Research reported in this publication was supported by the National Institute of Allergy and Infectious Diseases (NIAID) of the NIH under award number R01AI114362 and Welch Foundation grant I-1782 to Iv&#225;n D'Orso.

1. תאי ציפוי <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יום אחד לפני transfection, צלחת 3.5 x 10 6 תאים HEK293T ב 10 מ&quot;ל של מדיום הנשר שונה של Dulbecco (DMEM) בתוספת 10% (v / v) בסרום שור עוברית (FBS) ו -1% (v / v) פניצילין / סטרפטומיצין (10,000 יח &#39;/ מ&quot;ל ​​המניות) לכל צלחת 100 מ&quot;מ. פלייט 3 - 5 100 מנות מ&quot;מ לכל ניסוי / מצב כדי להבטיח התאוששות מספיק חלבון. הערה: מספר הצלחות יש לקבוע עבור כל ניסוי / מצב, אשר יסתמך על רמות הביטוי המסיס של מתחם החלבון של עניין. לחלופין, אם טיהור בקנה מידה גדול יותר יש צורך, שורות תאים ניתן להתאים לגדול השעיות צלוחיות טווה 2, אך שיטה זו לא תעבוד עבור transfections חולף. </li></ol> 2. Transfecting תאים או גרימת שורות תאים יציבות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> למחרת, לבדוק את התאים תחת מיקרוסקופ. התאים חייבים להיות 70 - 80% ומחוברות לפני proceeding. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Transfect התאים עם תערובת הכוללת 7 מיקרוגרם של ה- DNA פלסמיד ו -21 μl של מגיב transfection לכל צלחת 100 מ&quot;מ. תאים Transfect עם GFP להביע וקטור (טבלה 1) כביקורת על יעילות transfection. הערה: אם אתה משתמש HEK293-T-Rex או שורת תאים יציבה דומה התופעה אשר עלול לגרום הביטוי של שתיים או יותר מורכבי יחידות משנה בתגובת דוקסיציקלין 14, 15, inducer יצטרך להתווסף התאים וטופח במשך 48 שעות. בדומה לכך, שורת תאים יציבה תופעה אשר עלולה לגרום ביטוי GFP על תוספת של inducer יהיה דרוש גם ולאמת אותם. עבור לשלב 2.7. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מכינים את תערובת transfection לכל צלחת 100 מ&quot;מ. בתוך צינור 1.5 מ&quot;ל microcentrifuge, לערבב 500 μl של DMEM unsupplemented עם 7 מיקרוגרם של ה- DNA פלסמיד הכולל (המקביל ל שניים או יותר פלסמידים). בתוך צינור microcentrifuge נפרד, לערבב 500 μl של wi unsupplemented DMEM21 μl ה של מגיב transfection. חזור על הפעולה עבור כל תגובה transfection. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פיפטה הפתרון מגיב transfection לתוך פתרון ה- DNA פלסמיד (לא לערבב פתרונות בסדר הפוך). מערבבים על ידי pipetting לפחות 4 פעמים. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה את התערובת בטמפרטורת החדר למשך 10 - 15 דקות, אך לא יותר מ 15 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הטה את הצלחת ליצור מאגר תקשורת ובזהירות פיפטה תערובת transfection ירידה מבחינת על הצד הפנימי של הצלחת מבלי להפריע את התאים. מחזירים את המנה למצב שטוח המקורי ו מערבולת בעדינות כדי לפזר את התערובת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירת התאים ב 37 מעלות צלזיוס חממת תרבית תאי humidified עם 2 5% CO (תנאי זה להלן המכונה &quot;חממה בתרבית רקמה&quot;). החזר את שלאחר transfection hr תקשורת 5 (אופציונאלי). </li></ol> 3. Transfection סימון או יעילות אינדוקציה <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בגיל 24 שעות שלאחר transfection, לדמיין את התאים תחת שפעתמיקרוסקופ orescent כדי לבדוק יעילות transfection (או אינדוקציה של שורת תאים יציבים השליטה HEK293T-REX להביע GFP). דגירה של 24 שעות אחרות. </li></ol> 4. סטרפטוקוקוס טיהור זיקה (סטרפטוקוקוס AP) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> איסוף התאים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בשעה 48 שעות שלאחר transfection, להסיר את המדיה ולהוסיף 8 מ&quot;ל של 1x קר פוספט שנאגרו מלוחים (PBS). פיפטה מעלה ומטה כדי לנתק תאים מהצלחת. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אסוף ולהעביר את ההשעיה התא לתוך צינור 15 מ&quot;ל ומסובב את התאים למטה ב 800 XG במשך 4 דקות ב 4 ° C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את supernatant PBS. חזור על ספין למטה (800 XG דקות 1 ב 4 ° C) כדי לחסל כל PBS שיורית. אחסן את התא גלולה ב -80 ° C לשימוש עתידי או פעל לפי הנוהל שלהלן כדי להמשיך טיהור חלבונים. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Lysing התאים <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend את כדורי התא באמצעות 5 × נפח תא גלולה (~ 250 μl לכל צלחת) של הצפת תמוגה פסיבי(PLB: 20 mM Tris-HCl 7.5 pH, 150 מ&quot;מ NaCl, 1.5 מ&quot;מ 2 MgCl, 1 מ&quot;מ DTT, לוח קוקטייל מעכב פרוטאז, 5% v / גליצרול נ, ו -1.0% NP-40) ולהעביר את ההשעיה התא 1.5 מ&quot;ל צינור microcentrifuge. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בקצרה מערבולת ההשעיה nutate למשך 30 דקות ב 4 ° C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין למטה השעית תא XG 10,000 במשך 10 דקות ב 4 ° C. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מעביר את lysates המסיס לתוך צינור 1.5 מיליליטר microcentrifuge חדש וזורק כדורי התא. חסוך 10% של הנפח הסופי של lysate המסיס כמו &quot;קלט AP סטרפטוקוקוס.&quot; חנות ב 4 מעלות צלזיוס. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Equilibrating חרוזי סטרפטוקוקוס הערה: השתמש סטרפטוקוקוס חרוזים עבור שלב AP הראשון! המכלולים הורידו עם חרוזי סטרפטוקוקוס לשחזר חלבון גבוה יותר מאשר אלו משכו מטה עם חרוזי FLAG. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוציא (n × 40 μl) + n μl של slurry חרוז 50% סטרפטוקוקוס (n = מספר דגימות) ספין למטה ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 °. הערה: השתמש רחב-מ &#39;טיפים outhed חרוזים פיפטה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את supernatant ולהוסיף 500 μl של PLB על חרוזים. Nutate התערובת חרוזים במשך 5 דקות ב 4 ° C. ספין למטה ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 ° C. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חזור עבור סכום כולל של 3 שוטף. Resuspend את החרוזים PLB לנפח סופי של n × 40 μl. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 40 μl של slurry חרוז 50% סטרפטוקוקוס לטעום כל lysate התא nutate עבור שעה 2 ב 4 ° C. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סטרפטוקוקוס AP <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין למטה פתרון ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 ג. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את supernatant וחנות בשם &quot;סטרפטוקוקוס AP זרימת הדרך (FT)&quot; על 4 מעלות צלזיוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 500 μl של סטרפטוקוקוס AP הצפת לשטוף לי (20 mM Tris-HCl pH 7.5, 250 מ&quot;מ NaCl, 1.5 מ&quot;מ 2 MgCl, 1 מ&quot;מ DTT, גליצרול 5% ו -0.2% NP-40) על חרוזים. Nutate התערובת חרוזים במשך 5 דקות ב 4 ° C ו צנטריפוגות ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 °. בטל supernatant. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חזור עבור סכום כולל של 4 שוטף. <br/&gt; הערה: לפני בכביסה הרביעית, להעביר את הפתרון החרוז לצינור 1.5 מיליליטר microcentrifuge חדש כדי להפחית את רקע החלבון. צעד זה חיוני. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 500 μl לשטוף הצפת השנייה (100 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 מ&quot;מ NaCl, ו 1 mM EDTA) לאזן את החרוזים על ידי היפוך הצינורות. ספין למטה ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 ° C וזורקים supernatant. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Elute החלבון של עניין עם 50 μl של סטרפטוקוקוס הצפת elution (100 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 מ&quot;מ NaCl, 1 mM EDTA, ו -2.5 מ&quot;מ Desthiobiotin). וורטקס ב 800 סל&quot;ד במשך 15 דקות ב 4 °. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין למטה חרוזים ב 1500 XG במשך 1 דקות ב 4 ° C. איסוף supernatant. חלק זה תואם המדגם &quot;סטרפטוקוקוס AP Elution&quot;. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את החלק יחסי חרוז על 4 מעלות צלזיוס למשך תקופת elution שני, אשר יכול להניב עד מחצית כמות החלבון שהושגה עם elution הראשון. Aliquot 10% של סטרפטוקוקוס AP Elution עבור צביעת כסף ו / או המערבי סופג16. </li></ol></li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Equilibrating חרוזי FLAG <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוציא (NX 16 μl) + n μl של פתרון חרוזים FLAG (n = מספר דגימות) ספין למטה ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 °. הערה: השתמש בעצות פעורות פה חרוז פיפטה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את supernatant ולהוסיף 500 μL של חיץ לשטוף FLAG (100 mM Tris-HCl pH 8.0, 150 מ&quot;מ NaCl, 1 mM EDTA, ו -0.1% NP-40) על חרוזים. ספין למטה ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 ° C. חזור עבור סכום כולל של 3 שוטף. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Resuspend את החרוזים חיץ לשטוף FLAG לנפח סופי של μl 16 NX. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להוסיף 16 μl של slurry חרוז הדגל elution סטרפטוקוקוס AP הנותרים ולינה nutate על 4 מעלות צלזיוס. </li></ol></li></ol> 5. FLAG IP <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין למטה השעית חרוזי FLAG ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 ° C. שמור את supernatant וחנות בשם &quot;הדגל IP הזרימה דרך&quot; (FT) בשעה 4 מעלות צלזיוס. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוספת 50081; l של חיץ FLAG לשטוף לפתרון. Nutate במשך 5 דקות ב 4 ° C ו צנטריפוגות ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 ° C. חזור עבור סכום כולל של 4 שוטף ולהסיר את supernatant לאחר כל שטיפה. הערה: לפני בכביסה הרביעית, להעביר את פתרון חלבון-חרוז לצינור 1.5 מיליליטר microcentrifuge חדש כדי להפחית את הרקע. צעד זה חיוני. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הסר את supernatant מן הסיבוב האחרון ולהוסיף 30 μL של חיץ לשטוף FLAG המכיל 200 ng / μl של פפטיד FLAG לתוך חרוזים. וורטקס ב 800 סל&quot;ד במשך שעה 2 ב 4 ° C.. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ספין למטה ההשעיה ב 1500 XG במשך 2 דקות ב 4 ° C. קציר supernatant וחנות ב 4 ° C כמו &quot;FLAG IP Elution.&quot; הערה: דגימות elution יכולות להיות מאושרות על ידי כתם כסף ו / או כתם מערבי באמצעות פרוטוקולים סטנדרטיים 16, והם מוכנים מבחני חלבון נוספים. בעת הגדרת כתם מערבי, להפעיל את כל הדגימות הבאות: (1) קלט AP סטרפטוקוקוס, (2) סטרפטוקוקוס AP FT, (3) סטרפטוקוקוס AP Elutiעל, (4) דגל IP FT, ו (5) דגל IP Elution. כרכים הטעונים יצטרכו להיקבע עבור כל ניסוי. כל הדגימות וחרוזים שנאספו ניתן לאחסן ב 4 ° C עבור אחסון לטווח קצר ב -80 ° C עבור אחסון לטווח ארוך. דגימות TAP יכולות להיות מנותחות על ידי ספקטרומטריית מסה כדי לאמת את הזהות ומרכיביהן, לזהות שינויים שלאחר translational רומן (PTMs), ו / או לגלות כל אינטראקצית חלבון רומן עם המורכבות המטוהרות 2, 17. לשם כך, אחרי ריצת כתם ג&#39;ל או כסף coomassie, להקות ניתן ניכרו מן ג&#39;ל באמצעות אזמל נקי. ביקורות מצוינות כמה דנים בשיטות ספקטרומטריית מסה פורסמו בעבר 18, 19. </li></ol>

<ol>
	<li>Sharan, R., Ulitsky, I., Shamir, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Network-based+prediction+of+protein+function.">Network-based prediction of protein function.</a> Mol Syst Biol. 3, 88-99 (2007).</li><li>Jager, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Global+landscape+of+HIV-human+protein+complexes.">Global landscape of HIV-human protein complexes.</a> Nature. 481, 365-370 (2012).</li><li>Fields, S., Song, O. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+novel+genetic+system+to+detect+protein-protein+interactions.">A novel genetic system to detect protein-protein interactions.</a> Nature. 340, 245-246 (1989).</li><li>Luo, Y., Batalao, A., Zhou, H., Zhu, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mammalian+two-hybrid+system:+a+complementary+approach+to+the+yeast+two-hybrid+system.">Mammalian two-hybrid system: a complementary approach to the yeast two-hybrid system.</a> Biotechniques. 22, 350-352 (1997).</li><li>Lee, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coimmunoprecipitation+assay.">Coimmunoprecipitation assay.</a> Methods Mol Biol. 362, 401-406 (2007).</li><li>Puig, O., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+tandem+affinity+purification+(TAP)+method:+a+general+procedure+of+protein+complex+purification.">The tandem affinity purification (TAP) method: a general procedure of protein complex purification.</a> Methods. 24, 218-229 (2001).</li><li>Jager, S., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Purification+and+characterization+of+HIV-human+protein+complexes.">Purification and characterization of HIV-human protein complexes.</a> Methods. 53, 13-19 (2011).</li><li>Price, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=P-TEFb,+a+cyclin-dependent+kinase+controlling+elongation+by+RNA+polymerase+II.">P-TEFb, a cyclin-dependent kinase controlling elongation by RNA polymerase II.</a> Mol Cell Biol. 20, 2629-2634 (2000).</li><li>Peterlin, B. M., Price, D. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Controlling+the+elongation+phase+of+transcription+with+P-TEFb.">Controlling the elongation phase of transcription with P-TEFb.</a> Mol Cell. 23, 297-305 (2006).</li><li>McNamara, R. P., McCann, J. L., Gudipaty, S. A., D'Orso, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+factors+mediate+the+enzymatic+disassembly+of+promoter-bound+7SK+snRNP+to+locally+recruit+P-TEFb+for+transcription+elongation.">Transcription factors mediate the enzymatic disassembly of promoter-bound 7SK snRNP to locally recruit P-TEFb for transcription elongation.</a> Cell Rep. 5, 1256-1268 (2013).</li><li>Adelman, K., Lis, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Promoter-proximal+pausing+of+RNA+polymerase+II:+emerging+roles+in+metazoans.">Promoter-proximal pausing of RNA polymerase II: emerging roles in metazoans.</a> Nat Rev Genet. 13, 720-731 (2012).</li><li>D'Orso, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=7SKiing+on+chromatin:+move+globally,+act+locally.">7SKiing on chromatin: move globally, act locally.</a> RNA Biol. 13, 545-553 (2016).</li><li>McNamara, R. P., Bacon, C. W., D'Orso, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transcription+Elongation+Control+by+the+7SK+snRNP+Complex:+Releasing+the+Pause.">Transcription Elongation Control by the 7SK snRNP Complex: Releasing the Pause.</a> Cell Cycle. 15, 2115-2123 (2016).</li><li>Yao, F., Svensjo, T., Winkler, T., Lu, M., Eriksson, C., Eriksson, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tetracycline+repressor,+tetR,+rather+than+the+tetR-mammalian+cell+transcription+factor+fusion+derivatives,+regulates+inducible+gene+expression+in+mammalian+cells.">Tetracycline repressor, tetR, rather than the tetR-mammalian cell transcription factor fusion derivatives, regulates inducible gene expression in mammalian cells.</a> Hum Gene Ther. 9, 1939-1950 (1998).</li><li>McNamara, R. P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=KAP1+Recruitment+of+the+7SK+snRNP+Complex+to+Promoters+Enables+Transcription+Elongation+by+RNA+Polymerase+II.">KAP1 Recruitment of the 7SK snRNP Complex to Promoters Enables Transcription Elongation by RNA Polymerase II.</a> Mol Cell. 61, 39-53 (2016).</li><li>Ausubel, F. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Current Protocols in Molecular Biology. , (1994).</li><li>Trudgian, D. C., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+evaluation+of+label-free+SINQ+normalized+spectral+index+quantitation+in+the+central+proteomics+facilities+pipeline.">Comparative evaluation of label-free SINQ normalized spectral index quantitation in the central proteomics facilities pipeline.</a> Proteomics. 11, 2790-2797 (2011).</li><li>Choudhary, C., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Decoding+signalling+networks+by+mass+spectrometry-based+proteomics.">Decoding signalling networks by mass spectrometry-based proteomics.</a> Nat Rev Mol Cell Biol. 11, 427-439 (2010).</li><li>Bensimon, A., Heck, A. J., Aebersold, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometry-based+proteomics+and+network+biology.">Mass spectrometry-based proteomics and network biology.</a> Annu Rev Biochem. 81, 379-405 (2012).</li><li>Rogers, S., Wells, R., Rechsteiner, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amino+acid+sequences+common+to+rapidly+degraded+proteins:+the+PEST+hypothesis.">Amino acid sequences common to rapidly degraded proteins: the PEST hypothesis.</a> Science. 234, 364-368 (1986).</li></ol>

The authors have nothing to disclose.

הפרוטוקול המתואר כאן לביטוי והבידוד של קומפלקסי חלבונים מתאים איקריוטיים אינו מוגבל באפיון ביוכימי של מכלולים מולקולריים כזה, אבל יכול גם להיות מנוצל לצורך זיהוי של interactors רומן שלאחר translational שינויים שיכולים לווסת את תפקידם. הניצול של תגי קרבה אינו מוגבל למה מוזכר בפ...

<html> אינטראקציות חלבון-חלבון (PPIs) הן קריטיות להסדרה המדויקת של תהליכים ביולוגיים 1, ומחקרים נוספים על PPIs אלה יכולים להודיע על תפקידם 2. גישות כמה כבר המציאו לחקר ואפיון של PPI כמו גם לזיהוי דה נובו של רכיבי חלבון הרגולציה הרומן. בשנת 1989, סטנלי פילדס ועמיתיו דיווחו על השנייה היברידי השמרים (Y2H) assay 3. גישה זו מאפשרת זיהוי המשוחדת ומקיפה של interactors (פושט) עבור חלבון מוגדר של עניין (פיתיון) ב שמר אפייה. בנוסף השירות המדהים שלה לגילוי PPIs, assay Y2H יכול לשמש לאפיון זוגות חלבון בתאי שמרים, הגדרה מינימאלי תחומי אינטראקציה, וזיהוי מוטציות לבטל אינטראקציות כאלה. על ידי שינוי assay Y2H, PPIs יכול להיות גם למד בתאי יונקיםclass = &quot;Xref&quot;&gt; 4. וריאציות של assay Y2H (למשל, מערכת תלת-היברידית שמרים) יכול להיות מיושם גם ללמוד חלבון-רנ&quot;א אינטראקציות ליגנד אורגני-קטן חלבונים בתאים. כלי נוסף נפוץ ללמוד PPIs במערכת הומולוגית הוא immunoprecipitation שיתוף (שיתוף IP) assay 5. באמצעות נוגדן כדי immunoprecipitate חלבון של עניין, assay שיתוף IP מאפשר לחוקרים לעקוב אחר PPIs בתאים עבור תנאים סביבתיים שונים ומצבים ניסיוניים. השימוש-tagged חלבונים epitope (למשל, דגל, Myc, סטרפטוקוקוס, ו HA, בין היתר) טיהור זיקה (AP) שיטות יש להקל את הבידוד של חלבונים מתערובות חלבון מורכב במשך כמה מבחני במורד הזרם, כולל כתם המערבי, כתם כסף , וניתוח האנזימטית. עם זאת, אף אחד הגישות הקודמות אלה מאפשרים הבידוד של כמויות גדולות של קומפלקסי חלבונים עבור אפיון נוסף כולל במבחנהssays, גילוי יחידות משנת רגולציה על ידי ספקטרומטריית מסה, וזיהוי שלאחר translational שינויים. גרסה משופרת של שיטת AP נקראת טנדם AP (TAP), שהיא טכניקת טיהור ללימוד PPIs על ידי יצירת חלבון היתוך עם שני אפיטופים כי הוא מטוהר באמצעות שתי נקודות גישה עוקבות 6, 7. במאמר זה, אנו מציגים וריאציה של שיטת TAP עבור קומפלקסי חלבוני טיהור שבו שתי תת יחידות מתויגות עם אפיטופים שונים וטהרו מכן דרך שתי נקודות גישה סדרתית (סטרפטוקוקוס AP ואחריו FLAG IP). אנחנו ראשונים לספק סקירה מינימליסטי של TAP (איור 1) ולאחר מכן תיאור מפורט של כל שלבי הניסוי (איור 2), כך חוקרים יכולים ליישם אותם על מורכבות עניין החלבון שלהם. כדי להדגים את תחולתה של שיטת TAP, בחרנו היטב מאופיין cyclin-CDK מורכב (המכונה PTEFB קינאז), אשר מורכב של T1 cyclin למקטע רגולטוריות (CycT1) ו קינאז (CDK9), והוא מעורב בוויסות שעתוק על ידי RNA פולימראז II (Pol II) 8, 9, 10. P-TEFb phosphorylates תחום מסוף-C של Pol II וגורם ההתארכות השלילית הקשורות אליו, ובכך יקל שהשהיה תעתיק בבית האמרגן ובכך מקלת התארכות שעתוק 11, 12, 13. עם אינטראקציה ידועה זה בחשבון, סטרפטוקוקוס-מתויג CycT1 ו CDK9 מתויג FLAG היה מעל לידי ביטוי בתאי HEK293T. ניסוי TAP גומלין בוצע עם FLAG-מתויג CDK9 ו מתויג סטרפטוקוקוס CycT1 לאמת נוסף שאינטראקצית החלבון היא עצמאית של אפיטופים מנוצלים. תאים נאספו lysed 48 transfection שעות שלאחר. את lysate המסיס היה מטוהר על ידי TAP (סטרפטוקוקוס AP ואחריו FLAGIP). קלט חלבונים מטוהרים נותחו על ידי כתם המערבי כתם כסף (איור 3).

<table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always">
	<tbody>
		<tr>
			<td>Dulbecco&#39;s Modified Eagle Medium (DMEM)</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>SH30022FS</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Fetal bovine serum</td>
			<td>Hyclone</td>
			<td>SH30071</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Penicillin/Streptomycin</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>MP091670049</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>PolyJet</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>50-478-8</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protease inhibitor cocktail&#160;</td>
			<td>Roche&#160;</td>
			<td>11836153001</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STREP-Tactin Superflow</td>
			<td>IBA</td>
			<td>2-1208-010</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>STREP-tag elution buffer</td>
			<td>IBA</td>
			<td>2-1000-025</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>EZview Red ANTI-FLAG M2 Affinity Gel</td>
			<td>Sigma</td>
			<td>SLBQ1981V</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Corning 100mm &#215; 20 mm style Dish cell culture treated nonpyrogenic polystyrene 20/sleeve</td>
			<td>Corning&#160;</td>
			<td>430167</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Protein Lo-Bind Eppendorf</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>13-698-794</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Digital Vortex Mixer</td>
			<td>Fisher Scientific&#160;</td>
			<td>02-215-370</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>48 hole micro tube foam rack</td>
			<td>Fisher Scientific</td>
			<td>02-215-386</td>
			<td></td>
		</tr>
		<tr>
			<td>Labquake shaker rotisserie&#160;</td>
			<td>Thermo&#160;</td>
			<td>415110</td>
			<td></td>
		</tr>
	</tbody>
</table>

tandem affinity purification of protein complexes from eukaryotic cells

טיהור חלבונים פעילים ומכלולים חומצות גרעין חלבון חיוני לאפיון של פעילות אנזימטית ו דה נובו זיהוי של יחידות משנה רומן שלאחר translational שינויים. מערכות בקטריאלי לאפשר ביטוי וטיהור של מגוון רחב של פוליפפטידים יחיד קומפלקסי חלבונים. עם זאת, מערכת זו אינה מאפשרת טיהור של יחידות משנה חלבון המכילים שלאחר translational שינויים (למשל, זירחון acetylation), ואת ההזדהות של יחידות משנה הרגולציה רומן כי הם רק בהווה / הביעו במערכת איקריוטיים. כאן, אנו מספקים תיאור מפורט של רומן, חזק, וטיהור זיקת טנדם יעילה (TAP) שיטה באמצעות STREP- וחלבונים מתויג FLAG המאפשר הטיהור של קומפלקסי חלבונים עם זמני או ביציבות הביע-tagged חלבוני epitope מתאי איקריוטיים. ניתן ליישם פרוטוקול זה לאפיין protein פונקציונליות מורכבות, לגלות שלאחר translational שינויים על יחידות משנה מורכבות, ולזהות רכיבים מורכבים רגולטוריות רומן על ידי ספקטרומטריית מסה. יש לציין, שיטת TAP זה ניתן להחיל ללמוד קומפלקסי חלבונים שהוקמו על ידי איקריוטיים או פתוגניים (נגיפיים וחיידקיים) רכיבים, ובכך מניב מגוון רחב של הזדמנויות ניסיון במורד זרם. אנו מציעים כי חוקרי עובדים עם קומפלקסי חלבונים יכולים לנצל גישה זו בדרכים רבות ושונות.

במאמר זה, אנחנו מדגימים את תחולתה של שיטת TAP למתחם CycT1-CDK9 היטב מאופיין (הידוע גם בשם קינאז P-TEFb). פלסמידים קידוד Cyclin T1-סטרפטוקוקוס (CycT1: S) ו-FLAG CDK9 (CDK9: F), או CDK9-סטרפטוקוקוס (CDK9: S) ו Cyclin T1-FLAG (CycT1: F) (טב...

Watch this Scientific Journal Video about Tandem Affinity Purification of Protein Complexes from Eukaryotic Cells at JoVE.com

Tandem Affinity Purification of Protein Complexes from Eukaryotic Cells

We describe here a novel, robust, and efficient tandem affinity purification (TAP) method for the expression, isolation, and characterization of protein complexes from eukaryotic cells. This protocol could be utilized for the biochemical characterization of discrete complexes as well as the identification of novel interactors and post-translational modifications that regulate their function.

טיהור טנדם זיקה של קומפלקסי חלבונים מתאים איקריוטיים

The purification of active protein-protein and protein-nucleic acid complexes is crucial for the characterization of enzymatic activities and de novo ...

tandem-affinity-purification-protein-complexes-from-eukaryotic

Research

JoVE Journal

Biochemistry

14.9K Views.  The University of Texas Southwestern Medical Center. We describe here a novel, robust, and efficient tandem affinity purification (TAP) method for the expression, isolation, and characterization of protein complexes from eukaryotic cells. This protocol could be utilized for the biochemical characterization of discrete complexes as well as the identification of novel interactors and post-translational modifications that regulate their function.

Video: Tandem Affinity Purification of Protein Complexes from Eukaryotic Cells

Isolation of Cognate RNA-protein Complexes from Cells Using Oligonucleotide-directed Elution

Ribonucleoprotein particles direct the biogenesis and post-transcriptional regulation of all mRNAs through distinct combinations of RNA binding proteins. They are composed of position-dependent, cis-acting RNA elements and unique combinations of RNA binding proteins. Defining the composition of a specific RNP is essential to achieving a fundamental understanding of gene regulation. The isolation of a select RNP is akin to finding a needle in a haystack. Here, we demonstrate an approach to isolate RNPs associated at the 5' untranslated region of a select mRNA in asynchronous, transfected cells. This cognate RNP has been demonstrated to be necessary for the translation of select viruses and cellular stress-response genes.
The demonstrated RNA-protein co-precipitation protocol is suitable for the downstream analysis of protein components through proteomic analyses, immunoblots, or suitable biochemical identification assays. This experimental protocol demonstrates that DHX9/RNA helicase A is enriched at the 5' terminus of cognate retroviral RNA and provides preliminary information for the identification of its association with cell stress-associated huR and junD cognate mRNAs.

This manuscript describes an approach to isolate select cognate RNPs formed in eukaryotic cells via a specific oligonucleotide-directed enrichment. We demonstrate the applicability of this approach by isolating a cognate RNP bound to the retroviral 5' untranslated region that is composed of DHX9/RNA helicase A.

בידוד של קומפלקסים RNA חלבון מאותו מקור מתאי שימוש Elution oligonucleotide מכוונת

Ribonucleoprotein particles direct the biogenesis and post-transcriptional regulation of all mRNAs through distinct combinations of RNA binding proteins. ...

Protein Complex Affinity Capture from Cryomilled Mammalian Cells

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this technique is also frequently referred to as immunoprecipitation. Affinity capture can be applied in a bench-scale and in a high-throughput context. When coupled with protein mass spectrometry, affinity capture has proven to be a workhorse of interactome analysis. Although there are potentially many ways to execute the numerous steps involved, the following protocols implement our favored methods. Two features are distinctive: the use of cryomilled cell powder to produce cell extracts, and antibody-coupled paramagnetic beads as the affinity medium. In many cases, we have obtained superior results to those obtained with more conventional affinity capture practices. Cryomilling avoids numerous problems associated with other forms of cell breakage. It provides efficient breakage of the material, while avoiding denaturation issues associated with heating or foaming. It retains the native protein concentration up to the point of extraction, mitigating macromolecular dissociation. It reduces the time extracted proteins spend in solution, limiting deleterious enzymatic activities, and it may reduce the non-specific adsorption of proteins by the affinity medium. Micron-scale magnetic affinity media have become more commonplace over the last several years, increasingly replacing the traditional agarose- and Sepharose-based media. Primary benefits of magnetic media include typically lower non-specific protein adsorption; no size exclusion limit because protein complex binding occurs on the bead surface rather than within pores; and ease of manipulation and handling using magnets.

Here we describe protocols to disrupt mammalian cells by solid-state milling at a cryogenic temperature, produce a cell extract from the resulting cell powder, and isolate protein complexes of interest by affinity capture upon antibody-coupled micron-scale paramagnetic beads.

לכידת חלבון זיקה מורכבת מ בתאי יונקי Cryomilled

Affinity capture is an effective technique for isolating endogenous protein complexes for further study. When used in conjunction with an antibody, this ...

Resolving Affinity Purified Protein Complexes by Blue Native PAGE and Protein Correlation Profiling

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological processes. Affinity purification coupled to mass spectrometry (AP-MS) has become the method of choice for identifying protein-protein interactions. However, conventional AP-MS studies provide information on protein interactions, but the organizational information is lost. To address this issue, we developed a strategy to unravel the distinct functional assemblies a protein might be involved in, by resolving affinity-purified protein complexes prior to their characterization by mass spectrometry. Protein complexes isolated through affinity purification of a bait protein using an epitope tag and competitive elution are separated through blue native electrophoresis. Comparison of protein migration profiles through correlation profiling using quantitative mass spectrometry allows assignment of interacting proteins to distinct molecular entities. This method is able to resolve protein complexes of close molecular weights that might not be resolved by traditional chromatographic techniques such as gel filtration. With little more work than conventional AP-geLC-MS/MS, we demonstrate this strategy may in many cases be adequate for obtaining protein complex topological information concomitantly to identifying protein interactions.

Here we present protocols for affinity purification of protein complexes and their separation by blue native PAGE, followed by protein correlation profiling using label free quantitative mass spectrometry. This method is useful to resolve interactomes into distinct protein complexes.

פתרון מתחמי פרוטאין טהור זיקה לפי דף Native הכחול פרופיל מתאם חלבון

Most proteins act in association with others; hence, it is crucial to characterize these functional units in order to fully understand biological ...

2 in 1: One-step Affinity Purification for the Parallel Analysis of Protein-Protein and Protein-Metabolite Complexes

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of protein-protein interactions (PPI) is no novelty, experimental approaches aiming to characterize endogenous protein-metabolite interactions (PMI) constitute a rather recent development. Herein, we present a protocol that allows simultaneous characterization of the PPI and PMI of a protein of choice, referred to as bait. Our protocol was optimized for Arabidopsis cell cultures and combines affinity purification (AP) with mass spectrometry (MS)-based protein and metabolite detection. In short, transgenic Arabidopsis lines, expressing bait protein fused to an affinity tag, are first lysed to obtain a native cellular extract. Anti-tag antibodies are used to pull down protein and metabolite partners of the bait protein. The affinity-purified complexes are extracted using a one-step methyl tert-butyl ether (MTBE)/methanol/water method. Whilst metabolites separate into either the polar or the hydrophobic phase, proteins can be found in the pellet. Both metabolites and proteins are then analyzed by ultra-performance liquid chromatography-mass spectrometry (UPLC-MS or UPLC-MS/MS). Empty-vector (EV) control lines are used to exclude false positives. The major advantage of our protocol is that it enables identification of protein and metabolite partners of a target protein in parallel in near-physiological conditions (cellular lysate). The presented method is straightforward, fast, and can be easily adapted to biological systems other than plant cell cultures.

Protein-protein and protein-metabolite interactions are crucial for all cellular functions. Herein, we describe a protocol that allows parallel analysis of these interactions with a protein of choice. Our protocol was optimized for plant cell cultures and combines affinity purification with mass spectrometry-based protein and metabolite detection.

2 ב 1: בשלב אחד טיהור זיקה לניתוח מקבילים של חלבון, מתחמי חלבון-מטבוליט

Cellular processes are regulated by interactions between biological molecules such as proteins, metabolites, and nucleic acids. While the investigation of ...

An Oligonucleotide-based Tandem RNA Isolation Procedure to Recover Eukaryotic mRNA-Protein Complexes

RNA-binding proteins (RBPs) play key roles in the post-transcriptional control of gene expression. Therefore, biochemical characterization of mRNA-protein complexes is essential to understanding mRNA regulation inferred by interacting proteins or non-coding RNAs. Herein, we describe a tandem RNA isolation procedure (TRIP) that enables the purification of endogenously formed mRNA-protein complexes from cellular extracts. The two-step protocol involves the isolation of polyadenylated mRNAs with antisense oligo(dT) beads and subsequent capture of an mRNA of interest with 3&#39;-biotinylated 2&#39;-O-methylated antisense RNA oligonucleotides, which can then be isolated with streptavidin beads. TRIP was used to recover in vivo crosslinked mRNA-ribonucleoprotein (mRNP) complexes from yeast, nematodes and human cells for further RNA and protein analysis. Thus, TRIP is a versatile approach that can be adapted to all types of polyadenylated RNAs across organisms to study the dynamic re-arrangement of mRNPs imposed by intracellular or environmental cues.

A tandem RNA isolation procedure (TRIP) for recovery of endogenously formed mRNA-protein complexes is described. Specifically, RNA-protein complexes are crosslinked in vivo, polyadenylated RNAs are isolated from extracts with oligo(dT) beads, and particular mRNAs are captured with modified RNA antisense oligonucleotides. Proteins bound to mRNAs are detected by immunoblot analysis.

הליך בידוד RNA טנדם מבוססי Oligonucleotide לשחזר את מתחמי ה-mRNA האיקריוטים-חלבון

RNA-binding proteins (RBPs) play key roles in the post-transcriptional control of gene expression. Therefore, biochemical characterization of mRNA-protein ...

Affinity Purification of Chloroplast Translocon Protein Complexes Using the TAP Tag

Chloroplast biogenesis requires the import of thousands of nucleus-encoded proteins into the plastid. The import of these proteins depends on the translocon at the outer (TOC) and inner (TIC) chloroplast membranes. The TOC and TIC complexes are multimeric and probably contain yet unknown components. One of the main goals in the field is to establish the complete inventory of TOC and TIC components. For the isolation of TOC-TIC complexes and the identification of new components, the preprotein receptor TOC159 has been modified N-terminally by the addition of the tandem affinity purification (TAP) tag resulting in TAP-TOC159. The TAP-tag is designed for two sequential affinity purification steps (hence "tandem affinity"). The TAP-tag used in these studies consists of a N-terminal IgG-binding domain derived from Staphylococcus aureus Protein A (ProtA) followed by a calmodulin-binding peptide (CBP). Between these two affinity tags, a tobacco etch virus (TEV) protease cleavage site has been included. Therefore, TEV protease can be used for gentle elution of TOC159-containing complexes after binding to IgG beads. In the protocol presented here, the second Calmodulin-affinity purification step was omitted. The purification protocol starts with the preparation and solubilization of total cellular membranes. After the detergent-treatment, the solubilized membrane proteins are incubated with IgG beads for the immunoisolation of TAP-TOC159-containing complexes. Upon binding and extensive washing, TAP-TOC159 containing complexes are cleaved and released from the IgG beads using the TEV protease whereby the S. aureus IgG-binding domain is removed. Western blotting of the isolated TOC159-containing complexes can be used to confirm the presence of known or suspected TOC and TIC proteins. More importantly, the TOC159-containing complexes have been used successfully to identify new components of the TOC and TIC complexes by mass spectrometry. The protocol that we present potentially allows the efficient isolation of any membrane-bound protein complex to be used for the identification of yet unknown components by mass spectrometry.

We here present a proven and tested protocol for the purification of chloroplast protein import complexes (TOC-TIC complex) using the TAP-tag. The one-step affinity-isolation protocol can potentially be applied to any protein and be used to identify new interaction partners by mass spectrometry.

זיקה טיהור של מתחמי חלבון Translocon כלורופלסט בעזרת התג ברז

Chloroplast biogenesis requires the import of thousands of nucleus-encoded proteins into the plastid. The import of these proteins depends on the ...

Expression, Solubilization, and Purification of Eukaryotic Borate Transporters

The Solute Carrier 4 (SLC4) family of proteins is called the bicarbonate transporters and includes the archetypal protein Anion Exchanger 1 (AE1, also known as Band 3), the most abundant membrane protein in the red blood cells. The SLC4 family is homologous with borate transporters, which have been characterized in plants and fungi. It remains a significant technical challenge to express and purify membrane transport proteins to homogeneity in quantities suitable for&#160;structural or functional studies. Here we describe detailed procedures for the overexpression of borate transporters in Saccharomyces cerevisiae, isolation of yeast membranes, solubilization of protein by detergent, and purification of borate transporter homologs from S. cerevisiae, Arabidopsis thaliana, and Oryza sativa. We also detail a glutaraldehyde cross-linking experiment to assay multimerization of homomeric transporters. Our generalized procedures can be applied to all three proteins and have been optimized for efficacy. Many of the strategies developed here can be utilized for the study of other challenging membrane proteins.

Here we present a protocol to express, solubilize, and purify several eukaryotic borate transporters with homology to the SLC4 transporter family using yeast. We also describe a chemical cross-linking assay to assess the purified homomeric proteins for multimeric assembly. These protocols can be adapted for other challenging membrane proteins.

ביטוי Solubilization, טיהור של בוראט האיקריוטים שנאים

The Solute Carrier 4 (SLC4) family of proteins is called the bicarbonate transporters and includes the archetypal protein Anion Exchanger 1 (AE1, also ...

Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) for RNA Isolation from Endothelial Cells In Vivo

Many studies have been limited to using in vitro cellular assays and whole tissues or isolating of specific cell types from animals for in vitro analysis of transcriptome and gene expression by qPCR and RNA sequencing. Comprehensive transcriptome and gene expression analysis of specific cell types in complex tissues and organs will be critical to understand cellular and molecular mechanisms by which genes are regulated and their association with tissue homeostasis and organ functions. In this article, we demonstrate the methodology for isolation of ribosome-bound RNA directly in vivo in the vascular endothelia of animal lungs as an example. The specific materials and procedures for tissue processing and RNA purification will be described, including the assessment of RNA quality and yield as well as real time qPCR for arteriogenic gene assays. This approach, known as translating ribosome affinity purification (TRAP) technique, can be utilized for characterization of gene expression and transcriptome analysis of certain cell types directly in vivo in any specific type in complex tissues.

Translating Ribosome Affinity Purification TRAP for RNA Isolation from Endothelial Cells In Vivo

We present an approach to purify ribosome-bound mRNA from vascular endothelial cells (ECs) directly in mouse brain, lung and heart tissues via EC-specific genetic tag of enhanced green fluorescence protein (EGFP)in ribosomes in combination with RNA purification.

תרגום הריבוכמה אהדה לטיהור (מלכודת) לבידוד רנ א מתאי האנדותל בvivo

Many studies have been limited to using in vitro cellular assays and whole tissues or isolating of specific cell types from animals for in vitro analysis ...

Bacterial Expression and Purification of Human Matrix Metalloproteinase-3 using Affinity Chromatography

Matrix metalloproteinases (MMPs) belong to the family of metzincin proteases with central roles in extracellular matrix (ECM) degradation and remodeling, as well as interactions with several growth factors and cytokines. Overexpression of specific MMPs is responsible in several diseases such as cancer, neurodegenerative diseases, and cardiovascular disease. MMPs have been the center of attention recently as targets to develop therapeutics that can treat diseases correlated to MMP overexpression.
To study the MMP mechanism in solution, more facile and robust recombinant protein expression and purification methods are needed for the production of active, soluble MMPs. However, the catalytic domain of most MMPs cannot be expressed in Escherichia coli (E. coli) in soluble form due to lack of posttranslational machinery, whereas mammalian expression systems are usually costly and have lower yields. MMP inclusion bodies must undergo the tedious and laborious process of extensive purification and refolding, significantly reducing the yield of MMPs in native conformation. This paper presents a protocol using Rosetta2(DE3)pLysS (hereafter referred to as R2DP) cells to produce matrix metalloproteinase-3 catalytic domain (MMP-3cd), which contains an N-terminal His-tag followed by pro-domain (Hisx6-pro-MMP-3cd) for use in affinity purification. R2DP cells enhance the expression of eukaryotic proteins through a chloramphenicol-resistant plasmid containing codons normally rare in bacterial expression systems. Compared to the traditional cell line of choice for recombinant protein expression, BL21(DE3), purification using this new strain improved the yield of purified Hisx6-pro-MMP-3cd. Upon activation and desalting, the pro domain is cleaved along with the N-terminal His-tag, providing active MMP-3cd for immediate use in countless in vitro applications. This method does not require expensive equipment or complex fusion proteins and describes rapid production of recombinant human MMPs in bacteria.

His-tag purification, dialysis, and activation are employed to increase yields of soluble, active matrix metalloproteinase-3 catalytic domain protein expression in bacteria. Protein fractions are analyzed via SDS-PAGE gels.

ביטוי חיידקי וטיהור של מטריקס אנושי Metalloproteinase-3 באמצעות כרומטוגרפיה זיקה

Matrix metalloproteinases (MMPs) belong to the family of metzincin proteases with central roles in extracellular matrix (ECM) degradation and remodeling, ...

Extraction and Purification of FAHD1 Protein from Swine Kidney and Mouse Liver

Fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 (FAHD1) is the first identified member of the FAH superfamily in eukaryotes, acting as oxaloacetate decarboxylase in mitochondria. This article presents a series of methods for the extraction and purification of FAHD1 from swine kidney and mouse liver. Covered methods are ionic exchange chromatography with fast protein liquid chromatography (FPLC), preparative and analytical gel filtration with FPLC, and proteomic approaches. After total protein extraction, ammonium sulfate precipitation and ionic exchange chromatography were explored, and FAHD1 was extracted via a sequential strategy using ionic exchange and size-exclusion chromatography. This representative approach may be adapted to other proteins of interest (expressed at significant levels) and modified for other tissues. Purified protein from tissue may support the development of high-quality antibodies, and/or potent and specific pharmacological inhibitors.

This protocol describes how to extract fumarylacetoacetate hydrolase domain-containing protein 1 (FAHD1) from swine kidney and mouse liver. The listed methods may be adapted to other proteins of interest and modified for other tissues.