R.K. and F.H. are grateful for the EU-commision for financial support within the Marie-Sklodowska ITN Biocascades (Nr. 634200).

Precaución: Por favor, consulte a todas las hojas de datos de seguridad de materiales pertinentes (MSDS) antes de usar. Varios de los productos químicos utilizados en estas síntesis son muy tóxico y cancerígeno. Todas las etapas que implican disolventes orgánicos nocivos, en particular la extracción de los productos de reacción y la derivatización de los ácidos grasos deben llevarse a cabo bajo una campana de extracción usando el equipo de protección personal (gafas de seguridad, guantes, bata de laboratorio, pantalones largos, zapatos cerrados ). Todas las operaciones que implican organismos modificados genéticamente en este trabajo requieren instalaciones que están aprobados para el manejo de organismos modificados genéticamente del nivel de seguridad S1. 1. Expresión de la descarboxilasa recombinante en E. OLET JE coli <ol><li> Preparación de la cepa de producción <ol><li> Preparar un gen sintético de OLET JE de Jeotgalicoccus y se clonó en el vector de expresión pASK-IBA37plus como se describe. 8 </sup&gt; NOTA: Para evitar la degradación de los ácidos grasos por las enzimas del metabolismo bacteriano, E. se utilizó coli cepa JW5020 de la colección de Keio con una vía disfuncional para la degradación de ácidos grasos. </li></ol></li><li> El cultivo y la inducción de la expresión de la enzima <ol><li> Preparar un precultivo inoculando la E. coli JW5020 OLET mutante de una placa de LB-(que contiene 100 mg ml -1 ampicilina) en dos de 3 ml de medio LB en tubos de ensayo. Ampicilina pipeta (100 mg ml -1) de una solución madre en el medio de selección y se incuba a 37 ° C durante 15 horas en una incubadora de agitación a 180 rpm. </li><li> Añadir 2 ml de las culturas pre-dos 200 ml de medio LB, que contenía ampicilina (100 mg ml -1), en 1 L de frascos de agitación. La incubación tiene lugar a 37 ° C y 180 rpm. </li><li> Monitorear el cambio en OD 600nm después de la inoculación. Cuando el OD 600 alcanza un valor entre 0.6 unad 0,8 inducir la expresión mediante la adición de tetraciclina (0,2 mg ml -1). Incubar los cultivos durante 15 horas a 20 ° C y 180 rpm. NOTA: Como OLET JE contiene un cofactor hemo, es necesaria la adición de ácido levulínico δ-amino (0,5 mM) antes de la inducción para proporcionar el cultivo con un precursor para la síntesis de cofactor. </li></ol></li><li> La lisis celular <ol><li> Llevar a cabo los siguientes pasos en el hielo. La transferencia de las culturas por decantación o pipeteo en tubos de centrífuga y el uso de una escala para garantizar la igualdad de distribución. Centrifugar los cultivos durante 20 minutos a 12.000 xga 4 ° C. </li><li> desechar con cuidado el sobrenadante y volver a suspender los pelets en 50 ml de tampón (Tris 50 mM, NaCl 200 mM, pH 7,5) mediante pipeteo y la transferencia de la suspensión en un tubo de centrífuga cónico. </li><li> Después de la centrifugación durante 15 minutos a 4000 xga 4 ° C descartar el sobrenadante, resuspender cada sedimento en 3 ml de tampón por pipeteado. </li><li> Realizar la lisis celular por lonicating las soluciones en hielo (tres ciclos x 30 seg), dejando una pausa de 1 minuto entre los ciclos. Centrifugar las soluciones durante 20 min a 15.000 xg a 4 ° C para eliminar los desechos de células y transferir el sobrenadante a un tubo de centrifugación cónico sin perturbar el sedimento por pipeteado. Se desecha el precipitado. NOTA: Una fracción de disolvente se puede utilizar directamente para la biocatálisis después de moléculas pequeñas se eliminan. La segunda fracción será utilizado para la purificación de la Su-etiquetados OLET JE. </li></ol></li><li> La eliminación de pequeñas moléculas de celulares extractos <ol><li> Antes de usar el extracto crudo en la biocatálisis eliminar pequeñas moléculas que podrían interferir con la formación de peróxido de hidrógeno o de transferencia de electrones con la pipeta 3 ml de extracto libre de células en una unidad de filtro de centrífuga con una membrana y se centrifuga 10 kDa a 4000 xga 4 ° C. Resuspender la proteína restante en 3 ml de Tris-HCl-buffer. </li></ol></li><li> La purificación del OLET </strong&gt; <ol><li> Aplicar 3 ml de la segunda extracto celular a sus columnas de centrifugación Pur Ni-NTA, que han sido equilibrada con tampón de equilibrio antes de (Tris 20 mM, NaCl 300 mM, imidazol 10 mM). </li><li> Sellar las columnas con los tapones inferiores y superiores tapones de rosca y agitar ligeramente hasta que la resina se distribuye por igual con el extracto libre de células. Incubar las columnas cargadas de 30 min en un agitador de cabeza a 4 ° C. </li><li> Lavar las columnas con 1 ml de tampón de lavado (Tris 20 mM, NaCl 300 mM, imidazol 20 mM, pH 7,4) por centrifugación a 700 xg durante 2 min. Repita este paso dos veces. </li><li> Colocar las columnas en un tubo de centrifugación cónico fresco y añadir 1 ml de tampón de elución (Tris 20 mM, NaCl 300 mM, imidazol 250 mM, pH 7,4) OLET JE. Centrifugar a 700 xg durante 2 minutos y repetir este paso dos veces. NOTA: El imidazol se unirá a níquel y por lo tanto eliminar OLET JE de la columna. </li><li> La transferencia de la elución de una unidad de filtro de centrífuga (10 kDa membrana) y centrifugar a 4000 xg a 4 ° C para eliminar el imidazol. </li><li> Comprobar la pureza de la enzima por una SDS-PAGE (15%). 9 Mix 3 l de la elución con un tampón de SDS-(1x concentración final) e incubar la solución a 95 ° C durante 5 min para la desnaturalización. Posteriormente aplicar la cantidad total en una SDS-PAGE. Correr el gel a 35 mA usando un patrón de proteína comercial. Detectar la proteína a 50 kDa. </li><li> Para determinar la concentración de proteína disponible utilizar un BSA-kit comercial. Pipeta de 50 l de proteína de las muestras diluidas (1: 100, 1: 200, 1: 500) y patrón de BSA (0, 20, 30, 40,50, 60, 80, 100 mg ml -1) en una placa de 96 pocillos . Añadir 200 l de reactivo de Bradford, medir la absorbancia a 595 nm después de 15 min con un fluorímetro y calcular las concentraciones usando la curva estándar. </li></ol></li></ol> 2. Biotransformación-Light catalizada <ol><li> Reacciones biocatalíticas sin adición de peróxido de hidrógeno<ol><li> Preparar una solución de 10 ml de stock de 10 mM de ácido esteárico (M r 284,5 g mol -1) mediante la adición de 10% (v / v) Tergitol y 0,0284 g de ácido esteárico a agua destilada. Calentar la solución en una cámara de calentamiento a 60 ° C hasta que el ácido graso está completamente disuelto. </li><li> Biocatálisis y toma de muestras <ol><li> Preparar dos 2 ml de mezclas de reacción que contienen mM EDTA 50, FMN 0,01 mM, ácido esteárico 0,5 en Tris-HCl-buffer. Añadir una barra de agitación magnética para el suministro de oxígeno suficiente y colocar los tubos de vidrio en un baño de agua, se calentó a 25 ° C. </li><li> Añadir 200 g ml-1 de enzima purificada o 10% (v / v) de extracto libre de células a cada uno de las mezclas de reacción y iluminarlos con una bombilla de vidrio transparente (120 W) en 15 cm de distancia de los tubos de reacción. </li><li> Tomar muestras de 200 l en puntos de tiempo específicos (0, 10, 30, 60 y 120 min y durante la noche) detener la reacción con HCl 20 l 37%. Añadir 5 l de ácido mirístico (10 mM de modolución) como estándar interno. </li></ol></li></ol></li><li> Análisis de productos de la reacción <ol><li> Para la extracción de añadir 500 l de acetato de etilo a las muestras dos veces, invertir los tubos y centrifugar durante 1 min a 13.000 x g. </li><li> Despegue 400 l del sobrenadante y dejar que el disolvente se evapore por completo. </li><li> Derivatizar los ácidos carboxílicos en ácido trimethylsilylcarboxylic mediante la adición de 200 l N -metil- N - (trimetilsilil) trifluoro acetamida (MSTFA). Incubar la solución a 60 ° C durante 30 min con el fin de convertir los grupos hidroxilo para trimetilsilil éteres. </li><li> Determinación de la conversión mediante GC / FID NOTA: Determinar la formación de 1-heptadeceno (RT: 8,34 min), ácido esteárico α- y β-hidroxi (RT: 12,05 y 12,1 min) y la disminución del sustrato (RT: 11,15 min) utilizando GC / FID. <ol><li> Establecer el perfil de temperatura se describe a continuación Configurar la temperatura de inyección de 340 ° C. Sostenerla temperatura inicial de la estufa es a 90 ° C durante 3,5 min y posteriormente se incrementa con 45 ° C min-1. A 220 ° C, mantener la temperatura durante 2 minutos. Después de un aumento repetido de 45 ° C min-1, mantenga la temperatura a 280 ° C durante 2 minutos y luego aumentar con 60 ° C min-1. NOTA: La temperatura máxima de 330 ° C se mantuvo durante 1,44 minutos. </li><li> Inyectar 4 l de la muestra, con una relación de división de 5 para obtener la volatilización rápida y mezcla homogénea con el helio gas portador. NOTA: En función de la temperatura creciente del sustrato y los productos entrarán en la fase de gas. Las sustancias son detectadas por el detector / FID GC después de pasar a la columna en tiempos de retención específicos y se muestran como los picos en la pantalla. Observar la formación de pico en el monitor. </li><li> Calcular la concentración de producto formado por la siguiente fórmula: <img alt="Ecuación 1" src="/files/ftp_upload/53439/53439eq1.jpg"/&gt; NOTA: El factor de calibración se ha determinado específicamente para este columna para cada sustrato y el producto mediante el cálculo de la curva estándar de cantidades conocidas de las sustancias derivatizadas y su área del pico correspondiente. </li></ol></li><li> Identificar los picos de ácido de olefinas y beta-hidroxi por GC / MS. <ol><li> Identificar los picos de ácido de olefinas y beta-hidroxi por GC / MS. Establecer el perfil de temperatura. Ajuste la temperatura de inyección de 250 ° C. Mantenga la temperatura del horno a 100 ° C durante 5 minutos y posteriormente se incrementará con 20 ° C min-1. NOTA: La temperatura máxima se mantiene durante 7,5 min. </li><li> Ajuste la temperatura del detector espectrómetro de masas a 250 ° C y escanear de 50 a 500 m / z en el modo de impacto electrónico. NOTA: Electron ionización de impacto elimina un solo electrón como resultado la formación de un catión radical que se hace pasar hacia adelante para el análisis de masas. Debido a los altos enlaces covalentes de energía dentro de la intramolarruptura molécula de la creación de fragmentos de menor m / z. Estos fragmentos forman una huella digital específica para una sustancia. </li><li> Se inyecta 1 l de la muestra. Detectar 1-heptadeceno después de 11,4 min Tiempo de retención por la huella digital correspondiente (Figura 2). </li></ol></li></ol></li></ol>

<ol>
	<li>Kourist, R., Dom&#236;nguez de Mar&#236;a, P., Miyamoto, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biocatalytic+strategies+for+the+asymmetric+synthesis+of+profens+-+recent+trends+and+developments.">Biocatalytic strategies for the asymmetric synthesis of profens - recent trends and developments.</a> Green Chem. , 2607-2618 (2011).</li><li>Holtmann, D., Fraaije, M. W., Arends, I. W., Opperman, D. J., Hollmann, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+taming+of+oxygen:+biocatalytic+oxyfunctionalisations.">The taming of oxygen: biocatalytic oxyfunctionalisations.</a> Chemical Comm. 50, 13180-13200 (2014).</li><li>Churakova, E., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Specific+photobiocatalytic+oxyfunctionalization+reactions.">Specific photobiocatalytic oxyfunctionalization reactions.</a> Ang. Chem. In. Ed. 123, 10904-10907 (2011).</li><li>Hollmann, F., Arends, I., Buehler, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biocatalytic+Redox+Reactions+for+Organic+Synthesis:+Nonconventional+Regeneration+Methods.">Biocatalytic Redox Reactions for Organic Synthesis: Nonconventional Regeneration Methods.</a> ChemCatChem. 2, 762-782 (2010).</li><li>Girhard, M., Kunigk, E., Tihovsky, S., Shumyantseva, V. V., Urlacher, V. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Light-driven+biocatalysis+with+cytochrome+P450+peroxygenases.">Light-driven biocatalysis with cytochrome P450 peroxygenases.</a> Biotechnol. Appl. Biochem. 60, 111-118 (2013).</li><li>Bartsch, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photosynthetic+production+of+enantioselective+biocatalysts.">Photosynthetic production of enantioselective biocatalysts.</a> Microb. Cell. Fact. 14, 53 (2015).</li><li>Rude, M. A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Terminal+olefin+(1-alkene)+biosynthesis+by+a+novel+P450+fatty+acid+decarboxylase+from+Jeotgalicoccus+species.">Terminal olefin (1-alkene) biosynthesis by a novel P450 fatty acid decarboxylase from Jeotgalicoccus species.</a> Appl. Environ. Microbiol. 77, 1718-1727 (2011).</li><li>Zachos, I., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photobiocatalytic+decarboxylation+for+olefin+synthesis.">Photobiocatalytic decarboxylation for olefin synthesis.</a> Chem. Comm. 51, 1918-1921 (2015).</li><li>Liu, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydrogen+peroxide-independent+production+of+&#945;-alkenes+by+OleTJE+P450+fatty+acid+decarboxylase.">Hydrogen peroxide-independent production of &#945;-alkenes by OleTJE P450 fatty acid decarboxylase.</a> Biotechnol. Biofuels. 7, 28 (2014).</li><li>Perez, D. I., Grau, M. M., Arends, I. W., Hollmann, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Visible+light-driven+and+chloroperoxidase-catalyzed+oxygenation+reactions.">Visible light-driven and chloroperoxidase-catalyzed oxygenation reactions.</a> Chem. Comm. 40 (44), 6848-6850 (2009).</li></ol>

The authors declare that they have no competing financial interests.

La generación impulsada por la luz de peróxido de hidrógeno se puede aplicar para un rango de transformaciones redox, incluyendo peroxygenases 3, chloroperoxidases 10 y P450 monooxigenasas 5. Es un enfoque sencillo y factible. A largo plazo, el uso de la luz visible se abre la perspectiva de utilizar la luz solar para las transformaciones químicas, que es una alternativa sostenible para las reacciones ricos en energía. El método es aplicable con la enzima purificada o con extracto libre de células. Mientras que este último requiere menos coste y el trabajo, hay que señalar que las pequeñas moléculas en el extracto crudo pueden interferir con la conversión de la luz catalizada. Un enfoque posible es eliminar estos componentes pequeños con una micromembrana (es decir, por centrifugación en una unidad de filtro centrífugo o por diálisis). La concentración de la molécula captador de luz FMN determina la concentración del peróxido de hidrógeno. Dependiendo de la Affinity de la oxidorreductasa, esta concentración es determinante para la actividad enzimática. Otro factor importante es la concentración del EDTA sacrificial donante de electrones. El parámetro más importante, sin embargo, es la estabilidad de funcionamiento y la actividad de la enzima. El olefinization de ácidos grasos es una reacción elegante para la conversión de ácidos grasos de origen biológico en olefinas que pertenecen a las principales materias primas para la industria química. La descarboxilación biocatalıtica luz impulsada se puede llevar a cabo a temperatura ambiente y a pH neutro, que ofrece claras ventajas en términos de sostenibilidad. Nuestros resultados muestran que la generación in situ de peróxido de hidrógeno es una estrategia para suministrar el cofactor sin perjudicar la estabilidad de la enzima, lo que lleva a una conversión alta. Los métodos actuales para la regeneración del cofactor utilizan productos agrícolas o productos químicos derivados del petróleo. reacciones impulsada por la luz están surgiendo como alternativa renovable. Futurola investigación estará dedicada a los métodos para la sustitución del reactivo EDTA sacrificio por moléculas más baratos y para reducir la cantidad de la molécula de FMN captador de luz.

El cambio climático y el previsible agotamiento de los recursos renovables supone una seria amenaza para nuestra sociedad. En este contexto, la catálisis enzimática representa un potencial todavía no está completamente explotado para el desarrollo de la química sostenible y &quot;verde&quot; 1. Oxidorreductasas tienen la capacidad de catalizar la introducción y modificación de grupos funcionales bajo condiciones de reacción suaves y pertenecen a los biocatalizadores más importantes 2. La mayoría de las transformaciones redox requieren el suministro de externo de cofactores tales como NAD (P) H. Los métodos para la regeneración de cofactor se han aplicado en escala industrial. Sin embargo, todavía resultan en altos costos del proceso, lo que limita su aplicación sobre todo a los productos de alto valor. Curiosamente, varios peroxidasas 3,4 y monooxigenasas P450 5 aceptan electrones de peróxido de hidrógeno a través de la denominada shunt peróxido. Mientras que el H 2 O 2 es un co-reactivo barato, se informa harmful para muchas enzimas. Una constante en la formación in situ de bajas concentraciones de peróxido de hidrógeno es un enfoque viable para conducir la reacción sin deteriorar la estabilidad operativa de la enzima. <img alt="Figura 1" src="/files/ftp_upload/53439/53439fig1.jpg" /> Figura 1. Estructura de ensayo de la descarboxilación de los ácidos grasos photobiocatalytic por OLET JE. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53439/53439fig1large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a> El uso de la luz como fuente de energía para los procesos químicos y biológicos ha estado recibiendo una atención creciente en los últimos años 6. Generación de luz impulsada de peróxido de hidrógeno se ha convertido en un método fácil y robusto para suministrar peróxido de hidrógeno para las transformaciones redox (Figura 1). Un fotocatalizador tal como flavina adenina lunonucleotide (FMN) permite la reducción de oxígeno molecular a peróxido de hidrógeno, que se utiliza entonces como cofactor para la reacción enzimática oxyfunctionalization. donantes de electrones posibles son ácido etilendiaminotetraacético (EDTA), ascorbato o el formiato de bajo costo. El método es aplicable en general para el H 2 O 2 enzimas dependientes, incluyendo las peroxidasas 3,4 y monooxigenasas P450 5. Hemos investigado recientemente la aplicación de una novela descarboxilasa bacteriana 7 para la transformación de las grasas naturales en olefinas 8. Esto sería una vía sostenible para la síntesis de productos químicos plataforma ampliamente usadas de una fuente de base biológica. La descarboxilasa OLET JE de la bacteria Jeotgalicoccus sp gram-positiva. cataliza la descarboxilación oxidativa de los ácidos grasos y forma 1-alquenos como productos. OLET JE está estrechamente relacionado con monooxigenasas P450 bacterianas y necesita electrones fperóxido de hidrógeno rom para la reacción. Desafortunadamente, la adición de H 2 O 2 a una solución de sustrato y la enzima resultó en conversiones bajas y una mala reproducibilidad de los resultados, debido presumiblemente a un efecto perjudicial de peróxido de hidrógeno en la estabilidad de OLET JE. Generación de una proteína de fusión con la NADPH-reductasa RhFred realizó una descarboxilación dependiente de NADPH posible. 9 Sin embargo, el alto precio de NADPH y las limitadas posibilidades actuales para una regeneración rentable nos llevó a investigar donantes de electrones más baratos. Inspirado por la similitud de OLET JE con monooxigenasas P450, se utilizó la generación de luz catalizada por H 2 O 2. Tuvimos el placer de obtener altas conversiones (hasta&gt; 95%) utilizando extractos libres de células o soluciones de enzimas purificadas. Con el ejemplo de descarboxilación de ácidos grasos, se presenta un protocolo general para la enzima de la luz impulsadaATIC transformaciones redox utilizando FMN como el peróxido de hidrógeno como fotocatalizador y cofactor. Los métodos presentados incluyen la producción de la enzima en células recombinantes de E. coli, la purificación de la enzima, la aplicación para la síntesis de 1-alquenos y el análisis de los productos de reacción.

<table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0" width="626">
	<tbody>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Chemicals</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td style="width:173px;"></td>
			<td style="width:127px;"></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Ampicillin</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">69-52-3</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Bradford reagent</td>
			<td style="width:131px;">Roth</td>
			<td style="width:173px;">K015.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">BSA</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>90604-29-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">DMSO</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">67-68-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:195px;">Ethyl acetate</td>
			<td style="width:131px;">Fisher Chemical</td>
			<td style="width:173px;">141-78-6</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:195px;">Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)</td>
			<td style="width:131px;">Roth</td>
			<td style="width:173px;">8043.1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="40">
			<td height="40" style="height:41px;width:195px;">Riboflavin 5-monophosphate sodium salt hydrate</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">130-40-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Hydrochlorid acid 37%</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">7647-01-0</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Hydrogen peroxide 30%</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">7722-84-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">&#948;-Amino levulinic acid</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td>5451-09-2</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="60">
			<td height="60" style="height:61px;width:195px;">N-Methyl-N-(Trimethylsilyl)trifluoro acetamide (MSTFA)</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">24589-78-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Myristic acid &#62;99%</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">208-875-2&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Imidazole</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">288-32-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:22px;width:195px;">Sodium chloride</td>
			<td style="width:131px;">Fisher Chemical</td>
			<td style="width:173px;">7647-14-5</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Stearic acid &#62;99%</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">57-11-4</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Tetracycline</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">60-54-8&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Tergitol</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">MFCD01779855&#160;</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:195px;">Tris(hydroxymethyl)-aminomethan</td>
			<td style="width:131px;">Sigma Aldrich</td>
			<td style="width:173px;">77-86-1</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;width:195px;">Device</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td style="width:173px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="22">
			<td height="22" style="height:23px;width:195px;">Incubator shaker</td>
			<td style="width:131px;">G-25CK</td>
			<td style="width:173px;">New Brunswick Scientific</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;"></td>
			<td style="width:131px;">Ecotron</td>
			<td style="width:173px;">Infors HT</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Centrifugation</td>
			<td style="width:131px;">Labofuge 400R</td>
			<td style="width:173px;">Heraeus</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;"></td>
			<td style="width:131px;">RC 5B Plus</td>
			<td style="width:173px;">Sorvall</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;"></td>
			<td style="width:131px;">Fresco 17</td>
			<td style="width:173px;">Thermo Scientific</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Centrifugation rotors</td>
			<td style="width:131px;">SS34</td>
			<td style="width:173px;">Sorvall</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;"></td>
			<td style="width:131px;">SLA</td>
			<td style="width:173px;">Sorvall</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:195px;">Clean bench</td>
			<td style="width:131px;">Envirco</td>
			<td style="width:173px;">Ceag Schirp Reinraum technik</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:195px;">Column GC-FID&#160;</td>
			<td style="width:131px;">CP-Sil 5CB (30 m x 0.25 mmx 0.25 &#181;m)&#160;</td>
			<td style="width:173px;">Agilent Technologies</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="84">
			<td height="84" style="height:84px;width:195px;">Column GC-MS</td>
			<td style="width:131px;">FactorFour Capillary Coloumn (VF-5 ms + 5 m EZ Guard)&#160;</td>
			<td style="width:173px;">Varian</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">GC-FID</td>
			<td style="width:131px;">GC-2010 plus</td>
			<td style="width:173px;">Shimadzu</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">GC-MS</td>
			<td style="width:131px;">IST-40</td>
			<td style="width:173px;">Varian</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Magnetic stirrer</td>
			<td style="width:131px;">RCT classic</td>
			<td style="width:173px;">IKA</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">pH meter</td>
			<td style="width:131px;">SevenEasy</td>
			<td style="width:173px;">Mettler toledo</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:195px;">Sonicator</td>
			<td style="width:131px;">Branson Sonifier 250</td>
			<td style="width:173px;">Branson</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Spectral photometer</td>
			<td style="width:131px;">FLUOstar Omega</td>
			<td style="width:173px;">BMG Labtech</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="20">
			<td height="20" style="height:20px;">Name</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalog Number</td>
			<td>Comments</td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Equipment</td>
			<td style="width:131px;"></td>
			<td style="width:173px;"></td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="42">
			<td height="42" style="height:42px;width:195px;">Affinity chromatography column</td>
			<td style="width:131px;">His Pur Ni-NTA spin column</td>
			<td style="width:173px;">Thermo Scientific</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="21">
			<td height="21" style="height:21px;width:195px;">Centricon</td>
			<td style="width:131px;">Vivaspin turbo 15</td>
			<td style="width:173px;">VWR International</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr height="63">
			<td height="63" style="height:63px;width:195px;">Microtiter plates</td>
			<td style="width:131px;">96 Well Multiply&#174;PCR Plates</td>
			<td style="width:173px;">Sarstedt</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

light-driven enzymatic decarboxylation

Oxidorreductasas pertenecen a las enzimas industriales más aplicados. Sin embargo, necesitan electrones externos cuyo suministro es a menudo costoso y difícil. Reciclaje del NADH o NADPH donantes de electrones requiere el uso de enzimas adicionales y sustratos de sacrificio. Curiosamente, varios oxidorreductasas aceptan peróxido de hidrógeno como donante de electrones. A pesar de ser de bajo costo, este reactivo a menudo reduce la estabilidad de las enzimas. Una solución a este problema es la generación in situ del cofactor. El suministro continuo de la cofactor a baja concentración conduce la reacción sin deteriorar la estabilidad de la enzima. Este documento muestra un método para la luz catalizada por la generación in situ de peróxido de hidrógeno con el ejemplo de la descarboxilasa del ácido graso hemo-dependiente OLET JE. La decarboxilasa del ácido graso OLET JE fue descubierto debido a su capacidad única de producir de cadena larga 1-alquenos a partir de ácidos grasos, un enzimática hasta ahora desconocidoreacción. 1-alquenos son ampliamente utilizados para aditivos plastificantes y lubricantes. OLET JE se ha demostrado que aceptar electrones de peróxido de hidrógeno para la descarboxilación oxidativa. Mientras que la adición de peróxido de hidrógeno, la enzima daños y resulta en bajos rendimientos, la generación in situ del cofactor evita este problema. El sistema photobiocatalytic muestra claras ventajas con respecto a la actividad enzimática y el rendimiento, lo que resulta en un sistema simple y eficiente para la descarboxilación de ácidos grasos.

Mientras que la adición de peróxido de hidrógeno a la mezcla de reacción produjo bajo las conversiones (&lt;10%) a moderada, la generación in situ de peróxido de hidrógeno aumentado la conversión hasta una conversión del 80%. El análisis por GC / MS muestra la formación de olefinas a partir de ácidos grasos (Figura 2). <img alt="Figura 2" src="/files/ftp_upload/53439/53439fig2.jpg" /> Figura 2. (A) Perfil de temperatura para las mediciones de GC / MS. (B) de la huella digital de la elución 1-heptadeceno después de 11,4 minutos. (C) característica secundaria iones CnH2n-1 fragmento de olefinas terminales ejemplar mostrada por 1-heptadeceno. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53439/53439fig2large.jpg" target="_blank">Haga clic aquí para ver una versión más grande de esta figura.</a> E. coli. Una solución de enzima purificada mostró una clara correlación entre la concentración de enzima y la conversión. El aumento de la concentración del captador de luz de plomo molécula de FMN a conversiones más altas. Sin embargo, el aumento de la concentración por encima de 10 mM no acelerar aún más las reacciones, lo que indica que la cantidad de peróxido de hidrógeno es suficientemente disponibles y ya no el factor limitante. Además de la descarboxilación de los ácidos grasos, OLET JE también cataliza una hidroxilación en β-posición. En la conversión de ácido esteárico, la descarboxilación es de aproximadamente tres veces más rápido que la hidroxilación. En un experimento típico utilizando una solución de ácido esteárico 0,5 mM y 10 mM FMN, 99% del sustrato se convierte en una mezcla de 1-heptadeceno y ácido 2-hidroxiesteárico con una relación de3.3: 1 (Figura 3) 8. Una investigación del espectro de sustrato de la biocatálisis impulsada por la luz mostró que para los ácidos grasos con cadenas de acilo más largos, OLET JE cataliza preferentemente la descarboxilación, mientras que la cantidad relativa de los ácidos grasos hidroxilo en la mezcla del producto aumentó con la menor longitud de cadena. Los ácidos grasos más cortos que el ácido mirístico (C14) no fueron sometidos a la descarboxilación. <img alt="figura 3" src="/files/ftp_upload/53439/53439fig3.jpg" /> Figura 3. Gas análisis cromatográfico de OLET JE mediada por descarboxilación de ácido esteárico (11,15 min) en 1-heptadeceno (8,4 min), ácido esteárico (12,04 min) ácido esteárico β-hidroxi α-hidroxi (12,1 min). Se muestra el cambio de las áreas de los picos de las muestras tomadas durante un transcurso de tiempo de 2 horas. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/53439/53439fig3large.jpg" target="_blank">Por favor, haga clic aquí para competir</a>wa versión más grande de esta figura. Sorprendentemente, el ácido ácidos insaturados oleico (C18: 1D9 cis) y ácido linoleico (C18: 2d9d12) no fueron aceptados como sustratos, lo que indica que la configuración de trenzado de dobles enlaces cis no pueden alojarse en un modo de unión productiva en la enzima. La adición de ácido oleico (10%) también impidió que la conversión de ácido esteárico. Curiosamente, el ácido esteárico (C18: 1D9 trans) fue convertido por OLET JE, sin embargo, con actividad ligeramente inferior a continuación, el ácido esteárico.

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Light-driven Enzymatic Decarboxylation

Se describe un protocolo para la generación de luz catalizada de peróxido de hidrógeno - un cofactor para las transformaciones oxidativas.

Impulsada por la luz enzimática descarboxilación

Oxidoreductases belong to the most-applied industrial enzymes. Nevertheless, they need external electrons whose supply is often costly and challenging. ...

Universidad San Sebastian

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10.5K vistas.  Ruhr Universität Bochum.  Se describe un protocolo para la generación de luz catalizada de peróxido de hidrógeno - un cofactor para las transformaciones oxidativas. 

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Hot Biological Catalysis: Isothermal Titration Calorimetry to Characterize Enzymatic Reactions

Isothermal titration calorimetry (ITC) is a well-described technique that measures the heat released or absorbed during a chemical reaction, using it as an intrinsic probe to characterize virtually every chemical process. Nowadays, this technique is extensively applied to determine thermodynamic parameters of biomolecular binding equilibria. In addition, ITC has been demonstrated to be able of directly measuring kinetics and thermodynamic parameters (kcat, KM, &#916;H) of enzymatic reactions, even though this application is still underexploited. As heat changes spontaneously occur during enzymatic catalysis, ITC does not require any modification or labeling of the system under analysis and can be performed in solution. Moreover, the method needs little amount of material. These properties make ITC an invaluable, powerful and unique tool to study enzyme kinetics in several applications, such as, for example, drug discovery.
In this work an experimental ITC-based method to quantify kinetics and thermodynamics of enzymatic reactions is thoroughly described. This method is applied to determine kcat and KM of the enzymatic hydrolysis of urea by Canavalia ensiformis (jack bean) urease. Calculation of intrinsic molar enthalpy (&#916;Hint) of the reaction is performed. The values thus obtained are consistent with previous data reported in literature, demonstrating the reliability of the methodology.

Isothermal titration calorimetry measures heat flow released or absorbed in chemical reactions. This method can be used to quantify enzyme-catalysis. In this paper, the protocol for instrumental setup, experiment running, and data analysis is generally described, and applied to the characterization of enzymatic urea hydrolysis by jack bean urease.

Hot Catálisis Biológica: Calorimetría de titulación isotérmica para caracterizar las reacciones enzimáticas

Isothermal titration calorimetry (ITC) is a well-described technique that measures the heat released or absorbed during a chemical reaction, using it as ...

Investigación

Química

Dissolution Dynamic Nuclear Polarization Instrumentation for Real-time Enzymatic Reaction Rate Measurements by NMR

The main limitation of NMR-based investigations is low sensitivity. This prompts for long acquisition times, thus preventing real-time NMR measurements of metabolic transformations. Hyperpolarization via dissolution DNP circumvents part of the sensitivity issues thanks to the large out-of-equilibrium nuclear magnetization stemming from the electron-to-nucleus spin polarization transfer. The high NMR signal obtained can be used to monitor chemical reactions in real time. The downside of hyperpolarized NMR resides in the limited time window available for signal acquisition, which is usually on the order of the nuclear spin longitudinal relaxation time constant, T1, or, in favorable cases, on the order of the relaxation time constant associated with the singlet-state of coupled nuclei, TLLS. Cellular uptake of endogenous molecules and metabolic rates can provide essential information on tumor development and drug response. Numerous previous hyperpolarized NMR studies have demonstrated the relevancy of pyruvate as a metabolic substrate for monitoring enzymatic activity in vivo. This work provides a detailed description of the experimental setup and methods required for the study of enzymatic reactions, in particular the pyruvate-to-lactate conversion rate in presence of lactate dehydrogenase (LDH), by hyperpolarized NMR.

The sensitivity enhancement provided by dissolution dynamic nuclear polarization (DNP) enables following metabolic processes in real time by NMR and MRI. The characteristics and performances of a dedicated dissolution DNP setup designed for study enzymatic reactions are discussed.

Disolución dinámica de polarización nuclear Instrumentación para el tiempo real enzimática reacción de la tasa mediciones realizadas por RMN

The main limitation of NMR-based investigations is low sensitivity. This prompts for long acquisition times, thus preventing real-time NMR measurements of ...

Chemo-enzymatic Synthesis of N-glycans for Array Development and HIV Antibody Profiling

We present a highly efficient way for the rapid preparation of a wide range of N-linked oligosaccharides (estimated to exceed 20,000 structures) that are commonly found on human glycoproteins. To achieve the desired structural diversity, the strategy began with the chemo-enzymatic synthesis of three kinds of oligosaccharyl fluoride modules, followed by their stepwise &#945;-selective glycosylations at the 3-O and 6-O positions of the mannose residue of the common core trisaccharide having a crucial &#946;-mannoside linkage. We further attached the N-glycans to the surface of an aluminum oxide-coated glass (ACG) slide to create a covalent mixed array for the analysis of hetero-ligand interaction with an HIV antibody. In particular, the binding behavior of a newly isolated HIV-1 broadly neutralizing antibody (bNAb), PG9, to the mixture of closely spaced Man5GlcNAc2 (Man5) and 2,6-di-sialylated bi-antennary complex type N-glycan (SCT) on an ACG array, opens a new avenue to guide the effective immunogen design for HIV vaccine development. In addition, our ACG array embodies a powerful tool to study other HIV antibodies for hetero-ligand binding behavior.

Chemo-enzymatic Synthesis of N-glycans for Array Development and HIV Antibody Profiling

A modular approach to the synthesis of N-glycans for attachment to an aluminum oxide-coated glass slide (ACG slide) as a glycan microarray has been developed and its use for the profiling of an HIV broadly neutralizing antibody has been demonstrated.

Chemo-enzimático síntesis de N- glicanos para el desarrollo de la matriz y el anticuerpo del VIH perfiles

We present a highly efficient way for the rapid preparation of a wide range of N-linked oligosaccharides (estimated to exceed 20,000 structures) that are ...

Enzymatic Cascade Reactions for the Synthesis of Chiral Amino Alcohols from L-lysine

Amino alcohols are versatile compounds with a wide range of applications. For instance, they have been used as chiral scaffolds in organic synthesis. Their synthesis by conventional organic chemistry often requires tedious multi-step synthesis processes, with difficult control of the stereochemical outcome. We present a protocol to enzymatically synthetize amino alcohols starting from the readily available L-lysine in 48 h. This protocol combines two chemical reactions that are very difficult to conduct by conventional organic synthesis. In the first step, the regio- and diastereoselective oxidation of an unactivated C-H bond of the lysine side-chain is catalyzed by a dioxygenase; a second regio- and diastereoselective oxidation catalyzed by a regiodivergent dioxygenase can lead to the formation of the 1,2-diols. In the last step, the carboxylic group of the alpha amino acid is cleaved by a pyridoxal-phosphate (PLP) decarboxylase (DC). This decarboxylative step only affects the alpha carbon of the amino acid, retaining the hydroxy-substituted stereogenic center in a beta/gamma position. The resulting amino alcohols are therefore optically enriched. The protocol was successfully applied to the semipreparative-scale synthesis of four amino alcohols. Monitoring of the reactions was conducted by high performance liquid chromatography (HPLC) after derivatization by 1-fluoro-2,4-dinitrobenzene. Straightforward purification by solid-phase extraction (SPE) afforded the amino alcohols with excellent yields (93% to &#62;95%).

Chiral amino alcohols are versatile molecules for use as scaffolds in organic synthesis. Starting from L-lysine, we synthesize amino alcohols by an enzymatic cascade reaction combining diastereoselective C-H oxidation catalyzed by dioxygenase followed by cleavage of the carboxylic acid moiety of the corresponding hydroxyl amino acid by a decarboxylase.

Reacciones de la cascada enzimática para la síntesis de aminoalcoholes quirales de L-lisina

Amino alcohols are versatile compounds with a wide range of applications. For instance, they have been used as chiral scaffolds in organic synthesis. ...

Light-driven Molecular Motors on Surfaces for Single Molecular Imaging

The design and synthesis of a synthetic system that aims for the direct visualization of a synthetic rotary motor at the single molecule level on surfaces are demonstrated. This work requires careful design, considerable synthetic effort, and proper analysis. The rotary motion of the molecular motor in solution is shown by 1H NMR and UV-vis absorption spectroscopy techniques. In addition, the method to graft the motor onto an amine-coated quartz is described. This method helps to gain more insight into molecular machines.

The manuscript describes how to synthesize and graft a molecular motor on surfaces for single molecular imaging.

Motores moleculares basadas en la luz en superficies para la proyección de imagen Molecular solo

The design and synthesis of a synthetic system that aims for the direct visualization of a synthetic rotary motor at the single molecule level on surfaces ...

Enzymatic Synthesis of Epoxidized Metabolites of Docosahexaenoic, Eicosapentaenoic, and Arachidonic Acids

The epoxidized metabolites of various polyunsaturated fatty acids (PUFAs), termed epoxy fatty acids, have a wide range of roles in human physiology. These metabolites are produced endogenously by the cytochrome P450 class of enzymes. Because of their diverse and potent biological effects, there is considerable interest in studying these metabolites. Determining the unique roles of these metabolites in the body is a difficult task, as the epoxy fatty acids must first be obtained in significant amounts and with high purity. Obtaining compounds from natural sources is often labor intensive, and soluble epoxide hydrolases (sEH) rapidly hydrolyze the metabolites. On the other hand, obtaining these metabolites via chemical reactions is very inefficient, due to the difficulty of obtaining pure regioisomers and enantiomers, low yields, and extensive (and expensive) purification. Here, we present an efficient enzymatic synthesis of 19(S),20(R)- and 16(S),17(R)-epoxydocosapentaenoic acids (EDPs) from DHA via epoxidation with BM3, a bacterial CYP450 enzyme isolated originally from Bacillus megaterium (that is readily expressed in Escherichia coli). Characterization and determination of purity is performed with nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR), high-performance liquid chromatography (HPLC), and mass spectrometry (MS). This procedure illustrates the benefits of enzymatic synthesis of PUFA epoxy metabolites, and is applicable to the epoxidation of other fatty acids, including arachidonic acid (AA) and eicosapentaenoic acid (EPA) to produce the analogous epoxyeicosatrienoic acids (EETs) and epoxyeicosatetraenoic acids (EEQs), respectively.

We present a method useful for large-scale enzymatic synthesis and purification of specific enantiomers and regioisomers of epoxides of arachidonic acid (AA), docosahexaenoic acid (DHA), and eicosapentaenoic acid (EPA) with the use of a bacterial cytochrome P450 enzyme (BM3).

Síntesis enzimática de metabolitos epepoxiizados de ácidos docosahexaenoico, eicosapentaenoico y aracidonico

The epoxidized metabolites of various polyunsaturated fatty acids (PUFAs), termed epoxy fatty acids, have a wide range of roles in human physiology. These ...