מתקן XChem ב-Diamond Light Source מספק סינון שגרתי בקנה מידה גדול של פרגמנטים גרפיים גבישיים, התומך בתהליך השיקוע של הגביש כולו. קריסטלוגרפיה בקרני רנטגן היא חלק חיוני מארגז הכלים של FBDD. הוא רגיש מספיק כדי לזהות קלסרים חלשים ומניב ישירות מידע מבני על האינטראקציות ברמה המולקולרית.
גילוי תרופות מבוססות פרגמנטים הוא אסטרטגיה נפוצה לגילוי עופרת. היא סיפקה שש תרופות לשימוש קליני ויותר מ-50 מולקולות קודמו לניסויים קליניים. ההשפעה של ההתקדמות והיעילות שמספקת פלטפורמת XChem על שיטות השריה מסורתיות, איסוף נתונים ושיטות ניתוח מודגמת בצורה הטובה ביותר מבחינה חזותית.
התחילו בבחירת הגבישים ומיקום התרכובת. פתח את TextRank ממחשב ובחר את מגש הקריסטל, מהרשימה בפינה השמאלית התחתונה או על-ידי הקלדת הברקוד בתיבה בפינה השמאלית העליונה. בחר את תבנית התמונה הנכונה ואת תצוגת הבאר היחידה.
כדי להוסיף ממס או תרכובות לטיפה מבלי לפגוע בגביש, לחץ לחיצה ימנית בתוך הטיפה, אך הרחק מהגביש כאשר נמצא גביש מתאים לניסוי תוך כדי תנועה בין תמונות הטיפה. פתח את תוכנת Echo ובחר חדש כדי לחלק פתרונות באמצעות המתקן האקוסטי. בחר את צלחת המקור הנכון ואת המחלקה נוזלי.
ודא שסוג הלוח הנכון נבחר כלוחית היעד. לאחר מכן סמן את התיבה המותאמת אישית והמשך. בחרו ייבוא ובחרו את קובץ האצווה הרלוונטי.
לאחר מכן השלם את שלבי הייבוא כפי שתתבקש על-ידי התוכנה. השתמש במפות הלוחות כדי לבדוק את הפתרון שיש לחלק ואת מיקומי היעד. לאחר מכן הפעל את הפרוטוקול בהתאם להנחיות כפי שהן עולות.
התמיסות מלוח המקור יוותרו לטיפות הקריסטל שנבחרו. אחסנו את הצלחת באינקובטור למשך הזמן הנדרש. כדי לקצור את הגבישים באמצעות התקן קצירת הגבישים החצי-אוטומטי, לחץ על לחצן התחל זרימת עבודה כדי לעבור למיקום הבאר הראשון שנבחר.
אם הגביש שרד, הרכיבו אותו בלולאה והכניסו אותו לחנקן הנוזלי, והציבו אותו במקום הראשון בזין הראשון ברשימה. בחר את התיאור המתאים עבור הגביש מהממשק. אם הטיפה היא השריה מורכבת, רשום את תיאור המצב המורכב.
אם הגביש הותקן בהצלחה, בחר מותקן, אחרת, בחר נכשל. לאחר קצירת הגבישים, קחו את הגבישים לסורק הברקוד והניחו אותם במחזיק אחד בכל פעם כדי לסרוק את הברקודים ולהצמיד אותם. לאחר השלמת הסריקה, הניחו את המכסים על הדסקיות ואחסנו אותם במחסן אחסון חנקן נוזלי.
כדי לאסוף מחדש את הדגימות שאינן ממורכזות, התבונן בתצוגת מחליף הדגימות ב- ISPyB ובחר דרג לפי רזולוציית AP כדי לדרג את הדגימות לפי רזולוציית עיבוד אוטומטי בהדרגתיות צבע מירוק לאדום. לחץ על הדגימות כדי לבדוק אם יש דגימות אדומות או צהובות. לאחר מכן בדקו את תצלומי הגביש כדי לראות אם הגביש היה ממורכז.
כדי לאחזר ולנתח את תוצאות העיבוד האוטומטי של Diamond באמצעות XChem Explorer או XCE, במסוף, עבור אל עיבוד תיקיית המשנה והשתמש בכינוי XCE כדי לפתוח את XChem Explorer. בחר בלחצן עדכן טבלאות ממקור נתונים בכרטיסיה סקירה כללית כדי לרענן את סיכום הנתונים הניסיוניים. תחת הכרטיסיה הגדרות, בחר את ספריית איסוף הנתונים, פתח את הכרטיסיה ערכות נתונים.
בחר את היעד מהתפריט הנפתח בחר יעד, בחר קבל תוצאות חדשות מעיבוד אוטומטי מהתפריט הנפתח ערכות נתונים ולחץ על הפעל. כדי לחשב מפות ראשוניות באמצעות Dimple, פתח את הכרטיסייה מפות, בחר את מודל ההפניה מהתפריט הנפתח ובחר את ערכות הנתונים הרצויות ולאחר מכן הפעל Dimple על קבצי MTZ נבחרים. ליצירת ריסון ליגנד, בחר בערכות הנתונים הרצויות ולאחר מכן צור קובץ SCF או PDB או PNG של תרכובות נבחרות מהתפריט הנפתח מפות ומעצורים.
כדי לזהות להיטים באמצעות Panda, בחר בכרטיסייה Pandas, ודא שספריית הפלט מוגדרת כראוי והפעל את Panda. נתח מהתפריט הנפתח זיהוי להיטים. כדי לנתח פגיעות שזוהו על ידי Panda, הפעל את Panda.
בדוק מהתפריט הנפתח זיהוי להיט. כדי לפתוח את Coot עם לוח הבקרה של Panda. טען ממוצע ומפות 2mFo-DFc מ- Dimple להשוואה עם מפת האירועים והדגם.
לאחר התאמת ליגנד, לחץ על מזג ליגנד עם מודל ושמור מודל לפני ניווט לאירוע אחר כדי להימנע מאובדן שינויים במודל המצב המאוגד. הוסף ביאורים לאירוע האיגוד באמצעות שדה הערת האירוע וביאור אתרי האיגוד באמצעות מידע אודות אתר הרשומות. לאחר שכל הליגנדות בנות קיימא מודלו, מוזגו ונשמרו בהתבסס על מפת האירועים, סגור את panda.inspect.
יצא את דגמי הבדיקה של Panda בחזרה לספריית הפרויקט והפעל סבב ראשוני של ליטוש עבור ערכות הנתונים שנבחרו, והמיקוד יהיה גלוי כעת בכרטיסיה עידון. צינור XChem להקרנת מקטעים על ידי קריסטלוגרפיה של קרני רנטגן התייעל באופן נרחב, ואפשר את קליטתו על ידי הקהילה המדעית. תרשים זה מדגים את הקליטה והאיחוד של תוכנית המשתמשים משנת 2015 עד 2019 עם יצירת קבוצות הקצאת בלוקים בשנת 2019 ועמידות הפלטפורמה במהלך מגיפת COVID-19 בשנת 2020.
קמפיינים מוצלחים מניבים מפה תלת ממדית של אתרי אינטראקציה פוטנציאליים על חלבון היעד. תוצאה טיפוסית היא מסך XChem של הפרוטאז הראשי של SARS-CoV-2. האתרים הידועים המעניינים כגון אתרים פעילים אנזימים ותת-כיסים מוצגים בצהוב.
האתרים האלוסטטריים המשוערים, כגון אלה המעורבים באינטראקציות חלבון-חלבון, מוצגים בממשקי אריזת מגנטה וגביש הנחשבים בדרך כלל לחיוביים כוזבים מוצגים בירוק. מבחינה היסטורית, השימוש בקריסטלוגרפיה כמסך פרגמנט ראשוני היה קשה. מחקר זה תיעד את פרוטוקולי צינור XChem מהכנת הדגימה ועד למבנים הסופיים.
הקרנת מקטעים קריסטלוגרפיים משלימה טכניקות ביופיזיקליות אחרות והיא בדרך כלל חיונית לקידום פגיעות פרגמנטים לתרכובות עופרת. זה יכול להיות מיושם על כל סוג יעד גילוי סמים.
