Conversion of Time Points to Lifeline Points Using the Python Conversion Functions and the CLOCCS Parameters

まず、ターミナルにコマンドを入力してConda環境をアクティブ化します。このコマンドを使用して、対話型の Python ノートブックを開きます。目的のフォルダーに新しい Python ノートブックを作成し、適切な名前を付けます。

次に、最初のセルでコマンドを実行して、位置合わせ関数を含む Python ファイルをインポートします。出芽データを細胞周期相データとして用いる場合。新しいセルでコマンドを実行して、各時点における出芽率を含むデータ フレームをインポートします。

次に、新しいセルに関数を入力して、出芽データを生存線ポイントのタイムスケールに合わせます。次に、新しいセルでコマンドを実行して、実験データ フレームをノートブックにインポートします。新しいセルに関数を入力して、実験データを生存線の時間ポイントスケールに合わせます。

次に、コマンドを新しいセルに入力して、生存線に位置合わせされたデータ・セットをダウンロードします。条件2のRNAseqから収集された出芽データは、分単位の整列されていないタイムスケールとライフラインポイントの整列したタイムスケールの両方について、時間の経過に伴う突き合わせの割合を示しました。選択された時点についてプロットされた条件2データセットについて収集されたフローサイトメトリーデータは、データがアライメントによって決定された位相と一致することを示した。