著者の方法を実証するための継続的な支援と夫人カタリーナZettlのおかげで博士マティアスマン。 この作品は、科学振興マックス·プランク協会によってサポートされていました。

1。計装必須<ol><li>マイクロダイセクションとサンプル溶解のための組織切片の作製<ol><li>サーモブロック99℃以下沸騰水と一緒にお風呂に設定。 </li><li>レーザ動作microdissector（例えばヤシ、ツァイス、ゲッティンゲン、ドイツ）。 </li><li>温度自動調節ベンチトップ遠心分離機、温度は20℃に設定</li><li>エッペンドルフ型処分チューブ用ラックで濡れ室（箱）。 </li><li> 37℃に設定したインキュベーター</li><li>マイクロスケール石英キュベット（0.1〜0.2ミリリットル）で近紫外光励起された蛍光の測定を可能にする蛍光光度計。 </li></ol></li></ol> 2。ソリューション<ol><li> 「組織溶解緩衝液」（TLB）：0.1 Mトリス-HCl、pH8.0、0.1 M DTT、0.5％（w / v）のポリエチレングリコール20,000、4％SDSである。 </li><li> UA液：0.1Mのトリス-HCl、8.5での8 M尿素。 1サンプル当たり1ミリリットルを準備します。 UAおよびIAA溶液は新たに調製日以内に使用しなければならない。 </li><li> IAAソリューション：0.05 M IUAにodoacetamide。 1サンプルあたり0.1ミリリットルを用意します。 </li><li>エンドプロテアーゼのLys-Cの原液。 </li><li>トリプシン、保存溶液。 </li><li> 「消化緩衝液」（DB）：0.05 Mトリス-HCl、8.5。 1サンプルあたり0.25ミリリットルを用意します。 </li><li> 「トリプトファン標準ソリューション &#39;：1ミリリットル脱イオン水に0.1μgのトリプトファン。 </li><li> 「アッセイ緩​​衝液B &#39;（ABB）：10mMトリス-HCl、pHは7.6。 </li><li>ブリットン·ロビンソン広域緩衝液（BRUB）の原液。 0.1 M CH 3 COOH、0.1 MH 3 PO 4、及び0.1 MH 3 BO 3を含有する溶液を調製し、必要なpHを1M NaOHで調整し、（2、4、5、6、および11）。使用前に脱イオン水で5倍に希釈する。 </li><li>脱イオン水中に1％（v / v）のCH 3 COOH：緩衝液。 </li><li>緩衝液B：脱イオン水60％（v / v）のCH 3 CN、1％（v / v）のCH3COOH。 </li></ol> 3。ピペットチップと &#39;StageTip&#39;列<ol><li>共同でEMPOREアニオン膜の6層を積層して、SAXチップ·カラムを準備MMON 0.2ミリリットルピペットチップ。サンプルあたり2 SAXチップの列を作る。 </li><li> 0.2ミリリットルピペットチップでEMPORE-C 18の3層を積層して「StageTip」を準備します。各サンプルの6段階のヒントを作る。 </li></ol> 4。マイクロダイセクションのための組織切片の調製とサンプル溶解<ol><li>ミクロトームでセクションをカット（スライスの厚さはサンプルによって異なります。通常マイクロダイセクションは、7月10日程度のスライスとよく動作します）。 </li><li> 45分間のUV光で膜スライド（MembraneSlide 1.0 PEN）を照射します。 </li><li> 2時間37℃で照射した膜スライドや乾燥のセクションをマウントします。 </li><li> 2.5分、1.5分、キシレン中で2連続したインキュベーションによってマウントされたセクションを脱パラフィン。連続した無水エタノールでインキュベーションし、70％エタノール、および水、1分間ずつ切片を再水和。 </li><li> 、20秒間、マイヤーのヘマトキシリン​​を持つセクションを染色1分、空気乾燥、水で洗い流してください。 </li><li>細胞を収集populatiレーザーキャプチャーマイクロダイセクションシステムを用いて、目的の上で。 PALM装置（Zeiss）を使用する場合は、接着剤のキャップ内のサンプル（接着剤キャップ200）を収集。 </li><li>キャップ内のマイクロダイセクション材料の上に、TLBの分量をピペット。チューブを閉じて、短い遠心分離によりサスペンションを収集します。溶解1時間攪拌しながら加熱ブロック中で99℃での顕微解剖した組織（600回転）。マイクロダイセクション組織の10 NLのためのバッファの3μlを使用する。 </li><li> 10分間18℃で16,000×gでの遠心分離により粗抽出物を明確にする。溶解物を-20℃で凍結保存することができる</li></ol> 5。試料処理<ol><li>液10μl未満がフィルターに残るまで、200限外濾過単位でのUAの液（法医学30K）および14,000×gで遠心分離して明確に溶解液を50μlまで混ぜる。通常、このステップでは、10〜15分の遠心分離を必要とします。 </li><li>限外濾過ユニットにUAの200μlのピペットおよび5.1のように遠心分離します。コレクションチューブを空にします。 </li><li>ピペット50 IAA溶液をμLおよび5.1のように、1分遠心のためのサーモミキサーで600rpmで混合します。 </li><li> 5.1のように限外濾過ユニットと遠心分離機にUA100μlのピペット。二回、この手順を繰り返します</li><li> 5.1での限外濾過装置や遠心分離機にDBを100μLを加える。二回、この手順を繰り返します。 </li><li>新しいコレクションチューブに濾過ユニットを転送します。ピペット40μL、DBエンドプロテアーゼのLys-C（1:100の総タンパク質比プロテイナーゼ）で、1分間サーモミキサーで600rpmで混合します。 18時間37℃で湿ったチャンバ内でユニットをインキュベートする。 </li><li>このような5.1のように、14,000×gでフィルタユニットを遠心分離する。 </li><li> 5.1のように、脱イオン水、遠心フィルターユニットのピペット160μL。プールされたフロースルー（5.7および5.8のステップは）エンドプロテイナーゼLysのCでリリースされたペプチドが含まれています</li><li>新しいコレクションチューブに限外濾過ユニットを転送します。 40μLを追加トリプシンでのDB（タンパク質比1:100酵素）と1分間サーモミキサーで600rpmで混合します。 4時間37℃で湿ったチャンバ内でユニットをインキュベートする。繰り返しますトリプシンペプチドを収集するために5.7と5.8を繰り返します。 </li></ol> 6。ペプチドの定量<ol><li>トリプトファン残基は溶媒に十分にアクセス可能であるため、タンパク質消化物中のペプチド含量の測定は、希釈緩衝液中で行うことができる。 </li><li>石英キュベットにABBの0.2ミリリットルをピペット「ブランク」のための発光スペクトルを記録します。 </li><li> ABBとキュベットと穏やかなミックスに、TSSの1μlをを追加することにより、0.1μgのステップを使用して検量線を作成。 </li><li>キュベットを清掃してください。 </li><li>サンプルをピペットスペクトル（サンプル）を記録。 </li><li>タンパク質およびペプチド濃度の計算 0.1μgのトリプトファンは、B得られたタンパク質の混合物中のトリプトファン含有量の平均1.1％を基準にして約9μgタンパク質（に対応するのでヒト細胞を溶解y）の消化物中のペプチド試料またはコンテンツ内のタンパク質含量は等しい。 <img alt="式（1）" fo:content-width="2.787in" fo:src="/files/ftp_upload/50589/50589eq1highres.jpg" src="/files/ftp_upload/50589/50589eq1.jpg" /> ここで、F（標準1）は0.1μgのトリプトファン標準の蛍光である。ペプチド含有量は、消化手順の収率の計算を可能にし、ペプチド分画および質量分析を以下に不可欠な情報を提供する。 </li></ol> 7。のLys-Cおよびトリプシンペプチドの分画<ol><li>それぞれBRUB pHが11とpHが5の0.2ミリリットルでのLys-Cおよびトリプシンで消化して得られたペプチド溶液を希釈する。 </li><li>遠心チューブ·アダプターのふたにおけるSAXチップカラムを組み立てる。 </li><li> BRUB、のLys-C peptiの分離のためのpH 11の0.1ミリリットルを、メタノール0.1ミリリットルで順次、1M NaOHを0.1ミリリットル、3回のSAXチップ·カラムを洗浄し、平衡化DESとBRUB、トリプシンペプチドのためのpHは5で。カラム材料を通る溶液の流れは、4,000×gでの遠心分離によって促進される。 </li><li>のLysの分離のための4; &#39;StageTips&#39; -ウォッシュとC 18平衡化-そしてその後で「StageTips &#39;、メタノール0.05ミリリットル、緩衝液Bの0.05ミリリットルとし、緩衝液Aの0.05ミリリットル6〜18を準備したがCペプチドおよびトリプシンペプチドの分離のため2。 </li><li> 「StageTip &#39; - C 18におけるSAXヒント列を組み立てます。平衡化SAXヒント - 列にサンプル溶液をロードし、3分間5000×gでカラムを遠心する。 </li><li>それぞれLYC-Cおよびトリプシンのサンプルに、BRUB、pHが11以上のpH 5の0.1ミリリットルで「ピペットチップ」のカラムを平衡化させます。 5000×gで遠心分離することにより流れを促進。 </li><li>次のC 18にSAXヒント列を転送- &#39;StageTip」。 </li><li> LysのCサンプルおよびBRUでBRUB pHが6,4、および2を有するペプチドの溶出を続けるトリプシンペプチドを含むサンプルのためのB型pHは2。 「StageTip &#39; -各溶出ステップは、別々のC 18を使用してください。 </li><li>緩衝液Aの0.05ミリリットルと「StageTips &#39; - C 18を洗う</li><li>質量分析計を用いて組み立てられたLCシステムへのサンプルの注入のために直接使用バイアルに緩衝液Bを0.05 mlの画分を溶出する。 </li></ol>

<ol>
	<li>Nagaraj, N., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Deep+proteome+and+transcriptome+mapping+of+a+human+cancer+cell+line.">Deep proteome and transcriptome mapping of a human cancer cell line.</a> Molecular systems biology. 7, 548 (2011).</li><li>Beck, M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+quantitative+proteome+of+a+human+cell+line.">The quantitative proteome of a human cell line.</a> Molecular systems biology. 7, 549 (2011).</li><li>Wisniewski, J. R., Dus, K., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteomic+workflow+for+analysis+of+archival+formalin-fixed+and+paraffin-embedded+clinical+samples+to+a+depth+of+10+000+proteins.+Proteomics.">Proteomic workflow for analysis of archival formalin-fixed and paraffin-embedded clinical samples to a depth of 10 000 proteins. Proteomics.</a> Clin. Appl. 7 (3-4), 225-233 (2013).</li><li>Magdeldin, S., Yamamoto, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+deciphering+proteomes+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+(FFPE)+tissues.">Toward deciphering proteomes of formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues.</a> Proteomics. 12 (7), 1045-1058 (2012).</li><li>Ostasiewicz, P., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Proteome,+phosphoproteome,+and+N-glycoproteome+are+quantitatively+preserved+in+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue+and+analyzable+by+high-resolution+mass+spectrometry.">Proteome, phosphoproteome, and N-glycoproteome are quantitatively preserved in formalin-fixed paraffin-embedded tissue and analyzable by high-resolution mass spectrometry.</a> J. Proteome Res. 9 (7), 3688-36700 (2010).</li><li>Wisniewski, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Universal+sample+preparation+method+for+proteome+analysis.">Universal sample preparation method for proteome analysis.</a> Nature. 6 (5), 359-362 (2009).</li><li>Wisniewski, J. R., Ostasiewicz, P., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=High+recovery+FASP+applied+to+the+proteomic+analysis+of+microdissected+formalin+fixed+paraffin+embedded+cancer+tissues+retrieves+known+colon+cancer+markers.">High recovery FASP applied to the proteomic analysis of microdissected formalin fixed paraffin embedded cancer tissues retrieves known colon cancer markers.</a> Journal of proteome research. 10 (7), 3040-3049 (2011).</li><li>Wisniewski, J. R., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extensive+quantitative+remodeling+of+the+proteome+between+normal+colon+tissue+and+adenocarcinoma.">Extensive quantitative remodeling of the proteome between normal colon tissue and adenocarcinoma.</a> Mol. Syst. Biol. 8, 611 (2012).</li><li>Wisniewski, J. R., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Consecutive+proteolytic+digestion+in+an+enzyme+reactor+increases+depth+of+proteomic+and+phosphoproteomic+analysis.">Consecutive proteolytic digestion in an enzyme reactor increases depth of proteomic and phosphoproteomic analysis.</a> Anal. Chem. 84 (6), 2631-2637 (2012).</li><li>Wisniewski, J. R., Zougman, A., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Combination+of+FASP+and+StageTip-based+fractionation+allows+in-depth+analysis+of+the+hippocampal+membrane+proteome.">Combination of FASP and StageTip-based fractionation allows in-depth analysis of the hippocampal membrane proteome.</a> J. Proteome Res. 8 (12), 5674-5678 (2009).</li><li>Rappsilber, J., Ishihama, Y., Mann, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stop+and+go+extraction+tips+for+matrix-assisted+laser+desorption/ionization,+nanoelectrospray,+and+LC/MS+sample+pretreatment+in+proteomics.">Stop and go extraction tips for matrix-assisted laser desorption/ionization, nanoelectrospray, and LC/MS sample pretreatment in proteomics.</a> Anal. Chem. 75 (3), 663-670 (2003).</li><li>Thompson, S. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+pre-analytical+factors+on+the+proteomic+analysis+of+formalin-fixed+paraffin-embedded+tissue.">Impact of pre-analytical factors on the proteomic analysis of formalin-fixed paraffin-embedded tissue.</a> Proteomics Clin. Appl. , (2012).</li></ol>

著者は、開示することは何もありません。

核酸配列決定及びマイクロアレイ技術に匹敵深さにプロテオミクス技術によりFFPE材料を研究する能力は、バイオマーカーや創薬ターゲットの発見に新しい展望を開きます。説明されたプロトコルは、特性評価および万タンパク質の規模で顕微解剖した細胞の集団のプロテオームの定量化を可能にします。顕微解剖の材料を使用する場合より少ない小さなデータセットを生成することができるが、おそらく多くの場合、それらはまた、貴重な臨床データを提供することができる。従って、試料のいずれかMED-FASP手順後、直接分析することができる以下の画分に分離することができる。 FASP手順は、プロテアーゼの任意のタイプと互換性があるので、他の酵素またはそれらの組合せは、タンパク質消化物6を用いることができる。 FFPE材料の品質は、分析の中で最も重要な問題であると思われる。私たちは、同じ起源の固定組織ことを経験したが、異なるから来ていますENTクリニックは、異なる特性を有していた。別の診療所から同様の物質がほとんど役に立たなかったのに対し、我々は高い収率でペプチドを生成することができた1のソースから組織を使用して。なお、塗布固定及び包埋手順ならびに保存条件は、臨床材料12の特性に影響を及ぼす主要な要因である可能性がある。そのためには、大規模なプロジェクトを開始する前に、いくつかのサンプルの特性を試験することをお勧めします。 多くの刊行物は、過去にFFPE材料の使用を報告した。しかしながら、これらの研究で同定されたタンパク質の数が1,000〜2,000以上のタンパク質が4を超えなかった。 10,000以上のタンパク質を含むヒト細胞特異的プロテオームの大きさを考えると、このような研究は、ほとんどのハウスキーピング機能に関与して非常に豊富なタンパク質に限ら非常に表面的な映像を提供することだけができました。我々のプロトコルは、臨床的または生物学的物質fの効率的な単離を可能にしますromは、組織を保存し、溶解、タンパク質プロセシングおよびペプチドの前分画のために最適化される。その結果、私たちのサンプル調製ワークフローは、ハイエンドの質量分析に結合されたときには、ほぼ完全なプロテオームへの洞察を可能にします。注目すべきは、これは微細なサンプル量の要件で可能です。 保存された組織を使用することの主な利点は、それらの相対的な広い利用可能性である。 FFPEサンプルを長年して数十年のためにアーカイブし、時​​には無用であると考え、今、プロテオミクス技術のおかげで、臨床研究のための非常に貴重な資料として表示されます。多くの病気は、FFPE材料の新鮮または凍結材料の調査を使用して研究することができるのに対し、希少疾患12を研究するために特に重要と思われる、サンプルの代表的なセットの集まりだった通常時間がかかります。

ホルムアルデヒドで固定し、パラフィン（FFPE）に埋め込むこと保全と臨床組織材料のpathomorphologic調査のための標準的な方法である。保存された組織の顕微鏡検査は、疾患に関連する形態学的変化の同定を可能にし、疾患関連抗原の発生の検出およびスコアリング。典型的には、FFPEサンプルの小さな部分のみがこれらの分析で使用されるので、臨床材料の大量のアーカイブされたままと研究の他のタイプで利用することができる。 最近の十年の間、生命科学の研究は、強力なプロテオミクス技術によって強化されている。この技術は、複雑なタンパク質混合物中のタンパク質の何千もの同定および定量を可能にします。技術の重要な特徴は、大規模分析のための材料の分だけ量が必要とされることである。最近のプロテオミクス研究は、タンパク質がほぼカンプの規模で研究することができることを実証デリートプロテオーム1、2。調査のこのタイプは、細胞の組成物および疾患において異常なレベルで存在するタンパク質のグループの同定におけるシステム全体の洞察を可能にします。これらの研究は、大質量分析能力を必要とし、一方、最近の研究は、特定の類似の程度は、測定3の一日以内に達成することができることを実証した。 比較的低いサンプル量の要件、保存の臨床サンプルの幅広い利用可能性は、（レビュー4を参照してください）FFPE材料のプロテオミクス探査を可能にする方法を開発するために、私たちと他の人を誘惑。我々は5固定組織からのタンパク質の定量的抽出を可能にするプロトコルを開発した熱処理下でホルマリン固定の可逆性を利用すること。我々は、固定手順は、タンパク質だけでなく、少なくともいくつかの翻訳後修飾だけを保存することが示されている。ホスホorylationおよびN-グリコシル化は、FFPEサンプル5を用いて研究することができるが、そのための前提条件は、十分に制御された組織の収集、記憶および固定条件である。次に、固定組織のレーザーキャプチャーマイクロダイセクションおよびプロテオミクスのための反応器ベースの検体処理6,7のための方法を最適化した。大腸がんでの大規模な研究では、臨床材料8からマイクロダイセクションからの7500のタンパク質の定量分析を可能にした。最後に、我々は連続した、二段階のタンパク質消化プロトコル9を適用することにより、顕微解剖材料の探査方法を改善している。単一の酵素を用いて消化共通の戦略と比較して、この手順は、よりユニークなペプチド配列の生成を可能にし、その結果として、タンパク質同定のより高い深さをもたらす。マイクロダイセクションヒト結腸腺腫の分析は、サンプル3当たり9500タンパク質の深さにプロテオーム解析が可能になった。このスタッド中yは、我々は、少なくとも2つのペプチドと88から89パーセントのタンパク質の同定を可能にするサンプルあたり55,000ペプチドをマッピングした。ここでは、LC-MS/MS分析のためのFFPE材料からのサンプルの調製のために最適化されたプロトコルを提示する。このプロトコルは、反応器形式（FASP）6に顕微解剖、単離された細胞の溶解、および試料処理のための組織切片の調製を含む。その後、我々は、ペプチドの収量の分光蛍光定量について説明し、質量分析による最適なペプチドを同定するための重要度の高いタスク。最後に、我々は強力な陰イオン交換体（サックス）ベースのペプチド分画用分離技術を実証する。この方法では、ペプチド分離および最終的なクリーンアップの両方を、ピペットチップ·マイクロカラム10、11を用いて行われる。この手順はオプションですが、マイクログラムを超える数のペプチドは、単一のサンプルから得ることができる研究にお勧めします。 SAX-分画は、実質的にidentの数とダイナミックレンジを増加させることができるificationsとは、タンパク質配列カバー3,10を拡張する。

<table border="1">
		<tbody>
		 <tr>
			<td>Name of the reagent</td>
			<td>Company</td>
			<td>Catalogue number</td>
			<td>Comments (optional)</td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>MembraneSlide 1.0 PEN</td>
			<td>Carl-Zeiss Microscopy GmBH, Goettingen, Germany</td>
			<td>415190-9041-000</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Adhesive Cap 200 opaque</td>
			<td>Carl-Zeiss Microscopy GmBH, Goettingen, Germany</td>
			<td>415190-9181-000</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Mayer's hematoxylin solution </td>
			<td>Sigma-Aldrich St. Louis, MO</td>
			<td>MHS32</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Forensic 30k </td>
			<td>Merck Millipore Darmstadt, Germany</td>
			<td>MRCF0R030 </td>
			<td>(Previously sold as Microcon YM-30) </td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Empore Anion</td>
			<td>Bioanalytical technologies 3M Company ST. Paul, MN </td>
			<td>2252</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Empore C18</td>
			<td>Bioanalytical technologies 3M Company ST. Paul, MN</td>
			<td>2215</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Trypsin </td>
			<td>Promega </td>
			<td>2014-06-27</td>
			<td></td>
		 </tr>
		 <tr>
			<td>Endoproteinase Lys-C</td>
			<td>Wako</td>
			<td>129-02541</td>
			<td></td>
		 </tr>
		</tbody>
 </table>

proteomic sample preparation from formalin fixed and paraffin embedded tissue

プリザーブドフラワー臨床材料はヒトの疾患のプロテオミクス研究のためのユニークなソースです。ここでは、ホルマリン固定、パラフィン包埋（FFPE）組織の大規模定量分析を可能にする最適化されたプロトコルを記述します。手順は4つの別個のステップを含む。最初のものは、目的の細胞のFFPE材料およびマイクロダイセクションからの切片の調製である。第二工程において、単離された細胞を溶解し、 &#39;フィルタ支援試料調製&#39;（FASP）技術を使用して処理される。このステップでは、タンパク質は、サンプル溶解に使用される試薬から枯渇され、エンドプロテイナーゼのLysC及びトリプシンを用いて2段階で消化される。 各消化後、ペプチドは、別々の画分に回収され、それらの内容は、高感度の蛍光測定を用いて決定される。最後に、ペプチドは、「ピペットチップ」マイクロカラムで分画している。のLysC-ペプチドは、トリプシン、PEに対し、4画分に分離されているptides 2画分に分離される。このようにして調製したサンプルは、10,000のタンパク質の深さまで材料の微量からプロテオームの分析を可能にする。このように、説明したワークフローは、潜在的なバイオマーカーおよび薬物標的の同定のためだけでなく、システム全体のファッション疾患を研究するための強力な手法です。

FFPE材料のプロテオーム解析は、サンプル調製のための堅牢で再現性のある方法が必要になります。この公報では、効果的な固定された材料からの細胞集団の単離および直接LC-MS/MS分析のために使用することができる高純度のペプチド画分が得られるそれらの化学的処理を可能にするプロトコルを示す。 FFPEサンプルとその顕微解剖、MED FASPアプローチを用いて、タンパク質の試料と処理（2）の溶解、および（3）定量および（4）の分画のセクション（1）の調製：手順を4つの部分から構成されペプチド（ 図1）。 手順の最初のステップでは、FFPEサンプルは、ミクロトームで区画され、膜に覆わスライド上にマウント。組織切片スライド膜の表面との密着性を高めるためにUV光でスライド表面を照射する必要がある。この目的のために、我々は、UVランプの光を使用する細胞培養ベンチには統合されています。このステップの後、スライドを試料のパラフィン及び再水和の除去を可能にするの洗浄を受ける。再水和物質を短時間ヘマトキシリン​​で染色される。これは、サンプルの弱い染色をもたらすしかし顕微解剖用試料領域の可視化のために十分である。染色プロセスは、過剰の水でスライドをリンスすることにより迅速に停止されなければならない。貧しいペプチド利回りのサンプル結果の長期にわたる染色。 次の工程で乾燥した切片を、顕微解剖に供される。個々の細胞の組織領域の選択は、調査の種類に依存し、常に組織学や病理形態に特別な知識を必要とします。レーザ放出された物質は、試料回収チューブの接着面に集光される。接着材料の結合能力が限られているので、それはtまで蓋から顕微解剖材料を転写することが必要であるサンプルのすべての3〜5 平方ミリメートルの解剖の後、彼は、チューブ。これは簡単にふた遠心チューブの短い回転に組織溶解バッファー（LTB）の数マイクロリットルのピペッティングすることによって行うことができる。試料をチューブの底に集められた後、蓋の上顕微解剖及び試料収集を継続することができる。全サンプルが収集されると、チューブは、さらに、パラフィルムで栓をし、1時間連続的に撹拌しながら約99℃の水浴中でインキュベートされなければならない。インキュベーション水の間に蓋の上に凝縮しているので、15分毎にチューブがすぐにチューブコーンで水をバック収集するために遠心分離されなければならない。 ペプチドを得るために、組織溶解物を、MED-FASPアプローチを使用して処理される。この方法では、溶解したタンパク質はシステイン残基でcarboamidomethylated洗剤および他の低分子量物質から除去され、その後、連続して二つの酵素で消化DIFそれらの切断特異性fering：のLysCおよびトリプシンをエンドプロテイナーゼ。各消化工程後にペプチドを、別々の画分に回収される。試料調製のこの部分では、最初に、膜を通過した濾過装置に装填溶液の95％以上になるまで遠心分離工程の各々を継続することが重要である。我々はマイクロダイセクション材料（ 表1）の100 NL（100μgの組織または10ミクロンセクションの10ミリメートル2）あたりのペプチドのこの手順の利回り3-6μgのことを観察した結腸組織とその癌を分析する。組織からの抽出可能な全タンパク質抽出および消化手順は一緒に元の新鮮な組織に対して30​​〜60％の収率をもたらす組織重量の約10％であるからである。これらの値は、脱水、染色、マイクロダイセクション、および限外濾過単位で未消化サンプルの一部の保持時のタンパク質の損失を反映している。理由なしの抽出と処理n型顕微解剖FFPE組織は、それが重要なサンプルの損失がMED-FASP前工程中に発生する可能性がある75％5のタンパク質からペプチド変換収率をもたらした。この手順で得られたペプチド混合物の重要な特徴は、それらのさらなる分画ペプチド分画工程を容易にし、高純度および質量分析同定である。これは、最近結腸直腸腺腫試料3の分析によって示されている。その研究では、MS / MSのイベントの約40％は、FFPE組織からのペプチドが同定された単一のLC-MS/MSの実行ごとに最大17000ペプチドのマッピングされた。より高い識別率は、 インビトロ培養細胞3 のみ凍結の分析において達成された。 全体の手順の2の最後の部分に単離されたペプチドは、定量化されると、ピペットチップ·マイクロカラムで分画し。マイクロダイセクション組織から単離されたペプチドの量があることなので低10μgの彼らは一般的に使用される染料ベースのタンパク質アッセイを用いて定量化することはできません。また、これらの濃度でのA 280 UV-スペクトル測定は、光散乱効果に有用ではない。これとは対照的に、トリプトファン残基の蛍光の測定は、ペプチド含量を測定するための信頼できる方法を提供します。 最近、我々は、培養細胞から最大5,000のタンパク質は「シングルショット」4時間のLC-MS/MS分析7で同定することができることを示している。しかしネイティブの組織に適用されるこの種の分析はほとんど3,000以上の千のタンパク質の同定を可能にしない。分析の深さの増大にMED FASPで生成されたペプチドは、LC-MS/MS前に事前分画されなければならない。 SAXベースのマイクロカラム分離は、簡単で効率的な画法10です。これは、既に固定組織5,8,9を分析ものを含むいくつかのプロテオミクス研究に適用されている。 SAX-&#39;ピペットチップ」microcoluMNS、およびC 18 - &#39;StageTip&#39;脱塩カラム9は、調製が容易である。カラムは、プラグの積層して組み立て、SAXからカットまたはC 18膜、200μlのピペットチップ11内にある。 SAX-画しFFPEサンプルの分析の例を表1に示す。 <img alt="図1" src="/files/ftp_upload/50589/50589fig1.jpg" /> 図1。手順の概要 。 FFPEサンプルとその顕微解剖、MED FASPアプローチを用いて、タンパク質の試料と処理（2）の溶解、および（3）定量および（4）の分画のセクション（1）の調製：手順を4つの部分から構成されペプチド。 <table border="1" class="jove_content_small" fo:keep-together.within-page="always"><tbody><tr><td fo:width="1.4in"> サンプル </td><td fo:width="1in"> サンプル前分画/消化 </strオング&gt; </td><td fo:width="1in"> 使用される質量分析計 </td><td fo:width="1.25in"> ペプチド降伏NG / nLのサンプル（±SD） </td><td fo:width="1.25in"> 単一のサンプルごとに固有のタンパク質同定 </td><td fo:width=".75in"> リファレンス </td></tr><tr><td> •Adenonocarcinoma •正常な結腸粘膜</td><td> SAX / 1酵素</td><td>オービトラップ-Velos </td><td> 36±11（n = 8）の 30±8（N = 8） </td><td> 5985±54 5868±110 </td><td> 8 </td></tr><tr><td> •大腸腺腫</td><td> SAX / 2の酵素</td><td> Q Exactive </td><td> 56±6.1（n = 3）で</td><td> 9501±28 </td><td> 3 </td></tr></tbody></table> 表1。FFPEマイクロダイセクション組織のプロテオーム解析の代表的な結果。

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Proteomic Sample Preparation from Formalin Fixed and Paraffin Embedded Tissue

アーカイブホルマリン固定し、パラフィンに包埋（FFPE）の臨床試料は、病気の調査のための貴重な資料である。ここでは、顕微解剖FFPE組織の詳細なプロテオーム解析を可能にする試料調製のワークフローを示す。

ホルマリン固定からプロテオミクスサンプル調製およびパラフィン包埋組織

Preserved clinical material is a unique source for proteomic investigation of human disorders. Here we describe an optimized protocol allowing large scale ...

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Research

JoVE Journal

Biology

27.5K ビュー.  Max Planck Institute of Biochemistry. アーカイブホルマリン固定し、パラフィンに包埋（FFPE）の臨床試料は、病気の調査のための貴重な資料である。ここでは、顕微解剖FFPE組織の詳細なプロテオーム解析を可能にする試料調製のワークフローを示す。 

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Electrophoretic Separation of Proteins

Electrophoresis is used to separate complex mixtures of proteins (e.g., from cells, subcellular fractions, column fractions, or immunoprecipitates), to investigate subunit compositions, and to verify homogeneity of protein samples. It can also serve to purify proteins for use in further applications. In polyacrylamide gel electrophoresis, proteins migrate in response to an electrical field through pores in a polyacrylamide gel matrix; pore size decreases with increasing acrylamide concentration. The combination of pore size and protein charge, size, and shape determines the migration rate of the protein. In this unit, the standard Laemmli method is described for discontinuous gel electrophoresis under denaturing conditions, i.e., in the presence of sodium dodecyl sulfate (SDS). 

In this video, we demonstrate a method for electrophoretic separation of proteins using poly-acrylimide gel electrophoresis (PAGE).

タンパク質の電気泳動分離

Electrophoresis is used to separate complex mixtures of proteins (e.g., from cells, subcellular fractions, column fractions, or immunoprecipitates), to ...

生物学

Toxin Induction and Protein Extraction from Fusarium spp. Cultures for Proteomic Studies

Fusaria are filamentous fungi able to produce different toxins. Fusarium mycotoxins such as deoxynivalenol, nivalenol, T2, zearelenone, fusaric acid, moniliformin, etc... have adverse effects on both human and animal health and some are considered as pathogenicity factors. Proteomic studies showed to be effective for deciphering toxin production mechanisms (Taylor et al., 2008) as well as for identifying potential pathogenic factors (Paper et al., 2007, Houterman et al., 2007) in Fusaria. It becomes therefore fundamental to establish reliable methods for comparing between proteomic studies in order to rely on true differences found in protein expression among experiments, strains and laboratories. The procedure that will be described should contribute to an increased level of standardization of proteomic procedures by two ways. The filmed protocol is used to increase the level of details that can be described precisely. Moreover, the availability of standardized procedures to process biological replicates should guarantee a higher robustness of data, taking into account also the human factor within the technical reproducibility of the extraction procedure.
The protocol described requires 16 days for its completion: fourteen days for cultures and two days for protein extraction (figure 1). 
Briefly, Fusarium strains are grown on solid media for 4 days; they are then manually fragmented and transferred into a modified toxin inducing media (Jiao et al., 2008) for 10 days. Mycelium is collected by filtration through a Miracloth layer. Grinding is performed in a cold chamber. Different operators performed extraction replicates (n=3) in order to take into account the bias due to technical variations (figure 2). Extraction was based on a SDS/DTT buffer as described in Taylor et al. (2008) with slight modifications. Total protein extraction required a precipitation process of the proteins using Aceton/TCA/DTT buffer overnight and Acetone /DTT washing (figure 3a,3b). Proteins were finally resolubilized in the protein-labelling buffer and quantified. Results of the extraction were visualized on a 1D gel (Figure 4, SDS-PAGE), before proceeding to 2D gels (IEF/SDS-PAGE). The same procedure can be applied for proteomic analyses on other growing media and other filamentous fungi (Miles et al., 2007).

Toxin Induction and Protein Extraction from Fusarium spp. Cultures for Proteomic Studies

Protein extraction for proteomic analyses in fungal species requires high levels of standardization to be accomplished according with the minimum information about a proteomic experiment (MIAPE) guidelines. We present a video-protocol that includes a procedure for minimizing experimental bias during toxin induction and protein extraction from Fusarium spp.

から毒素誘導とタンパク質抽出フザリウム属属。</emプロテオーム研究>文化

Fusaria are filamentous fungi able to produce different toxins. Fusarium mycotoxins such as deoxynivalenol, nivalenol, T2, zearelenone, fusaric acid, ...

Western Blotting: Sample Preparation to Detection

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract. It uses gel electrophoresis to separate native or denatured proteins by the length of the polypeptide (denaturing conditions) or by the 3-D structure of the protein (native/ non-denaturing conditions). The proteins are then transferred to a membrane (typically nitrocellulose or PVDF), where they are probed (detected) using antibodies specific to the target protein.

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract.

ウェスタンブロッティング：サンプル調製を検出する

Western blotting is an analytical technique used to detect specific proteins in a given sample of tissue homogenate or extract. It uses gel ...

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of muscle specification, formation and function in model systems has provided valuable insight into muscle physiology. Therefore, identifying and characterizing molecular mechanisms that underlie muscle damage is critical. The structure of adult Drosophila multi-fiber muscles resemble vertebrate striated muscles 1 and the genetic tractability of Drosophila has made it a great system to analyze dystrophic muscle morphology and characterize the processes affecting muscular function in ageing adult flies 2. Here we present the histological technique for preparing paraffin-embedded and frozen sections of Drosophila thoracic muscles. These preparations allow for the tissue to be stained with classical histological stains and labeled with protein detecting dyes, and specifically cryosections are ideal for immunohistochemical detection of proteins in intact muscles. This allows for analysis of muscle tissue structure, identification of morphological defects, and detection of the expression pattern for muscle/neuron-specific proteins in Drosophila adult muscles. These techniques can also be slightly modified for sectioning of other body parts.

Paraffin-Embedded and Frozen Sections of Drosophila Adult Muscles

Identification of mechanisms underlying muscle damage is crucial. Here we present the histological technique for preparing paraffin-embedded and frozen sections of Drosophila thoracic muscles. This allows analysis of muscle morphology and localization of protein and other muscle cell components.

のパラフィン包埋して凍結切片ショウジョウバエアダルトの筋肉

The molecular characterization of muscular dystrophies and myopathies in humans has revealed the complexity of muscle disease and genetic analysis of ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number gains and losses and DNA methylation. Advances in high-throughput, genome-wide profiling technologies, such as microarrays, have significantly improved our ability to identify and detect these specific alterations. However as technology continues to improve, a limiting factor remains sample quality and availability. Furthermore, follow-up clinical information and disease outcome are often collected years after the initial specimen collection. Specimens, typically formalin-fixed and paraffin embedded (FFPE), are stored in hospital archives for years to decades. DNA can be efficiently and effectively recovered from paraffin-embedded specimens if the appropriate method of extraction is applied. High quality DNA extracted from properly preserved and stored specimens can support quantitative assays for comparisons of normal and diseased tissues and generation of genetic and epigenetic signatures 1. To extract DNA from paraffin-embedded samples, tissue cores or microdissected tissue are subjected to xylene treatment, which dissolves the paraffin from the tissue, and then rehydrated using a series of ethanol washes. Proteins and harmful enzymes such as nucleases are subsequently digested by proteinase K. The addition of lysis buffer, which contains denaturing agents such as sodium dodecyl sulfate (SDS), facilitates digestion 2. Nucleic acids are purified from the tissue lysate using buffer-saturated phenol and high speed centrifugation which generates a biphasic solution. DNA and RNA remain in the upper aqueous phase, while proteins, lipids and polysaccharides are sequestered in the inter- and organic-phases respectively. Retention of the aqueous phase and repeated phenol extractions generates a clean sample. Following phenol extractions, RNase A is added to eliminate contaminating RNA. Additional phenol extractions following incubation with RNase A are used to remove any remaining enzyme. The addition of sodium acetate and isopropanol precipitates DNA, and high speed centrifugation is used to pellet the DNA and facilitate isopropanol removal. Excess salts carried over from precipitation can interfere with subsequent enzymatic assays, but can be removed from the DNA by washing with 70% ethanol, followed by centrifugation to re-pellet the DNA 3. DNA is re-suspended in distilled water or the buffer of choice, quantified and stored at -20&deg;C. Purified DNA can subsequently be used in downstream applications which include, but are not limited to, PCR, array comparative genomic hybridization 4 (array CGH), methylated DNA Immunoprecipitation (MeDIP) and sequencing, allowing for an integrative analysis of tissue/tumor samples.

This video demonstrates the protocol for DNA extraction from formalin-fixed paraffin-embedded material. This is a multi-day procedure in which tissue sections are deparaffinized with xylene, rehydrated with ethanol and treated with proteinase K to purify and isolate DNA for subsequent gene-specific or genome-wide analysis.

遺伝学的およびエピジェネティクス解析のためのパラフィン包埋材料からのDNA抽出

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA probes. This protocol, originally developed by Kloosterman and colleagues for broad use with Exiqon miRNA probes1, has been modified to overcome challenges inherent in miRNA analysis in kidney tissues. These include issues such as structure identification and hard to remove residual probe and antibody. Use of relatively thin, 5 mm thick, tissue sections allowed for clear visualization of kidney structures, while a strong probe signal was retained in cells. Additionally, probe concentration and incubation conditions were optimized to facilitate visualization of microRNA expression with low background and nonspecific signal. Here, the optimized protocol is described, covering the initial tissue collection and preparation through the mounting of slides at the end of the procedure. The basic components of this protocol can be altered for application to other tissues and cell culture models.

MicroRNA In situ Hybridization for Formalin Fixed Kidney Tissues

This article describes an in situ hybridization protocol optimized for colormetric detection of microRNA expression in formalin fixed kidney sections.

マイクロRNA<em&gt;その場で</em&gt;ホルマリン固定腎臓組織のためのハイブリダイゼーション

In this article we describe a method for colorimetric detection of miRNA in the kidney through in situ hybridization with digoxigenin tagged microRNA ...

qPCR Is a Sensitive and Rapid Method for Detection of Cytomegaloviral DNA in Formalin-fixed, Paraffin-embedded Biopsy Tissue

It is crucial to identify cytomegalovirus (CMV) infection in the gastrointestinal (GI) tract of immunosuppressed patients, given their greater risk for developing severe infection. Many laboratory methods for the detection of CMV infection have been developed, including serology, viral culture, and molecular methods. Often, these methods reflect systemic involvement with CMV and do not specifically identify local tissue involvement. Therefore, detection of CMV infection in the GI tract is frequently done by traditional histology of biopsy tissue. Hematoxylin and eosin (H&#38;E) staining in conjunction with immunohistochemistry (IHC) have remained the mainstays of examining these biopsies. H&#38;E and IHC sometimes result in atypical (equivocal) staining patterns, making interpretation difficult. It was shown that quantitative polymerase chain reaction (qPCR) for CMV can successfully be performed on formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) biopsy tissue for very high sensitivity and specificity. The goal of this protocol is to demonstrate how to perform qPCR testing for the detection of CMV in FFPE biopsy tissue in a clinical laboratory setting. This method is likely to be of great benefit for patients in cases of equivocal staining for CMV in GI biopsies.

This protocol describes qPCR detection of cytomegalovirus in formalin-fixed, paraffin-embedded biopsy tissue, which is rapid, sensitive, specific, and useful for interpreting equivocal hematoxylin and eosin or immunohistochemical staining patterns.

定量PCRは、ホルマリン固定、パラフィン包埋された生検組織中のサイトメガロウイルスDNAの検出のための高感度かつ迅速な方法であり、

It is crucial to identify cytomegalovirus (CMV) infection in the gastrointestinal (GI) tract of immunosuppressed patients, given their greater risk for ...

Employing Digital Droplet PCR to Detect BRAF V600E Mutations in Formalin-fixed Paraffin-embedded Reference Standard Cell Lines

ddPCR is a highly sensitive PCR method that utilizes a water-oil emulsion system. Using a droplet generator, an extracted nucleic acid sample is partitioned into ~20,000 nano-sized, water-in-oil droplets, and PCR amplification occurs in individual droplets. The ddPCR approach is in identifying sequence mutations, copy number alterations, and select structural rearrangements involving targeted genes. Here, we demonstrate the use of ddPCR as a powerful technique for precisely quantitating rare BRAF V600E mutations in FFPE reference standard cell lines, which is helpful in identifying individuals with cancer. In conclusion, ddPCR technique offers the potential to precisely profile the specific rare mutations in different genes in various types of FFPE samples.

The goal of this video is to demonstrate how to perform&#160;automated DNA extraction from formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) reference standard cell lines and digital droplet PCR&#160;(ddPCR) analysis to detect rare mutations in a clinical setting. Detecting mutations in FFPE samples demonstrates the clinical utility of ddPCR in FFPE samples.

ホルマリン固定パラフィン包埋参照標準細胞株にBRAF V600E変異を検出するデジタルドロップレットPCRを採用

ddPCR is a highly sensitive PCR method that utilizes a water-oil emulsion system. Using a droplet generator, an extracted nucleic acid sample is ...

Preparation of Formalin-fixed Paraffin-embedded Tissue Cores for both RNA and DNA Extraction

Formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPET) represents a valuable, well-annotated substrate for molecular investigations. The utility of FFPET in molecular analysis is complicated both by heterogeneous tissue composition and low yields when extracting nucleic acids. A literature search revealed a paucity of protocols addressing these issues, and none that showed a validated method for simultaneous extraction of RNA and DNA from regions of interest in FFPET. This method addresses both issues. Tissue specificity was achieved by mapping cancer areas of interest on microscope slides and transferring annotations onto FFPET blocks. Tissue cores were harvested from areas of interest using 0.6 mm microarray punches. Nucleic acid extraction was performed using a commercial FFPET extraction system, with modifications to homogenization, deparaffinization, and Proteinase K digestion steps to improve tissue digestion and increase nucleic acid yields. The modified protocol yields sufficient quantity and quality of nucleic acids for use in a number of downstream analyses, including a multi-analyte gene expression platform, as well as reverse transcriptase coupled real time PCR analysis of mRNA expression, and methylation-specific PCR (MSP) analysis of DNA methylation.

This modified extraction protocol improves RNA and DNA yields from more precisely targeted regions of interest in histopathologic tissue blocks.

RNA及びDNA抽出の両方のためのホルマリン固定パラフィン包埋組織コアの調製

Formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPET) represents a valuable, well-annotated substrate for molecular investigations. The utility of FFPET in ...

Sample Preparation for Mass Cytometry Analysis

Mass cytometry utilizes antibodies conjugated with heavy metal labels, an approach that has greatly increased the number of parameters and opportunities for deep analysis well beyond what is possible with conventional fluorescence-based flow cytometry. As with any new technology, there are critical steps that help ensure the reliable generation of high-quality data. Presented here is an optimized protocol that incorporates multiple techniques for the processing of cell samples for mass cytometry analysis. The methods described here will help the user avoid common pitfalls and achieve consistent results by minimizing variability, which can lead to inaccurate data. To inform experimental design, the rationale behind optional or alternative steps in the protocol and their efficacy in uncovering new findings in the biology of the system being investigated is covered. Lastly, representative data is presented to illustrate expected results from the techniques presented here.

This article describes the collection and processing of samples for mass cytometry analysis.

質量サイトメトリー分析のための試料調製

Mass cytometry utilizes antibodies conjugated with heavy metal labels, an approach that has greatly increased the number of parameters and opportunities ...