CUT&RUNシーケンシングデータの入門解析と検証

私たちの研究は、がんの開始と進行における反復DNA要素の役割を探求しています。これらの要素ががん発症のメカニズムに直接関与しているかどうか、もしそうなら、この情報を使用して患者の転帰を改善できるかどうかを尋ねます。転写または翻訳後クロマチンの変化などのエピジェネティックな因子の特徴と変化、および防御タンパク質によって捕捉されるDNAまたはRNAのクロマチンと配列の特定の局在での結合をバルクおよびシングルセル分解能の両方で捕捉するために、多くの次世代シーケンシング技術と解析パイプラインが開発されてきました。

私たちの分野で研究を進めるために使われている技術は、クロマチン上の修飾ヒストンや転写因子のゲノム位置をマッピングできる技術です。ここでは、この技術の中で最も関連性の高い手法は、CUT&RUNと呼ばれる手法です。公開されている多くのCUT&RUN解析パイプラインは、解析の流れを理解し、プロジェクトのための独自の解析パイプラインを開発したいバイオインフォマティクスの初心者にとっては比較的複雑です。

しかし、当社のCUT&RUN解析パイプラインは、単一のプログラム言語で段階的に開発されているため、フローの理解がはるかに容易で、論文掲載品質のデータを取得するための修正も容易で、バイオインフォマティクスの経験を積むことができます。私たちは、慢性的な二本鎖RNAの発現ががん発生における生体模倣回避と免疫療法率にどのように影響するか、また、TP53タンパク質が慢性二本鎖RNA発現と生体模倣回避をどのように制御できるかについての答えを見つけることに焦点を当てています。そして最後に、慢性的な二本鎖RNA発現と生体模倣回避プロセスを理解し、標的とすることで、免疫療法抵抗性がんを治療する方法を理解したいと考えています。