Method Article
A detailed protocol describing the SSTD NMR method is presented here to help new users apply this new method to obtain the kinetic parameters of their own systems undergoing chemical exchange.
Este protocolo detallado se describe el nuevo la transferencia de espín Saturación Diferencia Nuclear protocolo de resonancia magnética (RMN SSTD), recientemente desarrollado en nuestro grupo a los procesos de intercambio químico mutua in situ que son difíciles de analizar por métodos tradicionales estudiar. Como su nombre indica, este método combina el método de la vuelta de saturación de transferencia utilizado para moléculas pequeñas, con la diferencia de transferencia de saturación método (ETS) RMN empleado para el estudio de las interacciones proteína-ligando, mediante la medición de transferencia de saturación de espín transitoria a lo largo de aumentar los tiempos de saturación (build curvas -up) en moléculas orgánicas pequeñas y organometálicos sometidos a intercambio químico.
Las ventajas de este método sobre los ya existentes son: no hay necesidad de llegar a la coalescencia de las señales de intercambio; el método se puede aplicar siempre que una señal de los sitios de intercambio se aísla; no hay necesidad de medir T 1 o llegar a la saturación en estado estacionario; VA tasa constantelues se miden directamente, y los valores de T1 se obtienen en el mismo experimento, usando sólo un conjunto de experimentos.
Para probar el método, hemos estudiado la dinámica de la rotación impedida de N, N -dimethylamides, para los que está disponible la cantidad de datos para la comparación. Los parámetros termodinámicos obtenidos usando MSITS son muy similares a los reportados (técnicas de transferencia de spin-saturación y análisis de forma lineal). El método se puede aplicar a los sustratos más difíciles que no pueden ser estudiados por los métodos anteriores.
Prevemos que el experimental sencillo de configurar y la amplia aplicabilidad del método a una gran variedad de sustratos a hacer de este una técnica común entre los químicos orgánicos y organometálicos sin una amplia experiencia en RMN.
intercambio químico comúnmente se refiere a cualquier proceso intermolecular o intramolecular en la que un núcleo se mueve desde un ambiente a otro en el que sus parámetros de RMN (desplazamiento químico, de acoplamiento escalar, acoplamiento dipolar, velocidad de relajación) difieren. Hay numerosos ejemplos de intercambio químico en las moléculas orgánicas y organometálicos (por ejemplo, barreras de rotación en biarilos, barreras de mover de un tirón en el anillo y el equilibrio conformacional, inversión de nitrógeno, de unión a ligando, de intercambio de ligandos degenerado y tautomerización). 1-3 El tipo de cambio químico se relaciona con la termodinámica de la barrera del proceso de cambio, y por lo tanto su estudio es de importancia crucial para entender la dinámica molecular de estos sistemas.
El signo clásico de intercambio dinámico de RMN es un cambio dramático en la línea-forma de las señales de RMN como los cambios de temperatura. A bajas temperaturas, el proceso es lento y dos desplazamientos químicos distintos se obserVed. A altas temperaturas, las dos señales se combinan en una señal, que se conoce como "coalescencia". A temperaturas intermedias, las señales se vuelven muy amplio. Esta sensibilidad del espectro de NMR de intercambio químico hace NMR un método muy poderoso para estudiar la dinámica de las moléculas en solución. Dos métodos se han empleado principalmente en el estudio de procesos dinámicos en la solución:. Análisis línea forma, 4-7 y saturación giro experimentos de transferencia 8-9 Además, es también digno de mención el método 10 y la transferencia de FIICCh inversión de programa 11 para la extracción directa de las constantes de velocidad, que son un enfoque relativamente eficiente para mediciones de cambio en los sistemas simples. Aunque estos métodos dan muy buenos resultados en la mayoría de los casos, que, sin embargo, tienen una serie de inconvenientes. La principal desventaja del análisis línea forma es las altas temperaturas necesarias para llegar a la coalescencia en algunas muestras. 12 Los principales aspectos a considerar cuando se carrying fuera de espín experimentos de transferencia de saturación son: los tiempos de saturación muy largos requeridos para alcanzar la constante de transferencia de saturación de estado entre los sitios de intercambio, y la necesidad de determinar la constante de tiempo de relajación longitudinal, T 1, que puede ser difícil si hay una superposición de diferentes señales en la región de estudio. 13
Como parte de nuestras investigaciones en los mecanismos organometálicos, 14-16 nuestro grupo está estudiando el Comportamiento variable de complejos de platino-aleno en solución. Esta es una tarea compleja que implica al menos tres procesos diferentes, siendo uno de ellos el intercambio π-cara o rotación del metal alrededor de uno de los ejes de aleno. Nos encontramos con que la normalidad experimentos VT y técnicas de análisis de línea de forma que se han empleado antes en sistemas similares, 17-19 no eran adecuados en nuestro estudio, debido a una rotación muy lenta en nuestro complejo de platino-aleno que hizo que la temperatura de fusión de la signales de interés más alta que la temperatura de descomposición del complejo.
Para superar esta limitación, hemos desarrollado y recientemente informó de un nuevo protocolo de RMN (MSITS RMN) para estudiar los procesos de intercambio químico mutua in situ. 20 Como el nombre sugiere que este método combina el método de la vuelta de saturación de transferencia utilizado para moléculas pequeñas, con el transferencia de saturación Diferencia método de RMN emplea para el estudio de las interacciones proteína-ligando, 21-24 mediante la medición de la saturación de transferencia de espín transitoria a lo largo de aumentar los tiempos de saturación (acumulación curvas) en pequeñas moléculas se someten a intercambio químico.
Con este nuevo método (SSTD NMR) hemos demostrado que podemos obtener los parámetros cinéticos de intercambio químico intramolecular en moléculas orgánicas y organometálicos pequeño, con algunas ventajas adicionales sobre los métodos tradicionales: no es necesaria la coalescencia de las señales, por lo que un rango de temperatura más flexible puede ser usadoen el estudio; la superposición de señales no interfiere, aunque al menos una de las resonancias que intercambian deben ser aislados; no hay necesidad de medir T 1 o llegar a la saturación en estado estacionario; valores de las constantes de velocidad se miden directamente y los valores de T 1 se obtienen en el mismo experimento, con sólo un conjunto de experimentos. Otra ventaja notable de la metodología SSTD RMN es que, en contraste con forma lineal de análisis, la determinación de las constantes de velocidad cinética no está limitado por el aumento de las temperaturas de coalescencia asociados con altos campos magnéticos. Por lo tanto, nuestra metodología es entonces muy bien apropiado para ambos campos magnéticos de baja y alta. Este artículo está pensado para ayudar a los nuevos usuarios a aplicar este nuevo método para sus propios sistemas de someterse a intercambio químico, y describe la preparación de muestras, dispositivo experimental, adquisición de datos, y un ejemplo de procesamiento y análisis de datos en una molécula orgánica simple.
Precaución: Por favor, consulte a todas las hojas de datos de seguridad de materiales pertinentes (MSDS) antes de usar.
1. Preparación de la muestra de RMN
2. Configuración de RMN Experimental 25
3. una RMN de Adquisición de Datosd Procesamiento de 25
4. Análisis de Datos 30
La técnica SSTD NMR se aplicó para el cálculo de los parámetros cinéticos de la rotación del enlace amida de N, N-dimetilacetamida. 21 Este es un ejemplo simple para la que los datos extensos para la comparación se pueden encontrar en la literatura. 31
La rotación impedida alrededor del enlace amida, debido al carácter parcial de doble enlace en la forma de resonancia, que diferencia a ambos grupos metilo en dos señales en los espectros de 1 H-NMR (2,61 y 2,17 ppm a 22,5 ° C). La saturación de la vuelta de la señal del grupo metilo en 2,17 ppm (Me B) conduce a la desaparición de su señal en el H RMN 1. Tras la saturación de Me B, la transferencia de saturación para el otro grupo metilo (Me A) debido al proceso de rotación interna pueden ser observados por una disminución de la intensidad 1 H en la señal en 2,61 ppm. el magnitude de esta disminución dependerá del tiempo de saturación. La Figura 15 muestra la 1 H espectros de RMN de la dimetilacetamida N, N a 22,5 ° C, y las expansiones mostrar los espectros sin (a) y con (b) la saturación de la metilo grupo en 2,17 ppm, así como el espectro de diferencia (c), que se utiliza para calcular los valores de SSTD η. El factor η SSTD se calcula dividiendo el valor de la integral de Me A en el espectro de RMN SSTD (c) por el valor de la integral de la Me A en los espectros (a), como se explica en el protocolo. Los valores obtenidos de MSITS η para cada tiempo de saturación a diferentes temperaturas se recogen en la Tabla 1. La trama de los valores obtenidos de η MSITS frente al tiempo de saturación dio curvas exponenciales en los que se alcanzó una meseta en los momentos de mayor saturación. Para una cierta temperatura, el ajuste exponencial de la curva permite el cálculo de la tasaconstante (k) y el tiempo de relajación de la 1 H de la señal medida (T 1A) (Figura 16). La figura 17 muestra todas las curvas obtenidas junto con el k y valores 1A T obtenido en los ajustes.
Por último, la gráfica de ln (k / T) frente a 1 / T y el ajuste a la ecuación de Eyring (Figura 18) se utilizaron para calcular la entalpía y entropía de activación. Los parámetros de activación determinó que se muestran en la Tabla 2, junto con los parámetros previamente comunicados calculados utilizando diferentes metodologías.
Como se puede observar en la Tabla 2, los valores de los parámetros de activación obtenidos con la técnica de la vuelta de saturación de transferencia Diferencia (SSTD NMR) están en excelente acuerdo con los datos publicados con otras técnicas, tales como RMN o SSTanálisis de forma de la línea. La amplia gama de valores reportados para? S ‡ es debido a la dificultad en la medición de este parámetro con técnicas de RMN. 31 En cuanto al resto de los parámetros de activación, los valores obtenidos con este método son no sólo muy similares a los que ya se ha informado pero también más precisa, ya que nuestros errores (SD) son más pequeñas en todos los casos.
Figura 1: Lista de los experimentos después de escribir RPAR. La figura muestra los diferentes juegos de parámetros entre los cuales se debe seleccionar STDDIFFESGP. Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 2:.. Los parámetros de adquisición el botón resaltado en un cuadrado rojo conduce a una lista de los diferentes programas de pulso Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 3:.. Lista de programas de pulso La figura muestra el programa de impulsos seleccionado en el experimento (STDDIFF) Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 4: Ventana emergente apareció después de la calibración 90 ° pulso La figura muestra los valores de la calibración y 90. # 176; pulso en diferentes niveles de potencia. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 5:.. Captura de pantalla de la línea de comandos La figura muestra cómo introducir el valor del pulso duro calibrada favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 6:. Valor de la duración del pulso en forma de la figura se muestra cómo introducir el valor para la longitud del pulso en forma. g6large.jpg "target =" _ blank "> Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 7:.. Los parámetros de adquisición La figura muestra los parámetros de potencia Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 8:. Los parámetros para el pulso en forma Los valores para el pulso de forma serán introducidos en la línea 13. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
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. Figura 9: Lista de frecuencias de irradiación La cifra incluye los datos siguientes en las 3 primeras filas: Fila 1. P (indica que los siguientes datos sean en ppm); Fila 2 de frecuencia de la señal que se va a irradiar en ppm, según se mide. en el apartado 3.1.1; Fila 3.40 ppm (una frecuencia que está lejos de las señales de 1H del compuesto por lo que la irradiación en esa frecuencia no afecta a los espectros). Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 10:. El procesamiento de la primera FID La figura muestra la ventana emergente que aparece después de escribir EFP. nk "> Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 11:.. Corrección de fase Captura de pantalla de la ventana para la corrección de fase manual de Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 12:. Procesamiento de la segunda FID La figura muestra la ventana emergente que aparece después de escribir efp. Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 13 "src =" / files / ftp_upload / 54499 / 54499fig13.jpg "/>
Figura 13: pantalla múltiple de espectros 2 y 3. El botón resaltado en un cuadrado rojo es la de calcular los espectros de diferencia. Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 14:.. Pestaña Integrales La figura muestra los valores de las integrales absolutas y relativas favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 15: Estructura y 1 g> H NMR de N, N-dimetilacetamida a 22,5 ° C en tolueno-d 8. (a) 1 expansión H NMR de la región de 2,13 a 2,66 ppm antes de la irradiación. (B) Ampliación de la misma región después de la irradiación del grupo metilo a 2,17 ppm. (C) Espectro Diferencia [(a) - (b)]. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 16: Ejemplo de la trama de MSITS η y su ajuste exponencial a 278 K. Reproducido de la información de apoyo de referencia 21 con permiso de la Royal Society of Chemistry.http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig16large.jpg "target =" _ blank "> Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 17: Diagramas de la η MSITS vs. tiempo de saturación a diferentes temperaturas. La figura muestra el diagrama de N, N-dimetilacetamida y la mesa con las constantes tasas obtenidas y los tiempos de relajación. Por favor, haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
Figura 18:. Parcela Eyring La figura muestra el diagrama de N, N-dimetilacetamida. Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.
t sat (seg) | η MSITS | η MSITS | η MSITS | η MSITS | η MSITS | η MSITS | η MSITS |
(T = 278 K) | (T = 283 K) | (T = 285,5 K) | (T = 288 K) | (T = 290,5 K) | (T = 293 K) | (T = 295,5 K) | |
40 | 0.2526 | 0.3957 | 0.4671 | 0.5461 | 0,626 | 0.6969 | 0.7535 |
20 | 0.2526 | 0.3957 | 0.4671 | 0.5461 | 0,626 | 0.6969 | 0.7535 |
10 | 0.2383 | 0.3806 | 0.4537 | 0.5355 | 0.6199 | 0.6969 | 0.7535 |
5 | 0.1904 | 0.3193 | 0.3919 | 0,481 | 0.5734 | 0.6638 | 0.7318 |
2.5 | 0.1263 | 0.2204 | 0.2812 | 0.3589 | 0.4449 | 0.5461 | 0,626 |
1.25 | 0.0761 | 0.1353 | 0,171 | 0.2247 | 0.2868 | 0.3732 | 0.4449 |
0,625 | 0,0467 | 0.0739 | 0,099 | 0.1327 | 0,171 | 0.2291 | 0.2758 |
0,3 | 0.0238 | 0,044 | 0.0472 | 0,0644 | 0.0847 | 0.1169 | 0.1463 |
Tabla 1:. Los valores de SSTD η La tabla muestra los valores obtenidos en diferentes momentos de saturación de N, N-dimetilacetamida en el intervalo de temperaturas 278-295.5 K.
">? H ‡ (KJ mol -1)Método | MSITS RMN | SST 31 RMN td> | Análisis de la línea en forma de | Análisis de la línea en forma de | Análisis de la línea en forma de |
Parámetro | (Este trabajo) | (1 H NMR) 4 | (1 H NMR) 5 | (13C) 6 | |
E bis (mol KJ-1) 298 | 79,7 ± 0,1 | 73,1 ± 1,4 | 70,5 ± 1,7 | 82,0 ± 1,3 | 79,5 ± 0,4 |
77,2 ± 0,1 | 70,6 ± 1,4 | 68 | 79,5 ± 0,4 | 76,6 ± 0,4 | |
Delta S ‡ (J mol-1 K-1) | 11,5 ± 0,4 | -10.5 ± 5.0 | -15.0 ± 5.1 | 13 ± 8 | 3 ± 4 |
? G ‡ 298 (mol KJ -1) | 73,8 ± 0,1 | 73,7 ± 2,0 | 72.5 | 75,3 ± 0,4 | 75,7 ± 0,4 |
Solvente | Tolman d 8 | Tolman d 8 | CCl4 | Acetona- d 6 | ordenado |
Tabla 2:. Parámetros de activación La tabla muestra los parámetros de activación para la rotación interna de N, N-dimetilacetamida obtenidos por el método de RMN SSTD en comparación con los mismos parámetros obtenidos utilizando diferentes métodos de RMN para el análisis de 4,5,6 Los errores en esta tabla. se refieren a errores de desviación estándar (SD). (Reproducido de la referencia 21 con permiso del Real Society de Química).
One of the more obvious advantages of this methodology is that the rate constants and the relaxation time for a given temperature can be obtained with a single set of experiments, with a robust pulse sequence (the same used for STD experiments to study protein-ligand interactions, which is typically found within the available set of experiments from the spectrometer manufacturer). This simplifies the experimental setup since there is no need to measure T1 or reach steady state saturation. Besides, it is remarkable that this method does not depend on the magnet strength, as coalescence methods. On the other hand, the main limitation is that this technique cannot be applied to chemical exchange processes too fast or too slow, which would depend on the temperature range of the NMR machine or the solvents used.
This new technique for the calculation of kinetic parameters can be applied to a great variety of substrates and its applicability has already been demonstrated with some interesting molecules.21 The kinetic parameters of the 4-N,N-dimethylamido[2.2]paracyclophane, a challenging substrate in which the signal of one of the methyl groups of interest is overlapped with other signals from the molecule, were successfully calculated using SSTD NMR. Interestingly, this methodology can be applied as long as one of the signals of study is isolated. SSTD NMR is also a useful protocol for the calculation of kinetic parameters in molecules in which the coalescence temperature is so high that the molecule decomposes before reaching it. This is the case with PtCl2(dimethylallene)(pyridine), in which the methodology was successfully applied without the need of reaching coalescence. The choice of solvents and temperatures is critical to obtain good results, since the chemical exchange rates can vary significantly with these parameters. Moreover, in addition to the criteria in a normal NMR experiment, key steps in a SSTD NMR experiment are the selectivity of the irradiation as well as the temperature control. Both factors have to be precise to guarantee the success of the experiment.
The representative results presented here are for the kinetics of intramolecular chemical exchange, but the technique can also be applied to study the kinetics of intermolecular chemical exchange and also ligand exchange, common processes in the dynamic behavior of transition metal complexes.
Finally, providing a proper modification of the equations is made,32 this method could be extended to deal with multi-site exchange and unequal populations, as it has been done in former double resonance experiments,8-9 increasing the usefulness of this technique for the study of chemical exchange processes in challenging compounds.
The authors declare that they have no competing financial interests.
Funding by the University of East Anglia, the EPSRC (EP/L012855/1) and the EU (H2020-MSCA-IF-2014-EF-ST-658172) is gratefully acknowledged (MTQ).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
N,N-dimethylacetamide | Aldrich | 38840 | Acute toxicity |
Toluene-d8 | Fluorochem | D-005 | Flammable and toxic |
500 MHz 7" Select Series NMR Tubes | GPE LTD | S-5-500-7 | |
TopSpin 2.1 | TopSpin program, Bruker Corp., http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/ (2015). | ||
Origin 6.0 | Origin 6.0 software, OriginLab Corp., http://originlab.com. | ||
Bruker Avance III 500 MHz fitted with 5 mm broadband observed BBFOplus Z-gradient SmartProbeTM probe | Bruker Corp., http://www.bruker.com | ||
Bruker Avance I 500 MHz Inverse Triple Resonance NMR spectrometer fitted with a 5 mm TXI Z-gradient probe | Bruker Corp., http://www.bruker.com | ||
Ceramic Spinner standardbore shimsystems (5 mm) | Bruker Corp., http://www.bruker.com | H00804 |
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