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要約

強化されたイースト 1 ハイブリッド スクリーニング興味の人間 DNA 領域にバインドできる転写因子 (TFs) を識別するためにプロトコルを紹介します。このメソッドのバインディングを問い合わせたりすることができます高速スクリーニング パイプラインを使用して > 単一の実験で 1,000 TFs。

要約

各人間の遺伝子を調節する転写因子 (TFs) のセットを識別するは、多数の実験と計算のアプローチの統合を必要とする困難な作業です。このような 1 つの方法は、酵母 1 ハイブリッド (Y1H) 試金、TFs と DNA の相互作用の領域、レポーター遺伝子を用いた酵母核の環境でテストします。Y1H アッセイを含む 2 つのコンポーネント: 'DNA-餌' (例えば.、プロモーター、エンハンサー、サイレンサー等) と ' TF-犠牲、' レポーター遺伝子の活性化のため上映することができます。Y1H 画面を実行する最も公開されたプロトコルは DNA 餌酵母に TF 獲物ライブラリまたは配列の変換に基づいています。ここでは、パイプラインについて述べる、強化された Y1H と呼ばれる (eY1H) 試金、TF 獲物系統高密度配列を使用して配列コレクションを持つ DNA 餌株を交配による TF DNA の相互作用を尋問するところ、1,536 のスクリーニングができる (HDA) ロボットプラット フォームコロニーの形式です。これにより、スループットが劇的に増加 (60 DNA 餌系列 > 1,000 TFs 研究員あたり 2 週間はかかる) と再現性。画面とそれらの解決方法の中に発生する問題の例と同様、1,086 人間 TFs の配列に対してヒトプロモーター配列をテストすることによって期待される結果の種類を示しています。

概要

バイオメディカル分野で中心的な問題は、各人間の遺伝子を調整するメカニズムを決定します。転写は遺伝子発現を制御する最初のステップと対象の各遺伝子は、転写因子 (TFs) の規制を受けます。人間はエンコードのことを考える > 1,500 TFs1、2、各遺伝子の発現を制御する TFs の完全なセットを識別する開かれた挑戦に残る。

TF DNA の相互作用をマップする 2 種類の方法を使用できます: TF 中心と DNA の方法3 (図 1 a)。TF を中心とした方法でまたは DNA 結合特異性を決定するゲノム DNA 領域にバインドするための関心の TF がプローブされます。これらのメソッドには、クロマチン免疫沈降 (チップ) 続いて高スループット シーケンス、タンパク質結合マイクロ アレイと SELEX4,5,6が含まれます。DNA を中心とした方法では、DNA 配列に結合する TFs のセットを決定する興味の DNA シーケンスがプローブされます。このようなメソッドの中で最も広く応用イースト 1 ハイブリッド (Y1H) 試金、TFs と DNA の相互作用の地域、レポーター遺伝子7,8,9を使用して酵母核の環境でテスト済みです。

Y1H アッセイを含む 2 つのコンポーネント: 'DNA-餌' (例えば、プロモーター、エンハンサー、サイレンサー等) と ' TF-犠牲、' レポーター遺伝子活性化9,10 (図 1 b) を上映することができます。DNA の餌は上流のクローン作成 2 つのレポーターの遺伝子 (LacZおよびHIS3) および両方の DNA bait::reporter 構造、chromatinized 'DNA 餌系統 ' を生成する酵母ゲノムに統合されて。TF DNA の相互作用のために採取する DNA 餌ひずみに TF 獲物、Gal4 TF、酵母の活性化ドメイン (AD) 融合した TF を表現するプラスミッドで符号化を導入します。TF 獲物は餌 DNA シーケンスにバインドされた場合 TF 獲物で存在の広告は、この両方のレポーターの遺伝子の活性化に します。その結果、肯定的な相互作用を持つ細胞をプレート 3-アミノ-1,2,4-トリアゾール (3 AT)、競争の阻害剤を克服し同様、ヒスチジンに欠けている成長のための選択および X gal の存在下で青いコロニーとして視覚化できます。強力な酵母 Gal4 AD を使用すると、Y1H のアッセイは、リプレッサーと同様に、転写活性化因子の相互作用を検出できます。さらに、TF-犠牲が強い酵母プロモーター (ADH1) から出されることを考えるは、TFs 低内因性発現レベルが、チップ11,12の検出に挑戦しているのも相互作用を検出できます。

Y1H アッセイを行うため最も公開プロトコル選択、ピッキング、コロニーおよび相互作用の TF を識別するために配列することによって続いてプールの TF 獲物ライブラリを変換することによって酵母 DNA 餌に TF-犠牲を導入することに基づいています。個々 の変換8,9のクローンを作成します。これらは、時間のかかるプロトコル、研究員あたりテストすることができます DNA シーケンスの数を制限することです。呼ばれる、Y1H のアッセイの最近の改善強化 Y1H (eY1H) が DNA 餌酵母酵母のコレクションにそれぞれ異なる表現をチームメイトに高密度配列 (HDA の) ロボット プラットフォームを用いたスクリーニングのスループットを大幅に増加TF 獲物10,13 (図 1)。これらの画面は、唯一の 3 つのプレートを使用して 4 連で最も人間 TFs をテストするを許可する 1,536 コロニー形式を採用しています。さらに、TF DNA の相互作用は一対にテスト、ことを考えるこのアプローチ (2 つの非翻訳一塩変形) など DNA 餌とは別の TFs の間の相互作用を比較することができますまたは TF バリエーション11,12。 ,14。

EY1H の試金を使用して、最大の人間と DNA を中心とした TF DNA 相互作用ネットワークに日の線虫を線引きが。特に、246 人間発生エンハンサーと 283 の TFs122,230 相互作用を同定しました。さらに、109 単一のヌクレオチド非コード バリエーション発達奇形、がん、神経疾患などの遺伝病に関連付けられている変更した TF バインディングを明らかにする eY1H のアッセイを採用しました。もっと最近、2,576 c. の elegans遺伝子プロモーターと 366 の TFs1121,714 相互作用で構成されるネットワークを記述する eY1H を使用しました。このネットワークはc. の elegans TFs の数十の機能的役割を明らかにするため尽力しました。

DNA の餌の汚れを生成、バック グラウンド レポーターの活動のレベルを評価するプロトコルがされている15,16,17は別途報告します。ここでは、1,086 人間 TFs の配列に対して任意の人間ゲノム DNA の領域を画面に使用することができます eY1H パイプラインについて述べる。一度酵母 DNA 餌ひずみが生成され、対応するプレートの上に TF 獲物配列を発見、プロトコル全体は 2 週間 (表 1) で実行できます。もっと重要なは、単一の研究者は同時に 60 餌 DNA シーケンスを選別できるようにプロトコルを並列化できます。プロトコルを示すためには、我々 は CCL15 と IL17F の 2 つのサイトカイン遺伝子のプロモーターを上映しました。さらに、eY1H 試金およびそれらの解決方法を実行する場合に発生する可能性のある問題の種類を説明するために失敗した画面からの結果を示す.

プロトコル

1. 準備

  1. Sc −U アリルメ プレート (150 mm ペトリ皿)
    注:これらのプレートは、DNA 餌酵母菌の成長のために使用されます。
    1. ドロップ アウト ミックス、イースト窒素ベース (YNB)、アデニン hemisulfate 920 mL の水、5.9 (メディアのリットル当たり 1 mL; 構成の表 2を参照してください約) 5 M NaOH で pH のアンモニウムの硫酸塩を溶解します。2 L フラスコに注ぎ、攪拌棒を追加します。
    2. 2 番目の 2 L フラスコで 950 mL の水に寒天を追加 (オートクレーブで沸騰して寒天が発生するので攪拌棒を追加しないでください)。
    3. 液体のサイクルで 15 psi で 40 分間オートクレーブします。
    4. すぐにフラスコを含む寒天培地に攪拌棒を含む最初のフラスコの中身を注ぐ。グルコースを追加撹拌プレートによく混合し、55 ° C の水浴中にクールします。
    5. ロイシンとトリプトファンをメディアに追加します。撹拌プレートによく混ぜ、150 mm 滅菌シャーレ (一皿 〜 80 mL) に注ぐ。室温で 3-5 日間の乾燥、ポリ袋でラップし、常温で 6 ヶ月保存します。
  2. YAPD 長方形プレート
    注:これらのプレートは、DNA 餌ひずみと配列のコレクションに TF と交尾のための芝生の成長のために使用されます。
    1. 粉末 (組成は表 3を参照)、寒天を除いて 2 L フラスコに水 950 mL に溶解し、攪拌棒を追加します。
    2. 2 番目の 2 L フラスコで 950 mL の水に寒天を追加 (オートクレーブで沸騰して寒天が発生するので攪拌棒を追加しないでください)。
    3. 液体のサイクルで 15 psi で 40 分間オートクレーブします。
    4. すぐにフラスコを含む寒天培地に攪拌棒を含む最初のフラスコの中身を注ぐ。
    5. グルコースを追加撹拌プレートと 55 ° C にクール ミックス長方形の板にメディアを注ぐ (材料の表を参照してください; プレートごと 〜 70 mL) 蠕動ポンプ (5 mL/秒) と 6 mm のチューブを使用して。常温で 1 日乾燥、ポリ袋でラップし、6 ヶ月、冷蔵室で保存します。
      注: 推奨メディア ボリュームは、プレートごと 70 mL は、プレートごとの 50-80 mL を使用できます。注いで板の 1 時を考慮する 3 つの重要な問題) 寒天メディア プレート全体で同じ厚さになるよう、平準化する (プレート注ぐため平準化されたテーブルまたはサーフェスを使用して、7 つ以上のプレートのスタックに注がないこと)、2) 寒天中の気泡のないことを保証するメディア (泡をポップする滅菌針を使用して)、および 3) 1 日のみのプレートを乾燥し、酵母を固定での失敗を避けるためにビニール袋にプレートをラップします。
  3. Sc −Trp と Sc −U −Trp 長方形プレート
    注:これらのプレートは、TF 配列コレクション (Sc −Trp) の成長のためと交尾 (Sc −U −Trp) 後の二倍体酵母の選択に使用されます。
    1. ドロップ アウト ミックス、YNB、アデニン hemisulfate、水・ NaOH 5 M (メディアの 1 リットル当たり約 1 mL) で 5.9 pH 920 mL に硫酸アンモニウムを解散 (組成は表 4を参照)。2 L フラスコに注ぎ、攪拌棒を追加します。
    2. 2 番目の 2 L フラスコで 950 mL の水に寒天を追加 (オートクレーブで沸騰して寒天が発生するので攪拌棒を追加しないでください)。
    3. 液体のサイクルで 15 psi で 40 分間オートクレーブします。
    4. すぐにフラスコを含む寒天培地に攪拌棒を含む最初のフラスコの中身を注ぐ。グルコースを追加撹拌プレートによく混合し、55 ° C に冷却
    5. ロイシン、ヒスチジン、およびウラシル (Sc −U −Trp プレートのウラシルの省略) を追加します。
    6. 撹拌プレートによく混ぜ、長方形プレート (プレートごと 〜 70 mL) に注ぐ蠕動ポンプ (5 mL/秒) と 6 mm のチューブを使用しています。室温で 1 日乾燥、ビニール袋でプレートをラップし、3 ヶ月の冷蔵室で保存します。
  4. Sc −U アリルメ −Trp + 3AT + X gal 長方形プレート
    注:    これらのプレートは eY1H の試金のための読み出しプレートとして使用されます。
    1. ドロップ アウト ミックス、YNB、アデニン hemisulfate、850 mL の水に硫酸アンモニウムを解散 (構成の表 5を参照)。PH ではないか。2 L フラスコに注ぎ、攪拌棒を追加します。
    2. 2 番目の 2 L フラスコで 850 mL の水に寒天を追加 (オートクレーブで沸騰して寒天が発生するので攪拌棒を追加しないでください)。
    3. 液体のサイクルで 15 psi で 40 分間オートクレーブします。
    4. 900 mL の水、Na2HPO4∙7H2O の 70 g、34.5 g NaH2PO4∙H2O. ミックス粉末を溶解し、5 M NaOH を使用して 7.0 に pH を合わせなさい攪拌棒を使用してを組み合わせることにより府塩 (1 L) × 10 を準備します。1 L とオートクレーブにもたらすための水を追加します。
    5. 42.5 mL ジメチル ホルムアミドを含む 50 mL プラスチック チューブに X gal パウダー 3.5 g を追加して X gal ソリューションを準備します。簡単に解散するジメチル ホルムアミドに X gal 粉末を追加 (これは 30 分かかります)。(使用不透明な 50 ml のチューブやアルミホイルでカバー) 暗闇の中で原液を維持します。-20 ° C にてストア
    6. すぐにフラスコを含む寒天培地に攪拌棒を含む最初のフラスコの中身を注ぐ。ブドウ糖を追加 BU 塩 (構成の表 5を参照)、x 10 撹拌プレートによくミックス 55 ° C に冷却し、
    7. ロイシン、3AT と X gal (構成の表 5を参照) を追加します。
    8. 撹拌プレートによく混ぜ、長方形プレート (プレートごと 〜 70 mL) に注ぐ蠕動ポンプ (5 mL/秒) と 6 mm のチューブを使用しています。室温で 1 日乾燥ビニール袋、ラップやアルミホイルで覆われた冷蔵室で保存 (3AT と X gal が光に敏感) まで 1 ヶ月。

2. TF 配列のスポッティング

  1. TF 獲物配列を融解
    1. 雪解けの氷に TF 獲物配列を持つ酵母グリセロール ストック プレート。
      注:以前に発行された10,12,13,18として TF 獲物配列を生成できます。
    2. 次のステップの前に 1-3 分以内で 12 チャンネル ピペットを使用して酵母を再懸濁します。
  2. 長方形板の Sc −Trp に酵母をスポッティング
    1. HDA ロボット (材料の表を参照)、選択 96 ウェルプレート ソース、ターゲット、および 96 長期ピンパッドと 96 の寒天。
      注:Pin パッドは、再利用可能なない、破棄する必要があります。
    2. 96 ウェル プレートあたりの 2 つのコピーを作成する多くの複製プログラムを選択します。ごみ箱を使用しない、またはフリーズされた在庫のバックの汚染を避けるためにオプションを再訪します。
    3. 酵母を混ぜてソースに、上下に旋回するためのオプションを選択します。
    4. 斑点を付けられた配列をバッグし、インキュベート寒天側を 30 ° C で 2-3 日。
  3. Sc −Trp 長方形板で 384 のコロニーの配列を生成します。
    1. ロボットのソース、ターゲットとして寒天培地 384 と 96 の短い pin パッドとして 96 寒天を選択します。
    2. 1:4 配列のプログラムを選択します。この方法で (別の TF をそれぞれ含む) 4 96 コロニー プレートは 1 384 植民地板に統合されます。ごみ箱を使用しない、または異なるプレートの間の汚染を防止するためのオプションを再訪します。
    3. バッグ プレートとインキュベートする斑点を付けられた 384 コロニー アレイ寒天側を 30 ° C で 2 日間。
  4. Sc −Trp 長方形板で 1,536 コロニーの配列を生成します。
    注:これは各 TF 獲物の 4 つの植民地を含む配列になります。
    1. ロボットのソース、ターゲットとして 1,536 寒天 384 短い pin パッドと 384 寒天を選択します。
    2. 1:4 の試金の単一のソース プログラムを選択します。目標は、quadruplicates を取得する 4 つのコロニーに各コロニーをコピーします。ごみ箱を使用し、4 回各植民地のコピーを行うとオプションを再訪します。
    3. バッグ プレートとインキュベートする斑点を付けられた 1536 コロニー アレイ寒天側を 30 ° C で 3 日間。
  5. Sc −Trp 長方形板で 1,536 コロニー配列を増幅
    1. ロボットのソース、ターゲットとして 1,536 寒天、1,536 短い pin パッドとして 1,536 寒天を選択します。
    2. 3-4 のコピーを複製する複製の多くのプログラムを選択します。ごみ箱を使用してオプションを再訪、交差汚染を避けるために配列の異なるプレートへの切り替え時にパッドを捨てます。
    3. バッグ プレートと手順 (下記参照) を交配に使用する 3 日間の 30 ° c を斑点を付けられた 1536 コロニー アレイ寒天側を孵化させなさい。その後、スクリーニングの新しいラウンドの 7 日後に再び常温、コピー版を維持します。

3. eY1H 画面

  1. 交配のため DNA 餌ひずみの芝生を準備します。
    1. Sc −U アリルメ プレートに DNA 餌株酵母を発見し、30 ° C で 3 日間の成長
    2. 各プレートは、12-16 異なる系統を収まるように、生殖不能のつまようじを使用して Sc −U アリルメ プレート 15 cm に酵母を連勝します。1 日 30 ° c. で孵化させなさい
    3. 各プレートは、4 の異なる系統を収まるように、生殖不能のつまようじを使用して Sc −U アリルメ プレート 15 cm に酵母を連勝します。30 ° C で 1 日間インキュベートします。
    4. ない任意の寒天をこすりし、1.5 管 500 μ L の滅菌水に追加に確かめる生殖不能のつまようじを使用して酵母をこすり。
    5. YAPD 長方形板に 10-15 滅菌ガラス ビーズを追加します。プレートの上に酵母液を追加し、徹底的に酵母をすべてのプレートを介して広がるように 1 分のすべての方向に振る。
    6. すぐに板を反転し、ビーズが蓋に行くようにするをタップします。削除し、ビーズをリサイクルします。
    7. プレートの袋し、30 ° C で 1-2 日間ダウン寒天側をインキュベート交配の手順に進みます。
  2. 酵母 DNA 餌と TF 配列の系統の交配
    1. YAPD 長方形プレートにロボットと TF の配列を転送します。ソースとターゲット、1,536 短い pin パッドと 1,536 寒天プレートを選択します。多くの複製プログラムを選択します。配列にある各 TF のプレートは、(配列の枚数) に応じて 3-4 YAPD プレートに転送する使用できます。交配用 TF 配列板は生後 2-3 日をする必要がありますが、もっと交配としては効率的かもしれません。
    2. DNA の餌ひずみの芝生をすでにロボットと TF 配列を含む YAPD プレートに転送します。ソースとターゲット、1,536 短い pin パッドと 1,536 寒天プレートを選択します。多くの複製プログラムを選択します。~0.6 mm の半径を持つソースにランダムなオフセットを使用して、同じ場所から酵母の服用を避けるし、酵母菌との間の接触を容易にターゲット上でミックスします。ソースとターゲットとして 3.2.1 のステップで発見 TF 配列を含む YAPD プレートとして DNA 餌系統 (セクション 3.1) を含む芝生を使用します。
    3. バッグ プレートとインキュベート寒天側を 30 ° C で 1 日。
  3. 二倍体酵母の選択
    1. YAPD プレートから嵌合酵母を転送すると、ロボットと Sc −U −Trp プレート。ソースとターゲット、1,536 短い pin パッドと 1,536 寒天プレートを選択します。複製プログラムを選択します。ソースとターゲットをミックスします。
    2. バッグ プレートとインキュベート寒天側を 30 ° C で 2-3 日 (長い潜伏は高いバック グラウンド レポーターの活動につながる)。
  4. 転送読み出しプレート
    1. Sc −U −Trp プレートから読み出し長方形板 Sc −U アリルメ −Trp + 5 mM 3AT 0.4 mM X gal のロボットを使用してに二倍体酵母を転送します。ソースとターゲット、1,536 短い pin パッドと 1,536 寒天を選択します。複製プログラムを選択します。
    2. バッグ プレートとインキュベート寒天側を 30 ° C で 7 日前まで。
  5. 読み出しプレートのイメージング
    1. DNA の餌の高いバック グラウンド レポーターの活動と、2、3、および 4 の日に写真を撮る。そうしないと、4 と 7 日間で写真を撮る。肯定的な相互作用イースト コロニーの成長とブルーの色によって識別され、手動で決定することができます。 またはイメージ解析ソフトウェアを使用して決定できます。

結果

EY1H 試金から結果の分析と 3 つの主な要因を考慮すべき: DNA 餌ひずみのバック グラウンド レポーターの活動、TF DNA の相互作用、および肯定的なコロニーの数に対応するレポーターの活動の強さ。DNA の餌ひずみのバック グラウンド レポーターの活動 (すなわち、autoactivity) は、全体的な成長と TF 獲物がない場合でも、読み出しプレートの酵母コロニーの色を指します。理想的には、非 autoacti...

ディスカッション

ここで大きく説明ロボット eY1H 交尾スクリーニング アプローチは、以前のライブラリ スクリーニングと比較して興味や変換に基づく配列スクリーニング アプローチの DNA 領域にバインド TFs のセットを識別するためにスループットを向上します。アッセイは、TF ごとにテストしたすべての 4 つの植民地のために積極的、相互作用の 90% は同じ酵母 DNA 餌ひずみ10の独立した画...

開示事項

著者は、彼らは競合する金銭的な利益があることを宣言します。

謝辞

この作品は、健康の国民の協会 [J.I.F.B. に R35-GM128625] によって支えられました。

資料

NameCompanyCatalog NumberComments
3-Amino-1,2,4-triazole (3AT) ~95 % TLCSigmaA8056-100GCompetitive inhibitor for products of HIS3 gene
Adenine sulfate (hemisulfate), dihydrateUS BiologicalsA0865Required for proper yeast growth
Agar High Gel Strength - Bacteriological gradeAmerican International ChemicalAGHGUPNutritive media for yeast growth
Ammonium SulfateUS BiologicalsA1450Nitrogen source in synthetic yeast media
D+ Glucose AnhydrousUS BiologicalsG3050Required for yeast growth
Drop-Out Mix minus His, Leu, Tryp and Uracil, adenine rich w/o yeast nitrogen baseUS BiologicalsD9540-02Synthetic complete media required for yeast growth
edge Multiparameter pH MeterHanna InstrumentsHI2020-01To measure pH of selective media
Flat Toothpicks 750 ctDiamondTo streak yeasts on petridishes
Glass BeadsWalter Stern100CTo spreak yeast when making lawns
Glycerol ≥99%Millipore SigmaG9012-1LRequired to make frozen yeast stocks
L-HistidineUS BiologicalsH5100For yeast growth selection in selective media
L-LeucineUS BiologicalsL2020-05For yeast growth selection in selective media
L-TryptophanSigmaT-0254For yeast growth selection in selective media
N,N-DimethylformamideSigma319937-1LTo make X-gal solution
Omnipense EliteWheatonW375030-AFor dispensing accurate volumes of media into Singer plates
Peptone, BacteriologicalAmerican International ChemicalPEBAUPProtein source required for yeast growth
Petri Dish, 150 mm x15 mmVWR10753-950For growing yeast baits for screening
PlusPlatesSinger InstrumentsPLU-003To make rectangular agar plates to use with Singer Robot
Precision Low Temperature BOD Refrigerated IncubatorThermoFisher ScientificPR205745RTo incubate yeast plates at constant temperature
RePads 1,536 shortSinger InstrumentsREP-005To transfer the TF-prey array, mate yeast, and transfer yeast to diploid selection and readout plates
RePads 384 shortSinger InstrumentsREP-004To transfer TF-prey array from 384 to 1,536 colony format
RePads 96 longSinger InstrumentsREP-001To transfer TF-prey array from glycerol stock to agar plate
RePads 96 shortSinger InstrumentsREP-002To transfer TF-prey array from 96 to 384 colony format
Singer HDA RoToR robotSinger InstrumentsFor transfering yeast in high-throughput manner
Sodium Hydroxide (Pellets/Certified ACS)FisherS318-1For adjusting pH of selective media
Sodium Phosphate dibasic heptahydrateSanta Cruz Biotechnologysc-203402CRequired for LacZ reporter activity on X-gal 
Sodium Phosphate monobasic monohydrateSanta Cruz Biotechnologysc-202342BRequired for LacZ reporter activity on X-gal 
UracilSigmaU0750-100GFor yeast growth selection in selective media
X-gal (5-Bromo-4-chloro-3-indoxyl-beta-Dgalactopyranoside)Gold BiotechnologyX4281C100β-galactosidase turns colorless X-gal blue to detect protein-DNA interaction
Yeast ExtractUS BiologicalsY2010Nutritious medium for growth and propagation of yeast
Yeast Nitrogen Base (powder) w/o AA, carbohydrate and w/o AS US BiologicalsY2030Required for vigorous yeast growth

参考文献

  1. Vaquerizas, J. M., Kummerfeld, S. K., Teichmann, S. A., Luscombe, N. M. A census of human transcription factors: function, expression and evolution. Nature Reviews Genetics. 10 (4), 252-263 (2009).
  2. Lambert, S. A., et al. The Human Transcription Factors. Cell. 172 (4), 650-665 (2018).
  3. Arda, H. E., Walhout, A. J. Gene-centered regulatory networks. Briefings in Functional Genomics. 9 (1), 4-12 (2010).
  4. Jolma, A., et al. DNA-binding specificities of human transcription factors. Cell. 152 (1-2), 327-339 (2013).
  5. Bulyk, M. L., Gentalen, E., Lockhart, D. J., Church, G. M. Quantifying DNA-protein interactions by double-stranded DNA arrays. Nature Biotechnology. 17 (6), 573-577 (1999).
  6. Robertson, G., et al. Genome-wide profiles of STAT1 DNA association using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing. Nature Methods. 4 (8), 651-657 (2007).
  7. Li, J. J., Herskowitz, I. Isolation of ORC6, a component of the yeast origin recognition complex by a one-hybrid system. Science. 262 (5141), 1870-1874 (1993).
  8. Sewell, J. A., Fuxman Bass, J. I. Options and Considerations When Using a Yeast One-Hybrid System. Methods in Molecular Biology. 1794, 119-130 (2018).
  9. Fuxman Bass, J. I., Reece-Hoyes, J. S., Walhout, A. J. Gene-Centered Yeast One-Hybrid Assays. Cold Spring Harbor Protocols. (12), (2016).
  10. Reece-Hoyes, J. S., et al. Enhanced yeast one-hybrid assays for high-throughput gene-centered regulatory network mapping. Nature Methods. 8 (12), 1059-1064 (2011).
  11. Fuxman Bass, J. I., et al. A gene-centered C. elegans protein-DNA interaction network provides a framework for functional predictions. Molecular Systems Biology. 12 (10), 884 (2016).
  12. Fuxman Bass, J. I., et al. Human gene-centered transcription factor networks for enhancers and disease variants. Cell. 161 (3), 661-673 (2015).
  13. Reece-Hoyes, J. S., et al. Yeast one-hybrid assays for gene-centered human gene regulatory network mapping. Nature Methods. 8 (12), 1050-1052 (2011).
  14. Sahni, N., et al. Widespread macromolecular interaction perturbations in human genetic disorders. Cell. 161 (3), 647-660 (2015).
  15. Fuxman Bass, J. I., Reece-Hoyes, J. S., Walhout, A. J. Generating Bait Strains for Yeast One-Hybrid Assays. Cold Spring Harbor Protocols. (12), (2016).
  16. Fuxman Bass, J. I., Reece-Hoyes, J. S., Walhout, A. J. Colony Lift Colorimetric Assay for beta-Galactosidase Activity. Cold Spring Harbor Protocols. (12), (2016).
  17. Fuxman Bass, J. I., Reece-Hoyes, J. S., Walhout, A. J. Zymolyase-Treatment and Polymerase Chain Reaction Amplification from Genomic and Plasmid Templates from Yeast. Cold Spring Harbor Protocols. (12), (2016).
  18. Deplancke, B., et al. A gene-centered C. elegans protein-DNA interaction network. Cell. 125 (6), 1193-1205 (2006).
  19. Reece-Hoyes, J. S., et al. Extensive rewiring and complex evolutionary dynamics in a C. elegans multiparameter transcription factor network. Molecular Cell. 51 (1), 116-127 (2013).
  20. Carrasco Pro, S., et al. Global landscape of mouse and human cytokine transcriptional regulation. Nucleic Acids Research. 46 (18), 9321-9337 (2018).
  21. Whitfield, T. W., et al. Functional analysis of transcription factor binding sites in human promoters. Genome Biology. 13 (9), R50 (2012).
  22. Fuxman Bass, J. I., et al. Transcription factor binding to Caenorhabditis elegans first introns reveals lack of redundancy with gene promoters. Nucleic Acids Research. 42 (1), 153-162 (2014).
  23. Hens, K., et al. Automated protein-DNA interaction screening of Drosophila regulatory elements. Nature Methods. 8 (12), 1065-1070 (2011).
  24. Gubelmann, C., et al. A yeast one-hybrid and microfluidics-based pipeline to map mammalian gene regulatory networks. Molecular Systems Biology. 9, 682 (2013).
  25. Brady, S. M., et al. A stele-enriched gene regulatory network in the Arabidopsis root. Molecular Systems Biology. 7, 459 (2011).
  26. Pruneda-Paz, J. L., et al. A genome-scale resource for the functional characterization of Arabidopsis transcription factors. Cell Reports. 8 (2), 622-632 (2014).
  27. Burdo, B., et al. The Maize TFome--development of a transcription factor open reading frame collection for functional genomics. The Plant Journal. 80 (2), 356-366 (2014).

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