Per iniziare, scarica e installa il software necessario per il riflesso optocinetico basato su Python o l'analisi PyOKR. Su un computer Windows, esegui da PyOKR import OKR_win as o, seguito da o.run. Dopo aver aperto l'interfaccia utente, fare clic su file e quindi su Apri per aprire un browser per la selezione del file wave desiderato.
Per scegliere una cartella di output, fare clic su cartella di esportazione. Nel file di output, immettere il nome del file di analisi finale. Seleziona imposta soggetto sotto file per impostare il programma per un singolo animale.
Per impostare i parametri dello stimolo, vai a selezionare la direzione dello stimolo e definisci una direzionalità tra le quattro direzioni cardinali. In Seleziona tipo di stimolo, scegli unidirezionale, oscillatorio o obliquo. Quindi, utilizzando le funzioni testa e coda, impostare il periodo di tempo senza stimoli all'inizio e alla fine.
Imposta la lunghezza dell'epoca, la lunghezza del post stimolo e il numero di epoche. Per gli stimoli unidirezionali e obliqui, impostare la velocità orizzontale e la velocità verticale in gradi al secondo e specificare la frequenza dei fotogrammi di acquisizione. Per gli stimoli sinusoidali, regolare la frequenza e l'ampiezza.
Utilizzando genera vettore di stimolo dai parametri, creare il modello appropriato dalle informazioni di stimolo di input e fare clic su seleziona epoca per eseguire la scansione fino al file d'onda totale. Fare clic su dati non filtrati o filtrare i dati per la regolazione preliminare per selezionare automaticamente le saccadi di fase rapida in base alle variazioni di velocità massima. In Dati non filtrati, verificare che le saccadi siano selezionate con precisione con un punto blu.
Salva i punti con il pulsante centrale del mouse e chiudi il grafico. Se si desidera applicare il filtro automatico, impostare la soglia Z-score del filtro e fare clic su Filtra dati per filtrare automaticamente le saccadi. Dopo aver selezionato correttamente la saccadide, premere il punto di regolazione Per selezionare la regione da rimuovere.
Modifica i punti superiore e inferiore e salva utilizzando i pulsanti del mouse. Utilizzando l'ordine polinomiale impostato, definire il modello polinomiale che si adatta alle singole fasi lente. Seleziona l'analisi finale per generare i modelli a fase lenta e calcolare le distanze, le velocità e i guadagni di tracciamento medi in tutta l'epoca.
Selezionare Visualizza grafico 2D o Visualizza grafico 3D per visualizzare il grafico bidimensionale o tridimensionale delle regioni selezionate. Selezionare aggiungi epoca per salvare per generare un valore collettivo e selezionare Visualizza set di dati corrente per visualizzare tutti i valori aggiunti e le medie per un determinato animale. Dopo aver ripetuto l'intero processo per tutti i file per un determinato animale, generare un set di dati finale contenente tutti i dati dell'onda.
Infine, esporta il set di dati tramite l'esportazione dei dati e procedi con i dati dell'animale successivo. L'analisi di PyOKR nei topi knockout condizionali Tbx5 ha indicato che questi animali mantengono i normali guadagni di tracciamento orizzontale rispetto ai topi wild type. Tuttavia, questi topi hanno mostrato una significativa perdita di tracciamento verticale, con guadagni vicini allo zero in risposta sia agli stimoli verso l'alto che verso il basso.
Inoltre, l'analisi delle risposte sinusoidali ha confermato che i topi knockout condizionali Tbx5 hanno mostrato maggiori guadagni di tracciamento orizzontale mentre mostravano un tracciamento verticale significativamente ridotto.
