A subscription to JoVE is required to view this content. Sign in or start your free trial.
Method Article
* These authors contributed equally
כאן אנו מתארים שלם הר ניאון באתר הכלאת פרוטוקול (דגים) לקביעת מאפייני הביטוי ולוקליזציה של RNAs הביעו במהלך ההתפתחות עוברת בזבוב הפרות, דרוזופילה melanogaster.
הערכת דפוסי הביטוי של גן, כמו גם את תכונות לוקליזציה subcellular של רנ"א התעתיקים שלה, הן תכונות מרכזיות להבנת התפקוד הביולוגי שלה במהלך פיתוח. רנ"א כלאה באתר (RNA-ish) הוא שיטה חזקה המשמשת להמחשת מאפייני הפצת RNA, יהיה זה ברמת האורגניזם, סלולרית או subcellular 1. RNA-ish מבוסס על הכלאה של חללית שכותרתו חומצות גרעין (למשל antisense RNA, oligonucleotides) משלימה הרצף של mRNA או יעד שאינו קידוד-RNA של עניין 2. כנוהל מחייב מידע רצף ראשוני בלבד כדי ליצור רצף בדיקות ספציפיות, זה יכול להיות מיושם באופן אוניברסלי למגוון רחב של יצורים ודגימות רקמה 3. ואכן, מספר מחקרי איש בקנה מידה גדול יושם לתעד ביטוי גנים ודינמיקת RNA לוקליזציה באורגניזם מודל שונה, מה שהוביל להקמת משאבי קהילה חשובים 4-11. בעוד מגוון של תיוג בדיקה וזיהוי אסטרטגיות פותח לאורך השנים, השימוש בשילוב של חומרים כימיים זיהוי כותרת-fluorescently וצעדי הגברת אותות אנזימטית מציע שיפורים משמעותיים ברגישות וברזולוציה של ההליך 12. כאן, אנו מתארים ניאון מותאם בשיטת כלאה באתר (FISH) העסקת הגברת אות tyramide (TSA) לדמיין ביטוי RNA ודינמיקת לוקליזציה בעוברי תסיסנית מבוימת. ההליך מתבצע ב96-PCR צלחת פורמט היטב, שמאוד מקל על העיבוד בו הזמני של מספר גדול של דגימות.
1. הכנת RNA Probe
סקירה: הסעיף הבא מתאר את הצעדים הנדרשים כדי להפוך את בדיקות Digoxigenin (Dig) שכותרתו-RNA מתאימות לדגים. השלב הראשון כרוך בשיבוט או מחזק את רצף מקביל לאזור תמלל של גן של עניין שניתן להשתמש כדי ליצור חללית רצף ספציפית PCR. זו יכולה להיות מושגת על ידי השיבוט הראשון במגזר הגן לתוך פלסמיד שבו אתר השיבוט המרובה מוקף באלמנטי bacteriophage אמרגן (T7, T3 או SP6), אז מה שיכול לשמש כתבנית לשימוש PCR primers איגוף הכולל את רצפי פרומוטר , ובכך לייצר מוצר PCR ליניארי עם רצפי פרומוטר שונים בכל גפיים (איור 1 א). לחלופין, כדי למנוע את צעד השיבוט, אפשר גם לבצע הגברת PCR מהדנ"א הגנומי או cDNA באמצעות oligonucleotides הכולל T7, T3 או SP6 רצפים בגפיהם 5 '(למשל T7:5'-TAATACGACTCACTATAGGGAGA-3 '; T3: 5'-AATTAACCCTCACTAAAGGGAGA-3'; SP6: 5'-ATTTAGGTGACACTATAGAAGAG-3 '). מוצרי PCR יניארי לאחר מכן משמשים כתבניות כדי להפוך את בדיקות antisense RNA תחושה או Dig מתויג על ידי ניגר בשעתוק מבחנה עם פולימראז המתאים (1B איור). בעת ביצוע בדיקות עבור גנים ספציפיים, אנו ממליצים להכין שתי בדיקות antisense RNA תחושה והשימוש polymerases נפרד, שיהיה מועיל להערכה סגולי אות דגים (כלומר, אלא אם כן הגן של עניין הוא עבד באורינטצית antisense, תחושת רנ"א הבדיקה תגלה רמת אות רקע). בכל השלבים הבאים, אחד צריך לקחת בזהירות רבה, כדי למנוע הידרדרות אפשרית על ידי ribonucleases המזהם (RNAses) על ידי ניקוי כל תחומי הספסל והציוד הראשון עם פתרוני טיהור RNase מסחריים אתנול או 70% ובאמצעות אספקת RNAse חינם (למשל מים, טיפים, צינורות microcentrifuge).
אמאterials
ציוד
2. איסוף וקיבוע של עוברי תסיסנית
סקירה: סעיף זה מתאר את השלבים לקצירה ועיבוד עובר דרוזופילה מבוימת. בהתאם לכך, מספר העוברים הדרושים, זבובים יכולים להישמר בכלובי אוכלוסיות בגדלים שונים. השלבים הבאים הם לאוספים בוצעו באמצעות 900 3 כלובים גליליים סנטימטר באמצעות פלטות איסוף מיץ תפוחי 100mm. קיבעון נאות מחייב את הסרתם של שתי שכבות הגנה המקיפות את העובר: הסיסי החיצוני והפנימי vitellinקרום הדואר 13. שנקטף ברגע, את העוברים הם התרחצו ב50% תמיסת כלור להסיר הסיסי, אז הם מעורבבים בתמיסה המכילה פאזית heptane (permeabilizes קרום vitelline), וPBS המכיל פורמלדהיד 3.7%. אז קרום vitelline סדוק והוסר על ידי העברת העוברים לתערובת פאזית לheptane ומתנול. קיבעון עובר תקין והסרה של קרום vitelline הוא קריטי להצלחה של הליך הדגים במורד הזרם.
חומרים
ציוד
3. לאחר קיבוע עיבוד, הכלאה ולאחר ההכלאה שוטפת
סקירה: סעיף זה מפרט את צעדי העיבוד לpermeabilization עובר לפני הדגים, הכלאה-מראש,הכלאה עם בדיקות RNA ושטיפות לאחר הכלאה. לקבלת השלבים הראשוניים permeabilization עוברי מטופלים כברכה בצינור יחיד (שלבים 1-9 להלן, מכוון עבור 10-15 μl של עוברים / מדגם התיישבו), אבל הם aliquoted לתוך בארות בודדות של צלחת 96-PCR גם לפני שימשיך בשלב טרום הכלאה (שלב 10 להלן). פעולה זו מסייעת להבטיח אפילו טיפול של כל העוברים בשלבים הראשוניים של הניסוי. בעת הגדרת ניסוי דגים, חשוב לכלול פקדים שליליים כדי לקבוע את רמת אות רקע בניסויים נפרדים. לשם כך, אנו ממליצים בכלל המדגם 'ללא בדיקה ", וכפי שציין בסעיף 1, מדגם הכלאה עם' החוש 'רנ"א החללית, אשר בדרך כלל תיתן איתות דומה למצב' ללא הבדיקה".
חומרים:
ציוד
ילדה = "jove_title"> 4. איתור חללית
סקירה: סעיף זה מתאר את הנוגדנים וריאגנטים זיהוי המשמשים לזיהוי ולהמחיש חלוקת ההכלאה הבאה אות בדיקת רנ"א. צעדים אלו התוו סכמטי באיור 2. כאן אנו מציגים רק את ריאגנטים זיהוי הרגילים שאנו משתמשים להגברת אות יציבה, אך קיים מגוון חומרים כימיים מסחריים קיימים שניתן להשתמש בם כתחליף, במיוחד בעת ביצוע ניסויים-FISH הכפול לשתף לזהות RNAs השונה בו זמנית לחלבון-RNA הכפול מכתים. דוגמאות לתוצאות שהושגו עם פרוטוקול זה מוצגות בפסיפס mRNA ביטוי / לוקליזציה הדפוס באיור 3.
חומרים
ציוד
כאשר בצעו בהצלחה, הליך זה מציע רמה להדהים משופרת של פרטים במרחב ובזמן הניתוח הזמני של ביטוי גנים ודינמיקת לוקליזציה mRNA במהלך ההתפתחות עוברת תסיסנית מוקדם. ואכן, כפי שמודגם באיור 3 א לננס זוג השלטון הגנטי הקלסי (ריצה), ניתן להשתמש בפרוטוקול זה כד...
לצעדי סינתזת בדיקה, אנחנו בדרך כלל לייצר חלליות ניגרו antisense RNA שעתוק במבחנה על ידי מcDNAs תסיסנית באורך מלא מוגבר מפלסמידים נמצאו בדרוזופילה ג'ין האוסף (DGC), משאב המפורט באתר הבא: http://www .fruitfly.org / DGC / index.html 14,15. גיש?...
אין ניגודי האינטרסים הכריזו.
העבודה שנערכה במעבדת Lécuyer נתמכת על ידי מימון מהלאומיים למדעים והנדסת המועצה של קנדה (NSERC), מכון הקנדי לבריאות מחקר (CIHR) וFonds דה המשוכללת והנדירה en סנטה קוויבק (FRSQ). פאביו אלקסיס לפבר וגאל Moquin-ודרי נתמכת על ידי מחקר לתואר הראשון studentships NSERC, בעוד קרול Iampietro נתמך על ידי מלגת דוקטורט אנג'לו Pizzagalli.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
שם המגיב | חברה | מספר קטלוגים | תגובות (אופציונלי) |
T7, RNA פולימראז T3 או SP6 | Fermentas מדעי חיים | EP0101, EP0111, EP0131 | ערכות מכילות מאגר התגובה. |
DIG-RNA תיוג מיקס | רוש יישומי מדע | 11 277 073 910 | |
RNAguard | Amersham Biosciences | 27-0816-01 | |
יצטט נתרן 3M | |||
100% אתנול קר. | |||
70% אתנול קר. | |||
פתרון אקונומיקה מדוללת במים 01:01. | |||
Heptane | |||
מתנול | |||
proteinase K | סיגמה אולדריץ Oakville, ON, קנדה | המספר P2308 | |
40% תמיסת פורמלדהיד, מוכן טרי | |||
PBS-Tween פתרון (PBT) | 1xPBS, 0.1% Tween-20 | ||
גליצין פתרון | 2 מ"ג / המ"ל גליצין בPBT | ||
עכבר חד שבטי HRP-מצומדות אנטי DIG | ג'קסון ImmunoResearch מעבדות Inc | 200-032 - 156 | (דילול 1/400 של 1 מ"ג / מיליליטר פתרון המניות בPBTB |
כבשי HRP-מצומדות אנטי DIG חד שבטיים | הרוש יישומית Science, Laval, QC | 1 207 733 | דילול 1/500 של פתרון המניות בPBTB |
ביוטין מצומדות עכבר חד שבטי אנטי DIG | ג'קסון ImmunoResearch מעבדות בע"מ, מערב גרוב, פנסילבניה, ארה"ב | 200-062-156 | (דילול 1/400 של 1 מ"ג / מיליליטר פתרון המניות בPBTB |
Streptavidin-HRP הצמוד | בדיקות מולקולריות, יוג'ין או, ארה"ב | S991 | (דילול 1/100 של מניות 1 מיקרוגרם / מ"ל |
Request permission to reuse the text or figures of this JoVE article
Request PermissionThis article has been published
Video Coming Soon
Copyright © 2025 MyJoVE Corporation. All rights reserved