEMI SV 11 Apo stereomicroscope</td>
			<td >Zeiss</td>
			<td >n/a</td>
			<td >Microscope used for dissections</td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

dissection of adult mouse stria vascularis for single-nucleus sequencing or immunostaining

Das endocochleäre Potential, das von der Stria vascularis erzeugt wird, ist wichtig, um ein Umfeld zu erhalten, das der Mechanotransduktion der Haarzellen und letztendlich dem Gehör förderlich ist. Pathologien der Stria vascularis können zu einer verminderten Hörfähigkeit führen. Die Präparation der adulten Stria vascularis ermöglicht eine fokussierte Einzelkernerfassung und anschließende Einzelkernsequenzierung und Immunfärbung. Diese Techniken werden verwendet, um die Pathophysiologie von Stria vascularis auf Einzelzellebene zu untersuchen. 
Die Einzelkernsequenzierung kann im Rahmen der Transkriptionsanalyse der Stria vascularis eingesetzt werden. In der Zwischenzeit ist die Immunfärbung weiterhin nützlich, um bestimmte Zellpopulationen zu identifizieren. Beide Methoden setzen eine ordnungsgemäße Stria vascularis-Dissektion voraus, die sich als technisch anspruchsvoll erweisen kann.

The cochlea consists of three fluid filled chambers, the scala vestibuli, scala media, and scala tympani. The scala vestibuli and scala tympani each contain perilymph, which has a high concentration of sodium (138 mM) and a low concentration of potassium (6.8 mM)1. The scala media contains endolymph, which has a high concentration of potassium (154 mM) and a low concentration of sodium (0.91 mM)1,2,3. This difference in ion concentration can be referred to as the endocochlear potential (EP), and is primarily generated by the movement of potassium ions through various ion channels and gap junctions in the stria vascularis (SV) along the lateral wall of the cochlea4,5,6,7,8,9,10,11. The SV is a heterogenous, highly vascularized tissue that lines the medial aspect of the lateral wall of the cochlea and contains three main cell types: marginal, intermediate, and basal cells12 (Figure 1).
Marginal cells are connected by tight junctions to form the most medial surface of the SV. The apical membrane faces the endolymph of the scala media and contributes to potassium ion transport into the endolymph using various channels, including KCNE1/KCNQ1, SLC12A2, and Na+-K+-ATPase (NKA)5,10,13,14. Intermediate cells are pigmented cells that reside between marginal and basal cells and facilitate potassium transport through the SV using KCNJ10 (Kir 4.1)15,16. Basal cells lie in close proximity to the lateral wall of the cochlea and are closely associated with fibrocytes of the spiral ligament to promote potassium recycling from the perilymph12. Pathology of the SV has been implicated in numerous otologic disorders17,18. Mutations in genes expressed in the major SV cell types, such as Kcnq1, Kcne1, Kcnj10, and Cldn11, can cause deafness and SV dysfunction, including the loss of EP19,20,21,22,23. In addition to the three major cell types, there are other less-studied cell types in the SV, such as spindle cells22, root cells12,24, macrophages25, pericytes26, and endothelial cells27, that have incompletely defined roles involving ionic homeostasis and the generation of EP28.
In comparison to bulk RNA-sequencing, single-nuclei RNA-sequencing (sNuc-Seq) provides information about cell heterogeneity, rather than an average of mRNA across a group of cells29, and can be particularly useful when studying the heterogenous SV30. For example, sNuc-Seq has produced transcriptional analysis that suggests there may be a role for spindle and root cells in EP generation, hearing loss, and Meniere&#39;s disease18. Further transcriptional characterization of the various SV cell types can provide us with invaluable information on the pathophysiology underlying different mechanisms and subtypes of SV-related hearing fluctuation and hearing loss. The harvest of these delicate inner ear structures is of paramount importance to optimal tissue analysis.
In this study, the microdissection approach to access and isolate the stria vascularis from the adult mouse cochlea for sNuc-Seq or immunostaining is described. Dissection of the adult mouse SV is required to understand various SV cell types and further characterize their role in hearing.

Autor im Rampenlicht: Dissektion adulter Maus-Stria vascularis für die Einzelkernsequenzierung oder Immunfärbung  

Präparation von Stria vascularis der adulten Maus zur Einzelkernsequenzierung oder Immunfärbung

The stria vascularis functions to generate the endocochlear potential and regulate ion homeostasis in the cochlea. The auditory development and restoration program seeks to understand the underlying mechanisms connecting dysfunctional ion homeostasis with hearing and stability disorders, which are diseases where either fluctuation in or sudden hearing loss occurs. Work in my lab has established the transcriptional landscape of the stria vascularis and has contributed to our understanding of its importance in hearing.We have used these data to draw parallels to poorly-understood hearing and stability disorders, including Meniere's disease. This protocol enables the dissection and isolation of whole-mount stria vascularis for further molecular studies including immunohistochemistry. Given that stria vascularis cell types are intricately intertwined with one another, the use of nuclear isolation and single-nucleus RNA sequencing has facilitated our understanding of the distinct transcriptional machinery involved.

Wir stellen eine Methode vor, um den SV zu isolieren, der entweder für sNuc-Seq oder für die Immunfärbung verwendet werden kann. Die relevante Anatomie (Abbildung 1) der Cochlea in Bezug auf die SV kann den Anwendern helfen, die Organisation der SV und die Schritte des Dissektionsprotokolls besser zu verstehen.
Jeder Schritt dieser Mikrodissektion von SV aus einer P30-Maus wird im zugehörigen Video detailliert beschrieben, und Momentaufnahmen der wichtigsten S...

Watch this Scientific Journal Video about Dissection of Adult Mouse Stria Vascularis for Single-Nucleus Sequencing or Immunostaining at JoVE.com

Die Stria vascularis ist für die Bildung des endocochleären Potentials von entscheidender Bedeutung. In dieser Arbeit stellen wir die Präparation der adulten Stria vascularis der Maus für die Einzelkernsequenzierung oder Immunfärbung vor.

Endocochlear potential, which is generated by the stria vascularis, is essential to maintain an environment conducive to appropriate hair cell ...

Die Stria vascularis hat die Aufgabe, das endocochleäre Potenzial zu erzeugen und die Ionenhomöostase in der Cochlea zu regulieren. Das Programm zur Entwicklung und Wiederherstellung des Hörvermögens zielt darauf ab, die zugrunde liegenden Mechanismen zu verstehen, die eine dysfunktionale Ionenhomöostase mit Hör- und Stabilitätsstörungen verbinden, bei denen es sich um Krankheiten handelt, bei denen entweder ein schwankender oder plötzlicher Hörverlust auftritt. Die Arbeit in meinem Labor hat die Transkriptionslandschaft der Stria vascularis etabliert und zu unserem Verständnis ihrer Bedeutung für das Hören beigetragen.Wir haben diese Daten genutzt, um Parallelen zu wenig verstandenen Hör- und Stabilitätsstörungen, einschließlich Morbus Menière, zu ziehen. Dieses Protokoll ermöglicht die Dissektion und Isolierung von Stria vascularis für weitere molekulare Studien, einschließlich der Immunhistochemie. Angesichts der Tatsache, dass die Zelltypen von Stria vascularis eng miteinander verflochten sind, hat die Verwendung von Kernisolierung und Einzelkern-RNA-Sequenzierung unser Verständnis der unterschiedlichen Transkriptionsmaschinerie erleichtert.

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Research

JoVE Journal

Biology

Dissection of Adult Mouse Stria Vascularis for Single-Nucleus Sequencing or Immunostaining

1.3K Aufrufe.  National Institutes of Health. Die Stria vascularis hat die Aufgabe, das endocochleäre Potenzial zu erzeugen und die Ionenhomöostase in der Cochlea zu regulieren. Das Programm zur Entwicklung und Wiederherstellung des Hörvermögens zielt darauf ab, die zugrunde liegenden Mechanismen zu verstehen, die eine dysfunktionale Ionenhomöostase mit Hör- und Stabilitätsstörungen verbinden, bei denen es sich um Krankheiten handelt, bei denen entweder ein schwankender oder plötzlicher Hörverlust auftritt. Die Arbeit in meinem...

Serie: Autor im Rampenlicht: Dissektion adulter Maus-Stria vascularis für die Einzelkernsequenzierung oder Immunfärbung  

Endocochlear potential, which is generated by the stria vascularis, is essential to maintain an environment conducive to appropriate hair cell mechanotransduction and ultimately hearing. Pathologies of the stria vascularis can result in a decreased hearing. Dissection of the adult stria vascularis allows for focused single-nucleus capture and subsequent single-nucleus sequencing and immunostaining. These techniques are used to study stria vascularis pathophysiology at the single-cell level. 
Single-nucleus sequencing can be used in the setting of transcriptional analysis of the stria vascularis. Meanwhile, immunostaining continues to be useful in identifying specific populations of cells. Both methods require proper stria vascularis dissection as a prerequisite, which can prove to be technically challenging.

The stria vascularis is vital to the generation of endocochlear potential. Here, we present the dissection of the adult mouse stria vascularis for single-nucleus sequencing or immunostaining.

Forschung

Biologie

Mouse Inner Ear Extraction and Stria Vascularis Dissection

To begin, identify the inner ear within the temporal bone of a euthanized mouse. Scrape away the cranial nerves using number 55 forceps. Then use number 55 forceps to dissect out the bulla and capsule, detaching them from surrounding bone.Remove any remaining soft tissue from the inner ear surface. For SV dissection, use number 55 forceps to hold the specimen by the vestibular portion with the cochlear facing up. Pierce through the cochlear bone at the apex using the same forceps.Scrape along the apical turn, applying gentle force to break away small pieces of the outer bone layer. Gently lift the bone and detach it from the lateral wall. Using number 55 forceps remove cochlear bone pieces from the apical and middle turns.Gently pushing down the lateral wall, pry and remove the bone wall pieces towards the middle turn to expose the lateral wall of the apical and middle turns. Push the apical turn lateral wall aside to expose the spiral ganglion. Detach the lateral wall of the apical and middle turns from the spiral ganglion along the outer hair cell layer.Then remove pieces of spiral ganglion from inside the cochlear. Detach the cochlear from the vestibular portion of the temporal bone by inserting the forceps into the round and oval window and pushing down towards the vestibule to have better access to the lateral wall of the basal turn. After the cochlear is detached remove the vestibular portion of the inner ear.Prioritize preserving as much of the strayer as possible. Continue removing til the bone of the middle turn is detached from the SV.Next, remove pieces of the remaining cochlear bone covering the basal turn. This can be accomplished by pushing the lateral wall layer under the bone to detach it.Pry and gently pull the tissue to remove the farthest basal part of the lateral wall being careful not to damage the soft tissue below. With the basal part of the lateral wall detached, separate the lateral wall from the remaining cochlear by tracing the forceps along the lateral wall. Gently brush the forceps between the bone and the remaining lateral wall until it reaches the apex.Then move the lateral wall to a fresh PBS. Lay the lateral wall flat revealing the SV as a darker layer of tissue on the internal side of the lateral wall. Gently pry the SV layer away from the lateral wall.Push aside the detached SV and advance the forceps along the lateral wall attempting to detach the SV as one long ribbon, trying not to squeeze the SV.Use a tissue scoop to collect the fragile tissue. Cochlear were dissected from adult mouse aged greater than or equal to postnatal day 30. Inner ear was extracted from the surrounding temporal bone.SV was exposed after the removal of bone covering the middle turn. The SV was fully separated from the lateral wall after dissection.

Maus-Innenohrextraktion und Stria vascularis-Dissektion

Preparation of Stria Vascularis Single-Nucleus Suspension

Homogenize the dissected stria vascularis tissue from mouse ear in a two-milliliter Dounce homogenizer, with 10 to 20 strokes on ice. Lyse the tissue on ice for 25 minutes. Then, filter the tissue through a 30-micron filter and spin the filtrate at 500G for five minutes at four degrees Celsius.Remove the supernatant and resuspend the cell pellet in one milliliter of nuclei wash and resuspension buffer. Next, filter the cells through a 10-micron filter and centrifuge at 500G for five minutes at four degrees Celsius. Remove the supernatant and resuspend in 50 microliters of nuclei wash and resuspension buffer.After Trypan Blue staining, dilute five microliters of the cell suspension into 50 microliters of 1X PBS and count the cells. To prepare single nuclei captures, load the sample with the desired nuclear density onto the chip.

Herstellung von Stria vascularis Einzelkernsuspension

Immunostaining of Mouse Stria Vascularis and Tissue Mounting

Prepare for immunostaining by dissecting the stria vascularis from the mouse and add the tissue to a 24-well plate containing 200 microliters of 4%paraformaldehyde in 1X PBS. Incubate the tissue for 20 minutes at room temperature. perform two short washes of 1X PBS on an orbital shaker at low RPM.Remove the PBS, then perform permeabilization and blocking for a minimum of one hour at room temperature in 300 microliters of PBST solution. Next, stain the tissue with the primary antibody overnight at four degrees Celsius. Then add a secondary antibody and incubate for two hours at room temperature on an orbital shaker at low RPM.Cover the plate to protect the fluorescently tagged secondary antibody from light. Next, prepare a larger microslide by placing two small streaks of glue along the 25 mm axis, just smaller than the 18 by 18 millimeter glass cover slip. Place one drop of mounting reagent between the glue streaks.Using number 55 forceps, gab as little tissue as possible on one end of the SV, and transfer it from PBS to the mounting reagent. Place one end of the cover slip on the slide where one streak of glue was placed. Then gently release the cover slip to avoid creating air bubbles.Seal the mount by dabbing a drop of transparent nail polish on each corner of the mount. Label the specimen on the glass cover slip, away from the visualization field. Visualize the SV tissue under a dissection microscope to ensure it is lying flat and not near any air bubbles.If the SV tissue is not oriented correctly, try to push out air bubbles or carefully remove the smaller glass cover slip and reposition the SV.A whole mount of SV from P30 mouse was prepared and confocal imaging was performed. ZsGreen expression was observed in the intermediate cells, GSIB4 labeled endothelial cells, and DAPI labeled the nuclei.