Sonication and Biotin Pull-Down of Scarce Cells DNA

Après avoir purifié l’ADN, commencez par prendre de la chromatine digérée ligaturée et réticulée des cellules rares. Réglez le sonicateur au bain-marie à un facteur d’utilisation de 20% de puissance d’incidence maximale de 50 à 200 cycles par rafale pendant 65 secondes et une plage de température de 6 à 10 degrés Celsius, et sonicez la chromatine digérée ligaturée et réticulée. Après avoir réparé l’échantillon, transférez 150 microlitres de billes de streptavidine C1 par échantillon dans un tube de 1,5 millilitre.

Placez-les sur un tube magnétique de 1,5 millilitre et attendez que toutes les perles soient collées au mur. Ensuite, retirez le surnageant, en laissant les perles derrière. Ensuite, lavez les perles en ajoutant 400 microlitres de tampon Tween et en les remettant en suspension avec un vortex doux.

Replacez le tube dans l’aimant jusqu’à ce que toutes les perles soient collées au mur. Ensuite, retirez le surnageant, en laissant les perles derrière. Après remise en suspension des billes, dans 300 microlitres de tampon 2X No-Tween ou NTB, combinez-les avec les 300 microlitres de l’échantillon.

Enfin, incuber pendant 15 minutes en tournant à température ambiante pour abattre les fragments d’ADN informatifs avec de la biotine.