メタン-酸素カウンターグラジエントにおけるメタン栄養生物の培養のためのアガロースベースモデル生態系

私たちは、自然環境により近い実験室でメタン酸化細菌を増殖させるシンプルで安価な方法を設計したいと考えていました。私たちは、標準的な実験室の培養条件では欠落している細菌の表現型を明らかにし、最終的にこれらの表現型をその遺伝的決定要因に結びつけるために、これを行いたいと考えました。グラジエントシリンジは、メタン-酸素カウンターグラジエントでメタン栄養生物を培養する前述の方法の簡易版です。

この方法では、ガス基板の連続的な流れを必要としないため、複数の反復を並行して実行できます。また、アガロース内で培養された細菌に対して直接生化学的アッセイを行うこともできます。研究者は事実上、細菌のゲノム配列に無制限にアクセスできますが、これらの情報をすべて文脈に当てはめることは依然として困難です。

私たちの発見は、個々の遺伝子の役割をよりよく理解するために、細菌が進化した環境を考慮することが重要であることを示しています。私たちは、比較メタボロミクスやプロテオミクスなどの技術を使用して、メタン-酸素カウンター勾配内の位置に対してメタン栄養生物がどのように応答するかについてさらに学ぶ予定です。また、同じ勾配シリンジで複数の菌株を培養し、空間的に解決された状況でそれらがどのように相互作用するかを確認する計画もあります。