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여기 우리는 전체 마운트 형광을 설명 현장에서 하이브리드 (물고기) 프로토콜, Drosophila melanogaster.
유전자뿐만 아니라 베꼈 RNA의 subcellular 지방화 속성의 표현 패턴을 평가하는 것은 개발 과정의 생물학적 기능을 이해하기위한 핵심 기능입니다. 현장 하이브리드 화의 RNA (RNA 살쯤)는 RNA 배포 속성을 시각화하는 데 사용되는 강력한 방법입니다, organismal, 휴대 또는 subcellular 레벨 1에서합니다. RNA 살쯤는 mRNA 또는 관심 (2)의 비 코딩 RNA 대상의 순서를 보완이라는 핵산 산 프로브 (예 : 안티센스 RNA, oligonucleotides)의 하이브리드에 기반을두고 있습니다. 프로 시저가 순서 특정 프로브를 생성 할 만 기본 순서 정보를 필요에 따라, 그것은 보편적 생물과 조직 표본 3의 광범위한 적용 할 수 있습니다. 사실, 대규모 틱 연구 번호가 유전자 발현을 문서화하고 다양한 모델 생물에서 현지화 역학을 RNA하기 위해 구현되었으며, 이는하게되었다중요 지역 사회 자원 4-11의 설립. 프로브 라벨 및 검색 전략의 다양한이 년 동안 개발 된 반면, 휘황-라벨 감지 시약 및 효소 신호 증폭 단계의 결합 사용은 절차 12 감도와 해상도에 상당한 향상을 제공합니다. 여기, 우리는 무대 Drosophila의 배아에서 RNA의 발현 및 현지화 역학을 시각화하는 tyramide 신호 증폭 (TSA)을 채용 원위치 하이브리드 화 방법 (물고기)에 최적화 된 형광을 설명합니다. 절차는 크게 샘플을 다수의 동시 처리를 용이하게 96도 PCR 플레이트 형식으로 수행됩니다.
1. RNA 프로브 준비
개요 : 다음 섹션은 물고기에 적합한 Digoxigenin (해봐)이라는 RNA 프로브를 만들기 위해 필요한 단계를 설명합니다. 첫 번째 단계는 복제 또는 시퀀스 특정 프로브를 생성하는 데 사용됩니다 관심있는 유전자의 베꼈 지역에 해당하는 순서를 증폭 PCR 포함됩니다. 이것은 여러 복제 사이트는 다음 발기인 시퀀스를 통합 측면을 노릴 프리 머를 사용하여 PCR을위한 템플릿으로 제공 할 수 박테리오파지 프로모터 요소 (T7, T3 또는 SP6)에 의해 둘러싸인되는 플라스미드에 처음 복제 유전자 세그먼트에 의해 달성 될 수있다 , 따라서 각각의 말단 (그림 1A)에서 다른 발기인 시퀀스와 선형 PCR 제품을 생성. : 또는 복제 단계를 방지하기 위해, 하나는 게놈 DNA 또는 cDNA T3 T7, 또는 5 '극단에서 SP6 시퀀스 (예 : T7을 포함 oligonucleotides를 사용 PCR 증폭을 수행 할 수 있습니다5'-TAATACGACTCACTATAGGGAGA-3 '; T3 : 5'-AATTAACCCTCACTAAAGGGAGA-3'; SP6 : 5'-ATTTAGGTGACACTATAGAAGAG-3 '). 선형 PCR 제품은 다음 실행 - 오프 적절한 효소 (그림 1B)와 체외 스크립트에 의해 해봐 - 라벨 감각이나 안티센스 RNA 프로브를 만들기 위해 템플릿으로 사용됩니다. 특정 유전자에 대한 프로브를 할 때, 우리는 생선 신호 특이성 (예 : 관심의 유전자가 안티센스 방향으로 베꼈하지 않는 한 평가에 도움이 될 것입니다 별개의 polymerases를 사용하여 감각 안티센스 RNA 프로브를 모두 준비하는 것이 좋습니다, 감각 RNA 프로브가 표시됩니다 배경 신호의 레벨). 다음 단계의 모든에서는, (예 : 물, 먼저 70 %의 에탄올 또는 상업적 RNAse의 오염 제거 솔루션으로 모든 벤치 공간과 장비를 청소하고 RNAse 무료 물자를 사용하여 오염 ribonucleases (RNAses)에 의해 잠재적 인 저하를 방지하기 위해 큰주의를 기울여야한다 팁, microcentrifuge 튜브).
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2. Drosophila의 배아의 수집 및 고정
개요 :이 섹션은 무대 Drosophila의 배아를 수확 및 처리를 위해 단계를 설명합니다. 필요한 배아의 수에 따라 파리는 다양한 크기의 인구 케이지 유지 될 수 있습니다. 컬렉션은 100mm 사과 주스 수집 플레이트를 사용하여 900cm 3 원통형 새장을 사용하여 수행을위한 다음 단계는 다음과 같습니다. 적절한 고정은 배아를 둘러싼이 보호 층의 제거를 필요 바깥 쪽 융모막과 내부 vitellin전자 막 13. 일단 수확, 태아가 처음 융모막을 제거 할 수있는 50 % 표백제 용액에 목욕 있으며, 그때는 헵탄 (vitelline 막을 permeabilizes) 및 PBS는 3.7 %의 포름 알데히드를 포함하는를 포함하는 biphasic 솔루션에 혼합되어 있습니다. vitelline 막 나서 금과 헵탄과 메탄올의 biphasic 혼합으로 배아를 전송하여 제거됩니다. 적절한 배아 고정 및 vitelline 막 제거는 하류 물고기 절차의 성공을 위해 중요합니다.
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3. 후 고정 처리, 하이브리드 및 사후 하이브리드 세차
개요 : 생선이 절 세부 배아 permeabilization에 대한 처리 단계 이전에, 사전 하이브리드,RNA 프로브 및 사후 하이브리드 세차와 하이브리드. 초기 permeabilization 단계의 경우 배아는 단일 관 (단계 아래 1-9, 정착 태아 / 샘플의 10-15 μl를 목표로)에 수영장으로 처리되지만, 그들은 96 - 웰 PCR 플레이트의 개인 우물에 aliquoted 아르 사전 하이브 리다이 제이션 단계 (아래 10 단계)로 진행하기 전에. 이 실험의 초기 단계에있는 모든 배아의도 치료를 보장하는 데 도움이됩니다. 물고기 실험을 설정하면 각각의 실험에서 배경 신호의 레벨을 결정하기 위해 부정적인 컨트롤을 포함하는 것이 중요합니다. 이를 위해, 우리는 섹션 1, 일반적으로 '노 프로브'조건에 필적하는 신호를 제공합니다 '의미'RNA 프로브와 hybridized 샘플에 명시된 바와 같이 '노 프로브'샘플을 포함시키는 것이 좋습니다합니다.
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4. 프로브 감지
개요 :이 섹션은 RNA 프로브 신호 다음 하이브 리다이 제이션의 분포를 감지하고 시각화하는 데 사용되는 항체를 검출 시약을 설명합니다. 이 단계는 그림 2에 개략적으로 설명되어 있습니다. 여기 우리는 강력한 신호 증폭에 사용하는 표준 검출 시약 만 제시하지만, 단백질 RNA 두 번에 동시에 서로 다른 RNAs를 공동 감지 두 번 생선 실험을 수행 할 때 특히 다양한 대안으로 사용할 수 있습니다 상업적으로 이용 가능한 시약을 존재 착색. 이 프로토콜로 얻어진 결과의 예는 그림 3의 mRNA 표현 / 현지화 패턴 모자이크에 표시됩니다.
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성공적으로 수행되면,이 절차는 초기 Drosophila의 embryogenesis 동안 유전자 발현 및 mRNA의 현지화 역학의 spatio - 시간적 분석의 상세 놀랍도록 향상된 수준을 제공합니다. 클래식 쌍 - 규칙 유전자 꼬마 (실행)를도 3a에 도시 된 바와 같이 실제로, 하나는 핵을 표현 그룹의 초기 스크립트 foci의 검출을 통해 유전자 발현 이벤트를 관찰 할이 프로토콜을 사용할 수 있습니?...
프로브 합성 단계의 경우, 우리는 일반적으로 Drosophila 유전자 컬렉션 (DGC), 다음 웹 사이트에서 설명하는 자원에서 발견 plasmids의 증폭 전체 길이 Drosophila의 cDNAs에서 체외 스크립트에 의해 실행 - 오프 안티센스 RNA 프로브를 생성 : http://www .fruitfly.org / DGC / index.html 페이지 14,15. 이 접근 방식은 플라이 배아 9,16의
관심 없음 충돌이 선언 없습니다.
Lécuyer 실험실에서 실시 작품은 국립 과학 캐나다의 공학 협의회 (NSERC), 건강 연구 (CIHR)와 Fonds 드 공들인 실내 Santé 뒤 퀘벡 (FRSQ)의 캐나다 연구소에서 자금을 지원합니다. 캐롤 Iampietro는 안젤로 Pizzagalli 박사 교제를 지원하는 동안 파비오 알렉시스 Lefebvre와 게일 Moquin - Beaudry은 NSERC 학부 연구 studentships에 의해 지원됩니다.
Name | Company | Catalog Number | Comments |
시약의 이름 | 회사 | 카탈로그 번호 | 코멘트 (선택 사항) |
T7, T3 또는 SP6 RNA 중합 효소의 | Fermentas 생명 과학 | EP0101, EP0111, EP0131 | 키트는 반응 버퍼가 포함되어 있습니다. |
파 RNA 라벨 믹스 | 로슈 응용 과학 | 11 277 073 910 | |
RNAguard | Amersham Biosciences | 27-0816-01 | |
3M의 아세트산 나트륨 | |||
차가운 100 % 에탄올. | |||
차가운 70 % 에탄올. | |||
염소 표백제 솔루션은 물과 1:1 희석. | |||
헵탄 | |||
메타놀 | |||
proteinase K | 시그마 알드리치 옥빌, ON, 캐나다 | 카탈로그 번호 P2308 | |
40 % 포름 알데히드 용액, 신선한 | |||
PBS-십대 초반 솔루션 (PBT) | 1xPBS, 0.1 % 십대 초반-20 | ||
글리신 솔루션 | PBT에서 2 밀리그램 / ML 글리신 | ||
단클론 HRP-복합 마우스 안티 - 파 | 잭슨 ImmunoResearch 연구소 주식회사 | 200-032 - 156 | (PBTB의 1 MG / ML 주식 솔루션의 400분의 1 희석 |
HRP-복합 양 안티 - 파 단클론 | 로슈 응용 ScienCE, 라발, QC | 1 207 733 | PBTB의 주식 솔루션의 5백분의 1 희석 |
비오틴 - 복합 마우스 단클론 항 파 | 잭슨 ImmunoResearch 연구소 주식회사, 웨스트 그 로브, PA, USA | 200-062-156 | (PBTB의 1 MG / ML 주식 솔루션의 400분의 1 희석 |
Streptavidin-HRP 공액 | 분자 프로브, 유진 OR, USA | S991 | (1 μg / ML 주식 100분의 1 희석 |
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