Il modo più comune per riparare il DNA danneggiato è tagliare la parte danneggiata, ricopiare il filamento complementare non danneggiato, ligare o risigillare 00:00 00:11.980 00-13.030 il difetto. Questo schema generale di taglio, copia e incolla segue in tutti i tipi di meccanismo di escissione. La riparazione di escissione di base, o BER, corregge piccoli danni di base causati da deaminazione, ossidazione, o alchilazione che si verificano spontaneamente o sono causati da tossine ambientali.

Nel BER, un gruppo di circa 11 enzimi differenti chiamati glicosilasi di DNA riconoscono basi alterate differenti e catalizzano la loro rimozione. Le basi modificate rendono deboli coppie di basi che sono poi rilevate dalle glicosilasi. Incontrando una coppia di basi così debole, la glicosilasi del DNA le separa dalle coppie di basi vicine e capovolge la base modificata.

Questo rovesciamento, permette all'enzima di interagire con tutte le sfaccettature della base e di identificarla con precisione. Al momento del riconoscimento, la glicosilasi del DNA, scinde il legame tra la base del DNA modificato e il deossiribosio, rilasciando la base libera e lasciando un vuoto nell'elica del DNA. Questo gap è riconosciuto da un enzima chiamato endonucleasi AP, o APE, che, insieme ad un altro enzima chiamato fosfodiesterasi, taglia la struttura del fosfodiestere all'interno della catena polinucleotidica.

La base mancante nell'elica del DNA è riempita dalla DNA polimerasi beta, che copia la base corretta dal filamento complementare in quella posizione. Successivamente, un enzima chiamato DNA ligasi sigilla il gap rimanente al fine di ottenere una molecola di DNA riparata intatta.