נזכיר כי באיקריוטים, הכרומטין קיים בשתי צורות עיקריות המבוססות על רמת הדחיסה שלו - Euchromatin, ו heterochromatin.

הטרוכרומטין מחולק עוד יותר להטרוכרומטין מכונן, והטרוכרומטין פקולטטיבי.

הטרוכרומטין מכונן הוא אזור עשיר בחוזרים, עני גנים ודחוס מאוד. תחת מיקרוסקופ, הטרוכרומטין מכונן נראה מוכתם כהה, מכיוון שהדחיסה מאפשרת לו לקחת יותר צבע קושר DNA.

זנב היסטון מתילציה מאפיין הטרוכרומטין. מתילציה מגבירה את הזיקה בין היסטונים לדנ"א, ובכך מגדילה את דחיסת הכרומטין ומעכבת את הגישה לדנ"א.

ההיסטונים שעברו מתילציה קשורים גם לחלבון שאינו היסטון הנקרא חלבון הטרוכרומטין 1, המאפשר דחיסת כרומטין והתפשטות של הטרוכרומטין.

הטרוכרומטין פקולטטיבי הוא אזור עני חוזר ושקט גנטית. מתחת למיקרוסקופ, הוא גם נראה מוכתם כהה בשל דחיסתו הגבוהה יותר. ההבדל העיקרי בין הטרוכרומטין פקולטטיבי והטרוכרומטין מכונן הוא שהגנים הכלולים באזורי הטרוכרומטין פקולטטיביים הם גמישים.

לדוגמה, בתא אחד, הגנים בהטרוכרומטין הפקולטטיבי עשויים להיות מודחקים, בעוד שבתא אחר, הגנים באותו מוקד עשויים להתבטא ולא יאוחסנו במצב הפקולטטיבי.

אזורי ההטרוכרומטין הפקולטטיביים קשורים לעתים קרובות על ידי חלבון שאינו היסטון הנקרא Polycomb repressive complex 2 שיכול לפרק או תלת-מתילאט H3 היסטונים ולתרום לדיכוי שעתוק.

השבתת כרומוזום X אצל נקבות יונקים היא דוגמה להטרוכרומטין. לנקבות יונקים יש שני כרומוזומי X, ולזכרים יש רק אחד.

אחד מכרומוזומי X בנקבות מורכב מהטרוכרומטין מעובה מאוד, וכתוצאה מכך דיכוי של כל הגנים הקיימים על כרומוזום זה. זה מבטיח כי גנים על כרומוזום X של זכרים ונקבות כאחד באים לידי ביטוי באותה רמה. תחת המיקרוסקופ, כרומוזום X בלתי פעיל זה מופיע כגוף בר - כתם צפוף ומוכתם כהה בשולי הגרעין.