Method Article
A detailed protocol describing the SSTD NMR method is presented here to help new users apply this new method to obtain the kinetic parameters of their own systems undergoing chemical exchange.
Diese detaillierte Protokoll beschreibt die neue Spin Sättigungstransfer-Differenz Kernspinresonanz-Protokoll (SSTD NMR), die vor kurzem in unserer Gruppe entwickelten Verfahren der gegenseitigen Ort chemischen Austausch zu studieren, die schwer mit herkömmlichen Methoden zu analysieren. Wie der Name schon vermuten lässt, kombiniert diese Methode die Spin-Methode Sättigungstransfer für kleine Moleküle verwendet, mit dem Sättigungstransfer-Differenz (STD) NMR-Methode zur Untersuchung von Protein-Ligand-Interaktionen eingesetzt, durch transiente Spinsättigungstransfer Messung Sättigungszeiten entlang zunehmender (Build -up Kurven) in kleinen organischen und metallorganischen Moleküle chemischen Austausch unterzogen.
Vorteile dieses Verfahrens gegenüber existierenden sind: es besteht keine Notwendigkeit Koaleszenz der Austausch von Signalen zu erreichen; kann das Verfahren solange ein Signal der Austausch von Websites isoliert angewendet werden; besteht keine Notwendigkeit , T 1 oder eingeschwungenen Zustand erreichen die Sättigung zu messen; Geschwindigkeitskonstante vaLues werden direkt gemessen, und T & sub1 ; -Werte sind in dem gleichen Experiment unter Verwendung von nur einem Satz von Experimenten erhalten.
Um das Verfahren zu testen, haben wir die Dynamik der gehinderten Rotation von N, N -dimethylamides untersucht, für die viele Daten zum Vergleich zur Verfügung steht. Die thermodynamischen Parameter mit SSTD erhalten werden, sind sehr ähnlich zu den berichteten diejenigen (Spin-Sättigungstransfertechniken und Linienformanalyse). Das Verfahren kann auf anspruchsvollere Substrate aufgebracht werden, die nicht von früheren Verfahren untersucht werden können.
Wir sehen, dass die einfache experimentelle Aufbau und die breite Anwendbarkeit des Verfahrens auf eine große Vielfalt von Substraten wird dies eine übliche Technik unter ökologischen und Metallorganikern ohne umfangreiches Know-how in der NMR machen.
Chemische Austausch bezieht sich allgemein auf jede inter- oder intramolekularen Prozess, in dem ein Kern von einer Umgebung in eine andere bewegt, in der seine NMR-Parameter (chemische Verschiebung, skalare Kopplung, dipolaren Kopplung, Relaxationsrate) unterscheiden. Es gibt zahlreiche Beispiele von chemischen Austausch in der organischen und metallorganischen Moleküle (zB Rotationsbarrieren in Biarylen, Ring Spiegeln Barrieren und Konformationsgleichgewicht, Stickstoff Inversion, die Ligandenbindung, degenerierten Ligandenaustausch und Tautomerisierung). 1-3 Die chemische Wechselkurs wird im Zusammenhang mit die Thermodynamik der Barriere des Austauschprozesses und damit seine Studie ist von entscheidender Bedeutung, Molekulardynamik dieser Systeme zu verstehen.
Das klassische Zeichen des dynamischen Austausch in der NMR ist eine dramatische Veränderung in der Linienform der NMR-Signale, wie sich die Temperatur ändert. Bei niedrigen Temperaturen ist das Verfahren langsam und zwei unterschiedliche chemische Verschiebungen sind Beobachved. Bei hohen Temperaturen verschmelzen die beiden Signale zu einem Signal, das als "Koaleszenz" bekannt ist. Bei mittleren Temperaturen, werden die Signale sehr breit. Diese Empfindlichkeit des NMR-Spektrums zu chemischen Austausch macht NMR eine sehr leistungsfähige Methode, um die Dynamik von Molekülen in Lösung zu untersuchen. Zwei Methoden wurden bei der Untersuchung von dynamischen Prozessen in Lösung , die hauptsächlich verwendet. Linienformanalyse, 4-7 und Spinsättigungstransfer Experimente 8-9 Außerdem ist es auch erwähnenswert ist die Umkehrung Übertragungsverfahren 10 und das CIFIT Programm 11 für die direkte Extraktion von Geschwindigkeitskonstanten, die eine relativ effizienten Ansatz für den Austausch Messungen in einfachen Systemen sind. Obwohl diese Verfahren in den meisten Fällen sehr gute Ergebnisse liefern, sie haben jedoch eine Reihe von Nachteilen. Der Hauptnachteil der Linienformanalyse sind die hohen Temperaturen in einigen Proben zu erreichen Verschmelzen benötigt wird . 12 Die wichtigsten Fragen , wenn ca zu berücksichtigenrrying out Spinsättigungstransferexperimente sind: die sehr lange Sättigungszeiten erforderlich , um den stationären Zustand Sättigungstransfer zwischen den Austauschstellen zu erreichen, und die Notwendigkeit , die longitudinale Relaxationszeit, T 1, um zu bestimmen , was schwierig sein kann , wenn es eine Überlappung der verschieden ist Signale im Bereich der Studie. 13
Im Rahmen unserer Untersuchungen in organometallische Mechanismen ist 14-16 unsere Gruppe das fluktuierende Verhalten von Platin-Allenkomplexe in Lösung zu studieren. Dies ist eine komplexe Aufgabe, die mindestens drei verschiedene Prozesse beinhaltet, von denen die π-face wobei Austausch oder Drehung des Metalls um einen der Allenachse. Wir stießen auf, dass normale VT Experimente und Linienformanalysetechniken , die zuvor in ähnlichen Systemen verwendet wurden, 17-19 in unserer Studie nicht geeignet waren, aufgrund einer sehr langsamen Drehung in unserem Platin-Allen - Komplex, der die Koaleszenz Temperatur des aus signals von Interesse höher als die Temperatur der Zersetzung des Komplexes.
Um diese Einschränkung zu überwinden, die wir entwickelt und vor kurzem berichtet , ein neues NMR - Protokoll (SSTD NMR) Prozesse der gegenseitigen Ort chemischen Austausch zu studieren. 20 Wie der Name dieser Methode schlägt die Spin Sättigung Transfer - Methode für kleine Moleküle verwendet , kombiniert mit der Sattigungsubertragung Difference NMR - Methode für die Untersuchung von Protein-Ligand - Interaktionen eingesetzt, 21-24 durch transiente Spinsättigungstransfer Messung entlang Sättigungszeiten zu erhöhen (build-up - Kurven) in kleinen Molekülen chemische Austausch unterzogen.
Mit dieser neuen Methode (SSTD NMR) haben wir gezeigt, dass wir die kinetischen Parameter der intramolekularen chemischen Austausch in kleinen organischen und organometallischen Molekülen einige zusätzliche Vorteile gegenüber herkömmlichen Ansätzen erhalten: Koaleszenz der Signale nicht erforderlich ist, so dass ein flexibler Temperaturbereich kann verwendet werdenin der Studie; Signalüberlappung nicht stört, obwohl mindestens eine der Austausch Resonanzen getrennt werden sollte; besteht keine Notwendigkeit , T 1 oder eingeschwungenen Zustand erreichen die Sättigung zu messen; Geschwindigkeitskonstante Werte werden direkt und T & sub1 ; -Werte gemessen werden , in dem gleichen Experiment erhalten wurde , nur eine Reihe von Experimenten unter Verwendung von . Ein weiterer bemerkenswerter Vorteil der SSTD NMR Methodik ist, dass im Gegensatz zur Analyse Linienform, die Bestimmung der Kinetik Geschwindigkeitskonstanten nicht durch die Erhöhung der Koaleszenz Temperaturen mit hohen Magnetfeldern zugeordnet begrenzt. Somit ist unsere Methodik dann sehr gut für niedrige und hohe Magnetfelder angeeignet. Dieser Artikel soll neuen Benutzern zu helfen, diese neue Methode, um ihre eigenen Systeme unterziehen chemischen Austausch anzuwenden und beschreibt die Probenvorbereitung, Versuchsaufbau, Datenerfassung, und ein Beispiel für die Datenverarbeitung und Analyse in einem einfachen organischen Moleküls.
Achtung: Bitte konsultieren Sie alle relevanten Sicherheitsdatenblätter (MSDS) vor dem Gebrauch.
1. NMR-Probenvorbereitung
2. NMR Experimenteller Aufbau 25
3. NMR-Datenerfassung eind Verarbeitung 25
4. Datenanalyse 30
Die SSTD NMR - Technik zur Berechnung der kinetischen Parameter in der Rotation der Amidbindung von N, N - Dimethylacetamid angewendet wurde. 21 Dies ist ein einfaches Beispiel für die umfangreiche Vergleichsdaten können in der Literatur gefunden werden. 31
Die gehinderten Rotation um die Amidbindung, aufgrund der partiellen Doppelbindungscharakter in der Resonanzform unterscheidet beide Methylgruppen in zwei Signale in dem 1 H-NMR - Spektren (2,61 ppm und 2,17 bei 22,5 ° C). Spin Sättigung des Signals der Methylgruppe bei 2,17 ppm (Me B) führt zum Verschwinden seines Signals in den 1 H - NMR. Nach Sättigung der Me B, Übertragung der Sättigung zu der anderen Methylgruppe (Me A) aufgrund des Innendrehvorgang kann durch eine Abnahme der 1 H - Intensität in dem Signal bei 2,61 ppm beobachtet werden. Die magnitude dieser Abnahme hängt von der Sättigungszeit abhängen. Abbildung 15 das 1 H - NMR - Spektren des N, N - Dimethylacetamid bei 22,5 ° C zeigt, und die Dehnungen zeigen die Spektren ohne (a) und (b) eine Sättigung des Methyl Gruppe bei 2,17 ppm, sowie die Differenzspektrum (c), verwendet , um die Werte von η SSTD zu berechnen. Der η SSTD Faktor berechnet den Wert des Integral von Me A im SSTD NMR - Spektrum (c) durch den Wert des Integral der Me A in Spektren Teilen (a), wie im Protokoll erklärt. Die erhaltenen Werte von η SSTD für jede Sättigungszeit bei verschiedenen Temperaturen sind in Tabelle 1 gesammelt. Das Grundstück der erhaltenen Werte von η SSTD gegenüber dem Sättigungszeit gab exponentieller Kurven , in denen ein Plateau bei höheren Sättigungszeiten erreicht wurde. Für eine bestimmte Temperatur erlaubt die exponentielle Anpassung der Kurve auf die Berechnung der RateKonstante (k) und die Relaxationszeit des 1 H des gemessenen Signals (T 1A) (Abbildung 16). Abbildung 17 zeigt alle erhaltenen Kurven zusammen mit dem k und T 1A - Werte in den Passungen erhalten.
Schließlich wurden die Auftragung von ln (k / T) gegen 1 / T und der Anpassung an die Eyring - Gleichung (18) verwendet , um die Enthalpie und Entropie - Aktivierung zu berechnen. Die ermittelten Aktivierungsparameter sind in Tabelle 2 zusammen mit den zuvor berichteten Parameter gezeigt unterschiedlichen Methoden berechnet.
Wie die Werte der Aktivierungsparameter mit dem Spin Sättigungstransfer - Differenz - Technik (SSTD NMR) sind in ausgezeichneter Übereinstimmung mit den Daten , die zuvor erhalten in Tabelle 2 beobachtet werden , berichtet , andere Techniken, wie NMR oder SSTLinienformanalyse. Der breite Bereich von Werten für & Delta; S ‡ gemeldet ist aufgrund der Schwierigkeit bei der Messung dieses Parameters mit NMR - Techniken. 31 Wie für den Rest der Aktivierungsparameter, die Werte mit unserem Verfahren erhalten werden , nicht nur sehr ähnlich denen , die bereits berichtet sondern auch genauer, da unsere Fehler (SD) kleiner sind in allen Fällen.
Abbildung 1: Liste der Experimente nach rpar eingeben. Die Abbildung zeigt die verschiedenen Parametersätze unter denen STDDIFFESGP ausgewählt werden soll. Bitte klicken Sie hier , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 2:.. Erfassungsparameter Die Schaltfläche in einem roten Quadrat , um eine Liste der verschiedenen Pulsprogramme führt hervorgehoben Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 3:.. Liste der Pulsprogramme Die Abbildung zeigt die gewählte Impulsprogramm im Experiment (STDDIFF) Bitte klicken Sie hier , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 4: Pop-up - Fenster erscheint nach dem 90º - Impuls Kalibrierung Die Figur , die die Werte der kalibrierten zeigt 90 &. # 176; Puls bei unterschiedlichen Leistungspegeln. Bitte klicken Sie hier , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 5:.. Screenshot von der Kommandozeile Die Abbildung zeigt , wie der Wert für den kalibrierten harten Puls einzuführen Bitte klicken Sie hier , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 6:. Wert für die Länge des geformten Pulses Die Abbildung zeigt , wie der Wert für die Länge des geformten Pulses einzuführen. g6large.jpg "target =" _ blank "> Bitte hier klicken, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 7:.. Acquisition Parameter Die Abbildung zeigt die Leistungsparameter Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 8:. Parameter für den geformten Puls Die Werte für die Form Impuls 13 in Leitung eingeführt werden Bitte klicken Sie hier um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
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. Abbildung 9: Liste der Bestrahlungsfrequenzen Die Abbildung enthält die folgenden Daten in den drei ersten Zeilen: Zeile 1. P (zeigt an, dass die folgenden Daten in ppm); Row 2 Frequenz des Signals in ppm bestrahlt werden, gemessen. in 3.1.1; Row 3,40 ppm (eine Frequenz , die weit von den 1 H - Signale der Verbindung ist , so dass die Bestrahlung in dieser Frequenz nicht die Spektren nicht beeinflusst). Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 10:. Die Verarbeitung des ersten FID Die Abbildung zeigt die Pop - up - Fenster , das nach der Eingabe von efp erscheint. nk "> Bitte klicken Sie hier, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abb . 11:. Die Phasenkorrektur Screenshot das Fenster für die manuelle Phasenkorrektur zeigt Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 12:. Die Verarbeitung des zweiten FID Die Abbildung zeigt die Pop - up - Fenster , das efp nach der Eingabe angezeigt. Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
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Abbildung 13: Mehrfachdarstellung von Spektren 2 und 3. Die Taste in einem roten Quadrat markiert ist derjenige , der die Differenzspektren zu berechnen. Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abb . 14:. Integralen Registerkarte Die Abbildung zeigt die Werte der absoluten und relativen Integrale Bitte klicken Sie hier um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 15: Aufbau und 1 g> H NMR Spektren von N, N - Dimethylacetamid bei 22,5 ° C in Toluol-d 8 (a) 1 H NMR Erweiterung des Bereichs von 2,13 bis 2,66 ppm vor der Bestrahlung. (B) Expansion des gleichen Bereichs nach der Bestrahlung der Methylgruppe bei 2,17 ppm. (C) Differenzspektrum [(a) - (b)]. Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 16: Beispiel für die Auftragung von η SSTD und seine Exponentialfit bei 278 K. Reproduziert von den Hintergrundinformationen von Referenz 21 mit Genehmigung der Royal Society of Chemistry.http://ecsource.jove.com/files/ftp_upload/54499/54499fig16large.jpg "target =" _ blank "> Bitte hier klicken, um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 17: Grund η SSTD vs. Sättigungszeit bei verschiedenen Temperaturen. Die Abbildung zeigt das Diagramm für N, N - Dimethylacetamid und der Tabelle mit den erhaltenen Raten Konstanten und Relaxationszeiten. Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
Abbildung 18:. Eyring Plot Die Abbildung zeigt das Diagramm für N, N - Dimethylacetamid. Bitte hier klicken , um eine größere Version dieser Figur zu sehen.
t saß (sec) | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD | η SSTD |
(T = 278 K) | (T = 283 K) | (T = 285,5 K) | (T = 288 K) | (T = 290,5 K) | (T = 293 K) | (T = 295,5 K) | |
40 | 0,2526 | 0,3957 | 0,4671 | 0,5461 | 0,626 | 0,6969 | 0,7535 |
20 | 0,2526 | 0,3957 | 0,4671 | 0,5461 | 0,626 | 0,6969 | 0,7535 |
10 | 0,2383 | 0,3806 | 0,4537 | 0,5355 | 0,6199 | 0,6969 | 0,7535 |
5 | 0,1904 | 0,3193 | 0,3919 | 0,481 | 0,5734 | 0,6638 | 0,7318 |
2.5 | 0,1263 | 0,2204 | 0,2812 | 0,3589 | 0,4449 | 0,5461 | 0,626 |
1,25 | 0,0761 | 0,1353 | 0,171 | 0,2247 | 0,2868 | 0,3732 | 0,4449 |
0,625 | 0,0467 | 0,0739 | 0,099 | 0,1327 | 0,171 | 0,2291 | 0,2758 |
0,3 | 0,0238 | 0,044 | 0,0472 | 0,0644 | 0,0847 | 0,1169 | 0,1463 |
Tabelle 1:. Werte von η SSTD Die Tabelle zeigt die Werte bei verschiedenen Sättigungszeiten erhalten für N, N - Dimethylacetamid im Bereich von Temperaturen von 278 bis 295,5 K.
& Delta; H ‡ (kJ mol -1)Methode | SSTD NMR | SST NMR 31 td> | Linienformanalyse | Linienformanalyse | Linienformanalyse |
Parameter | (Diese Arbeit) | (1 H NMR) 4 | (1 H NMR) 5 | (13 C NMR) 6 | |
E a 298 (kJ mol -1) | 79,7 ± 0,1 | 73,1 ± 1,4 | 70,5 ± 1,7 | 82,0 ± 1,3 | 79,5 ± 0,4 |
77,2 ± 0,1 | 70,6 ± 1,4 | 68 | 79,5 ± 0,4 | 76,6 ± 0,4 | |
& Delta; S ‡ (J mol -1 K -1) | 11,5 ± 0,4 | -10,5 ± 5,0 | -15,0 ± 5,1 | 13 ± 8 | 3 ± 4 |
& Delta; G ‡ 298 (kJ mol -1) | 73,8 ± 0,1 | 73,7 ± 2,0 | 720,5 | 75,3 ± 0,4 | 75,7 ± 0,4 |
Lösungsmittel | Tol- d 8 | Tol- d 8 | CCl 4 | Aceton - d 6 | ordentlich |
Tabelle 2:. Aktivierungsparameter Die Tabelle zeigt die Aktivierungsparameter für die interne Rotation von N, N - Dimethylacetamid durch die SSTD NMR - Verfahren erhalten , verglichen mit den gleichen Parametern mit verschiedenen NMR - Methoden zur Analyse erhaltenen 4,5,6 Fehler in dieser Tabelle. beziehen sich auf die Standardabweichung Fehler (SD). (Wiedergabe aus Lit. 21 mit Genehmigung der Royal Society of Chemistry).
One of the more obvious advantages of this methodology is that the rate constants and the relaxation time for a given temperature can be obtained with a single set of experiments, with a robust pulse sequence (the same used for STD experiments to study protein-ligand interactions, which is typically found within the available set of experiments from the spectrometer manufacturer). This simplifies the experimental setup since there is no need to measure T1 or reach steady state saturation. Besides, it is remarkable that this method does not depend on the magnet strength, as coalescence methods. On the other hand, the main limitation is that this technique cannot be applied to chemical exchange processes too fast or too slow, which would depend on the temperature range of the NMR machine or the solvents used.
This new technique for the calculation of kinetic parameters can be applied to a great variety of substrates and its applicability has already been demonstrated with some interesting molecules.21 The kinetic parameters of the 4-N,N-dimethylamido[2.2]paracyclophane, a challenging substrate in which the signal of one of the methyl groups of interest is overlapped with other signals from the molecule, were successfully calculated using SSTD NMR. Interestingly, this methodology can be applied as long as one of the signals of study is isolated. SSTD NMR is also a useful protocol for the calculation of kinetic parameters in molecules in which the coalescence temperature is so high that the molecule decomposes before reaching it. This is the case with PtCl2(dimethylallene)(pyridine), in which the methodology was successfully applied without the need of reaching coalescence. The choice of solvents and temperatures is critical to obtain good results, since the chemical exchange rates can vary significantly with these parameters. Moreover, in addition to the criteria in a normal NMR experiment, key steps in a SSTD NMR experiment are the selectivity of the irradiation as well as the temperature control. Both factors have to be precise to guarantee the success of the experiment.
The representative results presented here are for the kinetics of intramolecular chemical exchange, but the technique can also be applied to study the kinetics of intermolecular chemical exchange and also ligand exchange, common processes in the dynamic behavior of transition metal complexes.
Finally, providing a proper modification of the equations is made,32 this method could be extended to deal with multi-site exchange and unequal populations, as it has been done in former double resonance experiments,8-9 increasing the usefulness of this technique for the study of chemical exchange processes in challenging compounds.
The authors declare that they have no competing financial interests.
Funding by the University of East Anglia, the EPSRC (EP/L012855/1) and the EU (H2020-MSCA-IF-2014-EF-ST-658172) is gratefully acknowledged (MTQ).
Name | Company | Catalog Number | Comments |
N,N-dimethylacetamide | Aldrich | 38840 | Acute toxicity |
Toluene-d8 | Fluorochem | D-005 | Flammable and toxic |
500 MHz 7" Select Series NMR Tubes | GPE LTD | S-5-500-7 | |
TopSpin 2.1 | TopSpin program, Bruker Corp., http://www.bruker.com/products/mr/nmr/nmr-software/software/topspin/ (2015). | ||
Origin 6.0 | Origin 6.0 software, OriginLab Corp., http://originlab.com. | ||
Bruker Avance III 500 MHz fitted with 5 mm broadband observed BBFOplus Z-gradient SmartProbeTM probe | Bruker Corp., http://www.bruker.com | ||
Bruker Avance I 500 MHz Inverse Triple Resonance NMR spectrometer fitted with a 5 mm TXI Z-gradient probe | Bruker Corp., http://www.bruker.com | ||
Ceramic Spinner standardbore shimsystems (5 mm) | Bruker Corp., http://www.bruker.com | H00804 |
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