בספקטרוסקופיית פליטה אטומית (AES), אטומיזרים בטמפרטורה גבוהה מעוררים מגוון רחב של יסודות ומולקולות, המייצרים פליטות מורכבות ממקורות כגון תחמוצות, הידרוקסידים ותוצרי בעירה של להבה או פלזמה. ניתן ליישם מספר אסטרטגיות לצמצום הפרעות ספקטרליות הנגרמות מקווי פליטה או רצועות חופפות. אסטרטגיות אלה כוללות הגדלת רזולוציית המכשיר, בחירת קווי פליטה חלופיים, מיקום אופטימלי של הגלאי באזורים עם רקע נמוך או יישום טכניקות תיקון רקע.

הפרעות כימיות מתרחשות כאשר האנליט ומרכיבים אחרים בלהבה מגיבים זה עם זה, ויוצרים תרכובות יציבות שאינן מתפרקות, ומשנות את האותות של האנליט. ניתן לעיתים לבטל או למתן הפרעות כימיות אלה באמצעות טמפרטורות גבוהות יותר או סוכני שחרור המגיבים סלקטיבית עם המפריע ומשחררים את האנליט. מקורות פלזמה מכילים שפע של אלקטרונים, המסייעים לאזן הפרעות יינון. הכנסת יסודות קלים ליינון לדוגמאות ולסטנדרטים גם היא מנטרלת הפרעות כימיות ומשפרת את הרגישות.

ממסים אורגניים מגבירים את עוצמת קווי הפליטה בשל טמפרטורת הלהבה הגבוהה יותר, קצב ההזנה המהיר יותר והיווצרות טיפות קטנות יותר באירוסול. עם זאת, מלחים, חומצות ומרכיבים מומסים אחרים עשויים להקטין את עוצמת הפליטה, ולכן נדרש התאמה זהירה בין דוגמאות לסטנדרטים. בפלזמה, פחות מינים נותרים יציבים, מה שמפחית הפרעות הנגרמות מאניונים אנאורגניים, ממיסים אורגניים ומרכיבים מומסים אחרים.

בנוסף, אטומי אנליט במצב בסיס באזורי הלהבה החיצוניים עשויים לספוג את הקרינה הנפלטת מאטומים מעוררים במרכז הלהבה, ולהפחית את עוצמת הפליטה. עם זאת, תופעה זו פחות סבירה בפלזמה בשל מסלול קצר יותר וטמפרטורה אחידה יותר.