Nous remercions A. Kosmrlj pour les discussions et le code; AP Aiden, XR Bao, M. Brenner, D. Galas, W. Gosper, A. Jaffer, A. Melnikov, A. Miele, G. Giannoukos, C. Nusbaum, AJM Walhout , L. Wood, et K. Zeldovich pour les discussions, et L. Gaffney et B. Wong pour aider à la visualisation. Soutenu par une Fannie et John Hertz Fondation bourse d&#39;études supérieures, une défense nationale des sciences et de génie bourse d&#39;études supérieures, une bourse d&#39;études supérieures NSF, la National Space Biomedical Research Institute, et d&#39;accorder aucune. T32 HG002295 du National Human Genome Research Institute (NHGRI) (EL); i2b2 (Informatique pour l&#39;intégration de la biologie et la recherche clinique), le NIH soutenus Centre de Calcul Biomédical au Brigham and Women s Hospital (LAM); accorder aucune. HG003143 du NHGRI, et un Prix d&#39;excellence de la Fondation Keck jeune érudit (JD). Raw et cartographié les données de séquence Salut-C a été déposé à la base de données GEO ( <a href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/">www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/</a> ), accession no. GSE18199. Visualisations supplémentaires sont disponibles à <a href="http://hic.umassmed.edu">http://hic.umassmed.edu</a> .

<ol>
	<li>Lieberman-Aiden, E., Van Berkum, N. L., Williams, L., Imakaev, M., Ragoczy, T., Telling, A., Amit, I., Lajoie, B. R., Sabo, P. J., Dorschner, M. O., Sandstrom, R., Bernstein, B., Bender, M. A., Groudine, M., Gnirke, A., Stamatoyannopoulos, J., Mirny, L. A., Lander, E. S., Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+mapping+of+long-range+interactions+reveals+folding+principles+of+the+human+genome.">Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome.</a> Science. 326, 289-293 (2009).</li><li>Kosak, S. T., Groudine, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Form+follows+function:+the+genomic+organization+of+cellular+differentiation.">Form follows function: the genomic organization of cellular differentiation.</a> Genes and Dev. 18, 1371-1384 (2004).</li><li>Misteli, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Beyond+the+sequence:+cellular+organization+of+genome+function.">Beyond the sequence: cellular organization of genome function.</a> Cell. 128, 787-800 (2007).</li><li>Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+Regulation+in+the+Third+Dimension.">Gene Regulation in the Third Dimension.</a> Science. 319, 1793-1794 (2008).</li><li>Cremer, T., Cremer, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome+territories,+nuclear+architecture+and+gene+regulation+in+mammalian+cells.">Chromosome territories, nuclear architecture and gene regulation in mammalian cells.</a> Nat Rev Genet. 2, 292-301 (2001).</li><li>Sexton, T., Schober, H., Fraser, P., Gasser, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Gene+regulation+through+nuclear+organization.">Gene regulation through nuclear organization.</a> Nat Struct and Mol Biol. 14, 1049-1055 (2007).</li><li>Dekker, J., Rippe, K., Dekker, M., Kleckner, N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Capturing+Chromosome+Conformation.">Capturing Chromosome Conformation.</a> Science. 295, 1306-1311 (2002).</li><li>Zhao, Z., Tavoosidana, G., Sj&#246;linder, M., G&#246;nd&#246;r, A., Mariano, P., Wang, S., Kanduri, C., Lezcano, M., Sandhu, K. S., Singh, U., Pant, V., Tiwari, V., Kurukuti, S., Ohlsson, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Circular+chromosome+conformation+capture+(4C)+uncovers+extensive+networks+of+epigenetically+regulated+intra-+and+interchromosomal+interactions.">Circular chromosome conformation capture (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions.</a> Nat Genet. 38, 1341-1347 (2006).</li><li>Simonis, M., Klous, P., Splinter, E., Moshkin, Y., Willemsen, R., de Wit, E., van Steensel, B., de Laat, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nuclear+organization+of+active+and+inactive+chromatin+domains+uncovered+by+chromosome+conformation+capture-on-chip+(4C)+uncovers+extensive+networks+of+epigenetically+regulated+intra-+and+interchromosomal+interactions.">Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4C) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra- and interchromosomal interactions.</a> Nat Genet. 38, 1348-1354 (2006).</li><li>Dostie, J., Richmond, T. A., Arnaout, R. A., Selzer, R. R., Lee, W. L., Honan, T. A., Rubio, E. D., Krumm, A., Lamb, J., Nusbaum, C., Green, R. D., Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromosome+Conformation+Capture+Carbon+Copy+(5C):+A+massively+parallel+solution+for+mapping+interactions+between+genomic+elements.">Chromosome Conformation Capture Carbon Copy (5C): A massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements.</a> Genome Res. 16, 1299-1309 (2006).</li><li>Miele, A., Dekker, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+Cis-+and+Trans+Chromatin+Interaction+Networks+Using+Chromosome+Conformation+Capture+(3C).">Mapping Cis- and Trans Chromatin Interaction Networks Using Chromosome Conformation Capture (3C).</a> Methods Mol Biol. 464, 105-121 (2009).</li><li>Maccallum, I., Przybylski, D., Gnerre, S., Burton, J., Shlyakhter, I., Gnirke, A., Malek, J., McKernan, K., Ranade, S., Shea, T. P., Williams, L., Young, S., Nusbaum, C., Jaffe, D. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ALLPATHS+2:+small+genomes+assembled+accurately+and+with+high+continuity+from+short+paired+reads.">ALLPATHS 2: small genomes assembled accurately and with high continuity from short paired reads.</a> Genome Biol . 10, R103-R103 (2009).</li></ol>

Un brevet provisoire sur la méthode Salut-C (n ° 61/100, 151) est à l&#39;étude.

Nous présentons une méthode d&#39;étude de l&#39;architecture 3-dimensions du génome par la cartographie des interactions chromatine dans un parti pris, l&#39;échelle du génome manière. L&#39;étape la plus critique expérimentale ce qui distingue cette technologie en dehors du travail précédent - est l&#39;incorporation de nucléotides biotinylés à la restriction extrémités des fragments réticulé avant ligature des extrémités franches. L&#39;exécution de cette étape permet succès profonde séquençage de tous les carrefours ligature, et donne Salut-C sa portée et sa puissance. Le nombre de lectures détermineront finalement la résolution des cartes d&#39;interaction. Ici, une carte 1 Mo d&#39;interaction pour le génome humain est présentée en utilisant ~ 30 millions de lectures alignable. Afin d&#39;augmenter la résolution «tout usage» par un facteur de n, le nombre de lectures doit être augmenté par un facteur de N 2. La technique de Salut-C peuvent être facilement combinés avec d&#39;autres techniques, telles que la capture hybride après la génération de la bibliothèque (pour cibler des parties spécifiques du génome) et immunoprécipitation de la chromatine après ligature (pour étudier l&#39;environnement des régions de la chromatine associée à des protéines spécifiques).

Erratum:

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Protease inhibitors</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma</td>
<td>P8340-5ml</td>
<td>Step 1.2</td>
</tr>
<tr>
<td>biotin-14-dCTP</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>19518-018</td>
<td>Step 1.6</td>
</tr>
<tr>
<td>Klenow</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>M0210</td>
<td>Steps 1.6 and 2.2</td>
</tr>
<tr>
<td>T4 DNA ligase</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>15224</td>
<td>Step 1.9</td>
</tr>
<tr>
<td>T4 DNA polymerase</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>M0203</td>
<td>Steps 1.17 and 2.2</td>
</tr>
<tr>
<td>10x ligation buffer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>B0202</td>
<td>Steps 2.2 and 3.4</td>
</tr>
<tr>
<td>T4 PNK</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>M0201</td>
<td>Step 2.2</td>
</tr>
<tr>
<td>Klenow (exo-)</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>M0212</td>
<td>Step 2.3</td>
</tr>
<tr>
<td>Dynabeads MyOne Streptavin C1 Beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Invitrogen</td>
<td>650.01</td>
<td>Step 3.2</td>
</tr>
<tr>
<td>T4 DNA ligase HC</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Enzymatics</td>
<td>L603-HC-L</td>
<td>Step 3.5</td>
</tr>
<tr>
<td>Phusion HF mastermix</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>NEB</td>
<td>F531</td>
<td>Step 3.8</td>
</tr>
<tr>
<td>Ampure beads</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Beckman Coulter</td>
<td>A2915</td>
<td>Step 3.9</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

hi-c: a method to study the three-dimensional architecture of genomes.

Le pliage en trois dimensions des chromosomes du génome et compartimente et peut apporter éloignés des éléments fonctionnels, tels que les promoteurs et activateurs, dans la proximité spatiale proches 2-6. Décrypter la relation entre l&#39;organisation des chromosomes du génome et de l&#39;activité contribuera à la compréhension des processus génomique, comme la transcription et la réplication. Cependant, on sait peu sur la façon dont les chromosomes se coucher. La microscopie est incapable de distinguer un grand nombre de loci simultanément ou à haute résolution. À ce jour, la détection des interactions chromosomiques en utilisant la capture de conformation des chromosomes (3C) et ses adaptations ultérieures nécessaires au choix d&#39;un ensemble de loci cibles, ce qui rend l&#39;ensemble du génome d&#39;études 7-10 impossible. Nous avons développé Salut-C, une extension de 3C qui est capable d&#39;identifier les interactions à longue portée dans un parti pris, l&#39;échelle du génome de la mode. Dans Salut-C, les cellules sont fixées avec du formaldéhyde, causant des loci interagissent à être liés les uns aux autres par le biais de liaisons covalentes ADN-protéines des liens croisés. Lorsque l&#39;ADN est ensuite fragmenté avec une enzyme de restriction, ces loci restent liés. Un résidu biotinylé est incorporé comme la 5 &#39;surplombs sont remplis po Ensuite, ligature des extrémités franches est effectuée dans des conditions qui favorisent des événements diluer la ligature entre les fragments d&#39;ADN réticulé. Il en résulte une bibliothèque de l&#39;échelle du génome des produits de ligation, correspondant à des paires de fragments qui étaient à l&#39;origine à proximité les uns aux autres dans le noyau. Chaque produit de ligation est marqué avec la biotine sur le site de la jonction. La bibliothèque est cisaillé, et les jonctions sont tirés vers le bas avec des billes de streptavidine. Les jonctions purifiés peuvent ensuite être analysées à l&#39;aide d&#39;un séquenceur à haut débit, résultant en un catalogue de fragments d&#39;interagir. Analyse directe de la matrice de contact qui en résulte révèle de nombreuses caractéristiques de l&#39;organisation génomique, tels que la présence de territoires chromosomiques et l&#39;association préférentielle des petits riches en gènes des chromosomes. L&#39;analyse de corrélation peut être appliquée à la matrice de contact, ce qui démontre que le génome humain est séparé en deux compartiments: un compartiment moins dense contenant chromatine ouverte, accessible et active et un compartiment plus dense contenant fermé, inaccessible, et inactive les régions de chromatine. Enfin, l&#39;analyse d&#39;ensemble de la matrice de contact, couplé avec des calculs théoriques et des simulations informatiques, a révélé que, à l&#39;échelle mégabase Salut-C révèle des caractéristiques compatibles avec une conformation globule fractale.

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Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.

La méthode Salut-C permet l&#39;identification sans parti pris, l&#39;ensemble du génome des interactions chromatine (1). Salut-C couples ligature de proximité et le séquençage massivement parallèle. Les données obtenues peuvent être utilisées pour étudier l&#39;architecture génomique à plusieurs échelles: premiers résultats identifié des caractéristiques telles que les territoires chromosomiques, la ségrégation de la chromatine ouverte et fermée, et la structure de la chromatine à l&#39;échelle mégabase.

Salut-C: une méthode d&#39;étude de l&#39;architecture tridimensionnelle des génomes.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, ...

hi-c-a-method-to-study-the-three-dimensional-architecture-of-genomes

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407.9K vues.  University of Massachusetts Medical School. La méthode Salut-C permet l'identification sans parti pris, l'ensemble du génome des interactions chromatine (1). Salut-C couples ligature de proximité et le séquençage massivement parallèle. Les données obtenues peuvent être utilisées pour étudier l'architecture génomique à plusieurs échelles: premiers résultats identifié des caractéristiques telles que les territoires chromosomiques, la ségrégation de la chromatine ouverte et fermée, et la...