par-clip-method-to-identify-transcriptome-wide-binding-sites-rna

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

RNA transcripts are subjected to post-transcriptional gene regulation by interacting with hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ...

Rockefeller University

&#x8FD1;&#x51E0;&#x5E74;&#x7684;&#x5927;&#x89C4;&#x6A21; DNA &#x6D4B;&#x5E8F;&#x9879;&#x76EE;&#x6269;&#x6563;&#x5E26;&#x52A8;&#x4E86;&#x641C;&#x7D22;&#x7684;&#x66FF;&#x4EE3;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x4EE5;&#x51CF;&#x5C11;&#x65F6;&#x95F4;&#x548C;&#x6210;&#x672C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x4E00;&#x4E2A;&#x53EF;&#x6269;&#x5C55;&#x3001; &#x9AD8;&#x5EA6;&#x5E73;&#x884C;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4E0E;&#x539F;&#x59CB;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x5927;&#x5927;&#x9AD8;&#x4E8E;&#x5148;&#x8FDB;&#x7684;&#x6BDB;&#x7EC6;&#x7BA1;&#x7535;&#x6CF3;&#x4EEA;&#x5668;&#x3002;&#x8BE5;&#x4EEA;&#x5668;&#x4F7F;&#x7528;&#x7684;&#x4E2A;&#x522B;&#x4E95;&#x7684;&#x65B0;&#x578B;&#x5149;&#x7EA4;&#x5E7B;&#x706F;&#x7247;&#xFF0C;&#x662F;&#x80FD;&#x591F;&#x6D4B;&#x5E8F; 2500 &#x4E07;&#x7684;&#x57FA;&#x5730;&#xFF0C;99%&#x6216;&#x66F4;&#x597D;&#x7684;&#x51C6;&#x786E;&#x6027;&#xFF0C;&#x5728;&#x4E00;&#x4E2A;&#x56DB;&#x5C0F;&#x65F6;&#x8FD0;&#x884C;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x5BF9;&#x5F53;&#x524D; Sanger &#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x5B9E;&#x73B0;&#x5927;&#x7EA6;&#x4F20;&#x8F93;&#x7387;&#x63D0;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5236;&#x8BA2;&#x4E86;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x4EEA;&#x548C; DNA &#x6269;&#x589E;&#x4E73;&#x5316;&#x65B9;&#x6CD5;&#x5408;&#x6210;&#x4F7F;&#x7528;&#x4F18;&#x5316;&#x7684;&#x575A;&#x5B9E;&#x652F;&#x6301;&#x548C; picolitre &#x89C4;&#x6A21;&#x5377;&#x7126;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x534F;&#x8BAE;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x5B9E;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x3001; &#x541E;&#x5410;&#x91CF;&#x3001; &#x7CBE;&#x5EA6;&#x548C;&#x9E1F;&#x67AA;&#x6CD5;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6B64;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x9C81;&#x68D2;&#x6027;&#x548C; de novo &#x5927;&#x4F1A;&#x652F;&#x539F;&#x4F53;&#x751F;&#x6B96;&#x652F;&#x539F;&#x4F53;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x8986;&#x76D6;&#x7387; 96%99.96%&#x7CBE;&#x5EA6;&#x5728;&#x4E00;&#x4E2A;&#x8FD0;&#x884C;&#x7684;&#x673A;&#x5668;&#x4E0A;&#x3002;

&#x8D85;&#x5FAE;&#x578B;&#x9AD8;&#x5BC6;&#x5EA6; picolitre &#x53CD;&#x5E94;&#x5806;&#x4E2D;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x3002;

The proliferation of large-scale DNA-sequencing projects in recent years has driven a search for alternative methods to reduce time and cost. Here we describe a scalable, highly parallel sequencing system with raw throughput significantly greater than that of state-of-the-art capillary electrophoresis instruments. The apparatus uses a novel fibre-optic slide of individual wells and is able to sequence 25 million bases, at 99% or better accuracy, in one four-hour run. To achieve an approximately 100-fold increase in throughput over current Sanger sequencing technology, we have developed an emulsion method for DNA amplification and an instrument for sequencing by synthesis using a pyrosequencing protocol optimized for solid support and picolitre-scale volumes. Here we show the utility, throughput, accuracy and robustness of this system by shotgun sequencing and de novo assembly of the Mycoplasma genitalium genome with 96% coverage at 99.96% accuracy in one run of the machine.

Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors.

La multiplication des projets de s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ADN &agrave; grande &eacute;chelle ces derni&egrave;res ann&eacute;es a conduit une recherche de m&eacute;thodes alternatives r&eacute;duire les d&eacute;lais et les co&ucirc;ts. Nous d&eacute;crivons ici un syst&egrave;me &eacute;volutif, hautement parall&egrave;le s&eacute;quen&ccedil;age avec d&eacute;bit brut significativement sup&eacute;rieur &agrave; celui des instruments de l&#39;&eacute;tat-of-the-art &eacute;lectrophor&egrave;se capillaire. L&#39;appareil utilise une lame de fibre optique roman de puits individuels et est capable de 25 millions de bases, &agrave; 99 % ou meilleure pr&eacute;cision, en quatre une heures ex&eacute;cution de la s&eacute;quence. Pour atteindre une augmentation environ 100 fois en mati&egrave;re de technologie de s&eacute;quen&ccedil;age Sanger actuelle, nous avons d&eacute;velopp&eacute; une m&eacute;thode d&#39;&eacute;mulsion pour l&#39;amplification de l&#39;ADN et un instrument pour le s&eacute;quen&ccedil;age par synth&egrave;se en utilisant un protocole pyrosequencing optimis&eacute; pour le support solide et volumes picolitre-&eacute;chelle. Ici, nous montrons l&#39;utilit&eacute;, le d&eacute;bit, la pr&eacute;cision et la robustesse de ce syst&egrave;me par s&eacute;quen&ccedil;age de fusil de chasse et de novo Assembl&eacute;e du g&eacute;nome Mycoplasma genitalium avec une couverture de 96 % &agrave; 99,96 % de pr&eacute;cision en un seul passage de la machine.

S&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome dans les r&eacute;acteurs &agrave; haute densit&eacute; picolitre microfabriques.

Genomsequenzierung mikrofabrizierten in High-Density-Picoliter-Reaktoren.

La proliferazione di progetti di sequenziamento del DNA su larga scala negli ultimi anni ha spinto a cercare metodi alternativi per ridurre tempi e costi. Qui descriviamo un sistema scalabile e altamente parallelo sequenziamento con crudo throughput significativamente maggiore di quello di elettroforesi capillare dello stato-of-the-art strumenti. L&#39;apparato utilizza un romanzo slide in fibra ottica dei singoli pozzi ed &egrave; in grado di 25 milioni di basi, al 99% o migliore accuratezza, in quattro una ore esecuzione di sequenza. Per ottenere un aumento di circa 100 volte in velocit&agrave; effettiva sopra l&#39;attuale tecnologia di sequenziamento di Sanger, abbiamo sviluppato un metodo di emulsione per l&#39;amplificazione del DNA e uno strumento per il sequenziamento di sintesi utilizzando un protocollo pyrosequencing ottimizzato per supporto solido e volumi picolitre-scala. Qui mostriamo l&#39;utilit&agrave;, velocit&agrave; effettiva, precisione e robustezza di questo sistema di sequenziamento shotgun e de novo assemblaggio del genoma Mycoplasma genitalium con copertura al 96% al 99.96% di precisione in una corsa della macchina.

Sequenziamento del genoma nei reattori ad alta densit&agrave; picolitre microfabricated.

DNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x5927;&#x578B;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B8;&#x30A7;&#x30AF;&#x30C8;&#x5897;&#x6B96;&#x8FD1;&#x5E74;&#x306E;&#x691C;&#x7D22;&#x6642;&#x9593;&#x3068;&#x30B3;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x524A;&#x6E1B;&#x3059;&#x308B;&#x4EE3;&#x66FF;&#x306E;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3092;&#x99C6;&#x52D5;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6700;&#x65B0;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30D4;&#x30E9;&#x30EA;&#x30FC;&#x96FB;&#x6C17;&#x6CF3;&#x52D5;&#x306E;&#x697D;&#x5668;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5927;&#x5E45;&#x306B;&#x5927;&#x304D;&#x3044;&#x306E;&#x751F;&#x306E;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30E9;&#x30D6;&#x30EB;&#x3067;&#x9AD8;&#x4E26;&#x5217;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x88C5;&#x7F6E;&#x306F;&#x500B;&#x3005; &#x306E;&#x4E95;&#x6238;&#x306E;&#x65B0;&#x898F;&#x5149;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30D0; &#x30FB; &#x30B9;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C9;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066; 99% &#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x5B9F;&#x884C; 1 4 &#x6642;&#x9593;&#x3088;&#x308A;&#x826F;&#x3044;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x306E; 2500 &#x4E07;&#x62E0;&#x70B9;&#x3092;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x73FE;&#x5728;&#x30B5;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x4EE5;&#x4E0A;&#x306E;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x304C;&#x7D04; 100 &#x500D;&#x5411;&#x4E0A;&#x3092;&#x9054;&#x6210;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;DNA &#x5897;&#x5E45;&#x306E;&#x30A8;&#x30DE;&#x30EB;&#x30B8;&#x30E7;&#x30F3;&#x6CD5;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x697D;&#x5668;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x56FA;&#x4F53;&#x652F;&#x6301;&#x3068;&#x6CF3;&#x52D5;&#x30B9;&#x30B1;&#x30FC;&#x30EB; &#x30DC;&#x30EA;&#x30E5;&#x30FC;&#x30E0;&#x7528;&#x306B;&#x6700;&#x9069;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30D1;&#x30A4;&#x30ED;&#x30B7;&#x30FC;&#x30AF;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B9; &#x30D7;&#x30ED;&#x30C8;&#x30B3;&#x30EB;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x5408;&#x6210;&#x306B;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x30E6;&#x30FC;&#x30C6;&#x30A3;&#x30EA;&#x30C6;&#x30A3;&#x3001;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8;&#x3001;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3053;&#x306E;&#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30C8;&#x30AC;&#x30F3;&#x6CD5;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x306E;&#x5805;&#x7262;&#x6027;&#x3068;&#x30DE;&#x30A4;&#x30B3; &#x30D7;&#x30E9;&#x30BA;&#x30DE; genitalium &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0; 96 &#xFF05; &#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x3067;&#x306E; de novo &#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA; 99.96% &#x306E;&#x7CBE;&#x5EA6;&#x3067;&#x30DE;&#x30B7;&#x30F3;&#x306E; 1 &#x3064;&#x3067;&#x8868;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5FAE;&#x7D30;&#x9AD8;&#x5BC6;&#x5EA6;&#x6CF3;&#x52D5;&#x539F;&#x5B50;&#x7089;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x914D;&#x5217;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3002;

&#xCD5C;&#xADFC; &#xBA87; &#xB144; &#xB3D9;&#xC548;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB300;&#xADDC;&#xBAA8; DNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD504;&#xB85C;&#xC81D;&#xD2B8;&#xC758; &#xD655;&#xC0B0;&#xC744; &#xC2DC;&#xAC04; &#xBC0F; &#xBE44;&#xC6A9;&#xC744; &#xC904;&#xC774;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xB2E4;&#xB978; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC80;&#xC0C9;&#xC744; &#xC8FC;&#xB3C4;&#xD558; &#xACE0; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC6D0;&#xC2DC; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9;&#xC774; &#xD06C;&#xAC8C; &#xCD5C;&#xC2E0;&#xC758; &#xBAA8; &#xC138;&#xAD00; &#xC804;&#xAE30; &#xC774;&#xB3D9; &#xBC95; &#xC545;&#xAE30; &#xBCF4;&#xB2E4; &#xD655;&#xC7A5; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C;, &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBCD1;&#xB82C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xC124;&#xBA85;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC7A5;&#xCE58; &#xAC1C;&#xBCC4; &#xC6F0; &#xC2A4;&#xC758; &#xC18C;&#xC124; &#xAD11; &#xAD11; &#xC2AC;&#xB77C;&#xC774;&#xB4DC;&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558;&#xBA70; 99% &#xB610;&#xB294; &#xC2E4;&#xD589; &#xD55C; 4 &#xC2DC;&#xAC04;&#xC5D0; &#xB354; &#xB098;&#xC740; &#xC815;&#xD655;&#xB3C4; 25&#xB9CC; &#xAE30;&#xC9C0;&#xB97C; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; &#xC218; &#xC788;&#xB2E4;. &#xD604;&#xC7AC; &#xC0DD;&#xC5B4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9;&#xC758; &#xC57D; 100 &#xC99D;&#xAC00; &#xB2EC;&#xC131; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xACE0;&#xCCB4; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xBC0F; picolitre &#xC2A4;&#xCF00;&#xC77C; &#xBCFC;&#xB968;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCD5C;&#xC801;&#xD654; &#xB41C; pyrosequencing &#xD504;&#xB85C;&#xD1A0;&#xCF5C;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD569;&#xC131; &#xD558; &#xC5EC; DNA &#xD655;&#xB300;&#xB97C; &#xC704;&#xD55C; &#xC720;&#xC81C; &#xBA54;&#xC11C;&#xB4DC;&#xC640; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC704;&#xD55C; &#xC7A5;&#xBE44; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xCEF4;&#xD4E8;&#xD130;&#xC758; &#xD558;&#xB098;&#xC758; &#xC2E4;&#xD589;&#xC5D0;&#xC11C; 99.96% &#xC815;&#xD655;&#xB3C4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0;, &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9;, &#xC815;&#xD655;&#xC131;&#xACFC; &#xC0F7;&#xAC74; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD558; &#xC5EC;&#xC774; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC758; &#xACAC;&#xACE0;&#xC131; &#xBC0F; 96% &#xC801;&#xC6A9; &#xBC94;&#xC704;&#xC640; Mycoplasma genitalium &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xB4DC; &#xB178; &#xBCF4; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC;&#xB97C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xFE59; &#xACE0;&#xBC00;&#xB3C4; picolitre &#xC6D0;&#xC790;&#xB85C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La proliferaci&oacute;n de grandes proyectos de secuenciaci&oacute;n de ADN en los &uacute;ltimos a&ntilde;os ha impulsado la b&uacute;squeda de m&eacute;todos alternativos reducir tiempo y costo. Aqu&iacute; describimos un sistema de secuenciaci&oacute;n escalable y altamente paralelo con crudo rendimiento significativamente mayor que la de los instrumentos del estado-of-the-art de electroforesis capilar. El aparato utiliza un nuevo deslizamiento de fibra &oacute;ptica de pocillos individuales y es capaz de 25 millones de bases, en el 99% o mayor precisi&oacute;n, en cuatro un horas funcionamiento de la secuencia. Para lograr aproximadamente centesimal aumento en rendimiento sobre tecnolog&iacute;a de secuenciaci&oacute;n de Sanger actual, hemos desarrollado un m&eacute;todo de emulsi&oacute;n para la amplificaci&oacute;n de ADN y un instrumento de la secuencia por s&iacute;ntesis utilizando un protocolo de Pirosecuenciaci&oacute;n optimizado para soporte s&oacute;lido y vol&uacute;menes de escala picolitros. A continuaci&oacute;n os mostramos la utilidad, rendimiento, precisi&oacute;n y robustez de este sistema por la secuencia de la escopeta y de novo montaje del genoma de Mycoplasma genitalium con 96% de cobertura en el 99.96% de precisi&oacute;n en una carrera de la m&aacute;quina.

Secuenciaci&oacute;n del genoma en reactores de alta densidad picolitros microfabricated.

&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x7684;&#x9F3B;&#x8FD0;&#x8F93;&#x662F;&#x4E3B;&#x8981;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#x56E0;&#x7D20;&#xFF0C;&#x5728;&#x4E34;&#x5E8A;&#x548C;&#x793E;&#x533A;&#x8BBE;&#x7F6E;&#x7531;&#x4E8E;&#x8303;&#x56F4;&#x75C5;&#x56E0;&#x5F15;&#x8D77;&#x7684;&#x673A;&#x4F53;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x4E0E;&#x9F3B;&#x643A;&#x5E26;&#x682A;&#x7EC6;&#x83CC;&#x56E0;&#x7D20;&#x9F3B;&#x8FD0;&#x8F93;&#x4E2D;&#x53D1;&#x6325;&#x7684;&#x4F5C;&#x7528;&#x8868;&#x793A;&#x5173;&#x8054;&#x7684;&#x552F;&#x4E00;&#x514D;&#x75AB;&#x5B66;&#x548C;&#x8D85;&#x5FAE;&#x7ED3;&#x6784;&#x5C5E;&#x6027;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x5E7F;&#x6CDB;&#x5206;&#x5B50;&#x7EA7;&#x523B;&#x753B;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7EC4;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x56E0;&#x7D20;&#x5BF9;&#x9F3B;&#x4E0A;&#x76AE;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x6B96;&#x6C11;&#x5316;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6;&#xFF0C;&#x9F3B;&#x643A;&#x5E26;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x662F;&#x672A;&#x77E5;&#x7684;&#x3002;&#x672C;&#x6587;&#x4E2D;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x8BBE;&#x89E3;&#x5F00;&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x5728;&#x9F3B;&#x643A;&#x5E26;&#x7EC6;&#x83CC;&#x7684;&#x51B3;&#x5B9A;&#x56E0;&#x7D20;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x548C;&#x5206;&#x6790;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x91D1;&#x9EC4;&#x8272;&#x8461;&#x8404;&#x7403;&#x83CC;&#x9F3B;&#x643A;&#x5E26;&#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x56E0;&#x7D20;&#x3002;

Nasal carriage of Staphylococcus aureus is a major risk factor in clinical and community settings due to the range of etiologies caused by the organism. We have identified unique immunological and ultrastructural properties associated with nasal carriage isolates denoting a role for bacterial factors in nasal carriage. However, despite extensive molecular level characterizations by several groups suggesting factors necessary for colonization on nasal epithelium, genetic determinants of nasal carriage are unknown. Herein, we have set a genomic foundation for unraveling the bacterial determinants of nasal carriage in S. aureus.

Genome sequencing and analysis reveals possible determinants of Staphylococcus aureus nasal carriage.

Chariot nasal de Staphylococcus aureus est un facteur de risque majeur dans les cliniques et les milieux communautaires en raison de l&#39;&eacute;ventail des &eacute;tiologies caus&eacute;e par l&#39;organisme. Nous avons identifi&eacute; des propri&eacute;t&eacute;s immunologiques et ultrastructurales uniques associ&eacute;es &agrave; chariot nasal isolats qui d&eacute;note un r&ocirc;le pour des facteurs bact&eacute;riens en chariot nasal. Cependant, en d&eacute;pit des caract&eacute;risations de niveau mol&eacute;culaires par plusieurs groupes, ce qui sugg&egrave;re des facteurs n&eacute;cessaires pour la colonisation de l&#39;&eacute;pith&eacute;lium nasal, des d&eacute;terminants g&eacute;n&eacute;tiques de transport nasale sont inconnus. Ici, nous avons mis un fondement g&eacute;nomique pour d&eacute;m&ecirc;ler les d&eacute;terminants bact&eacute;riens de transport nasal chez S. aureus.

L&#39;analyse et le s&eacute;quen&ccedil;age du g&eacute;nome r&eacute;v&egrave;le des d&eacute;terminants possibles du chariot nasal de Staphylococcus aureus.

Nasale Bef&ouml;rderung von Staphylococcus Aureus ist ein wichtiger Risikofaktor in klinischen und Community-Einstellungen aufgrund der Ursachen durch den Organismus verursacht. Wir haben einzigartige immunologische und ultrastrukturelle Eigenschaften zugeordnet nasal Bef&ouml;rderung Isolate, die eine Rolle f&uuml;r bakterielle Faktoren nasal Kutsche identifiziert werden. Allerdings sind trotz umfangreichen molekulare Ebene Charakterisierungen von mehreren Gruppen vorschlagen erforderlichen Kolonisation auf nasal Epithel, genetische Determinanten der nasal Bef&ouml;rderung unbekannt. Hier haben wir eine genomische Stiftung zu entwirren die bakteriellen Determinanten der nasal Bef&ouml;rderung in S. Aureus gesetzt.

Genomsequenzierung und Analyse zeigt m&ouml;gliche Determinanten Staphylococcus Aureus nasal Bef&ouml;rderungsbedingungen.

Carrello nasale di Staphylococcus aureus &egrave; un importante fattore di rischio clinico e impostazioni di comunit&agrave; a causa della gamma di eziologie causata dall&#39;organismo. Abbiamo individuato propriet&agrave; uniche ultrastrutturale e immunologica associata con carrello nasale isolati che denota un ruolo per i fattori batterici in carrozza nasale. Tuttavia, nonostante ampie caratterizzazioni livelli molecolare da diversi gruppi suggerendo i fattori necessari per la colonizzazione su epitelio nasale, determinanti genetici di trasporto nasale sono sconosciuti. Nel presente documento, abbiamo posto un fondamento genomic per disfare i determinanti batterici di trasporto nasale in S. aureus.

Analisi e sequenziamento del genoma rivela possibili fattori determinanti del carrello nasale di Staphylococcus aureus.

&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x306E;&#x9F3B;&#x8154;&#x904B;&#x9001;&#x81E8;&#x5E8A;&#x3067;&#x306E;&#x4E3B;&#x306A;&#x5371;&#x967A;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x30B3;&#x30DF;&#x30E5;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x75C5;&#x56E0;&#x306E;&#x7BC4;&#x56F2;&#x306B;&#x3088;&#x308A;&#x3001;&#x751F;&#x7269;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8D77;&#x304D;&#x308B;&#x3002;&#x9F3B;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30EA;&#x30C3;&#x30B8;&#x3067;&#x7D30;&#x83CC;&#x6027;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x9F3B;&#x30AD;&#x30E3;&#x30EA;&#x30C3;&#x30B8;&#x83CC;&#x682A;&#x306B;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x4E00;&#x610F;&#x306E;&#x514D;&#x75AB;&#x5B66;&#x7684;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x8D85;&#x5FAE;&#x7D30;&#x69CB;&#x9020;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D1;&#x30C6;&#x30A3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x305F;&#x3060;&#x3057;&#x3001;&#x5927;&#x898F;&#x6A21;&#x306A;&#x5206;&#x5B50;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB; &#x30FB; &#x30AD;&#x30E3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x9F3B;&#x4E0A;&#x76AE;&#x306F;&#x690D;&#x6C11;&#x5730;&#x5316;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x306A;&#x8981;&#x56E0;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B0;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x9F3B;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30EA;&#x30C3;&#x30B8;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x306E;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x8981;&#x56E0;&#x306F;&#x3001;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x9F3B;&#x306E;&#x30AD;&#x30E3;&#x30EA;&#x30C3;&#x30B8;&#x3067;&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x306E;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x8981;&#x56E0;&#x3092;&#x89E3;&#x660E;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x57FA;&#x76E4;&#x3092;&#x8A2D;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x8AAD;&#x3068;&#x89E3;&#x6790;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x9EC4;&#x8272;&#x30D6;&#x30C9;&#x30A6;&#x7403;&#x83CC;&#x306E;&#x9F3B;&#x8154;&#x30AD;&#x30E3;&#x30EA;&#x30C3;&#x30B8;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A;&#x8981;&#x56E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xD3EC;&#xB3C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0;&#xC758; &#xBE44; &#xAC15; &#xC6B4;&#xC1A1; &#xC784;&#xC0C1;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC704;&#xD5D8; &#xC694;&#xC18C; &#xC774;&#xBA70; etiologies &#xBC94;&#xC704;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xCEE4;&#xBBA4;&#xB2C8;&#xD2F0; &#xC124;&#xC815; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xCF54; &#xB9C8;&#xCC28;&#xC5D0; &#xC138;&#xADE0; &#xC694;&#xC778;&#xC758; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0B4;&#xB294; &#xCF54; &#xCE90;&#xB9AC;&#xC9C0; &#xACA9;&#xB9AC;&#xC640; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBC0F; ultrastructural &#xC18D;&#xC131;&#xC744; &#xD655;&#xC778; &#xD588;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;,&#xC774; &#xBE44; &#xAC15; &#xC0C1;&#xD53C;&#xC5D0; &#xC2DD;&#xBBFC;&#xC744; &#xC704;&#xD574; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C;&#xB97C; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xADF8;&#xB8F9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAD11;&#xBC94;&#xC704; &#xD55C; &#xBD84;&#xC790; &#xC218;&#xC900;&#xC758; characterizations&#xC5D0; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xBE44; &#xAC15; &#xCE90;&#xB9AC;&#xC9C0;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC801; &#xACB0;&#xC815; &#xC694;&#xC778; &#xC54C; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xBD84;&#xC5F4; S. &#xAD6C; &#xADE0;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xBE44; &#xAC15; &#xC138;&#xADE0; &#xACB0;&#xC815; &#xC694;&#xC778;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xAC8C;&#xB188; &#xC7AC;&#xB2E8;&#xC744; &#xC124;&#xC815; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xAC8C;&#xB188; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; &#xBD84;&#xC11D; &#xD669;&#xC0C9; &#xD3EC;&#xB3C4; &#xC0C1; &#xAD6C; &#xADE0; &#xBE44; &#xC6B4;&#xC1A1; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; &#xACB0;&#xC815;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC900;&#xB2E4;.

Portaci&oacute;n nasal de Staphylococcus aureus es un factor de riesgo importante en cl&iacute;nica y configuraci&oacute;n de la comunidad debido a la gama de etiolog&iacute;as causada por el organismo. Hemos identificado propiedades &uacute;nicas inmunol&oacute;gicos y ultraestructurales asociados con aislamientos de portaci&oacute;n nasal que denota un papel para los factores bacterianos en portaci&oacute;n nasal. Sin embargo, a pesar de la extensas caracterizaciones niveles moleculares por varios grupos sugiriendo factores necesarios para la colonizaci&oacute;n en el epitelio nasal, determinantes gen&eacute;ticos de portaci&oacute;n nasal son desconocidos. En el presente, hemos creado una Fundaci&oacute;n gen&oacute;mica para desentra&ntilde;ar los determinantes bacterianos de portaci&oacute;n nasal de S. aureus.

An&aacute;lisis y secuencia del genoma revela posibles determinantes de portaci&oacute;n nasal de Staphylococcus aureus.

&#x975E;&#x540C;&#x5BFB;&#x5E38;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x514B;&#x9686;&#x3001; &#x57FA;&#x56E0;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684; RNA &#x805A;&#x5408;&#x9176; II (pol II) &#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x4E2D;&#x6392;&#x5217;&#x5728; polycistronic &#x8F6C;&#x5F55;&#x5355;&#x4F4D;&#x3002;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x4F8B;&#x5916;&#xFF0C;&#x5DF2;&#x786E;&#x5B9A;&#x6CA1;&#x6709; pol II &#x542F;&#x52A8;&#x5B50;&#x56FE;&#x6848;&#xFF0C;&#x548C;&#x5982;&#x4F55;&#x542F;&#x52A8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x4ECD;&#x662F;&#x4E00;&#x4E2A;&#x8C1C;&#x3002;T.&#x9525;&#x4F53;&#x6709;&#x56DB;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x53D8;&#x4F53;&#xFF1A; H2AZ&#x3001; H2BV&#x3001; H3V&#xFF0C;H4V&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6C89;&#x6DC0; &#xFF08;&#x82AF;&#x7247;&#xFF09;&#xFF0C;&#x6D4B;&#x5E8F; (&#x82AF;&#x7247; seq) &#x68C0;&#x67E5;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x6210;&#x5206;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x5206;&#x5E03;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D; H4K10ac&#x3001; H2AZ&#x3001; H2BV&#x3001; BDF3 &#x7684; bromodomain &#x56E0;&#x7D20;&#x8FBE; 300-fold &#x6D53;&#x7F29;&#x5728;&#x53EF;&#x80FD; pol II &#x8F6C;&#x5F55;&#x542F;&#x52A8;&#x7F51;&#x7AD9; (TSSs)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x8FD8;&#x663E;&#x793A;&#x5305;&#x542B; H2AZ &#x548C; H2BV &#x7684;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x662F;&#x5178;&#x578B;&#x7684;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x7684;&#x6CA1;&#x6709;&#x90A3;&#x4E48;&#x7A33;&#x5B9A;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x5206;&#x6790;&#x4E5F;&#x6807;&#x8BC6; &gt; 60 &#x610F;&#x5916;&#x7684; TSS &#x5019;&#x9009;&#x4EBA;&#x5E76;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x957F;&#x9E1F;&#x560C;&#x5464;&#x7684;&#x5B58;&#x5728;&#x5728;&#x8FD0;&#x884C;&#x9525;&#x866B;&#xFF0C;&#x5411;&#x5176;&#x4ED6;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x53D8;&#x4F53; H3V&#xFF0C;H4V &#x4E30;&#x5BCC;&#x5730;&#x70B9;&#x53EF;&#x80FD; pol II &#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC8;&#x6B62;&#x3002; &#x53EF;&#x80FD; TSSs&#x3002; &#x663E;&#x7136;&#x662F;&#x552F;&#x4E00;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4FEE;&#x9970;&#x4E0E;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x53D8;&#x4F53;&#x53D1;&#x6325;&#x7740;&#x5173;&#x952E;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8D77;&#x59CB;&#x548C;&#x7EC8;&#x6B62;&#x5728;&#x9525;&#x866B;&#x548C;&#x90A3;&#x4E0D;&#x7A33;&#x5B9A;&#x7684;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x7531;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x53D8;&#x4F53;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7684;&#x542F;&#x52A8;&#xFF0C;&#x8868;&#x660E;&#x5728;&#x5176;&#x4E2D;&#x4E00;&#x822C; pol II &#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x4E00;&#x76F4;&#x5F88;&#x96BE;&#x6D3B;&#x7684;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#x4E2D;&#x8FDB;&#x5316;&#x53E4;&#x4EE3;&#x548C;&#x4E00;&#x822C;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

&#x56DB;&#x4E2A;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x53D8;&#x4F53;&#x6807;&#x8BB0;&#x79CD;&#x9525;&#x4F53; polycistronic &#x8F6C;&#x5F55;&#x5355;&#x4F4D;&#x7684;&#x8FB9;&#x754C;&#x3002;

Unusually for a eukaryote, genes transcribed by RNA polymerase II (pol II) in Trypanosoma brucei are arranged in polycistronic transcription units. With one exception, no pol II promoter motifs have been identified, and how transcription is initiated remains an enigma. T. brucei has four histone variants: H2AZ, H2BV, H3V, and H4V. Using chromatin immunoprecipitation (ChIP) and sequencing (ChIP-seq) to examine the genome-wide distribution of chromatin components, we show that histones H4K10ac, H2AZ, H2BV, and the bromodomain factor BDF3 are enriched up to 300-fold at probable pol II transcription start sites (TSSs). We also show that nucleosomes containing H2AZ and H2BV are less stable than canonical nucleosomes. Our analysis also identifies >60 unexpected TSS candidates and reveals the presence of long guanine runs at probable TSSs. Apparently unique to trypanosomes, additional histone variants H3V and H4V are enriched at probable pol II transcription termination sites. Our findings suggest that histone modifications and histone variants play crucial roles in transcription initiation and termination in trypanosomes and that destabilization of nucleosomes by histone variants is an evolutionarily ancient and general mechanism of transcription initiation, demonstrated in an organism in which general pol II transcription factors have been elusive.

Four histone variants mark the boundaries of polycistronic transcription units in Trypanosoma brucei.

Inhabituellement pour un eucaryote, g&egrave;nes transcrits par l&#39;ARN polym&eacute;rase II (pol II) &agrave; Trypanosoma brucei sont dispos&eacute;es dans des unit&eacute;s de transcription polycistronique. &Agrave; une exception pr&egrave;s, aucun motifs de promoteur pol II n&#39;ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s, et comment la transcription est initi&eacute;e demeure une &eacute;nigme. T. brucei a quatre variants d&#39;histones : H2AZ, H2BV, H3V et H4V. &Agrave; l&#39;aide d&#39;immunopr&eacute;cipitation de la chromatine (ChIP) et le s&eacute;quen&ccedil;age (ChIP-seq) pour examiner la distribution de tout le g&eacute;nome des composantes de la chromatine, nous montrons que les histones que h4k10ac H2AZ, H2BV et le c&ocirc;t&eacute; du facteur BDF3 sont enrichies jusqu&#39;&agrave; 300 fois &agrave; la transcription de probables pol II d&eacute;marrer sites (TSSs). Nous montrons aussi que les nucl&eacute;osomes contenant H2AZ et H2BV sont moins stables que les nucl&eacute;osomes canoniques. Notre analyse identifie &eacute;galement &gt; 60 candidats TSS inattendu et r&eacute;v&egrave;le la pr&eacute;sence de la guanine long s&#39;ex&eacute;cute au probable TSSs. apparemment unique de trypanosomes, variants d&#39;histones suppl&eacute;mentaires H3V et H4V sont enrichies aux sites de r&eacute;siliation transcription probable pol II. Nos r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que les modifications d&#39;histone et variants d&#39;histones jouent un r&ocirc;le crucial dans l&#39;initiation de la transcription et r&eacute;siliation de trypanosomes et cette d&eacute;stabilisation des nucl&eacute;osomes de variants d&#39;histones est un m&eacute;canisme &eacute;volutif ancien et g&eacute;n&eacute;ral de l&#39;initiation de la transcription, d&eacute;montr&eacute;e dans l&#39;organisme dans lequel les facteurs de transcription g&eacute;n&eacute;raux pol II ont &eacute;t&eacute; insaisissables.

Quatre variants d&#39;histones marquent les limites des unit&eacute;s de transcription polycistronique &agrave; Trypanosoma brucei.

Ungew&ouml;hnlich sind f&uuml;r eine Eukaryote, Gene transkribiert von RNS-Polymerase II (Pol II) in Trypanosoma Brucei Polycistronic Transkription Einheiten angeordnet. Mit einer Ausnahme keine Pol II Projekttr&auml;ger Motive wurden identifiziert und wie Transkription initiiert wird, bleibt ein R&auml;tsel. T. Brucei hat vier Histon-Varianten: H2AZ, H2BV, H3V und H4V. Mit Chromatin Immunopr&auml;zipitation (ChIP) und Sequenzierung (ChIP-Seq) die Genom-Weite Verteilung von Chromatin-Komponenten pr&uuml;fen, zeigen wir, dass die Histone, die H4K10ac, H2AZ, H2BV und das Bromodomain-Faktor BDF3 bis zu 300-fold auf wahrscheinliche Pol II Transkription angereichert sind Websites (TSSs) starten. Wir zeigen auch, da&szlig; Nucleosomes, H2AZ und H2BV enthalten weniger stabil als kanonische Nucleosomes. Unsere Analyse identifiziert auch &gt; 60 unerwarteten TSS Kandidaten und zeigt das Vorhandensein von langen Guanin wird mit wahrscheinlich TSSs. scheinbar eindeutigen Trypanosomen, zus&auml;tzliche Histon-Varianten H3V und H4V sind wahrscheinlich Pol II Transkription K&uuml;ndigung Standorte bereichert. Unsere Einsch&auml;tzungen zufolge Histon-Modifikationen und Histon-Varianten spielen eine wichtige Rolle in der Transkription Einleitung und Beendigung in Trypanosomen und die Destabilisierung der Nucleosomes Histon-Varianten ist ein entwicklungsgeschichtlich alten und allgemeinen Mechanismus der Initiation der Transkription, demonstriert in einem Organismus, in dem allgemeine Pol II Transkriptionsfaktoren als tr&uuml;gerisch erwiesen haben.

Vier Histon-Varianten markieren die Grenzen der Polycistronic Transkription Einheiten in Trypanosoma Brucei.

Insolitamente per un&#39;eucariote, geni trascritti dalla RNA polimerasi II (pol II) in Trypanosoma brucei sono organizzati in unit&agrave; di trascrizione policistronico. Con una sola eccezione, motivi di promotore pol II non sono state identificate, e come &egrave; iniziata la trascrizione resta un enigma. T. brucei ha quattro varianti dell&#39;istone: H2AZ, H2BV, H3V e H4V. Usando immunoprecipitazione della cromatina (ChIP) e sequenziamento (ChIP-seq) per esaminare il genome-wide distribuzione dei componenti della cromatina, mostriamo che gli istoni H4K10ac, H2AZ, H2BV e che il fattore BDF3 sono arricchiti fino a 300-fold presso siti (TSSs) di inizio della trascrizione del II probabile pol. Mostriamo anche che nucleosomes contenente H2AZ e H2BV sono meno stabili nucleosomes canonica. Identifica anche la nostra analisi &amp;gt; 60 candidati TSS e rivela la presenza di guanina lunga gira a probabile TSSs. apparentemente unico di tripanosomi, varianti supplementari dell&#39;istone H3V e H4V sono arricchiti in siti di terminazione probabile pol II trascrizione inaspettato. I nostri risultati suggeriscono che le modifiche dell&#39;istone e varianti dell&#39;istone giocano un ruolo cruciale nell&#39;iniziazione della trascrizione e terminazione in tripanosomi e quella destabilizzazione dei nucleosomi da varianti dell&#39;istone &egrave; un meccanismo evolutivamente antico e generale di iniziazione della trascrizione, ha dimostrato in un organismo in cui fattori di trascrizione generali pol II sono stati evasivi.

Quattro varianti dell&#39;istone segnano i confini delle unit&agrave; di trascrizione policistronico in Trypanosoma brucei.

&#x901A;&#x5E38;&#x306F;&#x771F;&#x6838;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x306B;&#x3088;&#x308B; RNA &#x30DD;&#x30EA;&#x30E1;&#x30E9;&#x30FC;&#x30BC; II &#xFF08;&#x30DD;&#x30EB; II&#xFF09; &#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE;&#x306B;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x8EE2;&#x5199;&#x5358;&#x4F4D;&#x306B;&#x914D;&#x7F6E;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;1 &#x3064;&#x306E;&#x4F8B;&#x5916;&#x3001;&#x30DD;&#x30EB; II &#x30D7;&#x30ED;&#x30E2;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC; &#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x304C;&#x7279;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x306A;&#x3044;&#x3068;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3059;&#x308B;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3001;&#x8B0E;&#x304C;&#x6B8B;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;T. brucei &#x304C; 4 &#x3064;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x5909;&#x7570;: H2AZ&#x3001;H2BV&#x3001;H3V&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073; H4V&#x3002;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x514D;&#x75AB;&#x6C88;&#x964D; (ChIP) &#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3068; (&#x30C1;&#x30C3;&#x30D7; seq) &#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E; H4K10ac&#x3001;H2AZ&#x3001;H2BV&#x3001;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x3001;&#x30D6;&#x30ED;&#x30E2; &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x8868;&#x793A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3; &#x30B3;&#x30F3;&#x30DD;&#x30FC;&#x30CD;&#x30F3;&#x30C8;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5E83;&#x3044;&#x5206;&#x5E03;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x56E0;&#x5B50; BDF3 &#x306F;&#x6FC3;&#x7E2E;&#x6700;&#x5927; 300 &#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x30DD;&#x30EB; II &#x8EE2;&#x5199;&#x958B;&#x59CB;&#x90E8;&#x4F4D; (TSSs) &#x3067;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;H2AZ &#x3068; H2BV &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x304C;&#x6B63;&#x898F;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x3088;&#x308A;&#x3082;&#x5C11;&#x306A;&#x304F;&#x5B89;&#x5B9A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3059;.&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x5206;&#x6790;&#x3092;&#x307E;&#x305F;&#x8B58;&#x5225;&#x76EE; 60 &#x306E;&#x4E88;&#x60F3;&#x5916;&#x306E; TSS &#x306E;&#x5019;&#x88DC;&#x8005;&#x3068;&#x9577;&#x3044;&#x30B0;&#x30A2;&#x30CB;&#x30F3;&#x306E;&#x5B58;&#x5728;&#x5B9F;&#x884C;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027; TSSs&#x3002; &#x3067;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BE;&#x30FC;&#x30DE;&#x306B; H3V &#x3068; H4V &#x306E;&#x8FFD;&#x52A0;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x5909;&#x7570;&#x306F;&#x8C4A;&#x304B;&#x306B;&#x3042;&#x308A;&#x305D;&#x3046;&#x306A;&#x30DD;&#x30EB; II &#x8EE2;&#x5199;&#x7D42;&#x4E86;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3067;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x4FEE;&#x98FE;&#x3068;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x5909;&#x7570;&#x8EE2;&#x5199;&#x958B;&#x59CB;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x5F79;&#x5272;&#x3092;&#x679C;&#x305F;&#x3059;&#x3057;&#x3001;&#x7D42;&#x7AEF;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BE;&#x30FC;&#x30DE;&#x3068;&#x305D;&#x306E;&#x4E0D;&#x5B89;&#x5B9A;&#x306B;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x9032;&#x5316;&#x7684;&#x53E4;&#x4EE3;&#x3068;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x6A5F;&#x69CB;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x4E00;&#x822C;&#x306E;&#x30DD;&#x30FC;&#x30EB; II &#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x8981;&#x56E0;&#x3068;&#x3089;&#x3048;&#x3069;&#x3053;&#x308D;&#x306E;&#x306A;&#x3044;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x6709;&#x6A5F;&#x4F53;&#x3067;&#x5B9F;&#x8A3C;&#x3001;&#x8EE2;&#x5199;&#x958B;&#x59CB;&#x3067;&#x3059;&#x793A;&#x5506;

4 &#x3064;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x5909;&#x7570;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE; &#x30B7;&#x30B9;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x8EE2;&#x5199;&#x5358;&#x4F4D;&#x306E;&#x5883;&#x754C;&#x3092;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC9C4;&#xD575;&#xC0DD;&#xBB3C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; RNA &#xC911; &#xD569; &#xD6A8;&#xC18C; II (pol II) Trypanosoma brucei&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xBCF5;&#xC0AC;&#xD560; &#xC218; polycistronic &#xC804;&#xC0AC; &#xB2E8;&#xC704;&#xB85C; &#xD558;&#xC9C0; &#xC815;&#xB82C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD55C; &#xAC00;&#xC9C0; &#xC608;&#xC678;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC544;&#xB2C8; pol 2 &#xCC28; &#xBC1C;&#xAE30;&#xC778; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB97C; &#xD655;&#xC778; &#xD558; &#xACE0; &#xC218;&#xC218;&#xAED8;&#xB07C; &#xB0A8;&#xC544; &#xC804;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC2DC;&#xC791; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;. T. brucei&#xB294; 4 &#xAC1C;&#xC758; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBCC0;&#xD615;: H2AZ, H2BV, H3V, &#xBC0F; H4V. Chromatin immunoprecipitation (&#xCE69;)&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xBC0F; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (&#xCE69;-seq) chromatin &#xAD6C;&#xC131;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBD84;&#xD3EC;&#xB97C; &#xAC80;&#xC0AC;, H4K10ac, H2AZ, H2BV, &#xBC0F; bromodomain &#xC694;&#xC18C; BDF3 &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; pol II &#xC804;&#xC0AC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD5C;&#xB300; 300-fold &#xB18D;&#xCD95; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; (TSSs) &#xC2DC;&#xC791;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xB610;&#xD55C; nucleosomes H2AZ &#xBC0F; h2bv&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC815;&#xC2DD; nucleosomes &#xBCF4;&#xB2E4; &#xB35C; &#xC548;&#xC815; &#xBCF4;&#xC5EC;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; &#xD655;&#xC778; &amp;gt; 60 &#xC608;&#xAE30;&#xCE58; &#xC54A;&#xC740; TSS &#xD6C4;&#xBCF4;&#xC640; trypanosomes&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; TSSs. &#xBD84;&#xBA85;&#xD788; &#xACE0;&#xC720;&#xD55C; &#xC2E4;&#xD589; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAE34; guanine&#xC758; &#xC874;&#xC7AC; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC774; pol II &#xB179;&#xC74C; &#xC885;&#xB8CC; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xCD94;&#xAC00; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBCC0;&#xD615; H3V &#xBC0F; h4v&#xB294; &#xD48D;&#xC131; &#xD558; &#xAC8C; &#xACC4;&#xC2DC; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xBC0F; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBCC0;&#xD615; &#xC804;&#xC0AC; &#xAC1C;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xC788;&#xB294; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5ED;&#xD560;&#xC744; &#xC7AC;&#xC0DD;&#xD560; trypanosomes &#xBC0F; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBCC0;&#xD615;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; nucleosomes&#xC758; &#xADF8; &#xBD88;&#xC548; &#xD574;&#xC9C0;&#xB294; &#xC804;&#xC0AC; &#xAC1C;&#xC2DC;, &#xC77C;&#xBC18; &#xD22C;&#xD45C; &#xC18C; 2 &#xCC28; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xC560;&#xB9E4; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;&#xB294; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC9C4;&#xD654; &#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xACE0; &#xB300; &#xD558; &#xACE0; &#xC77C;&#xBC18; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

4 &#xAC1C;&#xC758; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBCC0;&#xD615; Trypanosoma brucei polycistronic &#xC804;&#xC0AC; &#xB2E8;&#xC704;&#xC758; &#xACBD;&#xACC4;&#xB97C; &#xD45C;&#xC2DC;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Inusualmente para un eucariotas, genes transcritos por la ARN polimerasa II (pol II) en Trypanosoma brucei se organizan en unidades de transcripci&oacute;n policistr&oacute;nico. Con una excepci&oacute;n, no hay motivos de promotor pol II han sido identificados, y c&oacute;mo se inicia la transcripci&oacute;n sigue siendo un enigma. T. brucei tiene cuatro variantes de la histona: H2AZ, H2BV, H3V y H4V. Utilizando inmunoprecipitaci&oacute;n de cromatina (ChIP) y secuenciaci&oacute;n (ChIP-seq) para examinar la distribuci&oacute;n de todo el genoma de los componentes de la cromatina, mostramos que las histonas que h4k10ac, H2AZ, H2BV y el factor de bromodominios BDF3 se enriquecen hasta 300-fold en la transcripci&oacute;n de probable pol II iniciar sitios (con). Tambi&eacute;n demostramos que nucleosomas que contiene H2AZ y H2BV son menos estables que los nucleosomas can&oacute;nicos. Nuestro an&aacute;lisis tambi&eacute;n identifica &gt; 60 candidatos TSS y revela la presencia de guanina largo funciona en probable con. al parecer &uacute;nica al tripanosomas, variantes de la histona adicional H3V y H4V se enriquecen en sitios de probable pol II transcripci&oacute;n terminaci&oacute;n inesperada. Nuestros resultados sugieren que modificaciones de las histonas y variantes de la histona juegan papeles cruciales en la iniciaci&oacute;n de la transcripci&oacute;n y terminaci&oacute;n en tripanosomas y esa desestabilizaci&oacute;n de nucleosomas por variantes de la histona es un mecanismo evolutivamente antiguo y general de la iniciaci&oacute;n de la transcripci&oacute;n, demostrado en un organismo en el que factores de transcripci&oacute;n general pol II han sido esquivos.

Cuatro variantes de la histona marcan los l&iacute;mites de las unidades de transcripci&oacute;n policistr&oacute;nico en Trypanosoma brucei.

&#x4E00;&#x76F4;&#x5728;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D; H3 &#x53D8;&#x79CD;&#x7EB3;&#x5165;&#x53C2;&#x4E0E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x72B6;&#x6001;&#x7684;&#x8868;&#x89C2;&#x9057;&#x4F20;&#x8BB0;&#x5FC6;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x7F16;&#x8F91;&#x4E0E;&#x950C;&#x6307;&#x6838;&#x9178;&#x9176;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x8FDB;&#x884C;&#x6807;&#x8BB0;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; H3.3&#xFF0C;&#x62A5;&#x544A; H3 &#x53D8;&#x79CD;&#x5728;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x80DA;&#x80CE;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x795E;&#x7ECF;&#x5143;&#x524D;&#x4F53;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x56FE;&#x8C31;&#x3002;H3.3 &#x7684;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x6A21;&#x5F0F;&#x53D6;&#x51B3;&#x4E8E;&#x6C28;&#x57FA;&#x9178;&#x5E8F;&#x5217;&#x548C;&#x7EC6;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x53D1;&#x80B2;&#x8C03;&#x8282;&#x57FA;&#x56E0;&#x4F4D;&#x70B9;&#x53D8;&#x5316;&#x3002;H3.3 &#x4F34;&#x4FA3;&#x5E0C;&#x62C9; &middot; &#x662F;&#x5FC5;&#x9700;&#x7684; H3.3 &#x6D53;&#x7F29;&#x5728;&#x79EF;&#x6781;&#x548C;&#x538B;&#x6291;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x5F15;&#x4EBA;&#x6CE8;&#x76EE;&#x7684;&#x662F;&#xFF0C;&#x5E0C;&#x62C9; &middot; &#x4E0D;&#x5728;&#x7AEF;&#x7C92; H3.3 &#x548C;&#x8BB8;&#x591A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x5B9A;&#x4F4D;&#x7684;&#x5FC5;&#x8981;&#x6761;&#x4EF6;&#x3002;&#x514D;&#x75AB;&#x4EB2;&#x548C;&#x7EAF;&#x5316;&#x4E0E;&#x8D28;&#x8C31;&#x63ED;&#x793A;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28; Atrx &#x548C; Daxx &#x4E0E; H3.3 &#x5E0C;&#x62C9; &middot; &#x72EC;&#x7ACB;&#x7684;&#x65B9;&#x5F0F;&#x76F8;&#x5173;&#x8054;&#x3002;Atrx &#x662F;&#x5E0C;&#x62C9; &middot; &#x72EC;&#x7ACB;&#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x7684; H3.3 &#x5728;&#x7AEF;&#x7C92;&#x548C;&#x7AEF;&#x7C92; RNA &#x7684;&#x9547;&#x538B;&#x7684;&#x9700;&#x8981;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x663E;&#x793A;&#x591A;&#x4E2A;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#xFF0C;&#x8D1F;&#x8D23;&#x5728;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x7EC6;&#x80DE;&#x4E2D;&#x7279;&#x5B9A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5730;&#x70B9; H3.3 &#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x3002;

&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#x63A7;&#x5236;&#x5728;&#x7279;&#x5B9A;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x533A;&#x57DF;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x53D8;&#x4F53; H3.3 &#x672C;&#x5730;&#x5316;&#x3002;

The incorporation of histone H3 variants has been implicated in the epigenetic memory of cellular state. Using genome editing with zinc-finger nucleases to tag endogenous H3.3, we report genome-wide profiles of H3 variants in mammalian embryonic stem cells and neuronal precursor cells. Genome-wide patterns of H3.3 are dependent on amino acid sequence and change with cellular differentiation at developmentally regulated loci. The H3.3 chaperone Hira is required for H3.3 enrichment at active and repressed genes. Strikingly, Hira is not essential for localization of H3.3 at telomeres and many transcription factor binding sites. Immunoaffinity purification and mass spectrometry reveal that the proteins Atrx and Daxx associate with H3.3 in a Hira-independent manner. Atrx is required for Hira-independent localization of H3.3 at telomeres and for the repression of telomeric RNA. Our data demonstrate that multiple and distinct factors are responsible for H3.3 localization at specific genomic locations in mammalian cells.

Distinct factors control histone variant H3.3 localization at specific genomic regions.

L&#39;incorporation de variants d&#39;histones H3 a &eacute;t&eacute; impliqu&eacute;e dans la m&eacute;moire &eacute;pig&eacute;n&eacute;tique d&#39;&Eacute;tat cellulaire. &Agrave; l&#39;aide de g&eacute;nome de montage avec les nucl&eacute;ases de doigt de zinc pour baliser H3.3 endog&egrave;ne, nous rapportons pang&eacute;nomique profils des variantes H3 dans les cellules souches embryonnaires chez les mammif&egrave;res et les cellules pr&eacute;curseurs neuronaux. Patrons de G&eacute;nome-large d&#39;H3.3 d&eacute;pendent de la s&eacute;quence d&#39;acides amin&eacute;s et changent avec la diff&eacute;renciation cellulaire au locus d&eacute;veloppemental r&eacute;gl&eacute;s. L&#39;escorte H3.3 Hira est requise pour enrichissement H3.3 &agrave; g&egrave;nes actifs et refoul&eacute;s. &Eacute;tonnamment, Hira n&#39;est pas essentiel pour la localisation de H3.3 aux t&eacute;lom&egrave;res et de nombreux sites de liaison de facteurs de transcription. Purification d&#39;immunoaffinit&eacute; et spectrom&eacute;trie de masse a r&eacute;v&eacute;l&eacute; que les prot&eacute;ines Atrx et Daxx associent H3.3 d&#39;une fa&ccedil;on ind&eacute;pendante de Hira. ATRX est requise pour la localisation de Hira ind&eacute;pendant de H3.3 aux t&eacute;lom&egrave;res et pour la r&eacute;pression de l&#39;ARN t&eacute;lom&eacute;rique. Nos r&eacute;sultats d&eacute;montrent que plusieurs facteurs distincts sont responsables H3.3 localisation &agrave; des endroits pr&eacute;cis de g&eacute;nomiques dans les cellules de mammif&egrave;res.

Localisation de H3.3 variante histone dans les r&eacute;gions g&eacute;nomiques sp&eacute;cifiques de contr&ocirc;le facteurs distincts.

Die Einbeziehung der Histon H3 Varianten hat die epigenetische Gedenken an zellul&auml;ren Staat verwickelt. Verwenden Genom Bearbeitung mit Zinkfinger Nukleasen, endogene H3.3 tag, teilen wir Ihnen genomweiten Profile von H3 Varianten in S&auml;ugetieren embryonale Stammzellen und neuronalen Vorl&auml;uferzellen. Genomweiten Muster der H3.3 Aminos&auml;uresequenz abh&auml;ngig sind und mit der zellul&auml;ren Differenzierung auf entwicklungspolitisch geregelten Loci &auml;ndern. Das H3.3-Chaperone Hira ist f&uuml;r H3.3 Bereicherung an aktive und verdr&auml;ngte Gene erforderlich. Auff&auml;llig ist, unbedingt Hira nicht Lokalisierung von H3.3 bei Telomere und viele Transkription Faktor-Bindungsstellen. Immunoaffinity Reinigung und Massenspektrometrie zeigen, dass die Proteine Atrx und Daxx H3.3 Hira-unabh&auml;ngig zuzuordnen. ATRX ist f&uuml;r Hira-unabh&auml;ngige Lokalisierung von H3.3 bei Telomere und die Unterdr&uuml;ckung der Telomerisches RNA erforderlich. Unsere Daten zeigen, dass mehrere und verschiedene Faktoren sind verantwortlich f&uuml;r die Lokalisierung der H3.3 an bestimmten genomische stellen in den S&auml;ugetier-Zellen.

Verschiedene Faktoren Steuern Histon variant H3.3 Lokalisierung auf spezifische genomische Regionen.

L&#39;incorporazione di varianti di istone H3 &egrave; stato implicato nella memoria epigenetica di stato cellulare. Utilizzando genoma editing con le nucleasi zinc-finger di tag H3.3 endogena, riportiamo genome-wide profili delle varianti H3 nei mammiferi le cellule staminali embrionali e cellule precursori neuronali. Genome-wide patterns of H3.3 dipendono dalla sequenza aminoacidica e cambiare con differenziazione cellulare a loci evolutivamente regolamentati. Il chaperone H3.3 Hira &egrave; necessario per l&#39;arricchimento di H3.3 a geni attivi e represse. Sorprendentemente, Hira non &egrave; essenziale per la localizzazione di H3.3 presso telomeri e molti siti di legame del fattore di trascrizione. Purificazione di Immunoaffinity e spettrometria di massa rivelano che le proteine Atrx e Daxx associano con H3.3 in modo indipendente dal Hira. ATRX &egrave; necessaria per la localizzazione di Hira-indipendente di H3.3 presso telomeri e per la repressione del RNA telomerica. I nostri dati dimostrano che multipli e distinti fattori sono responsabili della localizzazione H3.3 a specifiche posizioni genomiche in cellule di mammifero.

Distinti fattori di controllo localizzazione di H3.3 variante dell&#39;istone a specifiche regioni genomiche.

&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; H3 &#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x5B9A;&#x6B3E;&#x7D30;&#x80DE;&#x72B6;&#x614B;&#x306A;&#x30A8;&#x30D4;&#x30B8;&#x30A7;&#x30CD;&#x30C6;&#x30A3;&#x30C3;&#x30AF;&#x8A18;&#x61B6;&#x306B;&#x95A2;&#x4E0E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E9C;&#x925B;&#x30D5;&#x30A3;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x6838;&#x9178;&#x3068;&#x7DE8;&#x96C6;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306F;&#x5185;&#x56E0;&#x6027; H3.3 &#x30BF;&#x30B0;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;H3 &#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x80DA;&#x6027;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x795E;&#x7D4C;&#x524D;&#x99C6;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5E83;&#x3044;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EB;&#x3092;&#x5831;&#x544A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;H3.3 &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x5E83;&#x3044;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3068;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x9178;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x767A;&#x9054;&#x898F;&#x5236;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5EA7;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x7D30;&#x80DE;&#x5206;&#x5316;&#x3068;&#x5909;&#x66F4;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;H3.3 &#x30B7;&#x30E3;&#x30DA;&#x30ED;&#x30F3; Hira &#x306F;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D6;&#x3068;&#x6291;&#x5727;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50; H3.3 &#x6FC3;&#x7E2E;&#x304C;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x9A5A;&#x304F;&#x307B;&#x3069;&#x3001;Hira &#x306F;&#x30C6;&#x30ED;&#x30E1;&#x30A2;&#x3067; H3.3 &#x3068;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x5FC5;&#x9808;&#x3067;&#x306F;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;&#x30A4;&#x30E0;&#x30CE; &#x30A2;&#x30D5;&#x30A3;&#x30CB;&#x30C6;&#x30A3;&#x7CBE;&#x88FD;&#x53CA;&#x3073;&#x8CEA;&#x91CF;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA; Atrx &#x3068; Daxx H3.3 &#x3068; Hira &#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3057;&#x306A;&#x3044;&#x65B9;&#x6CD5;&#x3067;&#x95A2;&#x9023;&#x4ED8;&#x3051;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;Atrx &#x306F; H3.3 &#x306E;&#x3072;&#x3089;&#x72EC;&#x7ACB;&#x5C40;&#x5728;&#x30C6;&#x30ED;&#x30E1;&#x30A2;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30C6;&#x30ED;&#x30E1;&#x30A2; RNA &#x306E;&#x6291;&#x5727;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x8907;&#x6570;&#x306E;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x3092;&#x793A;&#x3059;&#x3068;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x8981;&#x56E0;&#x306F;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x306B;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x7D30;&#x80DE;&#x3067;&#x306E; H3.3 &#x306E;&#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x8981;&#x56E0;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; &#x30D0;&#x30EA;&#x30A2;&#x30F3;&#x30C8; H3.3 &#x30ED;&#x30FC;&#x30AB;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3; &#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7279;&#x5B9A;&#x306E;&#x9818;&#x57DF;&#x3067;&#x5236;&#x5FA1;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; H3 &#xBCC0;&#xC885;&#xC758; &#xBC95;&#xC778; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xC758; epigenetic &#xBA54;&#xBAA8;&#xB9AC;&#xC5D0; &#xC5F0;&#xB8E8; &#xB418;&#xC5B4;&#xC788;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; H3 &#xBCC0;&#xC885; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xBC30;&#xC544; &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;&#xC640; &#xC2E0;&#xACBD; &#xC804;&#xC870; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804;&#xCCB4;&#xC758; &#xD504;&#xB85C;&#xD544; &#xBCF4;&#xACE0; &#xAC8C;&#xB188; &#xC544;&#xC5F0; &#xD551;&#xAC70; nucleases&#xB97C; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xD3B8;&#xC9D1; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; &#xC0DD; H3.3 &#xD0DC;&#xADF8;&#xB97C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. H3.3&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xD328;&#xD134; &#xC544;&#xBBF8;&#xB178;&#xC0B0; &#xC11C; &#xC5F4;&#xC5D0; &#xC758;&#xC874; &#xD558; &#xACE0; &#xBC1C;&#xB2EC; &#xADDC;&#xC81C; loci&#xC5D0; &#xC138;&#xD3EC; &#xBD84;&#xD654;&#xC640; &#xBCC0;&#xACBD; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. H3.3 &#xBCF4;&#xD638;&#xC790; &#xD788; &#xB77C;&#xAC00; H3.3 &#xD65C;&#xBC1C; &#xD558; &#xACE0; &#xC5B5;&#xC555; &#xB41C; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC6B0;&#xB77C;&#xB284; &#xB18D;&#xCD95;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xAE30; &#xB9C9;&#xD788;&#xAC8C;, &#xD788; &#xB77C; telomeres&#xC5D0;&#xC11C; H3.3&#xC640; &#xB9CE;&#xC740; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654;&#xB97C; &#xC704;&#xD574; &#xC911;&#xC694; &#xD558;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Immunoaffinity &#xC815;&#xD654; &#xBC0F; &#xC9C8;&#xB7C9; &#xBD84;&#xC11D; &#xACF5;&#xAC1C; Atrx &#xBC0F; Daxx &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; H3.3&#xC640; &#xD788; &#xB77C; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5F0;&#xACB0; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Atrx&#xB294; telomeres&#xC5D0;&#xC11C; H3.3&#xC758; &#xD788; &#xB77C; &#xB3C5;&#xB9BD;&#xC801;&#xC778; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654; &#xBC0F; telomeric RNA&#xC758; &#xC5B5;&#xC555;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD544;&#xC694; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xB294; &#xB2E4;&#xC911; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xB69C;&#xB837;&#xD55C; &#xC694;&#xC778;&#xC774; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xD2B9;&#xC815; &#xC704;&#xCE58;&#xC5D0; H3.3 &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC45;&#xC784; &#xBC0F;.

&#xACE0;&#xC720; &#xC694;&#xC778; &#xD2B9;&#xC815; &#xAC8C;&#xB188; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBCC0;&#xD615; H3.3 &#xC9C0;&#xC5ED;&#xD654;&#xB97C; &#xC81C;&#xC5B4;&#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

La incorporaci&oacute;n de variantes de la histona H3 se ha implicado en la memoria epigen&eacute;tica del estado celular. Usando el genoma edici&oacute;n con zinc-finger nucleasas para etiquetar H3.3 end&oacute;geno, divulgamos perfiles de genoma de variantes de H3 en mam&iacute;feras c&eacute;lulas madre embrionarias y c&eacute;lulas precursoras neuronales. Patrones de genoma de H3.3 dependen de la secuencia del amino&aacute;cido y cambian con la diferenciaci&oacute;n celular en lugares geom&eacute;tricos desarrollo regulados. El acompa&ntilde;ante H3.3 Hira se requiere para el enriquecimiento de H3.3 en genes activos y reprimidos. Sorprendentemente, Hira no es esencial para la localizaci&oacute;n de H3.3 en los tel&oacute;meros y muchos sitios de uni&oacute;n del factor de transcripci&oacute;n. Purificaci&oacute;n de inmunoafinidad y espectrometr&iacute;a de masas revelan que las prote&iacute;nas Atrx y Daxx asocian con H3.3 en forma independiente Hira. ATRX se requiere para la localizaci&oacute;n de Hira independiente de H3.3 en los tel&oacute;meros y la represi&oacute;n del ARN telom&eacute;rico. Nuestros datos demuestran que varios y distintos factores son responsables de H3.3 localizaci&oacute;n en localizaciones espec&iacute;ficas gen&oacute;micas en c&eacute;lulas de mam&iacute;feros.

Distintos factores de control histona variante H3.3 localizaci&oacute;n en regiones gen&oacute;micas espec&iacute;ficas.

RNA &#x8A8A;&#x672C;&#x662F;&#x8F6C;&#x5F55;&#x540E;&#x57FA;&#x56E0;&#x76D1;&#x7BA1;&#x6D89;&#x53CA;&#x6570;&#x4EE5;&#x767E;&#x8BA1;&#x7684; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D; (&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;) &#x548C;&#x542B;&#x6709; microRNA &#x7684;&#x6838;&#x7CD6;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x590D;&#x5408;&#x7269; (miRNPs) &#x8868;&#x793A;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7C7B;&#x578B;&#x7684;&#x4F9D;&#x8D56;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x7684;&#x57FA;&#x4E8E;&#x5355;&#x5143;&#x683C;&#x7684;&#x4EA4;&#x8054;&#x65B9;&#x6CD5;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5728;&#x9AD8;&#x5206;&#x8FA8;&#x7387;&#x548C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5168;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs &#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x70B9;&#x3002;&#x4EA4;&#x8054;&#x7AD9;&#x70B9;&#x4E2D;&#x7F16;&#x5199;&#x4ECE; immunopurified RNPs 4 thiouridine &#x6CBB;&#x7597;&#x7EC6;&#x80DE;&#x6269;&#x589E;&#x80DE;&#x82F7;&#x8FC7;&#x6E21;&#x5230;&#x80F8;&#x82F7;&#x6240;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7684;&#x5BC6;&#x96C6;&#x7814;&#x7A76;&#x7684;&#x9650;&#x5236;&#x6027;&#x5546;&#x4E1A;&#x60EF;&#x4F8B;&#x548C; miRNPs&#xFF0C;&#x5305;&#x62EC; PUM2&#x3001; QKI&#x3001; IGF2BP1 3&#x3001; &#x6208;/EIF2C1-4 &#x548C; TNRC6A C.&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x548C;&#x89C4;&#x7BA1;&#x7684;&#x540E;&#x679C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x663E;&#x793A;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x56E0;&#x7D20;&#x7ED1;&#x5B9A;&#x6210;&#x5343;&#x4E0A;&#x4E07;&#x7684;&#x7AD9;&#x70B9;&#x5305;&#x542B;&#x5B9A;&#x4E49;&#x7684;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x4E3A; exonic &#x4E0E;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x6216;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x6709;&#x4E0D;&#x540C;&#x559C;&#x597D;&#x8C08;&#x8BDD;&#x5185;&#x5BB9;&#x533A;&#x57DF;&#x3002;&#x8DE8;&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x7CBE;&#x786E;&#x6620;&#x5C04;&#x5C06;&#x8FC5;&#x901F;&#x65B0;&#x5174;&#x6570;&#x636E;&#x4E4B;&#x95F4;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x548C;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x53D8;&#x5316;&#x5982;&#x4F55;&#x8D21;&#x732E;&#x590D;&#x6742;&#x9057;&#x4F20;&#x75BE;&#x75C5;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x53D8;&#x5F02;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x3002;

&#x8F6C;&#x5F55;&#x8FC7;&#x7A0B;&#x5168;&#x7531; PAR &#x526A;&#x8F91; RNA &#x7ED3;&#x5408;&#x86CB;&#x767D;&#x548C; microRNA &#x76EE;&#x6807;&#x7AD9;&#x70B9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.

Transcriptome-wide identification of RNA-binding protein and microRNA target sites by PAR-CLIP.

Transcrits d&#x26;#39;ARN sont soumis &#xE0; la r&#xE9;gulation des g&#xE8;nes post-transcriptionnelle impliquant des centaines de prot&#xE9;ines liant l&#x26;#39;ARN (pratiques commerciales restrictives) et des complexes ribonucl&#xE9;oprot&#xE9;iques microARN contenant (miRNPs) exprim&#xE9;es de fa&#xE7;on d&#xE9;pendante du type cellulaire. Nous avons d&#xE9;velopp&#xE9; une approche de r&#xE9;ticulation &#xE0; base de cellules pour d&#xE9;terminer &#xE0; haute r&#xE9;solution et du transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle des sites de liaison des pratiques commerciales restrictives cellulaires et miRNPs. Les sites r&#xE9;ticul&#xE9;s sont r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9;es par la thymidine &#xE0; des transitions cytidine dans les ADNc pr&#xE9;par&#xE9;s &#xE0; partir de immunopurifi&#xE9; RNP de la 4-thiouridine cellules trait&#xE9;es. Nous avons d&#xE9;termin&#xE9; les sites de liaison et les cons&#xE9;quences r&#xE9;glementaires de plusieurs pratiques commerciales restrictives intens&#xE9;ment &#xE9;tudi&#xE9;es et miRNPs, y compris PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 et TNRC6A-C. Notre &#xE9;tude a r&#xE9;v&#xE9;l&#xE9; que ces facteurs se lient des milliers de sites contenant des motifs de s&#xE9;quence d&#xE9;finis et ont des pr&#xE9;f&#xE9;rences distinctes pour exonique contre intronique ou de codage par rapport &#xE0; des r&#xE9;gions non traduites transcription. La cartographie pr&#xE9;cise des sites de liaison &#xE0; travers le transcriptome sera cruciale pour l&#x26;#39;interpr&#xE9;tation des donn&#xE9;es se font jour rapidement sur la variation g&#xE9;n&#xE9;tique entre les individus et la fa&#xE7;on dont ces variations contribuent &#xE0; des maladies g&#xE9;n&#xE9;tiques complexes.

Transcriptome &#xE0; l&#x26;#39;&#xE9;chelle d&#x26;#39;identification de l&#x26;#39;ARN-binding protein et sites cibles microARN par PAR-CLIP

RNA-Transkripte unterliegen Posttranscriptionale Genregulation bei denen hunderte von RNA-bindende Proteine (RBPs) und MicroRNA-haltigen-Gebiets-komplexe (MiRNPs) in einer Art von Zelle abh&auml;ngigen Weise ausgedr&uuml;ckt. Wir entwickelten einen zellbasierte vernetzender Ansatz um die Bindungsstellen der zellul&auml;ren RBPs und MiRNPs bei hoher Aufl&ouml;sung und Transkriptom-weite zu bestimmen. Die vernetzte Standorte sind durch Thymidin zu Cytidin &Uuml;berg&auml;nge in die cDNAs aus Immunopurified RNPs 4-Thiouridine-behandelte Zellen vorbereitet offenbart. Wir entschlossen die Bindungsstellen und regulatorische Konsequenzen f&uuml;r mehrere intensiv studierte RBPs und MiRNPs, einschlie&szlig;lich PUM2, QKI, IGF2BP1-3, her/EIF2C1-4 und TNRC6A-C. Unsere Studie ergab, dass diese Faktoren binden Tausende von Seiten mit definierten Sequenz Motive und unterschiedliche Vorlieben haben f&uuml;r exonic versus verband intronic oder Codierung gegen&uuml;ber nicht &uuml;bersetzte Abschrift Regionen. Die genaue Zuordnung der Bindung von Websites &uuml;ber das Transkriptom ist entscheidend, um die Interpretation der sich schnell verbreitende Daten auf genetische Variation zwischen Individuen und wie diese Variationen zu komplexen genetischen Erkrankungen beitragen.

Transkriptom-weite Identifikation von RNS-bindene Protein und MicroRNA Ziel-Sites von PAR-CLIP.

Trascrizioni di RNA sono soggetti a regolazione genica posttranscriptional coinvolgendo centinaia di RNA-binding proteins (RBPs) e microRNA contenenti complessi ribonucleoproteina (miRNPs) espressi in modo dipendente dal tipo di cellula. Abbiamo sviluppato un approccio basato sulle celle reticolazione per determinare a livello transcriptome e ad alta risoluzione i siti di legame di RBPs cellulare e miRNPs. I siti di reticolati sono rivelati da timidina a transizioni citidina in cDNAs preparato da immunopurified RNPs di cellule 4-thiouridine-trattati. Abbiamo determinato i siti di legame e conseguenze normative per diversi RBPs intensamente studiato e miRNPs, tra cui PUM2, QKI, IGF2BP1-3, 4-fa/EIF2C1 e TNRC6A-C. Il nostro studio &egrave; emerso che questi fattori legano migliaia di siti che contengono motivi di sequenza definita e hanno preferenze distinte per untranslated esonico versus intronic o codifica versus regioni di trascrizione. La precisa mappatura dei siti di legame attraverso il trascrittoma sar&agrave; fondamentale per l&#39;interpretazione dei dati rapidamente emergenti sulla variazione genetica tra individui e come tali variazioni contribuiscono a malattie genetiche complesse.

Transcriptome identificazione dei siti di RNA-binding protein e microRNA bersaglio da PAR-CLIP.

RNA&#x8EE2;&#x5199;&#x7523;&#x7269;&#x306F;&#x3001;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#xFF08;RBP&#xFF09;&#x3068;&#x30DE;&#x30A4;&#x30AF;&#x30ED;RNA&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x7D30;&#x80DE;&#x578B;&#x306B;&#x4F9D;&#x5B58;&#x3059;&#x308B;&#x5F62;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x30EA;&#x30DC;&#x6838;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#xFF08;miRNPs&#xFF09;&#x6570;&#x767E;&#x4EBA;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x5BFE;&#x8C61;&#x3068;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x89E3;&#x50CF;&#x5EA6;&#x3084;&#x643A;&#x5E2F;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x3067;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x3001;&#x30BB;&#x30EB;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B9;&#x306E;&#x200B;&#x200B;&#x67B6;&#x6A4B;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x67B6;&#x6A4B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306F;&#x3001;4  - &#x30C1;&#x30AA;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3;&#x51E6;&#x7406;&#x3057;&#x305F;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;RNP&#x306F;&#x3092;&#x514D;&#x75AB;&#x7CBE;&#x88FD;&#x304B;&#x3089;&#x8ABF;&#x88FD;&#x3057;&#x305F;cDNA&#x3067;&#x30B7;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3;&#x9077;&#x79FB;&#x306B;&#x30C1;&#x30DF;&#x30B8;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;PUM2&#x3001;QKI&#x3001;IGF2BP1-3&#x3001;AGO/EIF2C1-4&#x3068;TNRC6A-C&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x71B1;&#x5FC3;&#x306B;&#x7814;&#x7A76;RBPs&#x3068;miRNPs&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x898F;&#x5236;&#x306E;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x8981;&#x56E0;&#x304C;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x914D;&#x5217;&#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5;&#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x4F55;&#x5343;&#x3082;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306B;&#x7D50;&#x5408;&#x3057;&#x3001;&#x30A8;&#x30AF;&#x30BD;&#x30F3;&#x5BFE;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x307E;&#x305F;&#x306F;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x8EE2;&#x5199;&#x9818;&#x57DF;&#x5BFE;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x55DC;&#x597D;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x9593;&#x306E;&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x6B63;&#x78BA;&#x306A;&#x30DE;&#x30C3;&#x30D4;&#x30F3;&#x30B0;&#x306F;&#x3001;&#x500B;&#x4EBA;&#x3068;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x5909;&#x52D5;&#x306F;&#x8907;&#x96D1;&#x306A;&#x907A;&#x4F1D;&#x6027;&#x75BE;&#x60A3;&#x3078;&#x306E;&#x8CA2;&#x732E;&#x306E;&#x9593;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x5909;&#x7570;&#x306B;&#x6025;&#x901F;&#x306B;&#x65B0;&#x8208;&#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x89E3;&#x91C8;&#x306B;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3002;

PAR-CLIP&#x306B;&#x3088;&#x308B;RNA&#x7D50;&#x5408;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x3068;microRNA&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;

RNA &#xC0AC;&#xBCF8;&#xC744; RNA &#xC758;&#xBB34;&#xC801;&#xC778; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; (RBPs)&#xC640; microRNA &#xD3EC;&#xD568; &#xB41C; &#xC218;&#xBC31; &#xAD00;&#xB828; &#xB41C; posttranscriptional &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC870;&#xC808; &#xB420; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; ribonucleoprotein &#xBCF5;&#xD569;&#xBB3C; (miRNPs) &#xC140; &#xD0C0;&#xC785; &#xC885;&#xC18D; &#xD328;&#xC158;&#xC5D0; &#xD45C;&#xD604; &#xB41C;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; RBPs &#xBC0F; Mirnps&#xC758; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB192;&#xC740; &#xD574;&#xC0C1;&#xB3C4; transcriptome &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACB0;&#xC815; &#xAC00;&#xAD50; &#xC140; &#xAE30;&#xBC18; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C;. Crosslinked &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xD2F0; &#xBBF8; &#xB518; immunopurified 4 thiouridine &#xCE58;&#xB8CC; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; Rnps&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC900;&#xBE44; &#xB41C; Cdnas&#xC5D0; cytidine &#xC804;&#xD658;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xACF5;&#xAC1C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2EC;&#xAC01; &#xD558; &#xAC8C; &#xACF5;&#xBD80;&#xC640; miRNPs, PUM2, QKI, IGF2BP1 3, &#xC804;/EIF2C1-4&#xC640; TNRC6A C&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5EC;&#xB7EC; RBPs &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC0F; &#xADDC;&#xC81C; &#xACB0;&#xACFC; &#xACB0;&#xC815; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xBC1D;&#xD600; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC694;&#xC18C; &#xC21C;&#xC11C; &#xB300;&#xB85C; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xD504;&#xB97C; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xB294; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC218;&#xCC9C; &#xBC14;&#xC778;&#xB529;&#xD558;&#xACE0;, intronic &#xB610;&#xB294; &#xCF54;&#xB529; &#xB300; &#xB300; exonic untranslated&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBA85;&#xBC31;&#xD55C; &#xD2B9;&#xD61C;&#xAC00; &#xC788;&#xB2E4; &#xB300; &#xBCF8; &#xC601;&#xC5ED;. Transcriptome &#xAC78;&#xCCD0; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC815;&#xD655;&#xD55C; &#xB9E4;&#xD551; &#xAC1C;&#xC778;&#xACFC;&#xC774; &#xBCC0;&#xC774; &#xBCF5;&#xC7A1; &#xD55C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC9C8;&#xD658;&#xC5D0; &#xAE30;&#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95; &#xC0AC;&#xC774;&#xC758; &#xC720;&#xC804; &#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0; &#xAE09;&#xC18D; &#xD558; &#xAC8C; &#xC2E0;&#xD765; &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xD574;&#xC11D;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xAC83;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD30C; &#xD074;&#xB9BD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; RNA &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xACFC; microRNA &#xB300;&#xC0C1; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758;.

Las transcripciones de ARN est&#xE1;n sujetos a la regulaci&#xF3;n de genes postranscripcional que participaron cientos de ARN-prote&#xED;nas de uni&#xF3;n a las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas () y que contienen complejos de microARN-ribonucleoprote&#xED;na (miRNPs) expresados &#x200B;&#x200B;en forma de c&#xE9;lulas de tipo dependiente. Hemos desarrollado un enfoque reticulaci&#xF3;n a base de c&#xE9;lulas para determinar en alta resoluci&#xF3;n y en todo el transcriptoma de los sitios de uni&#xF3;n de las pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas y miRNPs celulares. Los sitios reticuladas son reveladas por timidina a las transiciones de citidina en los ADNc preparadas a partir de immunopurified RNPs de 4-tiouridina c&#xE9;lulas tratadas. Se determinaron los sitios de uni&#xF3;n y las consecuencias reglamentarias para varias pr&#xE1;cticas comerciales restrictivas intensamente estudiados y miRNPs, incluyendo PUM2, QKI, IGF2BP1 3, AGO/EIF2C1-4 y TNRC6A-C. Nuestro estudio revel&#xF3; que estos factores se unen miles de sitios que contengan la secuencia de motivos definidos y tienen distintas preferencias de exonic contra intr&#xF3;nica o codificaci&#xF3;n en comparaci&#xF3;n con las regiones no traducidas de transcripci&#xF3;n. La asignaci&#xF3;n exacta de los sitios de uni&#xF3;n de todo el transcriptoma ser&#xE1; fundamental para la interpretaci&#xF3;n de los datos que emergen r&#xE1;pidamente sobre la variaci&#xF3;n gen&#xE9;tica entre los individuos y c&#xF3;mo estas variaciones contribuyen a enfermedades gen&#xE9;ticas complejas.

Transcriptoma en toda la identificaci&#xF3;n de la prote&#xED;na de uni&#xF3;n al ARN y los sitios de destino microARN por PAR-CLIP

Polycistronic &#x9525;&#x866B;&#x86CB;&#x767D;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#xFF0C;&#x8F6C;&#x5F55;&#x673A;&#x5236;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x8C03;&#x8282;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x672A;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x5730;&#x533A;&#x5E8F;&#x5217;&#x56FE;&#x6848;&#x89C4;&#x7BA1;&#x53CD;&#x5F0F;&#x526A;&#x63A5; mRNA &#x548C; RNA &#x7684;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5F02;&#x5E38;&#x7684;&#x5F00;&#x59CB;&#x548C;&#x7ED3;&#x675F;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x5F88;&#x51FA;&#x540D;&#x5F88;&#x5C11;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x4F7F;&#x7528;&#x9AD8;&#x541E;&#x5410;&#x91CF; RNA &#x5E8F;&#x5217;&#x5206;&#x6790;&#x6765;&#x786E;&#x5B9A;&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7A33;&#x5B9A;&#x72B6;&#x6001; mRNA &#x6C34;&#x5E73; (&#39;transcriptomes&#39;) &#x5927;&#x7EA6; 90%&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x4E24;&#x4E2A;&#x9636;&#x6BB5;&#x7684;&#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x751F;&#x547D;&#x5468;&#x671F;&#x5728;&#x4F53;&#x5916;&#x57F9;&#x517B;&#x3002;&#x8FD1; 6%&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x4E86;&#x4E24;&#x4E2A;&#x751F;&#x547D;&#x5468;&#x671F;&#x9636;&#x6BB5;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5206;&#x522B;&#x786E;&#x5B9A; 5&#39; &#x62FC;&#x63A5;&#x627F;&#x5151;&#x4EBA;&#x7F51;&#x7AD9; (SAS) &#x548C; 6959 &#x548C; 5948 &#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x7F51;&#x7AD9; polyadenylation (PAS)&#x3002;&#x5927;&#x591A;&#x6570;&#x57FA;&#x56E0;&#x6709;&#x4E00;&#x4E2A;&#x548C;&#x4E09;&#x4E2A;&#x66FF;&#x4EE3; SAS &#x4E4B;&#x95F4;&#x4F46;&#x8003;&#x7EE9;&#x5236;&#x5EA6;&#x8F83;&#x4E3A;&#x5206;&#x6563;&#x3002;488 &#x57FA;&#x56E0;&#xFF0C;&#x786E;&#x5B9A; SAS &#x4E86;&#x4E0B;&#x6E38;&#x7684;&#x6700;&#x521D;&#x5206;&#x914D;&#x7684;&#x542F;&#x52A8;&#x5668; ATG&#xFF0C;&#x6240;&#x4EE5;&#x540E;&#x7EED;&#x7684;&#x5E27;&#x5728; ATG &#x5927;&#x6982;&#x662F;&#x6307;&#x5B9A;&#x7684;&#x7F16;&#x7801;&#x5E8F;&#x5217;&#x7684;&#x771F;&#x6B63;&#x5F00;&#x59CB;&#x3002;&#x5728;&#x67D0;&#x4E9B;&#x60C5;&#x51B5;&#x4E0B;&#xFF0C;&#x66FF;&#x4EE3; SAS &#x4F1A;&#x5F15;&#x8D77;&#x7F16;&#x7801;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684; N-&#x672B;&#x7AEF;&#x5E8F;&#x5217;&#x4E0E;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x5206;&#x6CCC;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53EF;&#x4EE5;&#x627E;&#x51FA;&#x5DF2;&#x77E5;&#x5305;&#x542B;&#x4ED6;&#x4EEC;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5374;&#x53D1;&#x73B0;&#x6CA1;&#x6709;&#x989D;&#x5916;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x57FA;&#x56E0;&#x7684;&#x5185;&#x542B;&#x5B50;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x8868;&#x660E; RNA seq &#x6280;&#x672F;&#x7814;&#x7A76;&#x6709;&#x673A;&#x4F53;&#x4E0D;&#x5B8C;&#x5168;&#x6CE8;&#x660E;&#x5176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x666F;&#x89C2;&#x7684;&#x7528;&#x9014;&#x3002;

&#x5168;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x7684; mRNA &#x4E30;&#x5EA6;&#x7684;&#x4E24;&#x4E2A;&#x751F;&#x547D;&#x5468;&#x671F;&#x9636;&#x6BB5;&#x7684;&#x79CD;&#x9525;&#x4F53;&#x548C;&#x62FC;&#x63A5;&#x548C; polyadenylation &#x7F51;&#x7AD9;&#x7684;&#x6807;&#x8BC6;&#x3002;

Transcription of protein-coding genes in trypanosomes is polycistronic and gene expression is primarily regulated by post-transcriptional mechanisms. Sequence motifs in the untranslated regions regulate mRNA trans-splicing and RNA stability, yet where UTRs begin and end is known for very few genes. We used high-throughput RNA-sequencing to determine the genome-wide steady-state mRNA levels ('transcriptomes') for approximately 90% of the genome in two stages of the Trypanosoma brucei life cycle cultured in vitro. Almost 6% of genes were differentially expressed between the two life-cycle stages. We identified 5' splice-acceptor sites (SAS) and polyadenylation sites (PAS) for 6959 and 5948 genes, respectively. Most genes have between one and three alternative SAS, but PAS are more dispersed. For 488 genes, SAS were identified downstream of the originally assigned initiator ATG, so a subsequent in-frame ATG presumably designates the start of the true coding sequence. In some cases, alternative SAS would give rise to mRNAs encoding proteins with different N-terminal sequences. We could identify the introns in two genes known to contain them, but found no additional genes with introns. Our study demonstrates the usefulness of the RNA-seq technology to study the transcriptional landscape of an organism whose genome has not been fully annotated.

Genome-wide analysis of mRNA abundance in two life-cycle stages of Trypanosoma brucei and identification of splicing and polyadenylation sites.

La transcription des g&egrave;nes codant pour des prot&eacute;ines dans les trypanosomes est polycistronique et l&#39;expression des g&egrave;nes est r&eacute;glement&eacute;e principalement par des m&eacute;canismes post-transcriptionnels. S&eacute;quence des motifs dans les r&eacute;gions non traduites r&eacute;glementent ARNm trans-&eacute;pissage et stabilit&eacute; du RNA, pourtant o&ugrave; RTNS commencent et finissent est connu pour tr&egrave;s peu de g&egrave;nes. Nous avons utilis&eacute; le RNA-s&eacute;quen&ccedil;age haut-d&eacute;bit pour d&eacute;terminer que les taux d&#39;ARNm stationnaire G&eacute;nome-large (&laquo; transcriptions &raquo;) pour environ 90 % du g&eacute;nome en deux &eacute;tapes de la dur&eacute;e de vie Trypanosoma brucei cycle cultiv&eacute;s in vitro. Pr&egrave;s de 6 % des g&egrave;nes sont exprim&eacute;s de fa&ccedil;on diff&eacute;rentielle entre les deux phases du cycle de vie. Nous avons identifi&eacute; 5&#39; sites d&#39;&eacute;pissage-accepteurs (SAS) et sites de polyad&eacute;nylation (PAS) pour les g&egrave;nes 6959 et 5948, respectivement. La majorit&eacute; des g&egrave;nes ont entre un et trois SAS alternative, mais PAS sont plus dispers&eacute;es. Pour les 488 g&egrave;nes, SAS ont &eacute;t&eacute; identifi&eacute;s en aval de l&#39;initiateur initialement assign&eacute; ATG, donc un ATG dans leur cadre ult&eacute;rieur d&eacute;signe sans doute le d&eacute;but de la v&eacute;ritable s&eacute;quence codante. Dans certains cas, SAS alternative donnerait lieu &agrave; l&#39;ARNm codant pour des prot&eacute;ines avec diff&eacute;rentes s&eacute;quences N-terminales. Nous avons pu identifier les introns dans deux g&egrave;nes connus pour les contenir, mais ne trouv&eacute; aucun g&egrave;ne suppl&eacute;mentaire avec des introns. Notre &eacute;tude d&eacute;montre l&#39;utilit&eacute; de la technologie de RNA-seq pour &eacute;tudier le paysage transcriptionnel d&#39;un organisme dont le g&eacute;nome n&#39;a pas &eacute;t&eacute; enti&egrave;rement annot&eacute;.

Analyse du g&eacute;nome-large d&#39;abondance d&#39;ARNm dans deux &eacute;tapes du cycle de vie de Trypanosoma brucei et l&#39;identification des sites d&#39;&eacute;pissage et polyad&eacute;nylation.

Transkription der Protein-kodierenden Gene in Trypanosomen ist Polycistronic und Genexpression in erster Linie an Posttranskriptionale Mechanismen geregelt ist. Sequenz Motive in der un&uuml;bersetzten Regionen zu regulieren, mRNA Trans-Splei&szlig;en und RNA-Stabilit&auml;t, doch wo UTRs beginnen und enden ist bekannt f&uuml;r sehr wenige Gene. Wir verwendeten Hochdurchsatz-RNA-Sequenzierung um zu bestimmen, dass die genomweiten station&auml;ren mRNA-Niveaus (&#39;Transcriptomes&#39;) f&uuml;r etwa 90 % des Genoms in zwei Stufen des Trypanosoma Brucei Lebens Zyklus in-vitro kultiviert. Fast 6 % der Gene wurden zwischen den beiden Lebenszyklusphasen differentiell ge&auml;u&szlig;ert. Wir identifiziert 5&#39; Splei&szlig;-Akzeptor (SAS) und Polyadenylierung Websites (PAS) f&uuml;r 6959 und 5948 Gene bzw.. Die meisten Gene haben zwischen ein und drei alternative SAS, aber PAS mehr verstreut sind. F&uuml;r 488 Gene, SAS identifiziert wurden flussabw&auml;rts von der urspr&uuml;nglich zugewiesenen Initiator ATG, so dass eine sp&auml;tere in Frame-ATG vermutlich Anfang des wahren Codierung Sequenz bezeichnet. In einigen F&auml;llen w&uuml;rden alternative SAS mRNAs codieren Proteine mit unterschiedlichen N-terminalen Sequenzen hervorrufen. Wir identifizieren konnte die Introns in zwei Gene bekannt, enthalten sie, fand aber keine zus&auml;tzliche Gene mit Introns. Unsere Studie zeigt die N&uuml;tzlichkeit der RNA-Seq-Technologie die transkriptionelle Landschaft des Organismus zu studieren, dessen Genom vollst&auml;ndig nicht annotiert wurden.

Genomweiten Analyse der mRNA F&uuml;lle in zwei Lebenszyklusphasen von Trypanosoma Brucei und Identifizierung von Splei&szlig;en und Polyadenylierung Sites.

Trascrizione di geni codificanti proteine in tripanosomi &egrave; policistronico ed espressione genica &egrave; regolata principalmente dai meccanismi di espresione. Motivi di sequenza nelle regioni non codificanti regolano mRNA trans-splicing e RNA stabilit&agrave;, eppure dove UTRs iniziano e finiscono &egrave; noto per pochissimi geni. Abbiamo usato high-throughput RNA-sequenziamento per determinare che i livelli di mRNA di genome-wide steady-state (&#39;transcriptomes&#39;) per circa il 90% del genoma nelle due fasi della vita Trypanosoma brucei ciclo coltivate in vitro. Quasi il 6% di geni differenzialmente espresse tra le due fasi del ciclo di vita. Abbiamo individuato 5&#39; accettore di splice (SAS) e poliadenilazione siti (PAS) per geni 6959 e 5948, rispettivamente. La maggior parte dei geni sono tra uno e tre SAS alternativi, ma PAS sono pi&ugrave; dispersi. Per 488 geni, sono stati identificati SAS a valle dell&#39;iniziatore ATG, quindi una successiva nel telaio ATG presumibilmente indica l&#39;inizio della vera sequenza codificante originariamente assegnato. In alcuni casi, alternativa SAS darebbe luogo a mRNA codificano per proteine con diverse sequenze di N-terminale. Noi potremmo identificare gli introni in due geni noti per contenerli, ma non trovato nessun altri geni con gli introni. Il nostro studio dimostra l&#39;utilit&agrave; della tecnologia RNA-seq per studiare il paesaggio trascrizionale di un organismo il cui genoma non &egrave; stata pienamente annotata.

Analisi genome-wide di abbondanza di mRNA in due fasi del ciclo di vita di Trypanosoma brucei e l&#39;identificazione dei siti di splicing e poliadenilazione.

&#x30B7;&#x30B9;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3; &#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BE;&#x30FC;&#x30DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306F;&#x4E3B;&#x306B;&#x8EE2;&#x5199;&#x5F8C;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF;&#x306E;&#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30E2;&#x30C1;&#x30FC;&#x30D5; mRNA &#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068; RNA &#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x307E;&#x3060; UTRs &#x306E;&#x958B;&#x59CB;&#x3057;&#x3001;&#x7D42;&#x4E86;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x5C11;&#x6570;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; RNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB; &#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE; brucei &#x751F;&#x6D3B;&#x306E; 2 &#x3064;&#x306E;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x7D04; 90 &#xFF05; &#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x30EF;&#x30A4;&#x30C9;&#x306A;&#x5B9A;&#x5E38;&#x72B6;&#x614B;&#x306E; mRNA &#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB; &#xFF08;&#39; &#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#39;) in vitro &#x3067;&#x57F9;&#x990A;&#x3092;&#x6C7A;&#x5B9A;&#x3059;&#x308B;&#x4F7F;&#x7528;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307B;&#x307C; 6% &#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x7279;&#x7570;&#x7684; 2 &#x3064;&#x306E;&#x30E9;&#x30A4;&#x30D5; &#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x6BB5;&#x968E;&#x306E;&#x9593;&#x306B;&#x8868;&#x73FE;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x308C;&#x305E;&#x308C; 5&#39; &#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9; &#x30A2;&#x30AF;&#x30BB;&#x30D7;&#x30BF; &#x30B5;&#x30A4;&#x30C8; (SAS) &#x3068;&#x8D77;&#x3053;&#x308B;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8; (PAS) 6959 5948 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x3002;1 &#xFF5E; 3 &#x306E;&#x4EE3;&#x66FF; SAS &#x9593;&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x6301;&#x3063;&#x3066;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;PAS &#x3092;&#x3088;&#x308A;&#x5206;&#x6563;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;SAS 488 &#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x304C;&#x540C;&#x5B9A;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3082;&#x3068;&#x3082;&#x3068;&#x5272;&#x308A;&#x5F53;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x305F;&#x30A4;&#x30CB;&#x30B7;&#x30A8;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x5F8C;&#x7D9A;&#x30D5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30E0;&#x3067; ATG &#x306F;&#x3001;&#x304A;&#x305D;&#x3089;&#x304F;&#x771F;&#x306E;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306E;&#x958B;&#x59CB;&#x3092;&#x6307;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x306E;&#x3067; ATG &#x306E;&#x4E0B;&#x6D41;&#x3002;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x30B1;&#x30FC;&#x30B9;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x4EE3;&#x66FF; SAS Mrna &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x3068;&#x7570;&#x306A;&#x308B; N &#x672B;&#x7AEF;&#x914D;&#x5217;&#x306E;&#x30A8;&#x30F3;&#x30B3;&#x30FC;&#x30C9;&#x306B;&#x4E0A;&#x6607;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x308B;&#x3067;&#x3057;&#x3087;&#x3046;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x3092;&#x542B;&#x3080;&#x304C;&#x3001;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x8FFD;&#x52A0;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x3092;&#x898B;&#x3064;&#x3051;&#x305F;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066; 2 &#x3064;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C8;&#x30ED;&#x30F3;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3067;&#x304D;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3067;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x7814;&#x7A76;&#x306F;&#x305D;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306A;&#x3044;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x30A2;&#x30CE;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x751F;&#x7269;&#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x306E;&#x98A8;&#x666F;&#x3092;&#x52C9;&#x5F37;&#x3059;&#x308B; RNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6280;&#x8853;&#x306E;&#x6709;&#x7528;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A; mRNA &#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x8D77;&#x3053;&#x308B;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x540C;&#x5B9A;&#x304A;&#x3088;&#x3073;&#x30C8;&#x30EA;&#x30D1;&#x30CE;&#x30BD;&#x30FC;&#x30DE; 2 &#x30E9;&#x30A4;&#x30D5; &#x30B5;&#x30A4;&#x30AF;&#x30EB;&#x6BB5;&#x968E;&#x3067;&#x306E;&#x5168;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x89E3;&#x6790;&#x3002;

Trypanosomes&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xCF54;&#xB529; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xC804;&#xC0AC;&#xB294; polycistronic &#xBC0F; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC740; &#xC8FC;&#xB85C; post-transcriptional &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xADDC;&#xC81C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xBC88;&#xC5ED; &#xB418;&#xC9C0; &#xC54A;&#xC740; &#xC601;&#xC5ED;&#xC5D0; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xBAA8;&#xD2F0;&#xBE0C; mRNA &#xD6A1;&#xB2E8; &#xC811;&#xD569; &#xBC0F; RNA &#xC548;&#xC815;&#xC131; &#xADDC;&#xC81C; &#xC544;&#xC9C1; Utr &#xC2DC;&#xC791;&#xACFC; &#xB05D; &#xAC70;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xB2E4;. &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xC815;&#xC0C1; &#xC0C1;&#xD0DC; mRNA &#xC218;&#xC900; (&#39;transcriptomes&#39;) Trypanosoma brucei &#xC0DD;&#xD65C;&#xC758; 2 &#xB2E8;&#xACC4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xAC8C;&#xB188;&#xC758; &#xC57D; 90% &#xC8FC;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xCCB4; &#xC678; &#xAD50;&#xC591; &#xACB0;&#xC815; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; RNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; &#xAC70;&#xC758; 6% &#xCC28;&#xB3D9; &#xC0AC;&#xC774; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074; &#xB2E8;&#xACC4;&#xB97C; &#xD45C;&#xD604; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xAC01;&#xAC01; 5&#39; &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC218;&#xB77D;&#xC790; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; (SAS) &#xBC0F; 6959&#xC640; 5948 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; polyadenylation &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; (PA)&#xB97C; &#xBC1C;&#xACAC;. 1 &#xBC0F; 3 &#xAC1C;&#xC758; &#xC591;&#xC790; &#xD0DD;&#xC77C; SAS &#xC0AC;&#xC774; &#xB300;&#xBD80;&#xBD84;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xAC00; &#xC2F6;&#xC5B4; &#xC11C; &#xB354; &#xBD84;&#xC0B0; &#xB418;&#xC5B4; &#xC788;&#xC9C0;&#xB9CC;. 488 &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; SAS &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB41C; &#xB2E4;&#xC6B4;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xB9BC;&#xC758; &#xC6D0;&#xB798; &#xD560;&#xB2F9; &#xB41C; &#xCD08;&#xAE30;&#xC790; ATG, &#xADF8;&#xB798;&#xC11C; &#xD6C4;&#xC18D; &#xD504;&#xB808;&#xC784;&#xC5D0;&#xC11C; ATG &#xC544;&#xB9C8;&#xB3C4; &#xC9C4;&#xC815;&#xD55C; &#xCF54;&#xB529; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC758; &#xC2DC;&#xC791;&#xC744; &#xC9C0;&#xC815; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xACBD;&#xC6B0;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xB2E4;&#xB978; SAS mRNAs &#xC778;&#xCF54;&#xB529; &#xB2E4;&#xB978; N &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4;&#xC640; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xC0C1;&#xC2B9;&#xC744; &#xC904; &#xAC83; &#xC774;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC744; &#xD3EC;&#xD568; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; introns&#xC640; &#xC544;&#xBB34; &#xCD94;&#xAC00; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC73C;&#xB85C; &#xC54C;&#xB824;&#xC9C4; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0; introns &#xC2DD;&#xBCC4;&#xD560; &#xC218;&#xB3C4; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xC778; &#xAC8C;&#xB188; &#xC644;&#xBCBD; &#xD558; &#xAC8C; &#xC8FC;&#xC11D; &#xD558;&#xC9C0; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC758; transcriptional &#xD48D;&#xACBD; &#xACF5;&#xBD80; RNA seq &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xC720;&#xC6A9;&#xC131;&#xC744; &#xBCF4;&#xC5EC; &#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Trypanosoma brucei&#xC758; &#xB450; &#xAC1C;&#xC758; &#xB77C;&#xC774;&#xD504; &#xC0AC;&#xC774;&#xD074; &#xB2E8;&#xACC4; &#xBC0F; &#xC811;&#xD569; &#xBC0F; polyadenylation &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC5D0; mRNA &#xD48D;&#xBD80;&#xC758; &#xAC8C;&#xB188; &#xB113;&#xC740; &#xBD84;&#xC11D;.

La transcripci&oacute;n de genes prote&iacute;na-codificaci&oacute;n en tripanosomas es policistr&oacute;nico y expresi&oacute;n g&eacute;nica est&aacute; regulada principalmente por mecanismos post-transcripcionales. Motivos de la secuencia en las regiones no traducidas regulan mRNA trans-empalme y estabilidad de RNA, pero donde incoe comienzan y terminan es conocido por muy pocos genes. Utilizamos RNA-secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento para determinar que los niveles de mRNA de genoma estacionaria (&#39;transcriptomas&#39;) para el ciclo de aproximadamente el 90% del genoma en dos etapas de la vida de Trypanosoma brucei cultivan in vitro. Casi el 6% de los genes fueron expresado diferencialmente entre las dos etapas del ciclo de vida. Se identificaron 5&#39; sitios de empalme-aceptador (SAS) y sitios de poliadenilaci&oacute;n (PAS) para genes 6959 y 5948, respectivamente. Mayor&iacute;a de los genes tiene entre uno y tres alternativas SAS, pero PAS est&aacute;n m&aacute;s dispersos. 488 Genes, se identificaron SAS aguas abajo del originalmente asignado iniciador ATG, para una posterior ATG en-marco presumiblemente se&ntilde;ala el comienzo de la verdadera secuencia de codificaci&oacute;n. En algunos casos, la alternativa SAS dar&iacute;a lugar a mRNAs que codifican las prote&iacute;nas con diferentes secuencias de N-terminal. Podr&iacute;amos identificar los intrones en dos genes conocidos para contenerlos, pero encontrado ningunos genes adicionales con intrones. Nuestro estudio demuestra la utilidad de la tecnolog&iacute;a del RNA-seq para estudiar el paisaje transcripcional de un organismo cuyo genoma no ha sido completamente anotada.

An&aacute;lisis del genoma de abundancia de ARNm en dos etapas del ciclo de vida de Trypanosoma brucei e identificaci&oacute;n de sitios de splicing y poliadenilaci&oacute;n.

&#x7ECF;&#x5178;&#x5361;&#x6CE2;&#x897F;&#x8089;&#x7624; (KS) &#x662F;&#x6781;&#x4E3A;&#x7F55;&#x89C1;&#x7684;&#x513F;&#x7AE5;&#x4ECE;&#x5730;&#x4E2D;&#x6D77;&#x76C6;&#x5730;&#xFF0C;&#x5C3D;&#x7BA1;&#x8FD9;&#x4E00;&#x5730;&#x533A;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; 8 &#xFF08;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; 8&#xFF09; &#x611F;&#x67D3;&#x7684;&#x6D41;&#x884C;&#x7387;&#x9AD8;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5047;&#x8BBE;&#xFF0C;&#x7F55;&#x89C1;&#x5355;&#x57FA;&#x56E0;&#x9057;&#x4F20;&#x6027;&#x514D;&#x75AB;&#x5230;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; 8 &#x53EF;&#x80FD;&#x5728;&#x7AE5;&#x5E74;&#x65F6;&#x671F;&#x5C31;&#x662F;&#x7ECF;&#x5178; KS&#x3002;&#x6709;&#x6CA1;&#x6709;&#x5176;&#x4ED6;&#x5F02;&#x5E38;&#x4E25;&#x91CD;&#x611F;&#x67D3;&#x6216;&#x80BF;&#x7624;&#x578B;&#x7684;&#x5B69;&#x5B50;&#xFF0C;&#x4E24;&#x5C81;&#x6B7B;&#x4E8E;&#x64AD;&#x6563; KS&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5BF9;&#x6B64;&#x8FDB;&#x884C;&#x8C03;&#x67E5;&#x3002;&#x75C5;&#x4EBA;&#x5728;&#x6574;&#x4E2A; exome &#x6D4B;&#x5E8F;&#x63ED;&#x793A; STIM1&#xFF0C;&#x7F16;&#x7801;&#x57FA;&#x8D28;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5206;&#x5B50; 1&#xFF0C;&#x8BE5;&#x6CD5;&#x89C4;&#x5B9A;&#x5546;&#x5E97;&#x7ECF;&#x8425;&#x7ECF;&#x6761;&#x76EE;&#x7684;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EAF;&#x5408;&#x62FC;&#x63A5;&#x7F51;&#x7AD9;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;STIM1 mRNA &#x526A;&#x63A5;&#x3001; &#x86CB;&#x767D;&#x751F;&#x4EA7;&#x548C;&#x7ECF;&#x6D8C;&#x5165; EBV &#x8F6C;&#x5316; B &#x7EC6;&#x80DE;&#x682A;&#x4ECE;&#x75C5;&#x4EBA;&#xFF0C;&#x4F46;&#x5728;&#x88AB;&#x5B8C;&#x5168;&#x5E9F;&#x9664;&#xFF0C;&#x4F46;&#x83B7;&#x6551;&#x7684;&#x91CE;&#x751F;&#x578B; STIM1 &#x7684;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x57FA;&#x4E8E;&#x4EE5;&#x524D;&#x7684; STIM1 &#x7F3A;&#x4E86;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x4E2D;&#x53D1;&#x73B0;&#x4E0E;&#x4E25;&#x91CD;&#x7684; T &#x7EC6;&#x80DE;&#x514D;&#x75AB;&#x7F3A;&#x9677;&#x548C; KS &#x540E;&#x5929;&#x7684; T &#x7EC6;&#x80DE;&#x7F3A;&#x9677;&#x7684;&#x4E2A;&#x4EBA;&#x5728;&#x5F88;&#x591A;&#x8F83;&#x9AD8;&#x7684;&#x98CE;&#x9669;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F97;&#x51FA;&#x7684;&#x7ED3;&#x8BBA; STIM1 T &#x7EC6;&#x80DE;&#x7F3A;&#x9677;&#x5F15;&#x53D1;&#x7684;&#x81F4;&#x547D; KS &#x8FD9;&#x4E2A;&#x5B69;&#x5B50;&#x5728;&#x611F;&#x67D3;&#x540E;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x75B1;&#x75B9;&#x75C5;&#x6BD2; 8 &#x4E0E;&#x53D1;&#x5C55;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x62A5;&#x544A;&#x63D0;&#x4F9B;&#x7684;&#x7B2C;&#x4E00;&#x4E2A;&#x8BC1;&#x636E;&#xFF0C;&#x5B64;&#x7ACB;&#x7684;&#x7ECF;&#x5178; KS &#x5728;&#x7AE5;&#x5E74;&#x4ECE;&#x5355;&#x57FA;&#x56E0;&#x7F3A;&#x9677;&#x53EF;&#x80FD;&#x4F1A;&#x5BFC;&#x81F4;&#x548C;&#x63D0;&#x4F9B;&#x8BC1;&#x636E;&#x7684;&#x539F;&#x5219;&#x5728;&#x5355;&#x4E2A;&#x75C5;&#x4EBA;&#x6574;&#x4E2A; exome &#x6D4B;&#x5E8F;&#x53EF;&#x4EE5;&#x7834;&#x8BD1;&#x7F55;&#x89C1;&#x5148;&#x5929;&#x7684;&#x9057;&#x4F20;&#x57FA;&#x7840;&#x3002;

&#x6574;&#x4E2A; exome &#x57FA;&#x4E8E;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x7684; STIM1 &#x7F3A;&#x4E4F;&#x75C7;&#x513F;&#x7AE5;&#x81F4;&#x547D;&#x7ECF;&#x5178;&#x5361;&#x6CE2;&#x897F;&#x8089;&#x7624;&#x7684;&#x53D1;&#x73B0;&#x3002;

Classic Kaposi sarcoma (KS) is exceedingly rare in children from the Mediterranean Basin, despite the high prevalence of human herpesvirus-8 (HHV-8) infection in this region. We hypothesized that rare single-gene inborn errors of immunity to HHV-8 may underlie classic KS in childhood. We investigated a child with no other unusually severe infectious or tumoral phenotype who died from disseminated KS at two years of age. Whole-exome sequencing in the patient revealed a homozygous splice-site mutation in STIM1, the gene encoding stromal interaction molecule 1, which regulates store-operated Ca(2+) entry. STIM1 mRNA splicing, protein production, and Ca(2+) influx were completely abolished in EBV-transformed B cell lines from the patient, but were rescued by the expression of wild-type STIM1. Based on the previous discovery of STIM1 deficiency in a single family with a severe T cell immunodeficiency and the much higher risk of KS in individuals with acquired T cell deficiencies, we conclude that STIM1 T cell deficiency precipitated the development of lethal KS in this child upon infection with HHV-8. Our report provides the first evidence that isolated classic KS in childhood may result from single-gene defects and provides proof-of-principle that whole-exome sequencing in single patients can decipher the genetic basis of rare inborn errors.

Whole-exome sequencing-based discovery of STIM1 deficiency in a child with fatal classic Kaposi sarcoma.

Classique Kaposi de sarcome (SK) est extr&ecirc;mement rare chez les enfants du bassin m&eacute;diterran&eacute;en, en d&eacute;pit de la forte pr&eacute;valence de l&#39;infection par l&#39;herp&egrave;svirus humain-8 (HHV-8) dans cette r&eacute;gion. Nous avons suppos&eacute; que rares monog&eacute;niques Erreurs inn&eacute;es de l&#39;immunit&eacute; &agrave; HHV-8 peuvent sous-tendre KS classique dans l&#39;enfance. Nous avons &eacute;tudi&eacute; un enfant avec aucun autre ph&eacute;notype infectieux ou tumoral exceptionnellement grave qui sont d&eacute;c&eacute;d&eacute;es de KS diss&eacute;min&eacute;e &agrave; deux ans. S&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;exome-ensemble chez le patient a r&eacute;v&eacute;l&eacute; une mutation homozygote-site d&#39;&eacute;pissage en STIM1, le g&egrave;ne codant la mol&eacute;cule d&#39;interaction stromales 1, qui r&eacute;git le magasin fonctionnant Ca(2+) entr&eacute;e. &Eacute;pissage des ARNm de STIM1, la production de prot&eacute;ines et afflux de Ca(2+) ont &eacute;t&eacute; compl&egrave;tement abolies dans des lign&eacute;es de cellules de B transform&eacute;es EBV chez le patient, mais ont &eacute;t&eacute; secourus par l&#39;expression de STIM1 sauvage. Bas&eacute; sur la d&eacute;couverte ant&eacute;rieure de la carence en STIM1 dans une seule famille avec une immunod&eacute;ficience s&eacute;v&egrave;re des lymphocytes T et le plus grand risque de KS chez les individus atteints d&#39;une d&eacute;ficience acquise des lymphocytes T, nous concluons qu&#39;insuffisance cellulaire STIM1 T a pr&eacute;cipit&eacute; l&#39;apparition de KS l&eacute;tales chez cet enfant apr&egrave;s infection avec HHV-8. Notre rapport fournit la premi&egrave;re preuve de ce classique isol&eacute; KS dans l&#39;enfance peut r&eacute;sulter d&#39;anomalies monog&eacute;niques et fournit la preuve de principe que le s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;exome-ensemble unique chez peut d&eacute;chiffrer la base g&eacute;n&eacute;tique de rares Erreurs inn&eacute;es.

D&eacute;couverte du ensemble-l&#39;exome ax&eacute;e sur le s&eacute;quen&ccedil;age de la carence en STIM1 chez un enfant avec le sarcome de Kaposi classique fatal.

Klassische Kaposi-Sarkom (KS) ist &auml;u&szlig;erst selten, bei Kindern aus dem Mittelmeerraum, trotz der hohen Pr&auml;valenz der menschlichen Herpesvirus-8 (HHV-8) Infektion in dieser Region. Wir die Hypothese, dass seltene Einzel-gen angeborene St&ouml;rungen der Immunit&auml;t zu HHV-8 klassische KS in der Kindheit zugrunde liegen k&ouml;nnten. Wir untersuchten ein Kind mit keinen anderen ungew&ouml;hnlich schweren ansteckenden oder tumorale Ph&auml;notyp, disseminierte KS mit zwei Jahren gestorben. Ganz-Exome Sequenzierung des Patienten ergab eine homozygote Splei&szlig;-Website-Mutation in STIM1, gen, das Stroma Interaktion Molek&uuml;l 1, die Speicher zu bet&auml;tigende Ca(2+) Eintrag regelt. STIM1 mRNA Splei&szlig;en, Protein-Produktion und Ca(2+) Zustrom EBV-transformierten B-Zell-Linien aus dem Patienten wurden vollst&auml;ndig abgeschafft, aber wurden durch den Ausdruck der Wildtyp STIM1 gerettet. Basierend auf den vorherigen Entdeckung des STIM1-Mangel in einer einzigen Familie mit einem schweren T-Zell-Immunschw&auml;che und der viel h&ouml;heren Risiko von KS bei Personen mit erworbene T-Zell-M&auml;ngel, schlie&szlig;en wir, dass STIM1-T-Zelle-Mangel die Entwicklung der t&ouml;dliche KS in dieses Kind nach Infektion mit HHV-8 ausgef&auml;llt. Unser Bericht bietet dem ersten Beweis, dass isolierte Classic KS in der Kindheit aus Einzel-gen M&auml;ngel ergeben und stellt Beweis-des-Prinzip, dass ganze-Exome Sequenzierung bei einzelnen Patienten die genetische Grundlage f&uuml;r seltene angeborene St&ouml;rungen erkennen kann.

Ganz-Exome Sequenzierung-basierte Ermittlung des STIM1 Mangels bei einem Kind mit schwerwiegenden klassische Kaposi-Sarkom.

Classico sarcoma di Kaposi (KS) &egrave; estremamente raro nei bambini dal bacino del Mediterraneo, nonostante l&#39;alta prevalenza di infezione da herpesvirus-8 umano (HHV-8) in questa regione. Abbiamo ipotizzato che il rari singolo-gene errori congeniti dell&#39;immunit&agrave; di HHV-8 possono essere alla base KS classico nell&#39;infanzia. Abbiamo studiato un bambino con nessun altro fenotipo insolitamente grave infettiva o tumorale che mor&igrave; da KS diffuse a due anni di et&agrave;. Intero-exome sequenziamento nel paziente ha rivelato una mutazione omozigote splice-sito STIM1, il gene che codifica per molecola di interazione stromale 1, che regola il negozio gestito Ca(2+) voce. STIM1 mRNA impionbatura, produzione di proteine e Ca(2+) afflusso vennero completamente aboliti in linee di cellule di B EBV-trasformato dal paziente, ma sono stati salvati dall&#39;espressione del selvaggio-tipo STIM1. Basato sulla precedente scoperta di STIM1 deficit in un&#39;unica famiglia con un&#39;immunodeficienza grave delle cellule T e il rischio molto pi&ugrave; elevato di KS in individui con carenze acquisite delle cellule T, possiamo concludere che il deficit di cellule T STIM1 precipitato lo sviluppo di KS letale in questo bambino su infezione con HHV-8. La nostra relazione fornisce la prima evidenza che classico isolato KS nell&#39;infanzia possono derivare da difetti del singolo-gene e fornisce la prova di principio che tutto-exome sequenziamento in singoli pazienti pu&ograve; decifrare le basi genetiche di rari errori congeniti.

Intero-exome sequenziamento-based scoperta di STIM1 deficit in un bambino con sarcoma di Kaposi classico fatale.

&#x53E4;&#x5178;&#x7684;&#x30AB;&#x30DD;&#x30B8;&#x8089;&#x816B; (KS) &#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x5730;&#x57DF;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x30D8;&#x30EB;&#x30DA;&#x30B9; &#x30A6;&#x30A4;&#x30EB;&#x30B9; 8 &#xFF08;HHV-8) &#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x306E;&#x6709;&#x75C5;&#x7387;&#x9AD8;&#x3044;&#x306B;&#x3082;&#x304B;&#x304B;&#x308F;&#x3089;&#x305A;&#x3001;&#x5730;&#x4E2D;&#x6D77;&#x6CBF;&#x5CB8;&#x304B;&#x3089;&#x306E;&#x5B50;&#x4F9B;&#x306E;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x7A00;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x308C;&#x306A;&#x5358;&#x4E00;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x5148;&#x5929;&#x514D;&#x75AB; HHV 8 &#x3092;&#x30AF;&#x30E9;&#x30B7;&#x30C3;&#x30AF; KS &#x5B50;&#x4F9B;&#x306E;&#x9803;&#x306E;&#x6839;&#x5E95;&#x306B;&#x3042;&#x308B;&#x304B;&#x3082;&#x3057;&#x308C;&#x306A;&#x3044;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x4EEE;&#x5B9A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x64AD;&#x7A2E;&#x6027; KS &#x304B;&#x3089;&#x5E74;&#x9F62; 2 &#x6B73;&#x3067;&#x4EA1;&#x304F;&#x306A;&#x3063;&#x305F;&#x5B50;&#x4ED6;&#x7570;&#x5E38;&#x6DF1;&#x523B;&#x306A;&#x611F;&#x67D3;&#x75C7;&#x3084;&#x816B;&#x760D;&#x306E;&#x306A;&#x3057;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x305F;&#x3002;&#x5168;&#x4F53;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x60A3;&#x8005;&#x306E; STIM1 &#x30B9;&#x30C8;&#x30A2;&#x4F5C;&#x52D5;&#x30AB;&#x30EB;&#x30B7;&#x30A6;&#x30E0; &#x30A8;&#x30F3;&#x30C8;&#x30EA;&#x3092;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x3059;&#x308B;&#x9593;&#x8CEA;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306E;&#x5206;&#x5B50; 1&#x3001;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x30DB;&#x30E2;&#x306E;&#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B9;&#x90E8;&#x4F4D;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;STIM1 mRNA &#x30B9;&#x30D7;&#x30E9;&#x30A4;&#x30B7;&#x30F3;&#x30B0;&#x3001;&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x751F;&#x7523;&#x3068;&#x30AB;&#x30EB;&#x30B7;&#x30A6;&#x30E0;&#x6D41;&#x5165; EBV &#x5909;&#x63DB; B &#x30BB;&#x30EB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30F3;&#x3001;&#x60A3;&#x8005;&#x304B;&#x3089;&#x3067;&#x306F;&#x5B8C;&#x5168;&#x306B;&#x5EC3;&#x6B62;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x304C;&#x3001;&#x91CE;&#x751F;&#x578B; STIM1 &#x306E;&#x5F0F;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x6551;&#x51FA;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;STIM1 &#x6B20;&#x4E4F; 1 &#x5BB6;&#x65CF;&#x306E;&#x4EE5;&#x524D;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x306B;&#x91CD;&#x5EA6;&#x306E; T &#x7D30;&#x80DE;&#x514D;&#x75AB;&#x4E0D;&#x5168;&#x3068; KS &#x306B;&#x8CB7;&#x53CE;&#x3057;&#x305F; T &#x7D30;&#x80DE;&#x6B20;&#x9665;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x500B;&#x4EBA;&#x306E;&#x591A;&#x304F;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;&#x30EA;&#x30B9;&#x30AF;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066;&#x3001;&#x3053;&#x306E;&#x5B50;&#x306B;&#x611F;&#x67D3;&#x3067;&#x81F4;&#x6B7B; KS HHV 8 &#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x3092; STIM1 T &#x7D30;&#x80DE;&#x6B20;&#x640D;&#x306B;&#x6C88;&#x6BBF;&#x3092;&#x7DE0;&#x7D50;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x79C1;&#x305F;&#x3061;&#x306E;&#x30EC;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x6700;&#x521D;&#x306E;&#x8A3C;&#x62E0; KS &#x5E7C;&#x5E74;&#x671F;&#x3067;&#x5358;&#x4E00;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x6B20;&#x9665;&#x304B;&#x3089;&#x767A;&#x751F;&#x3059;&#x308B;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x304C;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x8A3C;&#x62E0;&#x306E;&#x539F;&#x5247;&#x5168;&#x4F53;&#x30A8;&#x30AD;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x5358;&#x4E00;&#x60A3;&#x8005;&#x306E;&#x7A00;&#x306A;&#x5148;&#x5929;&#x6027;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x7684;&#x57FA;&#x790E;&#x3092;&#x89E3;&#x8AAD;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x306E;&#x53E4;&#x5178;&#x7684;&#x306A;&#x5206;&#x96E2;&#x3092;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x5168;&#x4F53; exome &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x3044;&#x3066; STIM1 &#x6B20;&#x4E4F;&#x3067;&#x81F4;&#x547D;&#x7684;&#x306A;&#x53E4;&#x5178;&#x7684;&#x30AB;&#x30DD;&#x30B8;&#x8089;&#x816B;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x5B50;&#x4F9B;&#x306E;&#x767A;&#x898B;&#x3002;

&#xD074;&#xB798;&#xC2DD; &#xC885;&#xACFC; &#xC721; &#xC885; (KS) &#xC5B4;&#xB9B0;&#xC774; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; herpesvirus-8 (HHV-8) &#xAC10;&#xC5FC;&#xC774;&#xC774; &#xC9C0;&#xC5ED;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xB192;&#xC740; &#xBC1C;&#xBCD1; &#xB960;&#xC5D0;&#xB3C4; &#xBD88;&#xAD6C; &#xD558; &#xACE0; &#xC9C0;&#xC911;&#xD574; &#xBD84; &#xC9C0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB4DC;&#xBB38; &#xC77C; &#xC774;&#xB2E4;. HHV 8 &#xBA74;&#xCC45;&#xC758; &#xB4DC;&#xBB38; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xC120;&#xCC9C;&#xC801;&#xC778;&#xB41C; &#xC624;&#xB958; &#xC5B4;&#xB9B0; &#xC2DC;&#xC808;&#xC5D0; &#xD074;&#xB798;&#xC2DD; KS&#xB97C; &#xAE30;&#xCD08; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xADF8; &#xAC00;&#xC124;&#xC744; &#xC138;&#xC6E0;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC; 2 &#xC138;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xD30C; KS&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0AC;&#xB9DD;&#xD55C; &#xC804;&#xD600; &#xB2E4;&#xB978; &#xBE44;&#xC815;&#xC0C1;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC2EC;&#xD55C; &#xAC10;&#xC5FC; &#xB610;&#xB294; &#xC885;&#xC591; &#xD615;&#xC73C;&#xB85C; &#xC790;&#xC2DD; &#xC870;&#xC0AC;. &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xCCB4; exome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; homozygous &#xC2A4;&#xD50C;&#xB77C;&#xC774;&#xC2A4; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; STIM1, &#xC778;&#xCF54;&#xB529; stromal &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xBD84;&#xC790; 1, Ca(2+) &#xD56D;&#xBAA9; &#xC800;&#xC7A5;&#xC18C; &#xC6B4;&#xC601;&#xC744; &#xD1B5;&#xC81C; &#xD558;&#xB294; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC5D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xACF5;&#xAC1C; &#xD588;&#xB2E4;. STIM1 &#xC811;&#xD569; mRNA &#xBC0F; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC0DD;&#xC0B0; Ca(2+) &#xC720;&#xC785; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; EBV &#xBCC0;&#xD615; B &#xC138;&#xD3EC; &#xB77C;&#xC778;&#xC5D0; &#xC644;&#xC804;&#xD788; &#xD3D0;&#xC9C0; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4; &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC57C;&#xC0DD;-&#xD0C0;&#xC785; stim1&#xC758; &#xC2DD;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xAD6C;&#xCD9C; &#xB418;&#xC5C8;&#xB2E4;. &#xC2EC;&#xAC01;&#xD55C; T &#xC138;&#xD3EC; &#xBA74;&#xC5ED; &#xACB0;&#xD54D; &#xBC0F; KS &#xD68D;&#xB4DD;&#xB41C; T &#xC140; &#xACB0;&#xD568;&#xC744; &#xAC00;&#xC9C4; &#xAC1C;&#xC778;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xD6E8;&#xC52C; &#xB192;&#xC740; &#xC704;&#xD5D8; STIM1 &#xACB0;&#xD54D; &#xB2E8;&#xC77C; &#xC81C;&#xD488;&#xAD70;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC758; &#xC774;&#xC804; &#xBC1C;&#xACAC;&#xC744; &#xBC14;&#xD0D5;&#xC73C;&#xB85C;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; STIM1 T &#xC138;&#xD3EC; &#xACB0;&#xD54D; HHV 8&#xC774; &#xC544;&#xC774; &#xAC10;&#xC5FC;&#xC5D0; &#xCE58;&#xBA85;&#xC801;&#xC778; KS&#xC758; &#xBC1C;&#xC804; &#xC2DC; &#xCF30; &#xB358; &#xACB0;&#xB860;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xBCF4;&#xACE0;&#xC11C;&#xC5D0;&#xC11C;&#xB294; &#xCCAB; &#xBC88;&#xC9F8; &#xC99D;&#xAC70;&#xB294; &#xACA9;&#xB9AC; &#xB41C; &#xD074;&#xB798;&#xC2DD; &#xC5B4;&#xB9B0; &#xC2DC;&#xC808;&#xC5D0; KS &#xB2E8;&#xC77C; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xACB0;&#xD568;&#xC774; &#xBC1C;&#xC0DD;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xBC0F; &#xC81C;&#xACF5; &#xD558;&#xB294; &#xC99D;&#xAC70;&#xC758; &#xC6D0;&#xCE59; &#xD55C; &#xD658;&#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC804;&#xCCB4; exome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xB4DC;&#xBB38; &#xC120;&#xCC9C;&#xC801;&#xC778; &#xC624;&#xB958;&#xC758; &#xC720;&#xC804;&#xC73C;&#xB85C; &#xD574;&#xB3C5;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xCE58;&#xBA85;&#xC801;&#xC778; &#xD074;&#xB798;&#xC2DD; &#xC885;&#xACFC; &#xC721; &#xC885;&#xC640; &#xC544;&#xC774; STIM1 &#xBD80;&#xC871;&#xC758; &#xC804;&#xCCB4; exome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xBC18; &#xAC80;&#xC0C9;.

Cl&aacute;sico sarcoma de Kaposi (KS) es excesivamente raro en los ni&ntilde;os de la cuenca del Mediterr&aacute;neo, a pesar de la alta prevalencia de infecci&oacute;n por herpesvirus humano 8 (HHV-8) en esta regi&oacute;n. Presumimos que raro monogen&eacute;ticos errores innatos de la inmunidad a HHV-8 pueden subyacer KS cl&aacute;sica en la infancia. Investigamos a un ni&ntilde;o con otro fenotipo infecciosa o tumoral no inusualmente severo que muri&oacute; de KS diseminada a los dos a&ntilde;os de edad. Secuenciaci&oacute;n del exoma-todo en el paciente revel&oacute; una mutaci&oacute;n homocig&oacute;tica empalmar-sitio en STIM1, el gen que codifica la mol&eacute;cula stromal interacci&oacute;n 1, que regula la entrada de CA de tienda que funciona. STIM1 empalme de mRNA, producci&oacute;n de prote&iacute;nas y afluencia de CA fueron suprimidos totalmente en l&iacute;neas de c&eacute;lulas B EBV-transformado del paciente, pero fueron rescatados por la expresi&oacute;n de tipo STIM1. Basado en el descubrimiento anterior de la deficiencia de STIM1 en una sola familia con una inmunodeficiencia severa de la c&eacute;lula T y el riesgo mucho mayor de KS en individuos con deficiencias adquiridas T cell, concluimos que la deficiencia de la c&eacute;lula T STIM1 precipitado al desarrollo de KS letal en este ni&ntilde;o con infecci&oacute;n con HHV-8. Nuestro informe proporciona la primera evidencia cl&aacute;sico aislado KS en la infancia puede resultar de defectos monogen&eacute;ticos y proporciona prueba-de-principio que todo-exoma secuenciaci&oacute;n en pacientes individuales puede descifrar las bases gen&eacute;ticas de raros errores innatos.

Conjunto-exoma basadas en la secuencia descubrimiento de deficiencia de STIM1 en un ni&ntilde;o con sarcoma de Kaposi cl&aacute;sico fatal.

&#x80C3;&#x80A0;&#x9053;&#x95F4;&#x8D28;&#x80BF;&#x7624; (&#x5927;&#x610F;) &#x662F;&#x6700;&#x5E38;&#x89C1;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B;&#x8089;&#x7624;&#xFF0C;&#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x5B9A;&#x4E49;&#x901A;&#x8FC7;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x6216; PDGFRA &#x53D7;&#x4F53;&#x916A;&#x6C28;&#x9178;&#x6FC0;&#x9176;&#x57FA;&#x56E0;&#x7A81;&#x53D8;&#x3002;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x8868;&#x793A;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x662F;&#x5728; &#xFF08;&#x8BBE;&#x7F6E;&#xFF09;-&#x63A8;&#x5B9A;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x8D77;&#x6E90;&#x638C;&#x63E1;&#x8981;&#x70B9;-&#x95F4;&#x8D28;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x9020;&#x8840;&#x5E72;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3001; &#x9ED1;&#x7D20;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3001; &#x80A5;&#x5927;&#x7EC6;&#x80DE;&#x548C;&#x751F;&#x6B96;&#x7EC6;&#x80DE;&#x3002;&#x7136;&#x800C;&#xFF0C;&#x7A9D;&#x85CF;&#x51E0;&#x4E4E;&#x5B8C;&#x5168;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x7A81;&#x53D8;&#x548C;&#x6572;&#x5165;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x7A81;&#x53D8;&#x5C0F;&#x9F20;&#x7684;&#x751F;&#x6B96;&#x7684;&#x5BB6;&#x5EAD;&#x5236;&#x5B9A; ICC &#x589E;&#x751F;&#x548C;&#x8981;&#x70B9;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x8868;&#x660E;&#x7EC6;&#x80DE;&#x65B9;&#x9762;&#x91CD;&#x8981;&#x7684;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x6765;&#x8C03;&#x89E3;&#x53D1;&#x751F;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x663E;&#x793A;&#x9AD8;&#x5EA6; ETS &#x5BB6;&#x5EAD;&#x6210;&#x5458; ETV1 &#x8868;&#x793A;&#x7684;&#x6B63;&#x5BF9;&#x7624;&#x654F;&#x611F;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x4ECB;&#x5BFC;&#x8F6C;&#x5316;&#xFF0C;&#x548C;&#x662F;&#x4E3A;&#x5176;&#x53D1;&#x5C55;&#x6240;&#x9700;&#x7684;&#x5B50;&#x7C7B;&#x578B;&#x3002;&#x6B64;&#x5916;&#xFF0C;ETV1 &#x666E;&#x904D;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x8868;&#x793A;&#xFF0C;&#x8981;&#x70B9;&#xFF0C;&#x5E76;&#x4E14;&#x662F;&#x4F0A;&#x9A6C;&#x66FF;&#x5C3C;&#x654F;&#x611F;&#x548C;&#x8010;&#x5409;&#x65AF;&#x7279;&#x7EC6;&#x80DE;&#x682A;&#x751F;&#x957F;&#x7684;&#x9700;&#x8981;&#x3002;ETV1 &#x7ED3;&#x5408;&#x4F4D;&#x70B9;&#x7684;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x5206;&#x6790;&#x548C;&#x5168;&#x7403;&#x5206;&#x6790;&#x8868;&#x660E; ETV1 &#x4E3B;&#x8981;&#x662F;&#x901A;&#x8FC7;&#x589E;&#x5F3A;&#x7EA6;&#x675F;&#x529B;&#x7684;&#x56FD;&#x9645;&#x5211;&#x4E8B;&#x6CD5;&#x9662;&#x4F9D;&#x636E;&#x7279;&#x5B9A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7F51;&#x7EDC;&#x4E3B;&#x8C03;&#x8282;&#x5668;&#x3002;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x53D7; ETV1 &#x6FC0;&#x6D3B;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#xFF0C;&#x5176;&#x4E2D;&#x5EF6;&#x957F; ETV1 &#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7A33;&#x5B9A;&#x6027;&#x548C; ETV1 &#x4FC3;&#x8FDB;&#x80BF;&#x7624;&#x53D1;&#x751F;&#x7684;&#x5173;&#x7CFB;&#x4E0E;&#x5408;&#x4F5C;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5EFA;&#x8BAE;&#x8981;&#x70B9;&#x4ECE;&#x673A;&#x6784;&#x95F4;&#x534F;&#x8C03;&#x59D4;&#x5458;&#x4F1A;&#x4EA7;&#x751F;&#x5185;&#x6E90;&#x6027; ETV1 &#x8868;&#x8FBE;&#x6C34;&#x5E73;&#x9AD8;&#x65F6;&#x52A0;&#x4E0A;&#x4E00;&#x79CD;&#x6D3B;&#x5316;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x7A81;&#x53D8;&#xFF0C;&#x9A71;&#x52A8;&#x5668;&#x7624; ETS &#x8F6C;&#x5F55;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x3002;&#x8FD9;&#x4E0D;&#x540C;&#x4E8E;&#x5176;&#x4ED6;&#x7535;&#x5B50;&#x6295;&#x6807;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x4F9D;&#x8D56;&#x4E8E;&#x80BF;&#x7624;&#x524D;&#x5217;&#x817A;&#x764C;&#x3001; &#x9ED1;&#x8272;&#x7D20;&#x7624;&#x7B49;&#x5C24;&#x6587;&#x8089;&#x7624;&#x5728;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x79FB;&#x4F4D;&#x6216;&#x6269;&#x589E;&#x9A71;&#x52A8;&#x5668; ETS &#x7684;&#x5F02;&#x5E38;&#x8868;&#x8FBE;&#x3002;&#x5B83;&#x8FD8;&#x8868;&#x793A;&#x7624;&#x8F6C;&#x5F55;&#x56E0;&#x5B50;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7684;&#x65B0;&#x673A;&#x5236;&#x3002;

ETV1 &#x662F;&#x6CBF;&#x88AD;&#x5B58;&#x6D3B;&#x7684;&#x56E0;&#x7D20;&#xFF0C;&#x5728;&#x80C3;&#x80A0;&#x9053;&#x95F4;&#x8D28;&#x80BF;&#x7624;&#x5DE5;&#x5177;&#x5305;&#x4E0E;&#x5408;&#x4F5C;&#x3002;

Gastrointestinal stromal tumour (GIST) is the most common human sarcoma and is primarily defined by activating mutations in the KIT or PDGFRA receptor tyrosine kinases. KIT is highly expressed in interstitial cells of Cajal (ICCs)-the presumed cell of origin for GIST-as well as in haematopoietic stem cells, melanocytes, mast cells and germ cells. Yet, families harbouring germline activating KIT mutations and mice with knock-in Kit mutations almost exclusively develop ICC hyperplasia and GIST, suggesting that the cellular context is important for KIT to mediate oncogenesis. Here we show that the ETS family member ETV1 is highly expressed in the subtypes of ICCs sensitive to oncogenic KIT mediated transformation, and is required for their development. In addition, ETV1 is universally highly expressed in GISTs and is required for growth of imatinib-sensitive and resistant GIST cell lines. Transcriptome profiling and global analyses of ETV1-binding sites suggest that ETV1 is a master regulator of an ICC-GIST-specific transcription network mainly through enhancer binding. The ETV1 transcriptional program is further regulated by activated KIT, which prolongs ETV1 protein stability and cooperates with ETV1 to promote tumorigenesis. We propose that GIST arises from ICCs with high levels of endogenous ETV1 expression that, when coupled with an activating KIT mutation, drives an oncogenic ETS transcriptional program. This differs from other ETS-dependent tumours such as prostate cancer, melanoma and Ewing sarcoma where genomic translocation or amplification drives aberrant ETS expression. It also represents a novel mechanism of oncogenic transcription factor activation.

ETV1 is a lineage survival factor that cooperates with KIT in gastrointestinal stromal tumours.

Tumeur stromale gastro-intestinale (GIST) est le sarcome le plus commun de l&#x26;#39;humanit&#xE9; et il est principalement d&#xE9;fini par des mutations activatrices dans le KIT ou PDGFRA r&#xE9;cepteurs tyrosine kinases. KIT est fortement exprim&#xE9;e dans les cellules interstitielles de Cajal (CIC), la cellule pr&#xE9;sum&#xE9;e d&#x26;#39;origine pour les GIST-ainsi que dans les cellules souches h&#xE9;matopo&#xEF;&#xE9;tiques, les m&#xE9;lanocytes, les mastocytes et les cellules germinales. Pourtant, les familles des mutations germinales activatrices KIT et les souris knock-in avec des mutations du kit presque exclusivement de d&#xE9;velopper une hyperplasie de la CPI et les GIST, ce qui sugg&#xE8;re que le contexte cellulaire est important pour KIT de m&#xE9;diation oncogen&#xE8;se. Ici, nous montrons que la ETV1 STE membre de la famille est fortement exprim&#xE9;e dans les sous-types des CCI sensibles &#xE0; la transformation KIT m&#xE9;diation oncog&#xE8;ne, et est n&#xE9;cessaire pour leur d&#xE9;veloppement. En outre, ETV1 est universellement fortement exprim&#xE9; dans les GIST et est n&#xE9;cessaire &#xE0; la croissance de l&#x26;#39;imatinib-sensibles et r&#xE9;sistantes des lign&#xE9;es cellulaires de GIST. Profils en transcriptomique et des analyses globales de ETV1 sites de liaison sugg&#xE8;rent que ETV1 est un ma&#xEE;tre r&#xE9;gulateur de la transcription d&#x26;#39;un r&#xE9;seau ICC-GIST sp&#xE9;cifique principalement par le biais liaison d &#x26;#39;amplificateur. Le programme ETV1 transcriptionnelle est &#xE9;galement r&#xE9;gie par actif KIT, qui prolonge ETV1 la stabilit&#xE9; des prot&#xE9;ines et coop&#xE8;re avec ETV1 &#xE0; promouvoir la tumorigen&#xE8;se. Nous proposons que le GIST se pose de CIP avec des niveaux &#xE9;lev&#xE9;s de endog&#xE8;nes ETV1 expression qui, lorsqu&#x26;#39;elle est associ&#xE9;e &#xE0; une mutation KIT activation, conduit un programme d&#x26;#39;ETS oncog&#xE9;nique de la transcription. Cela diff&#xE8;re des autres STE-d&#xE9;pendants tels que les tumeurs de la prostate, le m&#xE9;lanome et le sarcome d&#x26;#39;Ewing, o&#xF9; la translocation ou amplification g&#xE9;nomique conduit expression aberrante de STE. Il repr&#xE9;sente &#xE9;galement un nouveau m&#xE9;canisme d&#x26;#39;activation du facteur de transcription oncog&#xE9;nique.

ETV1 est un facteur de survie des Lineage qui coop&#xE8;re avec le KIT dans les tumeurs stromales gastro-intestinales

Gastro-intestinale stromal Tumor (GIST) ist die h&auml;ufigste menschliche Sarkom und ist in erster Linie durch die Aktivierung von Mutationen in der KIT oder PDGFRA-Rezeptor-Tyrosin-Kinasen definiert. KIT wird hoch in den interstitiellen Zellen von Cajal (ICCs) - der mutma&szlig;liche Zelle Ursprungs f&uuml;r GIST - sowie in h&auml;matopoetische Stammzellen, Melanozyten, Mastzellen und Keimzellen ausgedr&uuml;ckt. Dennoch entwickeln Beherbergung Germline Aktivierung KIT-Mutationen und M&auml;use mit Knock-in-Kit-Mutationen fast ausschlie&szlig;lich Familien ICC Hyperplasie und GIST, darauf hindeutet, dass der zellul&auml;re Kontext wichtig f&uuml;r KIT Onkogenese zu vermitteln ist. Hier zeigen wir, dass das ETS-Familienmitglied ETV1 hoch in die Untertypen von ICCs ausgedr&uuml;ckt wird, empfindlich auf Onkogene KIT vermittelte Transformation und wird ben&ouml;tigt f&uuml;r ihre Entwicklung. Dar&uuml;ber hinaus ETV1 wird allgemein hoch in GISTs ausgedr&uuml;ckt und ist f&uuml;r Wachstum der Imatinib-Sensitive und best&auml;ndig GIST-Zelllinien. Transkriptom Profilerstellung und globale Analysen von ETV1-Bindungsstellen zufolge ETV1 ein master Regler eines ICC-GIST-spezifische-Transkription-Netzwerks vor allem durch Vergr&ouml;&szlig;erer verbindlich ist. Die ETV1, die transkriptionelle Programm weiter durch reguliert wird aktiviert-KIT, welches verl&auml;ngert ETV1 Protein Stabilit&auml;t und kooperiert mit ETV1 zur F&ouml;rderung der Tumorentstehung. Wir vorschlagen, da&szlig; GIST aus ICCs mit hohem endogenen ETV1 Ausdruck ergibt, die in Verbindung mit einer aktivierenden KIT-Mutation treibt ein Onkogene ETS transkriptionelle Programm. Dies unterscheidet sich von anderen ETS-abh&auml;ngige Tumoren wie Prostatakrebs, Melanom und Ewing-Sarkom, wo genomische Translokation oder Verst&auml;rkung aberrante Expression von ETS-Laufwerke. Es stellt auch einen neuen Mechanismus der Aktivierung der Onkogene Transkription-Faktor.

ETV1 ist ein Herkunfts-&uuml;berleben-Faktor, der in gastro-intestinale stromal Tumoren mit KIT zusammenarbeitet.

Tumore stromale gastrointestinale (GIST) &egrave; il pi&ugrave; comune sarcoma umano ed &egrave; principalmente definita attivando le mutazioni della chinasi di tirosina del recettore KIT o PDGFRA. KIT &egrave; altamente espresso in cellule interstiziali di Cajal (ICCs) - la presunta cellula di origine per i GIST - cos&igrave; come in cellule staminali ematopoietiche, melanociti, mastociti e cellule germinali. Ancora, le famiglie che ospita germline attivando le mutazioni KIT e topi knock-in mutazioni Kit quasi esclusivamente sviluppano iperplasia ICC e GIST, suggerendo che il contesto cellulare &egrave; importante per il KIT di mediare oncogenesi. Qui ci mostra che il membro della famiglia ETS ETV1 &egrave; altamente espresso in sottotipi di ICCs KIT sensibili a oncogenica mediata trasformazione ed &egrave; necessario per il loro sviluppo. Inoltre, ETV1 &egrave; universalmente altamente espresso nei GIST ed &egrave; necessaria per la crescita di linee di cellule GIST imatinib-sensibili e resistenti. Transcriptome analisi globale e profilatura di siti leganti ETV1 suggeriscono che ETV1 &egrave; un regolatore master di una rete di trascrizione ICC-GIST-specifici principalmente attraverso enhancer binding. ETV1 programma trascrizionale &egrave; ulteriormente regolata da attivato KIT, che prolunga la stabilit&agrave; proteica ETV1 e collabora con ETV1 per promuovere la tumorigenesi. Proponiamo che i GIST nasce dalla ICCs con alti livelli di espressione ETV1 endogena che, quando accoppiato con una mutazione attiva del KIT, spinge un programma di transcriptional ETS oncogenico. Questo differisce da altri tumori ETS-dipendente come il cancro alla prostata, melanoma e sarcoma di Ewing dove genomic traslocazione o amplificazione drives aberrante espressione di ETS. Esso rappresenta anche un nuovo meccanismo di attivazione di fattore di trascrizione oncogenica.

ETV1 &egrave; un fattore di sopravvivenza del lignaggio che collabora con il KIT nei tumori stromali gastrointestinali.

&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x9593;&#x8CEA;&#x816B;&#x760D;&#xFF08;GIST&#xFF09;&#x306F;&#x3001;&#x6700;&#x3082;&#x4E00;&#x822C;&#x7684;&#x306A;&#x4EBA;&#x9593;&#x306E;&#x8089;&#x816B;&#x3067;&#x3042;&#x308A;&#x3001;&#x4E3B;&#x306B;KIT&#x307E;&#x305F;&#x306F;PDGFRA&#x53D7;&#x5BB9;&#x4F53;&#x30C1;&#x30ED;&#x30B7;&#x30F3;&#x30AD;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x306B;&#x5909;&#x7570;&#x3092;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5B9A;&#x7FA9;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002; KIT&#x306F;&#x3001;&#x9AD8;&#x5EA6;&#x30AB;&#x30CF;&#x30FC;&#x30EB;&#x4ECB;&#x5728;&#x7D30;&#x80DE;&#xFF08;ICCS&#xFF09;GIST-&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x9020;&#x8840;&#x5E79;&#x7D30;&#x80DE;&#x3001;&#x30E1;&#x30E9;&#x30CE;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x3001;&#x30DE;&#x30B9;&#x30C8;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x751F;&#x6B96;&#x7D30;&#x80DE;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x8D77;&#x6E90;&#x306E;&#x63A8;&#x5B9A;&#x7D30;&#x80DE;&#x5185;&#x3067;&#x767A;&#x73FE;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3057;&#x304B;&#x3057;&#x3001;&#x30AD;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x30CE;&#x30C3;&#x30AF;&#x30A4;&#x30F3;&#x3067;&#x751F;&#x6B96;&#x7D30;&#x80DE;&#x3092;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3059;&#x308B;KIT&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x30DE;&#x30A6;&#x30B9;&#x3092;&#x304B;&#x304F;&#x307E;&#x3063;&#x3066;&#x5BB6;&#x65CF;&#x304C;&#x307B;&#x307C;&#x72EC;&#x5360;&#x7684;&#x306B;&#x643A;&#x5E2F;&#x96FB;&#x8A71;&#x306E;&#x30B3;&#x30F3;&#x30C6;&#x30AD;&#x30B9;&#x30C8;&#x304C;&#x767A;&#x764C;&#x3092;&#x4EF2;&#x4ECB;&#x3059;&#x308B;KIT&#x304C;&#x91CD;&#x8981;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3001;ICC&#x306E;&#x904E;&#x5F62;&#x6210;&#x304A;&#x3088;&#x3073;GIST&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;ETS&#x30D5;&#x30A1;&#x30DF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30E1;&#x30F3;&#x30D0;&#x30FC;ETV1&#x304C;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;&#x767A;&#x764C;&#x6027;&#x306E;KIT&#x5A92;&#x4ECB;&#x5F62;&#x8CEA;&#x8EE2;&#x63DB;&#x306B;&#x654F;&#x611F;ICC&#x304C;&#x306E;&#x30B5;&#x30D6;&#x30BF;&#x30A4;&#x30D7;&#x3067;&#x8868;&#x73FE;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x958B;&#x767A;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306B;&#x3001;ETV1&#x306F;&#x666E;&#x904D;&#x7684;&#x306B;&#x975E;&#x5E38;&#x306B;GIST&#x3068;&#x3067;&#x8868;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x30A4;&#x30DE;&#x30C1;&#x30CB;&#x30D6;&#x8010;&#x6027;GIST&#x306B;&#x654F;&#x611F;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x682A;&#x306E;&#x5897;&#x6B96;&#x306B;&#x5FC5;&#x8981;&#x3068;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x304A;&#x3088;&#x3073;ETV1&#x7D50;&#x5408;&#x90E8;&#x4F4D;&#x306E;&#x30B0;&#x30ED;&#x30FC;&#x30D0;&#x30EB;&#x306A;&#x5206;&#x6790;&#x306F;&#x3001;ETV1&#x306F;&#x3001;&#x4E3B;&#x306B;&#x30A8;&#x30F3;&#x30CF;&#x30F3;&#x30B5;&#x30FC;&#x7D50;&#x5408;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066;ICC-GIST&#x7279;&#x7570;&#x7684;&#x8EE2;&#x5199;&#x30CD;&#x30C3;&#x30C8;&#x30EF;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x30DE;&#x30B9;&#x30BF;&#x30FC;&#x30EC;&#x30AE;&#x30E5;&#x30EC;&#x30FC;&#x30BF;&#x30FC;&#x3067;&#x3042;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x3092;&#x793A;&#x5506;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3002; ETV1&#x8EE2;&#x5199;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x306F;&#x3001;&#x3055;&#x3089;&#x306B;ETV1&#x30BF;&#x30F3;&#x30D1;&#x30AF;&#x8CEA;&#x306E;&#x5B89;&#x5B9A;&#x6027;&#x3092;&#x5EF6;&#x9577;&#x3057;&#x3001;&#x816B;&#x760D;&#x5F62;&#x6210;&#x3092;&#x4FC3;&#x9032;&#x3059;&#x308B;ETV1&#x3068;&#x5354;&#x50CD;&#x3057;&#x3066;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;KIT&#x3001;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x898F;&#x5236;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005;&#x306F;GIST&#x304C;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;KIT&#x306E;&#x5909;&#x7570;&#x3068;&#x76F8;&#x307E;&#x3063;&#x3066;&#x3001;&#x5185;&#x56E0;&#x6027;ETV1&#x767A;&#x73FE;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x306E;&#x9AD8;&#x3044;ICC&#x304C;&#x304B;&#x3089;&#x751F;&#x3058;&#x308B;&#x63D0;&#x6848;&#x3059;&#x308B;&#x3001;&#x767A;&#x764C;&#x6027;ETS&#x8EE2;&#x5199;&#x30D7;&#x30ED;&#x30B0;&#x30E9;&#x30E0;&#x3092;&#x99C6;&#x52D5;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x308C;&#x306F;&#x3001;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x306E;&#x8EE2;&#x5EA7;&#x3084;&#x5897;&#x5E45;&#x304C;&#x7570;&#x5E38;ETS&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x99C6;&#x52D5;&#x3059;&#x308B;&#x524D;&#x7ACB;&#x817A;&#x764C;&#x3001;&#x9ED2;&#x8272;&#x816B;&#x3068;&#x30E6;&#x30FC;&#x30A4;&#x30F3;&#x30B0;&#x8089;&#x816B;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x4ED6;&#x306E;ETS-&#x4F9D;&#x5B58;&#x6027;&#x816B;&#x760D;&#x3068;&#x306F;&#x7570;&#x306A;&#x308A;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x307E;&#x305F;&#x3001;&#x767A;&#x764C;&#x6027;&#x8EE2;&#x5199;&#x56E0;&#x5B50;&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306E;&#x65B0;&#x305F;&#x306A;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x8868;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

ETV1&#x306F;&#x3001;&#x6D88;&#x5316;&#x7BA1;&#x9593;&#x8CEA;&#x816B;&#x760D;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;KIT&#x3068;&#x5354;&#x50CD;&#x3057;&#x3066;&#x30EA;&#x30CD;&#x30FC;&#x30B8;&#x30E5;&#x751F;&#x5B58;&#x56E0;&#x5B50;&#x3067;&#x3042;&#x308B;

&#xC704;&#xC7A5; stromal &#xC885;&#xC591; (GIST) &#xAC00;&#xC7A5; &#xC77C;&#xBC18;&#xC801;&#xC778; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC721; &#xC885; &#xC774;&#xBA70; &#xC8FC;&#xB85C; &#xD0A4;&#xD2B8; &#xB610;&#xB294; PDGFRA &#xC218;&#xC6A9; &#xCCB4; tyrosine kinases&#xC5D0; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD558; &#xC5EC; &#xC815;&#xC758; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD0A4;&#xD2B8;&#xB294; Cajal (Icc)&#xC758; &#xC694;&#xC810; &#xC6D0;&#xBCF8; &#xCD94;&#xC815;&#xB41C; &#xC140;&#xC758; &#xAC04; &#xC9C8; &#xC131; &#xC138;&#xD3EC; &#xBFD0;&#xB9CC; &#xC544;&#xB2C8;&#xB77C; haematopoietic &#xC904;&#xAE30; &#xC138;&#xD3EC;, melanocytes, &#xB9C8;&#xC2A4;&#xD2B8; &#xC138;&#xD3EC; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xC2DD; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0; &#xB192;&#xAC8C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xB7EC;&#xB098;, &#xAC00;&#xC871; &#xC624; &#xBC88;&#xC9F8; &#xD0A4;&#xD2B8; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774; &#xD0A4;&#xD2B8; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC5D0; &#xB178;&#xD06C;&#xC640; &#xB9C8;&#xC6B0;&#xC2A4;&#xB97C; &#xAC70;&#xC758; &#xB3C5;&#xC810;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; ICC &#xC99D;&#xC2DD; &#xBC0F; GIST, &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xCEE8;&#xD14D;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xAC00; &#xD0A4;&#xD2B8; &#xBC1C;&#xC554;&#xC744; &#xC911;&#xC7AC; &#xD558;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC911;&#xC694; &#xC81C;&#xC548; &#xAC1C;&#xBC1C;. &#xC5EC;&#xAE30; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; ETS &#xAC00;&#xC871; &#xAD6C;&#xC131;&#xC6D0; etv1&#xC740; &#xB192;&#xC740; Icc &#xAE08;&#xD558;&#xB294; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD55C; &#xD0A4;&#xD2B8; &#xBCC0;&#xD658;, &#xC911;&#xC7AC; &#xBC0F; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xAC1C;&#xBC1C;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C; &#xD558;&#xC704; &#xB2E8;&#xC704;&#xB85C; &#xBCF4;&#xC5EC;&#xC90D;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xB610;&#xD55C;, etv1&#xC740; &#xC694;&#xC810;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB9E4;&#xC6B0; &#xBCF4;&#xD3B8;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xD45C;&#xD604; &#xB418; &#xACE0; imatinib&#xC5D0; &#xBBFC;&#xAC10;&#xD558;&#xACE0; &#xAC15;&#xD55C; GIST &#xC138;&#xD3EC; &#xB77C;&#xC778;&#xC758; &#xC131;&#xC7A5;&#xC5D0; &#xD544;&#xC694;&#xD55C;. ETV1 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;&#xC758; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1; &#xBC0F; &#xAE00;&#xB85C;&#xBC8C; &#xBD84;&#xC11D;&#xC740; Transcriptome ETV1 &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC99D;&#xAC15;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; &#xC8FC;&#xB85C; ICC GIST &#xAD00;&#xB828; &#xC804;&#xC0AC; &#xB124;&#xD2B8;&#xC6CC;&#xD06C;&#xC758; &#xB9C8;&#xC2A4;&#xD130; &#xB808; &#xADE4; &#xB808;&#xC774; &#xD130;&#xB294; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. Transcriptional &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8; &#xCD94;&#xAC00; &#xC758;&#xD574; &#xADDC;&#xC81C; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4; ETV1 &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD0A4;&#xD2B8;, ETV1 &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8; &#xC548;&#xC815;&#xC131;&#xC744; &#xC5F0;&#xC7A5; ETV1 tumorigenesis&#xB97C; &#xD64D;&#xBCF4;&#xC5D0; &#xD611;&#xB825; &#xD55C;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC81C;&#xC548; &#xD558;&#xB294; GIST &#xB0B4; &#xC0DD; ETV1 &#xC2DD;&#xC758; &#xC0C1;&#xBD80;&#xB97C; &#xAC00;&#xC9C4; Icc&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC1C;&#xC0DD; &#xD558;&#xB294;, &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xD0A4;&#xD2B8; &#xB3CC;&#xC5F0;&#xBCC0;&#xC774;&#xC640; &#xACB0;&#xD569; &#xB4DC;&#xB77C;&#xC774;&#xBE0C; &#xAE08;&#xD558;&#xB294; ETS transcriptional &#xD504;&#xB85C;&#xADF8;&#xB7A8;. &#xC774; &#xC804;&#xB9BD;&#xC120; &#xC554;, &#xD751;&#xC0C9; &#xC885;, &#xC720; &#xC789; &#xC721; &#xC885; &#xAC8C;&#xB188; &#xC804; &#xB610;&#xB294; &#xC99D;&#xD3ED;&#xC774; &#xD0C8; &#xC120; ETS &#xC2DD; &#xB4DC;&#xB77C;&#xC774;&#xBE0C; &#xB4F1; &#xB2E4;&#xB978; ETS &#xC885;&#xC18D; &#xC885;&#xC591;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E4;&#xB985;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xADF8;&#xAC83;&#xC740; &#xB610;&#xD55C; &#xAE08;&#xD558;&#xB294; &#xC804;&#xC0AC; &#xC778;&#xC790; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;&#xC758; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xB098;&#xD0C0;&#xB0C5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

ETV1 &#xD0A4;&#xD2B8;&#xC640; &#xD568;&#xAED8; &#xC704;&#xC7A5; stromal &#xC885;&#xC591;&#xC5D0; &#xD611;&#xC870; &#xD558;&#xB294; &#xB9AC;&#xB2C8;&#xC9C0; &#xC0DD;&#xC874; &#xC694;&#xC18C; &#xC774;&#xB2E4;.

Tumor del estroma gastrointestinal (GIST) es el sarcoma humano m&#xE1;s com&#xFA;n y est&#xE1; principalmente definida por la activaci&#xF3;n de mutaciones en el KIT o PDGFRA los receptores de tirosina quinasas. KIT es altamente expresado en c&#xE9;lulas intersticiales de Cajal (ICC)-la c&#xE9;lula supuesto de origen para los GIST, as&#xED; como en las c&#xE9;lulas madre hematopoy&#xE9;ticas, melanocitos, c&#xE9;lulas cebadas y c&#xE9;lulas germinales. Sin embargo, las familias que albergan mutaciones de l&#xED;nea germinal kit activa y ratones knock-in con mutaciones en KIT casi exclusivamente desarrollar hiperplasia Corte Penal Internacional y el GIST, lo que sugiere que el contexto celular es importante para el KIT para mediar en la oncog&#xE9;nesis. Aqu&#xED; nos muestran que la familia ETS ETV1 miembro est&#xE1; altamente expresada en los subtipos de los CCI sensibles a la transformaci&#xF3;n oncog&#xE9;nica mediada por KIT, y es necesario para su desarrollo. Adem&#xE1;s, es universalmente ETV1 altamente expresado en los GIST y es necesario para el crecimiento de l&#xED;neas celulares a imatinib sensibles y resistentes con GIST. Perfiles de transcriptoma y an&#xE1;lisis globales de ETV1 sitios de uni&#xF3;n sugieren que ETV1 es un regulador maestro de una red de la transcripci&#xF3;n de la CPI-GIST-espec&#xED;fica principalmente a trav&#xE9;s de potenciador de la aglutinaci&#xF3;n. El programa ETV1 transcripci&#xF3;n se ve regulado por KIT activado, lo que prolonga ETV1 estabilidad de las prote&#xED;nas y coopera con ETV1 para promover la formaci&#xF3;n del tumor. Proponemos que el GIST se deriva de los CCI con altos niveles de expresi&#xF3;n end&#xF3;gena ETV1 que, cuando se combina con una mutaci&#xF3;n kit activa, impulsa un programa de ETS de la transcripci&#xF3;n oncog&#xE9;nicos. Esto difiere de otros tumores dependientes de ETS, como el c&#xE1;ncer de pr&#xF3;stata, melanoma y sarcoma de Ewing en la translocaci&#xF3;n o la amplificaci&#xF3;n gen&#xF3;mica impulsa la expresi&#xF3;n aberrante de ETS. Tambi&#xE9;n representa un nuevo mecanismo de activaci&#xF3;n oncog&#xE9;nica factor de transcripci&#xF3;n.

ETV1 es un factor de supervivencia linaje que coopera con tumores gastrointestinales en el KIT del estroma

&#x4E0E;&#x514D;&#x75AB;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x7684;&#x7EC6;&#x80DE;&#x7684;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x5BFC;&#x81F4;&#x708E;&#x75C7;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x3002;&#x8FD9;&#x79CD;&#x53CD;&#x5E94;&#xFF0C;&#x867D;&#x7136;&#x514D;&#x75AB;&#x9632;&#x5FA1;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x662F;&#x7ECF;&#x5E38;&#x6709;&#x5BB3;&#x5938;&#x5F20;&#x7684;&#x708E;&#x6027;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x751F;&#x4EA7;&#x4E3B;&#x673A;&#x3002;&#x708E;&#x75C7;&#x53CD;&#x5E94;&#x7684;&#x8303;&#x56F4;&#x53CD;&#x6620;&#x4E86;&#x4FE1;&#x53F7;&#x4E0A;&#x6E38;&#x708E;&#x75C7;&#x57FA;&#x56E0;&#x4EE5;&#x53CA;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x5927;&#x4F1A;&#x6838;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x914D;&#x5408;&#x652F;&#x6301; mRNA &#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x72B6;&#x6001;&#x3002;&#x627F;&#x8BA4; post-translationally &#x4FEE;&#x6539;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x7531;&#x53D1;&#x8D77; mRNA &#x8F6C;&#x5F55;&#x548C;&#x652F;&#x6301; mRNA &#x4F38;&#x957F;&#x7684;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x662F;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C03;&#x63A7;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x4E00;&#x6B65;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#x6211;&#x4EEC;&#x63D0;&#x51FA;&#x836F;&#x7406;&#x4F5C;&#x7528;&#x7684;&#x65B0;&#x65B9;&#x6CD5;&#xFF0C;&#x76EE;&#x6807;&#x708E;&#x75C7;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x5E72;&#x6270;&#x7684;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4E59;&#x9170;&#x5316;&#x8BC6;&#x522B;&#x7531; bromodomain &#x548C;&#x989D;&#x5916;&#x7EC8;&#x7AEF;&#x57DF; &#xFF08;BET&#xFF09; &#x5BB6;&#x5EAD;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x63CF;&#x8FF0;&#x5408;&#x6210;&#x5316;&#x5408;&#x7269; &#xFF08;&#x6211;-BET&#xFF09;&#xFF0C;&#x901A;&#x8FC7;&#x6A21;&#x4EFF;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4E59;&#x9170;&#x5316;&#x6270;&#x4E71;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x914D;&#x5408;&#x8D1F;&#x8D23;&#x57FA;&#x56E0;&#x8868;&#x8FBE;&#x7684;&#x5173;&#x952E;&#x708E;&#x75C7;&#x6FC0;&#x6D3B;&#x7684;&#x5DE8;&#x566C;&#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x5E76;&#x8D4B;&#x4E88;&#x5BF9;&#x8102;&#x591A;&#x7CD6;&#x8BF1;&#x5BFC;&#x5185;&#x6BD2;&#x7D20;&#x4F11;&#x514B;&#x548C;&#x7EC6;&#x83CC;&#x6240;&#x81F4;&#x7684;&#x8113;&#x6BD2;&#x75C7;&#x7684;&#x4FDD;&#x62A4;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x7814;&#x7A76;&#x7ED3;&#x679C;&#x8868;&#x660E;&#x4E13;&#x95E8;&#x9488;&#x5BF9;&#x627F;&#x8BA4; post-translationally &#x4FEE;&#x9970;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x7684;&#x86CB;&#x767D;&#x8D28;&#x7684;&#x5408;&#x6210;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x53EF;&#x4EE5;&#x4F5C;&#x4E3A;&#x4E00;&#x4EE3;&#x65B0;&#x7684;&#x514D;&#x75AB;&#x8C03;&#x8282;&#x836F;&#x7269;&#x3002;

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Interaction of pathogens with cells of the immune system results in activation of inflammatory gene expression. This response, although vital for immune defence, is frequently deleterious to the host due to the exaggerated production of inflammatory proteins. The scope of inflammatory responses reflects the activation state of signalling proteins upstream of inflammatory genes as well as signal-induced assembly of nuclear chromatin complexes that support mRNA expression. Recognition of post-translationally modified histones by nuclear proteins that initiate mRNA transcription and support mRNA elongation is a critical step in the regulation of gene expression. Here we present a novel pharmacological approach that targets inflammatory gene expression by interfering with the recognition of acetylated histones by the bromodomain and extra terminal domain (BET) family of proteins. We describe a synthetic compound (I-BET) that by 'mimicking' acetylated histones disrupts chromatin complexes responsible for the expression of key inflammatory genes in activated macrophages, and confers protection against lipopolysaccharide-induced endotoxic shock and bacteria-induced sepsis. Our findings suggest that synthetic compounds specifically targeting proteins that recognize post-translationally modified histones can serve as a new generation of immunomodulatory drugs.

Suppression of inflammation by a synthetic histone mimic.

Interaction des agents pathog&egrave;nes aux cellules du syst&egrave;me immunitaire entra&icirc;ne l&#39;activation de l&#39;expression des g&egrave;nes inflammatoires. Cette r&eacute;ponse, m&ecirc;me si c&#39;est vital pour la d&eacute;fense immunitaire, est souvent nocive pour l&#39;h&ocirc;te en raison de la production exag&eacute;r&eacute;e des prot&eacute;ines inflammatoires. La port&eacute;e des r&eacute;ponses inflammatoires refl&egrave;te l&#39;&eacute;tat d&#39;activation de la signalisation des prot&eacute;ines en amont des g&egrave;nes inflammatoires ainsi que signal induite par l&#39;assemblage des complexes de la chromatine nucl&eacute;aire qui soutiennent l&#39;expression de l&#39;ARNm. Reconnaissance des histones modifi&eacute;es post-traductionnellement de prot&eacute;ines nucl&eacute;aires qu&#39;initier la transcription de l&#39;ARNm et soutiennent l&#39;allongement de l&#39;ARNm est une &eacute;tape critique dans la r&eacute;gulation de l&#39;expression des g&egrave;nes. Nous pr&eacute;sentons ici une nouvelle approche pharmacologique que l&#39;expression des g&egrave;nes inflammatoires cibles en interf&eacute;rant avec la reconnaissance des histones ac&eacute;tyl&eacute;es par le c&ocirc;t&eacute; du et de la famille domaine terminal suppl&eacute;mentaire (BET) des prot&eacute;ines. Nous d&eacute;crivons un compos&eacute; synth&eacute;tique (I-BET) qui, en &laquo; imitant &raquo; histones ac&eacute;tyl&eacute;es, perturbe les complexes de chromatine responsables de l&#39;expression des g&egrave;nes inflammatoires principaux dans les macrophages activ&eacute;s et conf&egrave;re une protection contre les chocs endotoxiques induite par le lipopolysaccharide et septic&eacute;mie provoqu&eacute;e par les bact&eacute;ries. Nos r&eacute;sultats sugg&egrave;rent que les compos&eacute;s synth&eacute;tiques ciblant sp&eacute;cifiquement les prot&eacute;ines qui reconnaissent les histones modifi&eacute;es post-traductionnellement peuvent servir &agrave; une nouvelle g&eacute;n&eacute;ration de m&eacute;dicaments immunomodulateurs.

Suppression de l&#39;inflammation par un imitateur d&#39;histone synth&eacute;tique.

Interaktion von Krankheitserregern mit Zellen des Immunsystems f&uuml;hrt zu Aktivierung des entz&uuml;ndlichen Genausdruckes. Diese Antwort ist zwar wichtig f&uuml;r die Immunabwehr, h&auml;ufig sch&auml;dliche an den Host wegen der &uuml;bertriebenen Produktion entz&uuml;ndliche Proteine. Rahmen der entz&uuml;ndlichen Antworten spiegelt den Aktivierungsstatus der Signalisierung Proteine stromaufw&auml;rts von entz&uuml;ndlichen Gene sowie Signal induziert Montage der Kernchromatin-komplexe, die mRNA Ausdruck unterst&uuml;tzen. Anerkennung von post-translationally ge&auml;nderten Histone durch nukleare Proteine, die mRNA-Transkription zu initiieren und unterst&uuml;tzen von mRNA Dehnung ist ein entscheidender Schritt bei der Regulierung der Genexpression. Hier pr&auml;sentieren wir einem neuen pharmakologischen Ansatz, dass entz&uuml;ndliche Ziele-Genexpression durch Eingriffe in die Anerkennung der acetylierten Histone Bromodomain und zus&auml;tzliche terminal Dom&auml;ne (BET) Familie der Proteine. Wir beschreiben die synthetische Substanz (I-BET), die durch die &#39;Nachahmung&#39; acetylierten Histone st&ouml;rt Chromatin-komplexe verantwortlich f&uuml;r den Ausdruck der entz&uuml;ndlichen Schl&uuml;sselgenen in aktivierten Makrophagen und verleiht Schutz gegen Lipopolysaccharid-induzierte endotoxic Schock und Sepsis induziert durch Bakterien. Unsere Forschungsergebnisse legen nahe, dass synthetische Verbindungen, die speziell auf Proteine, die post-translationally ge&auml;nderten Histone zu erkennen als eine neue Generation von immunmodulatorische Medikamente dienen k&ouml;nnen.

Unterdr&uuml;ckung der Entz&uuml;ndung durch eine synthetischen Histon-Nach&auml;ffer.

Interazione di agenti patogeni con le cellule del sistema immunitario risultati nell&#39;attivazione dell&#39;espressione genica infiammatoria. Questa risposta, anche se di vitale importanza per la difesa immunitaria, &egrave; spesso deleteria per l&#39;host a causa della produzione esagerata di proteine infiammatorie. L&#39;ambito delle risposte infiammatorie riflette lo stato di attivazione di proteine a Monte dei geni infiammatori come segnale indotta Assemblea dei complessi cromatina nucleare che supportano l&#39;espressione del mRNA di segnalazione. Riconoscimento di istoni traduzionali modificati da proteine nucleari che avviare la trascrizione di mRNA e supportano allungamento di mRNA &egrave; un passaggio fondamentale nella regolazione dell&#39;espressione genica. Qui vi presentiamo un nuovo approccio farmacologico tale espressione genica infiammatoria obiettivi interferendo con il riconoscimento di istoni acetilati e famiglia extra terminale dominio (BET) delle proteine. Descriviamo un composto sintetico (I-BET) &#39;imitando&#39; istoni acetilati sconvolge complessi cromatina responsabile per l&#39;espressione dei geni infiammatori chiave nei macrofagi attivati, che conferisce protezione contro shock settico indotte dal lipopolisaccaride e sepsi indotta da batteri. I nostri risultati suggeriscono che i composti sintetici mira specificamente le proteine che riconoscono gli istoni traduzionali modificati possono servire come una nuova generazione di farmaci immunomodulatori.

Soppressione dell&#39;infiammazione di un mimic sintetico dell&#39;istone.

&#x514D;&#x75AB;&#x7CFB;&#x306E;&#x7D30;&#x80DE;&#x3068;&#x75C5;&#x539F;&#x4F53;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x306F;&#x3001;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x306E;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x306B;&#x7D50;&#x679C;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x306E;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306F;&#x3001;&#x30D0;&#x30A4;&#x30BF;&#x30EB;&#x304C;&#x514D;&#x75AB;&#x306E;&#x9632;&#x885B;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x983B;&#x7E41;&#x306B;&#x6709;&#x5BB3;&#x306A;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x8A87;&#x5F35;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x751F;&#x7523;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306E;&#x30DB;&#x30B9;&#x30C8;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x5FDC;&#x7B54;&#x306E;&#x30B9;&#x30B3;&#x30FC;&#x30D7;&#x4FE1;&#x53F7;&#x8A98;&#x8D77;&#x30A2;&#x30BB;&#x30F3;&#x30D6;&#x30EA;&#x306E; mRNA &#x767A;&#x73FE;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x6838;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x3068;&#x540C;&#x69D8;&#x306B;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x4E0A;&#x6D41;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x30B7;&#x30B0;&#x30CA;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30A2;&#x30AF;&#x30C6;&#x30A3;&#x30D9;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x306E;&#x72B6;&#x614B;&#x3092;&#x53CD;&#x6620;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8A8D;&#x8B58;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B9;&#x30C8;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x308B; mRNA &#x306E;&#x8EE2;&#x5199;&#x3092;&#x958B;&#x59CB;&#x3057;&#x3001;mRNA &#x306E;&#x4F38;&#x9577;&#x3092;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x3059;&#x308B;&#x6838;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x306E;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x767A;&#x73FE;&#x5236;&#x5FA1;&#x306E;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x624B;&#x9806;&#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x65AC;&#x65B0;&#x306A;&#x85AC;&#x7406;&#x5B66;&#x7684;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1; &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x306E;&#x767A;&#x73FE;&#x3068;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x306E;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3001;&#x30D6;&#x30ED;&#x30E2; &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3068;&#x4F59;&#x5206;&#x306A;&#x672B;&#x7AEF;&#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3; &#xFF08;&#x30D9;&#x30C3;&#x30C8;&#xFF09; &#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x65CF;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x5E72;&#x6E09;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x63D0;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x6211;&#x3005; &#x306F; &#39;&#x30A2;&#x30BB;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x6A21;&#x5023;&#39; &#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3;&#x8907;&#x5408;&#x4F53;&#x306E;&#x30AD;&#x30FC;&#x306E;&#x708E;&#x75C7;&#x6027;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x6D3B;&#x6027;&#x5316;&#x30DE;&#x30AF;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B8;&#x306E;&#x8868;&#x73FE;&#x306B;&#x8CAC;&#x4EFB;&#x3092;&#x4E71;&#x3059;&#x3057;&#x3001;&#x30EA;&#x30DD;&#x30DD;&#x30EA;&#x30B5;&#x30C3;&#x30AB;&#x30E9;&#x30A4;&#x30C9;&#x8A98;&#x8D77;&#x30A8;&#x30F3;&#x30C9;&#x30C8;&#x30AD;&#x30B7;&#x30F3; &#x30B7;&#x30E7;&#x30C3;&#x30AF;&#x3068;&#x6557;&#x8840;&#x75C7;&#x306E;&#x7D30;&#x83CC;&#x8A98;&#x5C0E;&#x6027;&#x306B;&#x5BFE;&#x3059;&#x308B;&#x4FDD;&#x8B77;&#x3092;&#x4ED8;&#x4E0E;&#x3059;&#x308B;&#x5408;&#x6210;&#x5316;&#x5408;&#x7269; &#xFF08;&#x79C1;&#x306F;&#x30D9;&#x30C3;&#x30C8;&#xFF09; &#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x8AAC;&#x660E;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x5177;&#x4F53;&#x7684;&#x306B;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x8A8D;&#x8B58;&#x30D5;&#x30A1;&#x30FC;&#x30B9;&#x30C8;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x86CB;&#x767D;&#x8CEA;&#x5408;&#x6210;&#x5316;&#x5408;&#x7269;&#x306E;&#x514D;&#x75AB;&#x8ABF;&#x7BC0;&#x85AC;&#x306E;&#x65B0;&#x4E16;&#x4EE3;&#x3068;&#x3057;&#x3066;&#x63D0;&#x4F9B;&#x3067;&#x304D;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x304C;&#x793A;&#x5506;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x5408;&#x6210;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x6A21;&#x5023;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x708E;&#x75C7;&#x306E;&#x6291;&#x5236;&#x3002;

&#xBA74;&#xC5ED; &#xCCB4;&#xACC4;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC;&#xC640; &#xBCD1;&#xC6D0; &#xCCB4;&#xC758; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9; &#xACB0;&#xACFC; &#xC5FC;&#xC99D; &#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; &#xD65C;&#xC131;&#xD654;. &#xC774; &#xC751;&#xB2F5; &#xBE44;&#xB85D; &#xBA74;&#xC5ED; &#xBC29;&#xC5B4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xC5FC;&#xC99D; &#xC131; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xACFC;&#xC7A5; &#xB41C; &#xC0DD;&#xC0B0;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xD574; &#xD638;&#xC2A4;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xC790;&#xC8FC; &#xD574;&#xB85C;&#xC6B4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC120; &#xB3D9;&#xC801;&#xC778; &#xC751;&#xB2F5; &#xBC94;&#xC704; &#xC2E0;&#xD638; &#xC0C1;&#xB958; &#xC790;&#xADF9;&#xC801;&#xC778; &#xC720;&#xC804;&#xC790;&#xC758; mRNA &#xC2DD; &#xC9C0;&#xC6D0; &#xD575; chromatin &#xB2E8;&#xC9C0;&#xC758; &#xC5B4;&#xC148;&#xBE14;&#xB9AC; &#xC2E0;&#xD638; &#xC720;&#xB3C4; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xC0C1;&#xD0DC;&#xB97C; &#xBC18;&#xC601; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. Post-translationally &#xC218;&#xC815;&#xB41C; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4;&#xC744; mRNA &#xC804;&#xC0AC;&#xB97C; &#xC2DC;&#xC791; &#xD558; &#xACE0; &#xC9C0;&#xC6D0; mRNA &#xC2E0;&#xC7A5; &#xD575; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC778;&#xC2DD; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604;&#xC758; &#xC870;&#xC808;&#xC5D0; &#xC911;&#xC694; &#xD55C; &#xB2E8;&#xACC4;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xD604;&#xC7AC; &#xC0C8;&#xB85C;&#xC6B4; &#xC57D;&#xB9AC;&#xD559; &#xC811;&#xADFC; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC740; &#xADF8; &#xB300;&#xC0C1; &#xC5FC;&#xC99D; &#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xBC1C;&#xD604; bromodomain &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC758; &#xC5EC;&#xBD84;&#xC758; &#xD130;&#xBBF8;&#xB110; &#xB3C4;&#xBA54;&#xC778; (&#xB0B4;&#xAE30;) &#xAC00;&#xC871;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; acetylated &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4;&#xC758; &#xC778;&#xC2DD;&#xC744; &#xBC29;&#xD574; &#xD558; &#xC5EC;. &#xC6B0;&#xB9AC; &#xD569;&#xC131; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; (&#xB098; &#xB0B4;&#xAE30;) &#39;&#39; acetylated &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4;&#xC744; &#xD749;&#xB0B4; &#xB0B8;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; chromatin &#xB2E8;&#xC9C0; &#xC8FC;&#xC694; &#xC5FC;&#xC99D; &#xC131; &#xC720;&#xC804;&#xC790; &#xD65C;&#xC131;&#xD654; &#xB41C; &#xB300; &#xC2DD; &#xC138;&#xD3EC;&#xC758; &#xC2DD;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xCC45;&#xC784;&#xC744; &#xBC29;&#xD574; &#xD558; &#xACE0; endotoxic &#xCDA9;&#xACA9; lipopolysaccharide &#xC720;&#xB3C4; &#xBC0F; &#xBC15;&#xD14C;&#xB9AC;&#xC544; &#xC720;&#xBC1C; &#xB41C; &#xD328; &#xD608; &#xC99D;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xBCF4;&#xD638;&#xB97C; &#xC218; &#xC5EC; &#xD558;&#xB294; &#xAE30;&#xC220;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xC5F0;&#xAD6C; &#xACB0;&#xACFC; &#xD569;&#xC131; &#xD654;&#xD569;&#xBB3C; &#xAD6C;&#xCCB4;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC778;&#xC2DD; &#xD558;&#xB294; &#xC218;&#xC815;&#xD55C; post-translationally &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xB2E8;&#xBC31;&#xC9C8;&#xC744; &#xB300;&#xC0C1;&#xC73C;&#xB85C; &#xCC28;&#xC138;&#xB300; immunomodulatory &#xB9C8;&#xC57D;&#xC73C;&#xB85C; &#xC0AC;&#xC6A9;&#xD560; &#xC218; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4; &#xAC83;&#xC774; &#xC88B;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xD569;&#xC131; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBAA8;&#xBC29; &#xD558; &#xC5EC; &#xC5FC;&#xC99D;&#xC758; &#xC5B5;&#xC81C;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

Interacci&oacute;n de los agentes pat&oacute;genos con las c&eacute;lulas del sistema inmune resulta en la activaci&oacute;n de la expresi&oacute;n g&eacute;nica inflamatoria. Esta respuesta, aunque es vital para la defensa inmune, es con frecuencia perjudicial al anfitri&oacute;n por la producci&oacute;n exagerada de prote&iacute;nas inflamatorias. El alcance de las respuestas inflamatorias refleja el estado de activaci&oacute;n de prote&iacute;nas aguas arriba de genes inflamatorios como se&ntilde;al inducida por Asamblea de complejos de cromatina nuclear que apoyan la expresi&oacute;n del mRNA de se&ntilde;alizaci&oacute;n. Reconocimiento de histonas modificaci&oacute;n postraduccional de prote&iacute;nas nucleares que inician la transcripci&oacute;n de mRNA y alargamiento del mRNA de la ayuda es un paso cr&iacute;tico en la regulaci&oacute;n de la expresi&oacute;n g&eacute;nica. Aqu&iacute; te presentamos un nuevo enfoque farmacol&oacute;gico genes inflamatorios objetivos interfiriendo con el reconocimiento de las histonas acetilados por el bromodominios y la familia de dominio adicional terminal (BET) de prote&iacute;nas. Describimos un compuesto sint&eacute;tico (I-BET) que &#39;imitando&#39; histonas acetiladas desestabiliza complejos de cromatina responsables de la expresi&oacute;n de genes inflamatorios clave en macr&oacute;fagos activados y confiere protecci&oacute;n contra shock endot&oacute;xico inducida por lipopolisac&aacute;rido y sepsis inducida por bacterias. Nuestros resultados sugieren que los compuestos sint&eacute;ticos dirigidos espec&iacute;ficamente contra las prote&iacute;nas que reconocen las histonas postraduccional modificadas pueden servir como una nueva generaci&oacute;n de f&aacute;rmacos inmunomoduladores.

Supresi&oacute;n de la inflamaci&oacute;n por un imitador de histona sint&eacute;tico.

&#x8F7D;&#x8102;&#x86CB;&#x767D; B &#x7F16;&#x8F91;&#x9176;&#xFF0C;&#x50AC;&#x5316;&#x591A;&#x80BD;-1 (APOBEC1) &#x662F;&#x6700;&#x521D;&#x786E;&#x5B9A;&#x7684;&#x5176;&#x6D3B;&#x52A8;&#x4E2D;&#x5C06;&#x7279;&#x5B9A;&#x80DE;&#x82F7; (C) &#x8F6C;&#x6362;&#x4E3A;&#x5C3F;&#x82F7; (U) &#x5728;&#x5C0F;&#x80A0;&#x5185;&#x8F7D;&#x8102;&#x86CB;&#x767D; B (apoB) mRNA &#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x80DE;&#x82F7;&#x8131;&#x6C28;&#x9176;&#x3002;&#x7F16;&#x8F91;&#x5177;&#x6709;&#x72EC;&#x7279;&#x529F;&#x80FD;&#x7684;&#x8102;&#x8D28;&#x8FD0;&#x8F93;&#x622A;&#x65AD;&#x7684; apoB &#x5F02;&#x6784;&#x4F53;&#x7684;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x7ED3;&#x679C;&#x3002;&#x4E3A;&#x4E86;&#x89E3;&#x51B3; APOBEC1 &#x7F16;&#x8F91;&#x9644;&#x52A0; mRNAs &#x7684;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E00;&#x4E2A;&#x5168;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83; RNA &#x5E8F;&#x5217; (RNA Seq) &#x5C4F;&#x5E55;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x53D1;&#x73B0;&#x5E76;&#x9A8C;&#x8BC1; 32 &#x4EE5;&#x524D;&#x53D8;&#x79CD;&#x7684; APOBEC1 &#x7F16;&#x8F91;&#x7684; mRNA &#x76EE;&#x6807;&#xFF0C;&#x6240;&#x6709;&#x8FD9;&#x4E00;&#x5207;&#x5219;&#x8BBE;&#x5728;&#x975E;&#x76DF;&#x5BCC;&#x90E8;&#x5206;&#x7684;&#x8A8A;&#x672C; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8BD1;&#x533A;&#x57DF; &#xFF08;3&#39; &#x5F02;&#x5E38;&#xFF09;&#x3002;&#x8FDB;&#x4E00;&#x6B65;&#x5206;&#x6790;&#x5EFA;&#x7ACB;&#x7F16;&#x8F91;&#x88AB;&#x9884;&#x6D4B;&#x4E3A;&#x886C;&#x5E95; APOBEC1 &#x989D;&#x5916;&#x7684;&#x9274;&#x5B9A;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x51E0;&#x4E2A;&#x7279;&#x5F81;&#x5E8F;&#x5217;&#x7279;&#x5F81;&#x3002;RNA &#x7F16;&#x8F91;&#x5927;&#x5927;&#x8FD9;&#x91CC;&#x4ECB;&#x7ECD;&#x7684; transcriptomics &#x65B9;&#x6CD5;&#x6269;&#x5C55; APOBEC1 mRNA &#x7F16;&#x8F91;&#x76EE;&#x6807;&#x7684;&#x5217;&#x8868;&#xFF0C;&#x5E76;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x65B0;&#x578B;&#x7EC6;&#x80DE;&#x673A;&#x5236;&#x6539;&#x8FDB;&#x7684;&#x8A8A;&#x672C; 3&#39; &#x5F02;&#x5E38;&#x3002;

&#x5168;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x65E0;&#x6570; APOBEC1 mRNA &#x7F16;&#x8F91;&#x76EE;&#x6807; 3&#39; &#x5F02;&#x5E38;&#x7684;&#x6210;&#x7EE9;&#x5355;&#x4E2D;&#x3002;

Apolipoprotein B-editing enzyme, catalytic polypeptide-1 (APOBEC1) is a cytidine deaminase initially identified by its activity in converting a specific cytidine (C) to uridine (U) in apolipoprotein B (apoB) mRNA transcripts in the small intestine. Editing results in the translation of a truncated apoB isoform with distinct functions in lipid transport. To address the possibility that APOBEC1 edits additional mRNAs, we developed a transcriptome-wide comparative RNA sequencing (RNA-Seq) screen. We identified and validated 32 previously undescribed mRNA targets of APOBEC1 editing, all of which are located in AU-rich segments of transcript 3' untranslated regions (3' UTRs). Further analysis established several characteristic sequence features of editing targets, which were predictive for the identification of additional APOBEC1 substrates. The transcriptomics approach to RNA editing presented here dramatically expands the list of APOBEC1 mRNA editing targets and reveals a novel cellular mechanism for the modification of transcript 3' UTRs.

Transcriptome-wide sequencing reveals numerous APOBEC1 mRNA-editing targets in transcript 3' UTRs.

Apolipoprot&eacute;ine B-Modification enzymatique, polypeptide catalytique-1 (APOBEC1) est un d&eacute;aminase cytidine initialement identifi&eacute; par son activit&eacute; en convertissant un cytidine sp&eacute;cifique (C) &agrave; l&#39;uridine (U) en apolipoprot&eacute;ine transcriptions d&#39;ARNm B (apoB) dans l&#39;intestin gr&ecirc;le. Montage des r&eacute;sultats dans la traduction d&#39;une isoforme apoB tronqu&eacute;e avec des fonctions distinctes dans le transport des lipides. Pour r&eacute;pondre &agrave; la possibilit&eacute; que APOBEC1 &eacute;dite des mRNAs suppl&eacute;mentaires, nous avons d&eacute;velopp&eacute; un &eacute;cran de s&eacute;quen&ccedil;age (RNA-Seq) RNA comparatif &agrave; l&#39;&eacute;chelle du transcriptome. Nous avons identifi&eacute; et valid&eacute; 32 cibles d&#39;ARNm non d&eacute;crit de APOBEC1 &eacute;dition, qui se trouvent dans les segments AU riche des r&eacute;gions 3&#39; non traduite transcription (3&#39; UTR). Analyse suppl&eacute;mentaire &eacute;tabli plusieurs fonctionnalit&eacute;s de s&eacute;quence caract&eacute;ristique du montage des objectifs qui ont une valeur pr&eacute;visionnelle pour l&#39;identification des substrats de APOBEC1 suppl&eacute;mentaires. L&#39;approche transcriptomique RNA &eacute;dition pr&eacute;sent&eacute;e ici consid&eacute;rablement &eacute;largit la liste des APOBEC1 ARNm cibles d&#39;&eacute;dition et r&eacute;v&egrave;le un nouveau m&eacute;canisme cellulaire pour la modification de transcription 3&#39; UTR.

&Eacute;chelle du transcriptome s&eacute;quen&ccedil;age r&eacute;v&egrave;le les nombreuses APOBEC1 &eacute;dition d&#39;ARNm cibles en transcription 3&#39; UTR.

Bearbeiten von Apolipoprotein B Enzym, katalytische Polypeptid-1 (APOBEC1) ist ein Cytidin-Deaminase zun&auml;chst durch seine T&auml;tigkeit bei der Umwandlung von einer bestimmten Cytidin (C) zu Uridin (U) im Apolipoprotein B (ApoB) mRNA Transkripte im D&uuml;nndarm identifiziert. Bearbeiten der Ergebnisse in der &Uuml;bersetzung von einem abgeschnittenen ApoB-Isoform mit unterschiedlichen Funktionen in Lipid-Transport. Um die M&ouml;glichkeit zu beheben, dass APOBEC1 zus&auml;tzliche mRNAs bearbeitet, entwickelten wir eine Transkriptom-vergleichende RNA Sequenzierung (RNA-Seq) Breitbild. Wir erkannt und validiert 32 bisher unbeschriebene mRNA-Ziele der Bearbeitung von APOBEC1, von denen alle liegen in AU-reiche Segmente Transkript 3&#39; nicht &uuml;bersetzte Regionen (3&#39; UTRs). Weitere Analyse gr&uuml;ndete mehrere charakteristische Sequenz Features der Ziele, die f&uuml;r die Identifizierung des zus&auml;tzlichen APOBEC1 Substrate pr&auml;diktive waren bearbeiten. Der Transcriptomics Ansatz RNA bearbeiten hier vorgestellten dramatisch erweitert die Liste der APOBEC1-mRNA, die Bearbeitung der Ziele und zeigt einen neuartigen zellul&auml;ren Mechanismus zur &Auml;nderung der Abschrift 3&#39; UTRs.

Transkriptom-weite Sequenzierung zeigt zahlreiche APOBEC1 mRNA-Bearbeitung Ziele in Abschrift 3&#39; UTRs.

Apolipoproteina B-modifica enzimatico, catalitico polipeptide-1 (APOBEC1) &egrave; una deaminasi della citidina inizialmente identificata dalla sua attivit&agrave; di conversione di un specifico citosina (C) in uridina (U) in trascrizioni di apolipoproteina B (apoB) mRNA nel piccolo intestino. Modifica risultati nella traduzione di un&#39;isoforma apoB troncato con funzioni distinte nel trasporto dei lipidi. Per affrontare la possibilit&agrave; che APOBEC1 le modifiche aggiuntive mRNAs, abbiamo sviluppato un transcriptome-comparativo RNA (RNA-Seq) di sequenziamento schermo wide. Abbiamo individuato e convalidato 32 obiettivi precedentemente nuovo mRNA di APOBEC1 editing, che si trovano in segmenti AU-ricco di trascrizione non tradotta 3&#39; regioni (3&#39; UTRs). Un&#39;ulteriore analisi stabilito diverse funzionalit&agrave; caratteristica sequenza di obiettivi, che erano predittivi per l&#39;individuazione di ulteriori APOBEC1 substrati di editing. L&#39;approccio di trascrittomica al RNA editing presentati qui drammaticamente espande l&#39;elenco dei APOBEC1 mRNA editing obiettivi e rivela un meccanismo cellulare romanzo per la modifica della trascrizione 3&#39; UTRs.

Livello transcriptome sequenziamento rivela numerose APOBEC1 modifica del mRNA target nella trascrizione 3&#39; UTRs.

&#x30A2;&#x30DD;&#x30EA;&#x30DD;&#x86CB;&#x767D; B &#x7DE8;&#x96C6;&#x9175;&#x7D20;&#x3001;&#x89E6;&#x5A92;&#x30DD;&#x30EA;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;-1 &#xFF08;APOBEC1&#xFF09; &#x306F;&#x5F53;&#x521D;&#x30A6;&#x30EA;&#x30B8;&#x30F3; (U) &#x306E;&#x5C0F;&#x8178;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30A2;&#x30DD;&#x30EA;&#x30DD;&#x86CB;&#x767D; B (apoB) mrna &#x3092;&#x7279;&#x5B9A;&#x30B7;&#x30C1;&#x30B8;&#x30F3; (C) &#x306B;&#x5909;&#x63DB;&#x3059;&#x308B;&#x306E;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x6D3B;&#x52D5;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066;&#x8B58;&#x5225; aid &#x3067;&#x3059;&#x3002;&#x8102;&#x8CEA;&#x8F38;&#x9001;&#x3067;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x6301;&#x3064;&#x5207;&#x308A;&#x6368;&#x3066;&#x3089;&#x308C;&#x305F; apoB &#x30A2;&#x30A4;&#x30BD; &#x30D5;&#x30A9;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x7D50;&#x679C;&#x3092;&#x7DE8;&#x96C6;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;APOBEC1 &#x8FFD;&#x52A0;&#x306E; Mrna &#x3092;&#x7DE8;&#x96C6;&#x3059;&#x308B;&#x3053;&#x3068;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x6027;&#x306B;&#x5BFE;&#x51E6;&#x3059;&#x308B;&#x306B;&#x306F;&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0;&#x6BD4;&#x8F03; RNA (RNA Seq) &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x51E6;&#x7406;&#x753B;&#x9762;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;APOBEC1 &#x7DE8;&#x96C6; 32 &#x4EE5;&#x524D;&#x672A;&#x8A18;&#x8F09; mRNA &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x3001;&#x3059;&#x3079;&#x3066;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8; 3&#39; &#x975E;&#x7FFB;&#x8A33;&#x9818;&#x57DF; (3&#39; UTRs&#xFF09; &#x306E; AU &#x306E;&#x8C4A;&#x5BCC;&#x306A;&#x30BB;&#x30B0;&#x30E1;&#x30F3;&#x30C8;&#x306B;&#x4F4D;&#x7F6E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3055;&#x3089;&#x306A;&#x308B;&#x5206;&#x6790;&#x306E;&#x8FFD;&#x52A0; APOBEC1 &#x57FA;&#x677F;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x306E;&#x305F;&#x3081;&#x306B;&#x4E88;&#x6E2C;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x7DE8;&#x96C6;&#x3044;&#x304F;&#x3064;&#x304B;&#x306E;&#x7279;&#x5FB4;&#x7684;&#x306A;&#x4E00;&#x9023;&#x306E;&#x6A5F;&#x80FD;&#x3092;&#x78BA;&#x7ACB;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x5287;&#x7684;&#x306B;&#x63D0;&#x793A;&#x306E; RNA &#x7DE8;&#x96C6;&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30DF;&#x30AF;&#x30B9; &#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x76EE;&#x6A19;&#x3092;&#x7DE8;&#x96C6;&#x3059;&#x308B; APOBEC1 mRNA &#x306E;&#x30EA;&#x30B9;&#x30C8;&#x3092;&#x5C55;&#x958B;&#x3001;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8; 3&#39; UTRs &#x306E;&#x6539;&#x8CEA;&#x7528;&#x65B0;&#x898F;&#x7D30;&#x80DE;&#x30E1;&#x30AB;&#x30CB;&#x30BA;&#x30E0;&#x3092;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x591A;&#x6570;&#x306E; APOBEC1 &#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; mRNA &#x306E;&#x7DE8;&#x96C6;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8; 3&#39; UTRs &#x3067;&#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

Apolipoprotein B &#xD3B8;&#xC9D1; &#xD6A8;&#xC18C;, &#xCD09;&#xB9E4; polypeptide-1 (APOBEC1) cytidine deaminase &#xCC98;&#xC74C; &#xD2B9;&#xC815; cytidine (C) uridine (U) &#xC791;&#xC740; &#xCC3D; &#xC790;&#xC5D0;&#xC11C; apolipoprotein B (apoB) mRNA &#xC131;&#xC801;&#xD45C;&#xC5D0; &#xBCC0;&#xD658;&#xC5D0; &#xADF8;&#xAC83;&#xC758; &#xD65C;&#xB3D9;&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xB418;&#xB294;. &#xC9C0;&#xC9C8; &#xC804;&#xC1A1; &#xACE0;&#xC720; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC798;&#xB9B0;&#xB41C; apoB isoform&#xC758; &#xBC88;&#xC5ED; &#xACB0;&#xACFC; &#xD3B8;&#xC9D1; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;. APOBEC1 &#xCD94;&#xAC00; mRNAs &#xD3B8;&#xC9D1; &#xAC00;&#xB2A5;&#xC131;&#xC744; &#xD574;&#xACB0; &#xD558;&#xAE30; &#xC704;&#xD574; &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; transcriptome &#xC218;&#xC900; &#xBE44;&#xAD50; RNA &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; (RNA-Seq) &#xD654;&#xBA74;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; &#xC2DD;&#xBCC4; APOBEC1 &#xD3B8;&#xC9D1;&#xC758; 32 &#xC774;&#xC804;&#xC5D0; undescribed mRNA &#xD45C;&#xC801; &#xAC80;&#xC99D;, &#xBAA8;&#xB450;&#xB294;&#xC758; &#xB300; &#xBCF8; 3&#39; untranslated &#xC601;&#xC5ED; (3&#39; Utr) &#xB204;&#xAD6C;&#xB098; &#xD48D;&#xBD80;&#xD55C; &#xC138;&#xADF8;&#xBA3C;&#xD2B8;&#xC5D0; &#xC788;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xCD94;&#xAC00; &#xBD84;&#xC11D; &#xCD94;&#xAC00; APOBEC1 &#xAE30;&#xD310;&#xC758; &#xC2DD;&#xBCC4;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC608;&#xCE21; &#xB41C; &#xB300;&#xC0C1; &#xD3B8;&#xC9D1;&#xC758; &#xC5EC;&#xB7EC; &#xAC00;&#xC9C0; &#xD2B9;&#xC131; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2A4; &#xAE30;&#xB2A5;&#xC744; &#xC124;&#xB9BD;. RNA &#xD3B8;&#xC9D1; &#xADF9;&#xC801;&#xC73C;&#xB85C; &#xC5EC;&#xAE30;&#xC5D0; &#xC81C;&#xC2DC; &#xB41C; transcriptomics &#xC811;&#xADFC; &#xB300;&#xC0C1; &#xD3B8;&#xC9D1; APOBEC1 Mrna&#xC758; &#xBAA9;&#xB85D;&#xC744; &#xD655;&#xC7A5; &#xD558; &#xACE0; &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D; 3&#39; Utr&#xC758; &#xC218;&#xC815;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC18C;&#xC124; &#xC140;&#xB8F0;&#xB7EC; &#xBA54;&#xCEE4;&#xB2C8;&#xC998;&#xC744; &#xBC1D;&#xD600;.

Transcriptome &#xC804;&#xCCB4; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC1D;&#xD600; &#xC218;&#xB9CE;&#xC740; APOBEC1 mRNA &#xD3B8;&#xC9D1; &#xB300;&#xC0C1; &#xB300; &#xBCF8; 3&#39; Utr.

Edici&oacute;n de apolipoprote&iacute;na B enzima, catal&iacute;tica polip&eacute;ptido-1 (APOBEC1) es una deaminasa citidina inicialmente identificado por su actividad en la conversi&oacute;n de un espec&iacute;fico citidina (C) a Uridina (U) en transcripciones de apolipoprote&iacute;na B (apoB) mRNA en el intestino. Edici&oacute;n de resultados en la traducci&oacute;n de una isoforma truncada apoB con distintas funciones en el transporte de l&iacute;pidos. Para hacer frente a la posibilidad de que APOBEC1 edita mRNAs adicional, hemos desarrollado una pantalla de secuenciaci&oacute;n (RNA-Seq) RNA comparativa todo el transcriptoma. Identificamos y hab&iacute;a validado 32 Sines objetivos de mRNA de APOBEC1 edici&oacute;n, que se encuentran en segmentos de AU-ricos de transcripci&oacute;n regiones no traducidas de 3&#39; (3&#39; incoe). El an&aacute;lisis adicional hab&iacute;a establecido varias caracter&iacute;sticas de la caracter&iacute;stica de la secuencia de objetivos, que eran prof&eacute;ticos para la identificaci&oacute;n de sustratos de APOBEC1 adicionales de la edici&oacute;n. El enfoque de transcript&oacute;mica RNA edici&oacute;n presentamos dram&aacute;ticamente ampl&iacute;a la lista de mRNA de la APOBEC1 edici&oacute;n de objetivos y revela un nuevo mecanismo celular para la modificaci&oacute;n de la transcripci&oacute;n 3&#39; incoe.

Todo el transcriptoma de la secuencia revela numerosos objetivos de mRNA-edici&oacute;n APOBEC1 en transcripci&oacute;n 3&#39; incoe.

RNA &#x7F16;&#x8F91; deaminases &#x6CD5;&#x5BF9;&#x5404;&#x79CD;&#x4E0D;&#x540C;&#x7684;&#x751F;&#x7269;&#x4F53;&#x4E2D;&#x7684;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;&#x5DF2;&#x663E;&#x793A;&#x4E86;&#x4E00;&#x5B9A;&#x6570;&#x91CF;&#x7684;&#x8FD9;&#x79CD;&#x9176;&#xFF0C;&#x91C7;&#x53D6;&#x5BF9; mRNA&#xFF0C;&#x7531;&#x6B64;&#x4EA7;&#x751F;&#x7684;&#x6838;&#x82F7;&#x9178;&#x53D8;&#x5316;&#x4FEE;&#x6539;&#x8A8A;&#x672C;&#x4FE1;&#x606F;&#x5185;&#x5BB9;&#x3002;&#x867D;&#x7136;&#x8131;&#x6C28;&#x9176;&#x6D3B;&#x6027;&#x7684;&#x7F16;&#x8F91;&#x9176;&#x7684; mRNA &#x5BB9;&#x6613;&#x8868;&#x73B0;&#x51FA;&#x4F53;&#x5916;&#xFF0C;&#x67E5;&#x660E;&#x5176;&#x751F;&#x7406;&#x6307;&#x6807;&#x5DF2;&#x8BC1;&#x660E;&#x5177;&#x6709;&#x6311;&#x6218;&#x6027;&#x3002;&#x8D85;&#x9AD8;&#x901A;&#x91CF;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x6280;&#x672F;&#x6700;&#x65B0;&#x8FDB;&#x5C55;&#x5DF2;&#x5141;&#x8BB8;&#x6574;&#x4E2A;&#x8F6C;&#x5F55;&#x7EC4;&#x6D4B;&#x5E8F;&#x53CA;&#x8868;&#x8FBE;&#x8C31; (RNA Seq)&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x5DF2;&#x5F00;&#x53D1;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7CFB;&#x7EDF;&#xFF0C;&#x67E5;&#x660E;&#x7F16;&#x8F91;&#x8131;&#x6C28;&#x4F5C;&#x7528;&#x76EE;&#x6807; RNA Seq &#x6570;&#x636E;&#x7684;&#x6BD4;&#x8F83;&#x5206;&#x6790;&#x7684;&#x57FA;&#x7840;&#x7684;&#x65B0;&#x578B; mRNA&#x3002;&#x7597;&#x6548;&#x548C;&#x5B9E;&#x7528;&#x7A0B;&#x5E8F;&#x7684;&#x8FD9;&#x79CD;&#x505A;&#x6CD5;&#x88AB;&#x8BC1;&#x660E; APOBEC1&#xFF0C;&#x80DE;&#x82F7;&#x8131;&#x6C28;&#x9176;&#x4E0E;&#x54FA;&#x4E73;&#x52A8;&#x7269;&#x5C0F;&#x80A0;&#x4E2D;&#x7684;&#x5DF2;&#x77E5;&#x548C;&#x4EBA;&#x4EEC;&#x719F;&#x77E5; mRNA &#x7F16;&#x8F91;&#x76EE;&#x6807;&#x3002;

&#x786E;&#x5B9A;&#x7F16;&#x8F91;&#x8131;&#x6C28;&#x9176;&#x6307;&#x6807;&#x7531; RNA &#x5E8F;&#x5217; mRNA

RNA editing deaminases act on a variety of targets in different organisms. A number of such enzymes have been shown to act on mRNA, with the resultant nucleotide changes modifying a transcript's information content. Though the deaminase activity of mRNA editing enzymes is readily demonstrated in vitro, identifying their physiological targets has proved challenging. Recent advances in ultra high-throughput sequencing technologies have allowed for whole transcriptome sequencing and expression profiling (RNA-Seq). We have developed a system to identify novel mRNA editing deamination targets based on comparative analysis of RNA-Seq data. The efficacy and utility of this approach is demonstrated for APOBEC1, a cytidine deaminase with a known and well-characterized mRNA editing target in the mammalian small intestine.

Identifying mRNA editing deaminase targets by RNA-Seq.

Deaminases &eacute;dition de RNA agissent sur diverses cibles dans diff&eacute;rents organismes. Un certain nombre de ces enzymes ont d&eacute;montr&eacute; d&#39;agir sur l&#39;ARNm, avec les modifications de nucl&eacute;otides qui en r&eacute;sulte modifiant le contenu de la transcription de l&#39;information. Si l&#39;activit&eacute; d&eacute;saminase d&#39;ARNm &eacute;dition des enzymes est facilement d&eacute;montr&eacute;e in vitro, identifier leurs cibles physiologiques s&#39;est av&eacute;r&eacute;e difficile. Les progr&egrave;s r&eacute;cents dans les technologies de s&eacute;quen&ccedil;age de l&#39;ultra haut d&eacute;bit ont permis de s&eacute;quen&ccedil;age entier transcriptome et expression profiling (RNA-Seq). Nous avons d&eacute;velopp&eacute; un syst&egrave;me pour identifier les nouveaux ARNm cibles d&eacute;samination, fond&eacute;es sur une analyse comparative des donn&eacute;es RNA-Seq d&#39;&eacute;dition. L&#39;efficacit&eacute; et l&#39;utilit&eacute; de cette approche est d&eacute;montr&eacute;e pour APOBEC1, un d&eacute;aminase cytidine avec une cible &eacute;dition ARNm connus et bien caract&eacute;ris&eacute;es dans l&#39;intestin gr&ecirc;le chez les mammif&egrave;res.

Identification des ARNm &eacute;dition cibles d&eacute;saminase de RNA-Seq.

RNA-editing-Deaminases wirken sich auf eine Vielzahl von Zielen in verschiedenen Organismen. Verschiedener Enzyme wurden gezeigt, mit den daraus resultierenden Nukleotid-&Auml;nderungen eine Niederschrift Informationen Inhalt &auml;ndern auf mRNA, handeln. Obwohl die Desaminase-Aktivit&auml;t der mRNA editing Enzyme leicht in-vitro nachgewiesen ist, erwies identifizieren ihre physiologischen Ziele schwierig. J&uuml;ngste Fortschritte in der ultra Hochdurchsatz-Technologien haben f&uuml;r ganze Transkriptom Sequenzierung und Ausdruck Profilerstellung (RNA-Seq) erlaubt. Wir haben ein System zur Identifizierung neuartiger mRNA Deamination Ziele basierend auf vergleichende Analyse der RNA-Seq-Daten bearbeiten entwickelt. Die Wirksamkeit und den Nutzen von dieser Ansatz wird f&uuml;r APOBEC1, ein Cytidin-Deaminase mit einem bekannten und gut charakterisierten mRNA-Bearbeitung-Ziel in den S&auml;ugetier-D&uuml;nndarm demonstriert.

Identifizieren von mRNA Bearbeitung Desaminase Ziele von RNA-Seq.

Modifica deaminases RNA agiscono su una variet&agrave; di destinazioni in diversi organismi. Un certo numero di tali enzimi hanno dimostrato di agire sul mRNA, con le modifiche risultanti nucleotide modificando il contenuto informativo di una trascrizione. Anche se l&#39;attivit&agrave; di deaminasi del mRNA editing enzimi &egrave; facilmente dimostrato in vitro, identificando i loro bersagli fisiologici ha dimostrato impegnativo. I recenti progressi nelle tecnologie di sequenziamento ad alta velocit&agrave; ultra hanno permesso per il sequenziamento intero trascrittoma ed expression profiling (RNA-Seq). Abbiamo sviluppato un sistema per identificare il romanzo mRNA editing obiettivi deaminazione basati su un&#39;analisi comparativa dei dati RNA-Seq. L&#39;efficacia e l&#39;utilit&agrave; di questo approccio &egrave; dimostrato per APOBEC1, una deaminasi della citidina con una destinazione modifica mRNA noti e ben caratterizzati, nel piccolo intestino dei mammiferi.

Identificazione di mRNA editing obiettivi deaminasi da RNA-Seq.

RNA &#x7DE8;&#x96C6; deaminases &#x306E;&#x7570;&#x306A;&#x308B;&#x751F;&#x7269;&#x3067;&#x76EE;&#x6A19;&#x306E;&#x69D8;&#x3005; &#x306A;&#x6CD5;&#x5F8B;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x305D;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306A;&#x9175;&#x7D20;&#x306E;&#x6570;&#x306F;&#x3001;mRNA &#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3; &#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x306E;&#x60C5;&#x5831;&#x306E;&#x5185;&#x5BB9;&#x3092;&#x5909;&#x66F4;&#x3059;&#x308B;&#x7D50;&#x679C;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x5909;&#x5316;&#x3068;&#x884C;&#x52D5;&#x306B;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x6D3B;&#x6027;&#x9175;&#x7D20;&#x3092;&#x7DE8;&#x96C6; mRNA &#x306E;&#x5BB9;&#x6613;&#x306B; in vitro &#x3067;&#x793A;&#x3055;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;&#x305D;&#x306E;&#x751F;&#x7406;&#x7684;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x6311;&#x6226;&#x8A3C;&#x660E;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x8D85;&#x9AD8;&#x30B9;&#x30EB;&#x30FC;&#x30D7;&#x30C3;&#x30C8; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x6280;&#x8853;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x6700;&#x8FD1;&#x306E;&#x9032;&#x6B69;&#x306F;&#x3001;&#x5168;&#x4F53;&#x306E;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30D7;&#x30C8;&#x30FC;&#x30E0; &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x3068;&#x767A;&#x73FE;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0; (RNA Seq) &#x3092;&#x8A31;&#x53EF;&#x3057;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;RNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9; &#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306E;&#x6BD4;&#x8F03;&#x5206;&#x6790;&#x306B;&#x57FA;&#x3065;&#x304F;&#x8131;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CE;&#x5316;&#x76EE;&#x6A19;&#x3092;&#x7DE8;&#x96C6;&#x3059;&#x308B;&#x5C0F;&#x8AAC;&#x306E; mRNA &#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3059;&#x308B;&#x30B7;&#x30B9;&#x30C6;&#x30E0;&#x3092;&#x958B;&#x767A;&#x3057;&#x307E;&#x3057;&#x305F;&#x3002;APOBEC1&#x3001;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x308B;&#x3068;&#x3088;&#x304F;&#x7279;&#x5FB4;&#x4ED8;&#x3051; mRNA &#x7DE8;&#x96C6;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8;&#x54FA;&#x4E73;&#x985E;&#x5C0F;&#x8178;&#x3068; aid &#x306E;&#x6709;&#x52B9;&#x6027;&#x3068;&#x3053;&#x306E;&#x30A2;&#x30D7;&#x30ED;&#x30FC;&#x30C1;&#x306E;&#x6709;&#x7528;&#x6027;&#x3092;&#x793A;&#x3057;&#x305F;&#x3002;

&#x30A2;&#x30C7;&#x30CE;&#x30B7;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A2;&#x30DF;&#x30CA;&#x30FC;&#x30BC;&#x306E;&#x30BF;&#x30FC;&#x30B2;&#x30C3;&#x30C8; RNA &#x30B7;&#x30FC;&#x30B1;&#x30F3;&#x30B9;&#x306B;&#x3088;&#x308B;&#x7DE8;&#x96C6; mRNA &#x3092;&#x8B58;&#x5225;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

RNA &#xD3B8;&#xC9D1; deaminases &#xB2E4;&#xC591; &#xD55C; &#xB2E4;&#xB978; &#xC720;&#xAE30; &#xCCB4;&#xC5D0; &#xBAA9;&#xD45C;&#xC5D0; &#xB530;&#xB77C; &#xD589;&#xB3D9;. &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD6A8;&#xC18C;&#xC758; &#xC218; mRNA, &#xB179;&#xCDE8; &#xB85D;&#xC758; &#xC815;&#xBCF4; &#xB0B4;&#xC6A9;&#xC744; &#xC218;&#xC815; &#xACB0;&#xACFC; &#xB274;&#xD074;&#xB808;&#xC624;&#xD2F0;&#xB4DC; &#xBCC0;&#xD654; &#xD589;&#xB3D9; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB418;&#xC5C8;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD3B8;&#xC9D1; &#xD6A8;&#xC18C; Mrna&#xC758; deaminase &#xD65C;&#xB3D9;&#xC740; &#xC27D;&#xAC8C; &#xCCB4; &#xC678; &#xC2DC;&#xC5F0;, &#xBE44;&#xB85D; &#xADF8;&#xB4E4;&#xC758; &#xC0DD;&#xB9AC; &#xC801; &#xBAA9;&#xD45C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xC5B4;&#xB824;&#xC6B4; &#xC785;&#xC99D; &#xD588;&#xB2E4;. &#xB9E4;&#xC6B0; &#xB192;&#xC740; &#xCC98;&#xB9AC;&#xB7C9; &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xAE30;&#xC220;&#xC758; &#xCD5C;&#xADFC; &#xBC1C;&#xC804; &#xC804;&#xCCB4; transcriptome &#xC2DC;&#xD000;&#xC2F1; &#xBC0F; &#xC2DD; (RNA-Seq)&#xB97C; &#xD504;&#xB85C; &#xD30C;&#xC77C;&#xB9C1;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD5C8;&#xC6A9; &#xD588;&#xB2E4;. &#xC6B0;&#xB9AC;&#xB294; RNA Seq &#xB370;&#xC774;&#xD130;&#xC758; &#xBE44;&#xAD50; &#xBD84;&#xC11D;&#xC744; &#xAE30;&#xBC18;&#xC73C;&#xB85C; &#xD558;&#xB294; &#xD0C8; &#xB300;&#xC0C1; &#xD3B8;&#xC9D1; &#xC18C;&#xC124; Mrna&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4; &#xD558;&#xB294; &#xC2DC;&#xC2A4;&#xD15C;&#xC744; &#xAC1C;&#xBC1C; &#xD588;&#xC2B5;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xD6A8;&#xB2A5;&#xACFC;&#xC774; &#xBC29;&#xC2DD;&#xC758; &#xC720;&#xD2F8;&#xB9AC;&#xD2F0;&#xB294; APOBEC1, cytidine deaminase &#xC54C;&#xB824;&#xC9C0;&#xACE0; well-characterized mRNA &#xD3B8;&#xC9D1; &#xB300;&#xC0C1;&#xC774; &#xD3EC;&#xC720;&#xB958; &#xC791;&#xC740; &#xCC3D; &#xC790;&#xC5D0;&#xC11C;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC2DC;&#xC5F0;&#xC785;&#xB2C8;&#xB2E4;.

RNA-seq. &#xC5EC; deaminase &#xB300;&#xC0C1; &#xD3B8;&#xC9D1; Mrna&#xB97C; &#xC2DD;&#xBCC4;

Desaminasas edici&oacute;n RNA act&uacute;an sobre una variedad de objetivos en diferentes organismos. Un n&uacute;mero de estas enzimas ha visto actuar en mRNA, con los cambios de nucle&oacute;tidos resultante modificar el contenido de la informaci&oacute;n de una transcripci&oacute;n. Aunque la actividad de la desaminasa de mRNA edici&oacute;n enzimas es f&aacute;cilmente demostrada in vitro, ha resultado dif&iacute;cil identificar sus objetivos fisiol&oacute;gicos. Los avances recientes en tecnolog&iacute;as de secuenciaci&oacute;n de alto rendimiento ultra han permitido todo transcriptoma secuenciaci&oacute;n y expresi&oacute;n perfilado (RNA-Seq). Hemos desarrollado un sistema para identificar la novela mRNA edici&oacute;n objetivos desaminaci&oacute;n basados en el an&aacute;lisis comparativo de datos de RNA-Seq. APOBEC1, una deaminasa citidina con un conocido y bien caracterizados objetivo edici&oacute;n mRNA en el intestino mam&iacute;fero se demuestra la eficacia y la utilidad de este enfoque.

Identificaci&oacute;n de mRNA edici&oacute;n objetivos desaminasa por RNA-SEQ.

&#x4E86;&#x89E3;&#x751A;&#x5C11;&#x7684;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x6807;&#x8BB0;&#x7EC4;&#x5408;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x4E00;&#x7EA7;&#x7684;&#x89E3;&#x91CA;&#x65B9;&#x5F0F;&#x3002;&#x5DF2;&#x77E5;&#x7684;&#x4EBA;&#x7C7B; BPTF &#x7684;&#x7B2C;&#x4E8C;&#x4E2A;&#x535A;&#x58EB;&#x5B66;&#x4F4D;&#x624B;&#x6307;&#x5177;&#x4F53;&#x786E;&#x8BA4;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D; H3 &#x65F6;&#x5BF9;&#x8D56;&#x6C28;&#x9178; 4 &#xFF08;H3K4me2/3) &#x7532;&#x57FA;&#x5316;&#x3002;&#x5728;&#x8FD9;&#x91CC;&#xFF0C;&#x6211;&#x4EEC;&#x7814;&#x7A76;&#x5982;&#x4F55;&#x5176;&#x4ED6;&#x5F02;&#x578B;&#x4FEE;&#x6539;&#x5F71;&#x54CD; BPTF &#x7ED1;&#x5B9A;&#x3002;&#x4F7F;&#x7528;&#x80BD;&#x4EE3;&#x5B55;&#x6BCD;&#x4EB2;&#xFF0C;&#x914D;&#x4F53; acetyllysine &#x4E09;&#x88AB;&#x6807;&#x8BC6;&#x4E3A;&#x535A;&#x58EB;&#x76F8;&#x90BB; bromodomain BPTF &#x4E2D;&#x901A;&#x8FC7;&#x7CFB;&#x7EDF;&#x5730;&#x7B5B;&#x9009;&#x548C;&#x751F;&#x7269;&#x7269;&#x7406;&#x8868;&#x5F81;&#x3002;&#x867D;&#x7136; bromodomain &#x80BD;&#x4E00;&#x7EA7;&#x663E;&#x793A;&#x6709;&#x9650;&#x7684;&#x6B67;&#x89C6;&#x4E09;&#x4E2A;&#x53EF;&#x80FD; acetyllysines &#x4E4B;&#x95F4;&#xFF0C;&#x4EC5;&#x4E3A;&#x5176;&#x4E2D;&#x4E00;&#x4E2A;&#x7C7B;&#x7684;&#x7F51;&#x7AD9;&#xFF0C;H4K16ac&#xFF0C;H3K4me3 mononucleosome &#x4E00;&#x7EA7;&#x7ED3;&#x5408;&#x89C2;&#x5BDF;&#x660E;&#x663E;&#x7684;&#x9009;&#x62E9;&#x6027;&#x3002;&#x5728;&#x652F;&#x6301;&#xFF0C;&#x8FD9;&#x4E24;&#x4E2A;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x6807;&#x8BB0;&#x6784;&#x6210;&#x4E00;&#x79CD;&#x72EC;&#x7279;&#x7684;&#x8DE8;&#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4FEE;&#x6539;&#x6A21;&#x5F0F;&#xFF0C;&#x6BEB;&#x4E0D;&#x542B;&#x7CCA;&#x5730;&#x9A7B;&#x7559;&#x5728;&#x4EBA;&#x4F53;&#x7EC6;&#x80DE;&#xFF0C;&#x5355;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x5355;&#x4F4D;&#x5185;&#x548C;&#x672C;&#x6A21;&#x5757; colocalizes &#x4E0E;&#x8FD9;&#x4E9B;&#x6807;&#x8BB0;&#x57FA;&#x56E0;&#x7EC4;&#x4E2D;&#x3002;&#x6211;&#x4EEC;&#x7684;&#x6570;&#x636E;&#x4E00;&#x8D77;&#xFF0C;&#x63D0;&#x8BF7;&#x5171;&#x4EF7;&#x952E;&#x5546;&#x6807;&#x5728;&#x542C;&#x5199;&#x5173;&#x952E;&#x67D3;&#x8272;&#x8D28;&#x534F;&#x4F1A;&#x7684;&#x6838;&#x5C0F;&#x4F53;&#x9635;&#x5217;&#x3002;

Mononucleosomal &#x7EC4;&#x86CB;&#x767D;&#x4FEE;&#x9970;&#x6A21;&#x5F0F;&#x8BC6;&#x522B;&#x7531; BPTF &#x901A;&#x8FC7;&#x591A;&#x4EF7;&#x7684;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3002;

Little is known about how combinations of histone marks are interpreted at the level of nucleosomes. The second PHD finger of human BPTF is known to specifically recognize histone H3 when methylated on lysine 4 (H3K4me2/3). Here, we examine how additional heterotypic modifications influence BPTF binding. Using peptide surrogates, three acetyllysine ligands are indentified for a PHD-adjacent bromodomain in BPTF via systematic screening and biophysical characterization. Although the bromodomain displays limited discrimination among the three possible acetyllysines at the peptide level, marked selectivity is observed for only one of these sites, H4K16ac, in combination with H3K4me3 at the mononucleosome level. In support, these two histone marks constitute a unique trans-histone modification pattern that unambiguously resides within a single nucleosomal unit in human cells, and this module colocalizes with these marks in the genome. Together, our data call attention to nucleosomal patterning of covalent marks in dictating critical chromatin associations.

Recognition of a mononucleosomal histone modification pattern by BPTF via multivalent interactions.

On en sait peu sur comment les combinaisons des histones marques sont interpr&eacute;t&eacute;s au niveau des nucl&eacute;osomes. Le second doigt de doctorat de BPTF humaine est connu de reconna&icirc;tre sp&eacute;cifiquement histone H3 quand m&eacute;thyl&eacute; sur la lysine 4 (H3K4me2/3). Ici, nous examinons comment additional modifications h&eacute;t&eacute;rotypiques influencent la liaison BPTF. &Agrave; l&#39;aide de substituts de peptide, trois ligands acetyllysine sont identifi&eacute;s pour un c&ocirc;t&eacute; du doctorat adjacente en BPTF via un d&eacute;pistage syst&eacute;matique et caract&eacute;risation biophysique. Bien que le c&ocirc;t&eacute; du affiche limit&eacute;e de discrimination parmi les trois acetyllysines possibles au niveau du peptide, s&eacute;lectivit&eacute; marqu&eacute;e est observ&eacute;e pour un seul de ces sites, H4K16ac, en combinaison avec H3K4me3 au niveau mononucl&eacute;osome. &Agrave; l&#39;appui, ces deux marques d&#39;histones constituent un motif de modification de trans-histone unique qui r&eacute;side sans ambigu&iuml;t&eacute; au sein d&#39;une seule unit&eacute; nucl&eacute;osomique dans les cellules humaines, et ce module putative avec ces marques dans le g&eacute;nome. Ensemble, nos donn&eacute;es attirer l&#39;attention sur la structuration nucl&eacute;osomique des marques covalentes en dictant des associations de critiques de la chromatine.

Reconnaissance d&#39;un motif d&#39;histone mononucleosomal modification de BPTF via des interactions multivalents.

Wenig ist bekannt &uuml;ber, wie Kombinationen der Histon-Marken auf der Ebene der Nucleosomes interpretiert werden. Der zweite PHD-Finger des menschlichen BPTF ist bekannt, dass Histon H3 wenn auf Lysin 4 (H3K4me2/3) methyliert spezifisch zu erkennen. Hier, wir untersuchen, wie zus&auml;tzliche heterotypischen &Auml;nderungen BPTF Bindung zu beeinflussen. Verwendung von Peptid-Ersatzzeichen sind drei Acetyllysine Liganden f&uuml;r eine PHD-angrenzenden Bromodomain in BPTF &uuml;ber systematischen Screening und biophysikalische Charakterisierung Nahrungsbedarf. Obwohl das Bromodomain begrenzt Diskriminierung unter den drei m&ouml;glichen Acetyllysines auf die Peptid-Ebene anzeigt, wird markierte Selektivit&auml;t f&uuml;r eines dieser Sites, H4K16ac, in Kombination mit H3K4me3 auf Mononucleosome Ebene beobachtet. Unterst&uuml;tzung diese beiden Histon-Marken bilden eine einzigartiges Trans-Histon-&Auml;nderung-Muster, die eindeutig innerhalb einer nucleosomal Einheit in den menschlichen Zellen befindet und dieses Modul colocalizes mit dieser Marken im Genom. Zusammen, aufmerksam unsere Daten machen, nucleosomal Musterung &uuml;ber kovalente Marks in diktieren kritische Chromatin-Verb&auml;nde.

Anerkennung eines Mononucleosomal Histon-&Auml;nderung-Musters von BPTF &uuml;ber multivalenter Interaktionen.

Poco &egrave; conosciuto circa come combinazioni di segni dell&#39;istone sono interpretati a livello dei nucleosomi. Il secondo dito PHD della BPTF umana &egrave; noto per riconoscere specificamente istone H3 quando metilato sulla lisina 4 (H3K4me2/3). Qui, esaminiamo come ulteriori modifiche heterotypic influenza associazione BPTF. Utilizzando surrogati del peptide, tre acetyllysine ligandi sono identificati per un dottorato di ricerca-adiacente che in BPTF via uno screening sistematico e caratterizzazione biofisica. Sebbene il che visualizza limitata discriminazione tra i tre acetyllysines possibili a livello di peptide, marcata selettivit&agrave; &egrave; osservato per uno solo di questi siti, H4K16ac, in combinazione con H3K4me3 a livello mononucleosome. Nel supporto, questi due marchi dell&#39;istone costituiscono un modello di modifica unica trans-istone che senza ambiguit&agrave; risiede all&#39;interno di una singola unit&agrave; nucleosomal in cellule umane, e questo modulo colocalizza con questi marchi nel genoma. Insieme, i nostri dati richiamano l&#39;attenzione nucleosomal patterning di marchi covalenti nel dettare le associazioni critiche della cromatina.

Riconoscimento di un modello modifica di istone mononucleosomal da BPTF tramite interazioni polivalente.

&#x307B;&#x3068;&#x3093;&#x3069;&#x306F;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; &#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x306E;&#x89E3;&#x91C8;&#x65B9;&#x6CD5;&#x306B;&#x3064;&#x3044;&#x3066;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x305B;&#x3093;&#x3002;2 &#x756A;&#x76EE;&#x306E; PHD &#x30D5;&#x30A3;&#x30F3;&#x30AC;&#x30FC;&#x4EBA;&#x9593; BPTF &#x306E;&#x7279;&#x306B;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; H3 &#x30EA;&#x30B8;&#x30F3; 4 (H3K4me2/3) &#x30E1;&#x30C1;&#x30EB;&#x5316;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x3068;&#x304D;&#x3092;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3059;&#x308B;&#x77E5;&#x3089;&#x308C;&#x3066;&#x3044;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x3053;&#x3053;&#x3067;&#x306F;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306F;&#x3069;&#x306E;&#x3088;&#x3046;&#x306B;&#x8FFD;&#x52A0;&#x306E;&#x6709;&#x6027;&#x5909;&#x66F4;&#x3092;&#x8ABF;&#x3079;&#x308B; BPTF &#x30D0;&#x30A4;&#x30F3;&#x30C7;&#x30A3;&#x30F3;&#x30B0;&#x306B;&#x5F71;&#x97FF;&#x3092;&#x4E0E;&#x3048;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9;&#x306E;&#x30B5;&#x30ED;&#x30B2;&#x30FC;&#x30C8;&#x3092;&#x4F7F;&#x7528;&#x3057;&#x3066;&#x3001;3 &#x3064;&#x306E; acetyllysine &#x30EA;&#x30AC;&#x30F3;&#x30C9;&#x306F; BPTF &#x3067; PHD &#x96A3;&#x63A5;&#x306E;&#x30D6;&#x30ED;&#x30E2; &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x4F53;&#x7CFB;&#x7684;&#x30B9;&#x30AF;&#x30EA;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3068;&#x5E74;&#x4F1A;&#x30AD;&#x30E3;&#x30E9;&#x30AF;&#x30BF;&#x30EA;&#x30BC;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x7D4C;&#x7531;&#x306E;&#x8B58;&#x5225;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30DA;&#x30D7;&#x30C1;&#x30C9; &#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3067; 3 &#x3064;&#x306E;&#x53EF;&#x80FD;&#x306A; acetyllysines &#x306E;&#x9593;&#x3067;&#x9650;&#x3089;&#x308C;&#x305F;&#x5DEE;&#x5225;&#x3001;&#x30D6;&#x30ED;&#x30E2; &#x30C9;&#x30E1;&#x30A4;&#x30F3;&#x3092;&#x8868;&#x793A;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x304C;&#x3001;H3K4me3 mononucleosome &#x30EC;&#x30D9;&#x30EB;&#x3068;&#x7D44;&#x307F;&#x5408;&#x308F;&#x305B;&#x3066;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30B5;&#x30A4;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;H4K16ac &#x306E;&#x3044;&#x305A;&#x308C;&#x304B;&#x306E;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x3055;&#x308C;&#x305F;&#x9078;&#x629E;&#x6027;&#x304C;&#x89B3;&#x5BDF;&#x3055;&#x308C;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x30B5;&#x30DD;&#x30FC;&#x30C8;&#x306F;&#x3001;&#x3053;&#x308C;&#x3089; 2 &#x3064;&#x306E;&#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3; &#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x660E;&#x78BA;&#x3072;&#x3068;&#x7D30;&#x80DE;&#x306B;&#x304A;&#x3051;&#x308B;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x5358;&#x4F4D;&#x5185;&#x306B;&#x5B58;&#x5728;&#x3059;&#x308B;&#x30E6;&#x30CB;&#x30FC;&#x30AF;&#x306A;&#x30C8;&#x30E9;&#x30F3;&#x30B9; &#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x4FEE;&#x98FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x3092;&#x69CB;&#x6210;&#x3057;&#x3066;&#x3053;&#x308C;&#x3089;&#x306E;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x30B2;&#x30CE;&#x30E0;&#x3067;&#x3053;&#x306E;&#x30E2;&#x30B8;&#x30E5;&#x30FC;&#x30EB;&#x3092; colocalizes &#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;&#x4E00;&#x7DD2;&#x306B;&#x3001;&#x6211;&#x3005; &#x306E;&#x30C7;&#x30FC;&#x30BF;&#x306F;&#x6CE8;&#x610F;&#x91CD;&#x8981;&#x306A;&#x30AF;&#x30ED;&#x30DE;&#x30C1;&#x30F3; &#x30A2;&#x30BD;&#x30B7;&#x30A8;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3092;&#x30C7;&#x30A3;&#x30AF;&#x30C6;&#x30FC;&#x30B7;&#x30E7;&#x30F3;&#x3067;&#x5171;&#x6709;&#x7D50;&#x5408;&#x30DE;&#x30FC;&#x30AF;&#x306E;&#x30CC;&#x30AF;&#x30EC;&#x30AA;&#x30BD;&#x30FC;&#x30E0;&#x306E;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30CB;&#x30F3;&#x30B0;&#x3092;&#x547C;&#x3073;&#x51FA;&#x3057;&#x307E;&#x3059;&#x3002;

&#x591A;&#x4FA1;&#x91D1;&#x5C5E;&#x306E;&#x76F8;&#x4E92;&#x4F5C;&#x7528;&#x3092;&#x4ECB;&#x3057;&#x3066; mononucleosomal &#x30D2;&#x30B9;&#x30C8;&#x30F3;&#x4FEE;&#x98FE;&#x30D1;&#x30BF;&#x30FC;&#x30F3;&#x306B;&#x3088;&#x3063;&#x3066; BPTF &#x306E;&#x8A8D;&#x8B58;&#x3002;

&#xC791;&#xC740; nucleosomes&#xC758; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xBD80;&#xD638;&#xC758; &#xC870;&#xD569;&#xC744; &#xD574;&#xC11D; &#xD558;&#xB294; &#xBC29;&#xBC95;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC778;&#xAC04; BPTF&#xC758; &#xB450; &#xBC88;&#xC9F8; &#xBC15;&#xC0AC; &#xD559;&#xC704; &#xC190;&#xAC00;&#xB77D; &#xD2B9;&#xD788; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; H3 lysine 4 (H3K4me2/3)&#xC5D0; &#xAC20; &#xB54C; &#xC778;&#xC2DD; &#xC54C;&#xB824;&#xC838; &#xC788;&#xB2E4;. &#xC5EC;&#xAE30;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xAC00; &#xC5B4;&#xB5BB;&#xAC8C; &#xCD94;&#xAC00; heterotypic &#xC218;&#xC815; &#xAC80;&#xC0AC; BPTF &#xBC14;&#xC778;&#xB529; &#xC601;&#xD5A5;. &#xD3A9; &#xD2F0; &#xB4DC; &#xB300;&#xB9AC; &#xBAA8; &#xC54C; &#xC120;&#xC744; &#xC0AC;&#xC6A9; &#xD558; &#xC5EC; 3 &#xAC1C;&#xC758; acetyllysine ligands &#xCCB4;&#xACC4;&#xC801;&#xC778; &#xC2EC;&#xC0AC; &#xBC0F; &#xC0DD;&#xBB3C; &#xB9AC; &#xD2B9;&#xC131;&#xD654;&#xB97C; &#xD1B5;&#xD574; BPTF&#xC5D0;&#xC11C; &#xBC15;&#xC0AC; &#xD559;&#xC704;&#xB97C; &#xC778;&#xC811; &#xD55C; bromodomain&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xC704;&#xD574;&#xB294;. Bromodomain &#xD3A9;&#xD0C0;&#xC774;&#xB4DC; &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC138; &#xAC00;&#xC9C0; &#xAC00;&#xB2A5;&#xD55C; acetyllysines &#xAC00;&#xC6B4;&#xB370; &#xC81C;&#xD55C; &#xB41C; &#xCC28;&#xBCC4; &#xD45C;&#xC2DC;, &#xD558;&#xC9C0;&#xB9CC; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xC0AC;&#xC774;&#xD2B8;, H4K16ac, mononucleosome &#xC218;&#xC900;&#xC5D0;&#xC11C; h3k4me3&#xC640; &#xD568;&#xAED8;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC911; &#xD558;&#xB098;&#xC5D0; &#xB300; &#xD55C; &#xD45C;&#xC2DC; &#xB41C; &#xC120;&#xD0DD;&#xB3C4; &#xAD00;&#xCC30; &#xB429;&#xB2C8;&#xB2E4;. &#xC9C0;&#xC6D0;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB450; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xD45C;&#xC2DC; &#xBA85;&#xD655; &#xD558; &#xAC8C; &#xC778;&#xAC04;&#xC758; &#xC138;&#xD3EC;&#xC5D0;&#xC11C; &#xB2E8;&#xC77C; nucleosomal &#xB2E8;&#xC704; &#xB0B4;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC0C1;&#xC8FC; &#xD558;&#xB294; &#xB3C5;&#xD2B9;&#xD55C; &#xD2B8;&#xB79C;&#xC2A4;-&#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xD328;&#xD134;&#xC744; &#xAD6C;&#xC131; &#xD558; &#xACE0; &#xAC8C;&#xB188;&#xC5D0;&#xC11C; &#xC774;&#xB7EC;&#xD55C; &#xD45C;&#xC2DC;&#xC640; &#xD568;&#xAED8;&#xC774; &#xBAA8;&#xB4C8; colocalizes. &#xD568;&#xAED8;, &#xC6B0;&#xB9AC;&#xC758; &#xB370;&#xC774;&#xD130; nucleosomal &#xD328;&#xD134;&#xD654; &#xD560; &#xC911;&#xC694; chromatin &#xD611;&#xD68C; &#xC9C0;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xACF5;&#xC720; &#xD45C;&#xC2DC;&#xC5D0; &#xC8FC;&#xC758; &#xD638;&#xCD9C; &#xD569;&#xB2C8;&#xB2E4;.

&#xB610;&#xD55C; &#xC0C1;&#xD638; &#xC791;&#xC6A9;&#xC744; &#xD1B5;&#xD574; BPTF&#xC5D0; &#xC758;&#xD574; mononucleosomal &#xD788;&#xC2A4;&#xD1A4; &#xC218;&#xC815; &#xD328;&#xD134; &#xC778;&#xC2DD;.

Poco se sabe sobre c&oacute;mo se interpretan los combinaciones de histona marcas a nivel de nucleosomas. El segundo dedo de doctorado de la BPTF humana se sabe reconocer espec&iacute;ficamente la histona H3 cuando metilado en lisina 4 (H3K4me2/3). Aqu&iacute; examinamos c&oacute;mo modificaciones heterot&iacute;picos influir en la Uni&oacute;n BPTF. Usar a sustitutos de p&eacute;ptido, tres ligandos acetyllysine son identificados para un doctorado adyacentes bromodominios en BPTF trav&eacute;s de cribado sistem&aacute;tico y caracterizaci&oacute;n Biof&iacute;sica. Aunque la bromodominios muestra discriminaci&oacute;n limitada entre los tres posibles acetyllysines en el nivel del p&eacute;ptido, se observa marcada selectividad para s&oacute;lo uno de estos sitios, H4K16ac, en combinaci&oacute;n con H3K4me3 a nivel mononucleosome. En apoyo, estas dos marcas de histonas constituyen un patr&oacute;n de modificaci&oacute;n de histonas trans &uacute;nica que inequ&iacute;vocamente reside en una sola unidad nucleosomal en c&eacute;lulas humanas, y este m&oacute;dulo colocalizes con estas marcas en el genoma. Juntos, nuestros datos llaman la atenci&oacute;n sobre nucleosomal patrones de marcas covalentes en que dictan las asociaciones de cr&iacute;ticos de la cromatina.

Reconocimiento de un patr&oacute;n de modificaci&oacute;n histona mononucleosomal por BPTF mediante interacciones multivalentes.

&#x8F6C;&#x5F55;&#x7684;&#x94F6;&#x5C51;&#x75C5;&#x5206;&#x6790;&#x4F7F;&#x7528; RNA seq &#x63ED;&#x793A;&#x4E86;&#x5148;&#x524D;&#x4E0D;&#x660E;&#x8EAB;&#x4EFD;&#x5DEE;&#x5F02;&#x8868;&#x8FBE;&#x57FA;&#x56E0;&#x3002;

Transcriptional profiling of psoriasis using RNA-seq reveals previously unidentified differentially expressed genes.

Transcription de profilage du psoriasis &agrave; l&#39;aide de RNA-seq r&eacute;v&egrave;le non identifi&eacute;s auparavant diff&eacute;rentiellement g&egrave;nes exprim&eacute;s.

Transkriptionelle Profilerstellung von Psoriasis mit RNA-Seq enth&uuml;llt identifizierten differenziell ausgedr&uuml;ckt Gene.

Transcriptional profilatura della psoriasi utilizzando RNA-seq rivela non precedentemente identificato differenzialmente espressi geni.

&#x8EE2;&#x5199;&#x30D7;&#x30ED;&#x30D5;&#x30A1;&#x30A4;&#x30EA;&#x30F3;&#x30B0;&#x4E7E;&#x766C;&#x306E;&#x7279;&#x7570;&#x7684; RNA seq &#x660E;&#x3089;&#x304B;&#x306B;&#x4EE5;&#x524D;&#x306F;&#x672A;&#x78BA;&#x8A8D;&#x3092;&#x7528;&#x3044;&#x305F;&#x907A;&#x4F1D;&#x5B50;&#x8868;&#x73FE;&#x3002;

Scott Dewell

Genomics Resource Center

Rockefeller University

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

Scott Dewell

.css-o250i3{font-size:18px;font-family:Open Sans,sans-serif;line-height:21.6px;}Genomics Resource Center

Rockefeller University

PAR-CliP - A Method to Identify Transcriptome-wide the Binding Sites of RNA Binding Proteins

Genomics Resource Center