Интегрированный рабочий процесс для изучения промоторно-ориентированной пространственно-временной архитектуры генома в дефицитных клеточных популяциях

С liCHi-C главный вопрос, на который мы пытаемся ответить, заключается в том, как хроматин взаимодействует в ядре, и, следовательно, понять новый слой регуляции генов. С помощью liCHi-C мы доказали, что можем исследовать организацию генома данного образца, связывать некодирующую мутацию, связанную с заболеванием, с потенциальными затронутыми генами и обнаруживать хромосомные перестройки, такие как транслокация, например, в образцах опухолей. Теперь мы можем исследовать организацию 3D-хроматина типов рубцовых клеток, таких как первичные стволовые клетки или соответствующие клинические образцы.

Наш протокол сокращает входные материалы, а также время и затраты, необходимые для получения качественных данных для изучения организации генома с разрешением фрагмента рестрикции. liCHi-C расширяет охват области организации 3D-хроматина, позволяя нам исследовать новые типы клеток, которые ранее невозможно было проанализировать. Благодаря liCHi-C научное сообщество может исследовать особую регуляцию экспрессии генов.

Например, при злокачественной трансформации только в специфической клональной субпопуляции внутри опухоли.