Un flusso di lavoro integrato per studiare l'architettura del genoma spazio-temporale centrata sul promotore in popolazioni cellulari scarse

Con liCHi-C, la domanda principale a cui stiamo cercando di rispondere è come la cromatina interagisce nel nucleo e, quindi, di comprendere un nuovo livello di regolazione genica. Abbiamo dimostrato con liCHi-C che possiamo esplorare l'organizzazione del genoma di un dato campione, collegare la mutazione non codificante associata alla malattia con potenziali geni interessati e rilevare riarrangiamenti cromosomici, come la traslocazione, ad esempio, nei campioni tumorali. Ora possiamo esplorare l'organizzazione della cromatina 3D dei tipi di cellule cicatriziali, come le cellule staminali primarie o campioni clinici rilevanti.

Il nostro protocollo riduce i materiali di input e il tempo e il costo necessari per ottenere dati di qualità per esplorare l'organizzazione del genoma alla risoluzione del frammento di restrizione. liCHi-C sta espandendo la portata del campo dell'organizzazione della cromatina 3D, permettendoci di esplorare nuovi tipi di cellule precedentemente impossibili da analizzare. Grazie a liCHi-C, la comunità scientifica può esplorare la speciale regolazione dell'espressione genica.

Ad esempio, nella trasformazione maligna solo in una specifica sottopopolazione clonale all'interno di un tumore.