Un flux de travail intégré pour étudier l’architecture spatio-temporelle du génome centrée sur le promoteur dans des populations cellulaires rares

Avec liCHi-C, la principale question à laquelle nous essayons de répondre est de savoir comment la chromatine interagit dans le noyau, et donc, de comprendre une nouvelle couche de régulation des gènes. Nous avons prouvé avec liCHi-C que nous pouvons explorer l’organisation du génome d’un échantillon donné, relier la mutation non codante associée à la maladie aux gènes potentiels affectés et détecter les réarrangements chromosomiques, tels que la translocation, par exemple, dans les échantillons tumoraux. Nous pouvons maintenant explorer l’organisation chromatique 3D des types de cellules cicatricielles, telles que les cellules souches primaires ou les échantillons cliniques pertinents.

Notre protocole réduit les matériaux d’entrée ainsi que le temps et le coût nécessaires pour obtenir des données de qualité afin d’explorer l’organisation du génome à la résolution du fragment de restriction. liCHi-C étend la portée du champ d’organisation de la chromatine 3D, ce qui nous permet d’explorer de nouveaux types de cellules auparavant impossibles à analyser. Grâce au liCHi-C, la communauté scientifique peut explorer la régulation particulière de l’expression génique.

Par exemple, dans la transformation maligne uniquement dans une sous-population clonale spécifique à l’intérieur d’une tumeur.