Method Article
A detailed protocol describing the SSTD NMR method is presented here to help new users apply this new method to obtain the kinetic parameters of their own systems undergoing chemical exchange.
Este protocolo detalhado descreve a nova transferência de spin Saturação Diferença Nuclear Magnetic Resonance protocolo (SSTD RMN), recentemente desenvolvido no nosso grupo para estudar processos de mútuo local de permuta química que são difíceis de analisar por métodos tradicionais. Tal como o nome sugere, este método combina o método da rotação Saturação de transferência utilizadas para as moléculas pequenas, com a transferência de saturação Diferença método (DST) RMN empregue para o estudo de interacções proteína-ligando, medindo a transferência de saturação rotação transiente juntamente aumentando os tempos de saturação (compilação curvas -up) em pequenas moléculas orgânicas e organometálicas submetidos a permuta química.
As vantagens deste método em relação às existentes são: não há necessidade de se chegar a coalescência dos sinais de troca; o método pode ser aplicado enquanto um sinal dos locais de troca é isolado; não há necessidade de medir a T 1 ou atingir a saturação em estado estacionário; va constante de velocidadelores são medidos directamente, e os valores de t 1 são obtidos na mesma experiência, utilizando apenas um conjunto de experiências.
Para testar o método, estudamos a dinâmica da rotação impedida de -dimethylamides N, N, para a qual está disponível a quantidade de dados para comparação. Os parâmetros termodinâmicos obtidos utilizando SSTD são muito semelhantes aos reportados (técnicas de transferência de spin-de saturação e de análise de linha-forma). O método pode ser aplicado a substratos mais difíceis que não podem ser estudadas através de métodos anteriores.
Prevemos que o experimental simples configurar e a ampla aplicabilidade do método para uma grande variedade de substratos vai fazer isso uma técnica comum entre os químicos orgânicos e organometálicos sem extensa experiência em RMN.
permuta química geralmente refere-se a qualquer processo intermolecular ou intramolecular, em que um núcleo se move a partir de um ambiente para outro, em que os seus parâmetros de RMN (de desvio quimico, acoplamento escalar, acoplamento dipolar, taxa de relaxação) diferem. Existem numerosos exemplos de permuta química de moléculas orgânicas e organometálicas (por exemplo, barreiras rotativas, biarilos em barreiras lançando anel e equilíbrio conformacional, inversão de azoto, a ligação do ligando, de permuta de ligandos degenerada e tautomerização). 03/01 A taxa de troca química está relacionada com a termodinâmica da barreira do processo de troca e, portanto, seu estudo é de importância crucial para entender a dinâmica molecular desses sistemas.
O sinal clássico de troca dinâmica em NMR é uma mudança dramática na linha-forma dos sinais de RMN como as mudanças de temperatura. A baixas temperaturas, o processo é lento e dois desvios químicos são distintos observed. A altas temperaturas, os dois sinais de fundir-se um sinal, que é conhecido como "coalescência". A temperaturas intermédias, os sinais de tornar-se muito amplo. Esta sensibilidade do espectro de RMN de permuta química torna RMN um método muito eficiente para estudar a dinâmica de moléculas em solução. Dois métodos têm sido utilizados principalmente no estudo de processos dinâmicos em solução:. Análise linha forma, 4-7 e saturação de spin experiências de transferência 8-9 Além disso, também vale a pena mencionar o método 10 eo CIFIT programa de transferência de inversão 11 para a extração direta de constantes de velocidade, que são uma abordagem relativamente eficiente para medições de câmbio em sistemas simples. Embora estes métodos dão muito bons resultados na maioria dos casos, que, no entanto, têm uma série de inconvenientes. A principal desvantagem da análise line-forma é as altas temperaturas necessárias para atingir a coalescência em algumas amostras. 12 As principais questões a considerar quando se carrying a rotação experiências de transferência de saturação são: os longos tempos de saturação necessários para atingir a constante de transferência de saturação de estado entre os locais de troca, e a necessidade de determinar a longitudinal tempo de relaxamento constante, t 1, o qual pode ser difícil, se não existe sobreposição dos diferentes sinais na região de estudo 13.
Como parte das nossas investigações nos mecanismos organometálicos, 14-16 nosso grupo está a estudar o comportamento fluxional de complexos de platina-Allène em solução. Esta é uma tarefa complexa que envolve, pelo menos, três processos diferentes, sendo um deles a troca π-face ou rotação do metal em torno de um eixo das aleno. Encontramos que as experiências de VT e técnicas de análise de linha-forma que têm sido empregadas antes em sistemas similares normal, 17-19 não eram adequadas em nosso estudo, devido a uma rotação muito lenta no nosso complexo de platina-allene que fez a temperatura de coalescência do signais de juro superior à temperatura de decomposição do complexo.
A fim de superar esta limitação, desenvolvemos e informou recentemente um novo protocolo NMR (SSTD RMN) para estudar processos de mútua local de permuta química. 20 Como o nome sugere este método combina o método de rotação Saturação Transferência usado para pequenas moléculas, com a transferência de saturação Diferença método NMR empregada para o estudo das interações proteína-ligante, 21-24 medindo transitória rotação de transferência de saturação ao longo aumentando os tempos de saturação (build-up curvas) em pequenas moléculas submetidas a permuta química.
Com este novo método (SSTD RMN) que têm mostrado que se pode obter os parâmetros cinéticos de permuta química intramolecular em pequenas moléculas orgânicas e organometálicas com algumas vantagens adicionais em relação às abordagens tradicionais: não é necessária a coalescência dos sinais, de modo que uma gama de temperatura mais flexível pode ser usadono estudo; sinal de sobreposição não interfere, embora pelo menos uma das ressonâncias troca deve ser isolado; não há necessidade de medir a T 1 ou atingir a saturação em estado estacionário; os valores das constantes de velocidade são medidos directamente e os valores de t 1 são obtidos na mesma experiência, utilizando apenas um conjunto de experiências. Outra vantagem notável da metodologia SSTD RMN é que, em contraste com LineShape análise, a determinação das constantes de velocidade cinética não é limitado pelo aumento da temperatura de coalescência associados com elevados campos magnéticos. Assim, nossa metodologia é, então, muito bem apropriado para ambos os campos magnéticos de baixa e alta. Este artigo destina-se a ajudar os novos usuários aplicar este novo método para seus próprios sistemas passando por permuta química, e descreve a preparação da amostra, arranjo experimental, aquisição de dados, e um exemplo de processamento e análise de dados em uma molécula orgânica simples.
Cuidado: Por favor, consulte todas as folhas de dados de segurança pertinentes (MSDS) antes do uso.
1. Preparação da Amostra RMN
Setup 2. RMN Experimental 25
3. Aquisição de Dados RMN umProcessamento d 25
4. Análise de Dados 30
A técnica SSTD RMN foi aplicado para o cálculo dos parâmetros cinéticos na rotação da ligação amida de N, N-dimetilacetamida. 21 Este é um exemplo simples, para o qual os dados extensos para comparação pode ser encontrada na literatura 31.
A rotação impedida em torno da ligação amida, devido ao carácter ligação dupla parcial sob a forma de ressonância, difere os dois grupos metilo em dois sinais no 1 H-RMN Os espectros (2,61 e 2,17 ppm a 22,5 ° C). Rotação saturação do sinal do grupo metilo a 2,17 ppm (Me B) conduz ao desaparecimento do seu sinal no RMN de 1H. Após a saturação de me B, transferência de saturação para o outro grupo metilo (Me A), devido ao processo de rotação interna pode ser observado por uma diminuição na intensidade de um H no sinal a 2,61 ppm. o magnitude diminuição do presente vai depender do tempo de saturação. A Figura 15 mostra o espectro de 1 H RMN do N-dimetilacetamida, N a 22,5 ° C, e as expansões mostram os espectros sem (a) e com (b) a saturação da metílico grupo a 2,17 ppm, assim como o espectro de diferença (C), utilizado para calcular os valores de SSTD η. O factor η SSTD é calculado dividindo o valor da integral de me uma no espectro de RMN SSTD (c) pelo valor do integral do Me Um espectros em (a), como explicado no protocolo. Os valores obtidos de SSTD η para cada tempo de saturação em diferentes temperaturas estão reunidos na Tabela 1. A trama dos valores obtidos de SSTD η em relação ao tempo de saturação deu curvas exponenciais em que um platô foi alcançado em momentos de saturação mais elevados. Para uma determinada temperatura, o ajuste exponencial da curva permite o cálculo da taxaconstante (k) e o tempo de relaxação do 1 H do sinal medido (t 1A) (Figura 16). A Figura 17 mostra todas as curvas obtidas, juntamente com a K e T 1A valores obtidos nos ajustes.
Finalmente, a representação gráfica de ln (k / t) em função de 1 / T e o ajuste para a equação de Eyring (Figura 18) foram utilizados para calcular a entalpia e entropia de activação. Os parâmetros de activação determinados são apresentados na Tabela 2, juntamente com os parâmetros previamente reportados, calculados usando diferentes metodologias.
Como pode ser observado na Tabela 2, os valores dos parâmetros de activação obtidas com a técnica de transferência da rotação Saturação Diferença (SSTD RMN) estão em concordância excelente com os dados relatados anteriormente usando outras técnicas, tais como a SST ou RMNanálise da forma de linha. A vasta gama de valores reportados para Ds ‡ é devido à dificuldade na medição deste parâmetro com técnicas de RMN. 31 Tal como para o resto dos parâmetros de activação, os valores obtidos com o nosso método não só são realmente semelhantes aos já relatados mas também mais exacto, uma vez que os erros (SD) são menores em todos os casos.
Figura 1: Lista de experiências depois de digitar rpar. A figura mostra os diferentes conjuntos de parâmetros entre os quais STDDIFFESGP devem ser selecionados. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 2:.. Parâmetros de aquisição O botão destacado em um quadrado vermelho leva a uma lista de diferentes programas de pulso Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 3:.. Lista de programas de pulso A figura mostra o programa de pulso selecionada no experimento (STDDIFF) Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 4: Pop-up janela apareceu após a calibração 90 ° pulso A figura mostra os valores da calibrada 90 &. # 176; pulso em diferentes níveis de potência. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 5:.. Imagem da linha de comando A figura mostra como introduzir o valor para o pulso dura calibrado Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 6:. Valor para o comprimento do impulso em forma de A figura mostra como introduzir o valor para o comprimento do impulso em forma. g6large.jpg "target =" _ blank "> Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 7:.. Parâmetros de aquisição A figura mostra os parâmetros de potência Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 8:. Parâmetros para o pulso em forma Os valores para o pulso em forma será introduzido na linha 13. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
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. Figura 9: Lista de frequências de irradiação O número inclui os seguintes dados nas 3 primeiras linhas: Linha 1. P (indica que os seguintes dados está em ppm); Row 2 Freqüência do sinal a ser irradiados em ppm, medida. em 3.1.1; Row 3,40 ppm (uma frequência que está longe de ser os sinais H 1 do composto de modo a irradiação em que a freqüência não afeta o espectro). Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 10:. Processamento do primeiro FID A figura mostra a janela pop-up que aparece depois de digitar efp. nk "> Por favor, clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 11:.. Correção de fase Captura de tela mostrando a janela para a correção de fase Manual Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 12:. Processamento do segundo FID A figura mostra a janela pop-up que aparece depois de digitar efp. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 13 "src =" / files / ftp_upload / 54499 / 54499fig13.jpg "/>
Figura 13: tela múltipla de espectros 2 e 3. O botão destacado em um quadrado vermelho é o único a calcular o espectro de diferença. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 14:.. Guia Integrais A figura mostra os valores dos integrais absolutos e relativos Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 15: Estrutura e 1 g> H RMN Os espectros de N, N-dimetilacetamida a 22,5 ° C em tolueno-d 8. (a) RMN de 1H expansão da região 2,13-2,66 ppm antes da irradiação. (B) expansão da mesma região após a irradiação do grupo metilo a 2,17 ppm. (C) espectro de diferença [(a) - (b)]. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 16: Exemplo do enredo da SSTD η e seu ajuste exponencial a 278 K. Reproduzido a partir da informação de suporte de referência 21 com permissão da Royal Society of Chemistry.http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig16large.jpg "target =" _ blank "> Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 17: A parcela de η SSTD vs. tempo de saturação em diferentes temperaturas. A figura mostra o gráfico de N, N-dimetilacetamida e a tabela com as constantes taxas obtidas e tempos de relaxação. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Figura 18:. Trama Eyring A figura mostra o gráfico de N, N-dimetilacetamida. Por favor clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
t sentou (seg) | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD |
(T = 278 K) | (T = 283 K) | (T = 285,5 K) | (T = 288 K) | (T = 290,5 K) | (T = 293 K) | (T = 295,5 K) | |
40 | 0,2526 | 0,3957 | 0,4671 | 0,5461 | 0,626 | 0,6969 | 0,7535 |
20 | 0,2526 | 0,3957 | 0,4671 | 0,5461 | 0,626 | 0,6969 | 0,7535 |
10 | 0,2383 | 0,3806 | 0,4537 | 0,5355 | 0,6199 | 0,6969 | 0,7535 |
5 | 0,1904 | 0,3193 | 0,3919 | 0,481 | 0,5734 | 0,6638 | 0,7318 |
2.5 | 0,1263 | 0,2204 | 0,2812 | 0,3589 | 0,4449 | 0,5461 | 0,626 |
1,25 | 0,0761 | 0,1353 | 0,171 | 0,2247 | 0,2868 | 0,3732 | 0,4449 |
0,625 | 0,0467 | 0,0739 | 0,099 | 0,1327 | 0,171 | 0,2291 | 0,2758 |
0,3 | 0.0238 | 0,044 | 0,0472 | 0,0644 | 0,0847 | 0,1169 | 0,1463 |
Tabela 1:. Valores de SSTD η A tabela mostra os valores obtidos a diferentes tempos de saturação para a N, N- dimetilacetamida na gama de temperaturas 278-295.5 K.
AH ‡ (KJ mol -1)Método | SSTD NMR | SST RMN 31 td> | Análise de linha-forma | Análise de linha-forma | Análise de linha-forma |
Parâmetro | (Este trabalho) | (1H RMN) 4 | (1H RMN) 5 | (13 C RMN) 6 | |
E um (KJ mol -1) 298 | 79,7 ± 0,1 | 73,1 ± 1,4 | 70,5 ± 1,7 | 82,0 ± 1,3 | 79,5 ± 0,4 |
77,2 ± 0,1 | 70,6 ± 1,4 | 68 | 79,5 ± 0,4 | 76,6 ± 0,4 | |
Ds ‡ (J K -1 mol -1) | 11,5 ± 0,4 | -10.5 ± 5.0 | -15,0 ± 5.1 | 13 ± 8 | 3 ± 4 |
ΔG ‡ 298 (kJ mol -1) | 73,8 ± 0,1 | 73,7 ± 2,0 | 72.5 | 75,3 ± 0,4 | 75,7 ± 0,4 |
Solvente | Tol- d 8 | Tol- d 8 | CCl4 | Acetona-d 6 | puro |
Tabela 2:. Parâmetros de Activação A tabela mostra os parâmetros de activação para a rotação interna de N, N-dimetilacetamida obtida pelo método SSTD RMN comparados com os mesmos parâmetros obtidos usando os diferentes métodos de RMN para análise 4,5,6 Erros nesta tabela. referem-se a erros de desvio padrão (SD). (Reproduzido de referência 21 com permissão da Royal Society de Química).
One of the more obvious advantages of this methodology is that the rate constants and the relaxation time for a given temperature can be obtained with a single set of experiments, with a robust pulse sequence (the same used for STD experiments to study protein-ligand interactions, which is typically found within the available set of experiments from the spectrometer manufacturer). This simplifies the experimental setup since there is no need to measure T1 or reach steady state saturation. Besides, it is remarkable that this method does not depend on the magnet strength, as coalescence methods. On the other hand, the main limitation is that this technique cannot be applied to chemical exchange processes too fast or too slow, which would depend on the temperature range of the NMR machine or the solvents used.
This new technique for the calculation of kinetic parameters can be applied to a great variety of substrates and its applicability has already been demonstrated with some interesting molecules.21 The kinetic parameters of the 4-N,N-dimethylamido[2.2]paracyclophane, a challenging substrate in which the signal of one of the methyl groups of interest is overlapped with other signals from the molecule, were successfully calculated using SSTD NMR. Interestingly, this methodology can be applied as long as one of the signals of study is isolated. SSTD NMR is also a useful protocol for the calculation of kinetic parameters in molecules in which the coalescence temperature is so high that the molecule decomposes before reaching it. This is the case with PtCl2(dimethylallene)(pyridine), in which the methodology was successfully applied without the need of reaching coalescence. The choice of solvents and temperatures is critical to obtain good results, since the chemical exchange rates can vary significantly with these parameters. Moreover, in addition to the criteria in a normal NMR experiment, key steps in a SSTD NMR experiment are the selectivity of the irradiation as well as the temperature control. Both factors have to be precise to guarantee the success of the experiment.
The representative results presented here are for the kinetics of intramolecular chemical exchange, but the technique can also be applied to study the kinetics of intermolecular chemical exchange and also ligand exchange, common processes in the dynamic behavior of transition metal complexes.
Finally, providing a proper modification of the equations is made,32 this method could be extended to deal with multi-site exchange and unequal populations, as it has been done in former double resonance experiments,8-9 increasing the usefulness of this technique for the study of chemical exchange processes in challenging compounds.
The authors declare that they have no competing financial interests.
Funding by the University of East Anglia, the EPSRC (EP/L012855/1) and the EU (H2020-MSCA-IF-2014-EF-ST-658172) is gratefully acknowledged (MTQ).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
N,N-dimethylacetamide | Aldrich | 38840 | Acute toxicity |
Toluene-d8 | Fluorochem | D-005 | Flammable and toxic |
500 MHz 7" Select Series NMR Tubes | GPE LTD | S-5-500-7 | |
TopSpin 2.1 | TopSpin program, Bruker Corp., http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/ (2015). | ||
Origin 6.0 | Origin 6.0 software, OriginLab Corp., http://originlab.com. | ||
Bruker Avance III 500 MHz fitted with 5 mm broadband observed BBFOplus Z-gradient SmartProbeTM probe | Bruker Corp., http://www.bruker.com | ||
Bruker Avance I 500 MHz Inverse Triple Resonance NMR spectrometer fitted with a 5 mm TXI Z-gradient probe | Bruker Corp., http://www.bruker.com | ||
Ceramic Spinner standardbore shimsystems (5 mm) | Bruker Corp., http://www.bruker.com | H00804 |
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