A RNA Polimerase (RNAP) é conservada em todos os animais, com RNAPs bacterianas, de arquéias e eucarióticas a compartilharem semelhanças de sequências, estruturais, e funcionais significativas. Entre as três RNAPs eucarióticas, a RNA Polimerase II é a mais semelhante à RNAP bacteriana, tanto em termos de organização estrutural como de topologias de dobras das subunidades da enzima. No entanto, estas semelhanças não se reflectem no seu mecanismo de ação.

Todas as três RNAPs eucarióticas requerem factores de transcrição específicos, dos quais a proteína de ligação a TATA é comum a todas. Estas proteínas permanecem ligadas à RNAP para guiar a direção da síntese de RNA na cadeia molde de DNA.

Assim que a RNAP inicia o alongamento, os factores de transcrição são libertados do DNA, para que possam iniciar outra rodada de transcrição com uma nova molécula de RNA polimerase. A RNAP liga-se então fortemente ao molde de DNA e continua a sintetizar o transcripto de RNA por longas distâncias para sequências longas, sem se dissociar do DNA.

Ao contrário dos sinais de terminação codificados por genes bacterianos, os genes codificantes de proteínas transcritos pela RNA Polimerase II não possuem sequências específicas que direcionam a enzima para terminar em locais precisos. A via de terminação mais comum, conhecida como a terminação dependente de Poli(A), combina a poliadenilação do transcripto de mRNA com a terminação da RNAP. Aqui, enquanto a RNA Polimerase II continua a transcrever RNA, às vezes até milhares de pares de bases além do final da sequência de genes, o transcripto é clivado em um local interno. Assim, a parte a montante do transcripto é libertada e uma cauda de poliadenina pode ser adicionada ao terminal 3’ do transcripto clivado. O produto de clivagem a jusante é digerido por uma 5′-exonuclease, enquanto ainda está a ser transcrito pela RNA Polimerase II. Quando a 5′-exonuclease tiver digerido todo o transcripto restante, ajuda a RNAP a dissociar-se da sua cadeia de DNA molde, completando assim a transcrição.