Gli eucarioti hanno tre differenti RNA polimerasi-RNA polimerasi I, II e III. Sono strutturalmente simili tra loro e condividono caratteristiche comuni con le RNA polimerasi procariotiche;tuttavia, essi trascrivono classi diverse di RNA. L'RNA polimerasi I trascrive la maggior parte dei geni RNA ribosomali, mentre RNA polimerasi III trascrive i geni 33.460:00:27.310 00:00:00 tRNA, alcuni snRNA e altri geni piccoli RNA.

La maggior parte delle proteine che codificano i geni dell'RNA sono trascritte da RNA polimerasi II.Il dominio carbossiterminale dell'RNA polimerasi II funge da sito di legame per diversi fattori di trascrizione che regolano la sua attività enzimatica. Il legame di questi fattori dipende dal modello di fosforilazione di questo dominio. Il promotore più studiato, per l'RNA polimerasi II, è chiamato TATA box.

Ha una sequenza di DNA conservata, più comunemente TATAAA, che è solitamente localizzato 25 nucleotidi a monte dal sito di inizio della trascrizione. L'RNA polimerasi II è guidata al sito promotore da un insieme di proteine note come i fattori di trascrizione generale. In particolare, il fattore di trascrizione II o TFII con varianti A, B, D, e, F, E H.La trascrizione inizia con il legame di TFIID a TATA box.

La TATA box binding Protein-o TBP, che è un componente di TFIID-riconosce la sequenza di DNA della TATA box. Successivamente, TBP si associa a TFIIA e TFIIB, costruendo una piattaforma per RNA polimerasi da assemblare con TFIIF nel sito promotore. Infine, TFIIE e TFIIH uniscono queste componenti per formare il complesso di iniziazione;TFIIH, in seguito, svolge il DNA duplex intorno al sito di partenza e fosforila il dominio C-terminale della RNA polimerasi.

Questa fosforilazione cambia la conferma della polimerasi, consentendogli di liberarsi dal complesso di iniziazione e di iniziare la trascrizione nel sito di partenza. Una volta che la RNA polimerasi II ha iniziato a sintetizzare l'RNA trascritto, la maggior parte dei fattori generali di trascrizione sono rilasciati dal DNA.