Les eucaryotes ont trois différentes ARN polymérases-l'ARN polymérase I, II et III. Elles sont structurellement similaires les unes aux autres et partagent des caractéristiques communes avec les polymérases ARN procaryotes. Cependant, elles transcrivent différentes classes d'ARN.

L'ARN polymérase I transcrit la plupart des gènes d'ARN ribosomique, tandis que l'ARN polymérase III transcrit les gènes d'ARNt, certains gènes d'ARNsn et d'autres gènes de petits ARN. La majorité des protéines codant pour les gènes d'ARN sont transcrites par l'ARN polymérase II Le domaine de l'extrémité carboxy-terminale de l'ARN polymérase II sert de site de liaison pour plusieurs facteurs de transcription qui régulent son activité enzymatique. La liaison de ces facteurs dépend du modèle de phosphorylation de ce domaine.

Pour l'ARN polymérase II, le promoteur le mieux étudié est appelé la TATA box. Elle possède une séquence d'ADN conservée, le plus souvent TATAAA, qui est habituellement localisée 25 nucléotides en amont du site d'initiation de la transcription. L'ARN polymérase II est guidé vers le site du promoteur par un ensemble de protéines connues sous le nom de facteurs généraux de transcription.

Plus précisément, facteur de transcription II ou TFII avec les variantes A, B, D, E, F, et H.La transcription commence par la liaison de TFIID sur la TATA box. La protéine de liaison à TATA box-ou TBP, qui est un composant de TFIID-reconnaît la séquence d'ADN TATA box. Ensuite, TBP s'associe à TFIIA et TFIIB, en construisant une plate-forme pour que l'ARN polymérase puisse s'assembler avec TFIIF sur le site promoteur.

Enfin, TFIIE et TFIIH rejoignent ces composantes pour former le complexe d'initiation. Ensuite, le TFIIH déroule le duplex de l'ADN autour du site d'initiation et phosphoryle le domaine C-terminal de l'ARN polymérase. Cette phosphorylation modifie la conformation de la polymérase, lui permettant de se libérer du complexe d'initiation et de commencer la transcription au départ du site d'initiation.

Une fois que l'ARN polymérase II a commencé à synthétiser la transcription de l'ARN, la plupart des facteurs généraux de transcription sont libérés de l'ADN.