Nella spettroscopia di emissione atomica (AES), gli atomizzatori ad alta temperatura eccitano un'ampia gamma di elementi e molecole, che generano delle emissioni complesse da fonti come gli ossidi, gli idrossidi e i prodotti di combustione della fiamma nella fiamma o nel plasma. Possono essere usate diverse strategie per ridurre al minimo le interferenze spettrali causate da linee o da bande di emissione sovrapposte. Queste includono l'aumento della risoluzione dello strumento, la scelta di linee di emissione alternative, il posizionamento ottimale del rilevatore in regioni a basso fondo o l'applicazione di tecniche di correzione del fondo.

Le interferenze chimiche si verificano quando l'analita e le altre specie nella fiamma reagiscono, formando dei composti stabili che non si dissociano, alterando i segnali dell'analita. Queste interferenze chimiche spesso possono essere eliminate, o moderate, utilizzando temperature più elevate o agenti di rilascio che reagiscono selettivamente con l'interferente per rilasciare l'analita. Le fonti di plasma contengono degli elettroni abbondanti, che aiutano a compensare l'interferenza di ionizzazione. L'introduzione di elementi facilmente ionizzabili in campioni e standard contrasta anche le interferenze chimiche e migliora la sensibilità.

I solventi organici aumentano l'intensità della linea spettrale grazie alla temperatura della fiamma più elevata, alla velocità di alimentazione più rapida e alle goccioline più piccole nell'aerosol. Tuttavia, i sali, gli acidi e le altre specie disciolte possono ridurre l'intensità di emissione, rendendo necessaria un'attenta corrispondenza campione/standard. Alcune specie rimangono stabili nel plasma, riducendo l'interferenza da anioni inorganici, solventi organici e altre specie disciolte.

Inoltre, gli atomi dell'analita allo stato fondamentale nelle regioni esterne della fiamma, possono assorbire la radiazione emessa dagli atomi eccitati nel centro della fiamma, riducendo l'intensità di emissione. Tuttavia, questo è meno probabile nel plasma a causa della lunghezza del percorso più breve e della temperatura più uniforme.