Il centromero è una regione ristretta su ogni cromosoma, dove il chinetochore e i microtubuli si assemblano per assicurare la fedele separazione delle cromatidi durante l'anafase della divisione cellulare. Nella maggior parte degli eucarioti, il centromero è suddiviso in due domini di cromatina, il nucleo del centromero e la regione eterocromatinica pericentrica. Il nucleo del centromero in tutti gli eucarioti contiene una variante dell'istone del nucleo H3, chiamato proteina del centromero A o CENP-A.

Insieme agli altri tre istoni core, H2A, H2B, H4, il CEPP-A forma il nucleosoma centromerico-specifico. Il dominio di ripiegatura C-terminale funzionale del CENP-A è altamente conservato tra gli eucarioti. Tuttavia, la coda N-terminale della proteina mostra variazioni significative, sia nella dimensione che nella sequenza.

I nuclei del centromero nel lievito Saccharomyces cerevisiae contengono un singolo nucleosoma CEPP-A fissato ad un singolo fuso mitotico;sono quindi indicati come centromeri di punto. Questa regione centrale del centromero è circondata da circa 125 coppie di basi di sequenze pericentriche ricche DI AT;é inoltre caratterizzata da nucleosomi contenenti istone metilato H3.La cromatina centromerica forma una struttura tridimensionale per esporre i nucleosomi contenenti CENP-A per l'interazione con il chinetochore e i microtubuli. Al contrario, il nucleo centromerico dei cromosomi umani ha alternativamente disposto i nucleosomi CENP-A e i nucleosomi H3 regolari.

I nucleosomi H3 regolari sono dimetilati. Questi blocchi alternati possono estendersi a cinque megabasi lunghe e contenere per lo più brevi sequenze ripetute di DNA ricche di AT chiamate DNA alfa satellite, circondato da 00 02:02-00 09.469:08.969. eterocromatina pericentrica.

Il tempo di carico del CENP-A ai nucleosomi inoltre differisce fra le specie. Per esempio, mentre negli esseri umani è caricato tra le fasi anafase e G1, nelle piante il caricamento avviene nella fase G2 tardiva.