Name: facile protocol for the synthesis of self-assembling polyamine-based peptide amphiphiles (ppas) and related biomaterials
Uploaded: 2018-06-25T14:00:00.000+00:00
Duration: 8 min 55 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Facile Protocol for the Synthesis of Self-assembling Polyamine-based Peptide Amphiphiles PPAs and Related Biomaterials at JoVE.com

Questo progetto è stato finanziato dall'Università del Nebraska Medical Center (fondi di Start-up, MC-S); NIH-COBRE, 5P20GM103480 (T. jakzrobic) e l'American Chemical Society, PRF # 57434-DNI7(MC-S).

1. generale protocollo per la sintesi di PPA
<ol><li>Calcolare la scala di sintesi (solitamente mmol). Questa scala è basata sulla massa dell'importo-obiettivo PPA. Tenete a mente che l'efficienza di reazione di SPPS diminuisce gradualmente con un aumento di sequenza dell'amminoacido. Di conseguenza, l'efficienza di reazione esatta è difficile da calcolare.</li>
	<li>Calcolare il peso della resina da impiegare secondo il caricamento della resina. Il caricamento è trovato sul contenitore o il protocollo di analisi della resina ed espressa in mmol/g. La seguente formula può essere utilizzata per calcolare il peso della resina:</li>
	<li>Pesare con attenzione resina di cloruro di 2-chlorotrityl (nel nostro caso il caricamento è ~0.85 mmol)</li>
	<li>Versare la resina in un recipiente di sintesi sinterizzato con le seguenti specifiche: capacità – 50 mL, Fritted disco – 25 mm, porosità – media.</li>
	<li>Aggiungere 15 mL di diclorometano (DCM) alla resina.</li>
	<li>Appone alla nave di sintesi di un agitatore meccanico a velocità variabile (pallone shaker/agitatore) e girare i vasi per un angolo di 45° (o orizzontalmente) per massimizzare l'agitazione.</li>
	<li>Consentire le perle di resina a gonfiarsi per 15 min. gonfiore migliora il rendimento di reazione perché facilita la diffusione molecolare e l'accessibilità al sito attivo, aumentando l'efficienza di accoppiamento.</li>
	<li>Aggiungere 8 equivalenti (2 mmol per scala 0,25 mmol) della poliammina desiderata (spermina, spermidina, Diethyelenetriamine, 1,3-diaminopropane, ecc.) per la resina e lasciare reagire per 5 h. Nota: Un minore periodo di reazione ridurrebbe la resa.</li>
	<li>Fare un Kaiser prova (Vedi Tabella materiali) per confermare il successo accoppiamento del polyamine alla resina. Accoppiamento riuscito delle ammine primarie produce un colore viola/blu, che corrisponde all'ammina libera.</li>
	<li>Proteggere il gruppo di ammina primaria utilizzando 4 equivalenti di 1-(4,4-dimethyl-2,6-dioxocyclohex-1-ylidene)ethyl (Dde), disciolti in metanolo anidro (15 mL), agitando la miscela di reazione durante la notte11. Nota: Un tempo di reazione minore riduce il rendimento.</li>
	<li>Eseguire un test di Kaiser. Un'assenza di colore blu da resina perlina conferma protezione riuscita. In caso di esito negativo protezione dell'ammina primaria, ripetere il passaggio precedente.</li>
	<li>Scolare il DCM e lavare le resine due volte con una miscela di DCM e DMF (2:1, 15 mL).</li>
	<li>Sciogliere 20 equivalenti (5 mmol) di-tert butyl di-carbonato (Boc) in DCM (20 mL) e lasciare che la reazione procedere per 3 h.</li>
	<li>Fare un cloranile test (Vedi Tabella materiali) per confermare la completa protezione dell'ammina secondaria. Un test positivo (protezione) produce un colore giallo chiaro o incolore. Ammine secondarie gratis dare un colore verde/blu scuro, mentre le ammine primarie danno un colore rosso.</li>
	<li>Scolare la miscela solvente e lavare due volte con una miscela di DCM e DMF (2:1, 15 mL).</li>
	<li>Aggiungere una soluzione al 2% di idrazina in DMF (10 mL) e agitare per 1 h.</li>
	<li>Fare un Kaiser test per confermare il successo deprotezione dell'ammina primaria.</li>
	<li>
Aggiungere gli aminoacidi desiderati nell'ordine inverso in cui si sarebbe scrivere/disegnare loro. Peptidi sono attratti dalla termini N termini C ma sono sintetizzate in direzione opposta, C a N. Ad esempio, per un PPA che richiedono il peptide seguente nucleo - GLFD-, aggiungere l'acido aspartico (D), seguita da fenilalanina (F), leucina (L) e infine la glicina (G). Nota: Per la maggior parte degli aminoacidi, il cocktail di accoppiamento seguente è adatto per allegato alle resine della poliammina caricata.<ol>
<li>Mescolare 4 equivalenti (1 mmol) dell'amminoacido Fmoc-protetto, 3,95 equivalenti di 2-(1H-benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluronium hexaﬂuorophosphate (HBTU) e 15 equivalenti di ammina diisopropylethyl (DIPEA).</li>
		<li>Scioglierli in una miscela di DCM e DMF (1:1, 15 mL) e Sonicare il cocktail per 2 min (fino al completo scioglimento).</li>
		<li>Aspettare altri 3-5 min per garantire l'attivazione dell'acido carbossilico dell'aminoacido.</li>
		<li>Aggiungere la miscela di reazione alla nave. Svolgere la reazione per 2-4 h a temperatura ambiente. Nota: Abbiamo trovato le seguenti alternative efficienti per HBTU (che solitamente richiedono minori quantità di aminoacidi e l'agente di accoppiamento): COMU, PyBOP, HATU, DIC/Oxima.</li>
		<li>Fare un Kaiser test per confermare il successo accoppiamento.</li>
		<li>De-proteggere il Fmoc-gruppo dall'amminoacido aggiungendo una soluzione di 20% di 4-metil piperidine (10 mL) in DMF. Farlo due volte, ogni volta che agitando la miscela di reazione per 15 min. Nota: Un'alternativa efficiente per la rimozione di Fmoc è piperazina/DBU12.<ol>
<li>Eseguire un lavaggio di DCM (15 mL) tra aggiunte.</li>
		</ol>
</li>
		<li>Fare un Kaiser test per confermare il successo de-protezione dell'amminoacido.</li>
		<li>Lavare la resina accuratamente per rimuovere tutte le tracce di 4-metil. Lavare la resina due volte con DMF (10ml), ogni lavaggio dura per 5 min e infine con DCM (10 mL) per 10 min.</li>
		<li>Aggiungere tutti gli amminoacidi restanti successivamente ripetere l'accoppiamento e la de-protezione passaggi.</li>
	</ol>
</li>
	<li>
Infine, dopo l'accoppiamento di tutti gli aminoacidi necessari, coniugato la coda idrofobica per l'ultimo amminoacido del costrutto della poliammina-peptide:
	<ol>
<li>Aggiungere 10 equivalenti della funzionalità desiderata degli acidi carbossilici a 9,5 equivalenti di HBTU e 12 equivalenti di DIPEA disciolto in DCM e DMF miscela (1:1, 20 mL). Nota: Tenere presente che alcune code potrebbero essere necessario una diversa proporzione di solvente (solitamente un maggiore % di DCM) o l'aggiunta o un altro solvente come N-metilpirrolidone (NMP).</li>
		<li>Sonicare il cocktail per 5 – 10 min fino alla dissoluzione (abbiamo visto richiede più tempo per la coda sciogliere completamente) e aggiungere alla nave. Nota: Per le code contenenti più siti reattivi, dovranno essere protetti prima di accoppiare li.</li>
		<li>Eseguire questa reazione (accoppiamento coda idrofobica) per almeno 5 ore, sebbene si consiglia di portarlo fuori tutta la notte per il massimo rendimento.</li>
	</ol>
</li>
</ol>2. PPA scissione dal supporto solido
Lo scopo di questo passaggio è il clivaggio del PvP dalla resina e per rimuovere i gruppi di protezione di Boc dalla aminoacidi ed i residui delle poliammine.
<ol><li>Lavare la resina con DMF (8 mL per 2 min) e due volte con DCM (8 mL, ogni volta per 5 min). Prima di ogni aggiunta, è necessario svuotare il solvente dalla nave. Una volta che viene eseguita l'ultimo lavaggio, asciugare la resina sotto vuoto per 15 min.</li>
	<li>Preparare la soluzione di clivaggio utilizzando il seguente rapporto di miscela: 28:1:1 acido trifluoroacetico (TFA): H2O: Triisopropyl Silano (suggerimenti). Per prenotare 15 mL della fenditura cocktail 14 mL di TFA, aggiungere 0,5 mL di H2O e 0,5 mL di suggerimenti.</li>
	<li>Aggiungere questa soluzione di fenditura alla resina e agitare per 2 – 4 h a temperatura ambiente.</li>
	<li>Raccogliere la soluzione in 25 o 50 mL pallone da....</li>
	<li>Concentrare il TFA nel vuoto a 1 – 2 mL utilizzando un evaporatore rotante a pressione ridotta mentre riscaldando la miscela a 40 ° C (non superare i 55 ° C per evitare la decomposizione del PvP).</li>
	<li>Dopo evaporazione, aggiungere la soluzione ottenuta TFA (goccia a goccia) in un matraccio da fondo tondo contenente etere anidro freddo (15 mL). Questo verrà immediatamente precipitare il PPA.</li>
	<li>Inoltre, è possibile aggiungere anidro freddo etere (5 mL) al pallone originale dove si concentrava il TFA.</li>
	<li>Sonicare questa boccetta per recuperare ulteriori solidi e si combinano con la soluzione di etere dal punto 2.6. Nota: La pipetta di trasferimento può essere lavata con un piccolo volume di DCM. Evitare di introdurre DMF durante il processo, perché tende a formare una sostanza gelatinosa.</li>
	<li>Posizionare il pallone (coperto) all'interno del frigorifero e lasciate riposare una notte per massimizzare la precipitazione.</li>
	<li>Raccogliere il materiale precipitato utilizzando un disco sinterizzato filtro imbuto di filtrazione sotto vuoto. Le dimensioni dei pori ideale sono fini o medio.</li>
	<li>Lavare il precipitato due volte con etere freddo (5 – 10 mL) per rimuovere eventuali sostanze organiche residue.</li>
</ol>3. identificazione del prodotto grezzo utilizzando il metodo di goccia secchi MALDI
<ol><li>
Preparazione della matrice per l'analisi in modalità positiva:
	<ol>
<li>Per iniziare a peso molecolare analisi mediante spettrometria di massa Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI), aggiungere 10-20 mg di acido α-ciano-4-idrossicinnamico ad un tubo del microcentrifuge.</li>
		<li>Aggiungere una soluzione di acqua/acetonitrile (1:1, 1,0 mL) con 0,1% acido trifluoroacetico (TFA). Mescolare nel Vortex. Nota: Questa matrice deve essere utilizzata per peptidi caricati positivamente. Modalità negativa MALDI è simile ma richiede una matrice contenente 9-aminoacridine con 0,1% ammoniaca come solvente additivo.</li>
		<li>Aggiungere 1-2 µ l del campione per la piastra in acciaio inox per MALDI e asciugare il campione in aria. Aggiungere 1-2 µ l della matrice e asciugare di nuovo. Nota: Le piastre hanno marcature circolari griglia lungo la piastra di destinazione per individuare il punto particolare.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Analizzare i campioni in strumento MALDI per verificare la loro identità. Ionizzazione electrospray (ESI) è una valida alternativa per confermare l'identità della PPA.</li>
</ol>4. purificazione di PPA tramite purificazione preparativa inverso-fase ad alte prestazioni cromatografia liquida (HPLC)
<ol><li>
Sciogliere il precipitato di PPA in una quantità minima di acqua e acetonitrile.
	<ol>
<li>Come regola generale, sciogliere 100 mg del greggio secco PPA in meno di 5 mL di acetonitrile e acqua. Più idrofobo PPA potrebbe richiedere una maggiore percentuale di acetonitrile per sciogliere e potrebbe inoltre richiedere un più grande volume di solvente in generale, a seconda della carica netta di PPA (tabella 1).</li>
		<li>Se la dissoluzione completa non ha luogo, aggiungere 1% TFA (ACN o H2O). È anche possibile aggiungere tracce di altri solventi compatibili tra cui dimetilsulfossido, metanolo o isopropanolo (limitare il loro contenuto al 5%).</li>
	</ol>
</li>
</ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Solvente</td>
			<td colspan="2">Carica positiva PPAs</td>
			<td colspan="2">Carica negativa PPAs</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="2">0,1 TFA % in acqua</td>
			<td colspan="2">0,1% NH3 in acqua</td>
		</tr>
<tr>
<td></td>
			<td colspan="2">0,1% TFA in ACN</td>
			<td colspan="2">0,1% NH3 in ACN</td>
		</tr>
</tbody></table>Tabella 1: sistemi solvente. Proposto sistema solvente per PPA a carico positivamente e negativamente.
<ol start="2"><li>Sonicare il PPA utilizzando un sonicatore corno per 20 min a 10 impulsi s con Amp1 del 48% o per 2-3 h in bagno ad ultrasuoni.</li>
	<li>
Quindi, di filtrare usando un filtro di 0,45 μm siringa seguito da filtrazione utilizzando un filtro di siringa di politetrafluoroetilene (PTFE) 0.20 μm. La soluzione di PPA deve essere limpida e priva di tutti i materiali in polvere.
	<ol>
<li>Se la filtrazione è troppo difficile, Sonicare per un periodo prolungato di tempo. Si consiglia vivamente che la soluzione di PPA è purificata immediatamente dopo filtrazione siringa, come stoccaggio prolungato potrebbe causare per aggregare o gelate, che richiederà un ri-sonicazione e, forse, ri-filtrazione.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Durante e dopo la purificazione, utilizzare solventi HPLC grade o quelli che vengono filtrati attraverso un 0,25 μm siringa filtro/membrana. Nota: Le condizioni più comuni solventi per purificare PPA consistono in una sfumatura di H2O e ACN.</li>
	<li>Utilizzare uno strumento HPLC di inverso-fase standard per questo protocollo. Esso dovrebbe includere un programmatore di gradiente di eluizione, un sistema binario di consegna solvente, un rivelatore UV in grado di rilevare a 220 e 254 nm e un collezionista di frazione programmabile. La portata massima deve essere di 50 mL/min.</li>
	<li>Uso un C-18 invertito colonna in fase di separazione. Colonne delle dimensioni seguenti possono essere utilizzate in funzione della massa del solido viene purificato e rete carica del PvP (tabella 2).</li>
</ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Carica di PPA</td>
			<td>Dimensione delle particelle</td>
			<td>Dimensione della colonna</td>
			<td>Massa di greggio PPA</td>
		</tr>
<tr>
<td>+ ve cariche</td>
			<td>5 μm.</td>
			<td>150 x 30 mm</td>
			<td>170 mg</td>
		</tr>
<tr>
<td>-ve cariche</td>
			<td>5 μm.</td>
			<td>150 x 30 mm</td>
			<td>170 mg</td>
		</tr>
<tr>
<td>+ ve cariche</td>
			<td>5 μm.</td>
			<td>150 x 21.2 mm</td>
			<td>90 mg</td>
		</tr>
<tr>
<td>-ve cariche</td>
			<td>5 μm.</td>
			<td>150 x 21.2 mm</td>
			<td>90 mg</td>
		</tr>
</tbody></table>Tabella 2: suggerito colonne: Dimensioni della colonna, dimensioni delle particelle e la capacità di carico massimo per iniezione per C18 reverse colonne HPLC fase
<ol start="7"><li>Iniettare PPA con un volume determinato di sia la capacità della colonna e dal volume del ciclo iniezione di HPLC. Eseguire il metodo del gradiente di HPLC secondo le impostazioni visto in tabella 3 (tempo di eluizione di 40 min).</li>
</ol><table border="1" fo:keep-together.within-page="1" fo:keep-with-next.within-page="always"><tbody>
<tr>
<td>Tempo</td>
			<td>Solvente A (Acetonitrile)</td>
			<td>Solvente B (acqua)</td>
			<td>Portata (mL/min)</td>
		</tr>
<tr>
<td>0</td>
			<td>5%</td>
			<td>95%</td>
			<td rowspan="5">Portata dipende l'imballaggio di colonna e le sue dimensioni.</td>
		</tr>
<tr>
<td>2</td>
			<td>5%</td>
			<td>95%</td>
		</tr>
<tr>
<td>35</td>
			<td>95%</td>
			<td>5%</td>
		</tr>
<tr>
<td>38</td>
			<td>100%</td>
			<td>0%</td>
		</tr>
<tr>
<td>40</td>
			<td>5%</td>
			<td>95%</td>
		</tr>
</tbody></table>Tabella 3: gradiente suggerito: Gradiente di fase inversa suggerito la relativa composizione di acqua vs acetonitrile in un periodo di tempo. La portata dipende le specifiche di colonna.
<ol start="8"><li>
Analizzare le frazioni raccolte sulle varie provette usando MALDI e determinare quale tubo (o tubi) contengono il PPA. Questo requisito viene valutato studiando il peso molecolare trovato in ogni provetta.
	<ol>
<li>Verificare la purezza delle frazioni su un HPLC analitica. Utilizzare un sistema di HPLC-gradiente dotato di un rivelatore UV impostato a 220 nm.</li>
		<li>Se sono presenti impurità, fare un ulteriore ciclo di purificazione mediante HPLC. Sfumatura sopra utilizzata per HPLC preparatorio può essere scalata verso il basso da utilizzare con l'HPLC analitica utilizzando il software online convertitore di colonna. Ogni frazione molto essere ≥ 95% puro per la caratterizzazione fisica o valutazione biologica.</li>
	</ol>
</li>
	<li>Raccogliere le frazioni in un pallone a fondo rotondo grande o il pallone di evaporazione e rimuovere tutti l'acetonitrile e la maggior parte dell'acqua. La soluzione finale di PPA dovrebbe essere non più di 10 mL.</li>
	<li>Trasferire questo concentrato di un tubo di centrifuga da 50 mL. Sappiate che PPA è sostanze detergenti simili; così, bolle verranno generate durante l'evaporazione del solvente. Abbiamo trovato che l'aggiunta di alcole etilico diminuisce la formazione di bolle.</li>
	<li>Concentrato di vuoto il concentrato. Durante l'evaporazione sotto vuoto, una grande quantità di PPA potrebbe aderire alle pareti del contenitore. Recuperare questo risciacquando ripetutamente il muro pallone con acqua di HPLC. Il volume totale di PPA concentrato e il rinsate dovrebbe essere non più di 30 mL.</li>
	<li>Posto la soluzione acquosa all'interno di un tubo da 50 mL.</li>
	<li>
Flash congelare questa soluzione PPA in azoto liquido: Nota: Flash congelamento risultati più piccoli cristalli di ghiaccio che sarà sublime più velocemente nei liofilizzatori. Inoltre, più lento congelamento potrebbe consentire la formazione di strutture supramolecolari auto-assemblate. Un'altra alternativa (ma meno auspicabile) è gradualmente congelare in un congelatore a-80 ° C o di congelare utilizzando un ghiaccio secco + miscela di acetone<ol>
<li>Prima di mettere la provetta da centrifuga nei liofilizzatori, perforare o allentare il tappo della provetta per permettere all'umidità di sfuggire il campione e ottenere raccolti nell'unità di refrigerazione. Impostare l'unità di liofilizzazione impostata-54 ° C e 0,016 mbar. Nota: Un'altra opzione è di rimuovere il tappo e collocare un tampone imbevuto (con un elastico) sopra l'apertura. Inoltre, abbiamo scoperto che permette di congelare campioni ad angolo o rompere il ghiaccio in piccole porzioni per una più veloce e migliore liofilizzazione a causa di un incremento della superficie.</li>
		<li>Se il solido inizia a sciogliersi, ciò potrebbe indicare che sono presenti tracce di un solvente organico (solitamente acetonitrile). Ripetere il passaggio di congelamento e valutare le condizioni della liofilizzazione.</li>
		<li>Se la fusione persiste, ci sono due possibili soluzioni:<ol>
<li>Split il campione in due porzioni (per essere inserito in tubi), diluire con acqua e congelare di nuovo. Non utilizzare questa soluzione spesso perché grandi quantità di solventi organici potrebbe danneggiare l'attrezzatura.</li>
			<li>In alternativa, posizionare il campione in una beuta e ulteriormente far evaporare il solvente organico sotto vuoto. Liofilizzazione un campione che è in forma liquida di solito porta a urtare e perdita del composto PPA.</li>
		</ol>
</li>
	</ol>
</li>
</ol>5. deposito di PPA
<ol><li>Conservare la PPA in un da-20 ° C con i tappi serrati e sigillato con Parafilm su un tubo con un'etichetta adeguata.</li>
	<li>Prima dell'uso, portare il PPA torna a temperatura ambiente in una camera a vuoto per evitare la condensazione del vapore acqueo sulla PPA.</li>
</ol>

<ol>
	<li>Cui, H., Pashuck, E. T., Velichko, Y. S., Weigand, S. J., Cheetham, A. G., Newcomb, C. J., Stupp, S. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Spontaneous+and+x-ray-triggered+crystallization+at+long+range+in+self-assembling+filament+networks.">Spontaneous and x-ray-triggered crystallization at long range in self-assembling filament networks.</a> Science. 327, 555-559 (2010).</li><li>Pashuck, E. T., Cui, H., Stupp, S. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Tuning+supramolecular+rigidity+of+peptide+fibers+through+molecular+structure.">Tuning supramolecular rigidity of peptide fibers through molecular structure.</a> Journal of the American Chemical Society. 132, 6041-6046 (2010).</li><li>Stupp, S. I., Zha, R. H., Palmer, L. 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K., Oupicky&#769;, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Self-immolative+polycations+as+gene+delivery+vectors+and+prodrugs+targeting+polyamine+metabolism+in+cancer.">Self-immolative polycations as gene delivery vectors and prodrugs targeting polyamine metabolism in cancer.</a> Molecular Pharmaceutics. 12, 332-341 (2014).</li><li>Planas-Portell, J., Gallart, M., Tiburcio, A. F., Altabella, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Copper-containing+amine+oxidases+contribute+to+terminal+polyamine+oxidation+in+peroxisomes+and+apoplast+of+Arabidopsis+thaliana.">Copper-containing amine oxidases contribute to terminal polyamine oxidation in peroxisomes and apoplast of Arabidopsis thaliana.</a> BMC Plant Biology. 13, 109 (2013).</li><li>Nash, I. A., Bycroft, B. W., Chan, W. 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J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Targeting+polyamine+metabolism+and+function+in+cancer+and+other+hyperproliferative+diseases.">Targeting polyamine metabolism and function in cancer and other hyperproliferative diseases.</a> Nature Reviews Drug Discovery. 6, 373 (2007).</li><li>Wuts, P. G. M., Greene, T. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Protection for the Amino Group. In Greene's Protective Groups in Organic Synthesis. , 696-926 (2006).</li><li>Palasek, S. A., Cox, Z. J., Collins, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Limiting+racemization+and+aspartimide+formation+in+microwave-enhanced+Fmoc+solid+phase+peptide+synthesis.">Limiting racemization and aspartimide formation in microwave-enhanced Fmoc solid phase peptide synthesis.</a> Journal of Peptide Science. 13, 143-148 (2007).</li></ol>

Gli autori non hanno alcun conflitto di interessi per dichiarare

I protocolli descritti qui possono essere utilizzati per sintetizzare PPA come pozzi come PAs e relative molecole peptidici (ad esempio di ibrido PA-peptoids). Anche se la sintesi di peptidi utilizzando SPPS è una procedura semplice, la sintesi di peptidi contenenti molecole biologiche homing può essere particolarmente impegnativa. Poliammine come spermina, spermidina, diethyelenetriamine, ecc., possono funzionare come molecole homing per il targeting cancro cellule13. Il PPA possa asse...

Autoassemblanti peptide anfifili (PAs) sono una classe di biomateriali in genere composto da segmenti seguenti: (a) idrofilo testa, regione linker (b) e (c) idrofobo. La maggior parte PAs descritti nella letteratura possiedono una testa idrofila composta da cariche o polare dell'amminoacido residui1,2,3,4. PAs hanno trovato una vasta gamma di applicazioni nel campo della biomedicina tra cui la consegna della droga, malattia diagnostica, medicina rigenerativa, ecc5. Base alla loro sequenza dell'amminoacido, PAs può formare un'ampia varietà di nanostrutture tra cui micelle sferiche e nano-filamenti. Recentemente abbiamo segnalato una classe di ibridi basati su poliammina peptide anfifili, chiamato PPA6. Le morfologie, autoassemblanti cinetica e degradazione metabolica, di questi biomateriali, sono stati trovati per essere collegati al loro gruppo testa solubilizzante. Inoltre, le nanostrutture di PPA non hanno mostrato tossicità verso le cellule di mammiferi (linee MiaPaCa2 e delle cellule HeLa) alle concentrazioni testate. Nanovettori basati su PPA sono veicoli di consegna della droga attraente perché: (1) della poliammina assorbimento ed il metabolismo è stato indicato per essere aumentato in cellule cancerogene, nanostrutture (2) cationico può raggiungere endosomal fuga7,8, che conduce alla più alta circolazione e soggiorno all'interno di una cella e (3) dovrebbero avere un distinto profilo metabolico se confrontato con il PA; ad esempio, essi saranno più stabile verso proteasi trovate nel corpo umano (anche se essi forse sensibili ad altri enzimi, quali ammino ossidasi)9,10. Inoltre, PPA è stati trovati per avere diverse morfologie, proprietà fisico-chimiche, rigidità delle nanoparticelle e cinetica di assemblaggio a seconda della lunghezza e carica di singoli PPA molecola6. Qui, descriviamo un protocollo dettagliato per la sintesi, la identificazione e la purificazione di PPA che può essere applicato anche alla preparazione di PAs o simili molecole del peptide ibride.
Perché poliamine non sono comunemente disponibili in commercio nelle loro forme protette, e perché proteggere le ammine primarie e secondarie delle poliamine è della massima importanza per loro coniugazione con amminoacidi e altre molecole, che abbiamo descritto il procedura sintetica per raggiungere la loro protezione. L'obiettivo generale del presente protocollo è quello di fornire un metodo semplice per coniugazione poliamine agli aminoacidi. Poliammine mancano un gruppo carbossilico; così, essi non possono essere accoppiate a Rink ammide o resine Wang. Invece, resine come cloruro di 2-chlorotrityl sono raccomandate per il protocollo sintetico. La sfida principale per la sintesi di PPA è la presenza di gruppi funzionali di ammina primaria e secondaria. Per i nostri scopi, abbiamo protetto tutte le ammine secondarie nella poliammina, mantenendo il gruppo amminico primario sulla poliammina libera per consentire la reazione di accoppiamento. La reazione è stato fatto su un supporto solido, seguendo i principi della sintesi del peptide di fase solida (SPPS) per facilitare il work-up dopo ogni passaggio di accoppiamento e deprotezione. Il seguente protocollo è per entrambi la sintesi manuale e automatizzata di PPA (anche se sarà difficile la verifica di alcuni passi in un sistema automatizzato). La sintesi di queste molecole possono anche essere effettuata su un sintetizzatore automatico o con l'ausilio di un reattore a microonde (automatico o semi-automatica). Lo schema di reazione è stata riassunta nella Figura 1.
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/57908/57908fig1.jpg"> Figura 1: (A) A regime di reazione generale per la sintesi di PPA. Poliammine rappresentativo (B) che possono essere utilizzati per sintetizzato PPA descritto qui. <a href="/files/ftp_upload/57908/57908fig1large.jpg" target="_blank">Clicca qui per visualizzare una versione più grande di questa figura.</a>

<table><tbody><tr><td>2-Chlorotrityl chloride resin&amp;nbsp;</td><td>AappTec</td><td>RTZ001</td><td></td></tr><tr><td>SynthwareTM synthesis vessel&amp;nbsp;</td><td>Aldrich</td><td>SYNP120050M</td><td></td></tr><tr><td>Dichloromethane</td><td>Acros</td><td>AC406920250</td><td>Fisher Sci. Catalogue #</td></tr><tr><td>Wrist Shaker</td><td>Boekel Scientific</td><td>401000-2</td><td></td></tr><tr><td>Kaiser test kit</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>60017</td><td></td></tr><tr><td>2-[(4,4-dimethyl-2,6-dioxocyclohex-1-ylidene)ethyl-amino]-ethanol</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>CDS004772</td><td></td></tr><tr><td>Anhydrous Methanol</td><td>Acros</td><td>AC610981000</td><td>Fisher Sci. Catalogue #</td></tr><tr><td>Chloranil test kit</td><td>TCI</td><td>TCC1771-KIT</td><td>VWR Catalogue #</td></tr><tr><td>Di-tert butyl di-carbonate&amp;nbsp;</td><td>Acros</td><td>AC194670250</td><td>Fisher Sci. Catalogue #</td></tr><tr><td>Dimethylformamide</td><td>Fisher Scientific</td><td>BP1160-4</td><td></td></tr><tr><td>Hydrazine</td><td>Acros</td><td>AC296815000</td><td>FIsher Sci. Catalogue #</td></tr><tr><td>(2-(1H-benzotriazol-1-yl)-1,1,3,3-tetramethyluronium hexafluorophosphate)</td><td>p3biosystems</td><td>31001</td><td></td></tr><tr><td>4-methyl piperidine&amp;nbsp;</td><td>Acros</td><td>AC127515000</td><td>FIsher Sci. Catalogue #</td></tr><tr><td>Trifluoroacetic Acid</td><td>AappTec</td><td>CXZ035</td><td></td></tr><tr><td>Triisopropyl Silane</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>233781</td><td></td></tr><tr><td>Ether</td><td>Fisher Scientific</td><td>E138-1</td><td></td></tr><tr><td>&amp;alpha;-Cyano-4-hydroxycinnamic acid</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>C8982</td><td></td></tr><tr><td>9-Aminoacridine</td><td>Sigma-Aldrich</td><td>92817</td><td></td></tr><tr><td>Fisherbrand&amp;nbsp;Syringe Filters: PTFE Membrane</td><td>Fisher Scientific</td><td>09-730-21</td><td></td></tr></tbody></table>

facile protocol for the synthesis of self-assembling polyamine-based peptide amphiphiles (ppas) and related biomaterials

Basato su poliammina Peptide anfifili (PPA) sono una nuova classe di autoassemblanti anfifilici biomateriali-relazionati con il peptide anfifili (PAs). Tradizionale PAs possiedono caricate aminoacidi come solubilizzanti gruppi (lisina, arginina), che sono direttamente collegati ad un segmento del lipido o possono contenere una regione linker fatta di amminoacidi neutri. Messa a punto la sequenza del peptide di PAs può produrre diverse morfologie. Allo stesso modo, PPA possieda un segmento idrofobo e aminoacidi neutri, ma contenga anche molecole di poliammine come acqua solubilizzanti (idrofili) gruppi. Come è il caso con PAs, PPA anche possibile auto-assemblarsi in morfologie diverse, tra cui asticelle, nano-nastri intrecciati e nano-fogli di fuse, quando disciolto in acqua. Tuttavia, la presenza di ammine primarie e secondarie su una molecola singola poliammina pone una sfida significativa quando sintetizzando PPA. In questa carta, indichiamo un protocollo semplice, basato su precedenti di letteratura, di raggiungere una sintesi facile di PPA utilizzando sintesi del peptide di fase solida (SPPS). Questo protocollo può essere esteso alla sintesi di PAs e altri sistemi simili. Abbiamo anche illustrare i passaggi che sono necessari per la scissione da resina, identificazione e purificazione.

Dopo la sintesi e la purificazione e prima valutazione fisico-chimiche o biologiche, è consigliabile le masse della PPA sono ri-controllate e la purezza accertato mediante HPLC analitica. Per la caratterizzazione di materiali o valutazione biologica, PPA necessario disporre di una purezza di > 95%. La figura 2 Mostra l'analisi HPLC (in alto) e spettri MALDI (in basso) che confermano la presenza del prodotto. Sistemi di analisi HPLC integrerà l'area sotto la...

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Facile Protocol for the Synthesis of Self-assembling Polyamine-based Peptide Amphiphiles PPAs and Related Biomaterials

La sintesi delle poliammine-basato del peptide anfifili (PPA) è una sfida significativa per la presenza di multiple azoti ammina, che richiede l'uso giudizioso di proteggere i gruppi per mascherare queste funzionalità reattive. In questo articolo, descriviamo un metodo facile per la preparazione di questi nuova classe di molecole autoassemblanti.

Facile protocollo per la sintesi di auto-assemblaggio basato su poliammina Peptide anfifili (PPA) e biomateriali correlate

Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) are a new class of self-assembling amphiphilic biomaterials-related to the peptide amphiphiles (PAs). ...

facile-protocol-for-synthesis-self-assembling-polyamine-based-peptide

Research

JoVE Journal

Chemistry

Facile Protocol for the Synthesis of Self-assembling Polyamine-based Peptide Amphiphiles (PPAs) and Related Biomaterials

8.0K Views.  University of Nebraska Medical Center. La sintesi delle poliammine-basato del peptide anfifili (PPA) è una sfida significativa per la presenza di multiple azoti ammina, che richiede l'uso giudizioso di proteggere i gruppi per mascherare queste funzionalità reattive. In questo articolo, descriviamo un metodo facile per la preparazione di questi nuova classe di molecole autoassemblanti.

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Formation of Ordered Biomolecular Structures by the Self-assembly of Short Peptides

In nature, complex functional structures are formed by the self-assembly of biomolecules under mild conditions. Understanding the forces that control self-assembly and mimicking this process in vitro will bring about major advances in the areas of materials science and nanotechnology. Among the available biological building blocks, peptides have several advantages as they present substantial diversity, their synthesis in large scale is straightforward, and they can easily be modified with biological and chemical entities1,2. Several classes of designed peptides such as cyclic peptides, amphiphile peptides and peptide-conjugates self-assemble into ordered structures in solution. Homoaromatic dipeptides, are a class of short self-assembled peptides that contain all the molecular information needed to form ordered structures such as nanotubes, spheres and fibrils3-8. A large variety of these peptides is commercially available.
This paper presents a procedure that leads to the formation of ordered structures by the self-assembly of homoaromatic peptides. The protocol requires only commercial reagents and basic laboratory equipment. In addition, the paper describes some of the methods available for the characterization of peptide-based assemblies. These methods include electron and atomic force microscopy and Fourier-Transform Infrared Spectroscopy (FT-IR). Moreover, the manuscript demonstrates the blending of peptides (coassembly) and the formation of a &#34;beads on a string&#34;-like structure by this process.9 The protocols presented here can be adapted to other classes of peptides or biological building blocks and can potentially lead to the discovery of new peptide-based structures and to better control of their assembly.

This paper describes the formation of highly ordered peptide-based structures by the spontaneous process of self-assembly. The method utilizes commercially available peptides and common lab equipment. This technique can be applied to a large variety of peptides and may lead to the discovery of new peptide-based assemblies.

Formazione di strutture biomolecolari ordinate dalla Self-assemblaggio di piccoli peptidi

In nature, complex functional structures are formed by the self-assembly of biomolecules under mild conditions. Understanding the forces that control ...

Ricerca

Chimica

Split-and-pool Synthesis and Characterization of Peptide Tertiary Amide Library

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid phase by using combinatorial chemistry. One of the most well studied classes of peptidomimetics is peptoids. Peptoids are easy to synthesize and have been shown to be proteolysis-resistant and cell-permeable. Over the past decade, many useful protein ligands have been identified through screening of peptoid libraries. However, most of the ligands identified from peptoid libraries do not display high affinity, with rare exceptions. This may be due, in part, to the lack of chiral centers and conformational constraints in peptoid molecules. Recently, we described a new synthetic route to access peptide tertiary amides (PTAs). PTAs are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. With side chains on both &#945;-carbon and main chain nitrogen atoms, the conformation of these molecules are greatly constrained by sterical hindrance and allylic 1,3 strain. (Figure 1) Our study suggests that these PTA molecules are highly structured in solution and can be used to identify protein ligands. We believe that these molecules can be a future source of high-affinity protein ligands. Here we describe the synthetic method combining the power of both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a sample one-bead one-compound (OBOC) library of PTAs.

Peptide tertiary amides (PTAs) are a superfamily of peptidomimetics that include but are not limited to peptides, peptoids and N-methylated peptides. Here we describe a synthetic method which combines&#160;both split-and-pool and sub-monomer strategies to synthesize a one-bead one-compound library of PTAs.

Split-e-pool Sintesi e caratterizzazione di peptidi Terziario Ammide Biblioteca

Peptidomimetics are great sources of protein ligands. The oligomeric nature of these compounds enables us to access large synthetic libraries on solid ...

Solid-phase Submonomer Synthesis of Peptoid Polymers and their Self-Assembly into Highly-Ordered Nanosheets

Peptoids are a novel class of biomimetic, non-natural, sequence-specific heteropolymers that resist proteolysis, exhibit potent biological activity, and fold into higher order nanostructures. Structurally similar to peptides, peptoids are poly N-substituted glycines, where the side chains are attached to the nitrogen rather than the alpha-carbon. Their ease of synthesis and structural diversity allows testing of basic design principles to drive de novo design and engineering of new biologically-active and nanostructured materials.
Here, a simple manual peptoid synthesis protocol is presented that allows the synthesis of long chain polypeptoids ( up to 50mers) in excellent yields. Only basic equipment, simple techniques (e.g. liquid transfer, filtration), and commercially available reagents are required, making peptoids an accessible addition to many researchers' toolkits. The peptoid backbone is grown one monomer at a time via the submonomer method which consists of a two-step monomer addition cycle: acylation and displacement. First, bromoacetic acid activated in situ with N,N'-diisopropylcarbodiimide acylates a resin-bound secondary amine. Second, nucleophilic displacement of the bromide by a primary amine follows to introduce the side chain. The two-step cycle is iterated until the desired chain length is reached. The coupling efficiency of this two-step cycle routinely exceeds 98% and enables the synthesis of peptoids as long as 50 residues. Highly tunable, precise and chemically diverse sequences are achievable with the submonomer method as hundreds of readily available primary amines can be directly incorporated.
 
Peptoids are emerging as a versatile biomimetic material for nanobioscience research because of their synthetic flexibility, robustness, and ordering at the atomic level. The folding of a single-chain, amphiphilic, information-rich polypeptoid into a highly-ordered nanosheet was recently demonstrated. This peptoid is a 36-mer that consists of only three different commercially available monomers: hydrophobic, cationic and anionic. The hydrophobic phenylethyl side chains are buried in the nanosheet core whereas the ionic amine and carboxyl side chains align on the hydrophilic faces. The peptoid nanosheets serve as a potential platform for membrane mimetics, protein mimetics, device fabrication, and sensors. Methods for peptoid synthesis, sheet formation, and microscopy imaging are described and provide a simple method to enable future peptoid nanosheet designs.

A simple and general manual peptoid synthesis method involving basic equipment and commercially available reagents is outlined, enabling peptoids to be easily synthesized in most laboratories. The synthesis, purification and characterization of an amphiphilic peptoid 36mer is described, as well as its self-assembly into highly-ordered nanosheets.

Sintesi in fase solida Submonomer dei Polimeri Peptoid e il loro self-assembly in altamente ordinato nanosheets

Peptoids are a novel class of biomimetic, non-natural, sequence-specific heteropolymers that resist proteolysis, exhibit potent biological activity, and ...

Bioingegneria

Synthesis and Characterization of 1,2-Dithiolane Modified Self-Assembling Peptides

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting self-assembled supramolecular structures. The synthetic route takes advantage of solid-phase peptide synthesis with the on-resin coupling of the dithiolane precursor molecule, 3-(acetylthio)-2-(acetylthiomethyl)propanoic acid, and the microwave-assisted thioacetate deprotection of the peptide N-terminus before final cleavage from the resin to yield the 1,2-dithiolane modified peptide. After the high-performance liquid chromatography (HPLC) purification of the 1,2-dithiolane peptide, derived from the nucleating core of the A&#946; peptide associated with Alzheimer&#39;s disease, the peptide is shown to self-assemble into cross-&#946; amyloid fibers. Protocols to characterize the amyloid fibers by Fourier-transform infrared spectroscopy (FT-IR), circular dichroism spectroscopy (CD) and transmission electron microscopy (TEM) are presented. The methods of N-terminal modification with a 1,2-dithiolane moiety to well-characterized self-assembling peptides can now be explored as model systems to develop post-assembly modification strategies and explore dynamic covalent chemistry on supramolecular peptide nanofiber surfaces.

A protocol for the synthesis of a 1,2-dithiolane modified peptide and the characterization of the supramolecular structures resulting from the peptide self-assembly.

Sintesi e caratterizzazione di 1,2-Dithiolane per volta peptidi autoassemblanti

This report focuses on the synthesis of an N-terminus 1,2-dithiolane modified self-assembling peptide and the characterization of the resulting ...

Synthesis of Information-bearing Peptoids and their Sequence-directed Dynamic Covalent Self-assembly

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded oligomeric strands mediated by paired dynamic covalent interactions in a manner mimicking the thermal cycling commonly employed for the self-assembly of complementary nucleic acid sequences. Primary amine monomers bearing aldehyde and amine pendant moieties are functionalized with orthogonal protecting groups for use as dynamic covalent reactant pairs. Using a modified automated peptide synthesizer, the primary amine monomers are encoded into oligo(peptoid) strands through solid-phase submonomer synthesis. Upon purification by high-performance liquid chromatography (HPLC) and characterization by electrospray ionization mass spectrometry (ESI-MS), sequence-specific oligomers are subjected to high-loading of a Lewis acidic rare-earth metal triflate which both deprotects the aldehyde moieties and affects the reactant pair equilibrium such that strands completely dissociate. Subsequently, a fraction of the Lewis acid is extracted, enabling annealing of complementary sequence-specific strands to form information-encoded molecular ladders characterized by matrix assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-MS). The simple procedure outlined in this report circumvents kinetic traps commonly experienced in the field of dynamic covalent assembly and serves as a platform for the future design of robust, complex architectures.

A protocol is presented for the synthesis of information-encoded peptoid oligomers and for the sequence-directed self-assembly of these peptoids into molecular ladders using amines and aldehydes as dynamic covalent reactant pairs and Lewis acidic rare-earth metal triflates as multi-role reagents.

Sintesi dei Peptoidi a informazione e del loro autoassemblaggio covalente dinamico diretto in sequenza

This protocol presents the use of Lewis acidic multi-role reagents to circumvent kinetic trapping observed during the self-assembly of information-encoded ...

<meta charset="utf8"></head><body> Idrogel peptidici: metodi per la gelificazione ecocompatibile di ECF-5

Preparation of Mechanically Stable Self-Assembled Peptides Hydrogels

Peptide hydrogels are highly hydrophilic, three-dimensional network gels formed by the self-assembly of nanofibers or polymers, creating water-locking networks. Their morphology closely resembles that of the extracellular matrix, allowing them to exhibit both the biological functions of peptides and responsive gelation properties. These unique characteristics have led to their extensive application in tissue engineering, three-dimensional cell culture, cancer therapy, regenerative medicine, and other biomedical fields. This article describes three methods for preparing ECF-5 peptide hydrogels using self-assembling peptides with environmentally responsive gelation processes: (1) pH-responsive gelation: varying pH levels induce the protonation or deprotonation of amino acid residues, altering electrostatic interactions between peptide molecules and promoting their self-assembly into hydrogels; (2) Metal ion addition: polyvalent metal ions chelate with negatively charged amino acid residues, acting as bridges between peptides to form a network hydrogel; (3) Solvent exchange: hydrophobic peptides are initially dissolved in non-polar organic solvents and subsequently induce self-assembly into hydrogels upon transitioning to a polar aqueous environment. These methods utilize conventional experimental procedures to facilitate peptide self-assembly into hydrogels. By designing peptide sequences to align with specific gelation-inducing conditions, it is possible to achieve finely tuned micro/nanostructures and biological functions, highlighting the significant potential of peptide hydrogels in the biomedical domain.

<meta charset="utf8"></head><body>Autore in primo piano: Migliorare la produzione di fibre autoassemblanti e idrogel peptidici per una biocompatibilità superiore

This protocol presents three fast and simple preparation methods that use environmental conditions to trigger the self-assembly of peptides into hydrogels. Additionally, the characterization of peptide hydrogels is described, demonstrating that mechanically stable peptide hydrogels can be formed under these straightforward conditions.

Preparazione di idrogel peptidi autoassemblati meccanicamente stabili

Peptide hydrogels are highly hydrophilic, three-dimensional network gels formed by the self-assembly of nanofibers or polymers, creating water-locking ...

Biochimica

A Tripeptide-Stabilized Nanoemulsion of Oleic Acid

We describe a method to produce a nanoemulsion composed of an oleic acids-Pt(II) core and a lysine-tyrosine-phenylalanine (KYF) coating (KYF-Pt-NE). The KYF-Pt-NE encapsulates Pt(II) at 10 wt. %, has a diameter of 107 &#177; 27 nm and a negative surface charge. The KYF-Pt-NE is stable in water and in serum, and is biologically active. The conjugation of a fluorophore to KYF allows the synthesis of a fluorescent nanoemulsion that is suitable for biological imaging. The synthesis of the nanoemulsion is performed in an aqueous environment, and the KYF-Pt-NE forms via self-assembly of a short KYF peptide and an oleic acids-platinum(II) conjugate. The self-assembly process depends on the temperature of the solution, the molar ratio of the substrates, and the flow rate of the substrate addition. Crucial steps include maintaining the optimal stirring rate during the synthesis, permitting sufficient time for self-assembly, and pre-concentrating the nanoemulsion gradually in a centrifugal concentrator.

This protocol describes an efficient method to synthesize a nanoemulsion of an oleic acids-platinum(II) conjugate stabilized with a lysine-tyrosine-phenylalanine (KYF) tripeptide. The nanoemulsion forms under mild synthetic conditions via self-assembly of the KYF and the conjugate.

Nanoemulsione Tripeptide-stabilizzato di acido oleico

We describe a method to produce a nanoemulsion composed of an oleic acids-Pt(II) core and a lysine-tyrosine-phenylalanine (KYF) coating (KYF-Pt-NE). The ...

Self-Assembly of Gamma-Modified Peptide Nucleic Acids into Complex Nanostructures in Organic Solvent Mixtures

Current strategies in DNA and RNA nanotechnology enable the self-assembly of a variety of nucleic acid nanostructures in aqueous or substantially hydrated media. In this article, we describe detailed protocols that enable the construction of nanofiber architectures in organic solvent mixtures through the self-assembly of uniquely addressable, single-stranded, gamma-modified peptide nucleic acid (&#947;PNA) tiles. Each single-stranded tile (SST) is a 12-base &#947;PNA oligomer composed of two concatenated modular domains of 6 bases each. Each domain can bind to a mutually complimentary domain present on neighboring strands using programmed complementarity to form nanofibers that can grow to microns in length. The SST motif is made of 9 total oligomers to enable the formation of 3-helix nanofibers. In contrast with analogous DNA nanostructures, which form diameter-monodisperse structures, these &#947;PNA systems form nanofibers that bundle along their widths during self-assembly in organic solvent mixtures. Self-assembly protocols described here therefore also include a conventional surfactant, Sodium Dodecyl Sulfate (SDS), to reduce bundling effects.

This article provides protocols for the design and self-assembly of nanostructures from gamma-modified peptide nucleic acid oligomers in organic solvent mixtures.

Auto-assemblaggio di acidi nucleici peptidici modificati gamma in nanostrutture complesse in miscele di solventi organici

Current strategies in DNA and RNA nanotechnology enable the self-assembly of a variety of nucleic acid nanostructures in aqueous or substantially hydrated ...

Facile protocollo per la sintesi di auto-assemblaggio basato su poliammina Peptide anfifili (PPA) e biomateriali correlate

Riepilogo

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Capitoli in questo video

Formazione di strutture biomolecolari ordinate dalla Self-assemblaggio di piccoli peptidi

Split-e-pool Sintesi e caratterizzazione di peptidi Terziario Ammide Biblioteca

Sintesi in fase solida Submonomer dei Polimeri Peptoid e il loro self-assembly in altamente ordinato nanosheets

Sintesi e caratterizzazione di 1,2-Dithiolane per volta peptidi autoassemblanti

Sintesi dei Peptoidi a informazione e del loro autoassemblaggio covalente dinamico diretto in sequenza

Preparazione di idrogel peptidi autoassemblati meccanicamente stabili

Preparazione di idrogel peptidi autoassemblati meccanicamente stabili

Preparazione di idrogel peptidi autoassemblati meccanicamente stabili

Nanoemulsione Tripeptide-stabilizzato di acido oleico

Auto-assemblaggio di acidi nucleici peptidici modificati gamma in nanostrutture complesse in miscele di solventi organici