דפוס של מיקרואורגניזמים ומיקרו-חלקיקים באמצעות הרכבה בסיוע נימים רציפים

Summary

אנו מציגים טכנולוגיה המשתמשת בהרכבה בסיוע נימי בפלטפורמה מיקרופלואידית כדי לעצב עצמים בגודל מיקרו המושעים בנוזל, כגון חיידקים וקוליואידים, למערכים שנקבעו על מצע פולידימתילסילוקסן.

Abstract

דפוס מבוקר של מיקרואורגניזמים לסידורים מרחביים מוגדרים מציע אפשרויות ייחודיות למגוון רחב של יישומים ביולוגיים, כולל מחקרים של פיזיולוגיה מיקרוביאלית ואינטראקציות. ברמה הפשוטה ביותר, דפוס מרחבי מדויק של מיקרואורגניזמים יאפשר הדמיה אמינה וארוכת טווח של מספר גדול של תאים בודדים וישנה את היכולת לחקור באופן כמותי אינטראקציות מיקרואורגניזמים תלויות מרחק. באופן ייחודי יותר, צימוד דפוס מרחבי מדויק ושליטה מלאה על התנאים הסביבתיים, כפי שמוצע על ידי טכנולוגיה מיקרופלואידית, יספק פלטפורמה רבת עוצמה ורב-תכליתית למחקרים של תאים חד-תאיים באקולוגיה מיקרוביאלית.

מאמר זה מציג פלטפורמה מיקרופלואידית לייצור דפוסים רב-תכליתיים ומוגדרים על-ידי המשתמש של מיקרואורגניזמים בתוך ערוץ מיקרופלואידי, המאפשרים גישה אופטית מלאה לניטור ארוך טווח בעל תפוקה גבוהה. טכנולוגיה מיקרופלואידית חדשה זו מבוססת על הרכבת חלקיקים בסיוע נימים ומנצלת את כוחות הנימים הנובעים מהתנועה המבוקרת של השעיה מתאדה בתוך ערוץ מיקרופלואידי להפקדת עצמים מיקרו-זעירים בודדים במערך של מלכודות שעברו מיקרו-פבריקאט על מצע פולידימתילסילוקסן (PDMS). תצהירים רציפים יוצרים את הפריסה המרחבית הרצויה של סוגים בודדים או מרובים של אובייקטים בגודל מיקרו, המוכתבים אך ורק על ידי הגיאומטריה של המלכודות ורצף המילוי.

הפלטפורמה כויל באמצעות חלקיקים קולואידיים מממדים וחומרים שונים: היא הוכיחה את עצמה ככלי רב עוצמה ליצירת דפוסים קולואידיים מגוונים ולבצע פונקציונליזציה של פני השטח של חלקיקים לכודים. יתר על כן, הפלטפורמה נבדקה על תאים מיקרוביאליים, באמצעות תאי קולי Escherichia כחיידק מודל. אלפי תאים בודדים עוצבו על פני השטח, וצמיחתם הייתה במעקב לאורך זמן. בפלטפורמה זו, צימוד של תצהיר חד-תאי וטכנולוגיה מיקרופלואידית מאפשר הן דפוס גיאומטרי של מיקרואורגניזמים והן שליטה מדויקת בתנאים הסביבתיים. כך הוא פותח צוהר לפיזיולוגיה של חיידקים בודדים ולאקולוגיה של אינטראקציות מיקרואורגניזמים, כפי שמוצג בניסויים ראשוניים.

Introduction

דפוס מרחבי של מיקרואורגניזמים בודדים, במיוחד בתוך זירות ניסיוניות המאפשרות שליטה מלאה על תנאים סביבתיים, כגון מכשירים מיקרופלואידיים, רצוי מאוד במגוון רחב של הקשרים. לדוגמה, סידור מיקרואורגניזמים למערכים קבועים יאפשר הדמיה מדויקת של מספר רב של תאים בודדים וחקר צמיחתם, פיזיולוגיה, ביטוי גנים בתגובה לגירויים סביבתיים ורגישות לתרופות. זה גם יאפשר ללמוד אינטראקציות תא-תאים של עניין מיוחד במחקר לתוך תקשורת סלולרית (למשל, חישת מניין), האכלה צולבת (למשל, סימביוזה אצות-חיידקיות), או אנטגוניזם (למשל, אלופתיה), עם שליטה מלאה על לוקליזציה מרחבית של תאים ביחס זה לזה. מחקרי פיזיולוגיה ואבולוציה של ^תאים1, מחקרי אינטראקציה בין ^תאים2, סינון בידול פנוטיפי3, ניטור ^{סביבתי4} והסרת ^סמים5 הם בין התחומים שיכולים להפיק תועלת רבה מטכנולוגיה המסוגלת להשיג ניתוח כמותי כזה של תא בודד.

מספר אסטרטגיות לבודד ולטפל בתאים בודדים הוצעו בשנים האחרונות, החל ממלכודות אופטיות הולוגרפיות6 ושיטות פונקציונליזציה של פני השטח הטרוגניים7,8,9,10 ועד כימותרפיה חד-תאית11 ומיקרופלואידיקה טיפתית12. שיטות אלה הן תובעניות מאוד מבחינה טכנית או משפיעות על פיזיולוגיית התא ואינן מספקות פלטפורמה בעלת תפוקה גבוהה למיקרואורגניזמי דפוס שניתן ללמוד לאורך תקופות ארוכות, מה שמבטיח רזולוציה של תא יחיד, גישה אופטית מלאה ושליטה על התנאים הסביבתיים. מטרת מאמר זה היא לתאר פלטפורמה לתבנית חיידקים עם דיוק מיקרומטרי לסידורים מרחביים שנקבעו על משטח PDMS באמצעות הרכבה בסיוע נימים. פלטפורמה זו מאפשרת דפוס מרחבי מדויק וגמיש של חיידקים ומאפשרת גישה אופטית מלאה ושליטה על התנאים הסביבתיים, הודות לאופי המיקרופלואידי שלה.

הטכנולוגיה שמאחורי פלטפורמה זו היא טכנולוגיית הרכבה שפותחה בשנים האחרונות, בשם sCAPA13,14,15 (הרכבת חלקיקים בסיוע נימים רציפים) ששולבה בפלטפורמה מיקרופלואידית16. המניסקוס של טיפת נוזל מתאדה, בעודו נסוג מעל מצע פולידימתילסילוקסן (PDMS) בדוגמת פולידימתילסילוקסן (PDMS) בתוך ערוץ מיקרופלואידי, מפעיל כוחות נימיים הלוכדים את החלקיקים הקולואידיים הבודדים התלויים בנוזל לתוך בארות מיקרומטריות המיקרו-פבריות על המצע (איור 1A). חלקיקים מושעים מועברים תחילה לממשק נוזל האוויר על ידי זרמים קונבנציונליים ולאחר מכן ממוקמים לתוך המלכודות על ידי נימים. כוחות נימיים המופעלים על ידי פעולת המניסקוס הנע בקנה מידה גדול יותר בהשוואה לכוחות המעורבים באינטראקציות חלקיקים.

לפיכך, מנגנון ההרכבה אינו מושפע מהחומר, הממדים ומאפייני השטח של החלקיקים. פרמטרים כגון ריכוז חלקיקים, מהירות המניסקוס, הטמפרטורה ומתח פני השטח של ההשעיה הם הפרמטרים היחידים המשפיעים על התשואה של תהליך הדפוס. הקורא יכול למצוא תיאור מפורט של ההשפעה של הפרמטרים הנ"ל על תהליך הדפוס ב13,14,15. בטכנולוגיית sCAPA המקורית13,14,15, תהליך התבנית הקולואידית בוצע במערכת פתוחה ודרש שלב פיזואלקטרי ברמת דיוק גבוהה כדי להניע את המתלה על פני התבנית. פלטפורמה זו מנצלת אסטרטגיה שונה ומאפשרת לדפוס להתבצע עם ציוד סטנדרטי המשמש בדרך כלל במיקרופלואידיקה בסביבה מבוקרת, ובכך ממזערת את הסיכונים של זיהום הדגימות.

פלטפורמה מיקרופלואידית זו עברה אופטימיזציה תחילה על חלקיקים קולואידיים כדי ליצור מערכים קבועים של חלקיקים אינרטיים ולאחר מכן הוחלה בהצלחה על חיידקים. שתי הפלטפורמות המיקרופלואידיות מתוארות במאמר זה (איור 1B, C). רוב שלבי ההכנה והציוד הניסיוני המתואר בפרוטוקול נפוצים בשני היישומים (איור 2). אנו מדווחים על דפוס קולואידי כדי להדגים שניתן להשתמש בטכניקה לביצוע תצהירים רציפים מרובים על אותו משטח כדי ליצור דפוסים מורכבים ורב-חומריים. בפרט, חלקיק אחד בודד הופקד לכל מלכודת עבור כל שלב כדי ליצור מערכים קולואידיים עם גיאומטריה וקומפוזיציה ספציפיים, המוכתבים אך ורק על ידי הגיאומטריה ורצף המילוי של המלכודות. באשר לעיצוב חיידקי, תצהירים בודדים מתוארים, וכתוצאה מכך חיידק אחד מופקד לכל מלכודת. ברגע שתאים מעוצבים על פני השטח, הערוץ המיקרופלואידי נשטף במדיום כדי לקדם את צמיחת החיידקים, השלב הראשוני של כל מחקר של תא בודד.

Protocol

1. הכנה מאסטר סיליקון

הערה: תבניות ה- PDMS הנושאות את המלכודות המיקרו-פבריקטיות היוצרות את התבנית עבור דפוס קולואידי ומיקרוביאלי מפוברקות מפוברקות בהתאם לשיטה שהוצגה על ידי Geissler et al. ¹⁷. מאסטר הסיליקון הוכן על ידי ליטוגרפיה קונבנציונלית בחדר נקי. עיין בשלבים הבאים עבור ההליך וטבלת החומרים לקבלת הציוד.

1. עצב את התכונות באמצעות תוכנת עיצוב בעזרת מחשב (CAD).
2. הכינו את מסכת הכרום-זכוכית עם שכבה של פוטורזיסט חיובי על ידי חשיפת התכונות המעוצבות עם סופר לייזר ישיר UV.
   1. פתח את מסכת הכרום-זכוכית עם מפתח ספין באמצעות מפתח ביחס של 1:4 פוטורזיסט למים עבור 15 שניות.
   2. לטבול את המסכה בתחריט כרום במשך 50 שניות.
   3. פלזמה לטפל רקיק סיליקון 10 ס"מ במשך 3 דקות ב 600 W.
   4. מאדים-להפקיד שכבה של hexamethyldisilizane ולאפות ב 110 °C (50 °F) כדי לשפר את ההידבקות כלפי photoresist.
   5. להפקיד שכבה של photoresist ב 4,500 × גרם במשך 2 דקות.
   6. לחשוף את התכונה UV דרך מסכת זכוכית כרום עם קשתית מסכה עבור 2 s ולהתפתח עם מפתח באשר למסכה.
3. כדי להשלים את הייצור של מאסטר סיליקון, לחרוט את הוופל באמצעות חילופי יונים תגובתי עמוק, התאמת זמן החריטה (<2 דקות) כדי להשיג את העומק הרצוי (נמדד עם פרופילומטר).

2. הכנת עובש מיקרו-ערוצי

1. עצב את הערוץ באמצעות תוכנת CAD וחתוך אותו עם תוכנת כלי פריסה כדי להמיר את הדגם המעוצב להוראות עבור המדפסת התלת-ממדית, תוך הגדרת מרחק החיתוך ב- 0.05 מ"מ.
2. הדפס את הערוץ עם מדפסת תלת-ממד למשך ~ 1 שעות.
3. יש לשטוף ולהכניס את התבנית למכונת ריפוי ושטיפה ייעודית.
   1. שים את התבנית במיכל מלא אלכוהול איזופרופיל טהור (IPA) מערבולת הנוזל (לשטוף במשך 20 דקות). קח את המיכל מלא IPA מתוך המכונה.
   2. לאחר הסרת התבנית השטופה ממיכל ה- IPA, החזירו אותה למכונת הכביסה והריפוי ושחררו אותה למשך 15 דקות בטמפרטורה של 35 מעלות צלזיוס.
      הערה: טבלת החומרים מדווחת על מדפסת התלת-ממד ועל מכונת הריפוי והשטיפה המשמשת בפרוטוקול הכנת העובש. דגם התלת-ממד נחתך עם תוכנת הפריסה הקניינית של מדפסת התלת-ממד.
4. מניחים את ההדפס בתנור UV במשך 12 שעות ומניחים אותו בתנור ב 80 °C (80 °F) במשך 12 שעות.
   הערה: שלב זה מבטיח שכל הפולימר נרפא וכל הפולימרים הלא מאושרים יוסרו מהדפוס מכיוון שהוא ימנע מ- PDMS לרפא.
5. סיילנו את התבנית באמצעות תצהיר אדים של טריכלורו (1H, 1H, 2H, 2H-perfluorooctyl) סילאן.
   1. מניחים את התבנית התלת-ממדית במייבש ואקום יחד עם 20 μL של 100% Trichloro מרוכז (1H, 1H, 2H, 2H, 2H-perfluorooctyl) סילאן צנרת על רדיד אלומיניום להציב קרוב לתבנית.
   2. צור ואקום במייבש כדי ליצור אדים ולהשאיר במשך 40 דקות.
   3. מוציאים את התבנית מהמייבש ושטפו אותה באתנול טהור לפני ששופכים עליה PDMS.

3. ייצור השבב המיקרופלואידי

1. הכן תערובת PDMS על ידי ערבוב האלסטומר עם סוכן crosslinking שלה (טבלת חומרים). מערבבים את התערובת במרץ כדי למזג את שני הרכיבים באופן אחיד עד שנוצרות בועות אוויר, ותערובת ה-PDMS נראית אטומה.
   הערה: כמות המקשר הצולב צריכה להיות 10% לפי משקל של כמות האלסטומר.
2. Degas התערובת של אלסטומר וסוכן crosslinking בייבוש ואקום כדי להסיר את בועות האוויר הלכודות. מעבירים את התערובת במייבש למיכל המשמש לערבוב (שלב 3.1). ממשיכים בתהליך הסרת הגז עד שכל הבועות יוסרו והתערובת תיראה שקופה שוב.
   הערה: הזמן הנדרש בדרך כלל לייבוש הוא 30 דקות.
3. יוצקים 3 גרם של התערובת על מאסטר הסיליקון כדי לייצר את התבנית, אשר ישמש "הרצפה" של שבב microfluidic.
   הערה: ניתן לכוונן את עובי שכבת ה-PDMS על-ידי שינוי כמות התערובת שנשפכה על תבנית הבסיס לסיליקון.
   1. כדי לקבל תבנית בעובי 400 מיקרומטר, יש לשפוך 3 גרם של PDMS על מאסטר הסיליקון, להניח את מאסטר הסיליקון על מעיל ספין, ולסובב את המעיל ב 21 × גרם עבור 5 s ו 54 × g עבור 10 s, ולאחר מכן degas שוב כמתואר בשלב 3.2 כדי להסיר בועות אוויר לכודות.
4. יוצקים 20 גרם מתערובת ה-PDMS על התבנית המודפסת בתלת-ממד כדי ליצור את המיקרו-ערוצים, שישמשו כ"גג" של השבב המיקרופלואידי, ומפרקים אותו כמתואר בשלב 3.2 למשך 30 דקות.
5. אופים גם את רקיק הסיליקון וגם את התבנית המודפסת בתלת-ממד בטמפרטורה של 70 מעלות צלזיוס למשך 2 שעות לפחות.
6. מקלפים את שכבת ה-PDMS מהתבנית המודפסת התלת-ממדית, חותכים את ה-PDMS עם להב סביב המיקרו-צ'אנלים ומנקבים את החורים שישמשו ככניסה ושקע של הערוץ המיקרופלואידי.
7. מקלפים את ה-PDMS מתבנית הבסיס לסיליקון וחותכים את שכבת ה-PDMS לחתיכות קטנות יותר עם אותם ממדים של הערוצים המיקרופלוידיים שיודבקו על גבי התבניות.
8. לשפשף בעדינות את התבניות microchannels באמצעות פתרון דטרגנט 1% (ראה את טבלת החומרים) במשך 5 דקות ולאחר מכן לשטוף עם מים deionized. לאחר מכן, לשטוף את התבניות microchannels עם איזופרופנול ולשטוף אותם עם מים deionized. יבש את התבניות ואת microchannels בטמפרטורת החדר במשך 1 דקות עם אוויר דחוס ב 1 בר.
9. מקם את התבניות ואת microchannels בניקוי פלזמה עם המשטחים להיות מלוכדים עם הפנים כלפי מעלה. הפעל את מנקה הפלזמה, ופלזמה לטפל בתבניות ואת microchannels עבור 40 s. הוציאו אותם ממנקה הפלזמה ומיד קשרו את המיקרו-צ'אנלים על גבי התבניות על ידי יצירת קשר זה עם זה.
10. יש לאחסן את השבבים המיקרופלואידיים בתנור בטמפרטורה של 70°C למשך חמישה ימים כדי להבטיח התאוששות הידרופובית של PDMS ולזכות בזווית מגע נסוגה בטווח האופטימלי, בין 30 ל-60°^10,111.

4. דפוסים חיידקיים

1. יום אחד לפני הניסוי, לגדל אוכלוסייה של קולי Escherichia (זן MG1655 prpsM-GFP). לחסן את התרבות ישירות מן המלאי הקפוא ולגדול בן לילה במשך 20 שעות מרק ליסוגניות (LB) בינוני בחממה שייקר ב 37 °C (50 °F). הוסף 50 מיקרוגרם / מ"ל של kanamycin עבור התאים כדי לשמור על plasmid prpsM-GFP.
2. ביום הניסוי, הגדר את חממת התיבה (איור 2A) ב-37 °C (37 °C) מספר שעות לפני הניסוי כדי לקבל טמפרטורה אחידה ויציבה לפני תחילת הניסוי. הקימו את משאבת המזרק ואת צלחת הזכוכית המחוממת על במת המיקרוסקופ (איור 2B,C), וקבעו את הטמפרטורה באותה טמפרטורה כמו האינקובטור של התיבה.
   הערה: חממת התיבה שבה מוקפת המערכת כולה, כולל המיקרוסקופ (איור 2E), מבטיחה שטמפרטורה אחידה וקבועה תישמר לאורך כל הניסוי כאשר הערוץ סומק בינוני.
3. תשעים דקות לפני הניסוי, לשים את השבב microfluidic בכלי מלא 100% אתנול (EtOH) ולשטוף את הערוץ עם 100% EtOH לפחות 10 דקות. מניחים את השבב המיקרופלואידי במייבש ואקום ודגה למשך 30 דקות לפחות. החליפו את ה- EtOH במים מזוקקים וטיפלו בוואקום בשבב למשך 30 דקות לפחות. שים את שבב microfluidic בתנור ב 70 °C (80 °F) במשך 10 דקות כדי להסיר את כל עקבות של נוזל שנותרו בערוץ.
   הערה: שלב זה נחוץ כדי למנוע היווצרות בועות בערוץ כאשר הוא מרוקן עם מדיום תרבות. פרוטוקול מניעת בועות זה הותאם מוונג ואח ' ¹⁸.
4. פיפטה 1 מ"ל של 3-(N-morpholino)חומצה פרופנסולפית (MOPS) בינוני (1x) לתוך בקבוקון צנטריפוגה ולהוסיף 10 μL של 0.132 M אשלגן פוספט (_K2HPO4). קח את תרבות הלילה מתוך החממה 37 °C (37 °F) ו aliquot 100 μL לתוך בקבוקון צנטריפוגות וצנטריפוגה התרבות ב 2,300 × גרם במשך 2 דקות. פיפטה בעדינות את supernatant מתוך בקבוקוני צנטריפוגה, ו resuspened את הכדור ב 1 מ"ל של מדיום MOPS טרי עם 0.015% v / v של Tween 20 ו 0.01% v / v של אשלגן פוספט.
   הערה: הריכוז האופייני של ההשעיה החיידקית הוא בטווח של 0.015-0.15 vol%, אשר מבטיח היווצרות של אזור הצטברות מורחב ונייד ומונע הצטברות של חלקיקים על המצע. החלפת המדיום הלילי במדיום טרי ממזערת את הסיכונים של שחרור סרטים של חיידקים בתבנית. היעדר מקור פחמן במדיום הטרי מונע מהתאים לגדול בהשעיה במהלך תבנית תבנית. ריכוז של 0.015% v/v של Tween 20 במתלה נחוץ לזווית המגע של הנוזל הנסוג בתבנית PDMS כדי ליפול בטווח האופטימלי, בין 30 ל 60°.
5. טען את ההשעיה החיידקית במזרק 1 מ"ל ולחבר את המזרק לשבב באמצעות צינורות microfluidic.
   1. כדי לאבטח את החיבור בין המזרק לבין הצינורות, הכנס ישירות מחט בקוטר חיצוני של 0.6 מ"מ לתוך הצינורות. כדי להימנע מפיזור כל מתלה שנותר בסביבה הנכנסת שמעבר לתעלה, יש לשטוף את המדיום הטרי דרך החור המשמש כשקע במהלך תהליך התבנית (איור 3A.III), במקום החור המשמש ככניסה.
   2. הר את המזרק על משאבת המזרק והזריק את המתלה לשבב המיקרופלואידי דרך הכניסה הממוקמת בחלק במעלה הזרם של הערוץ עד שהמתלה מכסה את אזור התבנית במלכודות.
      הערה: במהלך תהליך ההזרקה הנוזלית, האוויר יכול לברוח דרך שקע הממוקם בקצה במורד הזרם של הערוץ.
   3. הגדר את משאבת המזרק כדי למשוך את ההשעיה החיידקית (איור 3A-I) בקצב זרימה של 0.07-0.2 μL / min, אשר בגיאומטריה המתוארת תואמת למהירות נסיגת מניסקוס של 80-100 מיקרומטר / דקה.
   4. נטר את תהליך התבנית באמצעות תוכנת מיקרוסקופ.
      הערה: כאן, הגדלה של פי 10 שימשה לניטור המניסקוס הנסוג בתבנית, והגדלה של פי 20 שימשה לניטור התצהיר של חיידקים בודדים לתוך המלכודות המיקרו-פבריות.
6. לאחר שהתבנית עוצבה עם תאים (איור 3A-II), הגדל את קצב זרימת המשיכה כדי לרוקן במהירות את הערוץ המיקרופלואידי ולשטוף אותו עם LB טרי שבעבר הוסר למשך 30 דקות לפחות ונחרם מראש ב-30 °C (30 °F).
7. הגדר את משאבת המזרק בקצב זרימה של 2 μL / min כדי לשטוף בעדינות את הערוץ. לאחר הערוץ כבר מלא, להגדיל את קצב הזרימה (15 μL / min) על פי הצרכים הניסיוניים הספציפיים.
8. לרכוש תמונות של חיידקים גדלים בהגדלה הרצויה ומרווח הזמן.

5. דפוס קולואידי

1. פיפטה 900 μL של 0.015% v / v Tween 20 פתרון מימי לתוך בקבוקון צנטריפוגה ו pipette 100 μL של ההשעיה הקולואידית המקורית לתוכו. צנטריפוגה ההשעיה ב 13,500 × g במשך 1 דקות. הסר בעדינות את supernatant ולהחליף אותו עם Tween מימית 20 (0.015% v / v) פתרון. חזור על תהליך זה שלוש פעמים כדי להבטיח החלפה מלאה של הממס של הספק מהשעיית המלאי.
2. טען את ההשעיה הקולואידית במזרק 1 מ"ל וחבר את המזרק לשבב באמצעות צינורות מיקרופלואידיים. הזרקו את ההשעיה לשבב המיקרופלואידי דרך הכניסה הממוקמת בתוך החלק המרכזי, בחלק במעלה הזרם של הערוץ, ולדחוף בהדרגה את המתלה עד שהתבנית תכוסה.
3. למשוך את ההשעיה הקולואידית בקצב זרימה של 0.07-0.2 μL / min, אשר מתאים למהירות נסיגת מניסקוס של 1-2 מיקרומטר / דקה, ולדמיין את תהליך התבנית באמצעות תוכנת מיקרוסקופ. השתמש בהגדלה של פי 10 כדי לפקח על המניסקוס הנסוג בתבנית ובהגדלה של פי 20 כדי לצפות בתצהיר של חלקיקים בודדים לתוך המלכודות המיקרו-פבריקטיות. הגדל את קצב הזרימה ברגע שהמניסקוס מגיע לסוף התבנית כדי לרוקן את הערוץ במהירות.
   הערה: מערכים קולואידיים המורכבים ממספר חלקיקים יכולים להיות מיוצרים על-ידי הפעלת תהליך התבנית משלבים 5.1 עד 5.3 בסדרה. הערוץ טעון עם מתלה קולואידי חדש בכל איטרציה על פי הרכב מערכי הקולואידים הרצויים. כל שלב דפוס מוסיף חלקיק אחד למערך הקולואידי וניתן להפעילו ברצף עד שהמלכודות יתמלאו ברצף החלקיקים הרצוי. הרכב המערכים הקולואידיים המתקבלים ניתן אך ורק על ידי רצף ההשעיות הקולואידיות המשמשות למילוי המלכודות (איור 3B).

תוצאות

פותחה פלטפורמה מיקרופלואידית המנצלת הרכבה בסיוע נימים כדי לעצב חלקיקים וחיידקים קולואידיים למלכודות שעברו מיקרו-פבריקט בתבנית PDMS. שתי גיאומטריות ערוץ שונות תוכננו כדי לייעל את התבנית של קולואידים וחיידקים באמצעות הרכבה בסיוע נימיות. הגיאומטריה של הערוץ הראשון (איור 1B) מ...

Discussion

הפלטפורמה המיקרופלואידית המתוארת כאן מאפשרת דפוס של עצמים בגודל מיקרו, כגון קולואידים וחיידקים, לסידורים מרחביים שנקבעו על מצע PDMS. השליטה המלאה על התנאים הסביבתיים המוצעים על ידי מיקרופלואידיקה והיכולת לעצב תאים עם דיוק מיקרומטרי המוענק על ידי טכנולוגיית sCAPA הופכת אותו לפלטפורמה מבטיחה...

Materials

Name	Company	Catalog Number	Comments
Alcatel AMS 200SE I-Speeder	Alcatel Micro Machining System		deep reactive ion exchange system
Alconox			detergent
AZ400K developer	MicroChemicals	AZ400K
BD 10 mL Syringe (Luer-Lock)	BD	300912	used to flush fresh Lysogeny broth into the microfluidic channel
Box Incubator	Life Imaging Services		used to ensure a uniform and constant temperature in the channel
Centrifuge	Eppendorf	5424R	used to replace the overnight media with fresh minimal media
Centrifuge vial	Eppendorf	30120086	1.5 mL
CETONI Base 120	CETONI GmbH		syringe pump
Fluorescent PS particles of diameter 0.98 µm (red)	microParticles GmbH	PS-FluoRed-Fi267
Fluorescent PS particles of diameter 1.08 µm (green)	microParticles GmbH	PS-FluoGreen-Fi182
Fluorescent PS particles of diameter 2.07 µm (green)	microParticles GmbH	PS-FluoGreen-Fi183
Fluorescent PS particles of diameter 2.08 µm (red)	microParticles GmbH	PS-FluoRed-Fi180
Gigabatch 310 M	PVA TePla		used to plasma treat a 10 cm silicon wafer
H401-T-CONTROLLER	Okolab		controller of the heated glass plate
H601-NIKON-TS2R-GLASS	Okolab		heated glass plate
Heidelberg DWL 2000	Heidelberg Instruments		UV direct laser writer
Insulin syringes, U 100, with luer	Codan Medical ApS	CODA621640	1 mL syringe used to withdraw the liquid suspension during the patterning process
Klayout	Opensource		used to design the features on the silicon master
LB Broth, Miller (Luria-Bertani)	Fisher Scientific	244610	Lysogeny broth flushed into the microfluidic channel
Masterflex transfer tubing	Masterflex	HV-06419-05	0.020'' ID, 0.06'' OD
MOPS (10x)	Teknova	M2101	diluted tenfold with milliQ water and used to replace the overnight medium
Nikon Eclipse Ti2	Nikon Instruments		microscope
openSCAD	Opensource		used to design the mold
OPTIspin SB20	ATM group	51-0002-01-00	spin developer
Plasma chamber Zepto	Diener Electronic	ZEPTO-1	used to plasma treat the template and microchannel to bond them
Positive photoresist AZ1505	MicroChemicals	AZ1505
Potassium phosphate dibasic	Sigma Aldrich	P3786	added to MOPS 1x
Prusa curing and Washing machine CW1S	Prusa		used to ensure all polymer is cured and uncured polymer is removed from the mold
Prusa Resin - Tough	Prusa Research a.s.		UV photosensitive 405nm liquid resin for 3D printing
Prusa SL1 3d printer	Prusa		used to print the mold
Scale	VWR-CH	611-2605	used to weight PDMS mixture
Silicon wafer (10 cm)	Silicon Materials Inc.		N/Phos <100> 1-10 Ω cm
Süss MA6 Mask aligner	SUSS MicroTec Group		used to align the chrome-glass mask and the substrate, and expose the substrate
Sylgard 184	Dow Corning		silicone elastomer kit; curing agent
Techni Etch Cr01	Technic		chromium etchant
Trichloro (1H, 1H, 2H, 2H-perfluorooctyl) silane	Sigma Aldrich	448931	used to silianize the 3D printed mold
TWEEN 20	Sigma Aldrich	P1379	used to ensure an optimal receding contact angle during the patterning process
Veeco Dektak 6 M	Veeco		profilometer
VTC-100 Vacuum Spin Coater	MTI corporation		vacuum spin coater