בדיקת ליגנד קרבה למיקום חלבונים באתרי נזק לדנ"א

תגובת הנזק לדנ"א היא מערכת תאית השומרת על יציבות ושלמות הגנום. תפקוד לקוי בתהליך זה גורם למספר מחלות כגון סרטן, מחלות הקשורות לגיל ודלקת כרונית. מטרתנו היא לזהות חלבונים המשתפים פעולה בתהליך זה, המאפשר זיהוי מטרות חלופיות לאינטגרציה טיפולית.

כדי לאפיין את השתתפותו של חלבון בתגובת הנזק לדנ"א, מיושמים בדרך כלל מחקרי אימונופלואורסצנטיות עם הצורה הזרחנית של היסטון H2AX, סמן של נזק לדנ"א. יתר על כן, בדיקות איסוף חלבונים כגון co-immunoprecipitation ניתן לבצע לאחר נזק DNA כדי לזהות את תפקיד החלבון באיתות. מחקרי אינטראקציה מבוססים בדרך כלל על מבחני משקעים חיסוניים, אך אלה הם במבחנה ואינם מספקים מידע על מיקום האינטראקציה.

Immunofluorescence יכול לתת מידע על לוקליזציה התא של החלבונים, אבל הוכחת האינטראקציה יכולה להיות קשה תלוי ברזולוציה של המיקרוסקופ. אנו מראים כאן כי פרוטוקול פשוט המשלב בדיקת ליגנד קרבה עם צביעת גמא-H2AX מאפשר אפיון מרחבי וזמני של אינטראקציה של חלבונים בהקשר של נזק לדנ"א. יתר על כן, סיפקנו מאקרו ידידותי למשתמש לניתוח נתונים.