Imaging di organoidi derivati dal cancro del colon-retto immunocolorati in idrogel peptidico per valutare gli effetti dei peptidi autoassemblanti sull'adesione cellulare

Per iniziare, è possibile visualizzare i campioni di organoidi derivati da SW1222 colorati con un microscopio a epifluorescenza a 10x. Utilizzare solo i canali Rhod e DAPI. Avvia il software ImageJ e fai clic su plug-in, seguito da macro.

Quindi eseguire per eseguire il convertitore ROI ImageJ. py dal sito GitHub di Cell Pose. Quando appare una finestra, selezionare il primo file dalla cartella dell'organoide dei due punti e fare clic su Apri.

Quindi scegli il seg. NPY corrispondente al primo file e fare clic su Apri. Quindi, premi seleziona tutto nella finestra di gestione del ROI e premi misura.

Ora, fai clic su file, seguito da salva con nome nella finestra dei risultati per salvare i risultati. Ripetere la conversione dell'immagine per la stessa immagine nella cartella per il lume dell'organoide del colon. Quindi, carica il software Origin Pro, fai clic sui dati, seguito dal file di importazione per individuare la procedura guidata di importazione.

Seleziona entrambi i file CSV corrispondenti alle proprietà dell'organoide e della forma del lume per la stessa immagine. Copia le proprietà a forma di lume nella colonna dei risultati della colonia per abbinare ogni misurazione del lume alla colonia corrispondente. In una nuova colonna, dividere le aree del lume e della colonia per ottenere l'area del lume relativo della colonia corrispondente.

Selezionare la colonna corrispondente alla circolarità di ciascuna colonia e all'area del lumen. Quindi, fai clic in sequenza su grafico, 2D di base e dispersione. Fare clic con il pulsante destro del mouse sulla finestra del tracciato e scegliere Dettagli grafico.

Fare clic sulla scheda centroid pro e selezionare le opzioni che leggono mostra punto centroide per sottoinsieme, connetti ai punti dati e mostra ellisse. Le cellule coltivate in 2D avevano una variazione molto elevata nella circolarità delle colonie. Le cellule coltivate in Matrigel avevano una distribuzione più estesa per la dimensione relativa del lume.