par-clip-method-to-identify-transcriptome-wide-binding-sites-rna

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

&#x514B;&#x9686;&#x548C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x662F;&#x9009;&#x62E9;&#x7684;&#x5C0F;&#x89C4;&#x7BA1; RNA &#x9274;&#x5B9A;&#x7684;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x4E4B;&#x4E00;&#x73B0;&#x5728;&#x53EF;&#x4EE5;&#x83B7;&#x5F97;&#x591A;&#x8FBE; 10 &#x4EBF;&#x6838;&#x82F7;&#x9178; &mdash; &mdash; &#x548C;&#x6570;&#x4EE5;&#x5343;&#x4E07;&#x8BA1;&#x7684;&#x5C0F; RNAs &mdash; &mdash; &#x4ECE;&#x5355;&#x4E2A;&#x5E93;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x5E93;&#x4ED4;&#x7EC6;&#x8BA1;&#x7B97;&#x5206;&#x6790;&#x542F;&#x7528; Mirna&#x3001; rasiRNAs&#x3001; piRNAs &#x548C; 21U RNAs &#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x9274;&#x4E8E;&#x5927;&#x91CF;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4ECE;&#x6BCF;&#x4E2A;&#x4E2A;&#x4F53;&#x7684;&#x6837;&#x672C;&#xFF0C;&#x6DF1;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x53EF;&#x80FD;&#x5F88;&#x5FEB;&#x6210;&#x4E3A; mRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x5BE1;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x57FA;&#x56E0;&#x82AF;&#x7247;&#x6280;&#x672F;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3002;&#x5728;&#x672C;&#x62A5;&#x544A;&#x4E2D;&#x6211;&#x4EEC;&#x73B0;&#x6709;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86;&#x8BE0;&#x91CA;&#x548C;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x5C0F; RNAs &#x901A;&#x8FC7;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x83B7;&#x5F97;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x63AA;&#x65BD;&#x5305;&#x62EC;&#x6CE8;&#x91CA;&#x7684;&#x5C0F; RNA &#x5E93;&#x548C;&#x6837;&#x672C;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5C0F; RNA &#x8868;&#x8FBE;&#x8D1D;&#x53F6;&#x65AF;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5BFB;&#x627E;&#x5C0F; RNAs &#x5728;&#x5E8F;&#x5217;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x3001; web &#x8BBF;&#x95EE;&#x8F6F;&#x4EF6;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x8FD1;&#x4E4E;&#x5B8C;&#x7F8E;&#x5339;&#x914D;&#x7684;&#x5FEB;&#x901F;&#x7B97;&#x6CD5;&#x3002;

&#x5C0F; RNA &#x514B;&#x9686;&#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x8BA1;&#x7B97;&#x5206;&#x6790;&#x3002;

Cloning and sequencing is the method of choice for small regulatory RNA identification. Using deep sequencing technologies one can now obtain up to a billion nucleotides--and tens of millions of small RNAs--from a single library. Careful computational analyses of such libraries enabled the discovery of miRNAs, rasiRNAs, piRNAs, and 21U RNAs. Given the large number of sequences that can be obtained from each individual sample, deep sequencing may soon become an alternative to oligonucleotide microarray technology for mRNA expression profiling. In this report we present the methods that we developed for the annotation and expression profiling of small RNAs obtained through large-scale sequencing. These include a fast algorithm for finding nearly perfect matches of small RNAs in sequence databases, a web-accessible software system for the annotation of small RNA libraries, and a Bayesian method for comparing small RNA expression across samples.

Computational analysis of small RNA cloning data.

Clonage et s&eacute;quen&ccedil;age est la m&eacute;thode de choix pour l&#39;identification des RNA r&eacute;glementaire du petite. &Agrave; l&#39;aide de technologies de s&eacute;quen&ccedil;age en profondeur, on peut maintenant obtenir jusqu&#39;&agrave; 1 milliard de nucl&eacute;otides--et des dizaines de millions de petits ARN--aupr&egrave;s d&#39;une biblioth&egrave;que unique. Des analyses informatiques soigneuses de telles biblioth&egrave;ques a permis la d&eacute;couverte de miARN, rasiRNAs, piRNAs et 21U RNAs. &Eacute;tant donn&eacute; le grand nombre de s&eacute;quences qui peuvent &ecirc;tre obtenus aupr&egrave;s de chaque &eacute;chantillon individuel, le s&eacute;quen&ccedil;age en profondeur pourrait bient&ocirc;t devenir une alternative &agrave; la technologie des micror&eacute;seaux oligonucl&eacute;otide pour le profil d&#39;expression des ARNm. Dans ce rapport, nous pr&eacute;sentons les m&eacute;thodes que nous avons mis au point pour l&#39;annotation et le profilage de l&#39;expression de petits ARN obtenue par le biais de s&eacute;quen&ccedil;age &agrave; grande &eacute;chelle. Il s&#39;agit d&#39;un algorithme rapide pour trouver des matchs presque parfaits de petits ARN dans les bases de donn&eacute;es de s&eacute;quence, un syst&egrave;me de logiciels accessibles sur le web pour l&#39;annotation des petites biblioth&egrave;ques de RNA et m&eacute;thode bay&eacute;sienne pour comparer la petite expression de RNA dans les trois &eacute;chantillons.

Analyse computationnelle de petits ARN clonage donn&eacute;es.

Klonen und Sequenzierung ist die Methode der Wahl f&uuml;r kleine regulatorische RNA-Identifizierung. Verwendung der tiefen Technologien, die man jetzt bis zu 1 Milliarde Nukleotide-- und zig Millionen kleine RNAs--aus einer einzelnen Bibliothek erhalten kann. Sorgf&auml;ltige computational Analysen von solcher Bibliotheken aktiviert die Entdeckung von MiRNAs, RasiRNAs, PiRNAs und 21U RNAs. Angesichts der gro&szlig;en Anzahl von Sequenzen, die jede einzelne Probe gewonnen werden k&ouml;nnen, kann Tiefe Sequenzierung bald eine Alternative zur Oligonukleotid-Microarray-Technologie f&uuml;r mRNA Expression profiling werden. In diesem Bericht stellen wir die Methoden, die wir entwickelt f&uuml;r die Anmerkung und Expression profiling der kleine RNAs durch gro&szlig; angelegte Sequenzierung gewonnen. Dazu geh&ouml;ren einen schnellen Algorithmus zur Bestimmung fast perfekte Treffer der kleine RNAs in Sequenzdatenbanken, ein Web zug&auml;nglich Softwaresystem f&uuml;r die Anmerkung von kleinen RNA-Bibliotheken und eine Bayes-Methode f&uuml;r kleine RNA-Ausdruck mehreren Stichproben verglichen.

Computational Analyse von kleinen RNA Klonen Daten.

Clonazione e sequenziamento &egrave; il metodo di scelta per l&#39;identificazione di RNA regolatori piccolo. Utilizzando tecnologie di sequenziamento profondo uno ora pu&ograve; ottenere fino a 1 miliardo nucleotidi - e decine di milioni di piccoli RNAs - da una singola libreria. Un&#39;attenta analisi computazionale di tali librerie abilitato alla scoperta di miRNAs, rasiRNAs, piRNAs e 21U RNAs. Dato il gran numero di sequenze che possono essere ottenuti da ogni singolo campione, deep sequencing potrebbe presto diventare un&#39;alternativa alla tecnologia di microarray di oligonucleotidi per il delineamento di espressione di mRNA. In questa relazione vi presentiamo i metodi che abbiamo sviluppato per il delineamento di espressione del piccolo RNAs ottenuti attraverso il sequenziamento su larga scala e di annotazione. Questi includono un algoritmo veloce per trovare partite quasi perfette del piccolo RNAs in banche dati di sequenza, un sistema software web-accessibile per l&#39;annotazione delle piccole librerie di RNA e un metodo bayesiano per confrontare piccola espressione di RNA tra campioni.

Analisi computazionale di piccolo RNA clonazione dati.

&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x5C0F;&#x578B;&#x898F;&#x5236; RNA &#x8B58;&#x5225;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9078;&#x629E;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4ECA;&#x6700;&#x5927; 10 &#x5104;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;--&#x3068;&#x5343;&#x4E07;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; Rna--&#x3092;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x304B;&#x3089;&#x5165;&#x624B;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6280;&#x8853;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x304F;&#x3060;&#x3055;&#x3044;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3067;&#x8A08;&#x7B97;&#x5206;&#x6790;&#x306F; Mirna&#x3001;rasiRNAs&#x3001;piRNAs&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073; 21U Rna &#x306E;&#x63A2;&#x7D22;&#x3092;&#x6709;&#x52B9;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C;&#x72EC;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x304B;&#x3089;&#x5F97;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x6570;&#x3092;&#x8003;&#x3048;&#x308B;&#x3068;&#x3001;&#x30C7;&#x30A3;&#x30FC;&#x30D7; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306F;&#x3001;&#x3059;&#x3050;&#x306B; mRNA &#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x30AA;&#x30EA;&#x30B4;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9; &#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; &#x30A2;&#x30EC;&#x30A4;&#x306E;&#x6280;&#x8853;&#x306B;&#x4EE3;&#x308F;&#x308B;&#x306B;&#x306A;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x672C;&#x5831;&#x544A;&#x3067;&#x306F;&#x6211;&#x3005; &#x304C;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x305F;&#x30E1;&#x30BD;&#x30C3;&#x30C9; &#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x5F97;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044; RNAs &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306F;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; RNA &#x30E9;&#x30A4;&#x30D6;&#x30E9;&#x30EA;&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B5;&#x30F3;&#x30D7;&#x30EB;&#x3092;&#x6E21;&#x308B;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; RNA &#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x3092;&#x6BD4;&#x8F03;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30D9;&#x30A4;&#x30BA;&#x65B9;&#x6CD5;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; Rna &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x3001;web &#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30BD;&#x30D5;&#x30C8;&#x30A6;&#x30A7;&#x30A2; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3092;&#x307B;&#x307C;&#x5B8C;&#x74A7;&#x306B;&#x30DE;&#x30C3;&#x30C1;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x9AD8;&#x901F;&#x30A2;&#x30EB;&#x30B4;&#x30EA;&#x30BA;&#x30E0;&#x304C;&#x542B;&#x307E;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x30AF;&#x30ED;&#x30FC;&#x30F3;&#x4F5C;&#x6210;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; RNA &#x306E;&#x8A08;&#x7B97;&#x89E3;&#x6790;&#x3002;

&#xBCF5;&#xC81C; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC791;&#xC740; &#xADDC;&#xC81C; RNA &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC120;&#xD0DD;&#xC758; &#xBC29;&#xBC95;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220; &#xD558;&#xB098; &#xC9C0;&#xAE08; 10 &#xC5B5; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC;-&#xC640;-&#xB2E8;&#xC77C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC791;&#xC740; Rnas&#xC758; &#xC218;&#xBC31;&#xB9CC;&#xC758; &#xC218;&#xB9CC; &#xC5BB;&#xC744; &#xC218;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC;&#xC758; &#xC8FC;&#xC758; &#xC804;&#xC0B0; &#xBD84;&#xC11D; miRNAs, rasiRNAs, piRNAs, &#xBC0F; 21U Rnas&#xC758; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAC01; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC5BB;&#xC744; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xB9CE;&#xC740; &#xC218;&#xB97C; &#xAC10;&#xC548;&#xD560; &#xB54C;, &#xB525; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xACE7; oligonucleotide microarray &#xAE30;&#xC220;&#xC744; mRNA &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xB300;&#xC548;&#xC774; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xC8FC;&#xC11D; &#xBC0F; &#xC2DD; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC5BB;&#xC740; &#xC791;&#xC740; Rnas&#xC758; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xBC29;&#xBC95; &#xC18C;&#xAC1C;. &#xC791;&#xC740; RNA &#xB77C;&#xC774;&#xBE0C;&#xB7EC;&#xB9AC; &#xBC0F; &#xC0D8;&#xD50C;&#xC5D0; &#xAC78;&#xCCD0; &#xC791;&#xC740; RNA &#xC2DD; &#xBE44;&#xAD50;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCA0;&#xC774;&#xC9C0;&#xC548; &#xBC29;&#xBC95;&#xC758; &#xC8FC;&#xC11D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC791;&#xC740; RNAs, &#xC6F9;&#xC744; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC18C;&#xD504;&#xD2B8;&#xC6E8;&#xC5B4; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xAC70;&#xC758; &#xC644;&#xBCBD; &#xD55C; &#xC77C;&#xCE58;&#xB97C; &#xCC3E;&#xB294; &#xBE60;&#xB978; &#xC54C;&#xACE0;&#xB9AC;&#xC998; &#xD3EC;&#xD568; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xC791;&#xC740; RNA &#xBCF5;&#xC81C; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xACC4;&#xC0B0; &#xBD84;&#xC11D;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Clonaci&oacute;n y secuenciaci&oacute;n es el m&eacute;todo de elecci&oacute;n para la identificaci&oacute;n normativa peque&ntilde;a del RNA. Utilizando tecnolog&iacute;as de secuenciaci&oacute;n profundo ahora se puede obtener hasta 1 bill&oacute;n de nucle&oacute;tidos--y decenas de millones de peque&ntilde;os RNAs--de una sola biblioteca. Cuidadosos An&aacute;lisis computacionales de esas bibliotecas permitieron el descubrimiento de miRNAs, rasiRNAs, piRNAs y RNAs 21U. Dado el gran n&uacute;mero de secuencias que pueden ser obtenidos de cada muestra individual, secuenciaci&oacute;n profundo pronto puede ser una alternativa a la tecnolog&iacute;a de microarrays de oligonucle&oacute;tidos para perfiles de expresi&oacute;n de mRNA. En este informe presentamos los m&eacute;todos que hemos desarrollado para la anotaci&oacute;n y el perfil de expresi&oacute;n de RNAs peque&ntilde;os obtenidos a trav&eacute;s de la secuenciaci&oacute;n a gran escala. Se trata de un algoritmo r&aacute;pido para encontrar coincidencias casi perfectas de RNAs peque&ntilde;os en bases de datos de secuencia, un sistema de software accesible desde la web para la anotaci&oacute;n de peque&ntilde;as bibliotecas de RNA y un m&eacute;todo bayesiano para comparar peque&ntilde;a expresi&oacute;n de RNA a trav&eacute;s de las muestras.

An&aacute;lisis computacional de ARN peque&ntilde;o clonaci&oacute;n de datos.

&#x635F;&#x5931; (&#x7C73;&#x5C14;) microRNA &#x901A;&#x8DEF;&#x7684;&#x5143;&#x4EF6;&#x4EA7;&#x751F;&#x6D88;&#x6781;&#x5F71;&#x54CD; (ES) &#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x5206;&#x5316;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5176;&#x5185;&#x5728;&#x7684;&#x5206;&#x5B50;&#x673A;&#x5236;&#x4ECD;&#x4E0D;&#x660E;&#x786E;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7279;&#x70B9;&#x662F;&#x7F3A;&#x4E4F;&#x5207;&#x5757;&#x673A; (Dicer1) &#x7684;&#x5C0F;&#x9F20;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;&#x5207;&#x5757;&#x673A;/&#x7EC6;&#x80DE;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x6307;&#x793A; ES &#x7279;&#x6709;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 290 &#x7FA4;&#x96C6;&#x4E2D;&#x672A;&#x5206;&#x5316;&#x7684;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5177;&#x6709;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x76D1;&#x7BA1;&#x804C;&#x80FD;&#x3002;&#x59CB;&#x7EC8;&#x5982;&#x4E00;&#xFF0C;&#x8BB8;&#x591A;&#x5207;&#x5757;&#x673A;&#x7F3A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x7F3A;&#x9677;&#x53EF;&#x4EE5;&#x901A;&#x8FC7;&#x8F6C;&#x67D3;&#x4E0E;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 290 &#x5BB6;&#x5EAD; Mirna &#x9006;&#x8F6C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8BC1;&#x660E;&#x5728;&#x9274;&#x522B;&#x5207;&#x5757;&#x673A;/&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D; Oct4 &#xFF08;&#x4E5F;&#x79F0;&#x4E3A; Pou5f1&#xFF09; &#x6C89;&#x9ED8;&#x966A;&#x540C;&#x79EF;&#x7D2F;&#x7684;&#x538B;&#x5236;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x6807;&#x8BB0;&#x4F46;&#x5C1A;&#x672A;&#x5F97;&#x5230; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#xFF0C;&#x53EF;&#x9632;&#x6B62;&#x5BF9;&#x7A33;&#x5B9A;&#x7684; Oct4 &#x9547;&#x538B;&#x3002;&#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x7F3A;&#x9677;&#x6709;&#x5173;&#x8054;&#x7684; de novo DNA &#x7532;&#x57FA;&#x8F6C;&#x79FB;&#x9176; (Dnmts) &#x4E0B;&#x8C03;&#x3002;&#x4E0B;&#x8C03;&#x662F;&#x7531; Rbl2 &#x548C;&#x53EF;&#x80FD;&#x5176;&#x4ED6;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684; repressors&#xFF0C;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x76F4;&#x63A5;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 290 &#x7FA4;&#x96C6; Mirna &#x4ECB;&#x5BFC;&#x7684;&#x3002;&#x6709;&#x7F3A;&#x9677;&#x7684; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5C31;&#x53EF;&#x4EE5;&#x6551;&#x51FA;&#x7531; de novo Dnmts &#x7684;&#x5F02;&#x4F4D;&#x8868;&#x8FBE;&#x6216;&#x7531;&#x548C;&#x5E73;&#x53F7;&#x7A7A;&#x95F4;&#x7AD9; 290 &#x7FA4;&#x96C6; Mirna &#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x67D3;&#xFF0C;&#x6307;&#x793A;&#x8BE5; de novo DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x5728;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7531; Mirna &#x63A7;&#x5236;&#x3002;

Microrna &#x63A7;&#x5236;&#x901A;&#x8FC7;&#x8C03;&#x63A7;&#x5C0F;&#x9F20;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55; repressors de novo DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x3002;

Loss of microRNA (miRNA) pathway components negatively affects differentiation of embryonic stem (ES) cells, but the underlying molecular mechanisms remain poorly defined. Here we characterize changes in mouse ES cells lacking Dicer (Dicer1). Transcriptome analysis of Dicer-/- cells indicates that the ES-specific miR-290 cluster has an important regulatory function in undifferentiated ES cells. Consistently, many of the defects in Dicer-deficient cells can be reversed by transfection with miR-290 family miRNAs. We demonstrate that Oct4 (also known as Pou5f1) silencing in differentiating Dicer-/- ES cells is accompanied by accumulation of repressive histone marks but not by DNA methylation, which prevents the stable repression of Oct4. The methylation defect correlates with downregulation of de novo DNA methyltransferases (Dnmts). The downregulation is mediated by Rbl2 and possibly other transcriptional repressors, potential direct targets of miR-290 cluster miRNAs. The defective DNA methylation can be rescued by ectopic expression of de novo Dnmts or by transfection of the miR-290 cluster miRNAs, indicating that de novo DNA methylation in ES cells is controlled by miRNAs.

MicroRNAs control de novo DNA methylation through regulation of transcriptional repressors in mouse embryonic stem cells.

Perte d&#39;&eacute;l&eacute;ments de voie de microARN (miARN) affecte n&eacute;gativement la diff&eacute;renciation des cellules souches embryonnaires (ES), mais les m&eacute;canismes mol&eacute;culaires sous-jacents restent mal d&eacute;finis. Ici, nous caract&eacute;risons les changements dans les cellules ES de souris manquant de Dicer (Dicer1). Analyse du transcriptome de Dicer-/-cellules indique que cluster sp&eacute;cifique ES miR-290 a une fonction de r&eacute;glementation importante dans les cellules ES indiff&eacute;renci&eacute;es. Toujours, beaucoup des d&eacute;fauts dans les cellules d&eacute;ficientes en Dicer peuvent &ecirc;tre renvers&eacute;es par transfection avec les famille miARN miR-290. Nous d&eacute;montrons que Oct4 (&eacute;galement connu comme Pou5f1) silencieux pour diff&eacute;rencier les cellules Dicer-/-ES s&#39;accompagne par accumulation de marques d&#39;histone r&eacute;pressif mais non par m&eacute;thylation de l&#39;ADN, qui emp&ecirc;che la r&eacute;pression stable de Oct4. L&#39;anomalie de la m&eacute;thylation est corr&eacute;l&eacute;e avec downregulation de novo ADN m&eacute;thyltransf&eacute;rases (Dnmts). La diminution de l&#39;expression est m&eacute;di&eacute;e par Rbl2 et probablement d&#39;autres r&eacute;presseurs transcriptionnels, potentiels cibles directes des miARN miR-290 cluster. La m&eacute;thylation de l&#39;ADN d&eacute;fectueuse peut &ecirc;tre sauv&eacute;e par l&#39;expression ectopique de novo de Dnmts ou par transfection des miARN miR-290 cluster, indiquant que de novo la m&eacute;thylation de l&#39;ADN dans les cellules ES est contr&ocirc;l&eacute;e par les miARN.

MicroARN contr&ocirc;lent la m&eacute;thylation de l&#39;ADN de novo par le biais de r&eacute;glementation des r&eacute;presseurs transcriptionnels dans les cellules souches embryonnaires de souris.

Verlust von MicroRNA (MiRNA) Stoffwechselweg Komponenten wirkt sich negativ auf Differenzierung von embryonalen Stammzellen (ES), aber die zugrunde liegenden molekularen Mechanismen bleiben unzureichend definierte. Hier pr&auml;gen wir &Auml;nderungen in Maus-ES-Zellen fehlt Dicer (Dicer1). Transkriptom-Analyse von Dicer-/-Zellen ergeben, dass ES spezifische MiR-290 Cluster eine wichtige regulatorische Funktion in undifferenzierten ES-Zellen. Konsequent, k&ouml;nnen viele der M&auml;ngel in den Dicer-defizienten Zellen durch Transfektion mit MiR-290 Familie MiRNAs r&uuml;ckg&auml;ngig gemacht werden. Wir zeigen, dass Oct4 (auch bekannt als Pou5f1) zum Schweigen in Differenzierung Dicer-/-ES-Zellen durch Anh&auml;ufung von repressiven Histon-Marken, aber nicht durch DNA-Methylierung, die verhindert, die stabile Unterdr&uuml;ckung der Oct4 dass begleitet wird. Der Methylierung-Mangel korreliert mit Heraufregulation von de-Novo-DNA-Methyltransferasen (Dnmts). Das Medikament ist durch Rbl2 und m&ouml;glicherweise andere transkriptionelle Repressoren, m&ouml;gliche direkte Ziele von MiR-290-Cluster MiRNAs vermittelt. Die fehlerhafte DNA-Methylierung kann gerettet werden von ektopische Expression von de Novo Dnmts oder Transfektion von MiR-290-Cluster-MiRNAs, angibt, dass de-Novo-DNA-Methylierung in ES-Zellen von MiRNAs gesteuert wird.

MicroRNAs Steuern de-Novo-DNA-Methylierung durch Regulierung der transkriptionelle Repressoren in M&auml;useder embryonalen Stammzellen.

Perdita dei microRNA (miRNA) percorso componenti lede la differenziazione delle cellule staminali embrionali (ES), ma i meccanismi molecolari sottostanti rimangono mal definiti. Qui ci caratterizzano le modifiche nelle cellule ES mouse difettare Dicer (Dicer1). Transcriptome analisi di Dicer/celle indicano che il cluster miR-290 ES specifici ha un&#39;importante funzione di regolamentazione in cellule ES indifferenziate. Coerentemente, molti dei difetti nelle cellule carenti cubettatrice pu&ograve; essere invertiti di transfezione con famiglia miRNAs miR-290. Dimostriamo che Oct4 (noto anche come Pou5f1) silenziamento nel differenziare cellule Dicer-/-ES &egrave; accompagnato dall&#39;accumulo dei contrassegni dell&#39;istone repressivo ma non di metilazione del DNA, che evita la repressione stabile di Oct4. Il difetto di metilazione correla con downregulation del de novo del DNA methyltransferases (Dnmts). La downregulation &egrave; mediata da Rbl2 e possibilmente altri repressori trascrizionali, potenziali bersagli diretti del cluster miR-290 miRNAs. La metilazione del DNA difettosa pu&ograve; essere salvata dall&#39;espressione ectopica di de novo Dnmts o di transfezione di miRNAs del cluster miR-290, indicando che de novo la metilazione del DNA nelle cellule ES &egrave; controllata da miRNAs.

MicroRNA controllo de novo metilazione del DNA attraverso la regolazione di transcriptional repressori in cellule staminali embrionali di topo.

&#x640D;&#x5931;&#x306E;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#xFF08;miRNA&#xFF09; &#x7D4C;&#x8DEF;&#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x60AA;&#x5F71;&#x97FF;&#x306E;&#x840C;&#x82BD;&#x671F;&#x306E;&#x830E; (ES) &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5206;&#x5316;&#x304C;&#x5206;&#x5B50;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x304C;&#x4E0D;&#x5341;&#x5206;&#x306A;&#x307E;&#x307E;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x30C0;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC; (Dicer1) &#x6B20;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9; ES &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30C0;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC;/&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790; ES &#x56FA;&#x6709;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 290 &#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x304C;&#x672A;&#x5206;&#x5316; ES &#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E00;&#x8CAB;&#x3057;&#x3066;&#x3001;&#x30C0;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC;&#x6B20;&#x640D;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x6B20;&#x9665;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306F;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 290 &#x5BB6;&#x65CF; miRNAs &#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x9006;&#x306B;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F; &#xFF08;&#x3082; Pou5f1 &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#xFF09; Oct4 &#x30C0;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC;/ES &#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5206;&#x5316;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x6291;&#x5727;&#x7684;&#x306A;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; &#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x84C4;&#x7A4D;&#x304C; Oct4 &#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x5F3E;&#x5727;&#x3092;&#x9632;&#x6B62;&#x3057;&#x306A;&#x3044; DNA &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x3001;&#x6DFB;&#x4ED8;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x6B20;&#x9665; de novo DNA &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x9175;&#x7D20; (&#x7A2E;) &#x306E;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3068;&#x76F8;&#x95A2;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30C0;&#x30A6;&#x30F3;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; Rbl2&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x4ED6;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x30EA;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30B5;&#x30FC;&#x306F;&#x3001;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB;-290 &#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC; miRNAs &#x306E;&#x6F5C;&#x5728;&#x7684;&#x306A;&#x76F4;&#x63A5;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5A92;&#x4ECB;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6B20;&#x9665;&#x306E; DNA &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3092;&#x6551;&#x51FA;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x305D;&#x306E; de novo &#x306E; DNA &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316; ES &#x7D30;&#x80DE;&#x3092;&#x793A;&#x3059; de novo &#x7A2E;&#x306E;&#x7570;&#x6240;&#x6027;&#x767A;&#x73FE;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x30DF;&#x30FC;&#x30EB; 290 &#x30AF;&#x30E9;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC; miRNAs &#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30D5;&#x30A7;&#x30AF;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x3001;Mirna &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5236;&#x5FA1;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x306F; de novo DNA &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x30EA;&#x30D7;&#x30EC;&#x30C3;&#x30B5;&#x30FC;&#x306E;&#x898F;&#x5236;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x5236;&#x5FA1;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

MicroRNA (&#xBBF8;&#xB974;) &#xACBD;&#xB85C; &#xAD6C;&#xC131; &#xC694;&#xC18C;&#xAC00; &#xC190;&#xC2E4; &#xBD80;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; (ES&#xC758;) &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xBD84;&#xD654;&#xC5D0; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xB0B4;&#xBD80; &#xBD84;&#xC790; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xB0A8;&#xC544; &#xAC00;&#xB09C; &#xD558; &#xAC8C; &#xC815;&#xC758; &#xB41C;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Dicer (Dicer1) &#xBD80;&#xC871; &#xD55C; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; ES &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xBCC0;&#xD654;&#xB97C; &#xD2B9;&#xC9D5;. Dicer/&#xC140; Transcriptome &#xBD84;&#xC11D; ES &#xD2B9;&#xC815; &#xBBF8;&#xB974;-290 &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; undifferentiated ES &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xADDC;&#xC81C; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744;&#xAC00;&#xC9C0;&#xACE0; &#xC788;&#xC74C;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC77C;&#xAD00; &#xB418; &#xAC8C;, Dicer &#xBD88;&#xCDA9;&#xBD84; &#xD55C; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xACB0;&#xC810;&#xC758; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84; &#xBBF8;&#xB974;-290 &#xAC00;&#xC871; Mirnas&#xC640; transfection&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xB418;&#xB3CC;&#xB9B4; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Oct4 &#xC548;&#xC815;&#xC801;&#xC778; &#xC5B5;&#xC555;&#xC744; &#xBC29;&#xC9C0; &#xD558;&#xB294; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; &#xC5B5;&#xC555; &#xC801;&#xC778; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBD80;&#xD638;&#xC758; &#xCD95;&#xC801;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; Dicer/ES &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; Oct4 (Pou5f1 &#xB77C;&#xACE0;&#xB3C4; &#xD568;) &#xC785;&#xC744; &#xB3D9;&#xBC18;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; &#xACB0;&#xD568;&#xC5D0; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; DNA methyltransferases (Dnmts)&#xC758; downregulation&#xC640; &#xC5F0;&#xAD00; &#xC2DC;&#xD0B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Downregulation &#xC911;&#xC7AC; Rbl2 &#xADF8;&#xB9AC;&#xACE0; &#xB2E4;&#xB978; transcriptional repressors, &#xBBF8;&#xB974;-290 &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; Mirnas&#xC758; &#xC7A0;&#xC7AC;&#xC801;&#xC778; &#xC9C1;&#xC811; &#xBAA9;&#xD45C;&#xB97C; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACB0;&#xD568;&#xC774; &#xC788;&#xB294; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654;&#xB97C; &#xAD6C;&#xCD9C; &#xC218; &#xB178; &#xBCF4; &#xB4DC; Dnmts&#xC758; &#xC18C;&#xC131; &#xC2DD; &#xD558;&#xAC70;&#xB098; &#xBBF8;&#xB974;-290 &#xD074;&#xB7EC;&#xC2A4;&#xD130; Mirnas&#xC758; transfection, ES &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xADF8; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; DNA &#xBA54; &#xD2F8;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; Mirnas&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC81C;&#xC5B4; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MicroRNAs &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654; transcriptional repressors &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xC158;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC81C;&#xC5B4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

P&eacute;rdida de microARN (miARN) v&iacute;a componentes afecta negativamente la diferenciaci&oacute;n de c&eacute;lulas madre embrionarias (ES), pero los mecanismos moleculares subyacentes siguen mal definidos. Aqu&iacute; se caracterizan los cambios en las c&eacute;lulas madre embrionarias falta Dicer (Dicer1). An&aacute;lisis de transcriptoma de Dicer-/-c&eacute;lulas indica que el c&uacute;mulo de miR-290 ES espec&iacute;fico tiene una importante funci&oacute;n reguladora en c&eacute;lulas madre embrionarias no diferenciadas. Constantemente, muchos de los defectos en las c&eacute;lulas deficientes Dicer pueden revertirse por la transfecci&oacute;n con miRNAs familia miR-290. Demostramos que Oct4 (tambi&eacute;n conocido como Pou5f1) silenciamiento en diferenciar las c&eacute;lulas Dicer-/-ES es acompa&ntilde;ado por acumulaci&oacute;n de histona represivo marcas pero no por la metilaci&oacute;n del ADN, lo que impide la represi&oacute;n estable de Oct4. El defecto de metilaci&oacute;n se correlaciona con la regulaci&oacute;n a la baja de novo DNA metiltransferasas (Dnmts). La regulaci&oacute;n a la baja est&aacute; mediada por Rbl2 y posiblemente otros represores transcripcionales, objetivos potenciales directos de miRNAs racimo de miR-290. La metilaci&oacute;n de ADN defectuosa puede ser rescatada por la expresi&oacute;n ect&oacute;pica de novo Dnmts o por la transfecci&oacute;n de la miR-290 racimo miRNAs, indicando que de novo metilaci&oacute;n del ADN en c&eacute;lulas madre embrionarias es controlado por miRNAs.

Los microRNA controlan de novo metilaci&oacute;n del ADN a trav&eacute;s de la regulaci&oacute;n de represores transcripcionales en c&eacute;lulas madre embrionarias de rat&oacute;n.

&#x5C0F;&#x5206;&#x5B50; rna &#x662F;&#x5C0F;&#x89C4;&#x7BA1; RNAs &#x8BB8;&#x591A;&#x751F;&#x7269;&#x529F;&#x80FD;&#x4E0E;&#x75BE;&#x75C5;&#x5173;&#x8054;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5C55;&#x793A;&#x4E2D;&#x7684;&#x5927;&#x91CF; microRNA &#x4E22;&#x5931;&#x9F20;&#x6807;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x5207;&#x7247;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x9632;&#x6B62;&#x4E0D;&#x53EF;&#x9006;&#x8F6C;&#x5730;&#x53EA;&#x8EAB;&#x5728;&#x5176; 5&#39; &#x78F7;&#x9178; microRNA &#x7684; 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide &#x56FA;&#x5B9A;&#x4F7F;&#x7528;&#x5E38;&#x89C4;&#x7532;&#x919B;&#x56FA;&#x5B9A;&#x7ED3;&#x679C;&#x7684;&#x539F;&#x4F4D;&#x6742;&#x4EA4; (ISH)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7531;&#x5F55;&#x5236;&#x6838;&#x9178;&#x671F;&#x95F4; ISH &#x7194;&#x5316;&#x6E29;&#x5EA6; 130 &#x9501;&#x7684;&#x6838;&#x9178;&#x63A2;&#x9488;&#x6742;&#x4EA4;&#x4F18;&#x5316;&#x53C2;&#x6570;&#x3002;

&#x7C73;&#x5C14;&#x539F;&#x4F4D;&#x6742;&#x4EA4;&#x6280;&#x672F;&#x5728;&#x7532;&#x919B;&#x548C; EDC &#x56FA;&#x5B9A;&#x7684;&#x7EC4;&#x7EC7;&#x3002;

MicroRNAs are small regulatory RNAs with many biological functions and disease associations. We showed that in situ hybridization (ISH) using conventional formaldehyde fixation results in substantial microRNA loss from mouse tissue sections, which can be prevented by fixation with 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide that irreversibly immobilizes the microRNA at its 5' phosphate. We determined optimal hybridization parameters for 130 locked nucleic acid probes by recording nucleic acid melting temperature during ISH.

miRNA in situ hybridization in formaldehyde and EDC-fixed tissues.

Les microARN sont de petits ARN r&#xE9;gulateurs avec de nombreuses fonctions biologiques et les associations de maladies. Nous avons montr&#xE9; que l&#x26;#39;hybridation in situ (ISH) en utilisant des r&#xE9;sultats classiques de fixation de formald&#xE9;hyde dans la perte substantielle de microARN coupes de tissus de souris, qui peuvent &#xEA;tre &#xE9;vit&#xE9;es par la fixation par le carbodiimide 1-&#xE9;thyl-3-(3-dim&#xE9;thylaminopropyl) qui immobilise de fa&#xE7;on irr&#xE9;versible le microARN lors de sa 5 &#x26;#39;phosphate. Nous avons d&#xE9;termin&#xE9; les param&#xE8;tres d&#x26;#39;hybridation optimales pour 130 enclav&#xE9;s sondes d&#x26;#39;acide nucl&#xE9;ique en enregistrant nucl&#xE9;ique temp&#xE9;rature de fusion d&#x26;#39;acide pendant ISH.

MiARN hybridation in situ dans le formald&#xE9;hyde et le SEE des tissus fix&#xE9;s

MicroRNAs sind kleine regulatorische RNAs mit vielen biologischen Funktionen und Krankheit Verb&auml;nde. Wir haben gezeigt, dass in situ-Hybridisierung (ISH) mit konventionellen Formaldehyd Fixierung Ergebnisse im wesentlichen MicroRNA Ergebnis aus Maus Gewebe Abschnitte, in denen durch Fixierung mit 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) Carbodiimid verhindert werden k&ouml;nnen, die irreversibel der MicroRNA an die 5&#39;-Phosphat l&auml;hmt. Wir bestimmt optimale Hybridisierung Parameter f&uuml;r 130 verschlossene Nukleins&auml;ure-Sonden durch Aufnahme-Nukleins&auml;ure, die Schmelztemperatur bei ISH.

MiRNA in Situ Hybridisierung mit Formaldehyd und EDC-festen Geweben.

MicroRNA &egrave; piccolo RNAs normativo con molte funzioni biologiche e le associazioni di malattia. Abbiamo mostrato che l&#39;ibridazione in situ (ISH) utilizzando formaldeide convenzionale fissazione risultati in perdita di microRNA sostanziale da sezioni di tessuto del mouse, che pu&ograve; essere prevenuta con fissazione con 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide che immobilizza irreversibilmente i microRNA al suo 5&#39; fosfato. Abbiamo determinato i parametri ottimali di ibridazione per 130 sonde di acido nucleico locked da acido nucleico registrazione temperatura di fusione durante ISH.

miRNA l&#39;ibridazione in situ in formaldeide e tessuti EDC-fisso.

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x306F;&#x3001;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x7684;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3068;&#x75BE;&#x60A3;&#x306E;&#x95A2;&#x9023;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x4F4E;&#x5206;&#x5B50;&#x5236;&#x5FA1;RNA&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;in situ&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#xFF08;ISH&#xFF09;&#x306F;&#x3001;5&#x3067;&#x4E0D;&#x53EF;&#x9006;&#x7684;&#x306B;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3092;&#x56FA;&#x5B9A;&#x5316;1  - &#x30A8;&#x30C1;&#x30EB;-3  - &#xFF08;3  - &#x30B8;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D4;&#x30EB;&#xFF09;&#x30AB;&#x30EB;&#x30DC;&#x30B8;&#x30A4;&#x30DF;&#x30C9;&#x3067;&#x56FA;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x9632;&#x3050;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x7D44;&#x7E54;&#x5207;&#x7247;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5B9F;&#x8CEA;&#x7684;&#x306A;microRNA&#x306E;&#x640D;&#x5931;&#x304C;&#x3001;&#x5F93;&#x6765;&#x306E;&#x30DB;&#x30EB;&#x30E0;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C7;&#x30D2;&#x30C9;&#x56FA;&#x5B9A;&#x306E;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x26;#39;&#x30EA;&#x30F3;&#x9178;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;ISH&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x6838;&#x9178;&#x306E;&#x878D;&#x89E3;&#x6E29;&#x5EA6;&#x3092;&#x8A18;&#x9332;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;130&#x30ED;&#x30C3;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x6838;&#x9178;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D6;&#x306E;&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x6700;&#x9069;&#x306A;&#x30D1;&#x30E9;&#x30E1;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30DB;&#x30EB;&#x30E0;&#x30A2;&#x30EB;&#x30C7;&#x30D2;&#x30C9;&#x3068;EDC&#x56FA;&#x5B9A;&#x7D44;&#x7E54;in situ&#x30CF;&#x30A4;&#x30D6;&#x30EA;&#x30C0;&#x30A4;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;miRNA

MicroRNAs &#xB9CE;&#xC740; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5;&#xACFC; &#xC9C8;&#xBCD1; &#xD611;&#xD68C;&#xC640; &#xC791;&#xC740; &#xADDC;&#xC81C; Rnas&#xB294;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC81C;&#xC790;&#xB9AC; &#xAD50; &#xC7A1; (ISH) &#xC2E4;&#xC9C8;&#xC801;&#xC778; microRNA &#xC190;&#xC2E4; irreversibly&#xB294; 5&#39; &#xC778;&#xC0B0;&#xC5D0; Microrna&#xB97C; &#xC6C0;&#xC9C1;&#xC774;&#xAC8C; &#xD558;&#xB294; 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide&#xB85C; &#xACE0;&#xC815; &#xD558; &#xC5EC; &#xC608;&#xBC29;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xC870;&#xC9C1; &#xB2E8;&#xBA74;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAE30;&#xC874;&#xC758; &#xD3EC; &#xB984; &#xC54C; &#xB370;&#xD788;&#xB4DC; &#xACE0;&#xC815; &#xACB0;&#xACFC; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xB294; &#xBCF4;&#xC600;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB179;&#xC74C; &#xD575; &#xC0B0; &#xBD84; &#xB3D9;&#xC548; &#xC628;&#xB3C4; &#xC6A9;&#xC735; &#xD558; &#xC5EC; 130 &#xC7A0;&#xAE34;&#xB41C; &#xD575; &#xC0B0; &#xD504;&#xB85C;&#xBE0C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD5C;&#xC801;&#xC758; &#xAD50; &#xC7A1; &#xB9E4;&#xAC1C; &#xBCC0;&#xC218;&#xB97C; &#xACB0;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD3EC; &#xB984; &#xC54C; &#xB370;&#xD788;&#xB4DC;&#xC640; EDC &#xACE0;&#xC815; &#xC870;&#xC9C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC81C;&#xC790;&#xB9AC; &#xAD50; &#xC7A1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBBF8;&#xB974;.

Los microARNs son peque&#xF1;os ARNs reguladores con muchas funciones biol&#xF3;gicas y las asociaciones de la enfermedad. Hemos demostrado que en la hibridaci&#xF3;n in situ (ISH) utilizando convencionales resultados fijaci&#xF3;n de formaldeh&#xED;do en la p&#xE9;rdida de microARN sustancial de las secciones de tejido de rat&#xF3;n, lo que puede prevenirse mediante la fijaci&#xF3;n con carbodiimida 1-etil-3-(3-dimetilaminopropil) que irreversiblemente inmoviliza el microARN en su 5 &#x26;#39;fosfato. Se determin&#xF3; los par&#xE1;metros &#xF3;ptimos de hibridaci&#xF3;n para 130 sondas de &#xE1;cidos nucleicos bloqueados mediante el registro de la temperatura de fusi&#xF3;n nucleico &#xE1;cido durante la ISH.

MIRNA hibridaci&#xF3;n in situ en formaldeh&#xED;do y los tejidos fijados con EDC

&#x4F5C;&#x4E3A;&#x6307;&#x5357;&#x7684;&#x9000;&#x5316;&#x548C;&#x5E73;&#x79FB;&#x9547;&#x538B;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x77ED; RNAs Microrna (Mirna)&#x3002;&#x4F53;&#x5927;&#x7684;&#x5DE5;&#x4F5C;&#x8868;&#x660E; Mirna &#x53C2;&#x4E0E;&#x4E86;&#x8303;&#x56F4;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x5F00;&#x53D1;&#x5230;&#x5FC3;&#x810F;&#x548C;&#x514D;&#x75AB;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x529F;&#x80FD;&#xFF0C;&#x4EE3;&#x8C22;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x764C;&#x75C7;&#x7684;&#x89C4;&#x7BA1;&#x3002;&#x6700;&#x591A;&#x4E3A; 500 Mirna &#x7F16;&#x7801;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x529F;&#x80FD;&#x4ECD;&#x6709;&#x5F85;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x786E;&#x5B9A;&#x5176;&#x8868;&#x8FBE;&#x5F0F;&#x66F4;&#x6539;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x4E4B;&#x95F4;&#x6216;&#x6B63;&#x5E38;&#x4E0E;&#x75C5;&#x7406;&#x6761;&#x4EF6;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684; Mirna &#x662F;&#x6B63;&#x5982;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x5206;&#x6CCC;&#xFF0C;&#x53EF;&#x4EE5;&#x9488;&#x5BF9;&#x8FD9;&#x4E9B; Mirna &#x7684;&#x8868;&#x5F81;&#x5176;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x91CD;&#x8981;&#x4E00;&#x6B65;&#x3002;&#x8981;&#x4E3A;&#x793E;&#x4F1A;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4EE5;&#x4EA4;&#x4E92;&#x65B9;&#x5F0F;&#x63A2;&#x8BA8; Mirna &#x5728;&#x96C6;&#x6210;&#x73AF;&#x5883;&#x4E2D;&#x7684;&#x5019;&#x9009;&#x76EE;&#x6807;&#x548C;&#x7C73;&#x5C14;&#x8868;&#x8FBE;&#x6A21;&#x5F0F;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E86; MirZ web &#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#xFF0C;&#x53EF;&#x5728; www.mirz.unibas.ch&#x3002;&#x670D;&#x52A1;&#x5668;&#x4E0E;&#x7EDF;&#x8BA1;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x7ECF;&#x8425;&#x4E0A;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x6392;&#x5E8F;&#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31;&#x548C;&#x7269;&#x79CD;&#x4ECE;&#x6746;&#x7EBF;&#x866B;&#x5230;&#x667A;&#x9884;&#x6D4B;&#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6700;&#x65B0;&#x6570;&#x636E;&#x5E93;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x6316;&#x6398;&#x5DE5;&#x5177;&#x63D0;&#x4F9B;&#x8BD5;&#x9A8C;&#x548C;&#x8BA1;&#x7B97;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x5BB6;&#x3002;

MirZ&#xFF1A; &#x7EFC;&#x5408;&#x7684; microRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x56FE;&#x8C31;&#x4E0E;&#x76EE;&#x6807;&#x9884;&#x6D4B;&#x8D44;&#x6E90;&#x3002;

MicroRNAs (miRNAs) are short RNAs that act as guides for the degradation and translational repression of protein-coding mRNAs. A large body of work showed that miRNAs are involved in the regulation of a broad range of biological functions, from development to cardiac and immune system function, to metabolism, to cancer. For most of the over 500 miRNAs that are encoded in the human genome the functions still remain to be uncovered. Identifying miRNAs whose expression changes between cell types or between normal and pathological conditions is an important step towards characterizing their function as is the prediction of mRNAs that could be targeted by these miRNAs. To provide the community the possibility of exploring interactively miRNA expression patterns and the candidate targets of miRNAs in an integrated environment, we developed the MirZ web server, which is accessible at www.mirz.unibas.ch. The server provides experimental and computational biologists with statistical analysis and data mining tools operating on up-to-date databases of sequencing-based miRNA expression profiles and of predicted miRNA target sites in species ranging from Caenorhabditis elegans to Homo sapiens.

MirZ: an integrated microRNA expression atlas and target prediction resource.

MicroARN (miARN) sont des ARN courts qui servent de guides pour la d&eacute;gradation et de la r&eacute;pression traductionnelle des ARNm codant pour des prot&eacute;ines. Un grand nombre de travaux ont montr&eacute; que les miARN est impliqu&eacute;s dans la r&eacute;gulation d&#39;un large &eacute;ventail de fonctions biologiques, de d&eacute;veloppement de la fonction cardiaque et le syst&egrave;me immunitaire, au m&eacute;tabolisme, au cancer. Pour la plupart des quelque 500 miARN qui est cod&eacute;s dans le g&eacute;nome humain, les fonctions encore reste &agrave; d&eacute;couvrir. Identification des miARN dont l&#39;expression change entre les types de cellules ou entre des conditions normales et pathologiques est une &eacute;tape importante pour caract&eacute;riser leur fonction, comme c&#39;est la pr&eacute;diction des ARNm qui pourrait &ecirc;tre vis&eacute;s par ces miARN. Pour fournir &agrave; la communaut&eacute; la possibilit&eacute; d&#39;explorer de fa&ccedil;on interactive miRNA patrons d&#39;expression et les objectifs du candidat des miARN dans un environnement int&eacute;gr&eacute;, nous avons d&eacute;velopp&eacute; le serveur web de Noyale, qui est accessible &agrave; www.mirz.unibas.ch. Le serveur fournit des biologistes exp&eacute;rimentaux et de calculs avec des analyses statistiques et les outils d&#39;exploration de donn&eacute;es fonctionnant sur des bases de donn&eacute;es &agrave; jour des profils d&#39;expression bas&eacute;e sur le s&eacute;quen&ccedil;age de miRNA et des sites cibles miRNA pr&eacute;dite en esp&egrave;ces allant de Caenorhabditis elegans &agrave; Homo sapiens.

Noyale : un micro-ARN int&eacute;gr&eacute;e expression atlas et cible pr&eacute;diction ressource.

MicroRNAs (MiRNAs) sind kurz RNAs, die als F&uuml;hrer f&uuml;r die Abbau- und translational Repression Proteinkodierung mRNAs fungieren. Ein gro&szlig;er K&ouml;rper der Arbeit zeigte, dass MiRNAs bei der Regulierung der zahlreiche biologische Funktionen, von der Entwicklung zur Herz- und immunes System Funktion, Stoffwechsel, Krebs beteiligt sind. F&uuml;r die meisten der &uuml;ber 500 MiRNAs, die im menschlichen Genom codiert sind die Funktionen noch bleiben aufgedeckt werden. Identifizieren MiRNAs, deren Ausdruck zwischen Zelltypen oder zwischen normalen und pathologischen Bedingungen &auml;ndert, ist ein wichtiger Schritt zur Charakterisierung von ihrer Funktion, wie die Vorhersage der mRNAs, die durch diese MiRNAs ausgerichtet werden konnte. Um der Gemeinschaft die M&ouml;glichkeit interaktiv zu erforschen, MiRNA Ausdrucksmuster und die Kandidaten-Ziele der MiRNAs in einer integrierten Umgebung bieten, entwickelten wir den MirZ-Web-Server, der bei www.mirz.unibas.ch zug&auml;nglich ist. Der Server bietet experimentelle und computational Biologen mit statistischen Analyse und Data-Mining-Tools, die auf aktuelle Datenbanken der Sequenzierung basierende MiRNA Ausdruck Profile und der vorhergesagten MiRNA Ziel-Sites in der Art Homo Sapiens von Caenorhabditis Elegans bis t&auml;tig.

MirZ: eine integrierte MicroRNA Ausdruck Atlas und deiner Vorhersage Ressource.

MicroRNA (miRNAs) &egrave; breve RNAs che agiscono come guide per la degradazione e la repressione traslazionale di mRNA della proteina-codificazione. Un grande corpo di lavoro ha mostrato che i miRNAs sono coinvolti nella regolazione di un&#39;ampia gamma di funzioni biologiche, dallo sviluppo alla funzione cardiaca e sistema immunitario, metabolismo, al cancro. Per la maggior parte degli oltre 500 miRNAs che sono codificati nel genoma umano le funzioni ancora rimangono ad per essere scoperto. Identificare miRNAs cui espressione cambia tra tipi di cellule o tra le condizioni di normale e patologiche &egrave; un passo importante verso che caratterizzano la loro funzione &egrave; la previsione dei mRNAs che potrebbe essere preso di mira da questi miRNAs. Per fornire alla Comunit&agrave; la possibilit&agrave; di esplorare in modo interattivo pattern di espressione di miRNA e gli obiettivi del candidato di miRNAs in un ambiente integrato, abbiamo sviluppato il MirZ web server, che &egrave; accessibile a www.mirz.unibas.ch. Il server fornisce i biologi sperimentali e computazionali con analisi statistica e strumenti di data mining di dati operanti su database aggiornati dei profili di espressione di miRNA basata sul sequenziamento e dei siti di destinazione previsto miRNA nelle specie che vanno da Caenorhabditis elegans a Homo sapiens.

MirZ: un microRNA integrato espressione atlas e destinazione previsione risorsa.

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#xFF08;Mirna&#xFF09; &#x52A3;&#x5316;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; Mrna &#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6291;&#x5236;&#x306E;&#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3059;&#x308B;&#x77ED;&#x3044; Rna &#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x4F5C;&#x54C1;&#x306E;&#x5927;&#x304D;&#x306A;&#x4F53;&#x306F;&#x3001;Mirna &#x65B0;&#x9673;&#x4EE3;&#x8B1D;&#x3078;&#x3001;&#x304C;&#x3093;&#x3001;&#x5FC3;&#x81D3;&#x3084;&#x514D;&#x75AB;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3001;&#x958B;&#x767A;&#x304B;&#x3089;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306E;&#x5E83;&#x3044;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306E;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x306F;&#x307E;&#x3060;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B; 500 &#x306E; miRNAs &#x306E;&#x307E;&#x307E;&#x30AB;&#x30D0;&#x30FC;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;MiRNAs &#x5F0F;&#x30BB;&#x30EB;&#x306E;&#x7A2E;&#x985E;&#x9593;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x6B63;&#x5E38;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x75C5;&#x7684;&#x6761;&#x4EF6;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E; miRNAs &#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6A19;&#x7684;&#x306B; mRNAs &#x306E;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x306B;&#x5411;&#x304B;&#x3063;&#x3066;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x7279;&#x5FB4;&#x3065;&#x3051;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30B9;&#x30C6;&#x30C3;&#x30D7;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x306E; miRNA &#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x7D71;&#x5408;&#x74B0;&#x5883;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; Mirna &#x306E;&#x6A19;&#x7684;&#x5019;&#x88DC;&#x3092;&#x5BFE;&#x8A71;&#x7684;&#x306B;&#x63A2;&#x7D22;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;www.mirz.unibas.ch &#x3067;&#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30B9;&#x53EF;&#x80FD;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3001;MirZ &#x306E; web &#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30B5;&#x30FC;&#x30D0;&#x30FC;&#x7D71;&#x8A08;&#x89E3;&#x6790;&#x3068;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30DE;&#x30A4;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0; &#x30C4;&#x30FC;&#x30EB;&#x3068;&#x4E88;&#x6E2C; miRNA &#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; &#x30FB; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x7DDA;&#x866B;&#x304B;&#x3089;&#x30DB;&#x30E2; &#x30FB; &#x30B5;&#x30D4;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x81F3;&#x308B;&#x307E;&#x3067;&#x306E;&#x7A2E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066; miRNA &#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x306E;&#x6700;&#x65B0;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3092;&#x5B9F;&#x9A13;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8A08;&#x7B97;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#x8005;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

MirZ: &#x7D71;&#x5408;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x767A;&#x73FE;&#x30A2;&#x30C8;&#x30E9;&#x30B9;&#x3068;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x4E88;&#x6E2C;&#x30EA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30B9;&#x3002;

MicroRNAs (miRNAs)&#xB294; &#xC9E7;&#xC740; RNAs &#xC5ED;&#xD560; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; Mrnas&#xC758; &#xBCC0;&#xD658; &#xC5B5;&#xC555;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC548;&#xB0B4;&#xC120;&#xC744;. &#xC791;&#xD488;&#xC758; &#xD070; &#xBAB8; miRNAs &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xC554; &#xB300;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC2EC;&#xC7A5; &#xBC0F; &#xBA74;&#xC5ED; &#xCCB4;&#xACC4; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC801; &#xAE30;&#xB2A5; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xAD00;&#xC5EC; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC774;&#xC0C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD568;&#xC218;&#xB294; &#xC5EC;&#xC804;&#xD788; &#xC778;&#xAC04; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0; &#xC778;&#xCF54;&#xB529;&#xB41C; 500 miRNAs &#xC801;&#xC6A9; &#xB418;&#xB3C4;&#xB85D; &#xC720;&#xC9C0;. &#xB204;&#xAD6C;&#xC758; &#xC2DD; &#xBCC0;&#xACBD; &#xC140; &#xD615;&#xC2DD; &#xB610;&#xB294; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC774; &#xACE0; &#xBCD1; &#xC801;&#xC778; &#xC870;&#xAC74; &#xAC04;&#xC5D0; miRNAs &#xC2DD;&#xBCC4; mRNAs &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; Mirnas&#xC758; &#xB300;&#xC0C1;&#xC774; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xB294; &#xC608;&#xCE21;&#xC740; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654; &#xD5A5;&#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB300;&#xD654;&#xD615;&#xC73C;&#xB85C; miRNA &#xC2DD; &#xD328;&#xD134; &#xBC0F; &#xD1B5;&#xD569;&#xB41C; &#xD658;&#xACBD;&#xC5D0;&#xC11C; Mirnas&#xC758; &#xD6C4;&#xBCF4; &#xB300;&#xC0C1; &#xD0D0;&#xAD6C;&#xC758; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC81C;&#xACF5;, www.mirz.unibas.ch&#xC5D0;&#xC11C; &#xC561;&#xC138;&#xC2A4;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xB294; MirZ &#xC6F9; &#xC11C;&#xBC84; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xC11C;&#xBC84; &#xD1B5;&#xACC4; &#xBD84;&#xC11D; &#xBC0F; &#xB370;&#xC774;&#xD130; &#xB9C8;&#xC774;&#xB2DD; &#xB3C4;&#xAD6C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xBC18; &#xBBF8;&#xB974; &#xC2DD; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xBC0F; Caenorhabditis elegans&#xC5D0;&#xC11C; &#xD638;&#xBAA8; &#xC0AC;&#xD53C;&#xC5D4;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC774;&#xB974;&#xAE30;&#xAE4C;&#xC9C0; &#xC885;&#xC5D0; &#xC608;&#xCE21; &#xB41C; miRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xCD5C;&#xC2E0; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xBCA0;&#xC774;&#xC2A4;&#xC5D0; &#xC2E4;&#xD5D8; &#xBC0F; &#xC804;&#xC0B0; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MirZ: &#xD1B5;&#xD569;&#xB41C; microRNA &#xC2DD; &#xC544;&#xD2C0;&#xB77C;&#xC2A4;&#xC640; &#xB300;&#xC0C1; &#xC608;&#xCE21; &#xB9AC;&#xC18C;&#xC2A4;&#xB97C;.

MicroRNAs (miRNAs) son RNAs cortos que act&uacute;an como gu&iacute;as para la degradaci&oacute;n y la represi&oacute;n traduccional de mRNAs prote&iacute;na-codificaci&oacute;n. Un gran cuerpo de trabajo demostr&oacute; que los miRNAs est&aacute;n implicados en la regulaci&oacute;n de una amplia gama de funciones biol&oacute;gicas, desde el desarrollo hasta la funci&oacute;n cardiaca y el sistema inmunol&oacute;gico, c&aacute;ncer del metabolismo. Para la mayor&iacute;a de los 500 miRNAs que est&aacute;n codificadas en el genoma humano las funciones a&uacute;n permanecen ser descubierto. Identificaci&oacute;n de miRNAs cuya expresi&oacute;n cambia entre tipos de c&eacute;lulas o entre condiciones normales y patol&oacute;gicas, es un paso importante para caracterizar su funci&oacute;n como es la predicci&oacute;n de mRNAs que podr&iacute;an ser blanco de estos miRNAs. Para proveer a la comunidad la posibilidad de explorar interactivamente los patrones de expresi&oacute;n de miRNA y los objetivos del candidato de miRNAs en un entorno integrado, desarrollamos el servidor de web de MirZ, que es accesible en www.mirz.unibas.ch. El servidor proporciona a los bi&oacute;logos experimentales y computacionales con an&aacute;lisis estad&iacute;stico y herramientas de miner&iacute;a de datos en bases de datos actualizadas de perfiles de expresi&oacute;n de miRNA basadas en la secuenciaci&oacute;n y de sitios de destino de miRNA prevista en especies que van desde Caenorhabditis elegans al Homo sapiens.

MirZ: integrado microRNA expresi&oacute;n atlas y destino predicci&oacute;n recurso.

(Mirna) &#x5C0F;&#x5206;&#x5B50; rna &#x662F;&#x5C0F;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; RNAs &#x901A;&#x5E38;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x78B1;&#x57FA;&#x5BF9;&#x4E0E; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x57DF; &#xFF08;3&#39; &#x5F02;&#x5E38;) &#x548C;&#x8C03;&#x89E3;&#x5E73;&#x79FB;&#x7684;&#x9547;&#x538B;&#x548C; mRNA &#x964D;&#x89E3;&#x3002;&#x5207;&#x5757;&#x673A;&#xFF0C;&#x4EA7;&#x751F;&#x5C0F; RNAs &#x5728;&#x7C73;&#x5C14;&#x548C; RNA &#x5E72;&#x6270; (RNAi) &#x9014;&#x5F84;&#x5BF9;&#x5C0F;&#x9F20;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CF;&#x6570;&#x5206;&#x88C2;&#x6210;&#x719F;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0; 3&#39; &#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x4E0A;&#x8C03; Dicer1(-/-) &#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x5F02;&#x5E38;&#x4E0D;&#x4E30;&#x5BCC;&#x5728;&#x7C73;&#x5C14;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#xFF0C;&#x7275;&#x8FDE; Mirna &#x5BF9;&#x4EA7;&#x5987;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5F31;&#x51B2;&#x51FB;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x6D4B;&#x8BD5;&#x4E86;&#x8C03;&#x89E3; RNA &#x6837;&#x5288;&#x88C2;&#x7684;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; Mirna &#x80FD;&#x529B;&#x6216;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x8BB0;&#x8005;&#x5206;&#x6CCC;&#x7684;&#x6291;&#x5236;&#x3002;&#x4E0E;&#x4F53;&#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x4E0D;&#x5584;&#x7684;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7684;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; Mirna &#x538B;&#x6291;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7684; mRNA &#x8BB0;&#x8005;&#xFF0C;&#x800C;&#x4ED6;&#x4EEC; RNAi &#x7C7B;&#x4F3C;&#x6D3B;&#x52A8;&#x5F71;&#x54CD;&#x8981;&#x5C0F;&#x5F97;&#x3002;&#x8BB0;&#x8005; mRNA &#x643A;&#x5E26;&#x8BA9;-7 &#x7ED3;&#x5408;&#x7AD9;&#x70B9;&#x672A;&#x80FD;&#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x7684;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D; P &#x4F53;&#x6837;&#x7ED3;&#x6784;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x8868;&#x660E;&#x7C73;&#x5C14;&#x51FD;&#x6570;&#x7F16;&#x7801;&#x601D;&#x60F3;&#x5F97;&#x5230;&#x6B63;&#x5E38;&#x7F3A;&#x4E4F; Dgcr8&#xFF0C;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x7C73;&#x5C14;&#x4F46;&#x4E0D;&#x662F; RNAi &#x901A;&#x8DEF; &#xFF08;&#x7EEA;&#x7B49;&#x4EBA; [1]&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E00;&#x95EE;&#x9898;&#x7684;&#x5F53;&#x4EE3;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;&#xFF09; &#x7684;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x51CF;&#x6570;&#x5206;&#x88C2;&#x6210;&#x719F;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x53D1;&#x80B2;&#x3002;&#x5728;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x751F;&#x957F;&#x6291;&#x5236;&#x7C73;&#x5C14;&#x529F;&#x80FD;&#x53EF;&#x80FD;&#x662F;&#x80DA;&#x80CE;&#x7684;&#x91CD;&#x65B0;&#x7F16;&#x7A0B;&#x671F;&#x95F4;&#x8F6C;&#x5206;&#x5316;&#x7684;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x80DA;&#x80CE;&#x5375;&#x88C2;&#x7403;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x65E9;&#x671F;&#x4E8B;&#x4EF6;&#x3002;

MicroRNA &#x6D3B;&#x52A8;&#x538B;&#x5236;&#x5728;&#x5C0F;&#x9F20;&#x5375;&#x6BCD;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x3002;

MicroRNAs (miRNAs) are small endogenous RNAs that typically imperfectly base pair with 3' untranslated regions (3'UTRs) and mediate translational repression and mRNA degradation. Dicer, which generates small RNAs in the miRNA and RNA interference (RNAi) pathways, is essential for meiotic maturation of mouse oocytes. We found that 3'UTRs of transcripts upregulated in Dicer1(-/-) oocytes are not enriched in miRNA binding sites, implicating a weak impact of miRNAs on the maternal transcriptome. Therefore, we tested the ability of endogenous miRNAs to mediate RNA-like cleavage or translational repression of reporter mRNAs. In contrast to somatic cells, endogenous miRNAs in oocytes poorly repressed translation of mRNA reporters, whereas their RNAi-like activity was much less affected. Reporter mRNA carrying let-7-binding sites failed to localize to P body-like structures in oocytes. Our data suggest that miRNA function is downregulated during oocyte development, an idea supported by normal meiotic maturation of oocytes lacking Dgcr8, which is required for the miRNA but not the RNAi pathway (Suh et al. [1], this issue of Current Biology). Suppressing miRNA function during oocyte growth is likely an early event in reprogramming gene expression during the transition of a differentiated oocyte into pluripotent blastomeres of the embryo.

MicroRNA activity is suppressed in mouse oocytes.

MicroARN (miARN) sont de petits ARN endog&egrave;nes que typiquement imparfaitement paires de bases avec 3&#39; non traduite de r&eacute;gions (3&#39; UTR) et m&eacute;diation translationnelle d&eacute;gradation d&#39;ARNm et de la r&eacute;pression. Dicer, qui g&eacute;n&egrave;re des petits ARN les miARN et les voies d&#39;interf&eacute;rence (ARNi) RNA, est essentielle pour la maturation m&eacute;iotique des ovocytes de souris. Nous avons trouv&eacute; que 3&#39; UTR de transcriptions surexprim&eacute;s dans des ovocytes de Dicer1(-/-) n&#39;est pas enrichis dans les sites de fixation de miRNA, impliquant un faible impact des miARN sur le transcriptome maternels. Par cons&eacute;quent, nous avons test&eacute; la capacit&eacute; des miARN endog&egrave;ne de provoquer un clivage RNA-comme ou r&eacute;pression traductionnelle des ARNm de journaliste. Contrairement aux cellules somatiques, miRNAs endog&egrave;ne dans les ovocytes mal r&eacute;prim&eacute;s traduction de reporters de l&#39;ARNm, alors que leur activit&eacute; de RNAi-type &eacute;tait beaucoup moins affect&eacute;e. Journaliste ARNm transportant des sites de liaison let-7 n&#39;a pas pu localiser de structures ressemblant &agrave; des corps P dans les ovocytes. Nos r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que la fonction de miRNA est diminu&eacute;e au cours du d&eacute;veloppement de l&#39;ovocyte, une id&eacute;e soutenue par la maturation m&eacute;iotique normale d&#39;ovocytes manque Dgcr8, qui est requis pour la miRNA, mais pas la voie Arni (Suh et coll. [1], ce num&eacute;ro de Current Biology). La suppression de miRNA fonction durant la croissance de l&#39;ovocyte, c&#39;est probablement un &eacute;v&eacute;nement pr&eacute;coce dans l&#39;expression du g&egrave;ne de l&#39;embryon au cours de la transition d&#39;un ovocyte diff&eacute;renci&eacute;e en blastom&egrave;res pluripotentes de reprogrammation.

Activit&eacute; de micro-ARN est supprim&eacute;e dans les ovocytes de souris.

MicroRNAs (MiRNAs) sind kleine endogene RNAs, dass in der Regel nur unvollkommen Basenpaare mit 3&#39; nicht Regionen (3&#39;UTRs &uuml;bersetzte) und translational Repression und mRNA Abbau zu vermitteln. Dicer, die kleine RNAs in den MiRNA und Wege der RNA-Interferenz (RNAi) erzeugt, ist essentiell f&uuml;r meiotischen Reifung der Eizellen Maus. Wir fanden, dass 3&#39;UTRs von Abschriften herraufreguliert in Dicer1(-/-) Eizellen Nicht&uuml;bernahme eine schwache Auswirkung von MiRNAs auf die m&uuml;tterliche Transkriptom nicht in MiRNA-Bindungsstellen, bereichert werden. Deshalb testeten wir die F&auml;higkeit der endogenen MiRNAs, RNA-wie Spaltung zu vermitteln oder translatorische Repression Reporter mRNAs. Im Gegensatz zu den K&ouml;rperzellen unterdr&uuml;ckte endogene MiRNAs in Eizellen schlecht &Uuml;bersetzung von mRNA-Reportern, w&auml;hrend ihrer T&auml;tigkeit RNAi-wie viel weniger betroffen war. Reporter-mRNA tragen lassen-7-Bindungsstellen konnte zu P K&ouml;rper-Strukturen in Eizellen zu lokalisieren. Unsere Daten zeigen, dass MiRNA-Funktion ist Downregulated w&auml;hrend der Eizelle Entwicklung, eine Idee, die von normalen meiotischen Reifung der Eizellen fehlen Dgcr8, was man f&uuml;r die MiRNA aber nicht der RNAi-Weg (Suh Et Al. [1], dieses Problem der Current Biology ben&ouml;tigt) unterst&uuml;tzt. Das Unterdr&uuml;cken von MiRNA-Funktion w&auml;hrend des Wachstums der Eizelle ist wahrscheinlich ein fr&uuml;hes Ereignis im Neuprogrammierung Genexpression w&auml;hrend des &Uuml;bergangs von einer differenzierten Eizelle in pluripotente Blastomeren des Embryos.

MicroRNA-Aktivit&auml;t wird in der Maus Eizellen unterdr&uuml;ckt.

MicroRNA (miRNAs) &egrave; piccolo RNAs endogeno che tipicamente imperfettamente coppia base con 3&#39; non tradotta di regioni (3&#39;UTRs) e mediare la degradazione di repressione e mRNA traslazionale. Dicer, che genera il piccolo RNAs in miRNA e percorsi di RNA interference (RNAi), &egrave; essenziale per la maturazione meiotica degli ovociti del mouse. Abbiamo trovato che 3&#39;UTRs di trascrizioni sovraregolati nella Dicer1(-/-) ovociti non sono arricchiti in siti di legame di miRNA, implicando un debole impatto dei miRNAs su transcriptome materno. Pertanto, abbiamo testato la capacit&agrave; di mediare RNA-come scissione miRNAs endogeno o repressione traslazionale dei mRNAs reporter. A differenza delle cellule somatiche, endogeno miRNAs in ovociti mal repressi traduzione di giornalisti di mRNA, considerando che la loro attivit&agrave; di RNAi-come &egrave; stato molto meno influenzata. Reporter mRNA portando let-7-binding siti non &egrave; riuscito a localizzare a strutture simili a corpo P di ovociti. I nostri dati suggeriscono che la funzione di miRNA &egrave; downregolata durante lo sviluppo degli ovociti, un&#39;idea sostenuta da normale maturazione meiotica degli ovociti manca Dgcr8, che &egrave; richiesto per il quieto ma non il pathway di RNAi (Suh et al [1], questo problema di Current Biology). Sopprimere la funzione miRNA durante la crescita di ovociti &egrave; probabilmente un evento precoce nella riprogrammazione espressione genica durante la transizione di un ovocita differenziato in pluripotenti blastomeri dell&#39;embrione.

Attivit&agrave; di MicroRNA &egrave; soppressa nei oocytes del mouse.

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#xFF08;Mirna&#xFF09; &#x5C0F;&#x3055;&#x306A; Rna &#x901A;&#x5E38;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x5869;&#x57FA;&#x5BFE;&#x306E; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF; (3&#39;UTRs) &#x3068;&#x4E26;&#x9032;&#x6291;&#x5727;&#x3068; mRNA &#x5206;&#x89E3;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; Rna miRNA &#x3068; RNA &#x5E72;&#x6E09; &#xFF08;RNAi&#xFF09; &#x7D4C;&#x8DEF;&#x306E;&#x751F;&#x6210;&#x3001;&#x30C0;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC; &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6210;&#x719F;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;UTRs 3&#39; Dicer1(-/-) &#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x4EA2;&#x9032;&#x306E; miRNA &#x306E;&#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6BCD;&#x4F53;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E; miRNAs &#x306E;&#x5F31;&#x3044;&#x5F71;&#x97FF; implicating &#x6FC3;&#x7E2E;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x767A;&#x898B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC; Mrna &#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x6291;&#x5236;&#x3084; RNA &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x80F8;&#x306E;&#x8C37;&#x9593;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;&#x5185;&#x56E0;&#x6027; miRNAs &#x306E;&#x80FD;&#x529B;&#x3092;&#x30C6;&#x30B9;&#x30C8;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x5F7C;&#x3089;&#x306E; RNAi &#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x6D3B;&#x52D5;&#x304C;&#x306F;&#x308B;&#x304B;&#x306B;&#x5C11;&#x306A;&#x3044;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x53D7;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x306B;&#x5BFE;&#x3057;&#x4F53;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x306F;&#x5BFE;&#x7167;&#x7684;&#x60AA;&#x3044;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x5185;&#x56E0;&#x6027; miRNAs &#x7FFB;&#x8A33; mRNA &#x8A18;&#x8005;&#x306E;&#x6291;&#x5727;&#x3002;Let 7 &#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3092;&#x904B;&#x3076;&#x8A18;&#x8005; mRNA &#x306F;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B; P &#x4F53;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x69CB;&#x9020;&#x3092;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30BA;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF; miRNA &#x95A2;&#x6570; downregulated &#x304C;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306E;&#x958B;&#x767A;, &#x901A;&#x5E38;&#x3001;miRNA &#x304C;&#x3001;RNAi &#x7D4C;&#x8DEF; (Suh et al. [1] &#x3053;&#x306E;&#x554F;&#x984C;&#x73FE;&#x5728;&#x306E;&#x751F;&#x7269;&#x5B66;) &#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059; Dgcr8 &#x6B20;&#x3051;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6210;&#x719F;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x30A2;&#x30A4;&#x30C7;&#x30A2;&#x306E;&#x4E2D;&#x306B;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x304A;&#x52E7;&#x3081;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;MiRNA &#x95A2;&#x6570;&#x4E2D;&#x306E;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x6210;&#x9577;&#x3092;&#x6291;&#x5236;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x9AD8;&#x3044;&#x80DA;&#x306E;&#x591A;&#x80FD;&#x6027;&#x306E;&#x5272;&#x7403;&#x306B;&#x5206;&#x5316;&#x3057;&#x305F;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x9077;&#x79FB;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x30EA;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30DF;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x521D;&#x671F;&#x30A4;&#x30D9;&#x30F3;&#x30C8;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED; Rna &#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D3;&#x30C6;&#x30A3; &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x5375;&#x6BCD;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x6291;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

MicroRNAs (miRNAs) &#xC791;&#xC740; &#xC0DD; Rnas&#xB294; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xBD88;&#xC644;&#xC804; &#xC790;&#xB8CC; &#xC30D; 3&#39; untranslated &#xC601;&#xC5ED; (3&#39; Utr) &#xBC0F; &#xC911;&#xC7AC; &#xBCC0;&#xD658; &#xC5B5;&#xC555;&#xACFC; mRNA &#xC800;&#xD558; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBBF8;&#xB974;&#xC640; RNA &#xAC04;&#xC12D; (RNAi) &#xACBD;&#xB85C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC791;&#xC740; RNAs &#xC0DD;&#xC131;, dicer &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; oocytes meiotic &#xC131;&#xC219;&#xC5D0; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; Dicer1(-/-) oocytes&#xC5D0;&#xC11C; &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C; upregulated&#xC758; 3&#39; Utr&#xB294; &#xD558;&#xC9C0; &#xB18D;&#xCD95; miRNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8;&#xC5D0; &#xBAA8;&#xC131; transcriptome Mirnas&#xC758; &#xC57D;&#xD55C; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xBC1C;&#xACAC;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; RNA &#xAC19;&#xC740; &#xBD84;&#xC5F4;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC; &#xD558; &#xC0DD; Mirnas&#xC758; &#xB2A5;&#xB825; &#xB610;&#xB294; &#xAE30;&#xC790; Mrnas&#xC758; &#xBCC0;&#xD658; &#xC5B5;&#xC81C; &#xD14C;&#xC2A4;&#xD2B8;. &#xCCB4;&#xC138;&#xD3EC;, &#xB2EC;&#xB9AC; oocytes &#xC800;&#xC870;&#xD55C; &#xC0DD; miRNAs RNAi &#xAC19;&#xC740; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC758; &#xC601;&#xD5A5;&#xC744; &#xD6E8;&#xC52C; &#xB35C; &#xD558;&#xB294; &#xBC18;&#xBA74; mRNA &#xAE30;&#xC790; &#xB4E4;&#xC758; &#xBC88;&#xC5ED;&#xC744; &#xC5B5;&#xC555;. &#xAE30;&#xC790; mRNA &#xC6B4;&#xBC18; &#xD558;&#xC790; 7 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654; oocytes&#xC5D0;&#xC11C; P &#xC2DC;&#xCCB4; &#xAC19;&#xC740; &#xAD6C;&#xC870;&#xB97C; &#xD558;&#xC9C0; &#xBABB;&#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; miRNA &#xD568;&#xC218; oocyte &#xAC1C;&#xBC1C; oocytes &#xBBF8;&#xB974; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; RNAi &#xD1B5;&#xB85C; (&#xC11C; &#xC678;. [1] &#xD604;&#xC7AC; &#xC0DD;&#xBB3C;&#xD559;&#xC774; &#xBB38;&#xC81C;) &#xD558;&#xC9C0;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; Dgcr8 &#xBD80;&#xC871;&#xC758; &#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC778; meiotic &#xC131;&#xC219; &#xD558; &#xC5EC; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xC0DD;&#xAC01; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; downregulated&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Oocyte &#xC131;&#xC7A5; &#xD558;&#xB294; &#xB3D9;&#xC548; miRNA &#xD568;&#xC218;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC740; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; pluripotent blastomeres&#xB85C; &#xCC28;&#xBCC4;&#xD654; &#xB41C; oocyte&#xC758; &#xC804;&#xD658; &#xAE30;&#xAC04; &#xB3D9;&#xC548; &#xD0DC;&#xC544;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC744; &#xC7AC;&#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB798;&#xBC0D;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD08;&#xAE30; &#xC774;&#xBCA4;&#xD2B8;.

MicroRNA &#xD65C;&#xB3D9; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; oocytes&#xC5D0;&#xC11C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

MicroRNAs (miRNAs) son peque&ntilde;os RNAs end&oacute;genos que t&iacute;picamente imperfectamente pares con 3&#39; sin traducir las regiones (3&#39; incoe) y mediar degradaci&oacute;n traslacional de la represi&oacute;n y mRNA. Dicer, que genera peque&ntilde;os RNAs miRNA y v&iacute;as de RNA de interferencia (ARNi), es esencial para la maduraci&oacute;n mei&oacute;tica de ovocitos de rat&oacute;n. Encontramos que los 3&#39; genoma de alza de transcripciones en ovocitos de Dicer1(-/-) no se enriquece en sitios de uni&oacute;n de miRNA, implicando un impacto d&eacute;bil de miRNAs en el transcriptoma materna. Por lo tanto, hemos probado la capacidad de miRNAs end&oacute;geno para mediar RNA-como escote o represi&oacute;n traduccional de los mRNAs del reportero. En contraste con las c&eacute;lulas som&aacute;ticas, end&oacute;geno miRNAs en ovocitos mal reprimidos traducci&oacute;n de reporteros de mRNA, mientras que su actividad de ARNi-como fue mucho menos afectada. Reportero mRNA con sitios de Uni&oacute;n dej&oacute;-7 no se pudo localizar a P cuerpo-como las estructuras en ovocitos. Nuestros datos sugieren que la funci&oacute;n de miRNA es regulada durante el desarrollo de ovocitos, una idea apoyada por maduraci&oacute;n mei&oacute;tica normal de ovocitos falta Dgcr8, que se requiere para la miRNA pero no la v&iacute;a RNAi (Suh et al [1], este n&uacute;mero de Current Biology). Supresi&oacute;n de la funci&oacute;n de miRNA durante el crecimiento del ovocito es probable que un acontecimiento temprano en la reprogramaci&oacute;n de la expresi&oacute;n g&eacute;nica durante la transici&oacute;n de un ovocito diferenciado en pluripotentes blast&oacute;meras del embri&oacute;n.

Se suprime la actividad de MicroRNA en ovocitos de rat&oacute;n.

RNA &#x8A8A;&#x672C;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x57FA;&#x56E0;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6D89;&#x53CA;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;) &#x548C;&#x542B;&#x6709; microRNA &#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269; (miRNPs) &#x8868;&#x793A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x4F9D;&#x8D56;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x4EA4;&#x8054;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs &#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x70B9;&#x3002;&#x4EA4;&#x8054;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E2D;&#x7F16;&#x5199;&#x4ECE; immunopurified RNPs 4 thiouridine &#x6CBB;&#x7597;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x589E;&#x80DE;&#x82F7;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x80F8;&#x82F7;&#x6240;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7684;&#x5BC6;&#x96C6;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; PUM2&#x3001; QKI&#x3001; IGF2BP1 3&#x3001; &#x6208;/EIF2C1-4 &#x548C; TNRC6A C.&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56E0;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x5305;&#x542B;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x4E3A; exonic &#x4E0E;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x559C;&#x597D;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8DE8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x7CBE;&#x786E;&#x6620;&#x5C04;&#x5C06;&#x8FC5;&#x901F;&#x65B0;&#x5174;&#x6570;&#x636E;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x5982;&#x4F55;&#x8D21;&#x732E;&#x590D;&#x6742;&#x9057;&#x4F20;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7531; PAR &#x526A;&#x8F91; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C; microRNA &#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.

Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.

Transcrits d&#x26;#39;ARN sont soumis &#xE0; la r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes post-transcriptionnelle impliquant des centaines de prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN (pratiques commerciales restrictives) et des complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques microARN contenant (miRNPs) exprim&#xE9;es de fa&#xE7;on d&#xE9;pendante du type cellulaire. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une approche de r&#xE9;ticulation &#xE0; base de cellules pour d&#xE9;terminer &#xE0; haute r&#xE9;solution et du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle des sites de liaison des pratiques commerciales restrictives cellulaires et miRNPs. Les sites r&#xE9;ticul&#xE9;s sont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9;es par la thymidine &#xE0; des transitions cytidine dans les ADNc pr&#xE9;par&#xE9;s &#xE0; partir de immunopurifi&#xE9; RNP de la 4-thiouridine cellules trait&#xE9;es. Nous avons d&#xE9;termin&#xE9; les sites de liaison et les cons&#xE9;quences r&#xE9;glementaires de plusieurs pratiques commerciales restrictives intens&#xE9;ment &#xE9;tudi&#xE9;es et miRNPs, y compris PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 et TNRC6A-C. Notre &#xE9;tude a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que ces facteurs se lient des milliers de sites contenant des motifs de s&#xE9;quence d&#xE9;finis et ont des pr&#xE9;f&#xE9;rences distinctes pour exonique contre intronique ou de codage par rapport &#xE0; des r&#xE9;gions non traduites transcription. La cartographie pr&#xE9;cise des sites de liaison &#xE0; travers le transcriptome sera cruciale pour l&#x26;#39;interpr&#xE9;tation des donn&#xE9;es se font jour rapidement sur la variation g&#xE9;n&#xE9;tique entre les individus et la fa&#xE7;on dont ces variations contribuent &#xE0; des maladies g&#xE9;n&#xE9;tiques complexes.

Transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle d&#x26;#39;identification de l&#x26;#39;ARN-binding protein et sites cibles microARN par PAR-CLIP

RNA-Transkripte unterliegen Posttranscriptionale Genregulation bei denen hunderte von RNA-bindende Proteine (RBPs) und MicroRNA-haltigen-Gebiets-komplexe (MiRNPs) in einer Art von Zelle abh&auml;ngigen Weise ausgedr&uuml;ckt. Wir entwickelten einen zellbasierte vernetzender Ansatz um die Bindungsstellen der zellul&auml;ren RBPs und MiRNPs bei hoher Aufl&ouml;sung und Transkriptom-weite zu bestimmen. Die vernetzte Standorte sind durch Thymidin zu Cytidin &Uuml;berg&auml;nge in die cDNAs aus Immunopurified RNPs 4-Thiouridine-behandelte Zellen vorbereitet offenbart. Wir entschlossen die Bindungsstellen und regulatorische Konsequenzen f&uuml;r mehrere intensiv studierte RBPs und MiRNPs, einschlie&szlig;lich PUM2, QKI, IGF2BP1-3, her/EIF2C1-4 und TNRC6A-C. Unsere Studie ergab, dass diese Faktoren binden Tausende von Seiten mit definierten Sequenz Motive und unterschiedliche Vorlieben haben f&uuml;r exonic versus verband intronic oder Codierung gegen&uuml;ber nicht &uuml;bersetzte Abschrift Regionen. Die genaue Zuordnung der Bindung von Websites &uuml;ber das Transkriptom ist entscheidend, um die Interpretation der sich schnell verbreitende Daten auf genetische Variation zwischen Individuen und wie diese Variationen zu komplexen genetischen Erkrankungen beitragen.

Transkriptom-weite Identifikation von RNS-bindene Protein und MicroRNA Ziel-Sites von PAR-CLIP.

Trascrizioni di RNA sono soggetti a regolazione genica posttranscriptional coinvolgendo centinaia di RNA-binding proteins (RBPs) e microRNA contenenti complessi ribonucleoproteina (miRNPs) espressi in modo dipendente dal tipo di cellula. Abbiamo sviluppato un approccio basato sulle celle reticolazione per determinare a livello transcriptome e ad alta risoluzione i siti di legame di RBPs cellulare e miRNPs. I siti di reticolati sono rivelati da timidina a transizioni citidina in cDNAs preparato da immunopurified RNPs di cellule 4-thiouridine-trattati. Abbiamo determinato i siti di legame e conseguenze normative per diversi RBPs intensamente studiato e miRNPs, tra cui PUM2, QKI, IGF2BP1-3, 4-fa/EIF2C1 e TNRC6A-C. Il nostro studio &egrave; emerso che questi fattori legano migliaia di siti che contengono motivi di sequenza definita e hanno preferenze distinte per untranslated esonico versus intronic o codifica versus regioni di trascrizione. La precisa mappatura dei siti di legame attraverso il trascrittoma sar&agrave; fondamentale per l&#39;interpretazione dei dati rapidamente emergenti sulla variazione genetica tra individui e come tali variazioni contribuiscono a malattie genetiche complesse.

Transcriptome identificazione dei siti di RNA-binding protein e microRNA bersaglio da PAR-CLIP.

RNA&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x3001;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;RBP&#xFF09;&#x3068;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7D30;&#x80DE;&#x578B;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x5F62;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;miRNPs&#xFF09;&#x6570;&#x767E;&#x4EBA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3084;&#x643A;&#x5E2F;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x67B6;&#x6A4B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;4  - &#x30C1;&#x30AA;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;RNP&#x306F;&#x3092;&#x514D;&#x75AB;&#x7CBE;&#x88FD;&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;cDNA&#x3067;&#x30B7;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x9077;&#x79FB;&#x306B;&#x30C1;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;PUM2&#x3001;QKI&#x3001;IGF2BP1-3&#x3001;AGO/EIF2C1-4&#x3068;TNRC6A-C&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x71B1;&#x5FC3;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x304C;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5BFE;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x8EE2;&#x5199;&#x9818;&#x57DF;&#x5BFE;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x55DC;&#x597D;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x9593;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x4EBA;&#x3068;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x306F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x3078;&#x306E;&#x8CA2;&#x732E;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x65B0;&#x8208;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x89E3;&#x91C8;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

PAR-CLIP&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;microRNA&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;

RNA &#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs)&#xC640; microRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC218;&#xBC31; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; posttranscriptional &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; ribonucleoprotein &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C; (miRNPs) &#xC140; &#xD0C0;&#xC785; &#xC885;&#xC18D; &#xD328;&#xC158;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; RBPs &#xBC0F; Mirnps&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB192;&#xC740; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; transcriptome &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xAC00;&#xAD50; &#xC140; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. Crosslinked &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD2F0; &#xBBF8; &#xB518; immunopurified 4 thiouridine &#xCE58;&#xB8CC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; Rnps&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44; &#xB41C; Cdnas&#xC5D0; cytidine &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80;&#xC640; miRNPs, PUM2, QKI, IGF2BP1 3, &#xC804;/EIF2C1-4&#xC640; TNRC6A C&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5EC;&#xB7EC; RBPs &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xACB0;&#xACFC; &#xACB0;&#xC815; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC1D;&#xD600; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB300;&#xB85C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0;, intronic &#xB610;&#xB294; &#xCF54;&#xB529; &#xB300; &#xB300; exonic untranslated&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xD2B9;&#xD61C;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4; &#xB300; &#xBCF8; &#xC601;&#xC5ED;. Transcriptome &#xAC78;&#xCCD0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xB9E4;&#xD551; &#xAC1C;&#xC778;&#xACFC;&#xC774; &#xBCC0;&#xC774; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC2E0;&#xD765; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xD574;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; microRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758;.

Las transcripciones de ARN est&#xE1;n sujetos a la regulaci&#xF3;n de genes postranscripcional que participaron cientos de ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n a las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas () y que contienen complejos de microARN-ribonucleoprote&#xED;na (miRNPs) expresados &#x200B;&#x200B;en forma de c&#xE9;lulas de tipo dependiente. Hemos desarrollado un enfoque reticulaci&#xF3;n a base de c&#xE9;lulas para determinar en alta resoluci&#xF3;n y en todo el transcriptoma de los sitios de uni&#xF3;n de las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas y miRNPs celulares. Los sitios reticuladas son reveladas por timidina a las transiciones de citidina en los ADNc preparadas a partir de immunopurified RNPs de 4-tiouridina c&#xE9;lulas tratadas. Se determinaron los sitios de uni&#xF3;n y las consecuencias reglamentarias para varias pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas intensamente estudiados y miRNPs, incluyendo PUM2, QKI, IGF2BP1 3, AGO/EIF2C1-4 y TNRC6A-C. Nuestro estudio revel&#xF3; que estos factores se unen miles de sitios que contengan la secuencia de motivos definidos y tienen distintas preferencias de exonic contra intr&#xF3;nica o codificaci&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con las regiones no traducidas de transcripci&#xF3;n. La asignaci&#xF3;n exacta de los sitios de uni&#xF3;n de todo el transcriptoma ser&#xE1; fundamental para la interpretaci&#xF3;n de los datos que emergen r&#xE1;pidamente sobre la variaci&#xF3;n gen&#xE9;tica entre los individuos y c&#xF3;mo estas variaciones contribuyen a enfermedades gen&#xE9;ticas complejas.

Transcriptoma en toda la identificaci&#xF3;n de la prote&#xED;na de uni&#xF3;n al ARN y los sitios de destino microARN por PAR-CLIP

PiRNA &#x901A;&#x8DEF;&#x7684;&#x8FD0;&#x4F5C;&#x52A8;&#x7269;&#x751F;&#x6B96;&#x7EC6;&#x80DE;&#x884C;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x786E;&#x4FDD;&#x901A;&#x8FC7;&#x53CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x6C89;&#x9ED8;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5B8C;&#x6574;&#x6027;&#x3002;Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x76F8;&#x5173;&#x5C0F; RNAs (piRNAs) &#x53CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x7684;&#x8A8A;&#x672C;&#xFF0C;&#x9000;&#x5316;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C; post-transcriptionally &#x538B;&#x5236;&#x901A;&#x8FC7;&#x4E52;&#x4E53;&#x7403;&#x653E;&#x5927;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x6307;&#x5357; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x5288;&#x88C2;&#x7684;&#x53CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x540C;&#x65F6;&#x5B9A;&#x4E49;&#x5C06;&#x53CD;&#x8FC7;&#x6765;&#x6307;&#x5BFC;&#x521D;&#x7EA7; piRNA &#x524D;&#x4F53;&#xFF0C;&#x4ECE;&#x800C;&#x653E;&#x5927;&#x4E3B; piRNAs Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x4E8C;&#x7EA7; piRNA 5&#39; &#x7AEF;&#x3002;&#x51E0;&#x9879;&#x7814;&#x7A76;&#x63D0;&#x4F9B;&#x4E86;&#x8BC1;&#x636E;&#x8FD9;&#x79CD;&#x673A;&#x5236;&#x5B88;&#x6052;&#x540E;&#x751F;&#x52A8;&#x7269;&#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;&#x5982;&#x4F55;&#x542F;&#x52A8;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4F55;&#x79CD;&#x9176;&#x7684;&#x6D3B;&#x6027;&#x662F;&#x8D1F;&#x8D23;&#x751F;&#x6210;&#x5C0F;&#x5B66;&#x548C;&#x4E2D;&#x5B66; piRNAs &#x867D;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x6E05;&#x695A;&#x3002;

&#x5B88;&#x6052;&#x7684;&#x4EE3;&#x77ED;&#x4EA7;&#x54C1; piRNA &#x4F4D;&#x70B9;&#x3002;

The piRNA pathway operates in animal germ lines to ensure genome integrity through retrotransposon silencing. The Piwi protein-associated small RNAs (piRNAs) guide Piwi proteins to retrotransposon transcripts, which are degraded and thereby post-transcriptionally silenced through a ping-pong amplification process. Cleavage of the retrotransposon transcript defines at the same time the 5' end of a secondary piRNA that will in turn guide a Piwi protein to a primary piRNA precursor, thereby amplifying primary piRNAs. Although several studies provided evidence that this mechanism is conserved among metazoa, how the process is initiated and what enzymatic activities are responsible for generating the primary and secondary piRNAs are not entirely clear.

Conserved generation of short products at piRNA loci.

La voie de piRNA fonctionne en lignes germinales animales afin d&#39;assurer l&#39;int&eacute;grit&eacute; du g&eacute;nome par faire taire les r&eacute;trotransposons. Le Piwi prot&eacute;ines associ&eacute;es aux petits ARN (piRNAs) guide de prot&eacute;ines Piwi r&eacute;trotransposon transcriptions, qui sont d&eacute;grad&eacute;es et ainsi post-traductionnelle r&eacute;duits au silence par un processus d&#39;amplification de ping-pong. Le clivage de la transcription de r&eacute;trotransposons d&eacute;finit en m&ecirc;me temps l&#39;extr&eacute;mit&eacute; 5&#39; d&#39;un piRNA secondaire qui vous guideront &agrave; son tour une prot&eacute;ine Piwi pour un pr&eacute;curseur primaire piRNA, amplifiant ainsi les piRNAs primaires. Bien que plusieurs &eacute;tudes ont prouv&eacute; que ce m&eacute;canisme est conserv&eacute; chez les m&eacute;tazoaires, comment le processus est lanc&eacute; et quelles activit&eacute;s enzymatiques sont charg&eacute;es de g&eacute;n&eacute;rer les piRNAs primaires et secondaires ne sont pas tout &agrave; fait claire.

Conserv&eacute;e de g&eacute;n&eacute;ration de quelques produits &agrave; piRNA loci.

Der PiRNA-Stoffwechselweg ist in tierischen Keim Genom Integrit&auml;t durch Retrotransposon Unterdr&uuml;ckender sicherzustellen. Piwi Protein-assoziierte kleine RNAs (PiRNAs) f&uuml;hren Piwi Proteine zum Retrotransposon Abschriften, die abgebaut und damit post-transcriptionally zum Schweigen gebracht durch einen Ping-Pong-Verst&auml;rkung-Prozess. Spaltung der Niederschrift Retrotransposon definiert gleichzeitig das 5&#39;-Ende eine sekund&auml;re Pirna, die wiederum eine Piwi-Protein, ein Vorl&auml;ufer der prim&auml;ren PiRNA, dadurch Verst&auml;rkung prim&auml;re PiRNAs f&uuml;hrt. Obwohl mehrere Studien bereitgestellt Beweise daf&uuml;r, dass dieser Mechanismus unter Metazoa konserviert wird, sind wie der Prozess initiiert wird und welche enzymatischen T&auml;tigkeiten sind zust&auml;ndig f&uuml;r die Generierung der prim&auml;ren und sekund&auml;ren PiRNAs nicht ganz klar.

Konservierte Produktgeneration kurze bei PiRNA Loci.

Il percorso di piRNA opera nelle linee germinali degli animali per garantire l&#39;integrit&agrave; del genoma attraverso Retrotrasposone silenziamento. Il Piwi proteine associate piccolo RNAs (piRNAs) guida le proteine Piwi per retrotrasposone trascrizioni, che sono degradate e quindi post-transcriptionally a tacere attraverso un processo di amplificazione di ping-pong. Scissione della trascrizione retrotrasposone definisce allo stesso tempo l&#39;estremit&agrave; 5&#39; di un piRNA secondario che a sua volta guider&agrave; una proteina Piwi ad un precursore primario piRNA, amplificando quindi piRNAs primario. Anche se diversi studi ha fornito prove che questo meccanismo &egrave; conservato tra metazoa, come il processo &egrave; iniziato e quali attivit&agrave; enzimatica sono responsabile per la generazione i piRNAs primario e secondario non sono interamente chiare.

Conservato generazione di prodotti brevi a piRNA loci.

&#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3092;&#x901A;&#x3058;&#x3066;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3; &#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x6574;&#x5408;&#x6027;&#x3092;&#x78BA;&#x4FDD;&#x3059;&#x308B;&#x52D5;&#x7269;&#x80DA;&#x7DDA;&#x3067;&#x52D5;&#x4F5C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4F4E;&#x4E0B;&#x3057;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066; post-transcriptionally &#x5353;&#x7403;&#x5897;&#x5E45;&#x904E;&#x7A0B;&#x3092;&#x901A;&#x3057;&#x3066;&#x6C88;&#x9ED9;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x6210;&#x7E3E;&#x8A3C;&#x660E;&#x66F8; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3092;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x305F;&#x5C0F;&#x3055;&#x3044; RNAs &#x306F; &#xFF08;piRNAs&#xFF09; &#x30AC;&#x30A4;&#x30C9;&#x3092;&#x3002;&#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306E;&#x958B;&#x88C2;&#x3068;&#x540C;&#x6642;&#x306B;&#x9806;&#x756A; Piwi &#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30EA; piRNAs &#x5897;&#x5E45;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30EA; &#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x524D;&#x99C6;&#x4F53;&#x306B;&#x3001;&#x6307;&#x91DD;&#x3068;&#x306A;&#x308B;&#x30BB;&#x30AB;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EA; &#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x306E; 5&#39; &#x672B;&#x7AEF;&#x3092;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3053;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x304C;&#x5F8C;&#x751F;&#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x7BC0;&#x7D04;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3001;&#x30D7;&#x30ED;&#x30BB;&#x30B9;&#x304C;&#x958B;&#x59CB;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x9175;&#x7D20;&#x6D3B;&#x52D5;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30DE;&#x30EA;&#x3068;&#x30BB;&#x30AB;&#x30F3;&#x30C0;&#x30EA;&#x306E; piRNAs &#x3092;&#x751F;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x306F;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;

&#x4FDD;&#x5B58;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x4E16;&#x4EE3;&#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x3067;&#x306E;&#x77ED;&#x3044;&#x88FD;&#x54C1;&#x306E;&#x3002;

&#xD53C; &#xB974; &#xB098; &#xD1B5;&#xB85C; &#xB3D9;&#xBB3C; &#xC138;&#xADE0; &#xB77C;&#xC778; retrotransposon &#xC785;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xAC8C;&#xB188; &#xBB34;&#xACB0;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC7A5; &#xD55C;&#xB2E4;. Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xC791;&#xC740; RNAs (piRNAs) retrotransposon &#xC131;&#xC801; &#xC800;&#xD558;&#xC640; &#xADF8;&#xB85C; &#xC778;&#xD558;&#xC5EC; post-transcriptionally &#xD0C1;&#xAD6C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xACFC;&#xC815;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC785; &#xB9C9; &#xC74C; &#xD558;&#xB294; Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC548;&#xB0B4;. Retrotransposon &#xB300; &#xBCF8;&#xC758; &#xCABC;&#xAC1C; &#xC9D0; &#xB3D9;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xD568;&#xC73C;&#xB85C;&#xC368; &#xAE30;&#xBCF8; Pirnas&#xB97C; &#xC99D;&#xD3ED; &#xD558;&#xB294; &#xC8FC; &#xD53C; &#xB974; &#xB098; &#xC804;&#xC870;&#xB97C; &#xCC28;&#xB840;&#xB85C; Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC548;&#xB0B4;&#xD560; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBCF4;&#xC870; piRNA 5&#39; &#xB05D;&#xC744; &#xC815;&#xC758; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; metazoa &#xC911;&#xC5D0;&#xC11C; &#xBCF4;&#xC874; &#xD558;&#xB294; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC;, &#xBE44;&#xB85D; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xD504;&#xB85C;&#xC138;&#xC2A4;&#xAC00; &#xC2DC;&#xC791; &#xB418; &#xACE0; &#xD6A8;&#xC18C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC740; 1 &#xCC28; &#xBC0F; 2 &#xCC28; piRNAs &#xC0DD;&#xC131; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xBA85;&#xD655; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

PiRNA loci&#xC5D0; &#xC9E7;&#xC740; &#xC81C;&#xD488;&#xC758; &#xC138;&#xB300;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC874;&#xB41C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La v&iacute;a de piRNA opera en l&iacute;neas de germen animal para asegurar la integridad del genoma a trav&eacute;s de retrotransposon silenciamiento. Los P&iacute;o prote&iacute;na asociada peque&ntilde;os RNAs (piRNAs) gu&iacute;an de prote&iacute;nas Piwi retrotransposon transcripciones, que son degradadas y as&iacute; post-transcriptionally silenciadas a trav&eacute;s de un proceso de amplificaci&oacute;n de ping-pong. Escote de la transcripci&oacute;n de retrotransposon define al mismo tiempo el extremo 5&#39; de una secundaria piRNA que guiar&aacute; a su vez una prote&iacute;na Piwi a un precursor primario piRNA, amplificando as&iacute; piRNAs primaria. Aunque varios estudios proporcionan evidencia que este mecanismo se conserva entre los metazoa, c&oacute;mo se inicia el proceso y qu&eacute; actividades enzim&aacute;ticas son responsables de generar las piRNAs primaria y secundaria no son totalmente claros.

Conservado generaci&oacute;n de productos cortos en piRNA lugares geom&eacute;tricos.

&#x6D3E;&#x751F;&#x7684;&#x6267;&#x884C;&#x53CD;&#x590D;&#x7684;&#x5143;&#x7D20; Piwi &#x4E92;&#x52A8; Rna (piRNAs) &#x4EE3;&#x7406;&#x4EBA; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x871C; &#xFF08;&#x4E5F;&#x79F0;&#x4E3A; Piwil2&#xFF09; &#x548C; Miwi2 &#xFF08;&#x4E5F;&#x79F0;&#x4E3A; Piwil4&#xFF09; &#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x9632;&#x5FA1;&#x673A;&#x5236;&#xFF0C;&#x542F;&#x52A8;&#x901A;&#x8FC7;&#x9F20;&#x6807;&#x7537;&#x6027;&#x80DA;&#x80CE;&#x751F;&#x6B96;&#x7EC6;&#x80DE;&#x884C;&#x4E2D;&#x7684; DNA &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x6C89;&#x9ED8;&#x7684;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x3002;&#x8FD9;&#x6C89;&#x9ED8;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x5728;&#x5207;&#x7247;&#x5668;&#x4F9D;&#x8D56; piRNA &#x653E;&#x5927;&#x901A;&#x8DEF; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x53C2;&#x4E0E;&#xFF0C;&#x5BF9;&#x4E8E;&#x7537;&#x6027;&#x7684;&#x751F;&#x80B2;&#x80FD;&#x529B;&#x81F3;&#x5173;&#x91CD;&#x8981;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E09; Piwi &#x5BB6;&#x5EAD;&#x6210;&#x5458;&#xFF0C;Miwi &#xFF08;&#x4E5F;&#x79F0;&#x4E3A; Piwil1&#xFF09;&#xFF0C;&#x88AB;&#x8868;&#x793A;&#x7279;&#x5B9A;&#x4EA7;&#x540E;&#x751F;&#x7CBE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x540C;&#x4F19;&#x4E0E;&#x4E00;&#x5957;&#x72EC;&#x7279;&#x7684; piRNAs &#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x51FD;&#x6570;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A; Miwi &#x662F;&#x5C0F; RNA &#x6307;&#x5BFC;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x9178; &#xFF08;&#x5207;&#x7247;&#x5668;&#xFF09; &#x4E3A;&#x76EE;&#x6807;&#x5375;&#x4F53;&#x5916;&#x9700;&#x8981;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x7684;&#x4E92;&#x8865;&#x6027;&#x3002;&#x7531;&#x5355;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x70B9;&#x7A81;&#x53D8;&#x5C0F;&#x9F20;&#x53CA;&#x5176;&#x50AC;&#x5316;&#x6D3B;&#x6027;&#x7684;&#x4E2D;&#x65AD;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x7537;&#x6027;&#x4E0D;&#x80B2;&#xFF0C;&#x548C;&#x7A81;&#x53D8;&#x4F53;&#x751F;&#x6B96;&#x7EC6;&#x80DE;&#x663E;&#x793A; 1 &#x53F7;&#x7EBF;&#x8F66;&#x7AD9;&#x53CD;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x8A8A;&#x672C;&#x589E;&#x52A0;&#x7684;&#x79EF;&#x7D2F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x4F9B; Miwi &#x5207;&#x7247;&#x673A;&#x6D3B;&#x52A8;&#x76F4;&#x63A5;&#x88C2;&#x89E3;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x4FE1;&#x4F7F; Rna&#xFF0C;&#x7684;&#x8BC1;&#x636E;&#x63D0;&#x4F9B;&#x91CD;&#x590D;&#x6D3E;&#x751F; piRNAs &#x957F;&#x89E3;&#x91CA;&#x4E3A;&#x7EE7;&#x7EED;&#x7EF4;&#x6301;&#x6C89;&#x9ED8;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x5728;&#x751F;&#x6B96;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x540E;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x652F;&#x6301;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5207;&#x7247;&#x5668;&#x4F9D;&#x8D56;&#x6C89;&#x9ED8;&#x673A;&#x5236;&#x8BE5;&#x529F;&#x80FD;&#x6CA1;&#x6709; piRNA &#x653E;&#x5927;&#x3002;&#x56E0;&#x6B64;&#xFF0C;Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x4F3C;&#x4E4E;&#x91C7;&#x53D6;&#x53CC;&#x7BA1;&#x9F50;&#x4E0B;&#x7684;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x6C89;&#x9ED8;&#x7B56;&#x7565;&#xFF1A; &#x4E00;&#x4E2A;&#x4FC3;&#x8FDB;&#x8F6C;&#x5F55;&#x6291;&#x5236;&#x80DA;&#x80CE;&#x3001; &#x5176;&#x4ED6;&#x5F3A;&#x5316;&#x4E86;&#x51FA;&#x751F;&#x540E;&#x8F6C;&#x5F55;&#x4E00;&#x7EA7;&#x6C89;&#x9ED8;&#x3002;

Miwi &#x50AC;&#x5316;&#x662F;&#x5FC5;&#x9700;&#x7684; piRNA &#x653E;&#x5927;&#x72EC;&#x7ACB; 1 &#x53F7;&#x7EBF;&#x8F66;&#x7AD9;&#x8F6C;&#x5EA7;&#x5B50;&#x6C89;&#x9ED8;&#x3002;

Repetitive-element-derived Piwi-interacting RNAs (piRNAs) act together with Piwi proteins Mili (also known as Piwil2) and Miwi2 (also known as Piwil4) in a genome defence mechanism that initiates transposon silencing via DNA methylation in the mouse male embryonic germ line. This silencing depends on the participation of the Piwi proteins in a slicer-dependent piRNA amplification pathway and is essential for male fertility. A third Piwi family member, Miwi (also known as Piwil1), is expressed in specific postnatal germ cells and associates with a unique set of piRNAs of unknown function. Here we show that Miwi is a small RNA-guided RNase (slicer) that requires extensive complementarity for target cleavage in vitro. Disruption of its catalytic activity in mice by a single point mutation causes male infertility, and mutant germ cells show increased accumulation of LINE1 retrotransposon transcripts. We provide evidence for Miwi slicer activity directly cleaving transposon messenger RNAs, offering an explanation for the continued maintenance of repeat-derived piRNAs long after transposon silencing is established in germline stem cells. Furthermore, our study supports a slicer-dependent silencing mechanism that functions without piRNA amplification. Thus, Piwi proteins seem to act in a two-pronged mammalian transposon silencing strategy: one promotes transcriptional repression in the embryo, the other reinforces silencing at the post-transcriptional level after birth.

Miwi catalysis is required for piRNA amplification-independent LINE1 transposon silencing.

Repetitive-&eacute;l&eacute;ment-d&eacute;riv&eacute; Piwi-interacting RNAs (piRNAs) agissent ainsi que de prot&eacute;ines Piwi Mili (&eacute;galement connu sous le nom de Piwil2) et Miwi2 (&eacute;galement connu comme Piwil4) dans un m&eacute;canisme de d&eacute;fense du g&eacute;nome qui initie transposon silencieux par m&eacute;thylation de l&#39;ADN dans la lign&eacute;e m&acirc;le germinales embryonnaires de souris. Ce silence d&eacute;pend de la participation des prot&eacute;ines Piwi dans une voie d&#39;amplification de piRNA trancheuse-d&eacute;pendante et est essentiel pour la fertilit&eacute; masculine. Un troisi&egrave;me membre famille Piwi, Miwi (&eacute;galement connu sous le nom Piwil1), est exprim&eacute; en sp&eacute;cifiques des cellules germinales postnatals et s&#39;associe avec un ensemble unique de piRNAs de fonction inconnue. Nous d&eacute;montrons que Miwi est un petit guidage RNA RNase (trancheuse) n&eacute;cessitant une grande compl&eacute;mentarit&eacute; de clivage cible in vitro. Interruption de son activit&eacute; catalytique chez la souris par une mutation ponctuelle provoque la st&eacute;rilit&eacute; masculine et mutants des cellules germinales montrent une accumulation accrue de ligne1 r&eacute;trotransposon transcriptions. Nous fournir la preuve pour l&#39;activit&eacute; de trancheuse Miwi clivant directement des ARN messagers de transposon, offrant une explication pour le maintien de piRNAs d&eacute;riv&eacute; de r&eacute;p&eacute;tition long apr&egrave;s que transposon silencieux est &eacute;tablie dans les cellules souches dans les cellules germinales. Par ailleurs, notre &eacute;tude soutient un m&eacute;canisme silencieux de trancheuse-d&eacute;pendant qui fonctionne sans amplification de piRNA. Ainsi, les prot&eacute;ines de Piwi semblent agir dans un transposon mammif&egrave;res double silencieux strat&eacute;gie : un favorise la r&eacute;pression transcriptionnelle chez l&#39;embryon, l&#39;autre renforce silencieux au niveau post-transcriptionnel apr&egrave;s la naissance.

MiWi catalyse est requise pour piRNA amplification ind&eacute;pendante LINE1 transposon silencieux.

Wiederholte-Element-abgeleitet von Piwi-Interaktion RNAs (PiRNAs) zu handeln, zusammen mit Piwi Proteine Mili (auch bekannt als Piwil2) und Miwi2 (auch Piwil4 genannt) im Genom Abwehrmechanismus, der initiiert Transposon zum Schweigen &uuml;ber DNA-Methylierung in die Maus m&auml;nnlichen embryonalen Keimbahn. Diese Unterdr&uuml;ckender h&auml;ngt von der Beteiligung der Piwi Proteine in PiRNA Slicer-abh&auml;ngige Verst&auml;rkung Weg und ist wesentlich f&uuml;r die m&auml;nnliche Fruchtbarkeit. Eine dritte Piwi-Familienmitglied, Miwi (auch bekannt als Piwil1), wird in bestimmten postnatalen Keimzellen und Mitarbeiter mit einem eindeutigen Satz von PiRNAs unbekannter Funktion ausgedr&uuml;ckt. Hier zeigen wir, dass Miwi ist eine kleine RNA-gef&uuml;hrte RNase (Slicer), die umfangreiche Komplementarit&auml;t zur Ziel-Spaltung in-vitro ben&ouml;tigt. Unterbrechung der seine katalytische Aktivit&auml;t bei M&auml;usen eine einzelne Punkt-Mutation f&uuml;hrt dazu, dass M&auml;nnliche Unfruchtbarkeit und mutant Keimzellen zeigen erh&ouml;hte Ansammlung von LINE1 Retrotransposon Abschriften. Wir belegen f&uuml;r Miwi Slicer Aktivit&auml;t direkt Splei&szlig;en Transposon-Messenger-RNAs, bietet eine Erkl&auml;rung f&uuml;r die kontinuierliche Wartung der Wiederholung abgeleitete PiRNAs lange nachdem Transposon Unterdr&uuml;ckender in Germline Stammzellen hergestellt wurde. Unsere Studie unterst&uuml;tzt au&szlig;erdem einem Slicer-abh&auml;ngige silencing Mechanismus funktioniert ohne PiRNA Verst&auml;rkung. Somit Piwi Proteine scheinen in eine zweigleisige S&auml;ugetier-Transposon Unterdr&uuml;ckender Strategie zu handeln: man f&ouml;rdert transcriptional Repression im Embryo, das andere verst&auml;rkt zum Schweigen auf Posttranskriptionale Ebene nach der Geburt.

MiWi Katalyse ist erforderlich f&uuml;r PiRNA Verst&auml;rkung-unabh&auml;ngige LINE1 Transposon zum Schweigen.

Derivato da elemento ripetitivo Piwi-interacting RNAs (piRNAs) agiscono insieme a proteine Piwi Mili (noto anche come Piwil2) e Miwi2 (noto anche come Piwil4) in un meccanismo di difesa del genoma che avvia Trasposone silenziamento tramite metilazione del DNA nella linea maschio germe embrionali del mouse. Questo silenzio dipende la partecipazione delle proteine Piwi in un percorso di amplificazione piRNA affettatrice-dipendente ed &egrave; essenziale per la fertilit&agrave; maschile. Un terzo membro della famiglia Piwi, Miwi (noto anche come Piwil1), &egrave; espressa in specifiche cellule germinali postnatale e collaboratori con un set unico di piRNAs dalla funzione sconosciuta. Qui vi mostriamo che Miwi &egrave; una RNasi piccola RNA-guidate (slicer) che richiede ampia complementariet&agrave; per la scissione di destinazione in vitro. Interruzione della sua attivit&agrave; catalitica nei topi da una singola mutazione puntiforme provoca infertilit&agrave; maschile, e cellule germinali mutante mostrano maggiore accumulo di LINE1 retrotrasposone trascrizioni. Forniamo prove per l&#39;attivit&agrave; di sezionamento Miwi direttamente fendendo trasposone Messaggero RNAs, offrendo una spiegazione per il mantenimento costante della ripetizione-derivato piRNAs lungo dopo silenziamento trasposone &egrave; stabilita in cellule staminali germinali. Inoltre, il nostro Studio supporta un meccanismo di silenziamento affettatrice-dipendente che funzioni senza amplificazione di piRNA. Cos&igrave;, le proteine Piwi sembrano agire in una duplice mammiferi trasposone silenziamento strategia: uno promuove transcriptional repressione nell&#39;embrione, l&#39;altro rafforza il silenziamento a livello posttrascrizionale dopo la nascita.

MiWi catalisi sono richiesto per piRNA amplificazione indipendente LINE1 trasposone silenziamento.

&#x6D3E;&#x751F;&#x8981;&#x7D20;&#x306E;&#x53CD;&#x5FA9;&#x7684;&#x306A;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x30D4;&#x30FC;&#x30A6;&#x30A3; Rna (piRNAs) Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30DF;&#x30EA; &#xFF08;Piwil2 &#x3068;&#x3082;&#x547C;&#x3070;&#x308C;&#x307E;&#x3059;) &#x3068;&#x5171;&#x306B;&#x884C;&#x52D5;&#x3057;&#x3001;&#xFF08;Piwil4 &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3082;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x308B;&#xFF09; Miwi2 &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x9632;&#x885B;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3; &#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x96C4;&#x80DA;&#x751F;&#x6B96;&#x7CFB;&#x5217;&#x3067;&#x306E; DNA &#x306E;&#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0; Piwi &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x30B9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC;&#x4F9D;&#x5B58;&#x578B;&#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x5897;&#x5E45;&#x7D4C;&#x8DEF;&#x3078;&#x306E;&#x53C2;&#x52A0;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x3001;&#x7537;&#x6027;&#x306E;&#x8C4A;&#x9952;&#x306B;&#x4E0D;&#x53EF;&#x6B20;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x7B2C;&#x4E09; Piwi &#x5BB6;&#x65CF;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;&#x3001;Miwi (Piwil1 &#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x3082;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;) &#x7279;&#x5B9A;&#x751F;&#x5F8C;&#x751F;&#x6B96;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x4EF2;&#x9593;&#x3068; piRNAs &#x306E;&#x672A;&#x77E5;&#x95A2;&#x6570;&#x306E;&#x4E00;&#x610F;&#x306E;&#x30BB;&#x30C3;&#x30C8;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; Miwi &#x5E83;&#x7BC4;&#x306A;&#x76F8;&#x88DC;&#x6027;&#x3092;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3059;&#x308B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x958B;&#x88C2; in vitro &#x3067;&#x306F;&#x5C0F;&#x3055;&#x306A; RNA &#x304C;&#x8A98;&#x5C0E; RNase (&#x30B9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC;) &#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x7537;&#x6027;&#x4E0D;&#x598A;&#x3001;&#x5358;&#x4E00;&#x306E;&#x70B9;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x306E;&#x89E6;&#x5A92;&#x6D3B;&#x6027;&#x306E;&#x6DF7;&#x4E71;&#x3092;&#x5F15;&#x304D;&#x8D77;&#x3053;&#x3059;&#x3001;&#x7A81;&#x7136;&#x5909;&#x7570;&#x4F53;&#x306E;&#x751F;&#x6B96;&#x7D30;&#x80DE;&#x5897;&#x52A0;&#x84C4;&#x7A4D; LINE1 &#x30EC;&#x30C8;&#x30ED;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x6210;&#x7E3E;&#x8A3C;&#x660E;&#x66F8;&#x306E;&#x8868;&#x793A;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3; &#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x751F;&#x6B96;&#x7D30;&#x80DE;&#x7CFB;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x305F;&#x5F8C;&#x7E70;&#x308A;&#x8FD4;&#x3057;&#x6D3E;&#x751F; piRNAs &#x9577;&#x3044;&#x306E;&#x7D99;&#x7D9A;&#x7684;&#x306A;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C6;&#x30CA;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x8AAC;&#x660E;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x3066;&#x76F4;&#x63A5;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3; &#x30E1;&#x30C3;&#x30BB;&#x30F3;&#x30B8;&#x30E3;&#x30FC; RNAs&#x3001;&#x5272;&#x65AD; Miwi &#x30B9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x7814;&#x7A76;&#x30B9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B5;&#x30FC;&#x4F9D;&#x5B58;&#x578B;&#x306E;&#x6C88;&#x9ED9;&#x306E;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0; &#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x5897;&#x5E45;&#x306A;&#x3057;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x305F;&#x304C;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA; Piwi &#x6226;&#x7565;&#x3092;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x4E8C;&#x9762;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x306E;&#x53EF;&#x52D5;&#x3092;&#x884C;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x3088;&#x3046;&#x3067;&#x3059;&#xFF1A; 1 &#x3064;&#x80DA;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x8EE2;&#x5199;&#x6291;&#x5236;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x4ED6;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x51FA;&#x751F;&#x5F8C;&#x30B5;&#x30A4;&#x30EC;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x5F37;&#x5316;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Miwi &#x89E6;&#x5A92;&#x306F;&#x3001;&#x30D4;&#x30EB;&#x30CA;&#x5897;&#x5E45;&#x72EC;&#x7ACB; LINE1 &#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30DD;&#x30BE;&#x30F3;&#x9ED9;&#x3089;&#x305B;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;

Piwi &#xC791;&#xC6A9; RNAs &#xBC18;&#xBCF5; &#xC694;&#xC18C; &#xD30C;&#xC0DD; (piRNAs) Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xBC00;&#xB9AC; (Piwil2 &#xB77C;&#xACE0;&#xB3C4; &#xD568;)&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xD589;&#xB3D9; &#xD558; &#xACE0; &#xAC8C;&#xB188; &#xBC29;&#xC5B4; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0;&#xB294; Miwi2 (Piwil4 &#xB77C;&#xACE0;&#xB3C4; &#xD568;)&#xB294; transposon &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4; &#xB0A8;&#xC131; &#xBC30;&#xC544; &#xC138;&#xADE0; &#xB77C;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C; DNA &#xBA54; &#xD2F8; &#xD654;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; &#xC785;&#xC744; &#xC2DC;&#xC791; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC774; &#xC785;&#xC744; &#xC2AC;&#xB77C;&#xC774;&#xC11C; &#xC885;&#xC18D; piRNA &#xC99D;&#xD3ED; &#xD1B5;&#xB85C;&#xC5D0;&#xC11C; Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xCC38;&#xC5EC;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB2EC;&#xB77C; &#xC9D1;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xB0A8;&#xC131; &#xBD88; &#xC784;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC218;&#xC801;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC138; &#xBC88;&#xC9F8; Piwi &#xAC00;&#xC871; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0;, Miwi (Piwil1 &#xB77C;&#xACE0;&#xB3C4; &#xD568;) &#xD2B9;&#xC815; &#xCD9C;&#xC0DD; &#xD6C4; &#xC138;&#xADE0; &#xC138;&#xD3EC;&#xC640; &#xC54C; &#xC218; &#xC5C6;&#xB294; &#xD568;&#xC218;&#xB294; Pirnas&#xC758; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xC9D1;&#xD569; &#xB3D9;&#xB8CC;&#xB85C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; Miwi&#xB294; &#xC791;&#xC740; RNA &#xAE30;&#xBC18; RNase (&#xC2AC;&#xB77C;&#xC774;&#xC11C;) &#xB300;&#xC0C1; &#xBD84;&#xC5F4; &#xCCB4; &#xC678;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; complementarity &#xD544;&#xC694;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;. &#xB2E8;&#xC77C; &#xC810; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC758;&#xD574; &#xC950;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xCD09;&#xB9E4; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC758; &#xC7A5;&#xC560; &#xB0A8;&#xC131; &#xBD88; &#xC784; &#xC6D0;&#xC778;&#xACFC; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xC138;&#xADE0; &#xC138;&#xD3EC; &#xD45C;&#xC2DC; LINE1 retrotransposon &#xC131;&#xC801; &#xC99D;&#xBA85;&#xC11C;&#xC758; &#xC99D;&#xAC00; &#xCD95;&#xC801;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xBC88;&#xC9F8; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xC124;&#xB9BD;&#xC740; transposon &#xC785;&#xC744; &#xD6C4; &#xAE34; &#xBC18;&#xBCF5; &#xD30C;&#xC0DD; &#xB41C; Pirnas&#xC758; &#xC9C0;&#xC18D;&#xC801;&#xC778;&#xB41C; &#xC720;&#xC9C0; &#xBCF4;&#xC218;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC124;&#xBA85;&#xC744; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558; &#xACE0; &#xC9C1;&#xC811; transposon &#xBA54;&#xC2E0;&#xC800; RNAs &#xC808;&#xB2E8;&#xD615; Miwi &#xC2AC;&#xB77C;&#xC774;&#xC11C; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC99D;&#xAC70;&#xB97C; &#xC81C;&#xACF5; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; piRNA &#xC99D;&#xD3ED; &#xC5C6;&#xC774; &#xAE30;&#xB2A5; &#xD558; &#xC2AC;&#xB77C;&#xC774;&#xC11C; &#xC885;&#xC18D; silencing &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xC9C0;&#xC6D0;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB530;&#xB77C;&#xC11C; Piwi &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xB450; &#xAC08;&#xB798;&#xC758; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; transposon &#xC785;&#xC744; &#xC804;&#xB7B5; &#xD589;&#xB3D9; &#xAC19;&#xB2E4;: &#xD558;&#xB098; &#xD0DC;&#xC544; transcriptional &#xC5B5;&#xC555;&#xC744; &#xCD94;&#xC9C4; &#xD558; &#xACE0;, &#xB2E4;&#xB978; &#xCD9C;&#xC0DD; &#xD6C4; post-transcriptional &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC785;&#xC744; &#xAC15;&#xD654;.

Miwi &#xCD09;&#xB9E4;&#xAC00; &#xD53C; &#xB974; &#xB098; &#xC99D;&#xD3ED; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; LINE1 transposon &#xC785;&#xC744; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Repetitivo-elemento-deriva del P&iacute;o-interactuando RNAs (piRNAs) act&uacute;an junto con las prote&iacute;nas Piwi Mili (tambi&eacute;n conocido como Piwil2) y Miwi2 (tambi&eacute;n conocido como Piwil4) en un mecanismo de defensa del genoma que inicia transposon silenciamiento mediante metilaci&oacute;n del ADN en la l&iacute;nea de hombre germinales embrionarias de rat&oacute;n. Este silenciamiento depende de la participaci&oacute;n de las prote&iacute;nas de P&iacute;o en una v&iacute;a de amplificaci&oacute;n de piRNA dependiente de la m&aacute;quina de cortar y es esencial para la fertilidad masculina. Un tercer miembro de la familia del P&iacute;o, Miwi (tambi&eacute;n conocido como Piwil1), se expresa en c&eacute;lulas de germen postnatales espec&iacute;ficas y asociados con un conjunto &uacute;nico de piRNAs de funci&oacute;n desconocida. Aqu&iacute; mostramos que Miwi es una RNasa guiada por RNA peque&ntilde;o (cortar) que requiere amplia complementariedad para escote blanco in vitro. Interrupci&oacute;n de su actividad catal&iacute;tica en ratones por una sola mutaci&oacute;n de punto causa infertilidad masculina, y las c&eacute;lulas germen mutantes muestran mayor acumulaci&oacute;n de transcritos de retrotransposon LINE1. Proporcionamos la evidencia para la actividad de la m&aacute;quina de cortar de Miwi directamente hendiendo transposon mensajero ARN, que ofrece una explicaci&oacute;n para el mantenimiento continuo de repetici&oacute;n derivados piRNAs largo despu&eacute;s de silenciamiento del transpos&oacute;n se establece en las c&eacute;lulas madre de l&iacute;nea germinal. Adem&aacute;s, nuestro estudio apoya un mecanismo de silenciamiento de cortadora-dependiente que funciona sin amplificaci&oacute;n de piRNA. As&iacute;, las prote&iacute;nas Piwi parecen actuar en un transpos&oacute;n mam&iacute;fero doble estrategia de silenciamiento: uno promueve la represi&oacute;n transcripcional en el embri&oacute;n, el otro refuerza silenciar a nivel post-transcripcional despu&eacute;s del nacimiento.

Philipp Berninger

Biozentrum der Universität Basel and Swiss Institute of Bioinformatics (SIB)

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins