Utilisation d’oligonucléotides synthétiques modifiés pour doser des enzymes métabolisant des acides nucléiques

Donc, mon groupe de recherche, nous nous intéressons vraiment aux enzymes impliquées dans la réplication et la réparation de l’ADN. En particulier, nous étudions les enzymes des micro-organismes extrêmophiles et aussi des agents pathogènes parce que nous voulons comprendre comment ces enzymes permettent à ces organismes de survivre aux défis environnementaux. Nous nous intéressons à la fois à la fonction biologique des enzymes et aux applications biotechnologiques.

Nous travaillons donc beaucoup avec l’ADN et l’ARN ligases, et nous avons récemment établi le rôle d’un type minimal d’ADN ligase qui semble être trafiqué vers l’extérieur de la cellule bactérienne. Et nous avons déterminé que cela joue un rôle dans la formation du biofilm chez l’agent pathogène Neisseria gonorrhoeae. Nous avons également, en collaboration avec nos collaborateurs d’ArcticZymes, caractérisé une nouvelle ligase ARN-ADN, capable de fixer des adaptateurs d’ADN à l’une ou l’autre extrémité d’un morceau d’ARN.

C’est pourquoi nos collaborateurs d’ArcticZymes, qui ont également contribué à ce protocole, caractérisent différentes enzymes métabolisant l’ADN et l’ARN qui ont des applications potentielles en biologie moléculaire. Ils utilisent donc ce type de protocole comme première étape pour comprendre le spectre des activités de ces enzymes et les comparer à ce qui est déjà disponible sur le marché. Le protocole offre une alternative plus facile et plus sûre pour doser les enzymes métabolisant les acides nucléiques par rapport à l’utilisation de substrats radiomarqués.

Les substrats d’ADN ou d’ARN marqués par fluorescence rendent notre approche plus efficace, car nous pouvons mélanger et assortir les oligonucléotides pour créer une variété de substrats. Donc, pour le moment, nous nous concentrons vraiment sur la compréhension de la fonction biologique de certaines nouvelles nucléases que nous avons découvertes dans un génome environnemental de l’Antarctique. Ces nucléases ont des homologues chez d’autres organismes extrêmophiles, et nous essayons donc de comprendre quel rôle elles jouent pour permettre à ces microbes de survivre.

Nous nous intéressons également à l’activité de certaines de nos nouvelles enzymes sur les analogues d’acides nucléiques non naturels et à leurs utilisations potentielles dans le cadre d’une boîte à outils de biologie moléculaire avec des substrats d’ADN et d’ARN non naturels.